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Microbiologie gnrale

Par : EL ATYQY Mohamed, Ingnieur I.A.A

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Sommaire :
1. PRESENTATION ................................................................................................... 2 2. PROCARYOTES .................................................................................................... 2
2.1. Bactries ................................................................................................................... 2 Structure cellulaire des bactries ........................................................................... 2 2.1.1.

2.1.2. Morphologie et association des bactries................................................................. 4 2.2. Arches ..................................................................................................................... 5

3. EUCARYOTES ...................................................................................................... 5
3.1. 3.2. Algues....................................................................................................................... 7 Champignons ............................................................................................................. 7 Moisissures ........................................................................................................ 7

3.2.1.

3.2.2. Levures ............................................................................................................. 8 3.3. Protozoaires ............................................................................................................... 8 3.4. Autres rgnes............................................................................................................. 8

4. VIRUS................................................................................................................ 8 5. NUTRITION ET CROISSANCES DES MICRO-ORGANISMES .......................................... 9 6. ASSOCIATION DES MICROORGANISMES AUX AUTRES ETRES VIVANTS ..................... 10
6.1. 6.2. Association aux plantes et animaux ............................................................................. 10 Interaction des microorganismes................................................................................. 10

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Dcembre 2007

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1. PRESENTATION
La microbiologie est la science qui tudie les micro-organismes. Ces derniers sont des tres vivant de petite taille qui ne peuvent tre vues lil nu (quelques protistes unicellulaires sont visibles l'il). Ils ne peuvent donc tre observs qu' l'aide d'un microscope. Les microorganismes constituent un groupe trs diversifi, ils existent l'tat de cellule isole ou en groupe. Ils sont aussi dsigns sous le nom de microbes qui est un terme gnrique et non scientifique visant les bactries, levures, moisissures, algues, protozoaires et virus, pathognes ou non. Familirement, le mot microbe dsigne un micro-organisme responsable d'une maladie. Les micro-organismes sont rencontrs dans tous les types d'environnement prsent dans la nature. Ils se trouvent dans le sol, leau, l'air, mais aussi dans des environnements plus hostiles tel que les ples, les dserts, les geysers, le fond des ocans, etc. De nombreux micro-organismes sont associs aux plantes ou aux animaux avec lesquels ils peuvent entretenir des relations de symbiose, de commensalisme ou de parasitisme. Certains micro-organismes peuvent tre pathognes, cest--dire entraner une maladie chez les plantes ou les animaux. Les micro-organismes sont classs en deux groupes : Les procaryotes et les eucaryotes. Les bactries font partie des procaryotes ; alors que les champignons, les algues et les protozoaires sont des eucaryotes. Les virus qui sont aussi des micro-organismes ne sont classs dans aucun de ces deux groupes

2. PROCARYOTES
On dsigne sous le terme procaryotes (du grec pro=avant et caryon=noyau), lensemble des microorganismes dont la cellule ne possde pas de noyau nuclaire ni d'autres organites. Les procaryotes sont subdiviss en deux groupes taxonomiques : les arches et les bactries.

2.1. BACTERIES
Les bactries (Bacteria) sont des micro-organismes vivants unicellulaires procaryotes. Elles mesurent quelques micromtres de long (gnralement de 0,5 5 m de longueur) et peuvent prsenter diffrentes formes : des formes sphriques (coques), des formes allonges ou en btonnets (bacilles) et des formes plus ou moins spirales (Spirilles). Les bactries sont ubiquitaires et sont prsentes dans tous les types de biotopes : sol, eau, air, sur les vgtaux et les animaux, etc. Chez l'homme, il a t calcul que 1012 bactries colonisent la peau, 1010 bactries colonisent la bouche et 1014 bactries habitent dans l'intestin. La plupart de ces bactries sont inoffensives ou bnfiques pour lorganisme. Cependant, de nombreuses espces bactriennes sont pathognes et sont responsables de maladies infectieuses comme le cholra, la syphilis et la tuberculose.

2.1.1. STRUCTURE CELLULAIRE DES BACTERIES


Les bactries sont des cellules relativement simples, caractrises par labsence de noyau et dorganites comme les mitochondries et les chloroplastes. La figure 1 ci-aprs reprsente la structure dune cellule bactrienne.

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Chromosome : Le chromosome bactrien se prsente forme de filament dADN. Il est gnralement de forme circulaire et est le support de lhrdit. En plus de cet ADN gnomique, les cellules bactriennes contiennent souvent des molcules dADN circulaire extra-chromosomiques appeles plasmides Ribosomes : Un ribosome est constitu de molcules dun type particulier dARN, lARN ribosomal (ARNr), associ des protines. Il est form de deux sous-units, une grosse et une petite. Ces deux sous-units sont appeles respectivement 50s et 30s (s exprimant la vitesse de sdimentation de ces units dans les expriences dultracentrifugation) chez les procaryotes (60s et 40s chez les eucaryotes). Les ribosomes jouent un rle essentiel dans la synthse des protines (la traduction protique) : ce sont eux en effet qui parcourent les ARN messagers (ARNm) et ajoutent les nouveaux acides amins, fournis par les ARN de transfert (ARNt), la chane protique en construction : ils sont les catalyseurs de la synthse protique. Cytoplasme : Chez les procaryotes, le cytoplasme est le seul compartiment de la cellule. Il est compos dun gel aqueux appel cytosol, dans lequel se trouvent : o o Les molcules de rserve en solution (protines, glucides, lipides) ; le matriel gntique et les autres composants cellulaires qui flottent librement lintrieur.

Membrane cytoplasmique : Cest la membrane qui entoure le cytoplasme. Elle est constitue de phospholipides et protines. La membrane cytoplasmique agit comme un filtre slectif qui laisse passer les nutriments. Elle permet aussi le passage de la lumire, de la chaleur, etc. En tant que surface de contact avec l'extrieur, elle assure aussi la transmission d'informations ncessaires la ractivit de la cellule aux changements de l'environnement et

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la coordination avec d'autres cellules. La membrane plasmique cre donc un espace clos en constant change avec l'environnement proche. Paroi cellulaire : La paroi cellulaire est lune des caractristiques importantes des bactries. Elle donne la bactrie sa forme et la protge contre lclatement sous leffet de la pression osmotique du cytoplasme. En fonction de leur paroi cellulaire, les bactries peuvent tre divises en deux groupes : les Gram positifs (Gram+) et les Gram ngatifs (Gram-). Cette diffrenciation est base sur la structure et la composition chimique de la paroi cellulaire mise en vidence grce la coloration de Gram. Les bactries coloration de Gram+ possdent une paroi cellulaire paisse alors que les bactries coloration de Gram- ont une paroi fine. Certaines bactries ne possdent pas de paroi : ce sont les mycoplasmes. Capsule : Cest la couche priphrique qui entoure la cellule bactrienne. Constitue de polysaccharides et protines, elle permet lattachement des bactries aux surfaces et les protge contre les effets dfavorables du milieu extrieur (composs toxiques, dtergents, dessiccation, ...). Certaines bactries ne possdent pas de capsule. Structures extra-cellulaires (flagelles et pilis) : La plupart des bactries ne sont pas automobiles. Mais d'autres, comme les Salmonelles, sont pourvues dune structure extracellulaire sous forme de fins filaments appels flagelles, qui leur permettent de se dplacer. Les flagelles sont aussi utiliss par les bactries htrotrophes pour se diriger vers des zones riches en nutriments grce au phnomne appel chimiotactisme (attraction chimique). Dautres espces sont couvertes de nombreux petits poils , les pilis, qui ne jouent aucun rle dans la locomotion, mais interviennent dans les processus dadhsion des bactries un support ou dans le phnomne de conjugaison (reproduction sexue).

2.1.2. MORPHOLOGIE ET ASSOCIATION DES BACTERIES


Les bactries prsentent une grande diversit de morphologies cellulaires (Figure 2). Cette caractristique est exploite pour lidentification de la cellule par observation microscopique. La plupart des bactries ont une forme soit sphriques, appeles coques, ou soit en forme de btonnets, appels bacilles. Certains bactries ont une forme intermdiaire, se sont les coccobacilles, et dautre ont une forme hlicodale, appeles spirilles.

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Le mode darrangement des cellules est aussi une caractristique qui permet de distinguer les bactries (Figure 3). Beaucoup despces bactriennes peuvent tre observes sous forme unicellulaire isole alors que dautres espces sont associes entre eux. Ces derniers peuvent associes en paires (diplocoques) comme les Neisserias, en chanette comme les Streptocoques ou en amas comme les Staphylocoques.

2.2. ARCHEES
Les arches ou Archaea (anciennement appeles archobactries) sont un groupe majeur de procaryotes, se distinguant des bactries par certains caractres biochimiques, comme la constitution de la membrane cellulaire ou le mcanisme de rplication de l'ADN. Les arches sont des espces anarobies et vivant gnralement dans des conditions extrmes (milieu salin, trs acide ou trs alcalin, milieu temprature proche de l'bullition). Certaines arches sont aussi des organismes plus communs qui vivent dans des conditions de vie ordinaires comme le sol, les lacs, la mer ou lintestin des animaux. Les arches ne sont pas considres comme des micro-organismes nocifs la sant. En effet, jusqu' prsent, aucune dmonstration claire ne prouve lexistence des arches pathognes.

3. EUCARYOTES
Les Eucaryotes, du grec noyau vrai , dsignent lensemble des tres vivants dont le matriel gntique est enferm, au sein de la cellule, dans une structure appele noyau, par opposition aux procaryotes. Les algues, les champignons et les protozoaires sont des eucaryotes. La cellule eucaryote est entoure par une membrane, la membrane plasmique. Lintrieur est occup par un liquide aqueux, le cytoplasme, dans lequel baignent divers organites responsables dactivits cellulaires spcifiques (mitochondries, appareil de Golgi, etc.). Enfin, la cellule contient un noyau renfermant le matriel gntique (sous forme dADN) entour par une double membrane. La figure 4 ci-aprs reprsente les diffrents organites dune cellule eucaryote.

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Outre les structures quon trouve chez les cellules procaryotes, les eucaryotes possdent dautres organites qui leur sont spcifiques. Il sagit notamment de : le noyau, la mitochondrie, le rticulum endoplasmique et la vacuole. Noyau : Le noyau est la structure qui contient linformation gntique de la cellule. Il est entour de deux membranes lipidiques perfores lintrieur desquelles se trouvent les chromosomes. Le noyau contrle toutes les activits cellulaires et assure le maintien de linformation gntique dune gnration cellulaire lautre. Mitochondrie : Les mitochondries sont des organites de forme ovode assurant la ralisation de la respiration cellulaire, et fournissant lessentiel de lnergie (sous forme dATP) ncessaire au fonctionnement de la cellule. Rticulum endoplasmique : Le rticulum endoplasmique est associ aux structures cellulaires responsables de la synthse des protines et des lipides (les ribosomes dans le premier cas et les enzymes dans le second). Ces molcules nouvellement synthtises sont prises en charge par le rticulum endoplasmique, qui assurent leur transport jusqu lappareil de Golgi grce des vsicules. Appareil de Golgi : Lappareil de Golgi est un organite, gnralement situ prs du noyau, impliqu dans la maturation des protines et des lipides nouvellement synthtiss dans la cellule pour les rendre fonctionnelles. Cette maturation comprend en particulier llimination de certains rsidus glucidiques et lajout de molcules glucidiques supplmentaires (cest notamment le cas pour les protines et lipides membranaires, souvent associes des molcules de sucres). Un autre rle de lappareil de Golgi est celui du tri des molcules et de leur dispersion vers les diffrents compartiments cellulaires o ces molcules sont ncessaires. Autres organites:

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Les cellules des eucaryotes phototrophes, comme les algues, ont des chloroplastes qui convertissent l'nergie lumineuse du soleil en nergie chimique utilise pour fabriquer des sucres par photosynthse. Les rserves ainsi produites sont stockes dans les vacuoles de ces cellules. Certaines cellules eucaryotes peuvent devenir mobiles, en utilisant un cil ou un flagelle (spermatozode par exemple). Leur flagelle est plus volu que celui des procaryotes.

3.1. ALGUES
Ces microorganismes, uni- ou multicellulaires, sont largement rpondus dans les eaux douces ou sales et dans le sol. Ce sont des organismes capables dassurer leur nutrition par photosynthse (autotrophes), grce la chlorophylle quelles contiennent. Les algues possdent aussi des pigments tels que les carotnodes, les xanthophylles et les phycocyanines qui assurent leur coloration et jouent un rle biochimique important.

3.2. CHAMPIGNONS
Les champignons sont des organismes eucaryotes apparents aux vgtaux, mais qui s'en distinguent, en particulier, par leur mode de nutrition non photosynthtique. Les champignons ont des formes de vie trs varies. Les plus simples sont unicellulaires, mais la plupart sont pluricellulaires. Ils se nourrissent des matires organiques de leur environnement en scrtant des enzymes qui digrent les divers composs organiques qui les entourent et les rduisent en petites molcules solubles. Les champignons sont prsents dans le sol, plantes, dbris vgtaux, lichen, parasites de l'homme, des animaux et des plantes. La classification des champignons dcrit quatre phylums (embranchements) principaux : les Oomyctes, les Zygomyctes, les Ascomyctes et les Basidiomyctes. Les moisissures et levures qui ont un grand intrt en microbiologie alimentaire font partie des champignons.

3.2.1. MOISISSURES
On trouve des moisissures dans deux grands groupes de champignons, les zygomyctes (champignons infrieurs) et les ascomyctes (champignons suprieurs). Chez les premiers, les hyphes (les filaments qui constituent le myclium) ne sont pas cloisonns ; ils le sont chez les seconds (Figure 5).

On peut distinguer, au sein des zygomyctes, deux grands types de morphologie du myclium, notamment sur la base de critres comme la ramification des hyphes ou la position des sporocystes (structures

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sphriques qui contiennent les spores). Chez les moisissures du genre Rhizopus (par exemple la moisissure noire du pain, Rhizopus nigricans), les sporanges sont disposs en bouquets partir de ramifications d'un filament appel stolon. Ces derniers portent en outre des rhizodes qui font office de racines pour fixer le champignon son substrat. Chez les espces comme les Phycomyces, la disposition des sporocystes semble plus anarchique, comme apparus au hasard sur les hyphes qui forment un rseau. Les moisissures les plus connues du groupe des ascomyctes sont celles des genres Penicillium (par exemple Penicillum notatum, dont on tire la pnicilline) et Aspergillus (par exemple la moisissure des confitures, Aspergillum glaucum). Leur myclium en rseau porte non pas des sporocystes, mais des acscopores (structure qui contiennent les asques, cellules reproductrices des ascomyctes).

3.2.2. LEVURES
Les levures sont des champignons gnralement unicellulaire (certaines levures sont cependant capables d'arborer un aspect pseudo pluricellulaire) aptes provoquer la fermentation des matires organiques animales ou vgtales. Ces micro-organismes, de forme gnralement ovales, d'environ 6 10 microns et jusqu 50 micromtres, se multiplient par bourgeonnement ou par scissiparit (division cellulaire). Ils sont souvent capables d'accomplir une sporulation soit dans un but de dormance en milieu dfavorable, soit dans un but de dispersion. Le terme courant de levure dsigne gnralement le genre Saccharomyces (levure de bire ou levure de pain). Il existe beaucoup d'autres genres de levures. En particulier Candida possdant un pouvoir pathogne (responsable des mycoses connues sous l'appellation de "candidoses").

3.3. PROTOZOAIRES
Les protozoaires sont des tres unicellulaires dpourvus de paroi cellulaire (contrairement aux algues), certains vivants en colonies. La plupart des protozoaires vivent dans un milieu aquatique, ocan, lac, rivire, tang. Leur longueur varie entre 2 et 70 microns. Ils se nourrissent en ingrant des bactries, des dchets excrts par d'autres organismes, des algues ou d'autres protozoaires. La plupart des espces sont mobiles, grce des prolongements (les flagelles) ou des organes ressemblant des poils (les cils) ou encore par dplacement amibode, mouvement continu reposant sur la formation de pseudopodes (extensions en forme de pied).

3.4. AUTRES REGNES


Les rgnes vgtaux (avec affinit avec les algues) et animaux (avec affinit avec les protozoaires) sont aussi classs parmi des eucaryotes. Ils ne sont pas classs comme micro-organismes car ils ne vivent pas et ne se reproduisent pas ltat unicellulaire.

4. VIRUS
Les virus sont les plus petits des micro-organismes. Leur taille est de lordre de quelques nanomtres ; ils ne sont observables quau microscope lectronique.

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Ce sont des parasites obligatoires de toutes cellules vivantes des animaux, des plantes et bactries. Leur croissance et leur multiplication ne peuvent seffectuer qu lintrieur dune cellule vivante ce qui entrane, en gnral, la destruction de la cellule-hte. Les virus parasites des bactries sont appels bactriophages (Figure 6). Les virus sont composs soit dacide ribonuclique (ARN), soit dacide dsoxyribonuclique (ADN), dune coque protectrice appele capside, constitue de protines seules ou combines des glucides, et parfois entours dune membrane plasmique provenant dune cellule hte dont le virus est sorti. La taille et laspect des virus sont trs varis. De nombreux virus ont une forme pseudosphrique trs simple sans aucune symtrie, dont le diamtre varie entre 60 et 300 nm. Les plus petits, dont la forme est icosadrique (polygones vingt cts), mesurent entre 18 et 20 nm de large. Certains bactriophages portent, outre cette structure, une sorte de queue qui leur permet dinjecter leur gnome lintrieur de la bactrie quils infectent. Les plus longs virus sont les virus en btonnet, dont certains peuvent atteindre plusieurs microns de longueur.

Les virus sont souvent agent de maladies, bnignes ou graves. Actuellement, plusieurs milliers de virus ont t recenss.

5. NUTRITION ET CROISSANCES DES MICRO-ORGANISMES


La croissance microbienne est dfinie comme une augmentation des constituants cellulaires, et peut se traduire par une augmentation de taille (cas des moisissures par exemple) ou du nombre des microorganismes (bactries par exemple). Pour leur croissance, les microorganismes exigent de leau, une source dnergie, de lazote, des sels minraux, ventuellement de loxygne et/ou des facteurs de croissance (substance organique ncessaire la croissance d'un micro-organisme et qui ne peut tre synthtise par celui-ci) pour leur croissance. Dautres facteurs comme le pH, la temprature, les radiations lectromagntiques, ont un effet important sur la croissance des microorganismes. En absence des conditions favorables de croissance, certains microorganismes se transforment en une forme de rsistance (Spores) pour continuer survivre, mais sans se multiplier. Lorsque le milieu devient favorable, les spores se transforment en forme vgtative durant laquelle sont assures des biosynthses quilibres permettant une croissance plus ou moins rapide. En fonction de la source que microorganisme utilise pour avoir ses nutriments, on distingue plusieurs types trophiques (Tableau 1).

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Tableau 1 : Diffrents types nutritionnels ou trophiques Classe du besoin Source d'nergie Nature du besoin Rayonnement lumineux Oxydation de composs organiques ou inorganiques Donneur d'lectrons Minral Organique Source de carbone Compos minral Compos organique Facteurs de croissance Non ncessaires Ncessaires Type trophique Phototrophe Chimiotrophe Lithotrophe Organotrophe Autotrophe Htrotrophe Prototrophe Auxotrophe

6. ASSOCIATION DES MICROORGANISMES AUX AUTRES ETRES VIVANTS


6.1. ASSOCIATION AUX PLANTES ET ANIMAUX
De nombreux micro-organismes sont associs aux plantes et aux animaux avec lesquels ils entretiennent des relations de symbiose, de commensalisme ou de parasitisme. La symbiose est une association durable entre deux tres vivants et dont chacun tire bnfice. Ils saident mutuellement se nourrir, se protger ou se reproduire. Le commensalisme est un type dassociation naturelle entre deux tres vivants dans laquelle l'hte fournit une partie de sa propre nourriture au commensal : il nobtient en revanche aucune contrepartie vidente de ce dernier (la relation est bnfice non-rciproque). Le parasitisme est une relation entre deux tres vivants d'espces diffrentes dans laquelle l'un des partenaires vit aux dpens de l'autre (lhte). Le parasitisme est nocif pour l'hte. Certains micro-organismes sont pathognes aux plantes et animaux auxquels ils sont associs.

6.2. INTERACTION DES MICROORGANISMES


L'interaction de micro-organismes diffrents peut varier : La mtabiose : Succession sur un mme milieu de micro-organismes ; les premiers prparent le terrain pour les suivants, puis stoppent leur multiplication et enfin disparaissent. La symbiose : Dveloppement sur un mme milieu et en mme temps de plusieurs espces microbiennes, ces espces se favorisant mutuellement. L'antibiose : on en distingue plusieurs formes : o par comptition, li au nombre et la virulence d'une espce ; la plus combative occupant le milieu, celui-ci devient impropre au dveloppement de l'espce la plus faible. o par inhibition : les antibiotiques o par parasitisme : les bactriophages ou virus dont la multiplication est 25 100 fois plus rapide que celle des bactries.

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