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Elianne Plourde ISC-2001-6360

FINAL Biochip Relacin entre la biologa y la Informtica


1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. 10. 11. 12. 13. 14. 15. 16. 17. 18. 19. 20. 21. 22. 23. 24. 25. Qu es bioinformtica? El Proyecto Genoma Humano Genmica funcional - La Era Post-Genmica Conceptos Generales Antecedentes Definiciones Desarrollo del BIOCHIP. Sistema integrado de laboratorio. La biotecnologa es la esperanza para una vacuna contra el cncer Mural Aspectos Tecnolgicos Metodologa de Trabajo Tcnicas y Mtodos de Fabricacin Revelado Labchips Bioinformtica Asociada Software Bases de Datos para Biochips Iniciativas de Estandarizacin Aplicaciones Ventajas Limitaciones Aspectos de Mercado Patentes Tendencias y proyecciones

Se debe distinguir entre tres acepciones en las que se unen la biologa y la informtica, pero con objetivos y metodologas bien diferenciadas: Bioinformtica o Biologa Molecular Computacional: investigacin y desarrollo de la infraestructura y sistemas de informacin y comunicaciones que requiere la biologa molecular y la gentica (Redes y bases de datos para el genoma, microarrays, ...). (Informtica aplicada a la biologa molecular y la gentica) Biologa Computacional: computacin que se aplica al entendimiento de cuestiones biolgicas bsicas, no necesariamente en el nivel molecular, mediante la modelizacin y simulacin. (ecosistemas, modelos fisiolgicos). (Informtica y matemticas aplicadas a la biologa) Biocomputacin: desarrollo y utilizacin de sistemas computacionales basados en modelos y materiales biolgicos. (Biochips, biosensores, computacin basada en ADN, redes de neuronas, algoritmos genticos). (Biologa aplicada a la computacin). Bsicamente, los sistemas informticos que se emplean en este campo son: Bases de datos Software para visualizacin Programas para control de reactivos, geles y otros materiales Generacin y ensamblaje de secuencias Programas para anlisis de secuencias Programas para prediccin de estructura de protenas Paquetes de integracin y ensamblaje de mapas genticos Software para clasificacin y comparacin Tcnicas de Inteligencia Artificial Gestin de datos

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Bases de datos locales o accesibles mediante redes de comunicaciones. Literatura mdica y cientfica unida a las secuencias. Distribucin de datos Redes de comunicaciones Aplicaciones Gestin de datos en el laboratorio Automatizacin de experimentos Ensamblaje de secuencias contiguas Prediccin de dominios funcionales en secuencias gnicas Alineacin de secuencias Bsquedas en las bases de datos de estructuras Prediccin de genes Prediccin de la estructura de protenas Evolucin molecular. rboles filogenticos Informacin Cientfica Documentos de difusin y apoyo a la Bioinformtica Qu es bioinformtica? Bioinformtica es una disciplina cientfica emergente que utiliza tecnologa de la informacin para organizar, analizar y distribuir informacin biolgica con la finalidad de responder preguntas complejas en biologa. Bioinformtica es un rea de investigacin multidisciplinaria, la cual puede ser ampliamente definida como la interfase entre dos ciencias: Biologa y Computacin y esta impulsada por la incgnita del genoma humano y la promesa de una nueva era en la cual la investigacin genmica puede ayudar dramticamente a mejorar la condicin y calidad de vida humana. Avances en la deteccin y tratamiento de enfermedades y la produccin de alimentos genticamente modificados son entre otros ejemplos de los beneficios mencionados ms frecuentemente. Involucra la solucin de problemas complejos usando herramientas de sistemas y computacin. Tambin incluye la coleccin, organizacin, almacenamiento y recuperacin de la informacin biolgica que se encuentra en base de datos. Segn la definicin del Centro Nacional para la Informacin Biotecnolgica "National Center for Biotechnology Information" (NCBI por sus siglas en Ingls, 2001): "Bioinformtica es un campo de la ciencia en el cual confluyen varias disciplinas tales como: biologa, computacin y tecnologa de la informacin. El fin ltimo de este campo es facilitar el descubrimiento de nuevas ideas biolgicas as como crear perspectivas globales a partir de las cuales se puedan discernir principios unificadores en biologa. Al comienzo de la "revolucin genmica", el concepto de bioinformtica se refera slo a la creacin y mantenimiento de base de datos donde se almacena informacin biolgica, tales como secuencias de nucletidos y aminocidos. El desarrollo de este tipo de base de datos no solamente significaba el diseo de la misma sino tambin el desarrollo de interfaces complejas donde los investigadores pudieran acceder los datos existentes y suministrar o revisar datos Luego toda esa informacin deba ser combinada para formar una idea lgica de las actividades celulares normales, de tal manera que los investigadores pudieran estudiar cmo estas actividades se vean alteradas en estados de una enfermedad. De all viene el surgimiento del campo de la bioinformtica y ahora el campo ms popular es el anlisis e interpretacin de varios tipos de datos, incluyendo secuencias de nucletidos y aminocidos, dominios de protenas y estructura de protenas. El proceso de analizar e interpretar los datos es conocido como biocomputacin. Dentro de la bioinformtica y la biocomputacin existen otras sub-disciplinas importantes: El desarrollo e implementacin de herramientas que permitan el acceso, uso y manejo de varios tipos de informacin El desarrollo de nuevos algoritmos (frmulas matemticas) y estadsticos con los cuales se pueda relacionar partes de un conjunto enorme de datos, como por ejemplo mtodos para

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localizar un gen dentro de una secuencia, predecir estructura o funcin de protenas y poder agrupar secuencias de protenas en familias relacionadas." La Medicina molecular y la Biotecnologa constituyen dos reas prioritarias cientfico tecnolgicas como desarrollo e Innovacin Tecnolgica. El desarrollo en ambas reas estn estrechamente relacionadas. En ambas reas se pretende potenciar la investigacin genmica y postgenmica as como de la bioinformtica, herramienta imprescindible para el desarrollo de estasDebido al extraordinario avance de la gentica molecular y la genmica, la Medicina Molecular se constituye como arma estratgica del bienestar social del futuro inmediato. Se pretende potenciar la aplicacin de las nuevas tecnologas y de los avances genticos para el beneficio de la salud. Dentro de las actividades financiables, existen acciones estratgicas, de infraestructura, centros de competencia y grandes instalaciones cientficas. En esta rea, la dotacin de infraestructura se plasmar en la creacin y dotacin de unidades de referencia tecnolgica y centros de suministro comn, como Centros de Bioinformtica, que cubran las necesidades de la investigacin en Medicina Molecular. En cuanto a centros de competencia, se crearn centros de investigacin de excelencia en hospitales en los que se acercar la investigacin bsica a la clnica, as como centros distribuidos en red para el apoyo a la secuenciacin, DNA microarrays y DNA chips, bioinformtica, en coordinacin con la red de centros de investigacin genmica y protemica que se proponen en el rea de Biotecnologa. En esta rea la genmica y protemica se fundamenta como accin estratgica o instrumento bsico de focalizacin de las actuaciones futuras. Las tecnologas de la informacin jugarn un papel fundamental en la aplicacin de los desarrollos tecnolgicos en el campo de la gentica a la prctica mdica como refleja la presencia de la Bioinformtica mdica y la Telemedicina dentro de las principales lneas en patologa molecular. La aplicacin de los conocimientos en gentica molecular y las nuevas tecnologas son necesarios para el mantenimiento de la competitividad del sistema sanitario no slo paliativo sino preventivo. La identificacin de las causas moleculares de las enfermedades junto con el desarrollo de la industria biotecnolgica en general y de la farmacutica en particular permitirn el desarrollo de mejores mtodos de diagnstico, la identificacin de dianas teraputicas y desarrollo de frmacos personalizados y una mejor medicina preventiva. El Proyecto Genoma Humano Proyecto Genoma El progresivo desarrollo de mtodos automatizados de preparacin de muestras de DNA, su secuenciacin y posterior lectura ha permitido afrontar, a lo largo de la ultima dcada, diversos proyectos de secuenciacin a gran escala. En 1997 se describa el genoma del primer organismo, el de la levadura, Saccharomyces cerevisiae; dos aos despus fue el del gusano, Caenorhabditis elegans. A mediados del ao 2000 puede ya disponerse de la descripcin del genoma de la mosca del vinagre, Drosophila melanogaster, y a finales del mismo ao se conoce el de una planta, Arabidopsis arrives. El Consorcio Internacional, integrado por 20 grupos de diferentes pases y por otro lado la empresa privada Celera, acaban de hacer pblico, el 12 de febrero del 2001, el mapa provisional del genoma humano (GH) que aporta una extraordinaria informacin acerca de las bases genticas del ser humano. El equipo del Consorcio pblico Internacional dirigido por Eric Lander, del Sanger Centre (Cambridge, Reino Unido) publica la secuencia en la revista Nature y la empresa estadounidense Celera Genomics, dirigida por Craig Venter lo publica en la revista Science. El Consorcio Internacional calcula que el genoma humano contiene 31.780 genes codificadores de protenas, hasta la fecha ha descubierto 22.000. Celera afirma tener indicios de la existencia de 26.000 genes y cree que la cifra total sera de 38.000. De los 300.000 clones de partida fueron vlidos 30.000 clones que representan un total de 3.200 Megabases. Estos resultados alcanzados en octubre del 2000, representan el 90% del genoma y son los que se han publicado. El 10% restante se pretende completar en el ao 2002. La secuencia obtenida es de enorme trascendencia y son muchos y variados los puntos de inters pudiendo destacarse algunos datos:

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El ser humano tiene solo el doble de genes que la mosca del vinagre, un tercio ms que el gusano comn y apenas 5.000 genes ms que la planta Arabidopsis. El ADN humano es al menos en un 98% idntico al de los chimpancs y otros primates. 3200 millones de pares de bases forman genes, repartidos entre los 23 pares de cromosomas. Los cromosomas ms densos (con ms genes codificadores de protenas) son el 17, 19 y el 22. Los cromosomas X, Y, 4, 18 y 123 son los ms ridos. El equipo de Celera Genomics utiliz para secuenciar el genoma humano muestras de ADN de tres mujeres y dos hombres (un afroamericano, un chino, un asitico, un hispanomexicano y un caucasiano). El equipo de Celera utilizo DNA perteneciente a doce personas. Cada persona comparte un 99,99 por ciento del mismo cdigo gentico con el resto de los seres humanos. Slo 1.250 letras separan una persona de otra. Hasta ahora se han encontrado 223 genes humanos que resultan similares a los genes bacterianos. Slo un 5 % del genoma codifica protenas. El 25% del genoma humano est casi desierto, existiendo largos espacios libres entre un gen y otro. Se calcula que existen unas 250-300.000 proteinas distintas. Por tanto cada gen podra estar implicado por trmino medio en la sntesis de unas diez proteinas. Algo ms del 35% del genoma contiene secuencias repetidas. Lo que se conoce como DNA basura. Se han identificado un nmero muy elevado de pequeas variaciones en los genes que se conocen como polimorfismos nucletidos nicos, SNP de su acrnimo ingls. Celera ha encontrado 2,1 millones de SNP en el genoma y el Consorcio 1,4 millones. La mayora de estos polimorfismos no tienen un efecto clnico concreto pero de ellos depende, por ejemplo, el que una persona sea sensible o no a un determinado frmaco y la predisposicin a sufrir una determinada enfermedad. La gran magnitud de la informacin a manejar se incrementa teniendo en cuenta que para llegar a reconocer dnde comienzan y terminan los genes e identificar sus exones, intrones y secuencias reguladoras se requieren comparaciones entre secuencias de diversas especies (Genmica comparativa). El mapa de secuencias generado por el proyecto se utilizar como fuente primaria de informacin para la biologa humana y la medicina. El proyecto pblico liderado por el Gobierno de Estados Unidos y varios europeos introducir toda la informacin en una base de datos de acceso gratuito. Por el contrario, Celera obligar a empresas farmacuticas y a las instituciones acadmicas a firmar un contrato de suscripcin. Como contrapartida Craig Venter ofrece servicios de valor aadido como la posibilidad de comparar la secuencia del genoma humano con la del ratn. Como las diferencias entre ambos son prcticamente mnimas, los cientficos podrn ms fcilmente descubrir las funciones, por ahora desconocidas, de muchos genes humanos, muchos de ellos de inters teraputico. De ah que en Espaa como en el resto de Europa y Estados Unidos, los investigadores han creado consorcios para contratar los servicios de la empresa estadounidense. El aprovechamiento de toda la informacin exigir una importante inversin porque la nueva era de la genmica requiere complejas y costosas herramientas. Ahora que el Genoma se ha descifrado, el gran reto cientfico es conocer como interactan entre s los genes y de que manera las ms sutiles alteraciones de cada una de estas operaciones predisponen a cada individuo a una enfermedad. El entendimiento de cmo las variantes genticas regulan el fenotipo de clulas, tejidos y rganos ocupar la investigacin del siglo XXI. Se calcula que existen unas 8.000 enfermedades hereditarias, pero hoy slo se pueden detectar unas 200 antes del nacimiento y existen test genticos por otros pocos centenares. Los cientficos, que hoy conocen la funcin de unos 10.000 genes, deberan ir hallando las complicadas relaciones entre gentica y enfermedad.

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Genmica funcional - La Era Post-Genmica Si la genmica estructural es la rama de la genmica orientada a la caracterizacin y localizacin de las secuencias que conforman el DNA de los genes, permitiendo de esta manera la obtencin de mapas genticos de los organismos, la genmica funcional es la disciplina que se orienta hacia la recoleccin sistemtica de informacin acerca de las funciones desempeadas por los genes. Para llevar a cabo este trabajo se requiere, mediante el desarrollo y la aplicacin de unas aproximaciones experimentales globales, la informacin procedente de la genmica estructural. Las metodologas experimentales empleadas han de combinarse con estudios computacionales de los resultados debido al gran volumen de informacin que se genera durante los estudios realizados a gran escala. Con la genmica funcional el objetivo es llenar el hueco existente entre el conocimiento de las secuencias de un gen y su funcin, para de esta manera desvelar el comportamiento de los sistemas biolgicos. Se trata de expandir el alcance de la investigacion biolgica desde el estudio de genes o protenas individuales al estudio de todos los genes y protenas al mismo tiempo en un momento determinado. Conceptos Generales En el campo de las ciencias biomdicas, estamos asistiendo desde hace aos a un boom de la biologa molecular y ms concretamente de la gentica y la genmica, gracias a la continua implementacin y desarrollo de tcnicas experimentales a disposicin de los investigadores en los laboratorios. Los biochips representan una de las herramientas recientes con las que cuentan los investigadores para hacer frente a la resolucin de los problemas biolgicos basados en nuevos enfoques que se orientan a la obtencin masiva de informacin. El desarrollo de estos enfoques integrados para el anlisis ha venido de la mano de la capacidad de gestionar y almacenar grandes cantidades de informacin, por tanto no es de extraar que la llegada de estos dispositivos haya coincidido con la madurez de la bioinformtica en la cual se sustentan la realizacin de los experimentos en general y el anlisis de los datos que de ellos se obtienen en particular. El trmino Biochip en la actualidad est siendo empleado en muy diversos campos cientficos, lo que puede llevar a confusiones, por lo cual se debe aclarar qu es lo que se considera un Biochip y qu no. Esta confusin terminolgica es debida al origen del trmino y es por ello que se deben hacer distinciones entre los Biochips, la Biocomputacin y la Bioinformtica, segn su campo de aplicacin sea biolgico o informtico. En las tecnologas de la informacin, existe una rama dedicada a la utilizacin de material biolgico para aplicaciones informticas o en el desarrollo de hardware para la realizacin de procesos computacionales, como por ejemplo el diseo de unidades de memoria basadas en las diferentes conformaciones de las protenas, la computacin basada en ADN, en la cual se utilizan molculas de ADN para la resolucin de problemas y los procesadores neuronales. En

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este contexto se emplea el termino Biocomputacin. Pero la utilizacin del trmino no queda reducida a estas dos aplicaciones sino que tambin se utiliza en ocasiones para referirse a los Biodispositivos que son aplicaciones que combinan chips en los seres vivos como por ejemplo los implantes cocleares. Dentro de las aplicaciones en biologa podramos diferenciar entre los Biochips como hardware y la bioinformtica como software. Los Biochips, seran un hardware biolgico que surge como una adaptacin de los microprocesadores electrnicos en los que se sustituyen los circuitos impresos por muestras de material biolgico. Son dispositivos miniaturizados capaces de inmovilizar con una elevada densidad de integracin material biolgico de diferentes tipos como protenas, cidos nucleicos, etc. Por el contrario, la Bioinformtica aplica las tecnologas de la informacin a la resolucin de problemas de orden biolgico. La bioinformtica trabaja en la investigacin y desarrollo de herramientas tiles para llegar a comprender el flujo de la informacin biolgica que se origina en los genes, estructuras moleculares, la funcin bioqumica, la conducta biolgica y por ltimo la influencia en las enfermedades y la salud. Debido a este problema terminolgico a estos dispositivos tambin se les conoce con otros nombres como Micromatrices de material biolgico, Microarrays, y segn el tipo de material inmovilizado como DNA arrays o Chips Genticos, Protein Chips o Tissue Chips. Estos dispositivos estn constituidos formando una matriz con el material biolgico que se inmoviliza sobre ellos de forma que se sabe en cada punto de la matriz que es lo que se ha depositado permitiendo el posterior anlisis. El nmero de posiciones en estas matrices puede llegar a alcanzar las decenas de miles.

Las principales aplicaciones de estos dispositivos se han encontrado hasta el momento en el campo del anlisis gentico pero como se ha dicho anteriormente se pueden aplicar para otros usos. La mayor parte de esta pgina web estar dedicada a las aplicaciones que estos dispositivos tiene en genmica, intentando no descuidar las aplicaciones que inmovilicen otros tipos de material. Antecedentes El fundamento de los biochips se encuentra en el desarrollo y miniaturizacin de las tcnicas de afinidad que se conocen y han venido empleando desde hace aos como una herramienta comn en biologa molecular. El desarrollo de los primeros ensayos de afinidad con muestras inmovilizadas sobre soportes slidos se remonta a los primeros ensayos inmunolgicos que se desarrollaron en los aos 60s y en los que se inmovilizaban sobre una superficie antgenos o anticuerpos para su deteccin. El siguiente paso en la evolucin hacia estos dispositivos se dio en los aos 70s cuando Edwin Southern, comenz a emplear filtros de nitrocelulosa para que actuasen como soporte slido para la adhesin de molculas de ADN. El ADN as inmovilizado no interacciona con las otras molculas inmovilizadas pero mantiene su capacidad de hibridar con molculas complementarias en disolucin. La deteccin de estas hibridaciones se realizaba mediante la deteccin de un marcador radiactivo en un revelado por autorradiografa. A este tipo de tcnica se la bautiz con el nombre de Southern blot, que despus se extendi al campo de la inmovilizacin de protenas y ARN.

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Fodor, Michael Pirrung, Leighton Read y Lubert Stryer, que trabajaba en la sntesis sobre superficies slidas de pptidos, termin desembocando en la plataforma GeneChip, que ha sido desarrollada por Affymetrix, una compaa escindida de Affymax en 1993. La importancia de este paso radica en la gran capacidad de miniaturizacin alcanzada por este sistema. Posteriormente al nacimiento de la tecnologa desarrollada por Affymetrix se han ido sucediendo la aparicin de nuevas compaas y nuevos desarrollos que han permitido alcanzar el alto grado de diversidad tecnolgica existente en la actualidad. Definiciones A finales de los aos 80, la tecnologa que desembocara en la plataforma GeneChip fue desarrollada por cuatro cientficos, en Affymax: Stephen Fodor, Michael Pirrung, Leighton Read y Lubert Stryer. El proyecto original estaba destinado a la construccin de pptidos sobre chips, pero desemboc en la capacidad para construir secuencias de DNA sobre chips. La aplicacin prctica de esta idea se llev a cabo por la empresa Affymetrix, que comenz a actuar como una compaa independiente en el ao 1993. Los biochips, por tanto, surgieron de la combinacin de las tcnicas microelectrnicas y el empleo de materiales biolgicos. Se basan en la ultraminiaturizacin y paralelismo implcito y se concretan en chips de material biolgico de alta densidad de integracin vlidos para realizar distintos tipos de estudios repetitivos con muestras biolgicas simples. Si en los microchips empleados en los ordenadores se consigue una alta densidad de integracin de circuitos electrnicos en una oblea de silicio, en los biochips se logra una alta densidad de integracin de material gentico en una oblea de silicio, cristal o plstico. Los biochips estn divididos en unas pequeas casillas que actan cada una a modo de un tubo de ensayo en el que se produce una reaccin. El nmero de estas casillas es muy elevado, llegando incluso a los centenares de miles. Cada casilla del chip posee una cadena de un oligonucletido, que puede corresponder a una seccin del gen de estudio (cuando se conoce su secuencia) o a mutaciones del mismo. Debido a la extrema miniaturizacin del sistema se pueden analizar en un nico chip todas las posibilidades de mutacin de un gen simultneamente. Solo aquellos fragmentos de DNA que hibriden permanecern unidos tras los lavados y dado que se conocen las secuencias y posiciones de los oligonucletidos empleados, tras los lavados se produce el revelado que consiste en introducir el chip en un escner ptico que va a ser capaz de localizar, mediante un proceso similar a la microscopa confocal, las cadenas marcadas con el fluorocromo. Un ordenador analiza la informacin procedente del escner y ofrece el resultado. Otro tipo de diseo permite la cuantificacin de la expresin de mltiples genes simultneamente. La potencia de estos sistemas trae consigo la obtencin, en tiempos muy breves, de grandes volmenes de informacin, (secuencias, mutaciones, datos de expresin gnica, determinaciones analticas de inters clnico, screening con frmacos) que necesitan ser gestionados con tcnicas bioinformticas para extraer conocimiento de utilidad en la investigacin biomdica. Parece que el futuro pasa por la integracin de estas nuevas tcnicas en el entorno clnico

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haciendo posible el concepto de anlisis y diagnstico en el "point-of-care". La revista Science destaca esta tecnologa como uno de los 10 avances cientficos ms significativos del ao 1998. La nomenclatura empleada para referirse a estas nuevas tecnologas es diversa y comienza por el trmino ms general que es el de "Biochip" y hace referencia al empleo de materiales biolgicos sobre un chip. Otros trminos ms especficos son: "DNA chip", "RNA chip" (segn el material empleado) y "Oligonucleotide chip" o "DNA microarray", que hacen referencia al material y a la forma en la que se construye el chip. Existen tambin unos trminos comerciales con los que referirse a los biochips que varan dependiendo de la tecnologa empleada. Aplicaciones de los Biochips A pesar de ser una tecnologa muy reciente y que, por lo tanto, est an en vas de experimentacin, actualmente los biochips estn siendo aplicados en: 1. Monitorizacin de expresin gnica: permite determinar cual es el patrn de expresin gnica y cuantificar el nivel de expresin de manera simultnea para un elevado nmero de genes. Esto permite realizar estudios comparativos de activacin de determinados genes en tejidos sanos y enfermos y determinar as la funcin de los mismos. 2. Deteccin de mutaciones y polimorfismos: Permite el estudio de todos los posibles polimorfismos y la deteccin de mutaciones en genes complejos. 3. Secuenciacin: Mientras que se han diseando algunos biochips para secuenciacin de fragmentos cortos de ADN, no existe an en el mercado ningn biochip que permita secuenciar de novo secuencias largas de ADN. 4. Diagnstico clnico y deteccin de microorganismos: Posibilitan la identificacin rpida empleando unos marcadores genticos de los patgenos. 5. Screening y toxicologa de frmacos: el empleo de los biochips permite el analizar los cambios de expresin gnica que se dan durante la administracin de un frmaco de forma rpida, as como la localizacin de nuevas posibles dianas teraputicas y los efectos toxicolgicos asociados. 6. Seguimiento de terapia: los biochips permiten valorar rasgos genticos que pueden tener incidencia en la respuesta a una terapia. 7. Medicina preventiva: El conocimiento y posible diagnstico de ciertos caracteres genticos asociados a determinadas patologas permite una prevencin de las mismas antes de que aparezcan los sntomas Desarrollo del BIOCHIP. En la actualidad la empresa RANDOX ha desarrollado el primer Sistema de Ensayos en Biochip (Biochip Array System). El Biochip es el componente mas importante de este sistema de ensayos de multianalitos. El Biochip aloja sitios quimicos de reconocimiento para un analisis selectivo y sensible de multiples parametros simultaneos. El desarrollo the este componente integral, ha requerido un analisis fisico y quimico exhaustivo para asegurar una selectividad, activacion y estabilizacion optima del Biochip. Biochips: dispositivos de pequeo tamao (chip) que contienen material biolgico (bio) y que se emplean para la obtencin de informacin gentica. Estos dispositivos se conocen tambin como Microarrays de ADN o por nombres comerciales de las empresas que los suministran (GeneChip, MassArray). Nosotros proponemos el nombre de micromatrices de material gentico. Son equipos miniaturizados en los que se integran decenas de miles de sondas de material gentico con una secuencia conocida. Cuando se ponen en contacto con una muestra de un paciente o de un experimento, slo aquellas cadenas complementarias a las del chip se hibridan y originan un patrn de luz caracterstico, que se lee con un escner y se interpreta con un ordenador. De este modo se pueden conocer las mutaciones que el paciente tiene en sus genes o aquellos genes que se estn expresando en una situacin determinada. Los primeros chips de ADN se fabricaron en los mismos centros donde fabrican los chips para ordenadores y usando la misma tecnologa (fotolitografa). La enorme cantidad de informacin que puede resultar de estos ensayos debe ser analizada de nuevo por sistemas bioinformticos.

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Aunque an se estn usando principalmente en entornos de investigacin, se prev que en los prximos aos asistiremos a la aprobacin para uso clnico de algunos de estos sistemas. Potencialmente podran ocasionar una revolucin en la medicina, trasladando el laboratorio gentico al hospital, e incluso a la consulta de atencin primaria, del mismo modo que los chips de los microprocesadores, debido a su miniaturizacin, provocaron la salida de los ordenadores de los grandes centros de proceso de datos y su instalacin en la consulta o el despacho de los profesionales. Hay que distinguir esta acepcin de otras que el trmino ha venido recibiendo: -aquellas aplicaciones de dispositivos electrnicos en los seres vivos como los implantes cocleares (biodispositivos). Tambin se ha empleado el trmino para designar sustancias biolgicas empleadas en sistemas computacionales, como por ejemplo las memorias basadas en protenas o la computacin con ADN. (biocomputacin). Micromatrices de material biolgico: "Una microscpica serie ordenada de cidos nucleicos, protenas, molculas pequeas, clulas u otras substancias que permiten el anlisis paralelo de muestras bioqumicas complejas". Todd Martinsky, 2000. SISTEMA INTEGRADO DE LABORATORIO. Permite un procesamiento automatico completo desde un panel de tests que es seleccionado de acuerdo al perfil que se desea analizar, realizando curvas de calibracion para los paneles de analitos. Simplemente se cargan los tubos primarios de muestras y se seleccionan los biochips pertinentes al analisis deseado y el resto del proceso sera realizado por el Sistema Integrado de Laboratorio. mas en Randox Conceptos Generales sobre Biochips, visite INFOBIOCHIPS del Instituto de Salud Carlos III para ver la METODOLOGIA DE TRABAJO Sobre Biochips y Bioinformatica visite este link Articulos sobre Biochips: Motorola y Packard unen fuerzas para crear un Biochip Biochips para conocer el genoma de una persona. GENOMA - EL BIOCHIP SUSTITUIRA LOS DIAGNOSTICOS TRADICIONALES DE ALGUNAS ENFERMEDADES Un Biochip para el diagnostico del Cancer EL BIOCHIP SUSTITUIRA LOS DIAGNOSTICOS TRADICIONALES DE ALGUNAS ENFERMEDADES La promesa del biochip Un biochip predecir la respuesta a la terapia en cncer ginecolgico Hospitales estadounidenses aplican 'biochips' en ensayos clnicos contra el cncer y el sida Llega la revolucin genmica Las nuevas tcnicas aceleran el proceso de diagnstico gentico Noticias de Prensa del Oncochip CNIO La utilizacin de biochips se extiende a la deteccin de pptidos y protenas. Y despus de tener secuenciado el genoma qu falta por hacer? La industria del ADN tiene preparados los 'biochips' que revolucionarn la medicina Aplicaciones de los Biochips en tecnicas forenses Biochips: Mezclando Biologa y Microelectrnica. Por Hank Hogan Qumica sin tubos de ensayo Por Leonardo Moledo El biochip y las nuevas tecnologas de la biomedicina sustituirn en un futuro a los diagnsticos basados en pruebas descriptivas, como los recuentos sanguneos, la comprobacin de temperatura corporal y el examen de los sntomas. Con el biochip es posible conseguir en poco tiempo abundante informacin gentica -tanto del individuo como del agente patgeno-, que permitir elaborar vacunas, medir las resistencias de las cepas de la tuberculosis a los antibiticos o identificar las mutaciones que experimentan algunos genes y que desempean un papel destacado en ciertas enfermedades tumorales, como el gen p53 en los cnceres de colon y de mama. En la actualidad, en Estados Unidos existen portadores del VIH, causante del SIDA,

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que reciben una combinacin de frmacos basada en un anlisis previo del genotipo del virus. Durante el VII Encuentro Internacional sobre el Proyecto Genoma Humano, que se celebra Valencia, se puso de manifiesto que el objetivo que se pretende con estos pequeos artilugios es desarrollar tcnicas que permitan detectar cualquier enfermedad a partir de una simple gota de sangre. En la reunin cientfica, organizada por la Universidad Internacional Menndez Pelayo (UIMP) con el apoyo de la Fundacin BBV, se subray que las predicciones que suministrarn los biochips sern muy fiables. As, en pocos aos, se podr calcular el riesgo de padecer enfermedades coronarias a los 55 aos o Alzheimer a los 75. El funcionamiento de estos dispositivos es sencillo. Un chip de ADN, tambin llamado array, consta de una lmina delgada en cuya superficie se hacen orificios diminutos que se colocan de forma ordenada. Los agujeros se rellenan con fragmentos de ADN (oligonucleticos), cuya secuencia se conoce de antemano. El material gentico se marca con reactivos fluorescentes o con sustancias que permitan una lectura con lser. La reaccin de la molcula control con cada uno de los oligonucletidos hace factible apreciar, gracias a la fluorescencia emitida, si alguna secuencia responde a alguna anomala. La suma de las distintas interacciones entre la molcula y las secuencias se mide de forma simultnea. As las cosas, un investigador, en vez de comprobar los cambios fisilogos gen por gen, puede revisar en un momento un grupo entero de genes. LA BIOTECNOLOGIA ES LA ESPERANZA PARA UNA VACUNA CONTRA EL CANCER Madrid, (COLPISA, Antonio Paniagua) La obtencin de vacunas contra tumores cancergenos, basada en la reparacin de genes defectuosos o alterados, es una de las metas que persiguen los investigadores que hacen uso de las tecnologas ms avanzadas en el campo de la biomedicina. La aplicacin de los biochips, instrumentos que combinan la biologa molecular con la informtica, har posible una atencin clnica hecha a la medida de cada paciente, pues el tratamiento se administrar en funcin de las caracterstica genticas de cada individuo. Estas son algunas de las conclusiones que se expusieron en la jornada de hoy en el VII Encuentro Internacional sobre el Proyecto Genoma Humano, organizadas por la Universidad Internacional Menndez Pelayo (UIMP). En el congreso, que se celebra en Valencia con el apoyo de la Fundacin BBVA, se puso de manifiesto el sueo de elaborar frmacos capaces de curar enfermedades gracias a la identificacin previa de genes relacionados con determinadas dolencias. John Weinstein, del Instituto Nacional del Cncer de Estados Unidos, asever que el melanoma es un tipo de tumor que presenta menos dificultades a la hora de ser abordado mediante una vacuna gnica, por cuanto es ms fcil encontrar la diana teraputica. Weinstein subray la importancia de conocer la naturaleza del gen p53, supresor de tumores, pero cuyas mutaciones dan lugar a mltiples formas de cncer. El cientfico abog por dirigir los estudios a la seleccin de clulas normales cuyo gen p53 ha experimentado mutaciones y corregir a continuacin el defecto. Segn Norman P.Jerry, investigador del Departamento de Microbiologa del Weill Medical College de la Universidad Cornell, de Estados Unidos, el p53 est implicado en la aparicin del 60% de los cnceres humanos, y el restante 40% tiene como agentes causales genes vecinos. Abaratamiento de costes La industria farmacutica es la ms interesada en conseguir frmacos gracias al conocimiento de los genes responsables de las enfermedades. "Hacen falta entre 10 y 12 aos y 500 millones de dlares para que una compaa saque al mercado un nuevo medicamento", dijo Weinstein. En este sentido, el uso de biochips reduce el nmero de molculas candidatas a inactivar una funcin gnica, con lo que se abaratan los costes. Se trata de un proceso diametralmente opuesto a la investigacin propia de la dcada anterior. Por aadidura, la ciencia tender a escrutar el ADN, el ARN y molculas en grandes cantidades, circunstancia que significa el nacimiento de una nueva disciplina, la mica. Sus mtodos contrastan con el estudio que se extiende durante un perodo prolongado de tiempo para desentraar los secretos de un solo gen, prctica que se ha venido realizando hasta ahora. "Sern necesarias la sinergias entre la

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investigacin tradicional, basada en hiptesis, y la investigacin mica", apunt Weinstein "Sabemos que el 30% de las mujeres con cncer de mama responder satisfactoriamente al tratamiento, mientras que el otro 70% no lo har de la forma deseable", seal Weinstein. De ah que conocer el funcionamiento gentico de ese 30% es crucial. La biomedicina ampliar sus objetivos, de manera que se preocupar por el pronstico de la enfermedad, su prevencin prevenir y la eleccin del tratamiento ms adecuado en los primeros estados. Michelle Roland, del Hospital General de San Francisco, adujo que los biochips y otras tecnologas revelan su eficacia en la medicin de las resistencias que oponen los enfermos de Sida a los frmacos antirretrovirales. "Del 50% de los enfermos que en mi centro recibe tratamiento, la mitad de ellos, precisamente los primeros que accedieron en su da a los medicamentos antisida, presenta resistencias". Mural Mxico.- (10/Dic./2002) El primer biochip desarrollado en Mxico para detectar mutaciones en fragmentos especficos del ADN relacionados con diversas enfermedades como el cncer y el dengue fue presentado ayer por un grupo multidisciplinario de cientficos.

Los estudiosos son del Centro de Investigacin y de Estudios Avanzados, Cinvestav, y del Centro de Investigacin en Ciencia Aplicada y Tecnologa Avanzada, CICATA, del Instituto Politcnico Nacional. Este biochip tiene una especie de "plantilla" o "patrn" -llamado microarreglo gentico- que permite comparar el ADN de una muestra de sangre de una persona con los genes causantes de una enfermedad. "Las alteraciones de los genes o de la secuencia del ADN pueden tener efectos profundos sobre las funciones biolgicas de las clulas, como ocurre en el caso del cncer", seal Patricio Gariglio, investigador del Departamento de Gentica del Cinvestav y uno de los impulsores del proyecto. "Estas alteraciones son el corazn de los procesos fisiolgicos de la enfermedad". Este primer biochip ha sido diseado para identificar los genes p53 y Rb del papilomavirus humano, vinculado directamente con el cncer crvico uterino, enfermedad que provoca el mayor nmero de muertes de mujeres cada ao en el pas, con cerca de 6 mil fallecimientos. "En el mundo muere una mujer cada dos horas a causa de este tipo de cncer", seal Gariglio. Esta tecnologa permite no slo analizar de forma simultnea un gran nmero de secuencias de ADN (de 5 a 10 mil muestras en 2 das), sino identificar de manera rpida y efectiva las variaciones y la expresin de los genes en muestras colocadas sobre una plantilla miniatura hecha por un robot computarizado, de forma similar a como se construyen los chips de las computadoras. "Con el biochip se inmovilizan miles de secuencias de ADN en un portaobjetos de vidrio, que son comparados con las muestras biolgicas de los enfermos", explic Jos Luis Herrera, del CICATA. En cada uno de los puntos del biochip marcado se tienen pequeas fracciones de ADN que se comparan con una secuencia de las muestras y, si son complementarias, se muestran con un marcador fluorescente, visualizado a travs de una computadora. El biochip se puede disear con un nmero especfico de secuencias oligonucletidas que constituyen las mutaciones conocidas de genes causantes de enfermedades. Dicho dispositivo tambin se puede aplicar en el estudio de otras enfermedades como el dengue o el sida, pues existen biochips preparados para detectar anticuerpos o virus causantes de otras enfermedades. "Su aplicacin a gran escala permitir contar con una muestra completa de las mutaciones

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caractersticas de estos genes en la poblacin mexicana y se podr realizar el diagnstico de la enfermedad en etapas tempranas", seal Feliciano Snchez Sinencio, investigador del Departamento de Fsica del Cinvestav y director del proyecto. Este biochip se est probando con muestras biolgicas del Hospital General de Puebla y existen planes para trabajar con el IMSS, el Instituto Nacional de Cancerologa y el Hospital 20 de Noviembre del ISSSTE. Actualmente, en Estados Unidos se venden biochips similares al desarrollado en Mxico a un costo superior a los 600 dlares (6 mil pesos), mientras que el precio de la versin nacional es de 20 dlares (200 pesos) y se pretende reducirlo a un dlar. Aspectos Tecnolgicos Nomenclatura y Clasificacin Dado el auge que han tenido recientemente estas tecnologas se ha producido una gran diversificacin tecnolgica que ha derivado en la necesidad de establecer una nomenclatura y clasificacin para estos dispositivos. Los criterios de clasificacin son muy variados, y abarcan conceptos desde la forma de fabricacin, los materiales inmovilizados, etc.que se encuentran resumidos en la siguiente tabla: En function de Caracterstica Nomenclatura Oligonucletidos GeneChips cDNAs cDNA Array Material inmovilizado Protenas Protein Chips Tejidos Tissue Chips Stanford En Laboratorio / Personalizados Arrayers Diseo de la matriz Empresas Industrial Comerciales Micromatriz Tamao del punto Macromatriz Fabricacin in situ Generacin de la sonda Depositadas No poroso / Covalente Glass - Based Soporte / Tipo de unin Poroso / No covalente Gel - Based Electrnico / electrosttica Electronic - Based Existe en la actualidad un nuevo tipo de aproximaciones para el desarrollo de este tipo de dispositivos en las que ya no se emplean micromatrices sino elementos individuales de distintas formas, tamaos y materiales que son los encargados de inmovilizar sobre sus superficies las sondas de material gentico y que posteriormente son hibridados con las muestras. Estos nuevos dispositivos, pese a no ser matrices de material gentico, pueden ser englobadas dentro de ellas por su finalidad y compartir parcialmente algunos de los conceptos bsicos de las mismas (dispositivos miniaturizados, capaces de trabajar en paralelo). La diversidad en el desarrollo de tcnicas de inmovilizacin de diferentes muestras ha permitido que hoy en da se pueda inmovilizar casi cualquier tipo de muestra biolgica, esto ha conducido a una primera clasificacin de estos dispositivos de forma clara, rpida e intuitiva. GeneChips, es un nombre comercial de Affymetrix que se aplica a los chips que llevan inmovilizadas sobre su superficie cadenas cortas de oligonucletidos de entre 20 y 80 nucletidos. Puede emplearse mtodos de sntesis in situ de los oligonucletidos o mtodos de deposicin.

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cDNA Arrays, chips en los que se inmovilizan cDNAs por lo general sintetizados previamente y depositados sobre la superficie para su inmovilizacin. Protein Chips inmovilizan sobre la superficie protenas diversas Tissue Chips, sobre la superficie de estos chips lo que se inmovilizan son pequeas muestras de tejido para permitir el posterior anlisis en paralelo de varias muestras o la realizacin de diferentes ensayos sobre una misma muestra.

La clasificacin en funcin del diseo permite distinguir entre dos enfoques claramente diferenciados, uno comercial y otro ms personalizado. Biochips Comerciales: son aquellas soluciones en las que se adquieren los chips con el material inmovilizado y listos para su empleo. El diseo de los elementos del chips es realizado por la empresa. Para permitir la rentabilidad de su fabricacin masiva las empresas inmovilizan conjuntos de material biolgico que no siempre es de utilidad y encarece la posibilidad de personalizar su diseo por parte del comprador. Su principal ventaja es que se adquieren listos para su empleo. El ms claro ejemplo de este tipo de aproximacin es la seguida por la empresa Affymetrix. Biochips Personalizados o Home Made: son una segunda solucin para la tecnologa de biochips fundamentada en el diseo y fabricacin por parte de los laboratorios de investigacin de sus propios chips, mediante unos dispositivos denominados Arrayers. Los arrayers son generalmente robots capaces de depositar cantidades microscpicas de material biolgico sobre la superficie del chip. Dentro de esta categora se puede hacer una subdivisin en funcin del tipo de arrayer empleado, distinguindose la corriente de la Universidad de Stanford y P. Brown que aboga por la fabricacin por parte de los grupos de sus propios robots y otra corriente liderada por las empresas dedicadas a la fabricacin de robots comerciales para la fabricacin de los chips. La forma de fabricacin es una importante herramienta para la clasificacin de los biochips debido a las grandes diferencias de concepto existentes en este campo. Los dos principales criterios para la clasificacin se fundamentan en el tamao de los puntos que constituyen la matriz y en el lugar en el que se sintetiza u obtienen las sustancias biolgicas que van a ser inmovilizadas y que se denominan sondas. Micromatrices, este es un concepto ntimamente ligado a los biochips, el trmino micromatriz de material biolgico es equivalente al de Biochip. Las macromatrices no estn incluidas dentro de los biochips debido al gran tamao de los puntos. Son matrices de baja densidad de integracin. Por lo general se han desarrollado sobre superficies porosas. In situ se refiere a los chips en los que se hacen crecer las cadenas, no muy largas y en general de ADN o PNA, sobre la superficie del chip. Deposicin, con este trmino nos referimos a la forma de fabricar chips en los que el material inmovilizado ha sido previamente sintetizado. El soporte y el tipo de unin estn ntimamente unidos, ya que la metodologa de la inmovilizacin y el tipo de inmovilizacin que se origina depender del soporte sobre el cual se vayan a realizar los ensayos. Dentro de este apartado se pueden distinguir tres grandes rasgos diferenciales. Los chips glass-based son chips en los que el material se encuentra covalentemente inmovilizado a la superficie slida que le sirve de soporte y que puede ser cristal o cualquier otra superficie como silicio, plstico u oro. Los chips gel- based son chips en los que las interacciones entre el material a inmovilizar y el soporte slido de inmovilizacin no tiene carcter covalente. Los soportes ms comnmente empleados son pequeas porciones de geles, o membranas porosas de nylon o nitrocelulosa presentes sobre portaobjetos de cristal.

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Los chips electronic based son chips construidos sobre electrodos en los que se llevan a cabo las reacciones. En este caso la inmovilizacin se produce mediante interacciones electrostticas entre las molculas a inmovilizar y los electrodos que constituyen el soporte.

Metodologa de Trabajo La metodologa de trabajo a la hora de plantear un ensayo con una plataforma de biochips est dividida en varios pasos, y la realizacin de algunos de ellos est condicionada por el tipo de Biochip que se desee emplear durante el experimento. An as, a grandes rasgos, la metodologa a seguir es la misma y sera la siguiente:

Diseo del biochip: durante este proceso se produce la seleccin del tipo y cantidad de material biolgico que se va a inmovilizar sobre la superficie, que variar en funcin del tipo de experimento que se desee llevar a cabo. Se determina tambin la densidad de integracin, es decir el nmero de sondas que se desean inmovilizar sobre la superficie del chip, que se ver limitada por el mtodo de fabricacin que se desee emplear. Se seleccionan los estndares internos para el tipo de ensayo. Todas estas selecciones deben ser realizadas por el investigador en el caso de que se vaya a emplear un biochip personalizado. Fabricacin: este paso est muy diversificado como consecuencia de la gran cantidad de soluciones tecnolgicas presentes en el mercado. Este paso determina la densidad de integracin que se puede lograr en un chip. En general las grandes empresas que comercializan los chips ya listos son capaces de ofrecer mayores densidades de integracin que las que se pueden alcanzar empleando los arrayers para la fabricacin en el laboratorio de un biochip personalizado. Preparacin de la muestra: en este paso estn incluidos todos los procesos que debe sufrir la muestra para ser empleada en este tipo de ensayos. Los procesos a seguir son la extraccin y purificacin del material a analizar (ADN, ARN o protenas), un proceso de amplificacin en el caso de tratarse de material gentico y por ltimo el marcaje de la muestra para permitir su deteccin en el proceso de revelado. Los marcadores ms comnmente empleados son los fluorescentes pero tambin puede utilizarse marcaje radiactivo o quimioluminiscencia. Hibridacin y lavado: a partir de este paso el procedimiento de trabajo es prcticamente igual para los chips comerciales y para los personalizados, con algunas diferencias debidas a las diferentes soluciones tecnolgicas empleadas. Resulta un paso clave ya que en l se produce la reaccin de afinidad en la que se hibridan las hebras de ADN de la muestra marcadas para permitir su posterior identificacin, con sus complementarias inmovilizadas en la superficie del chip. Segn las condiciones en las que se produzca esta reaccin de afinidad se obtendrn mejores o peores resultados posteriormente en el proceso de revelado. El lavado se realiza para eliminar las interacciones inespecficas que se dan entre la muestra y el material inmovilizado o la superficie del biochip.

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Revelado: es un proceso que viene condicionado por la gran variedad de alternativas tecnolgicas diseadas para esta funcin. Entre estas soluciones las ms comunes son la utilizacin de escneres lser y cmaras CCD para la deteccin de marcadores fluorescentes con los que se ha marcado la muestra. Otra solucin algo ms econmica es la utilizacin de istopos radiactivos para el marcaje de los blancos y su posterior deteccin. Almacenamiento de resultados: tras el revelado al que se someten los biochips se debe proceder al almacenamiento de los datos obtenidos. Anlisis de resultados: etapa final de todo experimento con la tecnologa basada en biochips. A este paso llegan los datos procedentes del revelado y se presentan en forma numrica o en forma de una imagen de 16 bits en la cual se pueden apreciar los puntos en los que la reaccin de hibridacin ha sido positiva y los puntos en los que no ha habido tal hibridacin. Es en este punto en el que se aplican una mayor cantidad de elementos de software bioinformtico destinados a la extraccin de conocimiento del experimento realizado.

Tcnicas y Mtodos de Fabricacin Las tcnicas de fabricacin de los biochips surgieron de la combinacin de las tcnicas de miniaturizacin con el uso de las herramientas de la biologa molecular. Los procesos de fabricacin y generacin de las matrices de material gentico se han diversificado mucho desde su origen y permiten establecer grandes diferencias entre los distintos dispositivos y plataformas existentes en los mercados (Nomenclatura). En esta seccin nos vamos a centrar en algunas de las diferentes posibilidades que existen en los procesos de fabricacin de las matrices de material biolgico; para ello hemos seleccionado algunas de las ms relevantes tecnologas existentes en la fabricacin de biochips con una alta densidad de integracin. Entre las matrices de material gentico se debe hacer una primera y muy clara diferenciacin entre las micromatrices y las macromatrices. Como el nombre indica, la diferencia entre estos dos tipos de dispositivos radica en el tamao, pero ms que por el tamao fsico de los dispositivos es por el tamao de los puntos en los que el material gentico es depositado. En las micromatrices la densidad de integracin es mucho ms alta, debido a que los dispositivos de generacin de los puntos estn mucho ms avanzados tecnolgicamente. Por el contrario, las macromatrices son ms sencillas de conseguir. Las diferencias en la capacidad de integracin entre ambos dispositivos son enormes y esto determina las posibles aplicaciones de unas y otras, por ejemplo en una micromatriz se pueden llegar a generar hasta ms de 10.000 posiciones reactivas esta cifra se aleja mucho del millar que podra llegar a conseguirse mediante una macromatriz. El material sobre el que se va a generar la matriz es un componente muy importante del proceso ya que segn su resistencia se podrn llevar a cabo determinados procesos de lavado y eliminacin de uniones inespecficas, podrn o no ser reutilizados, existirn diferentes mecanismos de revelado y un aspecto muy importante es tambin el coste que conlleva la fabricacin de la matriz. Se han buscado diferentes soluciones que permitan la inmovilizacin del material gentico a la superficie, de esta forma se pueden distinguir dos procesos claramente diferenciados en la fabricacin de las matrices: En el primero de ellos el material gentico de las sondas es sintetizado en un lugar ajeno a la matriz y posteriormente se deposita sobre la superficie. Ha impulsado el desarrollo de robots que son capaces de generar las matrices tomando para ello las diferentes muestras del material gentico y depositndolas sobre una superficie en forma de una matriz con puntos. Estos robots tienen un brazo que porta unos cabezales encargados de recoger la muestra cuando se introducen en ella para depositarla posteriormente sobre la superficie. La aplicacin de esta tcnica ha supuesto un aumento en la capacidad de produccin de matrices, pero no es la nica que emplea un material ya sintetizado. La segunda posibilidad alternativa para la generacin de las matrices consiste en la unin qumica de la muestra sobre la superficie de la matriz. En algunos casos el material gentico

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es sintetizado "in situ" sobre un substrato para generar de esta manera sobre la superficie un conjunto de diferentes productos separados espacialmente. Capacidad de Densidad Mx. Tecnologa de fabricacin Permite sntesis in situ miniaturizacin (Ptos/matriz) Qumica fotolitogrfica S <10 m >10e6 Qumica digito ptica S 20 m 2x10e6 Litografa fotoresistente S 0.5-100 m >10e6 Pin & Ring No 100 m x 1.000 Inyectores piezoelctricos S 20-80 m x 1.000 Microimpresin hmeda S 50 m x 1.000 Inmovilizacin en gel No 10-100 m x 1.000 XNA on gold No ---96 Algunos ejemplos de las tcnicas empleadas para la fabricacin de estos dispositivos descritos brevemente son: Fotolitografa Affymetrix y la Digital Optical Chemistry Texas University-Texas Instruments Localizacin electrnica Nanogen Robots piezoelctricos Varios fabricantes Pin & Ring Genetic Microsystems (ahora parte de Affymetrix) Otras Tcnicas Revelado El revelado es uno de los proceso clave durante el trabajo con los sistemas basados en biochips. Durante este paso se produce la localizacin de los puntos en los que la reaccin ha sido positiva, para ello se pueden emplear diferentes aproximaciones. Uno de los puntos clave en el proceso de revelado se produce durante la seleccin del marcador que se va a detectar. La seleccin y desarrollo de las tcnicas de revelado basadas en la deteccin de fluorescencia proveniente de marcadores fluorescentes frente a la utilizacin de otras tcnicas como la radioactividad, surge como una consecuencia de la necesidad de automatizar y acelerar los procesos de revelado. Los sistemas de revelado ms comnmente empleados son los que se basan en la utilizacin de escneres lser o la deteccin mediante cmaras CCD. El fundamento de estos dispositivos es la emisin de un haz de luz de una determinada longitud de onda (excitacin) capaz de estimular la liberacin de un fotn en una longitud de onda distinta por parte del marcador fluorescente y la posterior deteccin de estos fotones mediante un dispositivo de recolector. Los dispositivos de revelado presentan una gran carga bioinformtica dirigida al almacenamiento y tratamiento de los datos recogidos por los detectores. En este proceso se generan las imgenes correspondientes al patrn de reacciones positivas y negativas que se han producido en la superficie del chip. Los datos son adquiridos como una imagen con puntos de diferente intensidad que deben ser interpretados y transformados. A este proceso se le puede denominar como procesamiento de las imgenes y en el se procede a la interpretacin de las intensidades detectadas en cada uno de los puntos en los que la reaccin de afinidad ha sido positiva por el hardware de deteccin. En el proceso de visualizacin se pueden distinguir diferentes etapas a medida que se va realizando el proceso. La primera etapa consiste en el establecimiento de la malla conformada por los puntos inmovilizados y el tratamiento de la imagen para constituir la matriz de puntos que se representa posteriormente. Para ello se localizan los puntos en los que la deteccin de la

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hibridacin ha sido positiva y muy intensa, se buscan sus centros y a partir de estos centros se extraen las coordenadas. El siguiente paso en el tratamiento de los datos proporcionados por las unidades detectoras consiste en la deteccin y eliminacin del ruido de fondo que acompaa a las seales. Este paso es importante y la cantidad de ruido que acompaa a la seal es muy variable en funcin del tipo de biochip con el que se est trabajando y del tipo de marcaje al que se han sometido las muestras. En general se encuentra ms ruido de fondo en los biochips que emplean como soporte de inmovilizacin membranas, vindose reducido en aquellos desarrollados sobre vidrio. El tratamiento para discernir el ruido de la seal se puede hacer mediante una modelizacin Gaussiana o bien considerando los pixel ms externos de la imagen como ruido de fondo. El siguiente paso en el tratamiento de la imagen consiste en la limitacin del tamao de los puntos detectados. La cuarta etapa del proceso de tratamiento de la imagen es la asignacin de las intensidades de cada punto. En el caso de la utilizacin de ms de dos fluorocromos para la deteccin este paso se repite tantas veces como fluorocromos diferentes existen en la muestra, mediante la excitacin sucesiva con diferentes longitudes de onda y posterior deteccin de la excitacin. En este punto se establece tambin la relacin (ratio) entre las intensidades de cada uno de los fluorocromos detectados, que va a ser proporcionada finalmente al investigador como resultado del ensayo. Existen diferentes programas de tratamiento de imgenes, algunos de los cuales permiten analizar las entradas de mltiples biochips simultneamente. Posteriormente a la deteccin de la imagen y a esta primera interpretacin de los resultados los datos pueden ser almacenados y presentados en diferentes formatos. La posibilidad de utilizar diferentes formatos permite que los datos sean posteriormente importados por el software de anlisis. En la mayora de los casos los datos son presentados al investigador en forma de una imagen en formato TIFF de 16 bits.

Labchips La inclusin de una pgina dedicada a los Labchips surge como consecuencia de la estrecha relacin que existe entre estos dispositivos miniaturizados y los Biochips. Los labchips, tambin conocidos como dispositivos microfudicos, son sistemas miniaturizados capaces de realizar ensayos de laboratorio en una red de canales miniaturizados generalmente grabados mediante lseres o reacciones qumicas sobre polmeros, plsticos cristal o silicio. Por lo tanto los Labchips pueden considerarse como "microchips analticos". La finalidad de esta tecnologa es la de suministrar un mtodo rpido, porttil, desechable y econmico para la realizacin de ensayos.

labchip desarrollado por la empresa Agilent en colaboracin con Caliper (fuente www.Agilent.com) La principal caracterstica de estos dispositivos es su pequeo tamao, como consecuencia de ello, logran que los volmenes que se emplean sean mnimos. Esto redunda en un menor coste en reactivos en la

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necesidad de menores cantidades de muestra, y por ltimo en un gran aumento de las velocidades a las que se pueden realizar los ensayos. Estos dispositivos estn siendo empleados para la realizacin entre otras de las siguientes reacciones: Cromatografas PCR Deteccin de antgenos Citometras Purificacin de nuestras de ADN y ARN

Bioinformtica Asociada Los nuevos enfoques experimentales en los que se estn aplicando tecnologas basadas en biochips estn permitiendo al obtencin de grandes cantidades de informacin que deben ser almacenadas y procesadas mediante la colaboracin de la bioinformtica que se hermana con estas tecnologas al proporcionar las herramientas necesarias para poder completar los ensayos mediante el anlisis de los resultados. Asimismo la bioinformtica ofrece utilidades que son empleadas durante todo el proceso de trabajo con los biochips. En la actualidad se han desarrollado herramientas bioinformticas que permiten monitorizar el conjunto del proceso de trabajo en el laboratorio con los sistemas LIMS (sistemas de gestin de la informacin de laboratorio). Gracias a estos sistemas se puede seguir y gestionar todo el proceso de trabajo de laboratorio con detalle desde el diseo de los biochips hasta el anlisis, la informacin que se almacena en estos sistemas incluye la descripcin del material de las sondas inmovilizadas en la superficie del chip, informacin del proceso de fabricacin del chip proveniente de la gestin del robot, la descripcin del material de la muestra, la descripcin de los reactivos empleados as como de los investigadores encargados del proceso. Las principales etapas en las que participa la bioinformtica en el proceso de trabajo con estos dispositivos son los siguientes: Diseo del Chip, la bioinformtica participa muy activamente a la hora de seleccionar las sondas de anlisis que se van a inmovilizar a la superficie del chip. El tipo de sonda que se desee inmovilizar variar segn el tipo de experimento que se desee realizar. La bioinformtica participa en los estudios previos necesarios para la determinacin de las secuencias que proporcionarn una hibridacin ms especfica, que son seleccionadas como sondas para su inmovilizacin. Fabricacin: Los procesos de gestin de los equipos en cargados de la fabricacin de los biochips estn regulados mediante herramientas informticas. Revelado: En este proceso la participacin bioinformtica es clave para la obtencin de los datos procedentes de los dispositivos de deteccin de seales positivas procedentes de los dispositivos de deteccin. Almacenamiento de los datos, los datos son ofrecidos en soporte electrnico por lo que se debe recurrir a herramientas de las tecnologas de la informacin y las comunicaciones que gestionen y almacenen estos datos. Anlisis, debido a la gran cantidad de datos que generan este tipo de ensayos se hace imprescindible la participacin bioinformtica para realizar los anlisis de datos. Software Una de las consecuencias del alto grado de automatizacin y de la gran cantidad de datos que son capaces de generar estos dispositivos, es la necesidad de emplear la bioinformtica en casi todos los pasos de trabajo. Por tanto la necesidad de aplicaciones de software que permitan la gestin y anlisis de los experimentos se ha convertido en un rea candente en el campo de los Biochips. En la actualidad se podran distinguir varios tipos de software destinados cada uno a un proceso de los que se realizan durante los experimentos. Asimismo tambin existen entornos integrados capaces de ofrecer en un nico paquete muchas de las aplicaciones requeridas. En el mundo del software desarrollado para su aplicacin en entornos bioinformticos de trabajo con biochips volvemos a encontrar una tendencia bipolar. En un polo podemos encontrar

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aquellos programas que se ofrecen de forma gratuita y que pueden ser descargados a travs de Internet, por los investigadores para su utilizacin en el laboratorio. En muchos casos este tipo de software se puede encontrar en las pginas de grupos que trabajan en universidades y otros centros pblicos de investigacin y que han desarrollado ellos mismos estas aplicaciones. El otro polo que existe es el dedicado al diseo y comercializacin de software por parte de compaas privadas. Este tipo de software ha sido desarrollado mayoritariamente por las empresas dedicadas a al bioinformtica pero tambin se puede observar la presencia de empresas que originalmente se dedicaban a la fabricacin y diseo de biochips que tambin desarrollan y comercializan sus propios entornos bioinformticos que permiten la gestin y/o anlisis de los chips por ellos desarrollados. Categora Nombre del Programa BioLIMS Clone Tracker Fuente PE Informatics Biodiscovery Herramienta Funcin Gentica Dedicado a fabricacin de microarrays Dedicado a microarrays todo el proceso Dedicado a microarrays Clnico General General General General General General General General General Anlisis Imagen Tratamiento Imgenes Precapturadas Anlisis Imagen WIN Anlisis Imagen Anlisis Imagen WIN UNIX Anlisis Imagen Anlisis Imagen Anlisis Imagen Anlisis Imagen

Digital Genome Genechip LIMS GLIMS LIMS

Molecularware Affymetrix MIPS

LabManager Beckman Coulter iLIMS Quickstart LabView LIMS LIMS 2000 LIMS se LIMSOFT Nautilus StarLIMS YourLIMS Array Analyzer National Instruments LabWare SAME LIMS Corp. Sola y Asoc. AEREN LabSystems SoftTeam - STARLIMS LabVantage Solutions MolecularWare T.I.G.R. Imaging Research Clontech BioDiscovery Media Cybernetics NuTec GeneData Incyte

ANLISIS Y Array Viewer PROCESAMIENTO DE IMGENES Array Vision Atlas Image Autogene ARRAY-Pro Analyzer Gleams 2.0 Expressionist GEMTools

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GenePix ImageQuant Imagine JMA Viewer Pathways PartekPro 2000 P-Scan QuantArray Scanalyze TotalLab Xdots Reader Scion Image DATA MINING Axon Instruments Molecular Dynamics BioDiscovery A.E.C.O.M. Research Genetics Partek N.I.H. GSI Lumonics Univ. Stanford Phoretix COSE Scion Corp. UNIX MatLab On line Anlisis Imagen Anlisis Imagen Anlisis Imagen Anlisis Imagen Anlisis Imagen Anlisis Imagen Anlisis Imagen Anlisis Imagen Anlisis Imagen Anlisis Imagen Anlisis Imagen Anlisis Imagen Anlisis de Datos Anlisis de Datos Anlisis de Datos JAVA Anlisis de Datos Propsito General Anlisis de Datos JAVA Anlisis de Datos Anlisis de Datos JAVA Anlisis de Datos Anlisis de Datos Anlisis de Datos Propsito General Propsito General Anlisis de Datos Propsito General IPLab (Mac) Anlisis Imagen

MicroArray Suite Signal Analystics-NHGRI

ArrayAnalyzer DB MolecularWare ArrayScout Cluster Treeview Atlas Navigator DecisionHouse EDMT GeneCluster GeneMine Stingray GeneSpring GeneVision GenExplore LionBioscience Stanford Clontech-Silicon Genetics Quadstone Affymetrix M.I.T.-Whitehead Molecular Applications Group - Affymetrix Silicon Genetics BioDiscovery Applied Maths

Enterprise Miner SAS Intelligent Miner LifeArray MedMiner IBM Incyte NCI-NIH

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MineSet Resolver Sinergy Sirius Spotfire Pro 4 Statistical Informatics NETMAP Analystnotebook Imagix 4D Daisy Mineset - SGI Metaphor mixer In3D MTODOS Y SISTEMAS PARA MINERA VISUAL DE DATOS Spotfire Clementine Enterprise Miner SAS Diamond Crossgraphs GVA http://dscb041.sluigi.unito.it/ DNA_MAP DNA_MAP/welcome.html Bases de Datos para Biochips En la actualidad el incremento en el numero de centros capaces de acceder a este tipo de tecnologas ha provocado la demanda de creacin de bases de datos pblicas en las que se puedan almacenar y publicar los resultados de ensayos que hasta el momento se almacenaban en bases de datos privadas de los propios investigadores o centros. Una de las grandes consecuencias que ha tenido la enorme capacidad de generar datos por parte de los biochips est en el desarrollo de grandes bases de datos de expresin gnica. La creacin de estas bases de datos est polarizada en dos grupos: Uno que seran las bases de datos pblicas VRML SGI Rosetta Inpharmatics Netgenics P.R.S. Spotfire Imaging Research Propsito General Anlisis de Datos Anlisis de Datos Anlisis de Datos Anlisis de Datos Anlisis de Datos Link analysis Link analysis Link analysis Link analysis Landscape displays Landscape displays Landscape displays Landscape displays Quantitative Quantitative Quantitative Quantitative Sistemas de representacin mltiple

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En el otro estaran englobadas las iniciativas privadas de creacin de bases de datos comerciales. En el campo de las bases de datos de biochips el otro foco de atencin se encuentra centrado en la estructura que deben tomar estas bases de datos. Como de costumbre la opinin se encuentra dividida entre dos opciones: La primera de ellas aboga por el almacenamiento de los datos numricos de las imgenes y las imgenes. La segunda opcin propone una solucin completa en la que la base de datos almacenara los datos completos del experimento, incluyendo los datos de los clones empleados para la generacin del chips. La situacin actual pasa por la acumulacin de los datos de los resultados de los experimentos basados en biochips en las bases de datos privadas de los investigadores. El importante auge que estas tcnicas estn teniendo en el mbito de la investigacin biomdica as como la extensin de su uso est sirviendo como un motor importante para el desarrollo de bases de datos pblicas, impulsando la aparicin de proyectos destinados a la generacin de estos repositorios pblicos con datos de estos experimentos en los que estos datos puedan ser almacenados para su posterior comparacin y anlisis. Una de las consecuencias de la gran capacidad de los biochips es que han permitido el desarrollo de grandes bases de datos de expresin gnica, pudiendo ser estas bases de datos de expresin gnica privadas y comercializadas, como por ejemplo Gene Express de Gene Logic, que es una base de datos generada empleando los GeneChips de Affymetrix. Los proyectos de creacin de bases de datos pblicas tienen que ir necesariamente de la mano con los procesos de estandarizacin del trabajo con biochips, en este sentido es muy importante la estandarizacin de elementos tales como los controles internos empleados en los experimentos, los formatos en los que son presentadas las imgenes para ser almacenadas y la anotacin de la informacin del material que se ha inmovilizado en cada punto del biochip. En estos momentos existen diversas bases de datos capaces de recibir los datos de los resultados de los biochips, pero en muchos casos son bases de datos de expresin gnica en general, es decir estas bases de datos lo que reciben es exclusivamente los resultados del proceso. Por el contrario se est desarrollando una nueva lnea de trabajo que est dirigiendo sus pasos hacia la creacin de bases de datos exclusivas de biochips con los datos de este tipo de experimentos. Nombre del Categora Fuente Programa BASES DE DATOS DE EXPRESIN GNICA Y/U OBTENIDOS CON BIOCHIPS PEDB - Prostate Expression Database. Univ. of http://chroma.mbt.washington.edu/PEDB/ Washington Seattle Array Express EBI cDNA microarray database - NCI CIT ExpressDB y http://arep.med.harvard.edu/ExpressDB/ BIGED - Harvard MAT - AECOM GENEX - NCGR GenEx http://genex.sigenetics.com Silicon Genetics Stanford http://genome-www4.stanford.edu/MicroArray/MDEV/ http://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/

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Genelogic - Gene Express2.000 GXD - Gene expression database Jackson Lab HuGeIndex CBIL Genexpress DDBJ RZPD RAD - Univ. Pennsilvania ChipDB Whitehead Inst. MIT Glaxo-Wellcome HESI - ILSI & S.B. GEO - Gene expression omnibus - NCBI ArrayDB . NHGRI Iniciativas de Estandarizacin La expansin del uso de estas tecnologas ha trado consigo la proliferacin y diversificacin de plataformas sobre las cuales realizar los ensayos. Esta situacin ha terminado por desembocar en una ausencia casi absoluta de unos estndares que permitan la interoperabilidad de los sistemas. El terreno de la gestin y anlisis de los datos la situacin es muy similar a la que se da en el terreno tecnolgico, propiciando una situacin que dificulta la comparabilidad de los resultados obtenidos. En este sentido se han venido desarrollando en los ltimos aos diversas iniciativas que tratan de proponer unos mnimos comunes que permitan un punto de encuentro tanto entre los resultados obtenidos por las diversas tcnicas como la posibilidad de emplear las mismas herramientas en diferentes plataformas. Las iniciativas de estandarizacin han estado por tanto siempre enfocadas a tres mbitos: Estandarizacin del Hardware, es decir una normalizacin de los propios biochips en trminos de dimensiones, superficies, etc... Estandarizacin del material inmovilizado, en este caso la necesidad de establecer unos criterios para la determinacin de los controles internos resulta muy importante Estandarizacin de los procedimientos de anlisis y almacenamiento de la informacin proveniente de estos estudios. De esta manera se pretenden encontrar unas normas comunes que se puedan aplicar a las herramientas bioinformticas que se emplean en este entorno Las primeras iniciativas de estandarizacin datan de 1998 y an no han tenido xito, ya que no se puede considerar an un estndar. Los primeros abordajes de estandarizacin surgieron como iniciativas ms o menos aisladas en la que se podan distinguir muy claramente las tres reas de estandarizacin anteriormente propuestas. Estas iniciativas estaban fueron el www.informatics.jax.org/menus/expression/menu.shtml Brigham & Women http://www.geneindex.org

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GATConsortium, que fue la iniciativa liderada por Affymetrix y encaminada a establecer unos parmetros que permitiesen la interoperabilidad de las plataformas. Otra iniciativa fue la liderada por el NCGRI encaminada a la determinacin de unos estndares sobre los clones humanos a inmovilizar sobre la superficie de los chips y que se denomin como proyecto 15K. Por ltimo en la estandarizacin de las herramientas bioinformticas estuvo trabajando el Life Sciences Research Domain Task Force del Object Management Group (OMG) .

En Noviembre de 1999 tuvo lugar una reunin en Cambridge-UK una reunin internacional sobre las bases de datos de expresin gnica basadas en estudios de microarrays. Como consecuencia de esta reunin se estableci el MGED Group (http://www.mged.org) que es un grupo muy activo en el que se han integrado los principales actores del mundo de los biochips, Affymetrix, Berkeley, DDBJ, DKFZ, EMBL, Gene Logic, Incyte, Max Plank Institute, NCBI, NCGR, NHGRI, Sanger Centre, Stanford, Universidad de Pennsylvania, Universidad de Washington y Whitehead Institute. Esta iniciativa tiene el propsito de adoptar una serie de estndares para la representacin de datos de microarrays, as como la utilizacin de controles para normalizar los mtodos de trabajo. Este grupo se puede considerar como el fruto del trabajo desarrollado por el OMG. El MGED est organizado en cinco grupos de trabajo que comprenden: Descripcin de experimentos y representacin estndar de los datos, dirigido por Alvis Brazma. (Homepage) Formato XML para interpretar los datos en microarrays dirigido por Paul Spellman (Homepage) Ontologas para la descripcin de la muestra dirigido por Michael Brittner (Homepage) Normalizacin, control de calidad y comparaciones cruzadas de los datos dirigido por Frank Holtege Usos futuros del grupo: queries, query language, gestin del conocimiento dirigido por Martn Vingron. Como fruto del trabajo desarrollado hasta ahora se present en Noviembre de 2000 MIAME (Minimum Information About a Microarray Experiment) que es la informacin mnima que se debe almacenarse en una base de datos orientada a ser un repositorio pblico. El objetivo es aportar la informacin mnima de un experimento de microarray de expresin gnica que asegure a otros grupos de trabajo la interpretacin y verificacin de los resultados. Otros proyectos en los que se est trabajando desde esta misma iniciativa son: Desarrollo de un formato XML para la descripcin de los datos en un microarray: MAML (Microarray markup language) es el primer borrador en lenguaje XML que ya ha sido enviado a OMG en el ao 2000. Este lenguaje tiene como caractersticas: los datos se dan como un conjunto de matrices en dos dimensiones: anotaciones + datos. el formato de los datos es independiente del escner y del software de anlisis. la muestra y el tratamiento pueden representarse como un DAG. incluye el concepto de "composite images" y "composite spots". el sistema LIMS de microarrays NOMAD exportar los datos en formato MAML y ArrayExpress y GEO importara los datos en formato NAML. Desarrollo de Ontologas para la descripcin del tratamiento y de la fuente de las muestras utilizadas. Ontologa es una especificacin explicita sobre algn tema en concreto. En este caso es una representacin que incluye el vocabulario o nombres para referirnos a una materia determinada y como estos trminos estn relacionados entre s. Puede obtenerse una definicin ms extensa en Grupos y Proyectos de Ontologas.

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Las Ontologas en bases de datos de expresin gnica deben: Tener un vocabulario controlado. Tener un esquema con los conceptos y objetos o tablas de relaciones. Ser una representacin del conocimiento que poseemos uniendo con otros dominios (secuencia genticas, rutas protenicas) y facilitando el intercambio de datos mapeando los conceptos ms generales. Steffen Schulze-Kremer ha preparado una ontologa de un experimento de microarray que puede visualizarse con Java Ontology Browser. Normalizacin de los datos Deberan establecerse dos tipos de controles: controles de normalizacin y controles de calidad para poder as comparar entre diferentes procedimientos utilizados. Desarrollo y puesta en marcha de repositorios de datos pblicos Disponer de bases de datos de expresin gnica anlogas a DDBJ, EMBL o GenBank para secuencias supondra: disponer de los perfiles de expresin gnica para diferentes organismos, tejidos y clulas mediante uniones a otras bases de datos genmicas se podran ampliar conocimientos sobre las funciones de cada gen. podran repetirse los experimentos (control de calidad de los resultados obtenidos). Ya hay varios proyectos de repositorios de datos de expresin: Proyectos pblicos: GEO-NCBI GeneX-NCGR Array Express-EBI Bases de datos in house Stanford-Microarray Database MIT -CHIPDB University of Pennsylvania-RAD Bases de datos para organismos especficos: Mouse in Jackson-GXD Bases de datos privadas: Gene Logic NCI. International Life Science Institute (ILSI) que engloba 25 empresas farmacuticas y alimentarias est recopilando informacin sobre la expresin de genes relacionados con la toxicidad bajo unas condiciones experimentales definidas. Las dificultades que se presentan para la realizacin de estos repositorios son debidas a que los datos obtenidos son imgenes y adems faltan unidades para la expresin gnica y para la anotacin del tipo de muestra. Se necesita desarrollar un sistema estndar de medidas para cuantificar la expresin gnica, preparar controles estndar para los experimentos (en los chips y en las muestras), as como un sistema de nomenclatura para describir la muestra (especies, tipos de clulas, nomenclatura de los compuestos, tratamientos). Aplicaciones Descripcin

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Las tecnologas basadas en biochips se estn empleando en estudios y aplicaciones de muy diverso tipo, a continuacin se presenta una visin general. Si desea profundizar en una clasificacin de aplicaciones ms rigurosa, empleando diversos criterios y apoyada en referencias bibliogrficas: Monitorizacin de expresin gnica: posibilita la cuantificacin simultnea de la expresin de un nmero elevado de genes. Tambin permite una aproximacin cualitativa comprobando cul es el patrn de expresin. Se puede estudiar la funcin de los genes al facilitar la identificacin de qu genes estn activados de forma diferencial cuando se comparan tejido sano y enfermo. Deteccin de mutaciones y polimorfismos: Permite el estudio de todos los posibles polimorfismos y la deteccin de mutaciones en genes complejos. El significado de la variacin gentica humana se analiza observando las mutaciones de secuencias de genes normales y correlacionndolas con enfermedades especficas. Secuenciacin: existen an reservas sobre la aplicacin de los biochips en la secuenciacin de novo de largas secuencias de DNA, aunque se pueden utilizar como controles de calidad resecuenciacin. Diagnstico clnico - deteccin de microorganismos, permiten la identificacin rpida empleando unos marcadores genticos de los patgenos, as como de los posibles mecanismos asociados a la patogenicidad. Su finalidad es la de permitir la comprensin de la biologa de los microorganismos, estudiar los mecanismos de resistencia frente a antibiticos, identificacin de las cepas, identificar nuevas dianas gnicas con valor teraputico, desarrollo de medidas preventivas frente a las enfermedades infecciosas. Screening y toxicologa de frmacos: el empleo de los biochips permite el analizar los cambios de expresin gnica que se dan durante la administracin de un frmaco de forma rpida as como la localizacin de nuevas posibles dianas teraputicas y los efectos toxicolgicos asociados. Seguimiento de terapia: permite valorar rasgos genticos que pueden tener incidencia en la respuesta a una terapia, que invitasen a una variacin en la misma o a su supresin en determinados casos. Medicina preventiva: el conocimiento de los rasgos genticos de las poblaciones permitira conocer la predisposicin a sufrir algunas enfermedades, antes de que aparezcan sntomas, permitiendo as la realizacin de una mejor y autntica medicina preventiva. Se pueden realizar estudios de epidemiologa gentica. Ventajas Las ventajas ms caractersticas de las tecnologas basadas en biochips se pueden enumerar en los siguientes epgrafes: Alto rendimiento y capacidad Baja relacin coste/eficiencia Alta especificidad y sensibilidad Permiten realizar ensayos con enfoques cuantitativos Ensayos reproducibles y transportables Paralelismo, es decir, realizar ensayos simultneos utilizando muestras diferentes Multiplexacin, es decir, realizar varios ensayos utilizando una nica muestra No se precisa el manejo de radioactividad No se precisa disponer de un plan especial para la gestin de los residuos No se precisa un elevado coste en reactivos Se pueden conservar por ms tiempo entidades biolgicas raras, al emplearse cantidades microscpicas. Limitaciones A pesar de las enormes potencialidades aportadas por el empleo de las tecnologas basadas en biochips, stas presentan, en la actualidad, limitaciones que pueden ser enumeradas en los siguientes epgrafes:

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Reciente desarrollo y puesta a punto de las tcnicas Escasa difusin de la tecnologa Elevado coste de inversin en la adquisicin del equipamiento necesario para el acceso a la tecnologa Incompatibilidades entre los equipamientos Kits comerciales difcilmente personalizables para las necesidades del investigador Algunas cuestiones que han de ser tenidas en cuenta antes de llevar a cabo la compra de un equipo pueden ser las siguientes: Velocidad y eficiencia en la limpieza del "pin" Velocidad y precisin del "pin" Precisin de impresin Facilidad operativa de todo el equipo Sensores para detectar las operaciones defectuosas Mantenimiento del equipo (cunto tiempo se puede dejar sin ser atendido sin que se deteriore de algn modo) Enfriamiento de las placas (uno de los gastos mayores) Control de la humedad y la temperatura en el equipo (factores crticos para la morfologa del "spot") Nmero de "slides" que se pueden procesar de una vez Fiabilidad Aspectos de Mercado Alianzas entre empresas En esta seccin se ofrece una perspectiva de los principales acuerdos de colaboracin entre las compaas del sector. En este esquema se ofrece un mapa que resume cul era la situacin en Octubre de 1998,

en la actualidad, los principales acuerdos suscritos por las empresas que lideran el sector son: Incyte Motorola Nanogen Agilent Affymetrix Hyseq PerkinElmer INCYTE GENOMICS, INC. Nombre de empresa asociada Concepto

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diaDexus Joint Venture creada en 1997 por Incyte y Smithkline Beecham para el descubrimiento y comercializacin de nuevos productos de diagnstico Ofrece cursos de educacin genmica en lnea

GeneEd, Inc. Spotfire

Desarrollo de soluciones software para anlisis de expresin gnica CV Therapeutics Desarrollo de un prototipo de base de datos de expresin gnica en el rea de enfermedades cardiovasculares NetGenics Desarrollo de software para productos farmacuticos Oxford GlycoSciences plc Desarrollo de bases de datos protemicas para humanos, animales, plantas y microorganismos. LifeExpress, base de datos de secuencia y expresin proteica, es el primer producto obtenido de esta alianza. Synomics Desarrollo de integracin de software de gestin genmica y de investigacin farmacutica MOTOROLA Biochip Systems Nombre de empresa asociada Concepto Argonne National Laboratory Motorola obtiene la licencia de patente sobre una tecnologa de biochip sobre microgel tridimensional con ventajas sobre las tecnologas de array convencionales Clinical Micro Sensors Deteccin bioelectrnica de ADN Engelhardt Institute for Molecular Posee 19 invenciones sobre biochips. Junto con Argonne Biology intenta desarrollar la tecnologa de "gel array" Genometrix Incorporated Motorola es el licenciatario exclusivo de sus patentes Lawrence Berkeley Laboratory Orchid Biocomputer Motorola es el licenciatario exclusivo de sus patentesde sobre la tecnologa en microfluido tridimensional Packard Instruments Proveedor de tecnologa de instrumentacin para Motorola The Rockefeller University Colaboracin para utilizar "gel array" para anlisis de SNP The SNP Consortium Creacin de mapas de SNPs y hacerlos de dominio pblico Xenometrix Incorporated Motorola recibe el apoyo experto sobre perfiles de expresin gnica, siendo el licenciatario de sus patentes, y genotoxicologa NANOGEN, INC. Nombre de empresa asociada Concepto Hitachi, Ltd./Nissei Sangyo Co. Ltd./ Desarrollo, fabricacin y dsitribucin de los productos basados Hitachi Instruments Service Co.Ltd. en las tecnologas propiedad de ambas empresas The Bode Technology Group Empleo de NanoChip en tcnicas forenses Aventis Research & Technologies Colaboracin en microarrays y descubrimiento de frmacos Gmbh Co KG (filial de Hoechst AG) Becton, Dickinson & Co. Programas de diagnstico de enfermedades infecciosas y diagnsticos basados en biochips AGILENT TECHNOLOGIES INC. (subsidiaria de HP) Nombre de empresa asociada Concepto Rosetta Inpharmatics Agilent es licenciataria del Rosetta Resolver System

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Caliper Technologies Kit de nuevas protenas (LabChip) que acelera el proceso de descubrimiento de nuevos frmacos

PERKINELMER LIFE SCIENCES Nombre de empresa asociada Concepto NEN Life Sciences Adquisicin de la empresa con el fin de consolidar su posicin europea Genomics Solutions Socio estratgico de NEN en el mercado de microarrays. Alianza tecnolgica, de distribucin y venta, con opcin para adquirir el control de la compaa por parte de PerkinElmer Patentes My Gene, compaa coreana de tipo joint venture, prepara una solicitud de patente para un tratamiento de la diabetes utilizando un biochip que ella misma ha desarrollado. BATALLAS DE PATENTES.- Se han originado diversos pleitos legales entre diferentes compaas por considerar que se infringen derechos relativos a patentes y de propiedad industrial. Las demandas ms notables que en la actualidad se han presentado ante los tribunales de justicia corresponden a: HySeq contra Affymetrix Incyte contra Affymetrix ACLARA Biosciences contra Caliper Caliper contra ACLARA Biosciences por apropiacin indebida de secretos comerciales La revista norteamericana, Scientific American, public en su nmero correspondiente a Febrero de 2001 el siguiente cuadro que muestra grficamente el cruce de litigios legales entre las diferentes empresas del sector:

Tendencias y proyecciones En Noviembre de 2000 fue publicado el informe "The State of the Art of Microarray Analysis: A profile of Microarray Laboratories" por el Association of Biomolecular Resource Facilities (ABRF) Microarray Research Group. Este estudio tiene por objeto reunir informacin procedente de laboratorios del mbito acadmico, farmacutico y comercial que ofrecen la tecnologa de microarrays como un recurso compartido, as como de laboratorios individuales que utilizan estas tecnologas. En este informe se ofrecen los resultados de los datos recogidos desde Diciembre de 1999 hasta Febrero de 2000. Este estudio tiene vocacin de continuidad, por lo que en Septiembre de 2000 se ha iniciado un nuevo perodo de obtencin de datos, cuyas conclusiones se espera que sean hechas pblicas en 2001. Entre sus conclusiones destacan: La mayora de los laboratorios comenzaron a utilizar las tecnologas de microarrays hace menos de dos aos. La mayora de los laboratorios planean su expansin tanto en lo que se refiere al nmero de su plantilla laboral como en lo relativo a su equipamiento instrumental.

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Los planes de expansin tanto de los usuarios de Arrayers como de la tecnologa GeneChip, propiedad de la compaa Affymetrix, muestran una tendencia a crear laboratorios de recursos compartidos en los que ambas tecnologas coexisten y se complementan mutuamente. Segn el informe "A Strategic Business Analysis", publicado por Front Line Strategic Management Consulting, Inc., grupo especializado en biotecnologa farmacutica e industrias de dispositivos mdicos localizado en Foster City, California, EE.UU: Se espera que las ventas de biochips alcancen los 184 millones en el ao 2000 frente a los 12 millones de dlares que supusieron en el ao 1997, llegando a los 632 millones de dlares para el ao 2005. En comparacin con la tecnologa convencional en la que el coste por diana en el cribado de frmacos es de 1-2 dlares, se calcula que la tecnologa basada en biochips puede reducir dicho coste hasta diez mil veces (0,0001 dlares). Los ADN chips suponen el 94% de la cuota de mercado actual, mientras que los Protein chips representan el resto. Los Labchips ya podrn ser adquiridos en el ao 2000 siendo su previsin de cuota de mercado del 18% para el ao 2005. Para esta fecha los Protein chips representarn el 10% del mercado, mientras que los ADN chips supondrn el 72% de las ventas.

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