REPUBLIQUE DU BENIN

*********
MINISTERE DE L’ENSEIGNEMENT
SUPERIEUR ET DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE
(MECESRS)
*********
UNIVERSITE D’ABOMEY-CALAVI (UAC)
*********
ECOLE POLYTECHNIQUE D’ABOMEY-CALAVI (EPAC)
*********
DEPARTEMENT DE GENIE DE BIOLOGIE HUMAINE (GBH)
*********
OPTION : ANALYSES BIOMEDICALES
*********
RAPPORT DE STAGE DE FIN DE FORMATION POUR L’OBTENTION DU
DIPLÔME DE LICENCE PROFESSIONNELLE

Nécessité d’utiliser les tests biochimiques pour identifier les

entérobactéries

PRESENTE ET SOUTENU PAR :

Victonie Alidah Sessi ANIAMBOSSOU

SOUS LA DIRECTION DE :

Tuteur : Superviseur :
Mr Godefroy ZINSOU Dr. Victorien DOUGNON, PhD
Biotechnologiste à l’Hôpital Enseignant-Chercheur en Microbiologie à
de zone de Mènontin l’Ecole Polytechnique d’Abomey-Calavi/UAC
Biotechnologiste (HZM)

Année académique : 2015-2016

9ème Promotion
 REPUBLIQUE DU BENIN
**********

MINISTERE DE L’ENSEIGNEMENT SUPERIEUR ET DE LA RECHERCHE

SCIENTIFIQUE

**********

UNIVERSITE D’ABOMEY-CALAVI

**********

ECOLE POYTECHNIQUE D’ABOMEY-CALAVI

**********

DEPARTEMENT DE GENIE DE BIOLOGIE HUMAINE

**********

DIRECTEUR : Pr Mohamed SOUMANOU

DIRECTEUR ADJOINT : Pr Clément AHOUANNOU

CHEF DE DEPARTEMENT : Dr Pascal S. ATCHADE

 LISTE DES ENSEIGNANTS PERMANENTS ET VACATAIRES

DEPARTEMENT DE GENIE DE BIOLOGIE HUMAINE (GBH)

Noms et prénoms Matières enseignées

ABLEY Sylvestre Déontologie Médicale

ADOMOU A lain Physique

AGBANGLA Clément Génétique Moléculaire

AGOUA Jean Informatique

AHOYO Théodora Angèle Microbiologie / Santé publique et Hygiène

hospitalière

AKAKPO B. Huguette Education Physique et Sportive

AKOGBETO Martin Entomologie Médicale

AKPOVI D. Casimir Biologie cellulaire / Physiologie humaine/

Biochimie métabolique

ALITONOU Alain Guy Chimie générale/ Chimie organique

ANAGO Eugénie Biochimie structurale/ Biochimie clinique/

Biochimie moléculaire

ANAGONOU Sylvère Education Physique et Sportive

ATCHADE S. Pascal Parasitologie / Mycologie

AVLESSI Felicien Chimie générale / Chimie organique

BANKOLE Honoré Bactériologie / Virologie

DARBOUX Raphael Histologie appliquée

DESSOUASSI Noël Biophysique

DOSSEVI Lordson Techniques Instrumentales

DOSSOU Cyriaque Techniques d’Expression et Méthode de

Communication

DOUGNON T. Victorien Microbiologie

3
HOUNNON Hyppolite Mathématiques

HOUNSOSSOU Hubert Biostatistiques et Epidémiologie

LALLY Armel Législation et Droit du Travail

LOKO Frédéric Biochimie Clinique

LOKOSSOU Gatien Immunologie/ Immuno-Pathologie

LOZES Evelyne Immunologie/ Immuno-Pathologie /

Equipements biomédicaux

MASSOULOKONON Vincent Histologie Générale

OGOUDIKPE Nicarette Informatique Médicale

SECLONDE Hospice Immuno-Hématologie

SEGBO Julien Biochimie / Biologie Moléculaire

SENOU Maximin Histologie Appliquée

TOPANOU Adolphe Hématologie / Hémostase et Pharmacologie

SOEDE Casimir Anglais

YOVO.S. Paulin Pharmacologie / Toxicologie

TOHOYESSOU Zoe Soins infirmiers

4
 DEDICACE

A mes parents qui ont investi pour me garantir un avenir radieux.

5
 REMERCIEMENTS

 Au Dieu tout puissant

Pour avoir veillé sur moi et permis la concrétisation de ce travail.

 A mon père Victor ANIAMBOSSOU,

Sans votre amour, je n’aurais pas pu atteindre mes objectifs académiques. Recevez ce travail
comme une récompense pour tous les efforts et sacrifices consentis.

 A ma mère Eugénie AMOUSSOU SOSSA et ma belle-mère Victorine SINDJI

Vous avez été présentes à chaque fois pour me remonter le moral et me motiver à continuer
quand tout allait mal. Merci pour tout !

 A mon grand frère Eunock ANIAMBOSSOU,

Merci d’avoir toujours cru en moi et merci pour ta présence continuelle à mes côtés.

 A mon jeune frère Don de Marie ANIAMBOSSOU et à mes cousines Merveille,

Nadège, Nadia OGOUBIYI.

Sachez qu’au bout de chaque effort se trouve une récompense. Persévérez donc.

 A mon superviseur Docteur Victorien T. DOUGNON,

Malgré vos multiples occupations, vous avez accepté assurer la supervision de ce travail. La
perspicacité de vos remarques et suggestions, votre rigueur scientifique et votre esprit de
synthèse ont été précieux dans l’élaboration de ce travail.

 A mon tuteur Monsieur Godefroy ZINSOU

Merci pour votre disponibilité et pour votre présence continuelle à mes côtés tout au long de
mon stage.

 A monsieur Aurélien KANFON,

Mon séjour au laboratoire d’analyses biomédicales de l’hôpital de zone de Mènontin a été

possible grâce à vous. Recevez l’expression de toute ma reconnaissance.

6
 A messieurs Eustache ACLINOU et Raoul HOUNKPONOU,

Pour vos conseils et votre disponibilité à mon égard pendant mon séjour à l’hôpital de Zone de
Mènontin.

 A la fondation ODON-VALLET

Pour le soutien financier à travers les bourses d’études que vous avez mis à ma disposition tout
au long de mon cursus.

 A mes aînés Claude Eric KOUCHICA, Géraldo MARTELOT

Vous avez été pour moi, durant ces trois années, d’un grand soutien. Infiniment merci à vous.

 A tous ceux qui m’ont aidé de près ou de loin dans la réalisation de ce travail, Merci
pour tout

 A tous mes camarades de la 9ème promotion de la Licence Professionnelle en Analyses

Biomédicales, Profonde reconnaissance.

7
 HOMMAGES

 Au Président du Jury
C’est un honneur pour moi que vous acceptiez de présider le jury de ma soutenance. Je vous
prie de recevoir mes hommages respectueux.

 Aux membres du Jury

Pour avoir accepté de siéger dans ce jury et de juger ce travail. Je vous prie de recevoir mes
hommages respectueux.

8
 LISTE DES SIGLES ET ABBREVIATIONS

API : Appareillage et Procédé d’Identification

API20E : Appareillage et Procédé d’Identification comportant 20 microtubes

B(-) : Bacille Gram négatif

C.freundii : Citrobacter freundii

E.coli : Escherichia coli

EMB : Eosine Methylen Blue (Eosine Bleu de méthylène)

E.cloacae : Enterobacter cloacae

EPAC : Ecole Polytechnique d’Abomey-Calavi

HZM : Hôpital de Zone de Menontin

H2S : Thiosulfate de sodium

K.pneumoniae : Klebsiella pneumoniae

MALDI TOF MS: Matrix Assisted Laser Desorption Ionisation Time-of-Flight Mass
Spectrometry

ONPG: Ortho Nitro Phényl alpha-D-galactopyranose

S.marcescens: Serratia marcescens

TDA : Tryptophane désaminase

VP : Vosges-Proskauer

9
 LISTE DES TABLEAUX

Pages

Tableau I : Caractères d'identification des genres le plus fréquemment rencontrés…………... 18

Tableau II : Récapitulatif du processus de manipulations……………………………………... 23

Tableau III : Résultats d’identification des entérobactéries à partir de l’aspect des colonies… 24

Tableau IV : Résultats d’identification des entérobactéries avec la galerie API20E…………… 25

10
 LISTE DES FIGURES

Page
Figure 1 : Etude comparative des résultats obtenus avant et après usage de la galerie 25
API20E…………………………………………………………………………………..

11
 SOMMAIRE

Introduction…………………………………………………………………………... 15

Chapitre 1 : Synthèse bibliographique………………………………………………... 17

1.1.Les entérobactéries ………………………………………………………………. 17

1.2.La galerie d’identification API2OE………………………………………………. 19

Chapitre 2 : Matériel et méthodes…………………………………………………….. 20

2.1. Cadre……………………………………………………………………………... 20

2.2. Matériel.…………………………………………………………………………. 21

2.3. Méthodes…………………………………………………………………………. 22

Chapitre 3 : Résultats et commentaire………………………………………………… 24

3.1. Résultats………………………………………………………………………….. 24

3.2. Commentaire…………………………………………………………………… 26

Conclusion …………………………………………………………………………… 28

12
 RESUME

Les entérobactéries sont les bactéries les plus isolées des infections. Leur identification
passe par une méthodologie rigoureuse dont font partie les examens biochimiques. Ces tests
consistent à mettre en évidence les propriétés métaboliques et biochimiques des bactéries. A
partir des résultats de ces tests, l’espèce bactérienne est clairement identifiée. Force est de
remarquer qu’aujourd’hui, pour diverses raisons, de nombreux laboratoires ne réalisent pas
systématiquement ces tests. Cette étude a donc été initiée pour évaluer les risques d’erreurs lors
de la mise en évidence des bactéries sans la réalisation des tests biochimiques.

Pour ce faire l’étude a porté sur 50 échantillons constitués d’urines, de spermes, de pus
et de prélèvements cervico-vaginaux. Les entérobactéries ont été identifiées dans un premier
temps sans les examens biochimiques en se basant sur l’aspect des colonies et dans un second
temps avec les galeries API20E. Une étude comparative a alors permis d’évaluer les risques
d’erreurs. Il en ressort que sans les critères biochimiques pris en compte, les bactéries sont
souvent identifiées comme étant Escherichia coli, Klebsiella spp, à partir de l’aspect de leurs
colonies. Après la réalisation des galeries API20E, le risque d’erreur lors de l’identification de
l’espèce Escherichia coli a été estimé à 35% et à 76,92% pour celle de l’espèce Klebsiella spp.

Au vu de ces résultats, il s’avère primordial d’associer en toute circonstance et pour tout

échantillon, les tests biochimiques au diagnostic bactériologique afin d’éviter les erreurs
commises lors des identifications.

Mots clés : identification bactérienne, erreurs, santé publique.

13
 ABSTRACT

Enterobacteriaceae are the most isolated bacteria in infections. Their identification

involves a rigorous methodology which includes biochemical examinations. These tests consist
in demonstrating the metabolic and biochemical properties of the bacteria. From the results of
these tests, the bacterial species is clearly identified. It should be noted that today, for various
reasons, many laboratories do not systematically perform these tests. This study was therefore
initiated to evaluate the risks of errors in the detection of bacteria without carrying out the
biochemical tests.

To do this, 50 samples of urine, sperm, pus and cervico-vaginal specimens were used.
Enterobacteriaceae were first identified without biochemical examinations based on the
appearance of the colonies and in a second stage with the API20E galleries. A comparative
study made it possible to evaluate the risks of errors. It emerged that without the biochemical
criteria taken into account, bacteria are often identified as Escherichia coli, Klebsiella spp. After
the implementation of the API20E galleries, the error rate for the identification of the
Escherichia coli species was estimated at 35% and 76,92% for the species Klebsiella spp.

In view of these results it is essential to associate biochemical tests with bacteriological

diagnosis in all circumstances and for any sample in order to avoid mistakes made during
identification.

Key words: bacterial identification, errors, public health.

14
 INTRODUCTION

Une infection implique la présence de microorganismes dans un site habituellement

stérile ou non. Elle est toujours accompagnée par une réponse inflammatoire de l’hôte. Le risque
d'infection dépend de plusieurs facteurs. Il existe plusieurs types d’infection selon la
localisation ou le type de microorganisme en jeu. Au nombre des infections, on trouve les
infections bactériennes, virales, fongiques, parasitaires. Parmi les infections, la cause
bactérienne prédomine, représentant 87% des différents pathogènes isolés (ZAHAR, 2012). Il
existe un grand nombre de bactéries provoquant ces infections ; les plus fréquentes étant les
entérobactéries. Les entérobactéries sont des bacilles à Gram négatif qui constituent une part
importante des bactéries isolées lors du diagnostic bactériologique des infections humaines.
Leur rapidité de multiplication, leur fréquente résistance aux antibiotiques expliquent qu’elles
soient les bactéries les plus impliquées en pathologie infectieuse humaine. On les rencontre
dans divers prélèvements, mais particulièrement dans les urines, qui constituent une part
importante de l'activité du laboratoire de bactériologie. La multirésistance des entérobactéries
aux antibiotiques et leur pouvoir d’adaptation expliquent la variété des espèces et les multiples
circonstances dans lesquelles elles sont isolées. L’identification de ces espèces est de plus en
plus facilitée au laboratoire par l’utilisation de nombreuses galeries d’identification : les galeries
classiques et les galeries API. Les galeries API sont très performantes mais leur coût est élevé.

Cette élévation du coût des galeries font que les laboratoires des pays du tiers monde
dans leur majorité n’utilisent pas les galeries lors de l’identification bactériologique des germes,
les rares qui en utilisent ne le font pas systématiquement pour tous les germes. De nombreux
travaux ont été réalisés sur la résistance des entérobactéries aux antibiotiques (APATA et al,
2016), mais aucune n’a cherché à évaluer le risque d’erreur encouru lors de l’identification des
entérobactéries sans la réalisation des tests biochimiques d’où le thème : Nécessité d’utiliser
les tests biochimiques pour identifier les entérobactéries.

Cette étude a pour objectif général d’améliorer le diagnostic bactériologique des

infections bactériennes dans les formations sanitaires.

15
Spécifiquement, il s’est agi de :

 Réaliser une étude comparative entre le diagnostic à partir des géloses EMB sans et avec
la galerie API20E.
 Relever les risques d’erreurs relatifs à la première méthode.

Le présent document a été rédigé, en dehors de l’introduction et de la conclusion, en trois

chapitres essentiels. Le premier aborde les notions générales sur les entérobactéries et les
galeries d’identifications API20E. Dans le deuxième chapitre, le matériel et les méthodes
utilisés ont été décrits. Le dernier chapitre présente les résultats et le commentaire.

16
 CHAPITRE 1 :
SYNTHESE BIBLIOGRAPHIQUE

1.1. Entérobactéries

La famille des Enterobacteriaceae comprend de nombreux genres bactériens répondant à la

définition suivante :

- bacilles à Gram négatif ;

- immobiles ou mobiles grâce à une ciliature péritriche ;

- aérobies anaérobies facultatives ;

- se développant aisément sur milieu ordinaire ;

- fermentant le glucose ;

- ne possédant pas d’oxydase ;

- possédant une catalase à l’exception de Shigella dysenteriae

- réduisant les nitrates en nitrites (quelques exceptions parmi Erwinia). (BARTHELEMY,

2016)

1.1.1. Caractères bactériologiques des entérobactéries

1.1.1.1. Caractères morphologiques des entérobactéries

Toutes les entérobactéries ont une morphologie habituellement typique : bacilles à Gram
négatif de 2-3 µ de long sur 0,6 µ de large, généralement polymorphes. Les espèces mobiles les
plus nombreuses le sont grâce à une ciliature péritriche. Certaines sont immobiles (Klebsiella,
Shigella, Yersinia pestis). (DRAME, 2001). La présence d’une capsule visible au microscope
est habituelle chez Klebsiella spp. La plupart des espèces pathogènes pour l’homme possèdent
des fimbriae ou pili qui sont des facteurs d’adhésion. (BAKHOUM. 2004).

17
 1.1.1.2.Caractères culturaux des entérobactéries
Les entérobactéries se développent facilement sur les milieux ordinaires en 24 heures à
37°C en aérobiose et en anaérobiose. Leurs exigences nutritionnelles sont, en général, réduites
et la plupart se multiplient en milieu synthétique avec une source de carbone simple comme le
glucose. (NIANDOU, 2005).
Sur milieux gélosés, les colonies d’entérobactéries sont habituellement lisses, brillantes, de
structure homogène (type « smooth » ou S). Cet aspect peut évoluer après cultures successives
pour donner des colonies à surface sèche rugueuse (type « rough » ou R). Les bactéries du genre
Klebsiella forment des colonies souvent très muqueuses, larges et luisantes. Celles du genre
Proteus ont tendance à envahir la gélose et à y former un tapis uniforme. En milieu liquide, les
entérobactéries occasionnent un trouble uniforme du bouillon. (HAYETTE et al 2010).

1.1.1.3. Les caractères biochimiques des entérobactéries

C’est sur l’étude des caractères biochimiques que repose en pratique le diagnostic du
genre et d’espèce qui ne doit être abordé qu’après que le diagnostic de famille ait été établi avec
certitude (DRAME, 2001).
Tableau I : Caractères d'identification des genres le plus fréquemment rencontrés
Enterobacter

Providencia
Escherichia

Citrobacter

Salmonella
Klebsiella

Yersinia
Shigella
Serratia

Proteus

Lactose + + + + - - - - - -
ONPG + + + + + - +/- - - +
Indole + - - +/- - - +/- +/- + +/-
VP (Acétoïne ) - - + + + - - - - -
Citrate - + + + + +/- - +/- + -
Mobilité + + + - + + - + + -
Urée - - - + - - - + - +

PDA - - - - - - - + + -
H2S - +/- - - - + - +/- - -

18
(+) : Résultat positif, (-) : Résultat négatif.

Le tableau (I) résume les caractères d'identification des genres le plus fréquemment rencontrés
dans les infections humaines

1.2. Galerie d’identification API20E

API20E est un système standardisé pour l'identification des Enterobacteriaceae et autres

bacilles à Gram négatif non fastidieux, comprenant 21 tests biochimiques miniaturisés, ainsi
qu'une base de données (Biomérieux SA, 2010)

1.2.1. Principe de la galerie API20E

Le système API® est une version miniaturisée et standardisée des techniques

biochimiques conventionnelles pour l’identification des bactéries. La galerie API20E comporte
20 microtubes contenant des substrats déshydratés. Les microtubes sont inoculés avec une
suspension bactérienne qui reconstitue les tests. Les réactions produites pendant la période
d'incubation se traduisent par des virages colorés spontanés ou révélés par l'addition de réactifs.

La lecture de ces réactions se fait à l'aide du Tableau de Lecture et l'identification est obtenue
à l'aide du Catalogue Analytique ou d'un logiciel d'identification.

1.2.2. Identification des bactéries à partir des galeries API20E

• Avec le tableau d’identification : comparer les réactions notées sur la fiche de résultats avec
celle du tableau : chaque cellule de ce tableau contient les pourcentages de positivité

• Avec le catalogue analytique : Les tests sont regroupés en groupe de 3, et une valeur (1, 2 ou
4) est indiquée pour chacun. Additionner à l’intérieur de chaque groupe les nombres
correspondants aux tests positifs. On obtient un nombre à 7 chiffres qui sert de code
d’identification

• Avec un logiciel d’identification, mettre en évidence le nom du germe en cause.

19
 CHAPITRE 2 :
MATERIEL ET METHODES

2.1.Cadre
2.1.1. Cadre institutionnel

Notre formation s’est déroulée à l’Ecole Polytechnique d’Abomey-Calavi (EPAC). Cette

institution universitaire publique comprend un secteur industriel et un secteur biologique au
sein duquel se trouve le département de Génie de biologie humaine (GBH) dans lequel nous
avons étudié durant trois ans.

2.1.2. Cadre technique

L’Hôpital de zone de Mènontin est un centre destiné à l’accueil, au diagnostic, au

traitement et au suivi des malades. IL dispose entre autres d’un Bureau des Entrées, d’un Service
de Protection Maternelle et Infantile, de cinq Bureaux de Consultations Générales Adultes et
Enfants, d’une Maternité et d’un Service de Chirurgie Générale doté d’un Bloc Opératoire.

Un Service de Réanimation Médicale et Chirurgicale, une Unité d’Endoscopie

Digestive, une Unité de Soins Externes, un Service de Médecine, un Service de Pédiatrie, un
Cabinet Dentaire, un Service d’Imagerie Médicale, une Pharmacie et des Unités de
Consultations Spécialisées viennent compléter l’offre technique de cet hôpital. Il faut également
souligner l’existence d’un Service de Kinésithérapie et de Rééducation Fonctionnelle, d’un
Service des Affaires Administratives et Financières et enfin d’un Laboratoire d’Analyses
Biomédicales au sein duquel s’est déroulée la présente étude.

2.1.2.1.Présentation du laboratoire

Le laboratoire d’analyses biomédicales de l’hôpital de zone de Mènontin est situé à

l’étage du bâtiment principal et à l’extrême Est. Il dispose d’un hall d’accueil, d’une salle de
prélèvement, d’un bureau pour la gestion administrative.

20
 Il dispose également d’une salle de garde, d’une salle multidisciplinaire pour la
réalisation des analyses sanguines biologiques comme celles de la biochimie, de
l’immunologie, de l’hématologie, de l’hémostase, de l’endocrinologie et de l’immuno-
parasitologie et une banque de sang.

Une salle de microbiologie dans laquelle se déroulent les examens de bactériologie, de

parasitologie et de mycologie renforcent l’étendue des prestations offertes par ce laboratoire
aux populations.

Le laboratoire dispose de plusieurs grands automates. L’automate d’immunochimie

Mini VIDAS® est utilisé pour le diagnostic de la toxoplasmose, la rubéole et le dosage de
l’antigène spécifique prostatique. L’automate d’hématologie Sysmex XS 500i® sert à la
réalisation de l’hémogramme complète et l’analyseur d’ions Easylyte Plus permet d’établir
l’ionogramme. Les paramètres biochimiques et l’hémoglobine glyquée sont dosés
respectivement grâce à l’automate de biochimie BS200 Mindray et au néphélomètre Nephstar.
Un appareil d’électrophorèse permettant la détermination de l’électrophorèse de l’hémoglobine.

Le réfrigérateur sert à conserver les divers réactifs de travail et les échantillons. Le

laboratoire dispose également d’une hotte à flux laminaire, d’un stérilisateur, d’un autoclave et
d’une étuve bactériologique.

2.2.Matériel

Le matériel était constitué de :

2.2.1. Matériel biologique

Le matériel biologique était constitué des prélèvements cervico-vaginaux, des

prélèvements d’urines, de spermes, des pus.

2.2.2. Milieux de culture

Pour la culture et l’identification des bactéries, les milieux de culture utilisés étaient : les
géloses cled, chapman, D-cocosel, sabouraud, EMB ; les géloses chocolat et celles au sang frais
de mouton.

21
2.2.3. Réactifs

Les réactifs utilisés étaient les colorants (le violet de gentiane, le lugol, l’alcool, la fuchsine)
pour le Gram contrôle, les réactifs de lecture de la galerie API20E pour l’identification de la
bactérie en cause.

2.2.4. Equipements et consommables

Des équipements à savoir des réfrigérateurs, des becs Bunsen, des microscopes, une étuve
à 37°C et des portoirs ont servi à réaliser l’étude. Les consommables utilisés étaient : les
bouteilles de gaz, les marqueurs, les lames et lamelles, les boîtes de Pétri, les ensemenceurs
stériles à usage unique, des pipettes Pasteur, de l’eau distillée, des galeries API20E.

2.3.Méthodes

Cette étude a été faite sur 50 échantillons constitués d’urines, de spermes, de pus, et
de prélèvements cervico-vaginaux.
Les manipulations s’étaient déroulées en plusieurs étapes en 3 jours par échantillon
selon l’ordre d’arrivée des patients;
 Première journée : elle a été consacrée à l’ensemencement des échantillons acquis sur les
milieux usuels de culture.
 Deuxième journée: les géloses EMB ensemencés la veille, sur lesquelles les germes se sont
développés, ont été récupéré, puis un gram contrôle a été réalisé sur les colonies isolées
pour confirmer qu’il s’agit de bacilles gram négatif. La description des colonies a été
ensuite réalisée à partir de celles isolées présentent sur la gélose. Il a ensuite été réalisé deux
identifications ; l’une à partir de l’aspect des colonies et l’autre à partir des galeries API20E.
La galerie réalisée a été mise à l’étuve pendant 18 à 24h.
 Troisième journée : Les galeries ensemencées la veille ont été lues et les résultats obtenus
notés.

22
Tableau II : Récapitulatif du processus de manipulations

Jour 1 Acquisition des échantillons et ensemencements des milieux usuels

de culture.

Jour 2 Description des colonies obtenues sur gélose EMB puis

identification des bactéries à partir de leur aspect.
Réalisation de la galerie à partir d'une colonie bien isolée et mise à
l'étuve pendant 18 à 24H.

Lecture des galeries ensemencées la veille et rédaction des résultats

Jour 3 obtenus.

23
 CHAPITRE 3 :
RESULTATS ET COMMENTAIRE

3.1. Résultats
Cette étude a porté sur 50 échantillons constitués de prélèvements d’urines, de pus, de
spermes, de prélèvement cervico vaginaux.

Les résultats obtenus sont récapitulés dans les tableaux ci-dessous :

Tableau III : Résultats de l’identification des bactéries à partir de l’aspect de leur colonie sur
gélose EMB

Aspect des colonies Nom attribué Fréquence

d’identification

Colonies rosées, en œil de Klebsiella spp 30

poisson ou en dos de

scarabée

Colonies mordorées à Escherichia coli 20

reflet métallique en dos de

scarabée

Ce tableau montre qu’en se basant sur l’aspect des colonies obtenues sur gélose EMB, on a pu
seulement identifier 2 types de germes que sont Klebsiella spp, Escherichia coli, à partir des
échantillons d’urines, de spermes, de prélèvements cervico-vaginaux, et de pus.

24
Tableau IV: Fréquence d’identification des entérobactéries avec la galerie API20E

Entérobactéries Nombre

Klebsiella spp 09

Enterobacter cloacae 05

Escherichia coli 13

Providencia spp 02

Proteus spp 14

Shigella 03

Serratia spp 01

Citrobacter freundii 01

Enterobacter spp 01

Acinetobacter spp 01

Ce tableau montre qu’avec la galerie API20E on a identifié une variété de bactéries soit 13
différents types au sein des 50 échantillons.

Etude comparative des résultats obtenus avant et après usage des galeries API

FIGURE 1 : Etude comparative des résultats obtenus avant et après usage de la galerie API20E.

25
 Ce graphe nous montre la nette différence entre les deux identifications, l’identification
sans galerie a permis d’identifier 30 fois Klebsiella spp tandis qu’avec la galerie API20E 9 ont
été mis en évidence. E.coli a été identifié 20 fois sans la galerie et 13 fois avec. E.cloacae,
Providencia spp, Proteus spp n’ont pas été identifiés sans galerie API20E mais respectivement
5, 2, 14 fois avec usage de ces galeries. Aucun Serratia spp, C.freundii, Enterobacter spp,
Acinetobacter spp n’a été identifié sans les galeries API20E mais chacune de ces bactéries ont
été identifiées une fois avec ces galeries.

Ce graphe révèle que le nombre de bactéries identifiées Klebsiella spp, Escherichia coli,
avant la galerie sont très élevés par rapport aux nombre qui s’avère être réellement ces bactéries
après réalisation de la galerie. Les risques d’erreurs lors de l’identification de ces bactéries sont
respectivement de 76,92%, 35%.

Aussi de nombreuses bactéries telles que Enterobacter cloacae, Proteus spp,

Providencia spp, Serratia spp, Citrobacter freundii, Enterobacter spp, Acinetobacter spp n’ont
pas pu être identifiées à partir de l’aspect des colonies.

3.2. Commentaire
L’identification bactérienne nécessite l’isolement de la bactérie sous forme d’une
colonie. L’analyse phénotypique est réalisée à travers l’étude de la forme et la couleur des
colonies puis les propriétés métaboliques et enzymatiques (GLASER, 2005).

Cette étude a évalué le risque d’erreur lors de l’identification bactérienne sans la

réalisation des propriétés biochimiques et métaboliques des bactéries.

De façon usuelle, les colonies bactériennes roses, mielleuses, en œil de poisson ou dos
de scarabée sont systématiquement identifiées comme étant des colonies de Klebsiella spp
tandis que les petites colonies verdâtres, mordorées à reflet métallique présentant la classique
caractéristique en dos de scarabée souvent comme Escherichia coli. Ces suppositions, pourtant
erronées ont été confirmées par la première partie de l’étude et infirmées par

Les résultats obtenus confirment ceux de JESUMIRHEWE et al (2016) qui ont isolé 147 germes.
Parmi les 147 isolats, MALDI-TOF MS a identifié 35 isolats comme Klebsiella pneumoniae. Aucun
isolat n’a été identifié comme K.pneumoniae par les méthodes d’identification habituelles. MALDI-
TOF MS a identifié 71 isolats comme E. coli, tandis que les méthodes conventionnelles ont détecté 49
(69.0%) de ceux-ci comme E. coli. Quatre isolats ont été identifiés comme Citrobacter freundii par
MALDI-TOF MS et aucun par les méthodes conventionnelles. Douze isolats identifiés comme des

26
espèces de Escherichia coli par les méthodes habituelles, ont été identifié comme K.pneumoniae (n=4),
C.freundii (n=3), E.cloacae (n=2), S.marcescens (n=2), L.adecarboxylata (n=1) par le MALDI-TOF
MS. Trente cinq isolats identifiés comme Klebsiella spp par les méthodes conventionnelles ont été
identifiés comme étant K.pneumoniae, E.coli, S.marcescens, C,freundii, E.asburiae ou E.cloacae par
MALDI-TOF MS. Il y a donc un problème assez important de concordance entre les résultats obtenus
par les méthodes usuelles utilisées dans les laboratoires d’analyse biomédicales du Nigéria et ceux
obtenues à l’aide du MALDI-TOF MS. Cette étude a également souligné le fait que les matériaux pour
les méthodes conventionnelles sont plus faciles d’accès du point de vue du prix par rapport aux
matériaux pour les méthodes fiables.
Après l’étude comparative des résultats avant et après usage des galeries lors de l’étude
rétrospective, il a été évalué que le taux d’erreur lors de l’identification de klebsiella
pneumoniae est de 69%, celui lors de l’identification de Escherichia coli est de 35% et 100%
pour celui de Pseudomonas aeruginosa lors d’une identification sans caractères biochimiques
pris en compte.

La présente étude a confirmé qu’on ne peut pas se baser sur l’aspect des colonies
bactériennes pour les identifier. En effet une bactérie peut donner différents aspects selon la
souche, le milieu et sa concentration en éléments nutritifs et chimiques.

Il est donc primordial de réaliser les examens biochimiques lors de l’identification

bactériologique des entérobactéries. La galerie API20E permet une excellente identification des
entérobactéries selon NUCERA (2006).

27
 CONCLUSION

L’identification bactérienne est essentielle dans le processus d’un examen

bactériologique en donnant aux cliniciens des informations importantes sur la gravité, l’origine
ou le traitement d’une infection. Pour cela, elle doit être à la fois fiable et rapide (RIEGEL et
al, 2016). Cette identification basée sur l’aspect des colonies sans prendre en compte les
propriétés métaboliques et biochimiques est à la base de nombreuses erreurs. L’usage des
galeries d’identification notamment la galerie API20E malgré son coût élevé permet une bonne
identification. La réalisation des tests biochimiques dans le processus de l’identification
bactérienne s’avère d’une importance capitale si on veut éviter les erreurs.

28
 Références bibliographie

APATA A ATTIEN P TRAORE G SINA H BABA-MOUSSA L NEVREY R Antimicrobial

resistance of potenswstial pathogenic strains isolated from eggs produced by informal farms
and sold, 2016 in Abidjan, Ivory coaast in African journal of microbiology research
Vol10(16) pp 542-551

BAKHOUM I. Contrôle de qualité et validation de différentes micro-méthodes

d’identification bactérienne. Thèse Pharm. Dakar, UACD 2004. n° 8.

BARTHELEMY.S, BUXERAUD.J La vaccination, une démarche de santé publique in

actualités pharmaceutiques,vol, n 498 (septembre 2010) 2016-elsevier.

Biomérieux SA, API20E : Système d'identification des Enterobacteriaceae et autres bacilles

à Gram négatif non fastidieux, 2010, France.

DRAME B. Microméthode d’identification et d’étude de la sensibilité des entérobactéries :

Intérêts thérapeutiques. Thèse Pharm., Dakar, 2001; n° 86.
GLASER P : les puces à ADN vont-elles révolutionner l’identification des bactéries ?
Revue : M/S médecine sciences, volume 21, numéro5, mai 2005, p539-544 URI
http://id.érudit.org/idérudit/010966ar.

HAYETTE M P, HUYNEN P, MEEX C, Travaux pratiques de microbiologie générale,

université de liège 2010.
JESUMIRHEWE.C, OLADEJOOGUNLOWO.P, OLLEY.M, SPRINGER.B,
ALLERBERGER.F AND RUPPITSCH.W in Accuracy of conventional identification methods
used for Enterobacteriaceae isolates in three Nigerian hospitals Published, 28September2016

KEVILLE.M W, DOERN G V, Evaluation of the DMS Rapid E system for identification of

clinical isolates of the family Enterobacteriaceae, 2016, Journal of microbiology

LEMINOR L, VERON N. Bactériologie Médicale Flam Med. Science, 1989, Paris, : 333-
318 ; 773-823.
MEZIANI M Contribution du diagnostic biochimique bactérien dans l’établissement des
parentés phylogénétiques : Cas des Entérobactéries et Pseudomonas, 2012, Université
Mentouri-Constantine, Faculté des Sciences de la Nature et de la Vie.
29
 MURRAY P.R., BARON E.J, PFATTER M.A, TENOVEN F.C. AND. YOLKEN R.H:
Farmer Enterobacteriaceae: Introduction and identification In: Manual of clinical
Microbiology, (eds) 7th ed. American Society for Microbiology, Washington DC, 1999 : 442-
458.
NIANDOU M T : Sensibilité et évolution de la résistance des entérobactéries aux
antibiotiques, 2005, Université de BAMAKO, faculté de médecine, de pharmacie et
d’odontostomatologie, thèse, 158p.

NUCERA M.D, MADDOX C.W, HOIEN-DALRN P ET WEIGEL R.M: Comparaison des

API20E et InvA PCR pour l’identification de Salmonella enterica isolé des unités de production
porcine, 2006.

RIEGEL. P, DE BRIEL. D, DAUWALDIER. O : Revue francophone des laboratoires :

automatisation de l’identification bactérienne, mai 2016, vol.2016 (482) 39-47.

ZAHAR J, Epidémiologie et conséquences des infections nosocomiales : impact et

conséquences de la résistance bactérienne en réanimation, dans l'école doctorale ingénierie de
la santé, la cognition et l’environnement, Université de Grenoble Spécialité : Modèles,
méthodes et algorithmes en biologie 2012, thèse, 123p.

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