AEGG

Partie 5

M1 NEURO
2023/2024
Mme BEHLOULI
Génomique fonctionnelle

L’objectif des approches de génomique fonctionnelle est de répondre à la question suivante:

Quel est le rôle des gènes identifiés par les programmes de séquençage?

Comment assigner une fonction à un gène?

 Comment assigner une fonction à un gène?

Par comparaison aux séquences génomiques d’autres espèce:

Gène dont la séquence, ou des motifs dans la séquence, présentent des homologies avec des
gènes de fonctions connues (par l’annotation par homologie de séquence (bioinformatique)

Génétique inverse (on inactive le gène et on observe le résultat en créant des mutants).

•Si essentiel: létalité >>>>> recherche de la cause

•Si non létal >>>>> étude du phénotype et analyses du transcriptome et du protéome

Etude de l’expression des gènes (expression spatio-temporelle: tissu et temps de

transcription),
Des gènes présentant un profil d’expression similaire peuvent être impliqués dans des
processus commun.
Comment assigner une fonction à un gène?
Les approches de la génomique fonctionnelle:

- Génétique directe

- Génétique inverse
Mutagenèse à saturation
Mutagenèse systématique ou knock-out

- Analyse des profils d’expression

- Génétique comparative
Génétique directe
= Du phénotype au gène (génétique
classique)
Recherche de mutants sur des critères phénotypiques intéressants pour le processus étudié
(mutants d'auxotrophie pour la biosynthèse des acides aminés, mutants de longévité pour le
vieillissement, mutants arrêtés à une étape embryonnaire pour l'analyse du développement,
etc.);
Il faut ensuite caractériser les mutations par les méthodes de la génétique classique.
Génétique inverse
= Du gène au phénotype
Mutagenèse à saturation

Mutagenèse systématique ou knock-out

Génétique inverse
= Du gène au phénotype

Mutagénèse dirigée (ciblée):

modifier la séquence génétique(génotype)
Observer le phénotype

2 possibilités:
L’ADN est cloné puis muté in vitro, et après sélection il est ajouté au génome
d’une cellule hôte pour observer l’expression de la protéine.

OU

La mutation a lieu in situ dans la cellule hôte par recombinaison homologue.

Génétique inverse: mutagenèse à saturation
= Du gène au phénotype
La mutagénèse saturante est une technique de biologie moléculaire qui consiste
à générer toutes les combinaisons réalisables d'acides aminés codées par un gène,
en réalisant toutes les mutations possibles sur ce gène, une à une.

Par exemple, soit un fragment d'ADN dont la séquence est la suivante :

ACGATG. Cette séquence donnera lieu à un peptide composé des deux acides
aminés : Thr-Met
Dans notre exemple, on aurait donc les combinaisons suivantes : ACGATG,
CCGATG, GCGATG, TCGATG, AAGATG, AGGATG, ATGATG, ACAATG, ACCATG,
ACTATG, ACGCTG, ACGGTG, ACGTTG, ACGAAG, ACGACG, ACGAGG, ACGATA,
ACGATC, ACGATT.
Chacune de ces combinaisons donnerait respectivement les peptides suivants : Thr-
Met, Pro-Meth, Ala-Met, Ser-Met, Lys-Met, Arg-Met, Met-Met, Thr-Met, Thr-Met, Thr-
Met, Thr-Leu, Thr-Val, Thr-Leu, Thr-Lys, Thr-Thr, Thr-Arg, Thr-Ile, Thr-Ile, Thr-Ile.
On note que certains peptides sont similaires (en gras). Il faut donc tester 13
combinaisons dans ce cas précis. Cela permet par exemple de voir l'influence d'une
mutation simple sur la structure et la fonction de la protéine ainsi formée.
https://www.youtube.com/watch?v=h_xzPZM0tNw
Génétique inverse
Mutagenèse systématique ou knock-out
Knock-out (KO) = invalidation génique

Le gène que l'on veut étudier est cloné (puisqu'on connaît

sa séquence) dans un vecteur.

Pour l'inactiver on va interrompre sa phase ouverte de

lecture par une séquence étrangère.

On choisit cette nouvelle séquence afin d'avoir un crible

positif pour sélectionner les cellules porteuses du gène
modifié,
Exemple: séquence codant pour la résistance à la
néomycine

Ex du KO: création de souris transgéniques chez qui un

gène est invalidé par recombinaison homologue
Puis
Etude des conséquences du KO pour connaitre la fonction
du gène
Analyse des profils d’expression

PUCE A ADN

Le but de puce à ADN est de

mesurer chez l’homme
l’expression simultanée d’un
grand nombre de gènes, voire de
l’ensemble des gènes contenus
dans le génome.

Cette technique repose sur une

technologie multidisciplinaire
intégrant la biologie, la
biotechnologie, la chimie des
acides nucléiques, l’analyse
d’images et la bioinformatique.