REPUBLIQUE DU CAMEROUN REPUBLIC OF CAMEROON

Paix – Travail – Patrie Peace – Work - Fatherland

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MINISTERE DE L’ENSEIGNEMENT MINISTRY OF HIGHER EDUCATION
SUPERIEUR -----------------------------
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ECOLE NORMALE SUPERIEURE

DE L’ENSEIGNEMENT TECHNIQUE
ENSET

DEPARTEMENT D’ECONOMIE SOCIALE ET FAMILIALE

Cours de :

Enzymologie

ESF/option NHD
Niveau 3

Enseignant : Dr. DJEUKEU ASONGNI William

Email: djeukeuas@gmail.com

Semestre I

Année académique 2020 – 2021

 DESCRIPTION DU COURS ET OBJECTIFS

Enzymologie
DUREE: 45 heures (CM: 25h, TD: 10h, TP: 10h)

OBJECTIF GENERAL :
Faire acquérir aux élèves, des notions sur les enzymes, les types d’enzymes, leur
classification, leur rôle et leur mécanisme de catalyse.

OBJECTIFS SPECIFIQUES :
Objectifs: à l’issu de l’enseignement l’étudiant doit être en mesure de :
 Expliquer les différents types de classifications des enzymes et dresser les différents
groupes
 Décrire la structure des enzymes et des coenzymes
 Expliquer le mode d’action des enzymes
 Citer les facteurs qui influencent la cinétique enzymatique
 Expliquer le mode d’action des différents facteurs influençant la cinétique
enzymatique
SOURCES DOCUMENTAIRES
1. Jacques-Henry WEIL. Biochimie générale. Edition Dunod (Paris) 2005, 726p.
Gérard BOISSONNET, Bernadette BOISSONNET, Marie-Jeanne HAMMOUD,
Claude
2. ROUCH. Biochimie structurale. Edition SMER (Rabat) 1987, 326p.
Olivier MASSON. Biochimie, bases biochimiques de la diététique. Edition Lavoisier
(Paris) 2007. 330p.
3. Pierre LOUISOT. Biochimie générale et médicale. Edition SIMEP 1989, 488 p.
4. Garret et Grisham. Biochimie. 2eme édition Américaine. De Boek. 2000, pp
SOMMAIRE
DESCRIPTION DU COURS ET OBJECTIFS...................................................................................2
SOURCES DOCUMENTAIRES.........................................................................................................3
Généralités sur l’enzymologie................................................................................................................5
Introduction...........................................................................................................................................5
Chapitre 1 : Structure des enzymes........................................................................................................6
1. Définitions..........................................................................................................................................6
2. Historique...........................................................................................................................................6
3- Propriétés et caractéristiques des enzymes.......................................................................................6
4- Structure des enzymes.......................................................................................................................7
5. Nomenclature et classification.......................................................................................................8
6. Paramètres modifiant l’efficacité des réactions enzymatiques......................................................9
Chapitre 2 : Catalyse Enzymatique.......................................................................................................10
1. Spécificité de l’association [protéine- ligand] (Notion du site actif).............................................10
2. Stéréospécificité...............................................................................................................................11
3. Mécanisme de la catalyse.................................................................................................................12
Chapitre 3. Cinétique enzymatique à un seul substrat et inhibition.....................................................14
Introduction.........................................................................................................................................14
1. Cas des enzymes Michaeliennes...................................................................................................14
2. Activités enzymatiques et paramètres cinétiques........................................................................16
3. Linéarisation de l'équation de Michaelis-Menten............................................................................16
4. Influence de différents paramètres sur la vitesse initiale.................................................................17
5. Les Inhibiteurs..................................................................................................................................19
6. L’unité enzymatique.........................................................................................................................23
7. Cofacteurs........................................................................................................................................24
 Généralités sur l’enzymologie

Introduction
L'enzymologie est la partie de la biochimie qui étudie les propriétés structurales et
fonctionnelles des enzymes. Elle s’intéresse aussi à décrire la vitesse des réactions catalysées
par les enzymes (cinétique enzymatique).
Les organismes vivants sont le siège d’innombrables réactions biochimiques. Ces réactions
constituent le métabolisme c’est à dire la biosynthèse et le catabolisme d’un grand nombre de
molécules biologiques. Sans la présence des enzymes, la vie serait impossible. Les enzymes
ont donc un rôle vital. Ces réactions se déroulent dans des conditions physiologiques (pH : 7,4

et température : 37 oC) grâce à la présence des enzymes.

 Chapitre 1 : Structure des enzymes
1. Définitions
- Les enzymes sont des catalyseurs biologiques d’une efficacité fonctionnelle remarquable.
Ils accélèrent les réactions métaboliques d'un organisme vivant. En effet, ils ont un pouvoir
catalytique de 106 à 1012 fois supérieur aux réactions spontanées et interviennent dans tous les
processus de biosynthèse, de dégradation, de régulation et de reproduction. Les enzymes
permettent aux réactions chimiques nécessaires à la vie et à la multiplication cellulaire de
s’effectuer à vitesse élevée et avec une spécificité qui élimine la formation de sous-produits.
- Un substrat (S): est la molécule qui est transformée sous l’action de l’activité de l’enzyme
- Un produit (P): est la molécule qui apparaît au cours d’une réaction catalysée par l’enzyme

- Le site actif : la partie de l’enzyme qui fixe le substrat.

2. Historique
1730: La digestion est un phénomène plus chimique que mécanique.
1850: Pasteur démontra que la fermentation du sucre en alcool par la levure est catalysée par
une substance qui existe dans la levure.

3- Propriétés et caractéristiques des enzymes

3.1- Agissent en très faible quantité: Une molécule de catalase peut hydrolyser 5 millions de
molécules d’H2O2 en une minute dans des conditions de pH et de température physiologiques
comme les catalyseurs chimiques, elles se retrouvent
3.2- Ne sont pas consommées au cours de la réaction: comme les catalyseurs chimiques,
elles se retrouvent intactes à la fin de la réaction
3.3- Sont spécifiques: Une enzyme transforme un S donné (spécificité de substrat) grâce à
une réaction donnée (spécificité de réaction).

3.4- Mode d’action des enzymes

- Les enzymes abaissent l’énergie d’activation

- Elles ne modifient pas l’équilibre
- Elles augmentent la vitesse de réaction

3.5- Les enzymes sont régulables

L’activité catalytique de nombreuses enzymes varie en réponse à des signaux métaboliques
(inhibiteurs, activateurs)
 4- Structure des enzymes

5. Nomenclature et classification
Le nom de la plupart des enzymes est bâti en ajoutant le suffixe « -ase » au terme qualifiant la
réaction ou encore la nature du substrat (par exemple, le lactate déshydrogénase). D’autres
sont désignées par leur nom usuel (par exemple, la pepsine).
Chaque enzyme est désignée par un numéro donné par la Commission des Enzymes de
l’Union Internationale de la Biochimie Moléculaire. Ce numéro est précédé les lettres EC et
comporte quatre chiffres séparés par des points : EC (W.X.Y.Z).
Les quatre nombres de la nomenclature EC des enzymes désignent chacun une caractéristique
de l'enzyme qui permet de l'identifier.
Le premier nombre de la nomenclature W : indique le type de réaction catalysée,
Le second : le substrat général impliqué lors de la réaction,
Le troisième : le substrat spécifique impliqué
Le quatrième : le numéro de série de l'enzyme.

• Classe 1 : Oxydoréductases
Elles catalysent les réactions d’oxydoréduction, c’est-à-dire le transfert de protons et
d’électrons. C’est le cas des déshydrogénases, des réductases, des oxydases … (par exemple,
la lactate déshydrogénase permet la réduction du pyruvate en lactate ou encore l’oxydation du
lactate en pyruvate).
• Classe 2 : Transférases
Elles catalysent les réactions de transfert d’atome ou de groupement d’atomes. C’est le cas
des transaminases qui transfèrent la fonction amine d’un acide aminé sur un acide α-
cétonique.
• Classe 3 : Hydrolases
Elles catalysent des réactions de coupure de liaison covalente nécessitant de l’eau. C’est le cas
de toutes les enzymes digestives comme la trypsine (spécialisée dans la coupure des liaisons
peptidiques).
• Classe 4 : Lyases
Elles catalysent les réactions lytiques non hydrolytiques et non oxydantes en créant des
doubles liaisons. Dans la réaction inverse, les lyases catalysent l’addition d’un groupement
fonctionnel sur la double liaison d’un substrat. C’est le cas de l’aldolase (qui transforme le
fructose 1,6-biphosphate en deux triose-phosphate, (glycolyse).
• Classe 5 : Isomérases
Elles catalysent des réactions d’isomérie, c’est-à-dire des remaniements intramoléculaires.
C’est le cas de l’aconitase qui transforme le citrate en isocitrate (Cycle de Krebs).
• Classe 6 : Ligases
Elles catalysent les réactions de ligation, de condensation, c’est-à-dire la formation de liaisons
covalentes nécessitant de l’énergie chimique, le plus souvent apportée par l’hydrolase d’ATP.
C’est le cas des synthétases comme la glutamine synthétase, qui permet l’amidification de
l’acide glutamique en glutamine (métabolisme azoté).
Le système de dénomination internationale attribue à chaque enzyme quatre nombres séparés
par un point. Le premier nombre correspond à la classe, le deuxième (sous-classe) précise le
type de réaction, le troisième et le quatrième précisent la nature du substrat utilisé.

6. Paramètres modifiant l’efficacité des réactions enzymatiques

Les enzymes présentent un optimum de température. Ils se situent, en moyenne, aux alentours
de 40°C. Si l’on s’éloigne de cette valeur, en abaissant ou en augmentant la température, on
constate rapidement une chute de l’activité enzymatique. Mais aux basses températures,
l’inactivation est réversible : les enzymes sont inhibés par le froid mais non dénaturés. En
revanche, à partir de 50 ou 60°C, les enzymes subissent une dénaturation thermique et sont
alors détruits. De même, chaque enzyme a un pH optimal c’est-à-dire un pH pour lequel son
activité est maximale. L’amylase a un fonctionnement maximal pour un pH de 7, mais
certains enzymes nécessitent un pH acide et d’autres un pH basique. Les deux paramètres,
température optimale et pH optimal dépendent des enzymes et des organismes concernés.

Quelques définitions
Substrat : C’est une substance entrant en transformation au cours de la réaction enzymatique
Produit : C’est la substance qui résulte de la réaction
Coenzymes : Eléments non protéiques qui participent à la réaction enzymatique, ces
molécules ne sont pas liées par des liaisons covalentes à la protéine.
 Chapitre 2 : Catalyse Enzymatique
1. Spécificité de l’association [protéine- ligand] (Notion du site actif)
Les protéines natives se replient dans une conformation tertiaire fonctionnelle unique d’où
l’acquisition de leur activité biologique, dans notre cas, il s’agit de la catalyse enzymatique.
Cette structure globale de la macromolécule permet à une région particulière d’adopter elle
aussi une structure spatiale reconnue par le ligand spécifique de la protéine.
On peut citer divers types d’associations entre une protéine et un ligand :
le complexe enzyme - substrat(s)
enzyme - régulateur (inhibiteur, activateur, coenzymes, ...)
antigène – anticorps
récepteurs – hormones
hémoglobine – oxygène
Dans le cas des enzymes, cette région particulière s’appelle le site actif. On distingue au sein
du site actif :
les acides aminés qui constituent le site de fixation (ces acides aminés n'ont pas de
fonction chimique impliquées dans la réaction)
les acides aminés qui constituent le site catalytique
Le site actif est constitué d'un petit nombre d'acides aminés qui le plus souvent ne sont pas
contigus dans l'enchaînement de la chaîne polypeptidique. Ces acides aminés sont caractérisés
par une chaîne latérale dont à la fois la nature chimique (groupement ionisable) et la
structure (encombrement stérique) sont spécifiquement adaptés à la reconnaissance du
substrat.
2. Stéréospécificité
La stéréochimie qui résulte de l’agencement unique des acides aminés qui constituent le site
actif est la cause de la stéréospécificité de reconnaissance entre ces acides aminés et le
substrat. La nature des forces dans les associations [enzyme - substrat] sont :
forces d'interactions électrostatiques : entre atomes ou groupes d'atomes qui possèdent
une charge électrique permanente. : Ces interactions sont classées dans les interactions
de Van der Waals
interactions électrocinétiques ou forces de dispersion : interactions entre groupes non
polaires.
répulsions à courtes distances : répulsions électrostatiques entre les électrons par suite
du recouvrement des nuages électroniques de 2 atomes.
liaisons hydrogène : elles s'établissent entre 2 atomes électronégatifs reliés par un atome
d'hydrogène. Elles sont de nature électrostatique.
interactions hydrophobes : Elles résultent de la réorganisation de la structure des
molécules d'eau en présence d'un composé non polaire. Les molécules d'eau autour
d'un composé non polaire sont organisées de manière à établir le maximum de liaisons
hydrogène autour d'elles. L'accroissement d'entropie dû à la désorganisation de la
structure du réseau de molécules d'eau constitue la contribution majeure à l'énergie des
interactions hydrophobes.
liaison covalente : partage d'une paire d'électrons entre 2 atomes. Ce type de liaison est
parfois impliqué dans les complexes [enzyme - substrat] : elle intervient alors dans une
étape consécutive à la formation du complexe de Michaelis-Menten-Henri.
3. Mécanisme de la catalyse
La compréhension du mécanisme de la catalyse repose principalement sur la connaissance et
l’identification des acides aminés faisant parti de la structure enzymatique et de leurs
groupements fonctionnels directement impliqués dans la catalyse. Les méthodes de recherche
de ces groupes actifs se basent sur l’analyse des modifications de l’enzyme qui apparaissent
suite à l’usage de différents facteurs extrinsèques :
Variation de pH,
Variation de température,
Emploi de réactifs chimiques spécifiques des groupements fonctionnels,
Utilisation d’analogues structuraux du substrat,
Détermination de la séquence primaire de l’enzyme,
Et emploi de techniques physico-chimiques, optique, cristallographique, résonnance
magnétique nucléaire, etc…
Par ailleurs, la vitesse d'une réaction enzymatique dépend de l'efficacité de la rencontre
(collision) entre les molécules qui vont former l'état de transition. Cette efficacité dépend à la
fois :
de l'orientation des molécules l'une par rapport à l'autre
d'une énergie minimale requise : l'énergie d'activation
Les deux grands types chimiques de mécanismes catalytiques sont les suivants :

3.1. Catalyse acide-base générale : c'est le mécanisme le plus courant de la catalyse

enzymatique. L'accélération de la réaction résulte du transfert d'un proton. Par exemple, ce
proton peut provenir du couple imidazole de la chaîne latérale de l'histidine. L'activité
catalytique des enzymes de ce type est largement influencée par le pH.

3.2. Catalyse par covalence (aussi appelée catalyse nucléophile) : elle concerne
essentiellement les réactions enzymatiques où plusieurs substrats sont impliqués (environ
20% des enzymes et toutes les enzymes qui catalysent un mécanisme à 2 substrats de type
"ping-pong"). Une partie du premier substrat est transférée à l'enzyme via la formation
d'une liaison covalente puis cette partie du substrat est transférée au second substrat.
Exemple de la protéase à sérine

Les protéases à sérine ont en commun le mécanisme de coupure, basé sur la polarisation de la
liaison peptidique par un groupement sérine. Les membres de ce groupe présentent un site
actif déterminé par trois résidus comprenant en plus de la sérine, un aspartate et une histidine
formant ainsi une triade pour que le groupement OH de la sérine soit très fortement polarisé.
Le polypeptide s’insère dans la protéase à serine de telle manière que le groupement
carbonyle soit proche de la sérine. Le groupement OH de la sérine attaque le groupement
carbonyle et l’azote de l’histidine accepte le OH de la serine. Une association enzyme-substrat
intermédiaire se forme, puis, le produit d’hydrolyse est libéré (Figure. 1)

Figure 1. Mécanisme catalytique de la protéase à Sérine

- On peut citer aussi la chymotrypsine (protéase à sérine) qui est constituée de trois
segments d'une même chaîne polypeptidique originelle reliés par des ponts disulfure.
Lorsqu'elle se replie, la chymotrypsine adopte une conformation qui correspond à deux
domaines structuraux.
le domaine N-terminal porte deux des trois acides aminés catalytiques : l'histidine
57 (H57) et l'aspartate 102 (D102).
le domaine C-terminal porte la sérine 195 (S195). Ces 3 acides aminés forment ce que l'on
appelle la "triade catalytique" des protéases à sérine.
 Chapitre 3. Cinétique enzymatique à un seul substrat et inhibition

Introduction
Il existe plusieurs mécanismes enzymatiques différents selon l'enzyme considéré. Les
enzymes Michaeliennes fonctionnent selon le mode suivant : un substrat S se lie avec
l’enzyme
E pour donner un intermédiaire ES, puis cet intermédiaire se dissocie pour donner un produit
P avec régénération de l'enzyme E.
Il existe bien d'autres mécanismes. Citons en particulier les enzymes allostériques qui
possèdent nécessairement plus d'un site actif par molécule (au moins 2) et pour lesquels les
caractéristiques cinétiques d'un site actif varient en fonction de l'état des autres sites de la
même molécule (liés ou non liés à un substrat). L’association enzyme-substrat (ES) est
stabilisée par des liaisons de faible énergie : liaisons hydrogène, interactions hydrophobes,
liaisons ioniques…

1. Cas des enzymes Michaeliennes

Le complexe ES subit un réarrangement interne qui va permettre la transformation du substrat
en produit (P).

K est la constante de vitesse quantifiant la rapidité de passage d’un état à l’autre.

K1 est la constante de vitesse de formation du complexe ES.
K-1 est la constante de vitesse de dissociation du complexe ES.
Kcat est la constante catalytique.
V0 = (d[P]/dt) t=0 = Kcat [ES]
V = K1 [E] [S] = k-1[ES] + Kcat [ES]
K1 [E] [S] = (k-1 + Kcat) [ES] ou Km [ES] = [E] [S] avec Km = k-1 + Kcat / k1

Km s’appelle constance de Michaelis-Menten. Elle s’exprime en molarité (M).

A l’état stationnaire,
[E] + [ES] = [E]0
En remplaçant [E] par [E]0 - [ES]
Km [ES] = ([E]0 - [ES]) [S] ou (Km + [S]) [ES] = [E]0 [S]
[ES] = [E]0 [S] / Km + [S]
V0 = Kcat [ES] = Kcat [E]0 [S] / [S] + Km
V0 = Vmax = Kcat [E]0

V0 = Vmax [S] / Km + [S]. Équation de Michaelis-Menten

Fig1. Variation de la vitesse initiale en fonction de la concentration en substrat, celle de l’enzyme étant constante

- Signification de la vitesse maximale Vmax et constante de Michaélis Km

a- Vmax
- Correspond à la vitesse initiale quand l’enzyme est saturée par son substrat
- Renseigne sur l’efficacité catalytique de l’enzyme Vmax= k2 [Et] =>Vmax= kcat[Et] avec Et :
étant la concentration en enzyme totale ; kcat : Turn Over Number « TNO », nombre de
molécules de substrat transformé en produit par unité de temps, c’est l’efficacité
catalytique de l’enzyme : la fréquence de l’acte catalytique (s-1).
b- Km
- Affinité de l’enzyme pour le substrat, Km est d’autant plus élevée que l’affinité de
l’enzyme pour le substrat est plus faible (inversement proportionnelle à l’affinité).
- Concentration initiale de substrat pour laquelle V i= 1/2Vmax, donc la moitié des sites actifs
de l’enzyme est occupée par le substrat.
- Quand [S] >>> Km
Vi= Vmax= kcat [Et]
- Quand [S] <<< Km
Vi= (kcat/ Km) [Et] [S]
 2. Activités enzymatiques et paramètres cinétiques
Les dosages d’activité enzymatique sont effectués en mesurant la vitesse d’apparition d’un
produit ou de disparition d’un substrat, à l’état stationnaire, dans les conditions optimales de
fonctionnement de l’enzyme dans ces conditions, la concentration saturante de substrat,

V =Vmax = kcat [E0]. Les unités employées sont diverses :

- Unité internationale (UI) : Elle reste largement utilisée. C’est la quantité

d’enzyme apte à catalyser la transformation d’une micromole de substrat par minute.
- Katal : quantité d’enzyme qui convertit une mole de produit par seconde ;
l’énormité de cette unité amène à recourir au microkatal, ou au nanokatal,

1UI = 16,67 nkat

- Activité spécifique (AS), unités enzymatique par milligramme de protéines de l’extrait

enzymatique ; elle est surtout utilisé pour suivre la purification d’un enzyme ;
- Activité moléculaire, nombre de molécules de produit formées par unité de site actif et par
unité de temps ; elle ne peut être évaluée que pour des enzymes purs dont on connaît le poids
moléculaire.

3. Linéarisation de l'équation de Michaelis-Menten

Malheureusement, l’extrapolation d’une hyperbole à partir de quelques points n’est pas facile.
Des erreurs sur l'estimation des paramètres cinétiques (V max et Km) sont possibles. La
linéarisation de la représentation graphique de l'équation de Michaelis-Menten, transforme
l'hyperbole en droites de différentes équations (changement des axes). L'exemple en est la
transformation de Line-Weaver et Burke (représentation des doubles inverses):

On obtient une droite dont l’extrapolation coupe l’axe des 1/V en un point d’ordonnée 1/Vmax
et l’axe des 1/[S] en un point d’abscisse -1/K m. Cette équation représente une droite de pente
Km/Vmax. Cette représentation est plus commode que la précédente pour déterminer les
constantes cinétiques Km et Vmax puisqu’il suffit de lire sur le graphique les valeurs
correspondant aux intersections de la droite avec les axes de coordonnées. En outre, elle
permet de distinguer entre différent types d’inhibiteurs comme nous le verrons plus loin.
Il existe plusieurs autres représentations : Eadie-Hofstee qui utilise une autre transformation

Fig 2. Représentation linéaire de la cinétique enzymatique selon Line-Weaver et Burck

Fig 3. Représentation linéaire de la cinétique enzymatique selon Eadie-Hofstee

4. Influence de différents paramètres sur la vitesse initiale

4.1. Influence de la température
Pour qu’une réaction enzymatique se produise, il faut d’une part que les molécules (enzyme et
substrat) se rencontrent et qu’elles aient suffisamment d’énergie pour s’activer. Dans un
premier temps, c’est-à-dire quand la température est basse, la vitesse de la réaction augmente
quand la température augmente (cas le plus fréquent sur une gamme de températures allant de
0°C à 40°C). L’énergie d’activation nécessaire est fournie au système sous forme d’énergie
thermique. Lorsque l’on atteint la Vmax, on parle alors de température optimale.
 Fig 4. Influence de la température sur l’activité enzymatique

Au-delà de 42-45°C, la protéine est en revanche dénaturée. L’excès d’énergie thermique

entraîne une modification structurale de la protéine qui, du coup, perd rapidement son activité
catalytique.

4.2. Influence du pH
La variation du pH entraîne des modifications du degré d’ionisation de certains groupements
fonctionnels (résidus Asp, Glu, Lys, Arg, His). La modification de l’état ionique peut se
produire au niveau du site actif ou même au niveau du substrat. Dans les deux cas, la
formation du complexe ES s’en trouve pénalisée, voire empêchée (figure 5 ).
 Fig 5. Influence du pH sur l’activité enzymatique.

De même que pour la température, on définit un pH optimal, Dès que l’on s’écarte de cette
valeur (+/- 0,5 unité pH), la vitesse diminue rapidement. Elle devient très faible à +/-2 unités
pH.
La plupart des enzymes ont un pH optimal proche de 7, qui est le pH des liquides
physiologiques. Il existe toutefois des cas particuliers dont celui de la pepsine est très
intéressant. Cette protéase, enzyme spécialisée dans l’hydrolyse des liaisons peptidiques au
niveau de la cavité gastrique où règne un pH allant de 2 à 3,5. La pepsine présente la
particularité d’avoir un pH optimal sensiblement égale à 2 (figure 6).

Fig 6. Influence du pH sur l’activité enzymatique de la pepsine

5. Les Inhibiteurs
Un nombre considérable de molécules possédant une action biologique sont des inhibiteurs de
réactions enzymatiques : analogues structuraux de substrats, ou réactifs qui modifient et
inactivent spécifiquement les sites enzymatiques.

5.1. Inhibiteurs compétitifs

Ces composés moléculaires présentent une analogie structurale avec le substrat et le site actif
de l’enzyme (fig. 7).
 Fig 7. Analogie structurale entre l’enzyme et l’inhibiteur compétitif

La présence simultanée de l’inhibiteur et du substrat entraîne une compétition pour occuper le

site actif de l’enzyme. Deux possibilités s’offrent donc à l’enzyme ES et EI, selon les
équilibres suivants :

La présence de l’inhibiteur ne change pas Vmax mais augmente Km. En d’autre termes, dans
l’équation de Michaelis-Menten, Km est remplacé par un Km’ (figure 8).

Vmax’ = Vmax
 Fig 8. Influence d’un inhibiteur compétitif sur l’activité enzymatique

5.2. Inhibiteurs non compétitifs

Dans ce cas, la fixation de l’inhibiteur se fait sur l’enzyme au niveau d’un site différent du site
de fixation du substrat. Il n’ya donc aucune compétition entre le substrat et l’inhibiteur pour
l’occupation du site actif (figure 9).

Fig 9. Fixation d’un inhibiteur non compétitif

La fixation de l’inhibiteur sur l’enzyme ne gêne pas la fixation du substrat sur le site
catalytique. L’affinité du complexe ES n’est donc pas modifiée, Km ne change pas, la Vmax
est
alors diminuée (figure 10, 11).
L’équation devient :
Km’ = Km

Fig 10. Influence d’un inhibiteur non compétitif sur l’activité enzymatique

Fig 11. Effets des inhibiteurs en représentation en double inverse

5.3. Inhibiteurs incompétitifs

L’inhibiteur ne se combine pas avec l’enzyme libre et n’affecte pas la réaction de celui-ci
avec
son substrat, mais il se fixe sur le complexe enzyme-substrat pour donner un complexe
enzyme-substrat-inhibiteur inactif qui ne peut plus fournir le produit normal de la réaction
(figure 12).

Fig 12. Influence d’un inhibiteur incompétitif sur l’activité enzymatique

6. L’unité enzymatique
C’est la quantité d’enzyme qui catalyse la transformation d’une certaine quantité de substrat
par unité de temps. Actuellement il en existe deux :
- L’unité internationale « UI » : la quantité d’enzyme qui catalyse la transformation d’une
micromole de substrat par minute.
- Le katal « kat » : la quantité d’enzyme qui catalyse la transformation d’une mole de substrat
par seconde.

L’activité enzymatique spécifique

Nombre de molécules de substrat transformées par min et par milligramme d’enzyme

Elle permet de vérifier la pureté d’une préparation enzymatique

L’activité enzymatique moléculaire

Nombre de molécules de substrat transformées par min et par molécule d’enzyme

7. Cofacteurs
De nombreuses enzymes ont besoin pour exercer leur activité catalytique d’un cofacteur.
Il existe plusieurs sortes de cofacteurs.
a. Ion métalliques :
Le cation métallique est un oligoélément fourni par l’alimentation à la cellule où fonctionne la
métallo-enzyme. Un exemple est le cation Zn2+ présent dans le site actif de nombreuses
enzymes : carboxypeptidase, phosphatase alcaline, par exemple. Cet ion est fortement lié à la
protéine.
Il participe à la fois à la reconnaissance du substrat et à la catalyse, mais il joue aussi un rôle
déstructuration en stabilisant la conformation spatiale efficace du site actif. Il existe un très
grand nombre d’autre métallo-enzymes utilisant divers cations tels que Mg 2+, Mn2+, Ca2+,
Cu2+, Fe2+.
b. Groupement prosthétique ou coenzyme vrais :
Ce sont des molécules organiques de petite taille et de nature non protéique, fortement liées
au
site actif de l’enzyme, par des liaisons covalentes. Leur présence est indispensable à
l’expression de l’activité catalytique. Un bon exemple est la porphyrine liée aux
cytochromes+.
Coenzymes mobiles ou cosubstrat :
Cette catégorie ne mérite pas vraiment le nom de coenzyme, mais plutôt de cosubstrat,
capable
de se fixer réversiblement au site actif de l’enzyme. Un bon exemple est fourni par les dérivés
du nicotinamide, NAD et NADP. Ils permettent le transfert d’hydrogène et d’électrons d’un
substrat, qui sera donc oxydé, à un autre qui sera réduit :

C. Les vitamines :
Les vitamines sont des composés organiques que certains organismes sont incapables de
synthétiser et qui doivent donc leur être fournis par l’alimentation, régulièrement mais en
faibles quantités. Les principales vitamines hydrosolubles : vitamines du groupe B et
vitamines C.
Exercice d’application
The reaction between nicotineamide mononucleotide and ATP to form nicotineamide–adenine
dinucleotide and pyrophosphate is catalyzed by the enzyme nicotinamide mononucleotide
adenylyltransferase. The following table provides typical data obtained at a pH of 4.95. The
substrate, S, is nicotinamide mononucleotide and the initial rate, v, is the μmol of
nicotinamide–adenine dinucleotide formed in a 3-min reaction period.

Determine values for Vmax and Km.

Solution
Figure 1. shows the Lineweaver–Burk plot for this data and the resulting regression equation.
Using the y-intercept, we calculate Vmax as
Vmax= 1 / y−intercept = 1 / 1.708 mol = 0.585 mol
and using the slope we find that Km is
Km = slope × Vmax = 0.7528 molimM × 0.585 mol = 0.440 mM
 Figure 1: Line weaver–Burk plot and regression equation for the data in Example 1

Les coenzymes
Définition
Une coenzyme est une petite molécule organique nécessaire pour qu'une enzyme remplisse
sa fonction. Les coenzymes sont un certain type de cofacteurs, qui diffèrent d'activateurs en ce
qu'il s'agit d'un composé organique. De nombreuses vitamines sont un précurseur d'une
coenzyme.

Une molécule de coenzyme Q10

Une coenzyme Q10 sous la représentation d'une molécule met en évidence

son groupement fonctionnel
Les coenzymes sont des cofacteurs organiques non-protéiques, thermostables qui, avec
une apoenzyme, constituent l'holoenzyme ou la forme catalytiquement active de l'enzyme.
Sans coenzyme, la réaction enzymatique ne peut avoir lieu. La coenzyme fonctionne souvent
comme une sorte d'interrupteur marche/arrêt dans une cellule.

Propriétés et rôle du coenzyme

Les coenzymes sont un type de cofacteur, une molécule qui se lie à une apoenzyme pour
former une holoenzyme capable de catalyser des réactions chimiques. Les coenzymes sont
souvent des molécules complexes que notre corps ne peut généralement pas synthétiser. Pour
cette raison, beaucoup d'entre eux doivent être ingérés avec le régime. Une grande partie des
coenzymes sont dérivées de vitamines hydrosolubles. En faisant varier la concentration de la
coenzyme, la réaction chimique qui facilite l'enzyme est retardée ou accélérée. Elles ont
généralement une faible masse moléculaire (au moins par rapport à l'apoenzyme) et jouent un
rôle clé dans le mécanisme de la catalyse, par exemple, en acceptant ou en donnant
des électrons ou des groupes fonctionnels qui transportent d'une enzyme à l'autre.
Contrairement aux enzymes, les coenzymes sont modifiées au cours de la réaction chimique;
par exemple, NAD+ est réduit à NADH quand il accepte deux électrons (et un proton) et par
conséquent s'épuise; Lorsque NADH libère ses électrons, NAD+ est récupéré, ce qui peut à
nouveau agir comme une coenzyme.

Mécanisme d'action
Le mécanisme d'action de base des coenzymes est le suivant:
 La coenzyme se lie à une enzyme.
 L'enzyme capture son substrat spécifique.
 L'enzyme attaque ce substrat en transférant certains de ses électrons. En fait, la liaison
du substrat et de l'enzyme produit une nouvelle substance. Cette substance est instable,
ce qui provoque sa séparation en différentes parties: enzyme, produit et la forme
réduite de la coenzyme, qui a été laissé avec quelques électrons (en oxydant le
substrat, il est réduit) en présentant une plus grande force d'attraction moléculaire.
 L'enzyme cède à la coenzyme lesdits électrons provenant du substrat.
 La coenzyme accepte lesdits électrons et est libérée de l'enzyme.
 La coenzyme réduite va à la chaîne de transport d'électrons, dans laquelle ATP et H2O
(respiration cellulaire) sont générés, en "laissant" leurs électrons au moyen de
navettes, elle revient à son état initial.
Cette dernière étape est essentielle pour ne pas épuiser la dotation en coenzyme d'une cellule
puisque les enzymes ainsi que celles qui agissent ne peuvent pas effectuer la réaction
chimique sans l'aide de sa coenzyme.
Certaines coenzymes sont fortement et durablement liées à leur enzyme, constituant en
pratique un groupe prosthétique ; tel est le cas du FMN pour l'enzyme NADH déshydrogénase
ou FAD pour la succinate déshydrogénase. Chaque coenzyme est spécialisée dans
l'acceptation et le transport d'un type spécifique d'atomes ; certains acceptent des hydrogènes,
d'autres groupes acétyle, amino, etc. Cependant, les coenzymes ne sont pas spécifiques aux
enzymes auxquelles elles sont liées, de sorte que la même coenzyme peut se lier à un grand
nombre d'enzymes différentes et c'est pourquoi le nombre de coenzymes différentes est
relativement faible.

Principales coenzymes
Liste des principales co-enzymes:
 FAD (flavine-adénine dinucléotide): transfert d'électrons et de protons.
 FMN (mononucléotide flavine): transfert d'électrons et de protons.
 NAD+ (nicotine adénine dinucléotide): transfert d'électrons et de protons.
 NADP+ (nicotine-adénine dinucléotide phosphate).
 Coenzyme A: transfert de groupes acétyle pour l'acétyl-CoA (par exemple, dans
la décarboxylation de l'acide pyruvique) et de groupes acyle en général.
 Coenzyme Q: transfert d'électrons dans la chaîne respiratoire.
 Coenzyme B 12: transfert de groupes méthyle ou d'hydrogène entre molécules.
 TPP (pyrophosphate de thiamine): transfert de groupes aldéhyde; il fait partie, entre
autres, du complexe pyruvate déshydrogénase.
 vitamine C.
 PLP (phosphate de pyridoxal): transfert de groupes amino.
 PMP (phosphate de pyridoxamine): transfert de groupes amino.
 FH4 (acide tétrahydrofolique): transfert des groupes formyle, méthényle et méthylène.
 biocytine: transfert de dioxyde de carbone.
 Acide lipoïque: transfert des hydrogènes, des groupes acyle et de la méthylamine.

Coenzymes et vitamines
De nombreuses vitamines, ou leurs dérivés, agissent comme des coenzymes:
 La vitamine B1 ou la thiamine: son dérivé, le pyrophosphate de thiamine est essentiel
pour le métabolisme énergétique des glucides.
 Vitamine B2 ou riboflavine: ses dérivés sont des co-nucléotides à fort pouvoir
réducteur tels que FAD et FMN.
 Vitamine B3 ou niacine: ses dérivés sont des nucléotides de coenzyme avec un grand
pouvoir réducteur tel que NAD+ ou NADP+.
 La vitamine B5 ou l'acide pantothénique: son dérivé principal est la coenzyme A (Co-
A), avec une grande importance dans divers processus métaboliques.
 Vitamine B6 ou pyridoxine: ses principaux dérivés sont les coenzymes PLP (pyridoxal
phosphate) et PMP (pyridoxamine phosphate), essentielles dans le métabolisme
des acides aminés.
 Vitamine B7 ou biotine (vitamine H ou vitamine B8): son dérivé, la biocitine, est
essentiel pour le fonctionnement de nombreuses carboxylases (enzymes).
 Vitamine B9 ou acide folique (vitamine M): son dérivé, FH 4 est essentiel dans la
synthèse des purines.