Vous êtes sur la page 1sur 98

Cours denzymologie

1) Gnralits, dfinitions : caractristiques majeures dune enzyme 2) Site actif/catalytique 3) Influence de la temprature et du pH 4) Nomenclature, classification enzymatique 5) Cintique enzymatique 6) Units 7) Modulateurs de la cintique enzymatique (inhibiteurs rversibles et irrversibles) 8) Cofacteurs 9) Enzymes allostriques 10) Isoenzymes 11) Rgulation

1) Gnralits, dfinitions : caractristiques majeures dune enzyme

1) Les cellules sont le sige de nombreuses ractions chimiques ncessaires la vie et impliquant des enzymes 2) Sans enzymes : pas de vie (importance des enzymes au niveau du mtabolisme, leur(s) tude(s) en biochimie clinique est un vritable outil diagnostic 3) Etat physiologique sain Etat pathologique bon fonctionnement des enzymes dysfonctionnement des enzymes (dfaut denzyme(s), de substrat(s), drgulation(s) ) laborer une(des) molcule(s) capable(s) de moduler laction denzyme(s)

4) Voie thrapeutique :

Sans enzyme, la raction serait tout simplement trop lente !

Enzyme = (Bio)catalyseur
Substance qui augmente la vitesse dune raction chimique Comment ? En abaissant lnergie libre dactivation de ltat de transition (G*) Les enzymes sont des catalyseurs de ractions biochimiques

Similitudes/diffrences (entre catalyseur et enzyme)


Catalyse chimique Catalyse enzymatique

Augmente la vitesse initiale de la raction chimique Ne change pas ltat final dquilibre de la raction Similitudes Agit faible concentration Grand : env. 1 million Se retrouve intact aprs raction Nature Nombre Ions H+, Cu++, Pt Petit : environ 100 Protines Grand : environ 100 000 voire plus norme

Spcificit

Faible

Pouvoir catalytique
Les enzymes peuvent acclrer les ractions dun facteur 1016 !!! A titre dexemple : lurase
Raction catalyse: 3x104/sec Raction non catalyse: 3x10 -10/sec Ratio: 1x1014 !

Specificit
Vis--vis du substrat Vis--vis de la raction catalyse Strospcificit/Spcificit de gpt(s) chimique(s)

2) Site actif/catalytique
2 modles : - Cl-serrure (modle de Fischer) - Adaptation induite (modle de Koshland) 2 vnements : - Reconnaissance, orientation, placement, disposition du substrat (site actif) - Transformation du substrat (site catalytique)

site actif
Structure Iaire, IIaire, IIIaire, IVaire structure tridimensionnelle unique

Ractants

Enzyme (catalyseur) Lenzyme ou le catalyseur cre un contexte de proximit entre les ractants conduisant alors ltat de transition A cet tat de transition correspond un environnement (bio)chimique tout autour des ractants (substrats) qui conduira leurs transformations en produit(s) ractionnel(s)

tat de transition

Produit ractionnel

Illustration du site actif/catalytique laide dexemples Lhexokinase Le lysozyme L-chimotrypsine

site actif/catalytique
- Structure tridimensionnelle (ce nest pas un point, ni une ligne, ni une surface) - Ne concerne que quelques acides amins, part relativement rduite du volume total dune enzyme - Concerne (associe) 2 fonctions de lenzyme -Site de fixation spcifique du ligand / Site catalytique -Intraction spcifique avec le substrat / Transformation du substrat en produit (chaines latrales impliques dans la ractivit chimique du substrat) Ces 2 entits sont voisines en structure IIIaire et pas obligatoirement en structure Iaire - Liaisons relativement faibles entre Enzyme et Substrat(s),
spcificit de liaison dpend de la disposition trs prcisment dfinie des atomes dans un site actif

- Fissure, crevasse, cavit caractre non polaire - Exclusion de molcule(s) deau quand le substrat se lie (sauf si elle est ractif)

Illustration du site actif/catalytique laide dexemples 1) Lhexokinase

Site actif : lhexokinase un modle de ladaptation induite

hexokinase avant liaison du D-glucose

hexokinase aprs liaison du D-glucose

10

11

12

13

14

15

16

17

18

Sans substrat

Avec substrat

Noter le changement de conformation du la prsence du substrat

19

20

21

Hexokinase : de ladaptation induite plutt que de la clef/serrure cf site http://www.chem.ucsb.edu/~molvisual/ABLE/induced_fit/index.html

22

Illustration du site actif/catalytique laide dexemples 2) Le lysosyme

23

Le Lyzozyme
Petite protine 14,6 kDa, 129 aa, 4 liaisons disulfure Hydrolase, clive la paroi des bactries Hydrolyse la liaison osidique entre le C-1 de NAM et le C-4 de NAG La paroi des bactries est compose de deux types doses Le NAG Nactylglucosamine Le NAM Nactylmuramate Liaisons 1-4 entre les oses
NAM NAG

Glu

Asp

24

25

Lysozyme 1)

Lysozyme 2)

26

Site actif/catalytique : un autre exemple (celui de l-chymotrypsine) permet dillustrer les vnements biochimiques impliqus dans la notion de site actif et de site catalytique, ainsi que dans celle de stabilisation du complexe E-S, et dans lillustration du modle de ladaptation induite

Illustration du site actif/catalytique laide dexemples 3) Lalpha-chymotrypsine

27

Du chymotrypsinogne l-chymotrypsine
Zymogne inactif (prcurseur inactif). Activation demande une modification covalente irrversible
Hydrolyse par la trypsine
Arg15 et Ile16

Hydrolyse par la chymotrypsine


Leu13 et Arg15 Tyr146 et Ala149

Chymotrypsine

chymotrypsine de buf, 3 chanes, 245 aa, 5 ponts disulfure 3 acides amins essentiels : ser195, his57, asp102 constituent la triade catalytique

28

Les diffrentes protases Il existe trois classes fonctionnelles de protase. - Les aminopeptidases qui peuvent couper la liaison peptidique entre le 1er et 2nd acide amin - Les carboxipeptidases qui peuvent couper la liaison peptidique entre le l'avant dernier et le dernier acide amin - Les endopeptidases qui coupent la liaison peptidique l'intrieur de la protine

carboxypeptidase N-ter C-ter aminopeptidase endopeptidase

Spcificit des protases et squence polypeptidique


Liaison peptidique hydrolyse.

La nature des chanes latrales des acides amins, Permet dexpliquer la spcificit des protases.

29

Spcificit des protases


Subtilisine Trypsine Thrombine Chymotrypsine Papane Thermolysine EC 3.4.21.62 EC 3.4.21.4 EC 3.4.21.5 EC 3.4.21.1 EC 3.4.22.2 EC 3.4.24.27 S1 : indpendant S1 : indpendant S1 : Lys, Arg S1 : indpendant S1 : Arg S1 : Gly S1 : Tyr, Trp, Phe, (Leu) S1 : indpendant S1 : tout sauf Val S1 : aa hydrophobes S1 : indpendant S1 : Leu, Phe

Les diffrents mcanismes des protases

Les protases serine Elles possdent un triade catalytique impliquant une serine, une histidine et un acide aspartique (pH optimal 8) Les protases thiol Elle possde un site actif avec cystine qui va faire une attaque nuclophile Les protases acides Elle vont attaquer le substrat grce un acide aspartique pH acide Les mtalloprotases Elle possdent un ion mtallique, souvent le Zn. Ce mtal va jouer le rle d'acide de Lewis pour activer une molcule d'eau

30

Les protases serine

Dans cette famille, on rencontre les endoprotases de la digestion synthtises dans le pancreas : La trypsine coupe aprs une lysine ou une arginine La chymotrypsine coupe aprs un acide amin aromatique ou hydrophobe (W,Y,F, (L)) L'elastase coupe aprs aprs des petit acides amin neutre (A,V,G) Autre enzyme La subtilisine

Site actif de protases srine

Leu Trp

Gly

31

Alignement de squence
tryspine chymotrypsine elastase tryspine chymotrypsine elastase tryspine chymotrypsine elastase tryspine chymotrypsine elastase MVKFASVVAL VAPLAAAAPQ EIP----NIV GGTSASAGDF PFIVSISRNG G----PWCGG SLLNANTVLT ----CGVPAI QPVLSGLS-- -------RIV NGEEAVPGSW PWQVSLQDKT G---FHFCGG SLINENWVVT --MLRLLVVA SLVLYGHSTQ DFPETNARVV GGTEAQRNSW PSQISLQYRS GSSWAHTCGG TLIRQNWVMT AAHCVSGYAQ SGFQIRAGSL SRTSG----- GITSSLSSVR VHPSYSGNNN DLAILKLSTS IPSGGNIGYA AAHCG-VTTS DVVVAGEFDQ GSSSEKIQKL KIAKVFKNSK YNSLTINN-- DITLLKLSTA ASFSQTVSAV AAHCVDRELT FRVVVGEHNL NQNDGTEQYV GVQKIVVHPY WNTDDVAAGY DIALLRLAQS VTLNSYVQLG RLAASGSDPV AGSSATVAGW GATSEGGSST PVNLLKVTVP IVSRATCRAQ -YGTSAITNQ MFCAGVSSGG CLPSASDDFA AGTTCVTTGW GLTRYTNANT PDRLQQASLP LLSNTNCKK- -YWGTKIKDA MICAGAS-GV VLPRAGTILA NNSPCYITGW GLTR-TNGQL AQTLQQAYLP TVDYAICSSS SYWGSTVKNS MVCAGGD-GV KDSCQGDSGG PIVDSSN--- TLIGAVSWG- -NGCARPNYS GVYASVGALR SFIDTYA--SS-CMGDSGG PLVCKKNGAW TLVGIVSWGS ST-CSTS-TP GVYARVTALV NWVQQTLAAN RSGCQGDSGG PLHCLVNGQY AVHGVTSFVS RLGCNVTRKP TVFTRVSAYI SWINNVIASN

On retrouve la conservation de la triade catalytique (H, D, S). Il y a une grande conservation autour de la serine et de l'histidine (contrainte de conformation). Les glycines et les prolines sont fortement conservs (briseurs de structure secondaire). Les ponts disulfures aussi.

L'alignement de squence de protines homologues est trs prcieux pour identifier les rsidus catalytiques

32

Comparaison avec d'autres protease serine (trysine, chymotrysine et elastase Trypsin Fusarium oxysporum 1PQ8 Chymotrypsin (buf) 1AB9 S H D Elastase (porc) 2V35

Ces trois diffrentes protases ont exactement la mme topologie La triade catalytique se superpose parfaitement. Elles possdent le mme mcanisme

Quelques protases srine (cf lidentit structurale)

-chymotrypsine

Trypsine

Elastase

33

Site actif de la chymotrypsine

Triades catalytique de protases serine mcanisme gnral


Le site actif est compos de 3 acides amins majeurs : - Une serine - Une histidine - Un acide aspartique La pKa normal d'une serine est de 13. En principe cet acide amin n'est pas dproton et ne peut pas faire d'attaque nuclophile. Dans une triade catalytique. En face du proton Serine ractive de la serine se trouve une histidine pKa normal 6). Cette histidine est rendu beaucoup plus basique (le pKa devient alors voisin de 12), en effet son deuxime azote est en interaction avec un acide aspartique qui stabilise la charge + de l'histidine. Ainsi le proton de la serine est accept par l'histidine rendu beaucoup plus basique. La serine peu maintenant se dprotonner et tre ractive

34

Triade catalytique

Transfert de proton par un phnomne de relais de charges, canal de liaisons hydrognes La srine 195 devient plus ractive

Mcanisme daction

35

Acylation rapide

36

37

38

Gnralisation

39

illustration du site actif de la chimotrypsine

Source : http://bcs.whfreeman.com/lehninger DL Nelson, Lehninger Principles of biochemistry, IV Edition, WH Freeman ed.

40

Site actif
Intractions faibles entre E et S
(Liaisons H, de van der Waals, lectrostatiques).

Site catalytique
Intractions + fortes entre E et S (Transformation de S)
(Ractions de substitution, de clivage de liaison, doxydo-rduction, de catalyse acide-base, dtablissement de liaison covalente).

41

42

43

44

Ractions chimiques majeures mises en oeuvre lors de raction enzymatique Ractions de substitution Ractions de clivage de liaison Ractions doxydo-rduction Ractions de catalyse acide-base Ractions dtablissement de liaison covalente

45

46

3) Influence de la temprature et du pH

47

48

4) Nomenclature, Classification enzymatique

Code 4 nombres EC 1.2.3.4


Chaque enzyme est assigne un code 4 chiffres qui est attribue par la commission des enzymes (EC) de lunion internationale de biochimie et de biochimie molculaire. 1er nombre : classe de l enzyme caractrise le type de raction catalyse (de 1 6) 2me nombre : sous-classe dfinie par le mcanisme de raction, caractrise le(s) substrat(s) impliqu(s) 3me nombre : sous-sous-classe indique la nature des molcules impliques (dsigne le substrat spcifique ou le(la) coenzyme) 4me nombre : numro d ordre de l enzyme au sein de la sous-sous--classe

49

50

Les oxydo-rductases EC 1 Enzymes qui catalysent les oxydorductions entre deux substrats S et S . Ex : EC 1.1.1.1 Alcool-NAD+oxydorductase (nom d usage alcool deshydrognase)
S rduit + S Oxyd S Oxyd + S rduit

51

Les transfrases EC 2 Enzymes qui catalysent le transfert d un groupement autre que l hydrogne entre deux substrats S et S Ex : EC 2.7.1.40 Pyruvate kinase EC 2.6.1.1. Aspartate aminotransfrase
S-G + S S+ S-G

Les hydrolases EC 3 Enzymes qui catalysent l hydrolyse de liaisons diverses (peptidiques, C-C, P-N, ester, etc) Ex : EC 3.4.17.1 Carboxypeptidase A
S-G + H2O S-H + G-OH

52

Les lyases EC 4 Enzymes qui catalysent le dplacement de certains groupement partir d un substrat (avec parfois apparition sur ce substrat d une double liaison). Ex : EC 4.1.1.1 Pyruvate dcarboxylase Ex : EC 4.2.1.2 L-Malate hydrolyase
Encore appeles Synthases S + G S-G

Les isomrases EC 5 Enzymes qui catalysent la transformation des isomres optiques, gomtriques ou de position Ex : EC 5.2.1.1 malate isomrase
S Isomre S

53

Les ligases EC 6 Enzymes qui catalysent des ractions de synthse de liaisons C-C, C-O et C-N en utilisant de l ATP Ex : EC 6.1.1.1 tyrosine-tRNA ligase
Encore appeles Synthtases S + G + XTP S-G + XDP

54

5) Cintique enzymatique

55

Concentration 1 2

Temps

2 3

56

Dmonstration de lquation de Michaelis-Menten Reprsentation de V0= f(S)

57

KM : constante de Michaelis

Fortes

58

Equation de Michalis-Menten
Pour S << Km, v = Vmax(S/Km) V proportionnelle S Observe aux trs faibles concentrations de S Cintique dordre 1 Pour S >> Km, v = Vmax V indpendante de S Observe aux trs fortes concentrations de S Cintique dordre 0 Pour S=Km, v=Vmax/2 Km = S pour laquelle v = Vmax/2 Concentration en Substrat

Vitesse de la raction

temps

59

Cintique enzymatique
Construire la courbe point par point en cliquant sur le graphique

La dtermination de la vitesse initiale se fait en mesurant l 'apparition du produit en fonction du temps. La vitesse initiale correspond la vitesse instantane mesure au temps t=0. Soit la pente de la tangente l'origine.

Vi
1

60

Cintique enzymatique
P
Dtermination de la vitesse initiale pour diffrentes concentrations en substrat

La dtermination de la vitesse initiale se fait en mesurant l 'apparition du produit en fonction du temps. La vitesse initiale correspond la vitesse instantane mesure au temps t=0. Soit la pente de la tangente l'origine.

S1 Vi
1

Cintique enzymatique : Mesure de Vi1 et report sur Vi=F(S)

Dtermination de la vitesse initiale pour diffrentes concentrations en substrat

Vi

Vi1 S1 Vi
1

S1

61

Cintique enzymatique : Mesure de Vi2 et report sur Vi=F(S)

Vi P

Vi2 S2 Vi1 S1 Vi1 Vi2 S1 S2

Cintique enzymatique : Mesure de Vi3 et report sur Vi=F(S)

Vi P
S3 Vi3 Vi2 S2 Vi1 S1 Vi1 Vi2 Vi3 Vi4= Vi5 S1 S2 S3

62

Cintique enzymatique : Mesure de Vi4 et report sur Vi=F(S)

Vi P
S4 Vi4 Vi3 S3 Vi2

S2 Vi1 S1 Vi1 Vi2 Vi3 Vi4= Vi5 S1 S2 S3 S4

Cintique enzymatique : Mesure de Vi5 et report sur Vi=F(S)

S5

Vi P
S4 S3 Vi5 = Vi4 Vi3 Vi2 S2 Vi1 S1 Vi1 Vi2 Vi3 Vi4= Vi5 S1 S2 S3 S4 S5

63

Cintique enzymatique : Vi = F(S)

Vi Vmax
Asymptote la courbe permettant de dterminer la vitesse maximale (Vmax)

Vmax/2

KM

Cintique enzymatique De P = f(T) Vi = f(S)

S5

Vi

S4

Vmax
Vi5 = Vi4 Vi3 Vi2

S3

S2

Vmax/2
Vi1

S1 Vi1 Vi2 Vi3 Vi4= Vi5 S1 S2 S3 S4

KM

S5 S

64

65

Cintique enzymatique : Vi=F(E)

Vi
Vi4 Vi3

E4

E3 E2
Vi2

E1
Vi2 Vi3 Vi4

Vi1

Vi1

E1

E2

E3

E4

Pour revoir lanimation : http://sti-bio.scola.ac-paris.fr/pedago/enzymes/cinet_enzymatique.ppt

66

La vitesse maximale est observe haute concentration en substrat, lorsque lenzyme est sature

v0 =

k 2 [E]T [S] K M + [ S]

Vmax = k 2 [E]T

Equation de Michaelis-Menten

v0 =

Vmax [S] K M + [ S]

KM = concentration en substrat lorsque lenzyme travaille la moiti de sa vitesse maximale; mesure de laffinit de lenzyme pour le substrat (= KS si k2 < k-1)

E+S

E.S

E+P
v0 = Vmax = k cat [E ]0

v0 =
v0 = k cat [E]0 [S] Km

k cat [E]0 [S] K m + [S]

kcat caractrise le complexe E.S alors que kcat/Km caractrise lenzyme libre

67

Cintique enzymatique Coordonnes inverses S KM + S


1/Vi

Vi= Vmax
Vi

=
Vi

KM

Vmax Vmax

Vmax
Vi5 = Vi4 Vi3 Vi2

Vmax/2
Vi1

1/Vmax

S1

S2

S3

S4

KM

S5 S

1/S -1/KM

Linarisation de lquation de Michaelis


Lineweaver et Burk Eadie-Scatchard

Hanes-Woolf

Eisenthal et Cornish Bowden

WoolfAugustinssonHofster

68

69

6) Units

70

Units dactivit enzymatique


katal (kat) quantit d'enzyme qui catalyse la transformation de 1 mole de substrat par seconde quantit d'enzyme qui catalyse la transformation de 1 mole de substrat par seconde quantit d'enzyme qui catalyse la transformation de 1 mole de substrat par minute. 60 IU valent donc 1 kat. Cest galement lactivit de lenzyme nombre de molcules de substrat transformes par molcule d'enzyme par seconde ou le nombre de moles de substrat transform par mole d'enzyme. l'activit par mg de protine purifie IU/mg protine (ou kat/mg)

katal (kat)

unit internationale (IU)

nombre de rotations (kcat)

l'activit spcifique (AS)

71

7) Modulateurs de la cintique enzymatique


Inhibiteurs rversibles : Inhibiteurs comptitifs, Inhibiteurs non comptitifs (et mixtes), Inhibiteurs incomptitifs Inhibiteurs irrversibles

72

IC

73

Inhibiteurs comptitifs : quelques exemples.


exemple 1 : des mdicaments
Zanamivir et Tamiflu sont des inhibiteurs comptitifs de la neuraminidase du virus de la grippe. NB : le virus de la grippe a besoin de cette enzyme et de son activit neuraminidase pour se dtacher de la cellule qui la produit. Mthotrexate (MTX) : analogue des folates, inhibiteur comptitif de la DHFR (1000 fois plus affin que le substrat naturel : cest un anticancreux)

74

Acide Folique, folate(s) (DHF hydrogne en 7 et 8, THF hydrogne en 5, 6, 7 et 8)

MTX Inhibiteur Comptitif de DHFR

MTX

75

Inhibition comptitive : exemple 2 La galactosidase


CH2OH O OH H OH H H H H OH H O CH2OH O OH H + H2O OH H H H OH CH2OH O OH OH H OH H H H H OH galactose CH2OH O OH H OH H OH H H OH H glucose

lactose

CH2OH O OH H OH H H H H OH IPTG

CH3 S CH CH3

Iso propyl D thio galactoside (IPTG)

Inhibition comptitive : exemple 3


malonate et oxaloactate (OAA) sont des inhibiteurs comptitifs de la succinatedshydrognase
COOH COOH CO CH2 CH2 COOH COOH Malonate OAA
COOH CH2 CH2 COOH succinate + E-FAD COOH CH CH COOH fumarate + E-FADH2

76

Parenthse : Inhibition comptitive non classique

77

(pas dinhibiteur)

78

Inhibition non comptitive

79

S INC

Les inhibiteurs non comptitifs sont des effecteurs allostriques puisquils agissent ailleurs (allo-) que le site actif

Inhibition non comptitive


Un cas particulier de linhibition mixte (Ki = Ki)

80

Inhibition non-comptitive : exemple 1


COOH COOH CH CH CH3 Thronine NH2 OH
Thronine dhydratase

COOH CO CH2 CH3 2-oxobutyrate

CH CH CH2 CH3

NH2 CH3

Isoleucine

Inhibition non-comptitive : exemple 2


Lnolase est une mtaloenzyme inhibe de faon non-comptitive par des fluorures qui se lient aux mmes sites que ceux du Mg++ qui sont diffrents de ceux de la liaison du substrat mais ncessaires la catalyse enzymatique.
NB lnolase catalyse la transformation de 2PG en PEP

81

Inhibition in-comptitive
Substrat

Enzyme

Enzyme

Su bs tra t

L inhibiteur ne peut se fixer que si le substrat est pralablement fix

Enzyme

Su bs tra t

Inhibiteur

82

LInhibiteur Incomptitif ne se fixe que sur ES Rapport KM / VM = Cte

IInc

affinit augmente

83

Inhibition in-comptitive : exemple 1 Cycle du glyoxylate, iso citrate lyase


COOH HC OH HC COOH CH2 COOH Isocitrate succinate glyoxylate COOH CH2 CH2 COOH + COOH CH O

COOH H2C C CH H COOH itaconate

L itaconate ne se fixe que sur le complexe enzyme substrat la place du succinate

84

Inhibition in-comptitive : exemple 2

Inhibition : la synthse
Type d'inhibition Comptitve KM apparent Kcat apparent

[I] K M 1 + KI

k cat

Non Comptitive

KM

In comptitive

[I] 1 + KI

KM

[I] 1 + KI k cat [I] 1 + KI

k cat

k cat KM 1 [I] 1 + KI 1 [I] 1 + KI

k cat KM

85

I Comp

+ I comp

Enzyme non inhibe

Enzyme non inhibe

I Non comp
+ I non comp

+ I incomp

I Incomp

Enzyme non inhibe

Enzyme non inhibe

Mme Vmax Km diffrent

Mme Km Vmax diffrent

Vmax diffrent Km diffrent

86

Inhibition par excs de substrat


La vitesse de la raction diminue avec la concentration en substrat Site actif de l enzyme prdispos. Diffrence relativement nette en distance entre site actif et catalytique (distinction entre site actif et site catalytique)

Enzyme

Enzyme

Inhibition par excs de substrat


E+S ES + S E+P

ESS
VM [S ] K M + [S] +

vi =

[S]2

K SS

87

Inhibition par excs de substrat : exemple de lactylcholine estrase

Inhibition irrversible et inhibition suicide

88

89

90

91

Inhibition irrversible : liodoactamide ragit avec la chaine latrale de rsidus Cystine

92

C'tait un 1er fvrier 1899 : Invention de l'aspirine.

93

Site catalytique Rsidu Srine en 530

Plaquette

Canal daccs

Acide arachidonique

Site catalytique

Rsidu Srine en 530

X
Plaquette
Canal daccs

Aspirine Actylation

Acide arachidonique

et agrgant plaquettaire

94

Cox-Ser-530-OH

Cox-Ser-530-Ac

Aspirine Inhibiteur irrversible de COX

Ibuprofen Inhibiteur comptitif de COX

95

La pnicilline
R : groupe variable

Cycle thiazolidine

Cycle -lactame (liaison peptidique trs labile)

Repsentation de la composition du peptidoglycane constitutif de la paroi bactrienne

Raction catalyse par la glycopeptide transpeptidase


Glycine Ose Alanine

96

Glycine terminale du motif penta-Gly Glycine Glycopeptide transpeptidase

Dbut du motif ttra-D-Ala-DAla Alanine

Liaison Gly-D-Ala

D-Ala

Analogie structurale entre la pnicilline (A) et le substrat D-ala-D-ala (B)


(A) (B)

97

Formation dune liaison covalente entre pnicilline et la glycopeptide transpeptidase

Pnicilline

Glycopeptide transpeptidase

Enzyme pnicilloyl

98