Vous êtes sur la page 1sur 65

Diseo de un modelo dinmico de la expresin de un n a o gen en una cepa de macrfagos o

Modelamiento y Control de Sistemas Biolgicos o Nathalie Andrea Barbosa Director: Ing. Hernando D Morales az
Universidad Nacional de Colombia

26 de febrero de 2011

Ing. N. Barbosa (U. Nacional)

Modelo del nivel de expresin de un gen o

26 de febrero de 2011

1/1

Orden de la Presentacin o

Por qu? e
Dosificacin de Tetraciclina
TRI TET TR mRNA GFP

Nivel de
.

GFP

Cmo? o
Molculas/clula
4 3 2 1 0 0 50 100 150 200 250 300 350 x 10
4

(a) Produccin de proteina verde fluorescente

Molculas/clula

(b) Seal de Control


10000

5000

50

100

150

200

250

300

350

Tiempo (horas)

Resultados
Ing. N. Barbosa (U. Nacional) Modelo del nivel de expresin de un gen o 26 de febrero de 2011

.
2/1

La Leishmaniasis afecta a 12 millones de personas en 88 pa del mundo ses

Figura: Parsito de Leishmania invadiendo un macrfago a o

Tomado de Research Unit for Tropical Diseases, de Duve Institute http://www.icp.ucl.ac.be/trop/about/subject2.htm Ing. N. Barbosa (U. Nacional) Modelo del nivel de expresin de un gen o 26 de febrero de 2011 3/1

La Leishmaniasis afecta a 12 millones de personas en 88 pa del mundo ses


No se comprenden por completo los procesos necesarios para la infeccin y o supervivencia del parsito a

Figura: Parsito de Leishmania invadiendo un macrfago a o

Tomado de Research Unit for Tropical Diseases, de Duve Institute http://www.icp.ucl.ac.be/trop/about/subject2.htm Ing. N. Barbosa (U. Nacional) Modelo del nivel de expresin de un gen o 26 de febrero de 2011 3/1

La Leishmaniasis afecta a 12 millones de personas en 88 pa del mundo ses


De no ser tratada oportunamente, esta enfermedad puede ocasionar la muerte

Figura: Parsito de Leishmania invadiendo un macrfago a o

Tomado de Research Unit for Tropical Diseases, de Duve Institute http://www.icp.ucl.ac.be/trop/about/subject2.htm Ing. N. Barbosa (U. Nacional) Modelo del nivel de expresin de un gen o 26 de febrero de 2011 3/1

La leishmaniasis es una enfermedad transmitida por vector


El insecto hembra pica al humano
Inyecta promastigotes en la piel

Los promastigotes son fagocitados Los promastigotes se tranforman en amastigotes en el macrfago

Se dividen en el intestino y migran hacia la proboscis

Mosquito
Los amastigotes se transforman en promastigotes en el intestino medio

Humano

Ingestin de clulas infectadas El insecto toma sangre infectada


Ingiere fagocitos infectados con amastigotes

Los amastigotes se multiplican dentro de clulas de varios tejidos

Figura: Ciclo de Vida del parsito Leishmania a

Ing. N. Barbosa (U. Nacional)

Modelo del nivel de expresin de un gen o

26 de febrero de 2011

4/1

El parsito utiliza las clulas del cuerpo humano para a e reproducirse

Experimentos reportados sugieren que la expresin gnica var entre o e a un macrofgo infectado y uno de control. a Si se logra reducir el nivel de produccin de las prote o nas, se podr a evaluar cuales son determinantes en el proceso de infeccin o
Ing. N. Barbosa (U. Nacional) Modelo del nivel de expresin de un gen o 26 de febrero de 2011 5/1

En la transcripcin la informacin contenida en el ADN es o o interpretada por la polimerasa

Polimerasa
C T G A A T C G G C A C T T G A U G C T A

Cadena Activa Hebra Patrn


A U C G G C T A T T A C G G T G C A C T G A T

ARN

ADN

A C G A T T G C

Cadena Inactiva

Figura: Proceso de Transcripcin del ADN o

Ing. N. Barbosa (U. Nacional)

Modelo del nivel de expresin de un gen o

26 de febrero de 2011

6/1

En la traduccin los ribosomas traducen el mensaje del o ARNm y lo convierten en prote nas

Protena
Aminocido

ARNm

Ribosoma
Figura: Proceso de Traduccin del ARN o

Ing. N. Barbosa (U. Nacional)

Modelo del nivel de expresin de un gen o

26 de febrero de 2011

7/1

Cmo se afecta el proceso de transcripcin? o o


Polimerasa mRNA

Transcripcin en o condiciones regulares

Promotor

Gen

Transcripcin

Figura: Proceso de Transcripcin del ADN o

Ing. N. Barbosa (U. Nacional)

Modelo del nivel de expresin de un gen o

26 de febrero de 2011

8/1

Cmo se afecta el proceso de transcripcin? o o


Polimerasa mRNA

Transcripcin en o condiciones regulares

Promotor

Gen

Transcripcin

Activador

Transcripcin en o presencia de un activador


Transcripcin

Promotor

Gen

Figura: Proceso de Transcripcin del ADN o


Ing. N. Barbosa (U. Nacional) Modelo del nivel de expresin de un gen o 26 de febrero de 2011 8/1

Cmo se afecta el proceso de transcripcin? o o


Polimerasa mRNA

Transcripcin en o condiciones regulares

Promotor

Gen

Transcripcin

Activador

Promotor

Gen

Transcripcin

Transcripcin en o presencia de un activador

Represor

Promotor

Gen

No hay Transcripcin

Transcripcin en o presencia de un represor

Figura: Proceso de Transcripcin del ADN o


Ing. N. Barbosa (U. Nacional) Modelo del nivel de expresin de un gen o 26 de febrero de 2011 8/1

Se model el efecto de la tetraciclina en la expresin del o o gen


Tetraciclina

Tet

Ing. N. Barbosa (U. Nacional)

Modelo del nivel de expresin de un gen o

26 de febrero de 2011

9/1

Se model el efecto de la tetraciclina en la expresin del o o gen


Tetraciclina

Tet
Represor de tetraciclina

TR

Ing. N. Barbosa (U. Nacional)

Modelo del nivel de expresin de un gen o

26 de febrero de 2011

9/1

Se model el efecto de la tetraciclina en la expresin del o o gen


Tetraciclina

Tet
Represor de tetraciclina

TR
ARN mensajero que codica para la GFP
ARNm

Ing. N. Barbosa (U. Nacional)

Modelo del nivel de expresin de un gen o

26 de febrero de 2011

9/1

Se model el efecto de la tetraciclina en la expresin del o o gen


Tetraciclina

Tet
Represor de tetraciclina

TR
ARN mensajero que codica para la GFP
ARNm

Prote verde na uorescente (GFP)


Aminocido

Ing. N. Barbosa (U. Nacional)

Modelo del nivel de expresin de un gen o

26 de febrero de 2011

9/1

Se model el efecto de la tetraciclina en la expresin del o o gen


tetraciclina

TR

Promotor

GFP

Figura: Modelo utilizado de Represin de GFP o

Ing. N. Barbosa (U. Nacional)

Modelo del nivel de expresin de un gen o

26 de febrero de 2011

10 / 1

Se model el efecto de la tetraciclina en la expresin del o o gen


tetraciclina

TR

Promotor

GFP

Figura: Modelo utilizado de Represin de GFP o

Ing. N. Barbosa (U. Nacional)

Modelo del nivel de expresin de un gen o

26 de febrero de 2011

10 / 1

Consideramos las interacciones de cinco poblaciones

Dosificacin de Tetraciclina

TET

PROCESO
TRI

TR

mRNA

GFP

Nivel de
.

GFP

Figura: Esquema de bloques del proceso

Ing. N. Barbosa (U. Nacional)

Modelo del nivel de expresin de un gen o

26 de febrero de 2011

11 / 1

Consideramos las interacciones de cinco poblaciones

Dosificacin de Tetraciclina

TET

mRNA

GFP

Nivel de
.

GFP

Figura: Esquema de bloques del proceso

Ing. N. Barbosa (U. Nacional)

Modelo del nivel de expresin de un gen o

26 de febrero de 2011

11 / 1

Consideramos las interacciones de cinco poblaciones

Dosificacin de Tetraciclina

TET

TR

GFP

Nivel de
.

GFP
TRI

Figura: Esquema de bloques del proceso

Ing. N. Barbosa (U. Nacional)

Modelo del nivel de expresin de un gen o

26 de febrero de 2011

11 / 1

Consideramos las interacciones de cinco poblaciones

Dosificacin de Tetraciclina

TET

TR

mRNA

Nivel de
.

GFP
TRI

Figura: Esquema de bloques del proceso

Ing. N. Barbosa (U. Nacional)

Modelo del nivel de expresin de un gen o

26 de febrero de 2011

11 / 1

Consideramos las interacciones de cinco poblaciones

Dosificacin de Tetraciclina

TET

TR

mRNA

GFP

Nivel de
.

GFP
TRI

Figura: Esquema de bloques del proceso

Ing. N. Barbosa (U. Nacional)

Modelo del nivel de expresin de un gen o

26 de febrero de 2011

11 / 1

Se modelaron matemticamente las interacciones a

dmRNAGFP dt dGFP dt dtetR dt dtetRi dt dtet dt

= 1 mRNA +

1 1+
tetR n K

= 2 GFP + mRNAGFP = 3 tetR tetR tet + tetRi + mRNAtetR = 3 tetRi + tetR tet tetRi = tet tet tetR tet + tetRi + 3 tetRi

Ing. N. Barbosa (U. Nacional)

Modelo del nivel de expresin de un gen o

26 de febrero de 2011

12 / 1

Debido a que la poblacin del represor es cerrada se puede o reducir el tamao del modelo n
Redeniendo la poblacin de Represor Inactivo o tetRi = tetRSS tetR

dmRNAGFP dt dGFP dt dtetR dt dtet dt

= 1 mRNA +

1 1+
tetR n K

= 2 GFP + mRNAGFP = 3 tetR tetR tet + (tetRSS tetR) + mRNAtetR = tet tet tetR tet + (3 + ) (tetRSS tetR)
Modelo del nivel de expresin de un gen o 26 de febrero de 2011 13 / 1

Ing. N. Barbosa (U. Nacional)

En presencia de tetraciclina se produce la GFP


(a) Concentracin de Represor

Molec/cel

3000 2000 1000 0 0 50 100


GFP

150

(b) Concentracin de ARNm

Molec/cel

0.04 0.02 0 210 0 50 100 150

(c) Concentracin de GFP

Molec/cel

140 70 0 0 50 100 150

(d) Concentracin de Tetraciclina

3000

Molec/cel

2000 1000 0

50

Tiempo (horas)

100

150

Figura: Respuesta del modelo al utilizar los parmetros reportados en literatura a especializada.
Ing. N. Barbosa (U. Nacional) Modelo del nivel de expresin de un gen o 26 de febrero de 2011 14 / 1

Se pueden determinar experimentalmente algunos parmetros a


8 x 10
6

(a) Tet

Molculas

6 4 2 0 0 x 10
4

50

100

150

200

250

300

350

(b) GFP

Molculas

3 2 1 0 0 50 100 150 200 250 300 350

Tiempo ( Horas )

Figura: Trayectoria del modelo asociada a la produccin de GFP o


Ing. N. Barbosa (U. Nacional) Modelo del nivel de expresin de un gen o 26 de febrero de 2011 15 / 1

es el parmetro que ms afecta la respuesta del modelo a a

x 10 15

13

Sensibilidad

10 5 0 tr mgfp delta3

Salidas

gfp tet zeta v n

alfa etamrna delta1 beta1 delta2 gama deltatet Parmetros

Figura: Grca de sensibilidad de los parmetros respecto a las salidas para la a a trayectoria asociada a la produccin o

Ing. N. Barbosa (U. Nacional)

Modelo del nivel de expresin de un gen o

26 de febrero de 2011

16 / 1

Adems de , tet es el parmetro que ms afecta la a a a respuesta del modelo

x 10 2

13

Sensibilidad

1.5 1 0.5 v 0 tr mgfp gfp tet gama delta2 beta1 delta1 etamrna delta3 Parmetros n k deltatet zeta

Salidas

Figura: Grca de sensibilidad de los parmetros respecto a las salidas para la a a trayectoria asociada a la produccin o
Ing. N. Barbosa (U. Nacional) Modelo del nivel de expresin de un gen o 26 de febrero de 2011 17 / 1

Se analiz tambin la trayectoria asociada al cese de o e produccin o


8 x 10
6

(a) Tet

Molculas

6 4 2 0 0 x 10
4

50

100

150

200

250

300

350

(b) GFP

Molculas

3 2 1 0 0 50 100 150 200 250 300 350

Tiempo ( Horas )

Figura: Trayectoria del modelo asociada al cese de Produccin de GFP o


Ing. N. Barbosa (U. Nacional) Modelo del nivel de expresin de un gen o 26 de febrero de 2011 18 / 1

es el parmetro que ms afecta la respuesta del modelo a a

x 10

12

Sensibilidad

6 4 2 0 tr mgfp gfp alfa etamrna delta1 beta1 delta2 gama deltatet delta3

Salidas

tet zeta

Parmetros

Figura: Grca de sensibilidad de los parmetros respecto a las salidas para la a a trayectoria asociada al cese de produccin o

Ing. N. Barbosa (U. Nacional)

Modelo del nivel de expresin de un gen o

26 de febrero de 2011

19 / 1

Adems de , tet es el parmetro que ms afecta la a a a respuesta del modelo

x 10 8

11

Sensibilidad

6 4 2 0 tr mgfp k deltatet gama delta2 beta1 delta1 etamrna delta3 n v zeta

gfp

tet

Salidas

Parmetros

Figura: Grca de sensibilidad de los parmetros respecto a las salidas para la a a trayectoria asociada al cese de produccin o
Ing. N. Barbosa (U. Nacional) Modelo del nivel de expresin de un gen o 26 de febrero de 2011 20 / 1

Se implementaron estrategias de control clsicas y no a lineales

Nivel Deseado

CONTROL

Dosificacin de Tetraciclina

PROCESO
Nivel de
.

GFP

Ing. N. Barbosa (U. Nacional)

Modelo del nivel de expresin de un gen o

26 de febrero de 2011

21 / 1

Se implementaron estrategias de control clsicas y no a lineales

Nivel Deseado

CONTROL

Dosificacin de Tetraciclina

PROCESO
Nivel de
.

GFP

Se consider un controlador tipo PID o

Ing. N. Barbosa (U. Nacional)

Modelo del nivel de expresin de un gen o

26 de febrero de 2011

21 / 1

Se implementaron estrategias de control clsicas y no a lineales

Nivel Deseado

CONTROL

Dosificacin de Tetraciclina

PROCESO
Nivel de
.

GFP

Se consider un controlador tipo PID o Se consider un controlador por linealizacin entrada - estado o o

Ing. N. Barbosa (U. Nacional)

Modelo del nivel de expresin de un gen o

26 de febrero de 2011

21 / 1

Para poder implementar el control en el laboratorio se tuvieron en cuenta algunas restricciones

max

Dosificacin

tesp

min

Tiempo

Ing. N. Barbosa (U. Nacional)

Modelo del nivel de expresin de un gen o

26 de febrero de 2011

22 / 1

La sintonizacin por el mtodo Ziegler-Nichols fue la que o e present mejores resultados para el control PID o
x 10
4

4 3.5

4 3.5

x 10

Protena producida

3 2.5 2 1.5 1 0.5 0

Protena producida
0 50 100 150 200 250 300 350

3 2.5 2 1.5 1 0.5 0

50

100

150

200

250

300

350

Tiempo (horas)

Tiempo (horas)

Figura: IAE (Azul) ISE (Magenta)

Figura: ITAE (Azul) Z-N (Magenta)

Seal de referencia (rojo) y produccin lograda de GFP (azul) n o

Ing. N. Barbosa (U. Nacional)

Modelo del nivel de expresin de un gen o

26 de febrero de 2011

23 / 1

Se evalu el efecto de aumentar la dosis mxima permitida o a


4.5 4 3.5 x 10
4

ZN

Proteina producida

3 2.5 2 1.5 1 0.5 0

50

100

150

200

250

300

350

Tiempo (horas)

Figura: Seal de referencia (rojo), produccin lograda de GFP con = 10000 n o (Azul), con = 20000 (Verde) y con = 40000 (Magenta)
Ing. N. Barbosa (U. Nacional) Modelo del nivel de expresin de un gen o 26 de febrero de 2011 24 / 1

Discretizar la seal de control afecta el controlador tipo n PID


4 x 10
4

x 10

Protena producida

Protena producida
0 50 100 150 200 250 300 350

4 3 2 1 0

50

100

150

200

250

300

350

Dosificacin

10000

Dosificacin
0 50 100 150 200 250 300 350

10000

5000

5000

0 0 50 100 150 200 250 300 350

Tiempo (horas)

Tiempo (horas)

Seal de control limitada entre 1 y 0 n

Seal de Control restringida a valores de 1 o 0 n

Seal de referencia (rojo) y produccin lograda de GFP (azul) para el control PID Z-N n o

Ing. N. Barbosa (U. Nacional)

Modelo del nivel de expresin de un gen o

26 de febrero de 2011

25 / 1

Se evalu el efecto de espaciar las dosicaciones o temporalmente


4.5 4 3.5 3 2.5 2 1.5 1 0.5 0 x 10
4

Protena producida

50

100

150

200

250

300

350

Tiempo (horas)

Figura: Seal de referencia (rojo), produccin lograda de GFP con la seal n o n discretizada (Azul), con tesp = 20 min (Verde) y con tesp = 40 min (Magenta)
Ing. N. Barbosa (U. Nacional) Modelo del nivel de expresin de un gen o 26 de febrero de 2011 26 / 1

Se encontr una transformacin que permite que la o o dinmica de lazo cerrado sea lineal a
Modelo en las nuevas coordenadas
z1 z2 z3 z4 y = = = = = z2 z3 z4 k1 z1 + k2 z2 + k3 z3 + k4 z4 + vr z1

(1)

Esto se logra con la seal de control no lineal: n u = (x) + (x) (k1 z1 + k2 z2 + k3 z3 + k4 z4 + vr )

Ing. N. Barbosa (U. Nacional)

Modelo del nivel de expresin de un gen o

26 de febrero de 2011

27 / 1

El control por linealizacin y ubicacin de polos present el o o o menor error en estado estacionario
x 10
4

Ubicacin de Polos
4 3.5

4 3.5

x 10

LQR

Proteina producida

2.5 2 1.5 1 0.5 0

Proteina producida
0 50 100 150 200 250 300 350

3 2.5 2 1.5 1 0.5 0

50

100

150

200

250

300

350

Tiempo (horas)

Tiempo (horas)

Seal de referencia (rojo) y produccin lograda de GFP (azul) n o

Ing. N. Barbosa (U. Nacional)

Modelo del nivel de expresin de un gen o

26 de febrero de 2011

28 / 1

Se evalu el efecto de aumentar la dosis mxima permitida o a


4.5 4 3.5 3 2.5 2 1.5 1 0.5 0 x 10
4

Proteina producida

50

100

150

200

250

300

350

Tiempo (horas)

Figura: Seal de referencia (rojo), produccin lograda de GFP con = 10000 n o (Azul), con = 20000 (Verde) y con = 40000 (Magenta)
Ing. N. Barbosa (U. Nacional) Modelo del nivel de expresin de un gen o 26 de febrero de 2011 29 / 1

El discretizar la seal de control prcticamente no afecta el n a controlador por linealizacin o


4 x 10
4

3.5

Proteina producida

2.5

1.5

0.5

50

100

150

200

250

300

350

Tiempo (horas)

Figura: Seal de referencia (rojo), produccin lograda de GFP cuando la seal de n o n control es continua (Azul) y cuando se discretiza (Verde)

Ing. N. Barbosa (U. Nacional)

Modelo del nivel de expresin de un gen o

26 de febrero de 2011

30 / 1

El discretizar la seal de control prcticamente no afecta el n a controlador por linealizacin o

2.5

1.5 15 20 25 30 35 40 45

Figura: Seal de referencia (rojo), produccin lograda de GFP cuando la seal de n o n control es continua (Azul) y cuando se discretiza (Verde)

Ing. N. Barbosa (U. Nacional)

Modelo del nivel de expresin de un gen o

26 de febrero de 2011

30 / 1

El discretizar la seal de control prcticamente no afecta el n a controlador por linealizacin o


10000 9000 8000

Dosificacin

7000 6000 5000 4000 3000 2000 1000 0 160 160.1 160.2 160.3 160.4 160.5 160.6 160.7 160.8 160.9 161

Tiempo (horas)

Figura: Seal de referencia (rojo), Dosicacin cuando la seal de control es n o n continua (Azul) y cuando se discretiza (Verde)
Ing. N. Barbosa (U. Nacional) Modelo del nivel de expresin de un gen o 26 de febrero de 2011 31 / 1

Se evalu el efecto de espaciar las dosicaciones o temporalmente


4 3.5 3 2.5 2 1.5 1 0.5 0 x 10
4

Proteina producida

50

100

150

200

250

300

Tiempo (horas)

Figura: Seal de referencia (rojo), produccin lograda de GFP con la seal n o n discretizada (Azul), con tesp = 20 min (Verde) y con tesp = 40 min (Magenta)
Ing. N. Barbosa (U. Nacional) Modelo del nivel de expresin de un gen o 26 de febrero de 2011 32 / 1

Se evalu el efecto de espaciar las dosicaciones o temporalmente


4 3.5 3 x 10
4

Dosificacin

2.5 2 1.5 1 0.5 0 200

202

204

206

208

210

Tiempo (horas)

Figura: Seal de referencia (rojo), Dosicacin con la seal discretizada (Azul), n o n con tesp = 20 min (Verde) y con tesp = 40 min (Magenta)
Ing. N. Barbosa (U. Nacional) Modelo del nivel de expresin de un gen o 26 de febrero de 2011 33 / 1

El control por linealizacin presenta una mejor respuesta o

x 10 4

x 10 4

Protena producida

Protena producida

3.5 3 2.5 2 1.5 1 0.5 0 0 50 100 150 200 250 300 350

3.5 3 2.5 2 1.5 1 0.5 0 0 50 100 150 200 250 300 350

Tiempo (horas)

Tiempo (horas)

Seal de referencia (rojo) y produccin lograda de GFP (azul). Respuesta n o con = 40000 y tesp = 40min

Ing. N. Barbosa (U. Nacional)

Modelo del nivel de expresin de un gen o

26 de febrero de 2011

34 / 1

El control por linealizacin presenta una mejor respuesta o

x 10 4

x 10 4

Protena producida

Protena producida

3.5 3 2.5 2 1.5 1 0.5 0 0 50 100 150 200 250 300 350

3.5 3 2.5 2 1.5 1 0.5 0 0 50 100 150 200 250 300 350

Tiempo (horas)

Tiempo (horas)

Seal de referencia (rojo) y produccin lograda de GFP (azul). Respuesta n o con = 40000 y tesp = 40min

Ing. N. Barbosa (U. Nacional)

Modelo del nivel de expresin de un gen o

26 de febrero de 2011

34 / 1

El control por linealizacin presenta una mejor respuesta o

x 10 4

x 10 4

Protena producida

Protena producida

3.5 3 2.5 2 1.5 1 0.5 0 0 50 100 150 200 250 300 350

3.5 3 2.5 2 1.5 1 0.5 0 0 50 100 150 200 250 300 350

Tiempo (horas)

Tiempo (horas)

Seal de referencia (rojo) y produccin lograda de GFP (azul). Respuesta n o con = 40000 y tesp = 40min

Ing. N. Barbosa (U. Nacional)

Modelo del nivel de expresin de un gen o

26 de febrero de 2011

34 / 1

El control por linealizacin presenta una mejor respuesta o

x 10 4

x 10 4

Protena producida

Protena producida

3.5 3 2.5 2 1.5 1 0.5 0 0 50 100 150 200 250 300 350

3.5 3 2.5 2 1.5 1 0.5 0 0 50 100 150 200 250 300 350

Tiempo (horas)

Tiempo (horas)

Seal de referencia (rojo) y produccin lograda de GFP (azul). Respuesta n o con = 40000 y tesp = 40min

Ing. N. Barbosa (U. Nacional)

Modelo del nivel de expresin de un gen o

26 de febrero de 2011

34 / 1

Aportes Originales

Se desarroll un modelo que permite describir la expresin gnica o o e regulada por medio de tetraciclina. Este modelo puede aplicarse a cualquier caso donde se desea regular la expresin de un gen por o medio del mismo agente.

Ing. N. Barbosa (U. Nacional)

Modelo del nivel de expresin de un gen o

26 de febrero de 2011

35 / 1

Aportes Originales

Se desarroll un modelo que permite describir la expresin gnica o o e regulada por medio de tetraciclina. Este modelo puede aplicarse a cualquier caso donde se desea regular la expresin de un gen por o medio del mismo agente. Se desarroll una metodolog que permite lograr diferentes niveles de o a produccin de prote o nas con un bajo error en estado estacionario (menor al 0.01 %) y con sobrepicos menores al 0.1 %.

Ing. N. Barbosa (U. Nacional)

Modelo del nivel de expresin de un gen o

26 de febrero de 2011

35 / 1

Aportes Originales

Se desarroll un modelo que permite describir la expresin gnica o o e regulada por medio de tetraciclina. Este modelo puede aplicarse a cualquier caso donde se desea regular la expresin de un gen por o medio del mismo agente. Se desarroll una metodolog que permite lograr diferentes niveles de o a produccin de prote o nas con un bajo error en estado estacionario (menor al 0.01 %) y con sobrepicos menores al 0.1 %. Se desarroll una herramienta computacional que calcula o automticamente la sensibilidad de la salida de sistemas representados a por medio de ecuaciones diferenciales, con respecto a sus parmetros. a

Ing. N. Barbosa (U. Nacional)

Modelo del nivel de expresin de un gen o

26 de febrero de 2011

35 / 1

Conclusiones
El modelo reproduce el comportamiento esperado para el proceso.

Ing. N. Barbosa (U. Nacional)

Modelo del nivel de expresin de un gen o

26 de febrero de 2011

36 / 1

Conclusiones
El modelo reproduce el comportamiento esperado para el proceso. Se encontr una transformacin que permiti que la dinmica del o o o a sistema en lazo cerrado fuera lineal, usando una ley de realimentacin o no lineal.

Ing. N. Barbosa (U. Nacional)

Modelo del nivel de expresin de un gen o

26 de febrero de 2011

36 / 1

Conclusiones
El modelo reproduce el comportamiento esperado para el proceso. Se encontr una transformacin que permiti que la dinmica del o o o a sistema en lazo cerrado fuera lineal, usando una ley de realimentacin o no lineal. El controlador por linealizacin y realimentacin de estados o o sintonizado por ubicacin de polos result ser la mejor opcin al o o o adicionar restricciones temporales.

Ing. N. Barbosa (U. Nacional)

Modelo del nivel de expresin de un gen o

26 de febrero de 2011

36 / 1

Conclusiones
El modelo reproduce el comportamiento esperado para el proceso. Se encontr una transformacin que permiti que la dinmica del o o o a sistema en lazo cerrado fuera lineal, usando una ley de realimentacin o no lineal. El controlador por linealizacin y realimentacin de estados o o sintonizado por ubicacin de polos result ser la mejor opcin al o o o adicionar restricciones temporales. La ley de control obtenida por medio de la linealizacin exacta o entrada-estado es menos sensible a posibles variaciones en las condiciones de implementacin en laboratorio. o

Ing. N. Barbosa (U. Nacional)

Modelo del nivel de expresin de un gen o

26 de febrero de 2011

36 / 1

Conclusiones
El modelo reproduce el comportamiento esperado para el proceso. Se encontr una transformacin que permiti que la dinmica del o o o a sistema en lazo cerrado fuera lineal, usando una ley de realimentacin o no lineal. El controlador por linealizacin y realimentacin de estados o o sintonizado por ubicacin de polos result ser la mejor opcin al o o o adicionar restricciones temporales. La ley de control obtenida por medio de la linealizacin exacta o entrada-estado es menos sensible a posibles variaciones en las condiciones de implementacin en laboratorio. o Los experimentos del laboratorio deber enfocarse en la medicin de an o la tasa de interaccin entre el represor y la tetraciclina y las tasas o de degradacin de las molculas. o e

Preguntas?
Ing. N. Barbosa (U. Nacional) Modelo del nivel de expresin de un gen o 26 de febrero de 2011 36 / 1

Los trminos y renen las nolinelidades e u


(x) = 1 n K TR
n1

1+

TR K

( TR)

(x)

n K

TR

n1

1+

TR K

( TR)

2 1

TR

n 2

2 3 TR TR Tet + ARNmGFP + TotTR TR n 3 1 + TR (TRk n )2 k

+1 TR (1 n)

(3 TR TR Tet + ARNmGFP + TotTR TR)

n 2 TR 2 (k n ) 1 + TR kn (3 Tet ) n ( + 1) 1 TR n (3 TR TR Tet + ARNmGFP + TotTR TR) n 2 TRk n 1 + TR kn 2

+ ( 1 + 2 ) 1 + 2 +1 TR n
n

1 mARNGFP + 1

1+

TR n kn

2 (2 GFP + mARNGFP )

(Tet Tet TR Tet (3 + ) TR + (3 + ) TotTR )


n 2 n k 1 + TR kn

Ing. N. Barbosa (U. Nacional)

Modelo del nivel de expresin de un gen o

26 de febrero de 2011

37 / 1

Restriccin o 0 u inf = 10000 0 u 1 = 10000 0 u 1 = 20000 0 u 1 = 20000 tesp = 20min 0 u 1 = 40000 tesp = 40min

Z-N 1.00 2.20 2.19 2.23

IAE 14.53 10.10 10.02 10.58 10.62

ITAE 15.04 10.07 10.02 10.61 10.64

ISE 19.56 11.105 1.89 3.12 3.15

Polos 41.02 0.4 0.01

Cuadro: Sobrepico medido en cada una de las estrategias utilizadas, ordenados para las diferentes restricciones analizadas. Los datos se presentan en porcentaje.

Ing. N. Barbosa (U. Nacional)

Modelo del nivel de expresin de un gen o

26 de febrero de 2011

38 / 1

Restriccin o 0 u inf = 10000 0 u 1 = 10000 0 u 1 = 20000 1 = 20000 tesp = 1 = 40000 tesp = 1.79

Z-N

IAE 2.58107 0.18 8.004102 0.90 0.36

ITAE 1.70107 0.18 7.61 102 0.89 3.009102

ISE 1.5915105 11.05 0.2 1.97 2.05

107
0.18 0.19 1.31 1.42

1 1

0u 0u

20min 40min

Cuadro: Errores en estado estacionario medido para cada una de las estrategias utilizadas, organizado para las diferentes restricciones analizadas. El error se presenta en forma porcentual.

Ing. N. Barbosa (U. Nacional)

Modelo del nivel de expresin de un gen o

26 de febrero de 2011

39 / 1

Restriccin o 0 u inf = 10000 0 u 1 = 10000 0 u 1 = 20000 0 u 1 = 20000 tesp = 20min 0 u 1 = 40000 tesp = 40min

Z-N 3690 2578 1002 2656 2656

IAE 3843 2577 1980 10191 8276

ITAE 2862 2579 1989 8245 8817

ISE 4228 3953 1000 2704 3350

Polos 1458 2553 1017 2547 2470

Cuadro: Tiempo de establecimiento medido para cada una de las estrategias utilizadas, organizado para las diferentes restricciones analizadas. El tiempo est medido en minutos. a

Ing. N. Barbosa (U. Nacional)

Modelo del nivel de expresin de un gen o

26 de febrero de 2011

40 / 1

Restriccin o 0 u inf = 10000 0 u 1 = 10000 0 u 1 = 20000 0 u 1 = 20000 tesp = 20min 0 u 1 = 40000 tesp = 40min

Z-N 62.6223 65.7238 61.3844 65.757 65.5723

IAE 62.5898 65.7235 62.2119

ITAE 62.6576 65.7253 62.2404

ISE 62.4837 61.3862 65.7503 65.567

Polos 65.6301 61.2831 65.6564 65.5354

Cuadro: Valor m nimo alcanzado para la funcin objetivo al optimizar para o minimizar el error de seguimiento de referencia. Se muestran los valores hallados para las diferentes restricciones analizadas.

Ing. N. Barbosa (U. Nacional)

Modelo del nivel de expresin de un gen o

26 de febrero de 2011

41 / 1