Presentation - 2015

REPUBLIQUE DU SENEGAL
Un peuple - Un but - Une foi
MINIS TE RE DE L'ENSEIGNEMENT SUPERIEUR ET DE LA

RECHERCHE
UNIVERSITE DE THIES
ECOLE NATIONALE SUPERIEURE D'AGRICULTURE (ENSA)
DEPARTEMENT DES PRODUCTIONS VEGETALES
MÉMOIRE DE FIN D'ETUDES

En vue de l'obtention du diplôme d'Ingénieur Agronome
Option: Productions Végétales
Caractérisation agromorphologique et identification

de marqueurs microsatellites polymorphes de neuf
(09) variétés de mil [Pennisetum glaucum (L.)R. Br.]
cultivées au Sénégal
Présenté et soutenu publiquement par:
M. Mamadou NDOYE
22 Avril 2015
Jury:
Pr Saliou NDIAYE Enseignant-Chercheur à l'ENSA Président
Dr Khadidiatou Ndoye NDIR Chef département Productions Végétales Membre
Dr Bassirou MBACKE Enseignant-Chercheur à l'ENSA Membre
Mr Amadou FOFANA Chercheur/CNRA -Bambey Membre
Dr Fatou GUEYE Projet USAIDIERA Membre

Caractérisation agromorphologique et identification de marqueurs microsatellites polymorphes
de neuf (09) variétés de mil [Pennisetum glaucum (L.)R. Br.] cultivées au Sénégal.
DEDICACES
Louange à ALLAH, seigneur de l'Univers. Que la miséricorde et la paix soient sur
notre Prophète Mouhammad (PSL), sur sa famille et tous ses compagnons.
Je tféâte ce mémoire ... .e:

fi ma très chère mère Khaa!l DIOP: aFFable, honorable, brave: Tu représentes
pour moi le symbole de la bonté par excellence, la source de tendresse et
l'exemple du dévouement qui n'a cessé de m'encouraqer- tes prières et
bénédictions m'ont été d'un grand secours pour mener à bien mes ébudes-
fi mon Père IYIba!leDiagne NDOYE: aucune dédicace ne saurait exprimer l'amour,
l'estime, le dévouement et le respect que j'ai toujours eu pour coi-
fi mes grands-mères votre aFFection et votre soutien m'ont été d'un grand
secours-
fi mes très chers Frères et sœurs : les mots ne suFfisent guère pour exprimer
l'attachement, l'amour et l'aFFection que je porte pour vous·
fi mes très chers oncles et tantes : vous avez. toujours été présents pour les
bons conseils· fi tous les membres de ma Famille- Veuillez. trouver dans ce
modeste travail ma reconnaissance pour tous vos eFForts·
fi la Famille S/3CI<. à Thiénaba ainsi que la Famille Ndiaye à Poub-
fi mon très mon cher ami, talla FflL.L. qui nous a quitté à la Fleur de l'âge !
'Mamadou :J{{])O'}fE-'kIémoire defin d'études-Option : Productions Végéta{es 1

REMERCIEMENTS
Je remercie le projet USAID/ERA en premier lieu pour avoir financé le projet ERAIMil-ENSA.
Ce travail a été réalisé sous la collaboration de l'Ecole Nationale Supérieure d'Agriculture
(ENSA) et le Centre d'Etude Régional pour l'Amélioration de l'Adaptation à Sécheresse
(CERAAS).
Je tiens à remercier sincèrement Pr Saliou NDIAYE, Dr Khadidiatou Ndoye ND IR mes
encadreurs qui ont été toujours à l'écoute et très disponible tout au long de ce travail, ainsi que
pour l'inspiration, l'aide et le temps qu'ils ont bien voulu me consacrer et sans qui ce mémoire
n'aurait vu le jour.
J'exprime ma profonde gratitude au Pr Abdoulaye DIENG, Directeur de l'ENSA, au Dr
Mamadou Thiam DIOP, Directeur des études et au Dr Khadidiatou Ndoye NDIR, Chef du
département des Productions Végétales et à travers eux l'ensemble du corps professoral.
Je remercie le directeur du CERAAS, Dr Ndiaga CISSE d'avoir accepté mon stage. Je remercie
très chaleureusement Mr Mbaye Ndoye SALL, mon tuteur au CERAAS, Daniel FONCE KA,
Mlle Marie Ali Mmadi, Mme Elisabeth DIOP, Mr Romaric, Dr Amy Bodian DJIBA, Nofou
Ouédraogo, Mouhamed SALL, TOSSIM, Khady DIOP, DOSSA pour leur soutien et leur
disponibilité et à travers eux, l'ensemble du personnel administratif pour leur accueille et mes
amis stagiaires Awa Maiga, Wilane BOUSSO, Ndiawar LY, Joseph GOMIS, Aliou DIOUF,
GANO et Awa SARR.
J'adresse ma profonde gratitude à tous les membres du jury pour leur disponibilité.
J'exprime ma gratitude à l'ensemble des enseignants pour la qualité de la formation. Je remercie
plus particulièrement Dr Pape Madiallacké DIEDHIOU, Dr Ibrahima DIEDHIOU et Dr
Bassirou MBACKE, qui ont accepté de répondre à mes questions avec gentillesse et également
à Adja Fatou Sy BA pour son aide.
Mes remerciements s'adressent également, à Cheikh Oumar SAMB, Abdou HANE, au Dr
Roger pour leur générosité et leur aide pendant ce stage.
Je tiens aussi à remercier Pape DIOP et l'ensemble du personnel du CATA pour l'entretien de
la parcelle expérimentale. Je remercie aussi François FAYE, Karim TRAORE, Habib
CAMARA et l'ensemble du personnel de CATE pour leur appui et soutien après la récolte.
Je tiens à exprimer ma reconnaissance envers Alpha SALL, Babacar NIASS, Malick DIOP,
Cheikh Ahmed Tidiane DIENG, Moustapha DIOME, Mamadou DIOP, Marième FAYE,
Aboubakry Mbissane FAYE, Djibril THIAM, Serigne THIAM, Richard DIEME, Youssouf
SAMBOU, Madou BA, Abdourahmane DIOP et Abdoulaye DIOP pour leur appui, soutien et
accompagnement durant la période de l'essai. Je tiens aussi à remercier Abdoulaye DAFF,
Moustapha Diéré SAGNA, Madické MBODJ, Khadim Rassol DIOP, Bara THIOUNE, Awa
MBOUP .... pour leurs conseils et encouragements très utiles.
J'exprime aussi ma forte reconnaissance envers un grand esprit « Cheikh FALL », mon voisin
de chambre. Je tiens également à remercier la se PV2014 pour leur sympathie durant l'année
ainsi qu'à la 2ge promotion et à travers eux, l'ensemble des étudiants de l'ENSA.
Je remercie l'ensemble des membres du Dahira Tidjane pour leurs prières.
Enfin, j'adresse mes plus sincères remerciements à tous mes proches et amis, qui m'ont toujours
soutenue, encouragée et formuler des prières au cours de la réalisation de ce mémoire. MERCI !!!!

RESUME
La culture du mil [Pennisetum glaucum (L.) R. Br.] occupe une place importante aussi
bien dans l'alimentation que dans la constitution des revenus des populations du bassin
arachidier. Dans le but de renforcer la chaîne de valeurs du mil à travers la caractérisation des
ressources phytogénétiques, l'amélioration de la tolérance aux stress hydriques de variétés élites
et une diffusion de nouvelles variétés de mil cultivées au Sénégal, neuf variétés provenant du
Centre National de Recherches Agronomiques de Bambey ont été caractérisées dans le cadre
d'un projet collaboratif entre l'ENSA, le CERAAS et l'ANCAR financé par le projet
USAID/ERA. Ce présent travail a pour objectif d'évaluer le comportement agromorphologique
de neuf variétés de mil afin de favoriser leur utilisation rationnelle mais également d'identifier
micro satellites polymorphes de l'ADN génomique à travers l'utilisation des microsatellites.
L'essai a été conduit selon un dispositif en blocs complètement randomisés à quatre répétitions.
Huit (08) caractères quantitatifs pour la caractérisation agromorphologique et dix (10)
marqueurs micro satellites ont été étudiés. La classification hiérarchique ascendante a permis de
distinguer les variétés en deux grands groupes. Les variétés les plus précoces ont muri 69-71
jas et les moins précoces au 74 jas. Ces variétés ont présenté un raccourcissement de leur cycle.
Les observations phytosanitaires ont montré une forte incidence de l'ergot et une faible
incidence du charbon et du mildiou sur les variétés. La variété ICMV 92222 est la plus attaquée
et les variétés Gawane et Souna 3 sont les moins attaquées. La hauteur des plantes a varié de
238,50 à 296,08 cm. La variété ICMV 92222 est la plus haute suivie d'ICMV 89305 et Sosat
C88. Les variétés ISMI 9507 et ICMV 89305 ont obtenu le plus grand nombre de talles. Le
poids de mille grains a varié de 7,5 à 9,25 g et la variété Sosat C88 a enregistré la plus grande
valeur. Pour la longueur de l'épi, la variété Thialack 2 a la plus grande valeur et a varié de 32,42
à 61,08 cm. Le rendement en grains oscille de 1,2-2,3tonnes et la variété Sosat C88 est la plus
performante. Par ailleurs, dix marqueurs micro satellites ont été testés sur douze individus
appartenant aux neuf variétés de mil. Un total de sept marqueurs micro satellites a été identifié
comme étant polymorphes du mil.
Mots clés: Caractérisation agromorphologique, variété, mil, polymorphisme génétique, marqueurs
microsatellites, chaîne de valeur, Sénégal.

ABSTRACT
Pearl millet [Pennisetum glaucum (L.) R. Br.] has an important role both in food and in
the composition of income in peanut area people. In order to strengthen the value chain of pearl
millet through the characterization of plant genetic resources, improving tolerance to water
stress of elite varieties and diffuse of new pearl millet varieties cultivated in Senegal, nine
varieties from the National Center for Agricultural Research in Bambey were characterized as
part of a collaborative project between ENSA, CERAAS ANCAR financed by USAID/ERA.
The work aims to evaluate the bevahior of agromorphological for nine varieties to promote
rational use and to identify polymorphie markers of genomic DNA through the use of
micro satellites. Field trial was carried out on a randomized completely block design with four
replications. Eight (08) quantitative traits for agromorphological characterization and ten (10)
micro satellite markers were studied. Hierarchical cluster made to distinguish varieties into two
groups. Learlies varieties have matured 69-71 jas and less early at 74 jas. Varieties showed a
shortening of their cycle. Phytosanitary observations have shown a high incidence of the pin
and a low incidence of coal and downy mildew on varieties. ICMV 92222 is the most attacked
Gawane 3 and Souna are the least attacked. Plant height ranged from 238.50 to 296.08 cm.
ICMV 92222 is the highest followed by ICMV 89305, Sosat C88. ISMI 9507 and 89305 ICMV
were obtained the highest number oftillers. The thousand grain weight ranged from 7.5 to 9.25
g and Sosat C88 were recorded the highest value. For spike length, Thialack 2 has the greater
value and ranged from 32.42 to 61.08 cm. Grain yield varied from 1,2 to 2,3tonnes and Sosat
C88 is the most performant. In addition, ten microsatellites markers were tested on twelve
individuals belonging to nine varieties of pearl millet. A total of seven micro satellite markers
have been identified as being polymorphie for pearl millet.
Keywords: agromorphological characterization, variety, millet, genetic polymosphism, microsatellite

markers, value chain, Senegal.
'Mamadou :J{{])O'}fE-'kIémoire defin d'études-Option : Productions Végéta{es IV

TABLE DES MATIERES
DEDICACES i
REMERCIEMENTS ii
RESUME iii
ABSTRACT iv
TABLE DES MATIERES v
LISTE DES ACRONYMES viii
TABLE DES ILLUSTRATIONS ix
Liste des photos ix
Liste de carte ix
Liste des tableaux ix
Listes des figures ix
Liste des annexes x
INTRODUCTION 1
CHAPITRE 1: 3
SYNTHESE 3
BIBLIOGRAPHIQUE 3
1.1. Importance de la culture 4
1.2. Origine et domestication du mil 4
1.3. Taxonomie et systématique 4
1.4. Types de mil cultivés 4
1.5. Diversité génétique chez le mil 5

1.5.1. Les collections de mil 5
1.5.2. La diversité génétique du mil., 5
1.6. Morphologie du mil 7

1.6.1. Le système racinaire 7
1.6.2. Les tiges 7
1.6.3. Les feuilles 7
1.6.4. L'inflorescence 7
'Mamadou :J{{])O'}fE-'kIémoire defin d'études-Option : Productions Végéta{es v

1.7. Croissance et développement du mil 8

1.7.1. La phase végétative 8
1.7.2. Phase reproductive 9
1.7.3. Phase de maturation 9
1.8. Exigence édapho-climatique 10
1.9. Pratiques culturales 10

1.9.1. Rotation 10
1.9.2. Travail du sol. 10
1.9.3. Semis 10
1.9.4. Entretien de la culture Il
1.9.4.1. Sarclo-binage 11
1.9.4.2. Démariage 11
1.9.4.3. Fertilisation 11
1.9.4.4. Contrôle des maladies et ennemis 12
1.10. Récolte et opérations post-récolte 13

1.10.1. La récolte 13
1.10.2. Les opérations post-récoltes 13
1.11. Les marqueurs moléculaires 14
CHAPITRE 2: 16
MATERIEL ET METHODES 16
2.1. Caractérisation agromorphologique 17

2.1.1. Matériel végétal. 17
2.1.2. Caractéristiques du site expérimental 17
2.1.3. Dispositif expérimental 18
2.1.4. Pratiques culturales de l'essai 19
2.1.4.1. Semis 19
2.1.4.2. Fertilisation 19
2.1.4.3. Démariage 19
2.1.4.4. Protection phytosanitaire 19
2.1.4.5. Sarclo-binages 19
2.1.5. Méthodes et paramètres étudiés 19
2.1.5.1. Suivi des phases phénologiques 19
2.1.5.2. Paramètres agromorphologiques 20
2.1.5.3. Paramètres de rendement 20
'Mamadou :J{{])O'}fE-'kIémoire defin d'études-Option : Productions Végéta{es VI

2.1.5.4. Suivi de l'état phytosanitaire de la culture 21
2.2. Caractérisation moléculaire 21

2.2.1. Le matériel végétal 21
2.2.2. Extraction d'ADN 22
2.2.3. Quantification de l' ADN 22
2.2.4. Amplification PCR de l'ADN sur Thermocycleur 22
2.2.5. Révélation des marqueurs microsatellites sur Li-Cor® 23
2.3. Analyse des données 24
CHAPITRE 3: 25
RESULTATS ET DISCUSSION 25
3.1. Résultats 26
3.1.1. Caractérisation agromorphologique 26

3.1.1.1. Phénologie 26
3.1.1.2. Parasitisme de la culture 27
3.1.1.3. Hauteur des plantes 28
3.1.1.4. Nombre de feuilles par plante 29
3.1.1.5. Nombre de talles par plante 30
3.1.1.6. Longueur de la chandelle 31
3.1.1. 7. Poids de mille grains 31
3.1.1.8. Rendement en grain sec 32
3.1.1.9. Résultats des analyses multivariées 33
3.1.1.9.1. Corrélation entre les variables étudiées 33
3.1.1.9.2 Classification hiérarchique des variétés suivant les variables étudiées 34
3.1.2. Caractérisation moléculaire 35
3.2. Discussion 36
CONCLUSION, RECOMMENDATIONS ET PERSPECTIVES .40
BIBLIOGRAPHIE 42
WEB LlO GRAPHIE 46
ANNEXES a
'Mamadou :J{{])O'}fE-'kIémoire defin d'études-Option : Productions Végéta{es Vll

LISTE DES ACRONYMES
ADN Acide Désoxyribonucléique

AFLP Amplied Fragment Length Polymorphism
ANCAR Agence National de Conseil Agricole et rurale
ANOVA Analyse de la Variance
BCR Bloc Complètement Randomisé
CERAAS Centre d'Etude Régional pour l'Amélioration de l'Adaptation à la Sécheresse
Centre de coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le
CIRAD
Développement
CNRA Centre National de Recherches Agronomiques
CORAF Conseil Ouest et Centre Africain pour la Recherche et le Développement Agricoles
CV Coefficient de Variation
ENSA Ecole Nationale Supérieure d'Agriculture
ERA Education Recherches Agriculture
FAO Food and Agriculture Organization
HP Hauteur des Plantes
ICRISAT Institut International de Recherche sur les Cultures des Zones Tropicales Semi-arides
IPGRI Institut International des Ressources Phytogénétiques
IRD Institut de Recherche pour le Développement
ISRA Institut Sénégalais de Recherches Agricoles
ITA Institut de Technologie Alimentaire
JAS Jour Après Semis
LCH Longueur Chandelle
LSD Least Significant Difference
MATAB Mixed Alkyl Triméthyl Ammonium Bromide
NEP Nombre d'Epis fertiles par Poquet
NFP Nombre de Feuilles par Plante
NTP Nombre de Talles par Plante
PCR Polymerase Chain Reaction
PMG Poids Mille Grain
PMS Poids Matière Sèche
RAPD Random Amplified Polymorphie DNA
RFLP Restriction Fragment Length Polymorphism
RGS Rendement en Grain Sec
ROCAFREMI Réseau Ouest et Centre Africain de Recherche sur le Mil
SSR Simple Sequence Repeat
TE Tris-EDTA
UE Unité Expérimentale
USAID Agence des Etats-Unis pour le Développement International
'Mamadou :J{{])O'}fE-'kIémoire defin d'études-Option : Productions Végéta{es V111

TABLE DES ILLUSTRATIONS

Liste des photos
Photo 1 : Epillet et grain de mil Photo 2:Type de fleurs du mil (Maiti et Bidinger, 1981) 8
Photo 3: Phases de croissance et de développement du mil (Maiti & Bidinger, 1981) 8
Photo 4 : Dispositif expérimental. 18
Photo 5: Tallage (04/09/2014) Photo 6 : Maturité physiologique (19/10/2014) 20
Photo 7: Longueur des épis par variété Photo 8: Rendement en grain sec (03/11/2014)21
Photo 9: Mildiou (08/10/2014) Photo 10: Charbon (18/10/2014) Photo 11: Ergot (17/10/2014) 21
Photo 12: Quantification de l'ADN sur gel d'agarose Photo 13: cuve d'électrophorèse 22
Photo 14: Thermocycleur de type PTC Photo 15: Li-Cor 4300 DNA analyzer connecté sur ordinateur
......................................................................................................................................................... 24
Photo 16: Profil de migration des fragments d'ADN (09/02/2015) 24
Liste de carte
Cartel: Localisation du site expérimental.. 17
Liste des tableaux
Tableau 1: Les principaux ennemis du mil et méthodes de lutte culturale utilisées 12

Tableau 2: Quelques caractéristiques des variétés utilisées 17
Tableau 3 : Caractéristiques des marqueurs microsatellites utilisés pour le criblage 23
Tableau 4: Synthèse des résultats de l'ANOV A des paramètres agromorphologiques 26
Tableau 5: Synthèse de l'ANOV A des paramètres du rendement. 26
Tableau 6 : Durée des phases phénologiques des variétés étudiées 27
Tableau 7: Matrice de corrélation de Pearson des variables étudiées 34
Tableau 8: Résultat des amorces testées 36
Listes des figures
Figure 1 : Répartition mensuelle de la pluviométrie 18

Figure 2 : Incidence des maladies (%) dans la parcelle 28
Figure 3: Incidence des maladies par variétés (%) 28
Figure 4: Courbes de croissance des variétés 29
Figure 5 : Hauteur des plantes à la maturité 29
Figure 6 : Evolution du nombre de feuilles 29
Figure 7 : Production de talles par variété au cours du cycle 30
Figure 8: Nombre de talles à la maturité par variété 30
Figure 9 : Longueur de la chandelle par variété 31
Figure 10 : Poids de mille grains par variétés 32
'Mamadou :J{{])O'}fE-'kIémoire defin d'études-Option : Productions Végéta{es IX

Figure 11 : Rendement (T/ha) en grain sec par variété 33

Figure 12 : Dendrogramme basé sur les distances Euclidienne plaçant les 09 variétés de mil dans des
groupes et des sous-groupes 35
Liste des annexes
Annexe 1: Tableaux d'ANOVA des paramètres agromorphologiques b

Annexe 2: Tableaux d'ANOV A des paramètres de rendement c
Annexe 3: Protocoles d'extraction d'ADN génomique c
Annexe 4 : Protocole de préparation du mix pour les réactions PCR. d
'Mamadou :J{{])O'}fE-'kIémoire defin d'études-Option : Productions Végéta{es x

INTRODUCTION
Le mil [Pennisetum gla ucum (L.) R. Br.].) est la principale culture vivrière dans les
régions arides et semi-arides (FAOSTAT, 2005). La production mondiale du mil se chiffre à
26282000 tonnes sur une superficie de 36316000 ha et en Afrique, 10.420.889 tonnes sur
20.238.42lha (FAO, 2011). Au Sénégal, elle est estimée à 480.459 tonnes sur 779.803ha (FAO,
2011). Les populations sahéliennes, dont la croissance démographique dépasse les 3 % par an,
sont déjà pour la plupart en situation d'insécurité alimentaire chronique (IRD, 2004). Pour faire
face aux besoins alimentaires d'une population croissante, l'agriculture africaine doit
s'intensifier (Kouressy et al., 2004).
Le mil est la principale céréale cultivée au Sénégal où il constitue l'aliment de base des
populations (Diangar et al., 2010). Cette céréale est produite sur l'ensemble du territoire
national (Ndiaye et Niang, 2010). Elle occupe la deuxième place des céréales consommées
(Ndiaye et Niang, 2010), avec 38% de la production totale céréalière nationale (ANDS, 2013).
Extrêmement résistant à la sécheresse et bien adapté aux sols pauvres, le mil reste la seule
culture correspondant véritablement aux conditions du milieu et aux habitudes alimentaires
traditionnelles (IRD, 2009).
Les impacts négatifs des changements climatiques menacent gravement plusieurs

secteurs économiques parmi lesquels le secteur agricole. La faiblesse des rendements constatée
résulte de la combinaison de plusieurs facteurs abiotiques et biotiques (ISRA, ITA, CIRAD,
2005). A ces contraintes s'ajoutent un épuisement progressif des sols, la non utilisation de
technologies appropriées et l'insuffisance de l'encadrement des producteurs (ISRA, ITA,
CIRAD, 2005). Par ailleurs, les variétés traditionnelles de mil qui ont l'avantage d'être rustiques
ont un trop faible potentiel de production pour valoriser les techniques agronomiques modernes.
C'est pourquoi la recherche s'est orientée vers de nouvelles structures variétales permettant
d'augmenter la productivité du mil. L'urgence est d'augmenter les rendements agricoles en
particulier du mil mais aussi d'orienter la recherche sur des ressources phytogénétiques plus
performantes et plus tolérantes aux facteurs biotiques et abiotiques. C'est ainsi qu'une
proposition de recherche collaborative entre l'ENSA, le CERAAS et l'ANCAR a été élaborée
et financée par l'USAID-ERA. Le projet a pour objectif global le renforcement de la chaîne de
valeurs du mil à travers la caractérisation des ressources phytogénétiques, l'amélioration de la
tolérance aux stress hydriques de variétés élites et la diffusion de nouvelles variétés dans les
régions de Louga, Thiès et le département de Nioro.
:Jvlamaaou :J{(])O'Y'E-:Jvlémoiredefin d' études-Option : Proauctions végéta[es 1

Ainsi, pour améliorer la production du mil dans le bassin arachidier, condition

nécessaire pour l'atteinte de la sécurité alimentaire et à l'augmentation des revenus des
populations, il est nécessaire de connaître les performances agronomiques des variétés cultivées
dans cette zone de forte production de mil. C'est dans ce contexte que cette étude intitulée
«Caractérisation agromorphologique identification de marqueurs microsatellites polymorphes
de neuf (09) variétés de mil [Pennisetum glaucum (L.) R. Br.] cultivées au Sénégal» a été
menée. Elle a pour objectifs spécifiques de déterminer la durée des phases phénologiques des
variétés, de connaître comportement agromorphologique des variétés, d'appréhender les
performances agronomiques des variétés, déterminer l'incidence des principaux ennemis sur la
culture du mil dans la zone d'étude et d'identifier des marqueurs micro satellites polymorphes
en vue d'une caractérisation moléculaire des variétés de mil cultivées au Sénégal. Ce qui
permettra une utilisation rationnelle de ces variétés dans le choix des paysans et dans les
programmes de sélection pour le renforcement de la chaîne de valeur mil dans le bassin
arachidier.
A la fin, l'étude permettra d'avoir une meilleure connaissance des variétés, à travers:
y La détermination des phases phénologiques des variétés;
y La mesure des paramètres de croissance;
y L'analyse des paramètres de rendement;
y La détermination de l'incidence des ennemis du mil particulièrement les maladies
fongiques (mildiou, ergot et charbon);
y L'identification de marqueurs micro satellites pour étudier la diversité génétique du mil.
Ce présent mémoire se propose dans un premier temps de faire une synthèse

bibliographique des connaissances sur la culture du mil, de présenter ensuite le matériel et les
méthodes utilisés, les résultats et la discussion pour en fin dégager la conclusion et les
perspectives de recherche.

CHAPITRE 1:
SYNTHESE
BIBLIOGRAPHIQUE

1.1. Importance de la culture
Le mil à chandelle ou mil pénicillaire reste une culture alimentaire très importante dans
les régions semi-arides de l'Afrique et de l'Inde (Ahmadi et al., 2002). Il existe une multitude
de produits à base de mil sur les marchés qui sont généralement plus appréciés que ceux à base
de sorgho. (Ahmadi et al., 2002). Par ailleurs, le mil occupe une place de choix dans la
transformation des céréales locales qui constitue un secteur en plein expansion dans l'économie
locale et le développement des petits et moyennes entreprises (PME) et des petits et moyennes
industries (PMI). Les grains de cette céréale sont aussi utilisés pour l'alimentation animale.
Après la récolte, les tiges de mil sont utilisées pour fabriquer des cases, des greniers et des
concessions ainsi qu'en alimentation animale (Ahmadi et al., 2002).
1.2. Origine et domestication du mil
Le mil pénicillaire aurait été domestiqué au sud du Sahara où existent les centres
primaires de diversité renfermant des espèces cultivées et des espèces sauvages fertiles. Cette
culture s'est par la suite répandue à travers les zones tropicales semi-arides d'Afrique et d'Asie.
De nos jours, une très large diversité de durées de cycle et de caractères morphologiques se
rencontre en Afrique de l'Ouest et centrale (Ahmadi et al., 2002).
1.3. Taxonomie et systématique
Le mil appartient au genre Pennisetum (famille des Poaceae, sous-famille des

Panicoides, tribu des Paniceae) dont la soixantaine d'espèces est répartie dans les régions
tropicales et subtropicales (Van Der Zon, 1992). Le genre Pennisetum comprend plus de 140
espèces (Ahmadi et al., 2002). Le mil appartient à la section Penicillaria, qui se caractérise
par la présence d'une touffe de poils sur l'apex des étamines. Dans l'espèce Pennisetumglaucum,
on reconnaît trois sous-espèces: Pennisetum glaucum subsp. glaucum, le mil cultivé;
Pennisetum glaucum subsp. violaceum, la forme sauvage largement présente en Afrique dans
la zone sahélienne, de l'Atlantique à la mer Rouge, dans des situations écologiques très variées;
Pennisetum glaucum subsp. Sieberianum, qui rassemble les formes intermédiaires issues
d'hybridations naturelles entre formes cultivées et formes sauvages (Van Der Zon, 1992).
1.4. Types de mil cultivés
Deux types de mil se trouvent généralement au Sénégal (Fofana et al., 2011):
y Le mil Souna, précoce (80-100 jours) qui occupe environ 85% des superficies en mil
et se trouve surtout dans les zones les moins arrosées;

y Le mil Sanio, tardif (l30-l50 jours) et photosensible dont la culture est

essentiellement localisée dans les zones les plus pluvieuses (Sud et Est). Son aire de
distribution s'est rétrécie à cause de la baisse de la pluviométrie (Fofana et al., 2011).
1.5. Collections et diversité génétique
1.5.1. Les collections de mil

Le patrimoine héréditaire du Genre Pennisetum englobe environ 140 espèces et sous-
espèces. Ces espèces offrent une grande diversité dans leur système de reproduction (de
l'allogamie à l'apomixie), leur longévité (annuelle ou pérenne) et leur niveau de ploïdie. De
plus, elles sont distribuées dans des milieux écologiques extrêmement variés (Kumar et Appa
Rao, 1987 cité par Loumerem, 2004). Cette richesse biologique suppose l'existence de
potentialités agronomiques qui pourraient être exploitées dans l'amélioration du mil. Il existe
maintenant une collection de près de 20.503 échantillons de mils cultivés, cultivars traditionnels
et mils sélectionnés confondus, originaires de 47 pays, auxquels il faut ajouter 688 échantillons
appartenant à 23 espèces sauvages du genre Pennisetum. Cette collection a été rassemblée,
grâce aux prospections réalisées par l'ICRISAT, en collaboration avec la FAO, l'IPGRI, l'IRD
et des instituts de recherche nationaux (Marchais, 1982; Appa Rao et al., 1985, 1986 et 1996;
Reddy et al., 1996 cité par Loumerem, 2004). Cette collection s'accroît encore et elle est
actuellement maintenue et conservée dans son intégralité par le centre indien de l'ICRISAT à
Hyderabad (Loumerem, 2004).
1.5.2. La diversité génétique du mil
La diversité génétique se réfère à la variation des gènes au sein des espèces, c'est-à-dire la
variation héritable dans et entre les populations d'organismes. Au final, toute variation réside
dans la séquence des quatre paires de bases qui composent la molécule d'ADN, et comme tels
constituent le code génétique. La fréquence élevée de croisements spontanés entre espèces
cultivées et espèces sauvages explique la forte variabilité observée au niveau des populations
ou variétés de mil (Ahmadi et al., 2002). Selon le modèle de Harlan et DE WET, 1971,
Bezançon et al., 1997, le complexe d'espèces du genre Pennisetum peut être structuré en trois
pools géniques:
y Le pool primaire
Il est mono spécifique et rassemble les trois sous-espèces de Pennisetum glaucum (Tostain,
1992, Bezançon et al., 1997). Dans certaines régions de culture, l'importance des formes
intermédiaires a conduit les populations locales à leur attribuer une appellation particulière.

Dans leur zone d'origine, mil sauvage et mil cultivé ne sont pas différenciables par des allèles
diagnostiques aux loci étudiés par électrophorèse enzymatique, mais uniquement par leurs
fréquences alléliques à ces loci. Lorsque les formes sauvages et les formes cultivées sont en
situation sympatrique, leurs distances génétiques et morphologiques sont moindres que
lorsqu'elles sont en situation allopatrique (Tostain, 1992, Bezançon et al., 1997). Selon
Bezançon, et al., 1997, cela peut s'expliquer par le brassage génétique actuel au sein du pool
primaire, qui s'oppose à une évolution divergente des formes sauvages et des formes cultivées
du mil.
y Dans le pool secondaire
Il est composé des deux espèces Pennisetum purpureum et Pennisetum squamulatum, qui
peuvent s'hybrider facilement avec Pennisetum glaucum (Hanna, 1987 ; cité par Bezançon, et
al., 1997). La structure du polymorphisme des ADN mitochondriaux (Chowdhury et Smith,
1988, Bezançon et al., 1997) et des fragments d'ADN répété (Ingham et al, 1993, Bezançon et
al., 1997) rendent compte de la proximité phylogénétique qui existe entre Pennisetumglaucum,
d'une part, et l'ensemble constitué par Pennisetum purpureum et Pennisetum squamulatum,
d'autre part. Ceci est en accord avec les possibilités d'hybridation entre le mil et les deux espèces
du pool secondaire. Ces possibilités peuvent être exploitées pour transférer l'apomixie de
l'espèce Pennisetum squamulatum au mil cultivé Pennisetum glaucum, par l'intermédiaire de
Pennisetum purpureum (Hanna, 1990 cité par Bezançon et al., 1997).
y Le pool tertiaire
Il regroupe les autres espèces du genre, dont les espèces de la section Brevivalvula. Très
représentées en Afrique, où elles occupent des niches écologiques diverses. Elles pourraient
être utilisées dans l'amélioration du mil cultivé (Bezançon, et al., 1997). Les différents niveaux
de ploïdie observés dans le complexe d'espèces agamiques de la section Brevivalvula (2n= 2x,
4x, 5x, 6x, avec x = 9) sont structurés sur le plan biogéographique selon les grands écosystèmes
et en relation avec le relief. L'analyse de la variabilité iso-enzymatique de ces espèces indique
une diversité génétique du même ordre de grandeur dans tous les taxons étudiés quels que soient
leur niveau de ploïdie et leur système de reproduction (Schmelzer et Renno, 1996 cité par
Bezançon, et al., 1997).

1.6. Morphologie du mil
1.6.1. Le système racinaire
Le système racinaire fasciculé est concentré dans les trente premiers centimètres du sol,
mais certaines racines peuvent descendre jusqu'à trois mètres de profondeur (Ahmadi et al.,
2002). Le mil comprend trois types de racines: la racine séminale ou la racine primaire, dérivée
directement de la radicule; les racines adventices ou racines secondaires, qui se développent à
partir des nœuds à la base de la tige ; et les racines du collet ou coronaires qui proviennent des
nœuds inférieurs de la tige ou au-dessus de la surface du sol (Maiti et Bidinger, 1981).
1.6.2. Les tiges
Le mil est une plante annuelle à port dressé (Noba, 2002). La tige est épaisse et robuste
à la base et sa taille, à maturité, varie de 1,50 m à 4 m (Ouendeba, 1995). Elle porte des nœuds
où sont logés des bourgeons qui peuvent donner naissance à des talles.
1.6.3. Les feuilles
Les feuilles mesurent 100 cm de long et 10 cm de large. Elles sont munies d'une gaine
glabre, souvent ciliée au sommet. La ligule est réduite à un anneau cilié. Le limbe est arrondi à
la base avec des bords scabres souvent ondulés. Il a une forme linéaire lancéolée. Il est glabre
ou pileux à la face supérieure.
1.6.4. L'inflorescence
Le mil est une espèce annuelle, diploïde (x=7, 2n=2x=14), sexuée, hermaphrodite,
préférentiellement allogame avec une protogynie fortement marquée (Bezançon et al., 1997).
L'inflorescence du mil (photo 2) est un faux épi (les épillets ne sont pas sessiles) situé à
l'extrémité de la tige, appelée chandelle. Chaque épillet porte deux types de fleurs:
y une fleur parfaite en haut bisexuée avec des anthères et des stigmates;
y une fleur mâle à la base contenant seulement des anthères.
:Jvlamaaou :J{(])O'Y'E-:Jvlémoiredefin if études-Option : Proauctions végéta[es 7

G on ~I slde
Photo 1 : Epillet et grain de mil Photo 2:Type de fleurs du mil (Maiti et Bidinger, 1981)
1.7. Croissance et développement du mil
Le mil est une plante annuelle dont le cycle de croissance peut être divisé en trois phases:
la phase végétative, la phase reproductive et la phase de maturation (photo 3).
Photo 3: Phases de croissance et de développement du mil (Maiti & Bidinger, 1981)
1.7.1. La phase végétative
La phase végétative (photo 3), pouvant aller de 0 à plus de 50 jours après semis (JAS),
débute lors de l'émergence de la plantule et se poursuit jusqu'à l'initiation de la panicule (Maiti
et Bidinger, 1981). La germination du mil est hypogée et se produit environ 48 heures après le
semis si les conditions sont favorables. La levée a lieu avec l'apparition de la première feuille,
4 à 5 JAS. A la fin de la levée, les bourgeons de toutes les feuilles sont apparus et chez les
variétés précoces, 6 à 7 feuilles sont déjà développées.

La plantule développe son système racinaire primaire et forme de nombreuses racmes

adventives (Maiti et Bidinger, 1981).
Le tallage débute autour de 15 jours après la levée et se poursuit durant 10 à 20 jours

chez les variétés précoces (Maiti et Bidinger, 1981). Il est généralement plus long chez les
variétés semi-tardives et tardives, tout en restant lié à la date de semis chez les variétés
photosensibles. Durant la phase végétative, l'accumulation de biomasse concerne
essentiellement les feuilles et les racines. Elle peut aussi concerner les tiges notamment en cas
d'un semis précoce d'une variété photosensible. L'initiation de la panicule est marquée par
l'élongation du dôme apical et permet l'entrée dans la phase suivante (Maiti et Bidinger, 1981).
1.7.2. Phase reproductive
La phase reproductive (photo 3) s'observe souvent aux alentours du so=' au 75ème JAS.
Elle commence avec l'initiation paniculaire et marque souvent le début de la montaison, c'est-
à-dire l'allongement des entre-nœuds des tiges à partir de la base (Maiti et Bidinger, 1981).Les
talles entament la montaison de la même manière que la tige principale, mais avec un certain
décalage dans le temps. Pendant la phase reproductive, l'accumulation de la biomasse concerne
les tiges et les panicules, en plus des racines et des feuilles. La panicule développe des épillets
sur lesquels émergent des fleurs mâles et femelles et après fécondation des graines. La floraison
a lieu deux à trois jours après l'apparition effective de la panicule. Les fleurs femelles
s'épanouissent avant les mâles et leur apparition se fait progressivement du sommet de la
panicule à la base. Cinq à six jours plus tard, la floraison et la fécondation de la panicule sont
terminées (Maiti et Bidinger, 1981).
1.7.3. Phase de maturation
Cette phase (photo 3) commence après la fécondation des fleurs de l'inflorescence

principale, à partir du 75ème JAS chez les variétés précoces et semi-tardives. Elle peut intervenir
avant cette date chez les variétés ultra précoces et se poursuit jusqu'à la maturité totale des épis
(épis de la tige principale et des talles). Pendant cette phase, l'accumulation de biomasse
concerne surtout les caryopses ainsi que les feuilles et les tiges des talles susceptibles de
produire des épis. L'accumulation de la biomasse des grains (photo 1) (et remplissage des
grains) se fait souvent au détriment des feuilles plus âgées et des jeunes talles non productives
qui se dessèchent par sénescence. La sénescence des feuilles se poursuit jusqu'aux 2 ou 3
dernières feuilles, vers le sommet de la tige. Les grains (photo 1) traversent une phase laiteuse,
une phase cireuse ou vitreuse avant de parvenir à la maturité physiologique, environ 20 à 25

jours après la floraison selon les variétés (Maiti et Bidinger, 1981).
1.8. Exigence édapho-climatique
Les pénicillaires sont des graminées de zones semi-arides chaudes avec des
températures moyennes de 28°C pendant la saison de culture (Ahmadi et al., 2002). Les mils
sont généralement cultivés dans des zones ayant une pluviométrie variant entre 200 et 800
mm, répartis sur trois à six mois correspondant à la longueur de la saison des cultures. Le mil,
moins exigeant que le sorgho, est généralement cultivé sur des sols légers et sablo-argileux
bien drainés avec un pH faible. Il tolère la sécheresse, un faible niveau de fertilité des sols et
des températures élevées (Ahmadi et al., 2002).
1.9. Pratiques culturales
1.9.1. Rotation
De façon globale, la rotation mil/légumineuse a un effet bénéfique pour le mil, elle

augmente de façon durable la productivité du mil même si parfois l'effet n'est pas évident dans
les premiers cycles de rotation (ROCAFREMI, 2002). Il faut cependant éviter la rotation mil/mil.
1.9.2. Travail du sol
Le scarifiage et le labour du sol permettent un meilleur développement de la plante,

augmentant ainsi le rendement. Le mil est cultivé sur des sols légers contenant plus de 65 % de
sable, donc faciles à travailler (Ahmadi et al., 2002).
1.9.3. Semis
Il peut être réalisé à sec ou après une pluie de 20 mm ou plus. (Ahmadi et al., 2002). Le
mil est habituellement semé en poquets, dont l'espacement varie entre 45 cm x 45 cm et 100
cm x 100 cm en champ paysan, en fonction du système de culture et de la nature du sol. Le
nombre de grains par poquet varie de quarante à plus de cent (Ahmadi et al., 2002). Il faut
semer manuellement après rayonnage (90x90 cm) ou mécanique avec un semoir muni d'un
disque à 8 trous avec cache. La dose est de 4 kg de semence/ha (ROCAFREMI, 2002).

1.9.4. Entretien de la culture
1.9.4.1. Sarclo-binage
Deux à trois sarclo-binage peuvent être effectués. Un premier sarclo-binage est réalisé
avec:
y binage mécanique à la houe sine ou occidentale à 7 jours après la levée ;

y sarclage manuel à l'hilaire ou daba à 3-5 jours après la phase mécanique.
Un deuxième sarclo-binage mécanique est effectué à 15 jours après le premier sarclage

manuel. Et enfin un troisième sarclo-binage à la demande, spécialement en parcelle enherbée
ou infestée de striga (Diangar et al., 2010).
1.9.4.2. Démariage
Selon ROCAFREMI, 2002, le démariage se fait à trois plantes par poquets, entre le 8e
et le Ise jour après la levée, en humide. S'il n'y a pas de pluie, démarier de préférence l'après-
midi en évitant de laisser les racines à nu et en plombant autour du poquet avec un poing fermé.
1.9.4.3. Fertilisation
Le mil répond bien à la fumure organique et à la fumure minérale (Ahmadi et al., 2002).
Il faut utiliser de l'engrais de fond; NPK (16-16-16 ou 15-10-10) à la dose de 150 à 200kg/ha
ou 2t/ha de compost ou fumier plus 100 kg/ha de phosphate tricalcique avant le hersage. Pour
l'engrais de couverture, il faut faire un premier épandage d'urée (50-100 kg/ha) tout autour des
poquets après le démariage et un deuxième épandage d'urée (50-100 kg/ha) avant le deuxième
sarclo-binage (Diangar et al., 2010).

1.9.4.4. Contrôle des maladies et ennemis
Le tableau ci-dessous résume les principaux ennemis du mil et les méthodes de lutte
utilisées (Diangar et al., 2010).
Tableau 1: Les principaux ennemis du mil et méthodes de lutte utilisées.
Ennemis Période Luttes culturales Luttes chimiques

d'attaque
Mildiou Tout le Destruction des résidus de récolte; Traitement de semences à

(Sclerospora cycle Arrachage des pieds infectés ; l'Apron ou tout autre
graminicola) Labour de fin de cycle. Fongicide (metalaxyl)
Charbon Floraison Destruction des résidus de récolte; Traitement de semences
(Tolyposporium Labour profond; Dates optimales au fongicide
penicillariae) de semis ; Arrachage des pieds
infectés; Respect de la rotation.
Ergot Floraison Destruction des résidus de récolte; Traitement de semences
(Claviceps Labour profond; Dates optimales
fusiformis) de semis ; Arrachage des pieds
infectés; Respect de la rotation.
Iules 15-30j après Couloir de 2m autour des Appât de Diallaltox
1ère pluie) parcelles.
Chenilles 15-30j après Couloir de 2m autour des champs. Deltaméthrine ou

1ère pluie) Endosulfan (800g m.a.
ou 2,51/ha)
Chrysomele 10-20j après Deltaméthrine ou
(Lema spp.) 1ère pluie) - Endosulfan (800g m.a.
ou 2,51/ha)
Foreurs (Acigona Août- Destruction des résidus de récolte; Carbofuran (2g/poquet)
Ignefusalis et Septembre Labour profond. au semis ou Diméthoate
Sesamia calaistis) (800g m.a. ou 2,5 1/ha)
avant montaison
Cantharides Floraison Semis précoce; Utilisation de Diméthoate (800g m.a.
fumée. ou 2,51/ha)
Mineuse des épis Floraison Labour de fin de cycle ou de Diméthoate ou

(Heliocheilus début d'hivernage à sec Endosulfan
albipunctella) (800g m.a. ou 2,5 1/ha)
Striga Après levée Arrachage avant la floraison Herbicide 2,4 D,
Apport de fumier; Trifluraline
Sarclage à 60 jours après levée.
Source: Fiche technique du mil! ISRA-CNRA/Bambey: Diangar et al., 2010

1.10. Récolte et opérations post-récolte
1.10.1. La récolte
Le mil est récolté essentiellement à la main (Ahmadi et al., 2002). Les épis sont coupés
et séchés au soleil avant d'être engrangés dans des greniers construits avec les résidus de culture
ou de l'argile. Le mil est généralement stocké sous forme d'épi. Cette pratique permet de réduire
les pertes liées au stockage (Ahmadi et al., 2002). L'obtention de grains de qualité est
déterminée par une date de récolte optimale quand l'humidité varie de 16 à 20%. La date de la
récolte dépend du cycle de la variété. La récolte comprend le dessouchage, la coupe des épis,
la mise en bottes, et le séchage (Diangar et al., 2010). Il faut récolter après la maturation
physiologique qui est constatée par un noircissement de la pointe du grain (germe). Il faudra
éviter un contact direct avec le sol en utilisant par exemple des tiges comme lit de stockage
(CORAF,2012).
1.10.2. Les opérations post-récolte
Juste après la récolte, les épis sont séchés au champ pendant une à plusieurs semaines
(CORAF, 2012). Le séchage est la clé de sécurité de toute bonne conservation. Pour le cas du
mil et du sorgho le taux doit se situer entre 10 et 15%. Le battage se fait à la main (avec le
mortier) ou à la machine (avec une batteuse). Le vannage a lieu à la suite du battage. Il se fait
à l'aide d'une vanneuse qui est généralement incorporée à la batteuse et permet de séparer les
grains de mil des débris d'épis, des glumes et autres matières étrangères à l'aide du vent
(CORAF, 2012). L'utilisation des sacs de récupération peut avoir une incidence négative sur la
qualité du produit (CORAF, 2012).Ces sacs peuvent être infestés au départ, contenir des restes
de produits non désirés ou dangereux et aussi des grains qui pourraient affecter la pureté
variétale ou contaminer la denrée alimentaire. Les grains peuvent être stockés dans des
magasins de stockage ou dans des silos métalliques (CORAF, 2012). Pour assurer une bonne
protection phytosanitaire des grains en stockage, il faut utiliser un insecticide adapté (K Othrine
- Actellic 2 DP). La transformation primaire du mil/sorgho consiste à nettoyer-calibrer, à
décortiquer et à moudre par voie sèche le milou le sorgho pour obtenir une farine fine (plus de
75 % des particules se situent entre 0,25-0,5 mm). La farine fine est la matière première pour
la fabrication de produits de panification, de pâtisserie, de farines infantiles, d'aliments de
complément et de farines fortifiées en micronutriments (CORAF, 2012).

1.11. Les marqueurs moléculaires
Les marqueurs moléculaires sont des séquences d'ADN identifiables, situés à des
emplacements spécifiques du génome, et associés à la transmission d'une caractéristique ou
d'un gène lié. Les marqueurs moléculaires ont de nombreuses applications en génétiques des
plantes. Ils permettent d'observer, de façon plus ou moins fine le polymorphisme de séquences
de l'ADN d'un certain nombre de sites ou locus répartis sur le génome. Plus précisément, les
marqueurs moléculaires révèlent directement le polymorphisme de l'ADN, les séquences
ciblées correspondant ou non à des séquences codantes. Ils constituent un outil puissant pour
étudier la structuration de la variabilité génétique au sein d'une espèce et retracer son histoire
évolutive (Grivet et Noyer, 1997).
Parmi les principaux marqueurs moléculaires, on peut citer:
y Les RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism) : sont une technique basée sur
l'action d'une enzyme de restriction qui est une endonucléase capable de catalyser l'hydrolyse
de l'ADN en un point précis, ce qui provoque une rupture des deux brins à l'intérieur de la
chaîne. Les fragments de taille variables sont ensuite séparés par électrophorèse sur gel
d'agarose puis transférés sur une membrane (Botstein et al,.1980). Une étude conduit par
Bhattacharjee et al., 2002 a montré l'utilité des marqueurs RFLP dans la détection du
polymorphisme génétique et estimer la diversité dans une espèce très allogames comme le mil.
y Les microsatellites ou SSR (Morgante et Olivieri, 1993). Ils sont constitués de
séquences de di-, tri- ou tétranucléotides répétés en tandem. Ces éléments sont uniformément
répartis en plusieurs exemplaires sur l'ensemble du génome d'une espèce et présentent un
taux de polymorphisme élevé. Ce polymorphisme repose sur la variation du nombre
d'unités de répétition constituant le micro satellite. Les séquences flanquant ces éléments
répétés permettent de définir les amorces qui seront utilisées pour l'amplification PCR.
L'analyse des produits amplifiés s'effectue sur gel d'acrylamide. C'est la paire d'amorces
spécifiques des bordures droite et gauche du micro satellite qui constitue le marqueur (cité par
Najimi et al,. 2003).
y Les RADP (Random Amplified Polymorphie DNA) (Williams et al., 1990). Ils
consistent en l'amplification par PCR de fragments de l'ADN génomique en utilisant des
amorces arbitraires de taille courte (10 pb). Une amorce RAPD permet généralement
l'amplification d'une dizaine de fragments correspondant à des locus dominants.
Les produits d'amplification sont généralement visualisés par électrophorèse sur gel d'agarose.
Le polymorphisme décelé est dû à des mutations soit dans les régions amplifiées soit au niveau

des sites de fixation des amorces. Le polymorphisme révélé est un polymorphisme de sites
d'hybridation d'amorce. Les amorces constituent donc les marqueurs (cité par Najimi et
al,. ,2003).
Y Les AFLP (Amplied Fragment Length Polymorphism) (Vos et al., 1995). Ils sont
basés sur la mise en évidence conjointe de polymorphisme de sites de restriction et
d'hybridation d'amorces arbitraires. Cette technique utilise à la fois les enzymes de restriction
et l'amplification PCR. L'ADN génomique est clivé par deux enzymes de restriction. Des
adaptateurs de séquences connues et spécifiques des enzymes de restriction utilisées sont
ajoutés aux extrémités des fragments de restriction générant ainsi une matrice pour
l'amplification. Ainsi, seuls sont amplifiés les fragments possédant les bases
complémentaires de ces bases arbitraires. Ces amorces sélectives permettent de réduire le
nombre de fragments amplifiés à une centaine. Ces fragments sont séparés par électrophorèse
sur gel d'acrylamide dénaturant puis visualisés par coloration au nitrate d'argent ou révélés
grâce à un marquage radioactif ou fluorescent réalisé lors de l'amplification sélective. C'est la
combinaison enzyme de restriction/amorce qui permet de révéler le polymorphisme entre les
individus et constitue donc le marqueur AFLP.

CHAPITRE 2:
MATERIEL ET
METHODES

2.1. Caractérisation agromorphologique
2.1.1. Matériel végétal
L'étude a été conduite avec neuf (09) variétés de mil (tableau 2). Les semences
proviennent au Centre National de Recherches Agronomiques (CNRA) de Bambey.
Tableau 2: Quelques caractéristiques des variétés utilisées.
Variétés Maturité Hauteur de la Rendement PMG(g)

(jours) plante (cm) potentiel (T/ha)
Souna 3 85-95 242 2,5 9
Thialack 2 95 250 2-3 7,5
Gawane 75-95 224 2 8,5
ISMI9507 85 220 2,4 8,5
IBMV 8402 75-85 224 2-2,5 8,5
ICMV 99001 95 250 1,5 11
ICMV 92222 90 250 2 10,5
ICMV 89305 95-100 250 2 10
SOSAT C88 80 200 1,5-2 10
Sources: Catalogue des espèces et variétés cultivées au Sénégal: ISRA, 2012 et Dépliants3 ICRISAT -Niamey, 2012
2.1.2. Caractéristiques du site expérimental
L'essai a été installé au Centre d'Application des Techniques Agricoles (CAT A) de

l'École Nationale Supérieure d'Agriculture (ENSA) de Thiès. La parcelle expérimentale est
située à 14°45'45.71" de latitude Nord et de 16°53'12.12"de longitude Ouest (carte 1).
BASSIN ARACHIDIER: Site Expérimental

300000 600000 900000
NORD
Légende
~t • SITE_EXperimentai
o Limite Bassin Arachldler (BA)
o limite des Réglons du BA
§
~
Références Géographiques:
Projection UTM Zone 28
Datum et Ellipsoïde WGS84
-
50 0 50 100 km
Réal par M.Mbod)
600000
Cartel: Localisation du site expérimental (Source: Mbodj, 2015)

Le sol est de type sablo-limoneux (Zante, 1983; Daff, 20l3). Le climat est de type sahélien
avec deux types de saisons (Kane, 2010). Durant la saison des pluies, les températures
moyennes minima et maxima étaient 25,22°C et 33,l3°C (Awhere Inc., 2014). Le cumul
pluviométrique (figure 1) pour la période expérimentale était de 330,9 mm (CERAAS, 2014).
200
• pluviométrie
Ê 150
.§.
QI
.;:
.•..
'QI
100
E
0
·S 50
:::s
c:: 0,6
0
Juillet Août Septembre Octobre
Mois
Figure 1 : Répartition mensuelle de la pluviométrie
2.1.3. Dispositif expérimental
L'essai a été conduit selon un

B
dispositif en blocs complètement
L
randomisés (BCR) avec quatre o

C
répétitions (Photo 4). Il occupe une
superficie de 3776 m2 (bordure
B
comprise). L
o
L'unité expérimentale est constituée C
2
d'une parcelle élémentaire de 9m de
long et de 8m de large (72m2). Le B
o
facteur étudié est la variété avec neuf
L
(09) niveaux. C
3
La distribution des sujets au niveau des
B
unités expérimentales est un tirage
L
aléatoire. o
C
Photo 4 : Dispositif expérimental

2.1.4. Pratiques culturales de l'essai
2.1.4.1. Semis
Le semis a été effectué le 07 Août 2014 sur un sol sablo-limoneux après deux pluies
successives d'un cumul de 20,4mm. Un écartement d'un (01) mètre a été maintenu entre les
poquets.
2.1.4.2. Fertilisation
Comme engrais de couverture, l'urée 46% N et le NPK (15-10-10) ont été apportés en
deux épandages:
y Le premier épandage a été effectué au 14e jas avec l'urée à raison de 100kg/ha ;
y Et le deuxième au 26e jas avec le NPK à raison de 200kg/ha.
2.1.4.3. Démariage
Il a été effectué au 20e jas à raison de 3 plants par poquet. La densité de semis est 10.000
poquets/ha.
2.1.4.4. Protection phytosanitaire
Le Diallaltox a été utilisé après le semis contre les nuisibles de la culture. Le Diméthoate
a été aussi utilisé au moment de la floraison contre les parasites de la culture.
2.1.4.5. Sarclo-binages
Il est constitué par des binages mécaniques et par des sarclages manuels.
Le premier sarclo- binage:
Un binage mécanique a été fait à l'aide de la houe de sine au 6e jas;

Un sarclage manuel à l'hilaire a été effectué 7 jours après le binage mécanique.
Le deuxième sarclo-binage :
Un binage mécanique a été effectué avec la houe de sine 14 jours après le sarclage
manuel;
Un sarclage manuel avec l'hilaire a été effectué 6 jours après le binage mécanique.
2.1.5. Méthodes et paramètres étudiés
2.1.5.1. Suivi des phases phénologiques
Les observations phénologiques ont concerné les dates d'apparition des phénophases :
la levée, le tallage (photo 5), la montaison, l'épiaison et la maturation (photo 6).

Elles ont été effectuées sur l'ensemble des unités expérimentales de chaque répétition. Trois (03)
plants ont été choisis pour la prise de mesure. Chaque phase a été considérée si 50% des plantes
observées ont atteint celle-ci. Les observations ont été faites quotidiennement.
Photo 5: Tallage (04/09/2014) Photo 6 : Maturité physiologique (19/10/2014)
2.1.5.2. Paramètres agromorphologiques
Les paramètres suivis sont l'évolution de la hauteur ou la croissance, le tallage et la

feuillaison des plantes. Le suivi de la croissance consiste à mesurer la hauteur des plantes (RP)
avec un ruban métrique. Le nombre de talles par plante (NTP) et le nombre de feuilles par plante
(NPP) ont été déterminés par comptage. Trois plants ont été choisis sur chaque unité
expérimentale pour les mesures. Ces mesures ont été prises hebdomadairement.
2.1.5.3. Paramètres de rendement

Ils concernent la longueur de la chandelle (LCR) en centimètre, le nombre d'épis
fertiles par poquet (NEP), le poids de matière sèche (PMS) en T/ha, le poids de mille
grains (PMG) en gramme, et le rendement en grain sec (RGS) en T/ha.
La longueur de la chandelle (photo 7) a été mesurée par un ruban métrique et le
nombre d'épis fertiles par poquet par un simple comptage. Le PMS a été déterminé grâce
à une balance à crochet après séchage au soleil pendant deux semaines et le PMG par
une balance électronique de précision à un millième près. Le rendement en grain sec
(photo 8) a été déterminé après séchage au soleil des épis récoltés dans les carrés de
rendement (2 m2) pendant 15 jours puis soumis à un battage. Le RGS a été obtenu par
pesage grâce à une balance de précision à un dixième près après le battage.

Photo 7: Longueur des épis par variété (29/1 0/20 14) Photo 8: Rendement en grain sec (03/11/2014)
2.1.5.4. Suivi de l'état phytosanitaire de la culture
Le nombre de plants infestés par le mildiou (photo 9), le charbon (photo 10) et l'ergot
(photo 11) a été compté afin de calculer l'incidence de la maladie sur les variétés. La formule
suivante a permis de calculer l'incidence: 1(%) = PA*1001 PT où PA est le nombre de plantes
attaquées par la maladie et PT le nombre total de plantes.
Photo 9: Mildiou (08/10/2014) Photo 10: Charbon (18/10/2014) Photo 11: Ergot (17/10/2014)
2.2. Caractérisation moléculaire
Cette étude a été menée au laboratoire de biologie moléculaire du Centre d'Etude Régional
pour l'Amélioration de l'Adaptation à la sécheresse (CERAAS).
2.2.1. Le matériel végétal
Les semences (tableau 2) provenant du CNRA de Bambey ont été semées le 02 Décembre
2014 dans les parcelles du CAT A de l'ENSA.

2.2.2. Extraction d'ADN
Les échantillons ont été récoltés le 31 Décembre puis séchés dans une étuve pendant 48
heures. L'extraction de l'ADN génomique s'est faite sur des jeunes feuilles de plants âgées de
21 jours de chacun des échantillons de mil. Elle été effectuée à partir de 20 à 30 mg de feuilles
séchées selon le protocole utilisant le MAT AB (Mixed Alkyl Triméthyl Ammonium Bromide).
Ce protocole a été déjà utilisé avec succès sur le manioc (Adoukonou et al., 2014) (Annexe 3).
La pelote d'ADN obtenue a été reprise dans 200 ul, de TE (Tris-EDTA) de IX.
2.2.3. Quantification de l'ADN
Pour tester la qualité des extraits et estimer la quantité d'ADN obtenue, une électrophorèse
sur gel d'agarose à 1% (photo 12) dans une cuve à électrophorèse (photo l3) suivie d'une
visualisation des bandes d'ADN avec un appareil lumineux à l'Ultraviolet a été effectuée. Le
marqueur de taille utilisé est le Ladder Plus de poids moléculaire 100 paires de base.
L'estimation de la quantité d'ADN est basée sur l'intensité de la fluorescence des bandes
apparues. Ces bandes sont comparées avec le marqueur de taille. Ces dernières ont été
photographiées afin de relever la quantité des échantillons correspondante.
Photo 12: Quantification de l'ADN sur gel d'agarose Photo 13: cuve d'électrophorèse
2.2.4. Amplification peR de l'ADN sur Thermocycleur
Pour la conduite des analyses, dix marqueurs micro satellites ont été utilisés (tableau
3). Les extraits d'ADN ont été dilués avec l'eau ultra pure pour obtenir une concentration
d'environ 5 ng /fll nécessaire pour la réaction d'amplification PCR. Une solution Mix PCR
(annexe 4) a été préparée puis diluée avec l'ADN. Un milieu réactionnel de IÜu.l (Sul
d'ADN+ Sul du mix) a été préparé pour chaque échantillon dans une plaque PCR à 96 puits.
Chaque puits de la plaque PCR contient 1 U de Taq polymérase, 200 u.M de dNTP, 0,5 mM
de MgC12, IX de tampon 10X auxquels sont additionnés 5 fll de solution d'ADN, et
respectivement O,lfll d'amorces Aml-Ml3 et O,lfll d'amorce Am2.

La plaque PCR est portée au thermocycleur de type PTC (photo 14). Il est programmé à 94°C
pendant 4 min pour une dénaturation totale de l'ADN. Cette dénaturation est suivie de 40
cycles, composés chacun d'une dénaturation à 94°C pendant 30 s, d'une hybridation à
55° C pendant 1 min et d'une élongation à 72°C pendant 1 min. Une élongation finale à 72°
C pendant 8 min met fin au programme. Après la réaction PCR, une migration sur gel
d'agarose à 2% a été effectuée sur les produits PCR pour vérifier la qualité de l'amplification
de l'ADN. Enfin, la plaque est couverte par du papier aluminium à l'abri de la lumière pour
éviter la dégradation du fluorochrome.
Tableau 3 : Caractéristiques des marqueurs microsatellites utilisés pour le criblage
Paires TO
Séquences (5' 3') Taille (Pb)
d'amorces
F:GATCATGTTGTCATGAATCACC 50°C 12577.25
PSMP2008
R:ACACTACACCTACATACGCTCC 50°C 6568.32
F:TTGCCTGAAGACGTGCAATCGTCC 50°C 13196.62
PSMP2231
R:CTTAATGCGTCTAGAGAGTTAAGTTG 50°C 8040.32
F:TGGCCTTGGCCTTTCCACGCTT 51°C 12512.15
PSMP2237
R:CAATCAGTCCGTAGTCCACACCCCA 51°C 7515.92
F:CGAGCCGCCATAGTTGAC 53°C 11352.42
ICMP3002
R:TACACACACATTGCCAACACG 53°C 6014.97
F:CGGATGCTAAATTAACCGAAGC 60°C 12620.28
PSMP2246
R:CCAGCTTGCTTCTGTTGCGTTC 60°C 6659.36
F:CACGACGTTGTAAAACGACAGCAATCCGA
PSMP2027 53°C 11995.88
TAACAAGGAC
R:AGCTTTGGAAAAGGTGATCC 53°C 6181.10
R:CATAATGCTTCAAATCTGCCACAC 53°C 7240.78
PSMP2030
F:CACGACGTTGTAAAACGACACCAGAGCTT
53°C 12605.26
GGAAATCAGCAC
F:CACGACGTTGTAAAACGACTCATATTCTC
PSMP2043 53°C 13105.59
CTGTCTAAAACGTC
R:ACAAATCGTACAAGTTCCACTC 53°C 6647.40
F:ACGACGTTGTAAAACGACCAGAATCCCC
PSMP2080 53°C 11873.77
ACATCTGCAT
R:TGCAACTGAGCGAAGATCAA 53°C 6159.09
F:GCTCCGTCATCAGGAAAATAA 53°C 12589.26
PSMP2087
R:CACGACGTTGTGAAAACGACGGAACAGAC
53°C 6090.01
TCCATACCTGAA
2.2.5. Révélation des marqueurs microsatellites sur Li-Cor®
Les amplicons micro satellites sont dénaturés et déposés dans un rack de dépôt avec le
marqueur de taille. Un peigne à membrane de 100 dents a permis de faire le dépôt sur le
séquenceur sur le gel Acrylamide à 6,4% de 0,2 mm d'épaisseur. Le gel est composé 40 ml
d'Acrylamide, 25 )lI de TEMED et 125 ul d'APS. Elle consiste à faire une électrophorèse sur
le système Li-Cor® de modèle 4300 DNA Analyzer (photo 15). Les amplicons micro satellites
obtenus par PCR sont déposés à la surface d'un gel verticale d'acrylamide pendant 2 heures. Ils
migrent à travers les mailles du gel à l'aide d'un champ électrique à très haute tension.

Les fragments marqués lors de l'amplification émettent une fluorescence lorsqu'ils sont excités
par des diodes lasers à deux longueurs d'ondes différentes (700 et 800nm). Une caméra IR
détecte ces signaux et le système retranscrit un profil de migration (photo 16) sur l'interface de
l'ordinateur (photo 15).
Photo 14: Thermocycleur de type PTC Photo 15: Li-Cor 4300 DNA analyzer connecté sur ordinateur
i • .'
... . .. ... ....

• 1 • • • •
Photo 16 : Profil de migration des fragments d'ADN (09/02/2015)
2.3. Analyse des données
Les données obtenues ont été saisies sur le tableur Excel puis soumises à des analyses
statistiques grâce aux logiciels Statistix 8.1 et SPSS version 20.
Le logiciel Statistix 8.1 a permis de faire les analyses de la variance (ANGV A), le test de
comparaison des moyennes de Least Significant Difference (LSD) et la corrélation entre les
variables étudiées et le logiciel SPSS version 20 a permis de faire la classification hiérarchique
des variétés.
Le logiciel Xnview a permis de faire le traitement des images des profils de migration
obtenus pour les données moléculaires.

CHAPITRE 3:
RESULTATS ET
DISCUSSION

3.1. Résultats
3.1.1. Caractérisation agromorphologique
Les tableaux 3 et 4 résument les résultats de l'ANOVA des variables étudiées.
Tableau 4: Synthèse des résultats de l' ANOV A des paramètres agromorphologiques.
Hauteur de la plante Nombre de talles Nombre de feuilles
JAS P Test CV(%) P Test CV(%) P Test CV(%)
25 0,0000 *** 13,94 0,0003 *** 30,6 0,0086 ** 23,25
32 0,0000 *** Il,56 0,0008 *** 26,69 0,0001 *** 27,22

39 0,0000 *** 9,78 0,5947 Ns 15,38
46 0,0000 *** 8,72 0,2036 Ns 15,36
53 0,0000 *** 8,67 0,2822 Ns 15,86
60 0,0000 *** 7,99 0,0004 *** 15,27
67 0,0000 *** 7,69 0,4687 Ns 13,17
Tableau 5: Synthèse de l' ANOV A des paramètres du rendement.
Variables P Test CV (%)

LCH 0,0000 *** 13,46
NEP 0,2273 Ns 20,79
PMG 0,0048 ** 9,44
PMS 0,2991 Ns 18,41
RGS 0,0016 ** 19,87
***= très hautement significatif, **= hautement significatif; Ns=non significatif, CV=coefficient de variation. P= Probabilité.
3.1.1.1. Phénologie
La levée a été effective chez toutes les variétés deux (02) jas (tableau 6). Le taux de
levée moyen était de 81%. Le tallage a été observé à partir du 13e jas chez les variétés Thialack
2, Sosat C88 et ICMV 92222 et au 14e jas chez les variétés Souna 3, Gawane, ICMV 89305,
ISMI 9507, IBMV 8402 et ICMV 99001. La montaison a été entamée au 24 e jas chez les
variétés Thialack 2 et Sosat C88, au 2Y jas chez les variétés Souna 3, ICMV 89305, IBMV
8402 et ICMV 92222 et plus tard au 26e jas pour Gawane, ISMI 9507 et ICMV 99001 (tableau
6). L'épiaison a débuté 37e jas chez les variétés Gawane et ICMV 89305, au 38e jas chez les
variétés Thialack 2 et Sosat C88, au 3ge jas Souna 3, ISMI 9507 et ICMV 99001 (tableau 6).
La maturation physiologique a été atteinte en premier lieu chez la variété Souna 3 au 6ge jas
suivie des variétés IBMV 8402 et ISMI 9507 au 70e jas.

Les variétés Sosat C88, Gawane et Thialack 2 sont arrivées à maturité au 71 e jas et la variété
ICMV 89305 au 73e jas. Les variétés ICMV 92222 et ICMV 99001 sont arrivées à maturité
plus tardivement au 74e jas (tableau 6). Cependant la maturité physiologique obtenue (tableau
6) chez les variétés est plus courte que celle théorique (tableau 6). En d'autres termes, cette
maturité correspond à un raccourcissement des cycles allant d'environ de 4 à 20 jours.
Tableau 6 : Durée des phases phénologiques des variétés étudiées

Maturation
Levée Tallage Montaison Epiaison
~ Théorique * Obtenue
Souna 3 2 14 25 39 85-95 69
Thialack 2 2 13 24 38 95 71
Gawane 2 14 26 37 75-95 71
ICMV 89305 2 14 25 37 95-100 73
ISMI9507 2 14 26 39 85 70
IBMV 8402 2 14 25 40 75-85 70
ICMV99001 2 14 26 39 95 74
SOSAT C88 2 13 24 38 80 71
ICMV92222 2 13 25 40 90 74
* Catalogue des espèces et variétés cultivées au Sénégal: ISRA, 2012 et Dépliants3 ICRISAT-Niamey, 2012.
3.1.1.2. Parasitisme de la culture
Les observations phytosanitaires ont révélé la présence d'attaques des iules et des rats
palmistes avec un faible niveau avant et après la levée. Les cantharides et les oiseaux granivores
sont apparus respectivement au moment de la floraison et de la maturation causant quelques
dégâts. L'absence de Striga a été notée au niveau de la parcelle. Seuls les Cyperus ont envahis
la parcelle après la levée avec une faible incidence.
L'analyse de l'inventaire des plantes attaquées par les maladies fongiques (mildiou,
charbon et ergot) a révélé une incidence faible sur l'ensemble des poquets de la parcelle. Les
valeurs calculées (figure 2) sont 6,9% pour l'ergot, 1,8% pour le charbon et 1,2% pour le
mildiou. L'incidence calculée par variété (figure 3) a révélé que la variété ICMV 92222 est la
plus infestée par l'ergot avec une valeur de 63,83% par contre la variété Gawane est la moins
infestée avec un niveau de 0,56%. Pour le charbon la variété ICMV 92222 est la plus infestée
avec un niveau de 16, Il %. Cependant la variété Souna 3 est la moins infestée avec un niveau
de 1,11 %. Pour le mildiou, la variété ICMV 92222 est la plus infestée avec niveau de Il,39%.

Par contre la variété Souna 3 est la moins infestée avec un niveau 0,56%.
8,0
~
Qi
•..
u
ra 6,0 • Incidence (%)
c..
ra
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4,0
QI
u
C
QI
"C 2,0
·u
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0,0
ladies
Mildiou Charbon Ergot
Figure 2 : Incidence des maladies (%) dans la parcelle

70,00
60,00 III 1mildiou (%)
~
~ 50,00
Ij,)
(,,1 40,00 • 1chacbon (%)
=
Ij,)
"0 30,00
·C
.5 20,00 ~ 1ergot(%)
10,00
0,00 _N """.1""'~_
......
Figure 3 : Incidence des maladies par variétés (%)

3.1.1.3. Hauteur des plantes
L'analyse de la variance a montré qu'il existe une différence très hautement significative
(P=O,OOOO)entre les variétés pour la variable hauteur. Les résultats montrent que les courbes
de croissance (Figure 4) présentent la même allure du 2Y jas jusqu'à la maturité. Cependant, la
variété ICMV 99001 présente une faible croissance du 2Y au 46e jas. La figure 5 montre que
les variétés ICMV 92222, ICMV 89305 et Sosat C88 présentent les valeurs moyennes en terme
de hauteur les plus importantes avec respectivement 296,08cm, 292,75 cm et 274,33 cm par
contre les variétés ISMI 9507 et Souna 3 ont les valeurs les plus faibles avec une moyenne de
238,5cm et 245,83 cm respectivement. Le test de comparaison des moyennes de LSD a permis
de distinguer 3 groupes de variétés et deux groupes intermédiaires (figure 5).

300
250
E
u
200
150
100
50
a
25 32 39 46 53 60 67
• GAWANE • ICMV89305 • ICMV92222 • ICMV99001
JAS
_IBMV8402
• ISM19507 _SOSATC88 -SOUNA3 -Thialack2
Figure 4: Courbes de croissance des variétés.

e a a
E be b
~ 300,OC
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Variétés
Figure 5 : Hauteur des plantes à la maturité.

3.1.1.4. Nombre de feuilles par plante
L'analyse de la variance a révélé qu'il y a un effet significatif au 2Y jas (P=0,0086) et

au 32e jas (P= 0,0001) entre les variétés étudiées pour la variable nombre de feuilles. Cependant
la variété Thialack 2 s'est révélée plus performante suivis des variétés ISMI 9507 et Sosat C88
Souna 3 et la variété ICMV 89305, Gawane et ICMV 99001 ont enregistré les plus faibles
nombre de feuilles.
50,0
-
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""Cl
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E 0,0
o 25 32 JAS
z
_GAWANE • IBMV8402 • ICMV89305 • ICMV92222
Figure 6 : Evolution du nombre de feuilles

3.1.1.5. Nombre de talles par plante
L'analyse de la variance a montré qu'il existe une différence hautement significative au

2Y jas (P=0,0003), au 32e jas (P= 0,0008), et au 60e jas (P= 0,004) entre les variétés pour la
variable nombre de talles. Cependant à partir du 53e jas, une diminution du nombre de talles a
été observée (figure 7). La figure 8 montre que les variétés ISMI 9507 et ICMV 89305 sont les
plus performantes quant à la production de talles avec respectivement une moyenne de 7,42
talles et 7, 25 talles. Cependant les variétés Sosat C88, Gawane et ICMV 99001 sont moins
productives avec des valeurs moyennes respectives de 6,58 talles, 6,67 talles et 6,83 talles. En
plus le test de LSD a permis d'identifier deux groupes et un groupe intermédiaire (figure 7).
~ 8,00
ru
~ 6,00
""Cl
~ 4,00
..c
~ 2,00
z
0,00
25 32 39 46 53 60 67
• GAWANE _IBMV8402 • ICMV89305 • ICMV92222 • ICMV99001 JAS
• ISM19507 _SOSATC88 -SOUNA3 -Thialack2
Figure 7 : Production de talles par variété au cours du cycle

a ab
9,00 ab
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8,00
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Variétés
Figure 8 : Nombre de talles à la maturité par variété

3.1.1.6. Longueur de la chandelle
L'analyse de la variance a montré qu'il existe une différence très significative (P=O,OOO)
entre les variétés pour la variable longueur de la chandelle. Le test de LSD a permis de
distinguer cinq groupes de variétés et deux groupes intermédiaires (figure 9). De façon globale,
il ressort de l'analyse que les variétés Thialack 2, ICMV 92222, ICMV 89305 et Souna 3 ont
enregistré les plus grandes valeurs avec des moyennes respectives de 61,08cm, 59,5cm,
51,58cmet 50,58cm par contre les variétés Sosat C88 avec 32,41cmet ISMI 9507 avec 41,33cm
ont donné les longueurs les plus courtes.
a
a
70,00
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'~ 40,00
QI
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QI
~ 20,00
c
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0,00
Variétés
Figure 9 : Longueur de la chandelle des variétés
3.1.1.7. Poids de mille grains
L'analyse de la variance a montré qu'il existe une différence très significative

(P=0,0048) entre les variétés pour la variable poids de mille grains. Le test de comparaison des
moyennes de LSD a permis de ressortir trois groupes de variétés et un groupe intermédiaire
(figure 10). Le premier est composé par la variété Sosat C88, qui a la plus grande moyenne
9,25g. Le deuxième est constitué par les variétés ICMV 89305, ICMV 92222 et ICMV 99001
avec une valeur moyenne de 8,75g. Le troisième fait référence aux variétés ISMI 9507, Souna
3 et Thialack 2 avec une valeur moyenne de 7,5g.

12,00
a
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10,00
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<: 8,00
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.t ~
{> cl' ~
Variétés
Figure 10 : Poids de mille grains des variétés

3.1.1.8. Rendement en grain sec
L'analyse de la variance a révélé qu'il y a une différence très significative (P=0,0016)

entre les variétés pour la variable rendement en grain sec. De façon globale, le test de
comparaison des moyennes de LSD a permis de ressortir la présence de quatre groupes de
variétés et trois groupes intermédiaires (figure 11). Le premier groupe est constitué par une
seule variété à savoir Sosat C88. Cette variété est la plus performante avec un rendement moyen
de 696,15 g/m2 soit 2,3T/ha. Il s'en suit un deuxième groupe renfermant seulement la variété
Thialack 2 avec une valeur moyenne de 596,5 g/m? soit un rendement 2T/ha. Le troisième
groupe est constitué par la variété Souna 3 avec une moyenne de 579,25 g/m2 soit 1,9T/ha. Le
dernier groupe est composé par les variétés ICMV 92222 et ICMV 99001 avec une moyenne
374 g/m2 soit 1,25T/ha.

3,0
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~
Variétés
Figure 11 : Rendements (T/ha) en grain sec des variétés

3.1.1.9. Résultats des analyses multivariées
3.1.1.9.1. Corrélation entre les variables étudiées
Les résultats de l'analyse multivariée montrent qu'il existe deux types de

corrélation (positive et négative). La corrélation bilatérale de Pearson (tableau 6) est
significative avec P=O,OOI et P=O,005.
La hauteur maximale des plantes est positivement corrélée avec certains paramètres du
rendement comme la longueur de la chandelle, le poids de matière sèche et le poids de mille
grains. Cette corrélation est d'autant plus forte qu'avec le poids de mille grains avec un
coefficient de corrélation r=74,6 %. Le nombre de talles par plante est positivement corrélé
avec le nombre de feuilles par plante, avec la longueur de l'épi et avec le nombre d'épis fertiles
par poquets. Le nombre de feuilles maximales par plante est positivement corrélé avec la
longueur de l'épi et avec le rendement en grain sec. Cette corrélation est plus forte avec le
rendement en grain sec. Le nombre d'épis fertiles par poquets est positivement corrélé avec le
poids de mille grains et avec le rendement en grain sec. Les résultats montrent que la corrélation
(tableau 6) est plus forte avec le rendement en grain sec avec r=72,6 %. Le poids de mille grains
est fortement et positivement corrélé avec le poids de matière sèche avec r=85,2 % et le
rendement en grains sec est positivement corrélé avec le poids de matière sèche.

Tableau 7: Matrice de corrélation de Pearson des variables étudiées
HP NTP NFP LCH NEP PMG RGS PMS

HP
-0,146
NTP
(P=0,7)
-0,365 0,359
NFP
(P=0,3) (P=0,343)
0,223 0,276 0,122

LCH
(P=0,5) (P=0,472) (P=0,754)
-0,180 0,046 -0,204 -0,829**
NEP
(P= 0,6) (P= 0,906) (P= 0,598) (P= 0,006)
0,746* -0,474 -0,480 -0,357 0,132
PMG
(P=O,O) (P=0,197) (P=0,191) (P=0,345) (P=0,735)
-0,350 -0,140 0,726* -0,444 0,238 -0,103
RGS
(P=0,3) (P=0,720) (P=0,027) (P=0,231) (P=0,538) (P=0,793)
0,432 -,0523 -0,282 -0,385 -0,061 0,852** 0,Q38
PMS (P=0,2) (P=0,149) (P=0,462) (P=0,306) (P=0,876) (P=0,004) (P=0,924)
**. La corrélation est significative au niveau 0.01 (bilatéral) *. La corrélation est significative au niveau 0.05 (bilatéral).
P-Probabilité, HP-hauteur de la plante, NTP-nombre de talles par plante, NFP-nombre de feuilles par plante, LCH-longueur
chandelle, NEP-nombre d'épis fertiles par poquets, PMG- poids de mille grains, RGS-rendement en grains sec, PMS-poids matière
sèche.
3.1.1.9.2 Classification hiérarchique des variétés suivant les variables étudiées.
Le dendrogramme réalisé par la méthode de Ward (figure 12) a permis d'identifier deux
grands groupes phénotypiques de variétés. Ces deux groupes se distinguent à la distance de 10.
L'examen des données a montré que cette différence provient de quelques variables étudiées:
y Le groupe 1 est composé de cinq (5) variétés (IBMV 8402, ISMI 9507, Souna 3,
Thialack 2 et Sosat C88). Ce groupe se distingue principalement par des variétés à cycle plus
précoce (nombre de jours semis-maturité 69-71) avec un rendement en grain plus élevé,
portant plus de feuilles. Il peut être subdivisé en deux (2) sous-groupes phénotypiques qui se
distinguent à la distance de 5. Le premier est constitué par quatre (4) variétés qui sont IBMV
8402, ISMI 9507, Souna 3 et Thialack 2. Elles ont la particularité d'être plus précoce moins
hautes mais produisent plus de feuilles. Le deuxième sous-groupe est composé uniquement
de la variété Sosat C88. Cette variété a aussi la particularité d'avoir le rendement le plus élevé
en grain, en matière sèche et en poids de mille grains.

Le groupe II est constitué par 4 variétés (ICMV 89305, ICMV 92222, ICMV 99001 et
Gawane). Il est représenté par les variétés à maturité plus longue (71-74 jours) et de taille
haute. Il peut être divisé en deux sous-groupes. Le premier est composé par 2 variétés qui sont
Gawane et ICMV 89305 et un deuxième composé par ICMV 92222 et ICMV 99001. Ce sous-
groupe est caractérisé par la hauteur des plantes plus élevée et la durée du cycle plus longue
excepté la variété Gawane (71 jours de maturité).
o S 10 1S 20 2S
1 1 1 1 1 1
18111\18402 2-
I5MI9507 6
S0l.tIA3 8 - Groupe 1
Thlalack2 9-
>- SOSATC88 7
GAWANE -,-
ICMV8930S 3 - Groupe II
ICMV92222 4 -,-
ICMV99001 5 -
Figure 12 : Dendrogramme basé sur les distances Euclidiennes plaçant les 09 variétés de mil
dans des groupes et des sous-groupes.
3.1.2. Caractérisation moléculaire
Pour la lecture des bandes, le critère présence/absence et la variabilité des allèles selon
que les individus sont homozygotes ou hétérozygotes au locus donné ont été tenu en compte
pour l'interprétation des données. Le screening effectué à l'aide de dix marqueurs
micro satellites a permis de trouver huit (08) marqueurs moléculaires amplifiés et dont
seulement sept sont polymorphes (tableau 8). Le nombre total d'allèles polymorphes
enregistré est de 30 donnant une moyenne de 3 allèles par locus. Parmi ces marqueurs SSRs,
le PSMP 2237 et PSMP 2008 sont plus polymorphes avec respectivement 7 et 8 allèles
détectés tandis que le PSMP 2043 est le moins polymorphe avec un allèle détecté.

Il faut noter que le nombre d'individus testés lors du criblage est assez faible; ce qui fait que
cet amorce pourrait être polymorphe mais le test n'a pas permis de le détecté.
Tableau 8 : Résultat des amorces testées
Nombre d'allèles
Marqueurs détectés par locus Polymorphisme
N° SSRs testés Amplification SSR lors du criblage
1 PSMP 2008 Bonne 6 oui
2 PSMP 2231 Faible 0 non
4 ICMP 3002 Bonne 4 oui
5 PSMP 2246 Non 0 non
7 PSMP 2030 Non 0 non
Moyenne 3
3.2. Discussion
La période expérimentale a été marquée par une pluviométrie bien répartie au cours du
cycle cultural. Le cumul était de 330,9 mm pour une durée de 69-74 jours. Cette quantité d'eau
reçue a été suffisante pour assurer les besoins en eau de la culture du mil. Des travaux conduits
par Dancette (1978) ont montré que les besoins en eau du mil sont croissants avec le cycle (345
mm pour 75 jours; 420 mm pour 90 jours; 600 mm pour 120 jours). En plus, les travaux de
Yahaya (2009) ont montré qu'une pluviométrie de 350 mm, bien répartie sur 75 jours au
minimum, peut assurer une récolte de mil satisfaisante .. Les variétés étudiées ont bouclé leur
cycle malgré le retard de l'hivernage.
L'observation des phases phénologiques a permis de déterminer respectivement la levée
à 2 jas, le tallage (13-14 jas). Maiti et Bidinger (1981) ont montré que la levée se produit environ
48 heures après le semis si les conditions sont favorables et le tallage débute autour de 15 jours
après la levée. La maturation physiologique a été atteinte au 69-74jas. Nos résultats ont montré
que les variétés semblent être précoces car la maturité physiologique se situe entre 69 et 74jas.
Les travaux de Fofana et al., 20 II ont montré que le mil précoce a un cycle de 80-100 jours.
Nos résultats confirment les travaux de Daff (20l3) qui pour ces même variétés, avait observé
plus tôt la maturation (62-70jas). Toutefois Ali (2012) a montré une maturité physiologique
plus précoce sur ces mêmes variétés (59-69 jas). Ces différences observées pourraient être
expliquées par le fait qu'un semis tardif contribue à raccourcir le cycle cultural chez le mil
(Daff,20l3).

En outre, le raccourcissement de la durée des cycles observé chez les variétés, laisse à penser
qu'il y a une influence de la photo-périodicité sur ces variétés. Ce raccourcissement des cycles
pourraient s'expliquer par la réponse des variétés à la photopériode. Clerget et Haussmann
(2007) estime que le cycle des variétés sensible à la photo- périodicité est raccourci si elles ont
été semées tardivement (fin-juillet). Dans ce même contexte, Touré (20l3), a constaté que plus
le semis est tardif, plus la durée du cycle diminue.
L'analyse des résultats sur les observations phytosanitaires a révélé une forte incidence
de l'ergot, une incidence moyenne du charbon et une faible incidence pour le mildiou. Les
travaux de Ndoye et al., (1984) ont révélé que l'ergot est un problème très sérieux dans les pays
de production de mil. Cependant Mbaye (1988) a montré que le mildiou est la principale
maladie de la culture du mil au sahel et le charbon occupe la deuxième place. Toutefois les
travaux du ROCAFREMI (2002) ont confirmé les fortes incidences du mildiou sur le mil et
considère que c'est la maladie la plus dommageable en Afrique de l'Ouest.
Nos résultats ont révélé aussi que les variétés comme Souna 3, ISMI 9507, Thialack2,
IBMV 8402, Gawane semblent être plus tolérantes que les variétés ICMV 89305, ICMV 92222,
ICMV 99001 et Sosat C88 par rapport à l'ergot, au mildiou et au charbon. Cependant les travaux
du ROCAFREMI (2002) considèrent ces variétés comme résistantes. Ces différences observées
pourraient être expliquées par le fait qu'il existe une variation spatio-temporelle du couple agent
pathogène-mil (ROCAFREMI, 2002). Nos résultats montrent certaines variétés présentent une
tolérance vis-à-vis des maladies fongiques.
La diversité morphologique observée entre les variétés a permis de les structurer en deux
grands groupes phénotypiques. La hauteur des plantes, le nombre de talles, le nombre de
feuilles, la longueur de la chandelle, le poids de mille grains, le rendement en grain sec et le
cycle sont les principaux caractères qui permettent de discriminer ces deux groupes
phénotypiques. Les caractères agromorphologiques tels que, la hauteur des plantes, le nombre
de talles par plante et le nombre de feuilles par plante montrent une différenciation des
phénotypes des variétés étudiées. Les résultats obtenus pour l'analyse de la hauteur montrent
une bonne croissance des variétés au cours du cycle. Il ressort de nos résultats que la hauteur
des plantes a une évolution croissante et aucun retard de croissance n'a été observée pour les
différentes phases phénologiques. Ces résultats corroborent ainsi ceux de Daff (2012). Les
travaux de Ouendeba et al., (1995) montrent que la hauteur des plantes est un caractère qui
permet de discriminer des cultivars de mil. Les résultats ont montré un bon tallage au cours du
cycle cultural. Cependant une dégénérescence d'un nombre de talles a été notée durant la phase

de maturation. Ceci pourrait s'expliquer par le fait que les jeunes talles non productives se
dessèchent par sénescence (Maiti et Bidinger, 1981). Le nombre de talles à la maturité montre
que ces variétés présentent un tallage moyen. Ces résultats sont similaires avec ceux de la FAO
(2008) qui considère un tallage moyen entre 5-9 talles. La feuillaison des plantes est
relativement importante chez toutes les variétés. Le nombre de feuilles est un caractère
morphologique qui permet de juger le développement végétatif des plantes. Des résultats
similaires ont été obtenus par Akanvou et al,. (2012).
Les paramètres du rendement tels que la longueur de la chandelle, le poids de mille

graines et le rendement en grain sec permettent de distinguer une diversité des variétés étudiées.
Les résultats de l'analyse pour la longueur de la chandelle montrent que la longueur de l'épi est
fonction de la variété. Toutefois, il ressort de nos résultats que la longueur des épis est assez
variable et peut être classée en deux catégories: court et intermédiaire. Selon la FAO (2008),
un épi est considéré comme court si sa longueur est inférieure ou égal à 45 cm, intermédiaire si
elle est comprise entre 45-65cm et longue si elle est supérieure 65cm. En outre, la longueur des
épis permet de distinguer les variétés. Les travaux de Zangré et al., (2009) ont montré que l'épi
constitue le caractère le plus discriminant entre des écotypes de mil. La longueur des épis a
été depuis très longtemps le critère de choix des paysans dans la production du mil. Zangré et
al., (2009) estime que les critères de sélection du paysan reposent essentiellement sur les
caractéristiques de l'épi. En effet l'épi a un rôle très déterminant dans le rendement obtenu et
le poids de mille grains est un composant essentiel dans l'élaboration du rendement. En plus,
les grains de mil constituent la base alimentaire des populations du bassin arachidier (Mbaye
et al., 2002).
Les corrélations observées entre les variables ont montré des relations fréquemment
rencontrées dans les caractérisations agromorphologiques. Néanmoins, il existe une forte
corrélation positive et hautement significative entre la hauteur de la plante et le poids de mille
grains, entre le nombre d'épis fertiles par poquets et le rendement en grains et entre le poids de
mille grains et le poids de matière sèche. Nos résultats ont révélé que la corrélation obtenue
entre la hauteur des plantes et le poids de mille grains montre que la hauteur des plantes
contribue à l'augmentation des rendements des variétés. Des résultats similaires ont été obtenus
par Yûcel et al., (2006) sur le pois chiche.
La corrélation entre le rendement en grains et nombre d'épis fertiles par poquets indique
que le rendement en grain est tributaire du nombre d'épis fertiles par poquets. Les travaux de
Noor et al., (2003) sur les pois de chiches ont indiqué que le rendement en graines est un

caractère complexe et que le nombre de gousses par plante a une contribution plus élevée sur
le rendement en grains. Les résultats ont montré une forte corrélation entre le poids de mille
grains et le poids de matière sèche. Il ressort de cette corrélation que les variétés de forte
production de biomasse aérienne semblent être caractérisées par une photosynthèse active qui
se traduit par une accumulation de réserves favorables pour la formation des grains par
conséquent le poids des grains serait élevé (Mbarek et al., 2012).
L'approche moléculaire (recherche de marqueurs SSRs) a été utilisée pour déterminer

le polymorphisme de dix marqueurs moléculaires sur neuf variétés de mil afin d'analyser
ultérieurement la diversité génétique de ces variétés. Le criblage des individus choisis au sein
des variétés a permis de mettre en évidence sept marqueurs polymorphes sur les dix marqueurs
testés. Par ailleurs, les sept marqueurs SSRs se sont tous révélés polymorphes produisant des
allèles qui permettent de différencier les individus choisis pour chaque variété. Des études
conduites au CERAAS ont montré le polymorphisme de certains marqueurs sur des variétés et
des accessions de mil. Les travaux de Adoukonou et al., 2014 ont montré que les marqueurs
micro satellites apparaissent comme de puissants outils de caractérisation des ressources
phytogénétiques pouvant être utilisés pour sélectionner les individus capable de répondre au
mieux à l'hétérosis.
Les variétés étudiées présentent des caractéristiques intéressantes. Elles pourraient

servir de base génétique importante dans les programmes d'amélioration variétale du mil et/ou
de matériel végétal dans le choix des variétés par les paysans.

CONCLUSION ET PERSPECTIVES
Notre étude a montré que les variétés de mil ont présenté un bon comportement durant
toute la période expérimentale. Les variétés étudiées ont présenté un raccourcissement de leur
cycle (69-74 jours) malgré l'installation tardive de la saison des pluies. Ces variétés ont bien
répondu aux conditions climatiques de la zone et aucun apport d'eau n'a été effectué durant le
cycle. Il ressort de cette étude que ces variétés présentent une tolérance vis-à-vis du parasitisme
fongique. Les analyses multivariées ont montré une structuration géographique des variétés.
Les variétés présentent des hauteurs variables et un tallage moyen. Les variétés ICMV 92222,
ICMV 89305 et Sosat C88 présentent les hauteurs les plus élevées et les variétés ISMI 9507 et
ICMV 89305 sont les plus performantes quant à la production de talles. Les variétés Thialack
2, Souna 3 et ISMI 9507 ont donné plus de feuilles. Les rendements ont variés de 1,2-2,3 T/ha
et les variétés Sosat, Thialack 2 et Souna 3 ont donné les rendements les plus élevés. Les variétés
Thialack 2, ICMV 92222, ICMV 89305 et Souna 3 ont les épis les plus longs. Les variétés Sosat
C88, ICMV 89305, ICMV 92222 et ICMV 99001 ont donné les poids de mille grains les plus
élevés. En plus l'étude de la diversité agromorphologique a permis de structurer les variétés en
quatre sous-groupes phénotypiques selon la classification hiérarchique ascendante. Chaque
sous-groupe est constitué de variétés qui présentent des caractères intéressants qui peuvent
jouer un rôle déterminant dans les programmes d'amélioration du mil et le choix des variétés
par les producteurs. Cette structuration est faite sur la base des paramètres de croissance, du
rendement et de la durée semis-maturité. Sur la base de la durée semis-maturité, les plus
précoces et les moins précoces ont formé chacun un grand groupe. Le criblage des individus
par les marqueurs SSRs a permis de trouver sept marqueurs micro satellites polymorphes pour
le mil qui seront utilisés pour étudier la diversité génétique des neufs variétés. Cette
caractérisation est sans doute d'une importance capitale pour une meilleure valorisation du mil
au Sénégal. Afin d'optimiser l'exploitation et l'utilisation de ces variétés par les producteurs et
dans les programme de sélection il est nécessaire de :
y Répéter l'essai en station et en milieu paysan afin de connaître les variabilités

interannuelles de ces variétés;
y Déterminer les mécanismes de résistance et les niveaux de sévérité des variétés par
rapport aux maladies fongiques pour limiter les dégâts et pertes de rendement ;
y Etudier les mécanismes physiologiques des variétés et la tolérance aux stress hydriques;
y Etudier l'effet du photopériodisme sur les variétés;
y Augmenter le taux d'adoption de ces variétés par les producteurs;

y Former les paysans dans la gestion des ressources phytogénétiques et organiser une
sélection participative avec eux;
y Promouvoir les meilleurs techniques de récoltes, post-récoltés et de conservation.
y Etudier la diversité génétique des variétés à l'aide de ces marqueurs moléculaires.
y Etablir des cartes génétiques pour ces variétés.

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ANNEXES
:Jvlamaaou :J{(])O'Y'E-:Jvlémoiredefin d' études-Option : Proauctions végéta[es a

Annexe 1: Tableaux d'ANOVA des paramètres agromorphologiques

Randomized Complete B10ck AOV Table for HP Randomized Complete B10ck AO V Table for NF
Source DF SS MS F P Source DF SS MS F P
BLOCS 3 987.2 329.071 BLOCS 3 216.18 72.0586
Vari 8 4127.4 515.926 5.60 0.0000 Vari 8 354.46 44.3079 2.76 0.0086
Error 96 8837.0 92.052 Error 96 1540.57 16.0476
Total 107 13951.7 Total 107 2111.21
Grand Mean 68.824 CV 13.94 Grand Mean 17.231 CV 23.25
Relative Efficiency, RCB 1,22 Relative Efficiency, RCB 1,30
Randomized Complete B10ck AOV Table for NT Randomized Complete B10ck AO V Table for HP
BLOCS 3 16.769 5.58951 BLOCS 3 2714.2 904.725
Vari 8 22.074 2.75926 4.17 0.0003 Vari 8 6744.5 843.065 6.13 0.0000
Error 96 63.481 0.66127 Error 96 13198.1 137.480
Total 107 102.324 Total 107 22656.8
Randomized Complete B10ck AOV Table for NF Randomized Complete B10ck AO V Table for NT
BLOCS 3 1547.2 515.74 BLOCS 3 56.843 18.9475
Vari 8 8063.4 1007.92 4.45 0.0001 Vari 8 169.852 21.2315 3.72 0.0008
Error 96 21743.5 226.50 Error 96 548.074 5.7091
Total 107 31354.1 Total 107 774.769
Randomized Complete B10ck AOV Table for HP Randomized Complete B10ck AO V Table for NT
BLOCS 3 5631.6 1877.20 BLOCS 3 12.630 4.20988
Vari 8 12007.9 1500.99 6.65 0.0000 Vari 8 14.833 1.85417 0.81 0.5947
Error 96 21654.9 225.57 Error 96 219.537 2.28684
Total 107 39294.4 Total 107 247.000
Randomized Complete B10ck AO V Table for NT

Randomized Complete B10ck AOV Table for HP
Source DF SS MS F P
Source DF SS MS F P BLOCS 3 76.667 25.5556
BLOCS 3 3777.4 1259.15 Vari 8 26.352 3.2940 1.41 0.2036
Vari 8 20728.2 2591.02 7.74 0.0000 Error 96 224.833 2.3420
Error 96 32133.3 334.72 Total 107 327.852
Total 107 56638.9
Grand Mean 4.9630 CV 15.36
Relative Efficiency, RCB 1,85
Relative Efficiency, RCB 1,24
BLOCS 3 2569.6 856.53 BLOCS 3 11.435 3.81173
Vari 8 39039.5 4879.94 11.71 0.0000 Vari 8 16.741 2.09259 1.24 0.2822
Error 96 40021.9 416.89 Error 96 161.481 1.68210
Total 107 81631.0 Total 107 189.657
BLOCS 3 850.5 283.52 BLOCS 3 1.657 0.55247
Vari 8 29945.0 3743.12 9.42 0.0000 Vari 8 31.074 3.88426 3.96 0.0004
Error 96 38133.0 397.22 Error 96 94.259 0.98187
Total 107 68928.5 Total 107 126.991
:Jvlamaaou :J{(])O'Y'E-:Jvlémoiredefin d' études-Option : Proauctions végéta[es b

Randomized Complete B10ckAOV Table for HP Randomized Complete B10ckAOV Table for NT
BLOCS 3 1552.6 517.54 BLOCS 3 1.5093 0.50309
Vari 8 37706.6 4713.32 11.42 0.0000 Vari 8 6.5000 0.81250 0.96 0.4687
Error 96 39634.5 412.86 Error 96 80.9074 0.84279
Total 107 78893.7 Total 107 88.9167
Annexe 2: Tableaux d' ANOV A des paramètres de rendement

Randomized Complete B10ck AOV Table for Lch Randomized Complete B10ck AOV Table for Nep
BLOCS 3 38.9 12.951 BLOCS 3 6.028 2.00926
Vari 8 7364.2 920.530 21.53 0.0000 Vari 8 31.833 3.97917 1.35 0.2273
Error 96 4105.3 42.764 Error 96 282.389 2.94155
Total 107 11508.4 Total 107 320.250

Randomized Complete B10ck AOV Table for PMG Randomized Complete B10ck AOV Table for PMS
Blocs 3 1.4167 0.47222 Blocs 3 0.2222 0.07407
Vari 8 16.5000 2.06250 3.86 0.0048 Vari 8 4.3889 0.54861 1.28 0.2991
Error 24 12.8333 0.53472 Error 24 10.2778 0.42824
Total 35 30.7500 Total 35 14.8889

Randomized Complete B10ck AOV Table for RGS
Source DF SS MS F P
Blocs 3 41294 13765
Vari 8 1520730 190091 4.62 0.0016
Error 24 988517 41188
Total 35 2550541
Annexe 3: Protocoles d'extraction de l'ADN génomique

La méthode qui sera utilisée pour l'extraction de l'ADN génomique sera le MATAB (Mixed Alkyl
Ammonium Bromide).
1. Prélever 15-30 mg de feuilles préalablement séchées dans l'étuve pendant 72 heures.
2. Mettre dans chaque tube 2 billes de 2mm et broyer à l'aide d'un vibro-broyeur pendant 6 mn.
3. Ajouter 750 III de la solution tampon d'extraction de MATAB à 2% préchauffé à 65°C.
4. Vortexer le mélange pendant 20s pour homogénéiser.
5. Incuber les tubes dans le bain-marie à 65°C pendant 20mn en agitant toutes les 5mn.
6. Laisser refroidir à la température ambiante pendant 5mn.
7. Ajouter 750 III de Chloroforme Isoamyl Alcool (CIAA, 24: 1).
8. Homogénéiser le mélange par retournement plus de 50 fois.
9. Centrifuger le mélange à 13000rmp pendant 20mn à 20°e.
10. Prélever le surnageant et le transférer dans de nouveaux tubes de 1,5 ml.
Il. Ajouter un volume équivalent de 600 III d'isopropanol à froid.
:Jvlamaaou :J{(])O'Y'E-:Jvlémoiredefin if études-Option : Proauctions végéta[es c

12. Agiter légèrement les tubes jusqu'à la précipitation de l'ADN et le conserver à -20°C pendant
2heures.
13. Centrifuger à 13000rpm pendant 20mn.
14. Vider le surnageant et sécher les parois des tubes en les retournant sur du papier absorbant.
15. Ajouter 500 III d'éthanol à 70%.
16. Centrifuger à 13000rpm pendant 20mn à 4 oc.
17. Vider les tubes et sécher les culots pendant environ 45mn dans l'étuve.
18. Ajouter 200-300 III de TE IX.
19. Conserver les tubes au réfrigérateur à 4 oc.
Annexe 4 : Protocole de préparation du mix pour les réactions peR.
Protocole tailing avec M13-amorce+M13marqué à l'IR-700 ou 800, Cirad-Biotrop

Rq : ces concentrations sont spécifiques au laboratoire DAP
(le tampon lOx contient par exemple déjà du MgCl2 à 1,5mM final)
Marqueur:
[initial] Unité Quantité Unité Vol. d'ADN par
finale réaction
ADN 5 ng/ul ADN 25 Ng ADN 5.00 III
[initial] Unité [Finale] Unité Vol. réactifs ds mix

Tp 10 X Tp 1.0 X Tp 1.00 III
DNTP 2000 X DNTP 200 IlM DNTP 1.00 III
MgCl2 50 IlM MgCl2 0.50 IlM MgCl2 0.10 III
Aml-M13 10 IlM Aml-M13 0.08 IlM Aml-M13 0.08 III
Am2 10 IlM Am2 0.10 IlM Am2 0.10 III
M13 10 IlM M13 0.10 IlM M13marqué 0.10 III
marqué marqué
Taq 2 UI III Taq 0.10 UI III Taq 0.50 III
H20 2.12 III
Nombre de réaction: 1
Volume de réaction: 10 III Volumemix 5.00 III
Marge pour le mix : 10 % Vol. à 5.00 III
distribuer
:Jvlamaaou :J{(])O'Y'E-:Jvlémoiredefin d' études-Option : Proauctions végéta[es d

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REPUBLIQUE DU SENEGAL

Un peuple - Un but - Une foi

MINIS TE RE DE L'ENSEIGNEMENT SUPERIEUR ET DE LA

ECOLE NATIONALE SUPERIEURE D'AGRICULTURE (ENSA)

DEPARTEMENT DES PRODUCTIONS VEGETALES

MÉMOIRE DE FIN D'ETUDES

Option: Productions Végétales

Caractérisation agromorphologique et identification

Présenté et soutenu publiquement par:

Pr Saliou NDIAYE Enseignant-Chercheur à l'ENSA Président

Dr Khadidiatou Ndoye NDIR Chef département Productions Végétales Membre

Dr Bassirou MBACKE Enseignant-Chercheur à l'ENSA Membre

Mr Amadou FOFANA Chercheur/CNRA -Bambey Membre

Dr Fatou GUEYE Projet USAIDIERA Membre

notre Prophète Mouhammad (PSL), sur sa famille et tous ses compagnons.

Je tféâte ce mémoire ... .e:

pour moi le symbole de la bonté par excellence, la source de tendresse et

l'exemple du dévouement qui n'a cessé de m'encouraqer- tes prières et

fi mon Père IYIba!leDiagne NDOYE: aucune dédicace ne saurait exprimer l'amour,

l'estime, le dévouement et le respect que j'ai toujours eu pour coi-

l'attachement, l'amour et l'aFFection que je porte pour vous·

bons conseils· fi tous les membres de ma Famille- Veuillez. trouver dans ce

modeste travail ma reconnaissance pour tous vos eFForts·

fi la Famille S/3CI<. à Thiénaba ainsi que la Famille Ndiaye à Poub-

'Mamadou :J{{])O'}fE-'kIémoire defin d'études-Option : Productions Végéta{es 1

'Mamadou :J{{])O'}fE-'kIémoire defin d'études-Option : Productions Végéta{es 11

Mots clés: Caractérisation agromorphologique, variété, mil, polymorphisme génétique, marqueurs

microsatellites, chaîne de valeur, Sénégal.

'Mamadou :J{{])O'}fE-'kIémoire defin d'études-Option : Productions Végéta{es 111

Keywords: agromorphological characterization, variety, millet, genetic polymosphism, microsatellite

'Mamadou :J{{])O'}fE-'kIémoire defin d'études-Option : Productions Végéta{es IV

TABLE DES MATIERES

TABLE DES MATIERES v

LISTE DES ACRONYMES viii

TABLE DES ILLUSTRATIONS ix

Liste des photos ix

Liste des tableaux ix

Listes des figures ix

Liste des annexes x

1.1. Importance de la culture 4

1.2. Origine et domestication du mil 4

1.3. Taxonomie et systématique 4

1.4. Types de mil cultivés 4

1.5. Diversité génétique chez le mil 5

1.6. Morphologie du mil 7

'Mamadou :J{{])O'}fE-'kIémoire defin d'études-Option : Productions Végéta{es v

1.7. Croissance et développement du mil 8

1.8. Exigence édapho-climatique 10

1.9. Pratiques culturales 10

1.10. Récolte et opérations post-récolte 13

1.11. Les marqueurs moléculaires 14

2.1. Caractérisation agromorphologique 17

'Mamadou :J{{])O'}fE-'kIémoire defin d'études-Option : Productions Végéta{es VI

2.1.5.4. Suivi de l'état phytosanitaire de la culture 21

2.2. Caractérisation moléculaire 21

2.3. Analyse des données 24

3.1.1. Caractérisation agromorphologique 26

3.1.2. Caractérisation moléculaire 35

CONCLUSION, RECOMMENDATIONS ET PERSPECTIVES .40

WEB LlO GRAPHIE 46

'Mamadou :J{{])O'}fE-'kIémoire defin d'études-Option : Productions Végéta{es Vll

LISTE DES ACRONYMES

ADN Acide Désoxyribonucléique