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EL ENLACE PUENTE HIDRGENO Y SUS APLICACIONES

Universidad de Los Andes Facultad de Ciencias Departamento de Qumica

EL ENLACE PUENTE HIDRGENO Y SUS APLICACIONES

Edward E. vila Asilo J. Mora

VII Escuela Venezolana para la Enseanza de la

Qumica

Mrida, del 05 al 09 de Diciembre de 2004

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Enlace Puente Hidrgeno y sus Aplicaciones

VII ESCUELA VENEZOLANA PARA LA ENSEANZA DE LA QUMICA Edicin 2005 El libro el Enlace Puente Hidrgeno y sus Aplicaciones, fue escrito especialmente como material de apoyo de uno de los cursos ofrecidos en la VII escuela venezolana para la enseanza de la qumica. la escuela es un programa organizado por celciec-ula, diseada en base a cursos de actualizacin dirigidos a los docentes de qumica de la educacin bsica, media y diversificada. Evaluacin de la edicin: Bernardo Fontal, Ricardo Contreras

Comit organizador del VII Encuentro con la Qumica: Bernardo Fontal, Fernando Bellandi, Marisela Reyes, Ricardo Contreras Autor: Edward E. vila Asilo J. Mora E-mail: Portada: Diseo y diagramacin: asiloe@ula.ve Yanelly Gavidia Smart Service C.A.

Se autoriza la reproduccin parcial y total de esta obra, nicamente para fines de enseanza, respetando los crditos del VII Escuela Venezolana para la Enseanza de la Qumica y de los autores.

Derechos reservados 2005, Universidad de Los Andes, Facultad de Ciencias, Departamento de Qumica, Laboratorio de Organometlicos La Hechicera, Mrida 5101, Venezuela. Tlf.: +58 274 2401380, Fax: +58 274 2401286, E-mail: escueladequimica@hotmail.com

Hecho en Venezuela Depsito legal:

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TABLA DE CONTENIDO
1. EL ENLACE DE HIDRGENO 1.1. NATURALEZA Y DEFINICIN. RESEA HISTRICA. 1.2. DEFINICIN DEL ENLACE DE HIDRGENO EN TRMINOS DE GEOMETRA Y ENERGA 1.2.1. LOS PARMETROS GEOMTRICOS 1.2.2. LOS PARMETROS ENERGTICOS

2. EL AGUA Y LOS ENLACES DE HIDRGENO

3. IMPORTANCIA DEL AGUA Y SUS INTERACCIONES EN LOS SISTEMAS BIOLGICOS 4. EL ENLACE DE HIDRGENO EN LA QUMICA SUPRAMOLECULAR 4.1. INGENIERA DE CRISTALES 4.2 RECONOCIMIENTO MOLECULAR

5. LOS AMINOCIDOS Y LOS ENLACES DE HIDROGENO 5.1 DEFINICIN Y NATURALEZA 5.2 EL ENLACE DE HIDRGENO EN LOS AMINOCIDOS 5.3. ENLACE DE HIDRGENO BIFURCADO DONADOR EN AMINOACIDOS 5.4. EFECTOS COOPERATIVOS Y PATRONES DE ENLACES DE HIDRGENO EN LOS AMINOCIDOS 6. REFERENCIAS

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ENLACE PUENTE HIDRGENO Y SUS APLICACIONES

1. EL ENLACE DE HIDRGENO

1.1. Naturaleza y definicin. Resea histrica Los qumicos alemanes Hantzch y Werner1, en el ao de 1902, buscando

interpretar algunas propiedades inherentes a pequeas molculas asociadas, fueron los primeros en dar cuenta de la existencia de una interaccin intermolecular dbil en agregados de molculas de HCl y NH3, entre otras, existente entre grupos funcionales de molculas vecinas, y en donde un tomo de hidrgeno estaba covalentemente unido a un tomo electronegativo, y a la cual dieron el nombre de nebenvalenz, cuyo significado es la menor valencia. Ms tarde, en 1912, Moore y Winmill2 hicieron

mencin directa del enlace de hidrgeno al asignar al hidrxido de trimetilamonio la estructura.

Dicha estructura explica la debilidad bsica del hidrxido de trimetilamonio comparada con el hidrxido de tetrametilamonio. No obstante, quienes introdujeron por primera vez la definicin de enlace de hidrgeno a la qumica fueron Latimer y Rodebush3a, e independientemente M. Huggins3b, en el ao de 1920. Ellos enmarcaron la definicin del enlace de hidrgeno dentro de la teora de valencia de Lewis para explicar la ionizacin de compuestos polares y el fenmeno de auto-asociacin en lquidos3a y 3b. Entre los compuestos estudiados por estos autores se encontraban, entre otros, el amoniaco, cloruro de hidrgeno, cloruro de amonio, cido fluorhdrico, cido sulfrico y agua. La exposicin de Latimer y Rodebush reza:

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El amoniaco adiciona fcilmente un hidrgeno, pero con poca tendencia a donarlo. En cambio, el cloruro de hidrgeno tiene el comportamiento opuesto. No obstante, el agua ocupa una posicin intermedia y adems muestra ambos comportamientos. Entonces, un par de electrones libres de una molcula de agua puede ejercer la fuerza necesaria sobre un tomo de hidrgeno ubicado en otra molcula de agua, de modo que, las dos molculas de agua terminan juntndose. Estructuralmente, esto puede representarse como:

..... En tal sentido, se puede considerar o decir que los ncleos de hidrgeno estn ubicados entre dos octetos que constituyen un enlace dbil
2

Linus Pauling4, 5, 7 estudi profusamente al enlace de hidrgeno, y entre 1928 al 1949, propuso una serie de definiciones para el enlace de hidrgeno enunciadas en trminos de las diferencias de electronegatividades de los tomos enlazados y de la teora mecnico-cuntica del enlace valencia. La primera de ellas, enunciada en 19285, impona la restriccin de que el tomo de hidrgeno slo poda formar un enlace covalente puro, debido a que dispona de un nico orbital de valencia estable (1s); por lo tanto, la atraccin observada entre dos tomos, o grupos de tomos, en la formacin del enlace de hidrgeno se deba a interacciones de carcter netamente electrosttico. Bajo esta perspectiva, Pauling concluye que el enlace de hidrgeno es el enlace a un tomo de hidrgeno entre dos tomos electronegativos, tal y como se muestra en la Figura 1.
ClHClNHO OHN CHO
Figura 1 Algunos tipos de enlaces de hidrgeno.

Adems, dicho hidrgeno tiene un nmero de coordinacin igual a dos6 y, por lo tanto, el hidrgeno acta como un pequeo catin que atrae a un anin a una distancia

de equilibrio inter-nuclear igual al radio del anin, que a su vez atrae otro anin formando un complejo estable, tal y como se muestra en la Figura 2.

Figura 2. Complejo estable de aniones por la presencia de un protn

Pauling, adems, encontr que slo los tomos electronegativos tenan la capacidad de formar enlaces de hidrgeno y, por consiguiente, la fuerza del enlace formado depender de la electronegatividad de los tomos a los cuales el hidrgeno est enlazado. En la Tabla 1, se muestra las energas de enlaces inherentes a algunos iones bi-haluros de hidrgeno.

Tabla 1. Energas de enlaces de algunos iones bihaluros de hidrgeno7.

HX + Y- XHY/Kcal H XHYmol-1 (FHF)-37 ClHCl-14 BrHBr-13 -12 IHIClHBr -9

En un trabajo publicado en 1935, Pauling4 estudi detalladamente la estructura del hielo Ih, y encontr que: 1. El tomo de oxgeno est enlazado a dos tomos de hidrgeno formando una molcula de agua con distancia de enlace H-O de 0,95 y ngulo H-O-H de 105, aproximadamente, como se muestra en la Figura 3.

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Figura 3. Molcula de agua. Distancia y ngulo de enlace.

2. Cada molcula de agua est orientada de modo que sus dos tomos de hidrgeno apuntan haca dos de los cuatros tomos de oxgeno vecinos, que la rodean en un ambiente tetradrico, formando con ellos enlaces de hidrgeno. En este arreglo espacial, la distancia entre el hidrgeno y el oxgeno de la misma molcula es de 1,00 , mientras que esa distancia es de 1,76 con el oxigeno de la molcula de agua vecina mas cercana, tal y como se muestra en la Figura 4.

Figura 4. Distribucin tetradrica espacial de las molculas de agua en el hielo Ih.

3. La orientacin de las molculas de agua adyacente es tal que slo un tomo de hidrgeno yace a lo largo del eje oxgeno-oxgeno. La distancia de separacin OO es aproximadamente de 2.76 , como se muestra la Figura 5.

Figura 5. Alineacin del enlace de hidrgeno.

4. En condiciones ordinarias, las interacciones moleculares entre las molculas de agua no adyacentes, es decir, las de la segunda esfera de solvatacin, no son lo suficientemente significativas, y slo se cumplen alguna de las condiciones anteriores, pero no necesariamente todas. Esto conduce a un efecto entrpico, en el que se satisfacen muchas configuraciones, pero no todas conducen a un entorno tetradrico ordenado. Matsumoto y colaboradores8 recientemente utilizaron la dinmica molecular para simular la nucleacin y crecimiento del hielo Ih en procesos de enfriamiento del agua. En el estudio, los autores confinaron 512 molculas de agua en una caja cbica bajo condiciones de periodo lmite y en el enfriamiento encontraron cuatro estados dinmicos: (1) un periodo de tiempo amplio de 0-256ns con una energa potencial constante, (2) un periodo de tiempo relativamente corto, entre 256-290ns, en el cual la energa potencial disminuye lentamente, (3) otro periodo donde la energa potencial decrece rpidamente de 290-320ns, y por ltimo, (4) uno (t>320ns) en el que la energa potencial desciende lentamente hasta culminar en la cristalizacin. Estos distintos estados se observan en la Figura 6, la cual representa un diagrama de energa potencial obtenido para todo el proceso de congelacin del agua. Adems, en la Figura 7 se observa la disposicin tetradrica espacial de las molculas de agua en cada uno de los cambios dados por el proceso de nucleacin y crecimiento del hielo, tal y como fuera sealado por Pauling 67 aos antes.

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Figura

6.

La

energa

total

de

las

estructuras

instantneas en la trayectoria de las 512 molculas de agua confinadas en una caja cbica bajo una condicin de tiempo lmite despus del quenching (a t =0ns) desde la temperatura ms alta hasta 230K. Pasado el tiempo suficiente de acondicionamiento a la temperatura ms alta (400K) se produce el salto de temperatura. El inserto muestra la energa potencial total de las estructuras inherentes correspondientes a las estructuras instantneas en el recorrido de t = 250-320 ns. Las estructuras inherentes fueron

calculadas mediante quenching locales realizados a intervalos de 10-ps. Ntese que el proceso de enfriamiento divide al experimento en cuatro

estados: (1) a lo largo del periodo comprendido desde t = 0 hasta t = 250 ns la energa total del sistema no cambia significativamente (lneas rojas); (2) las lneas verdes indican un pequeo descenso de la energa total del sistema; (3) las azules indican un rpido descenso y (4) las moradas reflejan la culminacin del proceso de cristalizacin.

Figura 7. La red de enlaces de hidrgeno de las molculas de agua para un tiempo dado en estructuras inherentes. Para un tiempo (a) t = 208 ns, (b) t = 256 ns, (c) t = 290 ns, (d) t = 320 ns y (e) t = 500 ns. Las lneas indican los enlaces de hidrgeno entre las molculas de agua. Las lneas de azul brillante indican los enlaces de hidrgeno ms duraderos, las cuales tienden a persistir ms que el valor del umbral especificado antes de un tiempo t dado. Las lneas de azul ms brillante son los que corresponden a los que tienen un tiempo de vida mayor a 2 ns (vida > 2 ns). En la regin del crculo se puede observar la formacin del primer ncleo de crecimiento del hielo.

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En 1949 Pauling9 publica otro trabajo donde trata la covalencia del enlace de hidrgeno estudiando nuevamente al hielo Ih. A travs de la diferencia de electronegatividades entre el oxgeno y el hidrgeno, Pauling postul que el enlace covalente O-H tiene un carcter inico parcial de 39%. En trminos de la teora de orbitales de valencia, esto implica que, el orbital de valencia 1s del tomo de hidrgeno queda liberado de tal enlace en un 39%, de modo que la formacin de un enlace covalente con el tomo de oxgeno de la molcula vecina es posible si se considera que la molcula de agua en el hielo existe por la resonancia de las estructuras A, B y C, mostradas a continuacin.

Es preciso resaltar que la anterior representacin es la interaccin lineal entre el grupo aceptor O-H (del lado izquierdo) y el hidrgeno donado por la molcula de agua vecina (del lado derecho). Por consiguiente, Pauling muestra que el carcter covalente6 del enlace de hidrgeno est determinado por la estructura C, a la cual le corresponde un valor de 5%, en comparacin a 61% y 34% para las estructuras A y B, respectivamente. Pauling no descartaba la covalencia parcial del enlace de hidrgeno, pero no la aceptaba totalmente, ya que crea que la naturaleza electroesttica explicaba los altos valores del momento bipolar y la constante dielctrica en algunas sustancias qumicas empleadas como solvente, tal y como se observa en la Tabla 2.

Tabla 2. Constante dielctrica y momento bipolar de algunas sustancias empleadas como solvente .
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Compuesto Formamida Agua Dimetil sulfxido Metanol Etanol Acetona Amoniaco Cloroformo Dimetil ter Benceno Tetracloruro de carbono Hexano

Const. dielctrica 110,0 78,5 48,9 32,6 24,3 20,7 16,9 4,8 4,3 2,3 2,2 1,9

Momento bipolar (deybe) 3,37 1,85 3,96 1,66 1,68 2,72 1,47 1,15 1,15 0,00 0,00 0,00

Con el propsito de medir directamente el carcter covalente del enlace de hidrgeno, Isaacs y colaboradores11 recientemente realizaron mediciones de dispersin Compton con rayos-X en el hielo Ih. En particular, midieron los perfiles anisotrpicos, los cuales son sensibles a la fase de la funcin de onda electrnica y, por tanto, a la covalencia del enlace de hidrgeno. La Figura 8 muestra la variacin anisotrpica del perfil de Compton en el hielo Ih con el momento del electrn en unidades atmicas (a.u.). Hay una variacin peridica en la intensidad, que se hace ms evidente en el rango de p = 0,5 y 2,5 a.u.

Mediante clculos mecnico-cunticos, los autores reprodujeron el perfil de intensidades puramente covalentes y electroesttico. Las curvas calculadas se representan en el inserto de la Figura 8, como lneas continas y entrecortadas respectivamente. Los mximos de intensidad aparecen a distancias de 1,72 y 2,85 , que corresponden a la longitud del enlace de hidrgeno y la otra a la distancia OO de las molculas vecinas ms cercanas, respectivamente.

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Estos resultados representan las evidencias experimentales ms directas del carcter covalente en el enlace de hidrgeno que se forma entre molculas vecinas de agua.

Figura 8. Perfil anisotrpico de dispersin Compton.

En 1960, Pimentel y McClellan12 proveen una definicin ms amplia del enlace de hidrgeno, que dice:
Un enlace de hidrgeno existe entre un grupo funcional X-H y un tomo o grupo de tomos Y que se encuentren en la misma molcula o en molculas diferentes cuando: a) se tenga la evidencia de la formacin del enlace de hidrgeno (asociacin o coordinacin) y b) este nuevo enlace acopla especficamente al grupo X-H y al Y involucrando al tomo de hidrgeno enlazado directamente a X. En otras palabras, este enlace existe s un tomo de hidrgeno est enlazado a dos o ms tomos.

Esta definicin es la situacin que surge cuando un grupo entero de tres o ms tomos adoptan la siguiente configuracin:

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en donde X e Y pueden ser cualquiera de los siguientes elementos: O, N, C, F, Cl, S, P13. Se entiende de esta configuracin que entre uno de los dos o ms enlaces de hidrgeno formados habr uno ms fuerte que el otro, y por ende, el ms dbil es el enlace de hidrgeno. No obstante, existen casos importantes donde los dos enlaces formados tienen la misma fuerza y longitud, cuya configuracin corresponde a:

X
F-H-F en el in bifluoruro13, con una

Ejemplos de esta configuracin son: monobsicos14.

distancia de enlace F-H de 1,2 , y O-H-O en las sales cidas de varios cidos

Esta definicin ms amplia abarca la formacin de enlaces de hidrgeno inclusive con tomos no tan electronegativos como lo es el carbono15-17, o a electrones asociados a este tomo por sistemas de orbitales 17-21. Esta nueva mirada hacia el enlace de hidrgeno provee una herramienta valiosa que pudiera explicar fenmenos tales como el reconocimiento qumico a nivel molecular y el auto-ensamblaje supermolecular18,19 y supramolecular.

1.2. Definicin del Enlace de Hidrgeno en Trminos de Geometra y Energa 1.2.1. Los Parmetros Geomtricos En general, el enlace de hidrgeno est constituido por un grupo donador de hidrgeno X-H y un grupo aceptor A, con requerimiento mnimo de acercamiento entre ellos dado por las distancias de contacto de van der Waals13. Esta no es ms que la distancia mnima a la cual se pueden acercar dos tomos no enlazados y su definicin principal est dada por el radio de van der Waals22. En la Tabla 3 se muestran algunas distancias de contacto de van der Waals y de enlaces de hidrgeno observados. Por lo tanto, el enlace de hidrgeno se puede describir en funcin de los siguientes parmetros17: d, D, y r, como se muestra en la Figura 9.

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r X H D d A
hidrgeno de , , D, d y r.

Figura 9 Definicin de los parmetros geomtricos para el enlace de

Claramente, slo tres de estos trminos son independientes: d, r y , siendo D el parmetro auxiliar. Consecuentemente, si el enlace de hidrgeno se extiende sobre el grupo aceptor a lo largo de la lnea entrecortada X-HA-Y, se puede definir un ngulo aceptor, HA-Y.
Tabla 3. Distancias de contacto de van der Waals y distancias de enlaces de 13 hidrgeno observada para algunos sistemas comunes de enlaces de hidrgeno

XA Tipo de enlace F-H-F O-HO O-HF O-HN O-HCl N-HO N-HF N-HCl N-HN N-HS C-HO (Calc.) 2,7 2,8 2,8 2,9 3,2 2,9 2,9 3,3 3,0 3,4 3,0 (Obs.) 2,4 2,7 2,7 2,8 3,1 2,9 2,8 3,3 3,1 3,4 3,2

HA (Calc.) 2,6 2,6 2,6 2,7 3,0 2,6 2,6 3,0 2,7 3,1 2,6 (Obs.) 1,2 1,7 1,7 1,9 2,2 2,0 1,9 2,4 2,2 2,4 2,3

Nota: XA; es la distancia entre el grupo aceptor de hidrgeno (X) y el grupo donador (D). HA; es la distancia del enlace de hidrgeno. X puede ser F, N, O, S o P, que poseen pares de electrones libres y el D que puede ser molculas tales como F-H, Cl-H o fragmentos moleculares tales como O-H, N-H, C-H, S-H y P-H.

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Una estricta descripcin de los requerimientos geomtricos para la formacin del enlace de hidrgeno amerita el uso de ms parmetros independientes. El nmero de parmetros depender particularmente de la naturaleza del sistema17. Por lo tanto, para un par de molculas biatmicas como se muestra en la Figura 9, una descripcin ms detallada necesita considerar al ngulo de torsin alrededor de HA, aumentndose as el nmero de parmetros independientes a 5, siempre y cuando la posicin de A quede definida. En enlaces dobles y triples, la distancia del enlace de hidrgeno formado se mide usualmente desde el centro del enlace (M). En cambio, para anillos fenilos se toma el centroide como punto de referencia. En la Figura 10, se tiene una serie de ejemplos de enlaces de hidrgeno donde estn involucrados sistemas de dobles y triples enlaces en fase gaseosa. En la Figura 11 se puede observar un conjunto de disposiciones en las cuales se define los parmetros geomtricos para el enlace de hidrgeno en el caso donde se vea involucrado un anillo fenilo.
N Cl H H C (a) C H 3.67 H C (b) Cl F H H C (d) C C H H H (e) H H C C H (f) H H 3.72 C H C H 3.66 H H C C (c) Cl H 3.57 H H C C 4.35

Figura 10. Dmeros en fase gaseosa de algunos sistemas de enlaces de hidrgeno estudiados por espectroscopa rotacional: (a) HCl-acetileno; HCN-acetileno; (c) dmeros de acetileno; (d) HF-propino; (e) HCl-etileno; (f) HCl-ciclopropano.

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Figura

11.

Categoras de las

geomtricas interacciones

de X-HPh

definidas por Malone23. Tipo I: d(M) 3.05 , 53, 150 180, d 0.5 ; Tipo II: d(M) 3.05 , 53, 150 180, 0.5 d 1.4 ; Tipo III: d(M) 3.05 , 53, < 150, d 1.4 ; Tipo IV: d(M) 3.05 , 40 60, 130 150, 1.4 d 1.5 ; Tipo V: d(M) 4.00 , 90, 90 180, d > 1.4 ; V: d(M) 4.00 , 90, 90, d > 1.4 .

En algunos casos, las interacciones de los enlaces de hidrgeno son de amplio rango en distancias. Un grupo X-H puede estar enlazado a la vez a ms de un grupo aceptor A; por consiguiente, s hay dos grupos aceptores A1 y A2 se forma el enlace de hidrgeno bifurcado. Los enlaces de hidrgeno bifurcado estn caracterizados por las distancias r, d1 y d2 y los ngulos 1, 2 y 3, as como se muestra en la Figura 12, donde se muestran los enlaces de hidrgeno bifurcados aceptor y donador.

14

d2 2
X

A2

H 3

d1

A1

(a)
A2 X H Y A H X1 H X2

A1

Donador bifurcado (b)

Aceptor bifurcado

Figura 12. El enlace de hidrgeno bifurcado. (a) Parmetros geomtricos. (b) Definicion del enlace de hidrgeno donador bifurcado (derecha) y aceptor bifurcado (izquierda).

Por ltimo, los enlaces X-H dominan energticamente por encima de los enlaces de hidrgeno dbiles HA por una diferencia abrumadora. No obstante, las entidades X-H y HA no son independientes una de la otra, ya que los enlaces de hidrgeno no son interacciones de pares de tomos sino de pares de grupos de tomos. La distancia de X-H no es constante y est afectada por HA, de modo que la distancia de HA depende considerablemente de la naturaleza de R1, X y R2; del mismo modo, el enlace A-R2 experimenta el efecto de la influencia del grupo donador. Anlogamente, esto sucede en el enlace de hidrgeno bifurcado, que depende de la interaccin de un grupo de cuatro tomos, X, H, A1 y A217, as como se muestra en la Figura 13.

A2 X H A1

R2 R1

Figura 13. Enlace de hidrgeno bifurcado con dependencia de cuatro tomos.

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1.2.2. Los parmetros energticos La Figura 14 representa esquemticamente el perfil de energa potencial en funcin de la distancia de una interaccin intermolecular tpica, dado por un enlace de hidrgeno HA. La energa ms baja se tiene cuando la distancia do llega al equilibrio, hacindose negativa si d>do, y positiva slo para distancias ms cortas. La lnea cero en energa separa las regiones energticas de estabilizacin (E<0) de las de desestabilizacin (E>0). Cualquier desviacin no significativa de la distancia de equilibrio no representara un costo en entalpa. Sin embargo, si tal desviacin resultara muy grande, los gastos entlpicos tambin seran grandes, de tal manera que el sistema se desestabiliza. Es claro, que si se consideran las fuerzas de interaccin en vez de las energas de interaccin, entonces a la distancia de equilibrio las fuerzas se igualan a cero17.

Figura 14. Perfil de energa potencial en funcin de la distancia para una interaccin tpica bimolecular.

Esto lleva a que se origine una fuerza a distancias ddo que intentar estabilizar la geometra ptima de interaccin del sistema; por consiguiente, para todas las distancias d>do, esta fuerza se hace atractiva. En cambio, si estas distancias son tales que d<do, sta se hace repulsiva. La fuerza de atraccin ms fuerte tiene lugar en el punto de inflexin de la curva, que representa una geometra muy inestable. Por otra parte, la fuerza repulsiva se hace muy grande si se acorta mucho el valor de d. Si ahora se extiende la descripcin de funcin de potencial para el enlace de hidrgeno asimtrico X-HA, se tiene un perfil de energa potencial, tal y como se muestra en la
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Figura 15. Desde un punto de vista qumico, es razonable e invariable que el tomo de hidrgeno est estrechamente asociado ms a X que a A.

Figura 15 Perfil de energa potencial tpico para un sistema de enlace de hidrgeno asimtrico.

Por consiguiente, si se asume para el sistema XHX, que el ambiente qumico es idntico alrededor de ambos tomos tipo X, se puede tener un perfil de energa potencial que adopta la forma de la Figura 16.

Este ejemplo trae a consideracin dos situaciones: (1) que el enlace X-H es asimtrico en relacin con su semejante y (2) que el enlace X-H es simtrico en relacin con su semejante. Por lo tanto, la primera implica una barrera de energa de potencial alta, de modo que, el enlace formado representa un promedio equivalente a dos estructuras, representadas como:

X H

H X

Configuracin A

Configuracin B

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Figura 16. Perfil de energa potencial para una interaccin bimolecular, siendo X qumicamente equivalentes.

Por otra parte, la segunda situacin representa una barrera de potencial pequea donde la velocidad de interconversin entre las dos especies se incrementa, haciendo insostenible el estado fundamental, que llega a ser una medida de la frecuencia tnel a travs de la barrera, es decir, la frecuencia de interconversin13,17. Como la barrera desaparece completamente, o al menos se hace ms pequea, se dice que el enlace X-H-X es simtrico.

Ahora valdra la pena preguntarse si es posible determinar la forma de la funcin de energa potencial de las configuraciones (1) y (2) mostradas anteriormente. Resulta claro, que para las situaciones que muestran configuraciones asimtricas se puede determinar la funcin de onda potencial por medidas espectroscpicas en la regin del infrarrojo13.

La curvatura en el mnimo de la Figura 14, est asociada a la constante de fuerza de la interaccin, de tal manera que mientras ms agudo sea este mnimo, mayor ser la constante de fuerza y a su vez ms difcil de distorsionar geomtricamente. Entonces, un mnimo ancho y poco profundo, implica una constante de fuerza menor y con interacciones fciles de distorsionar.
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No obstante, en fase condensada, la curva de energa potencial por si misma es una funcin del medio y de sus alrededores, y es un fenmeno tpico de cooperatividad que puede influir significativa sobre la funcin de onda de energa potencial. Por consiguiente, en las estructuras cristalinas slo unos pocos enlaces de hidrgeno pueden adoptar distancias do, mientras que la mayora de estos enlaces presentan algn grado de distorsin. Sin embargo, las distorsiones fuertes son poco probables por los impedimentos entlpicos. Kroon y colaboradores24, realizaron un anlisis estadsticos estudiando 196 enlaces de hidrgeno de 45 estructuras cristalinas de polisacridos, sacridos y compuestos relacionados; adems, derivaron las constantes de fuerzas y la energa de las distintas configuraciones del sistema donador-aceptor O-HO. Esta ltima la obtuvieron por clculos ab initio de campo auto-consistente (SCF) a partir de 40 configuraciones de dmeros (H2O)2 cercanas a las geometras de equilibrio. Los resultados estadsticos, arrojaron que la variacin de los parmetros geomtricos presenta una distribucin de tipo Boltzmann, as como se muestra en la Figura 17.

Figura 17. Histograma de los parmetros caracterizados en el enlace de hidrgeno entre los grupos hidroxilos en los cristales de sacridos, polisacridos y compuestos relacionados.

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Algunas conclusiones derivadas de este estudio fueron: (a) para aquellos casos alejados de la geometra ptima, la mayora de los enlaces de hidrgeno observados son no lineales, donde la falta de linealidad en los enlaces de hidrgeno presenta tanto contribuciones geomtricas como energticas; (b) los valores de energa calculada para las geometras no-lineales no superan en la mayora de los casos 1 Kcalmol-1 respecto al valor calculado para la geometra ptima, y (c) la forma de la curva de energa potencial en la regin de 1 Kcalmol-1 est determinada por las variaciones de la energa clsica de interaccin coulmbica24.

En la Figura 13, slo se vara la distancia d mientras los dems parmetros permanecen constantes; pero si a la vez se vara el ngulo , el resultado es una superficie de energa potencial, tal y como se observa en la Figura 18.

Figura 18. Superficie de energa potencial para una interaccin intermolecular.

Por ende, si ocurre sobre este ngulo () una compresin o expansin, surgir una fuerza que restablecer la posicin inicial y ptima del enlace de hidrgeno formado. Normalmente, las fuerzas vectoriales tienen lugar en las componentes perpendiculares al enlace de hidrgeno. Particularmente, los enlaces de hidrgeno en
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el estado condensado estn definidos por los parmetros variables d, y , correspondientes multidimensional16. a un punto sobre la superficie de energa potencial

El enlace de hidrgeno cubre una amplia y contina escala de energas que va desde 0.5 Kcal.mol-1 hasta 40,0 Kcal.mol-1. En la Tabla 4 se presentan un nmero de sistemas de enlaces de hidrgeno. Estos pueden llegar a ser tan dbiles que son apenas distinguibles de las interacciones de van der Waals, mientras que los ms fuertes pueden llegar a compararse con los enlaces covalentes ms dbiles.
Tabla 4. Energas calculadas y distancias de equilibrio para diferentes tipos de enlaces de 16 hidrgeno . Enlace de Hidrgeno [FH- -F]+ [OH3- - -OH2] [NH4- - -NH3] [OH2- - -OH]
+ NH4 + +

E /-Kcal. mol1

D/ 2,30 2,48 2,85 2,44 2,77 3,27 2,91

39 33 24 23 18,9 13,5
-

- -OH2
-

OH2- - -Cl

[NH3- - -NH2]

10,2 7,4 5,4 5,0 3,8 2,8 2,4 2,2 2,0 1,4 1,1 0,6 0,4 0,2

O=COH- - - O=COH Cl H- - - OH2 OH2- - -OH2 N=CH- - - OH2 MeOH- - -Ph OH2- - -FCH3 HCC H- - - OH2 Cl H- - - SeH2 HCC H- - - CC H SH2- - -SH2 CH4- - -OH2 CH4- - -SH2 CH4- - -FCH3

3,12

4,16

21

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2. EL AGUA Y LOS ENLACES DE HIDRGENO Quizs el ejemplo ms relevante al que se puede hacer referencia cuando se habla de enlaces de hidrgeno, es el agua. La naturaleza de sus enlaces de hidrgeno le confieren una gran afinidad haca un sinnmero de sistemas biolgicos, principalmente con las estructuras de las cuales se origina la vida: protenas, cidos nucleicos, lpidos y complejos carbohidratados. Todas estas estructuras estn directamente relacionadas a su entorno acuoso por sus interacciones inter- e intramoleculares. Estudios de RMN-1H en el agua muestran un desplazamiento qumico para los protones involucrados en el enlace de hidrgeno a bajas frecuencias, es decir alrededor de +5,5 ppm a campo bajo en fase de vapor a 100 C, de modo que, ocurre una disminucin en la fuerza del enlace de hidrgeno25; mientras que los experimentos de RMN-17O, se observa a campo bajo, en fase gaseosa, la seal producto del oxgeno de la molcula de agua, cuyos valores se encuentran entre +36-38 ppm. Esto evidencia que el enlace de hidrgeno en los dmeros de agua es sustancialmente fuerte, dado que existe an en el estado gaseoso en concentraciones significativas26. No obstante, como las molculas de agua estn relativamente separadas en solucin, existe espacio suficiente para que stas puedan adoptar la configuracin que tenga el menor requerimiento energtico. Esto lleva a pensar que el enlace de hidrgeno en la molcula de agua tiene consigo un conjunto de movimientos aleatorios con estiramientos y flexiones de todos los enlaces involucrados.

En el agua lquida los arreglos instantneos de los puentes de hidrgeno no son simtricos27. De hecho, estos arreglos son aleatorios, existiendo igual probabilidad de que los cuatro enlaces de hidrgeno (los dos hidrgenos aceptores y los dos hidrgenos donadores) se localicen en cualquiera de los cuatro vrtices alrededor del oxigeno. Adems, las molculas de agua rodeadas por los cuatros enlaces de hidrgeno tienden a agruparse en cmulos, siendo estos favorecidos tanto por razones energticas como probabilsticas28. El efecto cooperativo29,30 observado en las

cadenas H-OH-OO influye marcadamente en la fuerza del enlace de hidrgeno,


22

encontrndose que en el agua lquida sta puede llegar a ser 250% mayor que en un dmero de agua.

Las estructuras del hielo, como ya se ha nombrado, proveen los ejemplos ms variados y flexibles en relacin a la formacin del enlace de hidrgeno. Esto se puede derivar de los diferentes polimorfos o fases cristalinas en las que la molcula de agua cristaliza en el hielo. Tales fases cristalinas se conocen como: I, Ih, Ic, II, III, IV, VII, VIII y XII13. En el estado slido la molcula de agua tiene un arreglo inusualmente abierta en sus estructuras cristalinas, producto de la disposicin de la molcula de agua en un entorno tetradrico circundado por las cuatro molculas de agua ms cercanas enlazadas por enlaces de hidrgeno; adems, por clculos de dinmica molecular se demuestra que el agua es capaz de desarrollar 90 configuraciones posibles de celdas unitarias distintas31. Una consecuencia notable de la estructura abierta del hielo se refleja en su baja densidad a temperaturas debajo del 0, que es de 0,92 g mL-1 a diferencia de 1,00 g mL-1 a una temperatura de 0, y sus consecuencias en la vida de los lagos, ros y mares32.

23

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3. IMPORTANCIA DEL AGUA Y SUS INTERACCIONES EN LOS SISTEMAS BIOLGICOS.

El agua es un componente fundamental en los procesos de vida. No existe especie animal o vegetal que pueda prescindir de la ausencia total del agua. Esto se observa tanto a niveles macroscpicos como microscpicos. Tal es as que cuando se retira el agua de macromolculas, tales como protenas y cidos nucleicos, stas pierden su funcin biolgica como consecuencia de la degradacin de su arquitectura tridimensional.

Desde el punto de vista del enlace de hidrgeno, la molcula de agua es la nica en poseer doble grupo donador y doble grupo aceptor de enlaces de hidrgeno, los cuales estn determinados parcial o totalmente por la combinacin de sus propiedades dinmicas de flip-flop1 y las de cooperatividad1,29,30 de los grupos hidroxilo, que son los responsables de la esfera de hidratacin alrededor de las protenas y los cidos nucleicos, adems de mantener la estructura tridimensional de los mismos, ya sea en su estado natural o cristalino. Por ejemplo, cuando se sintetiza in vitro ribonucleasa A, sta desarrolla pliegues por la formacin de cuatro enlaces de bisulfuro33. El acercamiento de estos grupos funcionales contenidos en residuos de cisteina resulta de la asociacin cooperativa entre los enlaces de hidrgeno formados por las molculas de agua con aminocidos de diferentes dominios de la protena.

Las protenas globulares de tamao pequeo contienen molculas de agua escondidas. Tal es el caso de la protena inhibidora de la tripsina pancretica. Esta protena contiene 18 residuos de aminocidos y 4 molculas de agua. Otros ejemplos son la lisozima con 129 residuos de aminocidos y 4 molculas de agua, y la actinidina con 218 residuos de aminocidos y con un nmero de molculas internas de agua entre 10-20. Estas molculas de agua pueden permanecer ocultas en el interior de la protena globular o localizarse en las cercanas de la superficie1.

24

En algunas protenas emparentadas, las molculas internas de agua se ubican en las mismas posiciones, por lo que estas molculas pasan a ser parte indispensable de la estructura tridimensional. As como sucede con tres cistein-proteinazas vegetales, la actinidina, la papaina y la calotropina D1, donde hay de 15 a 16 molculas de agua en las mismas posiciones, aproximadamente. La Figura 19, muestra el patrn de enlaces de hidrgeno para estas protenas que contienen de 8 a 16 molculas internas de agua40.

Figura 19. Un cmulo de 8 molculas de agua en la estructura de la actinidina. Todas las posiciones de los hidrgenos se derivaron sobre base de los enlaces de hidrgeno lgicos, el N-H O y O-H O. Ntese que las cadenas laterales cargadas Lys181, Glu35 estn enlazadas a dos molculas de agua W3, W9. Las unidades de las distancias O O/N estn dadas en .

Las molculas de agua no slo se ubican en las cavidades de la estructura proteica, sino que son necesarias para estabilizar el plegamiento tridimensional, cuya funcin es llevada a cabo por los enlaces de hidrgeno; de lo contrario, se veran poco satisfechos los grupos donadores y aceptores de hidrgeno, adems de los grupos medianamente cargados. Por ejemplo, en la penicilopepsina hay varios grupos, 7 grupos C=O y 9 N-H en la cadena principal y 2 cargados en la cadena lateral, donde hay patrones de enlaces de hidrgeno intramoleculares, y en la lisozima sucedera lo mismo con 3 grupos C=O y 3 N-H internos en la cadena principal si no hubiese molculas de agua internas.
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En algunos casos, estas molculas de agua forman enlaces de hidrgeno con los grupos cargados de las cadenas laterales, lo cual previene el colapso estructural de los residuos de aminocidos cargados de la cadena opuesta39. Esto se observa en la carboxipeptidasa entre la Asp104-agua-Asp59 y en la actinidina en los residuos Glu35agua-Lys181. Tales molculas de agua estn rodeadas, en gran parte, por un ambiente apolar, donde sus enlaces de hidrgeno con frecuencia son fuertes y estn bien definidos41.

En las estructuras cristalinas de molculas medianas de protenas, las molculas de agua estn unidas, comnmente, a tres o cuatro enlaces de hidrgeno simultneamente, con una participacin de las interacciones1 del 48% para los tres enlaces y 37% para los de cuatro. Adems, las molculas de agua en la estructura de las protenas no se encuentran solas sino que estn ensambladas en forma de cmulos. En algunas de la estructura de protenas, una molcula de agua interna se asocia con tres grupos aceptores indicados en los enlaces triple-centrados como los observados en las estructuras de cristalinas de los -aminocidos zwitterinicos. Otro ejemplo de la importancia del agua en la funcionalidad de las protenas lo representa el control que sta ejerce en el flujo de los iones sodio, calcio y potasio a travs de los canales inter- y extra-membranales de las clulas en la regulacin de las seales nerviosas34-37. Tambin existen en las membranas celulares los denominados canales de agua (Figura 20), que facilitan el rpido transporte de agua en respuesta a un gradiente osmtico38. En las protenas, las molculas de agua no slo hidratan la superficie de stas, sino que tambin ocupan los intersticios entre molculas de la protena en la red cristalina, encontrndose en posiciones especficas. Adems, las interacciones con los tomos o grupos de tomos de la cadena lateral y principal merecen especial atencin39.

26

Figura 20. Estructura proteica de un canal de agua de la familia de las acuapurinas (Sui, et. al, Nature, 414 (2001) 872).

27

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4. EL ENLACE DE HIDRGENO EN LA QUMICA SUPRAMOLECULAR

La qumica supramolecular es un campo altamente interdisciplinario de la ciencia que abarca las caractersticas fsicas, qumicas y biolgicas relacionadas con especies qumicas de mayor complejidad que las molculas mismas, que estn unidas y organizadas por medio de interacciones intermoleculares no covalentes42. Los objetos de estudio de la qumica supramolecular son las entidades

supramoleculares, que son supermolculas con caractersticas tan bien definidas como las molculas mismas. Puede decirse que las supermolculas son a las molculas y a las interacciones intermoleculares lo que a las molculas son los tomos y los enlaces covalentes 42,43.

Las interacciones intermoleculares forman las bases de los procesos de reconocimiento altamente especfico, reaccin, transporte, regulacin, etc., que ocurren en los sistemas vivos42, tales como la unin de un sustrato a una protena receptora, reacciones enzimticas, auto-ensamblaje de complejos proteicos, asociacin

inmunolgica antgeno-anticuerpo, lectura intermolecular, traslacin y trascripcin del cdigo gentico, regulacin de la expresin gentica por la unin ADN-protena, entrada de un virus al interior de una clula, seales para la induccin del sistema de neurotransmisores, reconocimiento celular, entre otros.

La qumica supramolecular se divide en dos reas que estn parcialmente solapadas44. Una de ellas est compuesta por las supermolculas; las cuales estn definidas por especies discretas oligomoleculares que resultan de la asociacin intermolecular de unos pocos componentes, por ejemplo un receptor y su sustrato, siguiendo los principios del reconocimiento molecular. La otra est compuesta por los ensambles supramoleculares, que son entidades polimoleculares producto de la asociacin espontnea de un nmero indefinido de componentes dentro de una fase especfica, teniendo ms o menos, una organizacin microscpicas bien definida y unas caracterstica macroscpicas que dependen de su naturaleza42, tales como las

28

pelculas, membranas, vesculas, miscelas, fases mesomrficas, estructuras cristalinas, etc. Dentro de las interacciones intermoleculares, los enlaces de hidrgeno representan la interaccin direccional ms confiable, y es considerada la llave maestra en el reconocimiento molecular y en la ingeniera de cristales44. Un ejemplo reciente de la relevancia de los enlaces hidrgeno en la qumica supramolecular lo representa la sntesis de catalizadores va interacciones mltiples de enlaces de hidrgeno45. En la Figura 21, se muestra la apertura cataltica del anillo epxido por la accin del grupo tiol, junto con la cooperacin de los grupos funcionales ion fosfonio (cido) y C(4)=O (base), mediante la formacin de un sustrato cataltico por el auto-ensamblaje de dos unidades 2-ureidoisocitosina unidas por interacciones mltiples de enlaces de hidrgeno.

Figura 21. Mecanismo propuesto para la catlisis de la apertura del anillo epxido con el grupo tiol; la cooperacin de los grupos funcionales del in fosfonio cido y a base C(4)=O por autoensamble a travs de interacciones de enlazamientos de hidrgeno multiples.

4.1. Ingeniera De Cristales Las fuerzas en un cristal orgnico presentan una mezcla de interacciones isotrpicas y anisotrpicas de distinta magnitud y polarizabilidad. Las primeras estn representadas por interacciones van der Waals o de dispersin tipo London, y las segundas por los enlaces de hidrgeno. Sin embargo, ha sido observado de manera repetitiva que ciertos bloques de construccin, denominados sintones

supramoleculares, exhiben un patrn molecular determinado con interacciones


29

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caractersticas,

tienden

cristalizar

en

arreglos

establecidos

favorecidos

energticamente. Estos pueden coexistir con eficiencia en un empaquetamiento cristalino compacto42,46. La ingeniera de cristales consiste en la identificacin y clasificacin de estos denominados sintones para su utilizacin racional y sistemtica en la construccin de nuevos materiales con propiedades estructurales especficas.

Hay combinaciones espaciales de las interacciones intermoleculares que pueden ser reconocidas fcilmente como elementos ideales para la arquitectura en el estado slido. Los sintones comunes pueden incluir dmeros y catmeros carboxlicos46, as como se muestra en la Figura 22.

Figura 22. Algunos patrones de enlaces de hidrgeno en cidos carboxlicos. El cido tereftlico se emplea como motivo dimrico, en cambio el cido trimsico y el cido adamantano-1,3,5,7tetracarboxlico para la construccin de redes bi- y tri-dimensionales.

Los cidos carboxlicos son los grupos funcionales comnmente usados en las estrategias metodolgicas47 de la ingeniera de cristales por su facilidad de formar enlaces de hidrgeno, aunque a veces tambin se emplean los aminocidos y dems compuestos orgnicos que tengan grupos funcionales donadores o aceptores de enlaces de hidrgeno. Los cidos carboxlicos pueden desarrollar dos tipos de patrones
30

de enlaces de hidrgeno, ellos son los dmeros y catmeros fundamentados en el tamao del grupo R en el cido, es decir, RCOOH. Esto se muestra en la Figura 23.

Figura 23. Patrn de reconocimiento del cido barbutrico y la melanina una descripcin esquemtica de los distintos tipos de estructuras derivadas de este tipo de patrn, como se describe la cinta lineal, la cinta arrugada y la roseta.

4.2. Reconocimiento Molecular El estudio del reconocimiento molecular ha involucrado a las principales funciones biolgicas. Muchos de estas funciones pueden ser manipuladas a travs de receptores artificiales ideados que pueden funcionar efectiva y eficientemente como sus contrapartes biolgicas48. El diseo de receptores biolgicos artificial requiere de la copia casi perfecta de las caractersticas estricas y electrnicas de las fuerzas intermoleculares no-covalentes entre el sustrato y el receptor49,50. Entonces, el reconocimiento molecular se puede definir como un proceso que involucra tanto la unin como la seleccin de un sustrato por una molcula receptora dado que sus funciones sean altamente especficas51,52.

31

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Una manera muy eficiente de diferenciar o comparar el reconocimiento molecular de la ingeniera de cristales se puede resumir en la Tabla 5.

Tabla 5. Comparaciones ms resaltantes entre la ingeniera de cristales y el 44 reconocimiento molecular .


Ingeniera de Cristales (1) Dirigida explcitamente al estado slido. (2) Se Estudian las uniones convergentes y divergentes de las molculas. (3) Las interacciones intermoleculares son estudiadas en trminos de sus caractersticas geomtricas obtenidas por cristalografa de rayos-X. (4) El diseo de estrategias involucra el control del arreglo tridimensional de las molculas en el cristal. Un arreglo idealmente resulta de las propiedades qumicas y fsicas deseadas. (5) Tanto las interacciones fuertes como las dbiles se consideran independientes o comunes en las estrategias de diseo e ingeniera. (6) El diseo puede involucrar tanto especies de componentes sencillos como multi-componentes. (7) En complejos husped-anfitrin, las cavidades de los huspedes se componen de varias molculas y las sntesis de estos pueden ser bastante fcil. La geometra y funcionalidad de las molculas anfitrionas son con frecuencia importantes en la complejacin. (8) Las rutas sintticas de retrosntesis se pueden deducir desde la CSD, para disear nuevos patrones empleando tanto interacciones fuertes como dbiles. Reconocimiento Molecular (1) Relacionada principalmente en fase de solucin. (2) Se estudian las uniones convergentes de las molculas principalmente. (3) Las interacciones intermoleculares son estudiadas en trminos de constantes de asociacin obtenidas por espectroscopia (RMN, UV, IR, etc.) (4) El diseo de las estrategias estn relacionadas al reconocimiento, en general, de dos especies: el sustrato y el receptor. Este reconocimiento se emplea para hacer mmica de algunos sistemas con funciones biolgicas especficas. (5) Slo las interacciones fuertes son usadas para o por el evento de reconocimiento. Estas interacciones son, por lo general, enlaces de hidrgeno. (6) El diseo involucra usualmente dos especies distintas: el sustrato y el receptor. Las ideas concernientes al autoreconocimiento estn pobremente desarrolladas. (7) En los complejos huspedanfitrin, las cavidades huspedes se forman por una molcula macro-cclica sencilla. La sntesis de estos, por lo general son tediosas. La estructura del anfitrin juega un papel crtico en la complejacin antes que la molcula husped. (8) No hay protocolos para la identificacin de nuevos patrones de reconocimientos. Muchos dependen de sus preferencias y del estilo individual.

32

5. LOS AMINOCIDOS Y LOS ENLACES DE HIDROGENO

5.1. Definicin Y Naturaleza En principio, el trmino aminocido se podra referir a cualquier compuesto que tenga una funcin amino y otra acdica. Sin embargo, en la prctica, la palabra aminocido ha sido principalmente empleada para hacer referencia a los -aminocidos provenientes de fuentes naturales. Se han aislado e identificado 100 de estos aminocidos, pero slo 20 de ellos se obtienen de la hidrlisis de las protenas ms comunes32.

Los 20 -aminocidos que conforman los bloques estructurales de las protenas se muestran en la Tabla I.6. Todos ellos tienen grupos aminos primarios. Todos ellos, excepto la glicina, tienen al menos un tomo de carbono asimtricamente sustituido, el carbono , por lo que se encuentran en la naturaleza en su forma ptimamente activa10,53,54.

Los aminocidos son slidos muy solubles en agua. Esta propiedad se mantiene en todos los aminocidos, inclusive en los -, -, -, -aminocidos (refirindose a la posicin del grupo amino con respecto al grupo carboxilato) , pero va disminuyendo en la medida que las cadenas alifticas se van haciendo ms largas53,54. Esta tendencia se observa claramente en la Tabla I.6, donde la solubilidad disminuye gradualmente desde la glicina hasta la leucina a medida que aumenta el tamao del grupo R. Adems, los aminocidos presentan elevados puntos de fusin si se comparan con molculas orgnicas de tamao y peso molecular similar. Esto sugiere que la estructura de estos compuestos debe ser semejante a la de una sal y, por lo tanto, la misma puede escribirse como la de un ion hbrido, llamado zwitterin, tal y como se muestra en la Figura 24.

33

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O R

O NH3
+

Figura 4. Diagrama general para la forma zwitterinica de los -aminocidos. Tabla 6. Aminocidos encontrados en las protenas55. Pto. de fus. (C) Sol. en agua. (g mol-1 a 25C). 25

Compuesto

Abreviacin

Estructura
O O NH 3
+

Glicina

Gly (G)

233d

Alanina

Ala (A)
NH3
+

297d

17

O -

Valina

Val (A)
NH3
+

315
O

Leucina

Leu (L)
NH3
+

337

Isoleucina

Ile (I)
NH3
+

284

Prolina

Pro (P)
NH2
+

220

162

Fenilalanina

Phe (F)

NH3

283
O

Triptfano

Try (W)
N

NH3

289

Metionina

Met (M)

S NH3
+

283

Serina

Ser (S)

HO NH3
+

228

34

OH

Treonina

Thr (T)
NH3
+

257

Muy Sol. en agua. -1 (g mol a 25C). 0.04

Compuesto

Abreviacin

Estructura
O O HO NH3
+

Pto. de fus. (C) 344

Tirosina

Tyr (Y)
O O NH2
O

Asparagina

Asn (N)

O NH3
+

236

2.4

Glutamina cido Asprtico cido Glutmico Lisina

Gln (Q)

H2N

O NH3
+

186

3.6

Asp (D)

O OH
O

269
O

0.4

NH3
O
+

Glu (E)

HO

247
O

0.7

NH3

H2N

O
+

Lys (K)
NH3
N H2N

255

Muy

Arginina

Arg (R)

N H

O O NH3
+

230d

15

Histina

His (H)

N N H NH3
+

287

0.4

Por

otra

parte,

la

estructura

molecular

de

los

aminocidos

est

determinada10,53,54, en parte, por el pH del medio. Por ejemplo, a valores de pH<1 la glicina existe como un catin protonado A, pero a pH>12 el anin aminocarboxilato C es la forma principal. Entre estos dos extremos en pH, la sal interna B se presenta en equilibrio entre las estructuras A y C.
O H3N
+

- H+
OH

O H3 N
+

- H+
O

+ H+

+ H+

H2N O

Catinica

Zwitterinica

Aninica

35

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Por consiguiente, los valores de pH en los aminocidos se asemejan mucho a los de un cido orgnico biprtico. La curva de titulacin con una base acuosa indica que, aproximadamente, el pKa1 para el cido carboxlico tiene un valor de 2,3 y el pKa2 para el in amonio es cercano a 9,5.

El pH para el cual un aminocido es una especie elctricamente neutra se conoce como punto isoelctrico, pI o pHI. Este valor en la mayora de los aminocidos se encuentra entre la mitad de los valores de pKa1 y pKa2, pI = (pK a1 + pKa2) En la Tabla 7, se observan los valores de los pKa y pI para los aminocidos fundamentales.
Tabla 7. Los valores de pKa y pI de algunos aminocidos fundamentales . Aminocido Alanina Arginina Asparagina cido asprtico Cisteina cido glutmico Glutamina Glicina Histidina Isoleucina Leucina Lisina Metionina Fenilalanina Prolina pKa1 2,35 2,01 2,02 2,10 1,86 2,10 2,17 2,35 1,77 2,32 2,33 2,18 2,28 2,58 2,00 pKa2 9,78 9,04 8,80 3,86 8,35 4,07 9,13 9,78 6,10 9,76 9,74 8,95 9,21 9,24 10,60 pKa3 12,48 9,82 10,34 9,47 pI 6,07 10,76 5,41 2,98 5,11 3,08 5,70 6,07 7,64 6,04 6,04 9,74 5,74 5,91 6,30
55

9,18

10,53

El grupo carboxlico de un -aminocido protonado es ms acdico que aquellos cidos monocarboxlicos en al menos dos unidades de pKa. Esta propiedad es atribuida a la atraccin de electrones por efecto inductivo del grupo amonio adyacente. El valor de pKa1 de un aminocido se incrementa si el grupo amonio se mueve ms lejos del grupo carboxlico, es decir;

36

O NH3+

O NH3+

<

<

<
NH3+ NH3+

Esta tendencia se puede observar ms claramente en la Tabla 8, donde la acidez de los grupos carboxlicos est estrechamente relacionada con la separacin de los grupos en una cadena carbonada cclica o acclica55.

Tabla 8.Acidez de los cidos dicarboxlicos . Compuesto cido Oxlico cido Malnico cido Succnico cido Glutrico cido Maleico cido Fumrico Estructura HO2CCO2H HO2CCH2CO2H HO2C(CH2)2CO2H HO2C(CH2)3CO2H Z-HO2CCH=CHCO2H E-HO2CCH=CHCO2H pKa1 1,23 2,83 4,16 4,34 1,83 3,03 pKa2 4,19 5,69 5,61 5,41 6,07 4,44

55

5.2. El Enlace de Hidrgeno en Los Aminocidos El enlace de hidrgeno en los -aminocidos est dominado por los grupos amonio y carboxilato. A estos grupos se les atribuye el 52% de los enlaces de hidrgeno formados56, y el 48% restante se distribuye entre los grupos O-H (24%), N-H (11%) y C-H (13%). Por otra parte, el 80% de los enlaces de hidrgenos con los grupos -+NH3 forman enlaces bifurcados. Esto refleja la disparidad entre las propiedades del grupo -+NH3, que provee slo tres protones para formar enlaces de hidrgeno, y el grupo -COO-, que es capaz de aceptar seis enlaces de hidrgeno.

El enlace de hidrgeno en los aminocidos es difcil de definir; sin embargo, en ellos se pueden deducir cuatro diferentes grupos donadores, el +N-H, N-H, O-H y CH1,56, y nueve grupos aceptores el -COO-, -COOH, -O-H, OH2, Cl-, -OSO3-, -NH2, -NH y
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=N-1,47. El grupo donador de enlaces de hidrgeno predominante en los aminocidos es el -+NH3 y el aceptor es carboxilato COO-. Por otra parte, slo los grupos hidrxilo y el nitrgeno imidazlico tienen las propiedades potenciales para ser grupo aceptor y donador.

El enlace de hidrgeno en la estructura cristalina de los aminocidos se rige ms o menos por las siguientes reglas: 1. La energa mxima de contribucin del enlace de hidrgeno a la energa reticular est dada por un nmero igual de grupos aceptores como donadores. El enlace de hidrgeno en la red cristalina de los aminocidos es uno de los factores principales que determina su empaquetamiento molecular56-59. Adems, en el empaquetamiento cristalino tambin pueden influir la segregacin de los grupos polares y los no polares57. 2. El enlace de hidrgeno est representado, principalmente, por el enlace zwitterinico
+

N-HOCO-. Esto se muestra por una simple inspeccin de los patrones de enlaces

de hidrgeno, donde se necesitan satisfacer las propiedades inherentes a cada uno de estos grupos. El esquema de enlaces de hidrgeno que se puede adoptar en un determinado empaquetamiento cristalino depender de cada molcula de

aminocido. El grupo donador tiene un nmero invariable de tres enlaces de hidrgeno, mientras que cada tomo de oxgeno del grupo aceptor puede aceptar al menos dos enlaces, aunque frecuentemente acepte tres. La capacidad aceptora de un grupo carboxilato nunca es menor de cuatro y puede ser tan grande como un nmero de siete enlaces. Los grupos cetnicos y los cidos carboxlicos presentan una demanda menor y aceptarn un solo enlace, aunque, dos es lo ms comn. 3. Los enlaces de hidrgeno N-H O ms fuertes se dan entre el N-H de un anillo imidazlico y el oxgeno de un grupo carboxilato; y el enlace O-H O ms fuerte se da entre el O-H del cido carboxlico y el tomo de oxgeno de una molcula de agua, del grupo carboxilato o del grupo sulfato. Estos se forman siempre y cuando estos grupos estn presentes en las molculas, y en el caso del agua, co-cristalicen con ellas.

38

4. Existen evidencias claras de los enlaces de hidrgeno C-H O en las estructuras cristalinas de aminocidos. Estos son ms comunes entre los carbonos y oxgenos de los grupos carboxilato.

5.3. Enlace de hidrgeno bifurcado donador en aminoacidos El papel de los enlaces bifurcados donadores es el de poder proporcionar todos los medios para incluir a los tomos aceptores de enlaces de hidrgeno en el esquema de enlaces de hidrgeno cuando haya deficiencias de protones. Es importante, notar que las fuertes propiedades aceptoras de los tomos de oxgeno de los grupos carboxilato y carbonilo parecen dominar los patrones de enlaces de hidrgeno en los aminocidos, en comparacin a las propiedades direccionales de los enlaces donadores.

Esta definicin proviene de una comparacin detallada de la geometra del enlace


+

N-H O en los aminocidos57. Esta observacin es consistente con el concepto de

enlace de hidrgeno como una combinacin de fuerzas coulmbicas y de intercambio, las cuales son diferentes por las distintas combinaciones de los grupos donadores y aceptores. Desde luego, el enlace de hidrgeno bifurcado donador1,17,56,57 es difcil de definir en los aminocidos, ya que existe un rango continuo donde los enlaces dobles centrados y bifurcados donador no son diferenciables. No obstante, existe un ngulo
+

N-H O y una distancia de enlace H O de ~130 y ~2,1, respectivamente. Por

consiguiente, se puede adoptar la siguiente definicin emprica para el enlace bifurcado donador, dada en la Figura 25.
A2

2 d2 X H 3 r 1 d1

1+2 +3 = 360 15 1 > 2 >75 1,4 < d1 < d2 < 2,85

A1

d2-d1 < 1,2

Figura 25. Definicin geomtrica del enlace de hidrgeno bifurcado.

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En esta geometra, el tomo de hidrgeno se encuentra muy cerca del plano X, A1,A2, y est atrado por los tomos A2 y A1, con una distancia de enlace de hidrgeno normal H A1, d1, de 1,4 , siendo A1 el nico tomo electronegativo dentro de un radio de 2,85. Se puede considerar que la distancia ms corta, d1, corresponde a la del enlace de hidrgeno, mientras que la ms larga, d1, es una perturbacin electroesttica56,59. En la Tabla 9, se dan los valores de los parmetros geomtricos 1, 2, 3, d1 y d2 obtenidos por difraccin de neutrones para algunas estructuras cristalinas de aminocidos.

Tabla 9. Geometra de los enlaces triple centrados de algunas estructuras cristalinas de 1,56 aminocidos obtenidos de datos de difraccin de neutrones .

Compuesto -Glicina Glicilicina HCl H2O Triglicina SO4 cido Lglutmico HCl NH4, NH3CH2COOHSO4 NH4, NH3CH2COOHSO4 cido () Lglutmico L-Histidina L-Asparginina H2O L-Histidina L-Glutmico L-Histidina HCl H2O
a

d1 2,11 9 2,07 0 2,04 4 1,97 7 1,91 0 1,89 8 1,84 4 1,84 0 1,83 3 1,78 6 1,75 2 1,74 1

d2 2,36 4 2,36 1a 2,53 7 2,50 4 2,63 0 2,55 3 2,57 8 2,32 7a 2,29 1 2,52 0 2,83 6 2,65 6

1 11 5 97 11 1 11 7 10 1 11 4 96 98 99 10 7 10 9 94

2 154

() Aceptores O=C-, O=COW , O=C-

90 359

155 108 360

146 100 357 O=S-, O=C-OH 148 158 156 168 93 358 O=C-OH, O=COH

99 358 O=S-, O=C-OH 89 359 O=S-, OH-C=O 95 359 O=C-, O=CO=C-, O=CO=C-, O=CO=C-, O=CO=C-, O=COW , O=C-

160 100 358 157 100 356 158 164 168 95 360 86 359 97 359

Enlace de hidrgeno intramolecular.

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5.4. Efectos cooperativos y patrones de enlaces de hidrgeno en los aminocidos. Los patrones de enlaces de hidrgeno en las estructuras cristalinas de aminocidos estn sujetos a efectos cooperativos57,65-68. El efecto cooperativo en los enlaces de hidrgeno puede formar estructuras extendidas, que en el caso particular de los cristales, forman arreglos peridicos moleculares de carcter bi- y tri-dimensional. Debido a la polarizabilidad o a la transferencia de carga de estas estructuras

extendidas construidas con n molculas unidas por enlaces de hidrgeno, la energa del enlace de hidrgeno en esas estructuras es mayor que la suma de los enlaces individuales, es decir; E(HA)n > nE(HA). En consecuencia, la cooperatividad es no-aditiva. Los primeros estudios de cooperatividad en los enlaces de hidrgeno fueron realizados en agua lquida60 y soluciones acuosas61-63. Estudios sistemticos en estructuras cristalinas de carbohidratos64 demostraron que la cooperatividad produce un acortamiento en la longitud de los enlaces de hidrgeno, y en el caso de trmeros de metanol65 produce una ganancia de energa por enlace de hidrgeno de 12%, aproximadamente. Por otra parte, las interacciones cooperativas son ms importante en la fase slida que en las fases gaseosa o lquida, porque las interacciones dbiles entre molculas vecinas en la estructura cristalina pueden desarrollarse ms efectivamente en sistemas ordenados66. Finalmente, los efectos cooperativos pueden jugar un papel preponderante en la determinacin de estructuras de materiales construidos a partir de unidades moleculares discretas, como es el caso de los cristales moleculares, y en las estructuras supramolecular en polipptidos42,66.

Un ejemplo donde se puede apreciar los efectos cooperativos lo representa la estructura de la glicina69, en la cual se observa la formacin de doble cadenas infinitas de aminocidos, en las cuales las molculas se alinean e interactan de manera cabeza-cola, es decir a travs de enlaces
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+

N-H OCO- ; adicionalmente, las

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molculas interactan lateralmente, tambin por enlaces de hidrgeno, para formar cinta infinitamente extendidas, as como se observa en la Figura 26.

Figura 26. Efecto cooperativo de los enlaces de hidrgeno tipo cabeza-cola (

N-H OCO- ) en la

glicina. En esta figura los tomos de oxgeno estn representados por el color rojo, los de hidrgeno por el azul y los de nitrgeno por el color morado. Las lneas entre cortadas de color azul representan a los enlaces de hidrgeno.

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