Vous êtes sur la page 1sur 27

Systmes de rgulation deux composants Transduction du signal

Introduction - Gnralits - Historique - Principe - Localisation - Domaines conservs - Les variantes du senseur - Senseur du signal: histidine kinase - Rgulateur de la rponse - Structure - Les systmes identifis - Co-volution / organisation gnomique - Analyse systmatique dans 1 organisme Exemples - Sporulation - Respiration anarobie/limitation phosphate - Rgulation gnes ugd - Chimiotactisme - Quorum sensing - Bactriocines

Transduction du signal

Transmission dun message extra-cellulaire

facteurs de transcription

- Messages : Hormones Stimuli extrieurs (lumire, chaleur, nutriments, ...) Interactions directes entre cellules - Rcepteurs Membranaires : pas dentre du message, transmission laide dune suite de ractions Nuclaires : entre du message, activation du rcepteur qui est un facteur de transcription

Systmes de rgulation deux composants Transduction du signal

- Nbrx organismes: bactries/levures/champignons/plantes absent chez animaux - Nbrx signaux, rponses, mais peu de systmes de signalisation Premier mcanismes de transduction du signal chez bactries - Rgule diverses rponses: Aquisition de nutriments (azote, carbone, phosphate) Mtabolisme nergtique (transport des e-) Virulence (transfert de plasmide, production toxine, facteur dadhrence) Adaptation environnementale (osmolarit, pH, lumire) Voies complexes (sporulation, chimiotactisme)

Systmes de rgulation deux composants Historique


- Une protine interagissant avec 2 ligands: - Un mtabolite intermdiaire - Un cis-rgulateur transcriptionnel - mi-1980s, domaines conservs dans protines: - 1 dans protines OmpR/PhoB/NtrC - 1 dans protines EnvZ/PhoR/NtrB +sieurs protines impliques, travaillant en relation ? - Hypothse de 2 protines: - NtrB = kinase qui P NtrC - NtrC P = forme rgulatrice active Terme systme 2 composants pour distinguer: - 1 protine = 2 fonctions - 2 protines = 1 fonction chacune

Systmes de rgulation deux composants Principe

- 1 premier composant: senseur du signal - 1 second composant: rgulateur de la rponse - Signalisation via P du second composant par le premier composant - Forme Pe du second composant = forme active du rgulateur

Systmes de rgulation deux composants Principe

- 1 premier composant (domaine transmetteur) = kinase - P Histidine = autokinase - 1 second composant (domaine receveur) = phosphatase - dP Histidine intermdiaire P sur Aspartate - Aspartyl P modification conformation domaine effecteur - dP Aspartate niveau basal dactivit rgulateur (dP par rgulateur ou par senseur)
6

Systmes de rgulation deux composants Localisation

- Senseur: souvent membranaire - Rgulateur: cytoplasmique


7

Systmes de rgulation deux composants Domaines conservs

- Senseur: N-ter: TM1 et TM2 squence variable car stimuli diffrents Rgion centrale: H box, domaine de dimrization (souvent homo-) C-ter: domaine de liaison de lATP 240 aa / +sieurs motifs conservs (N, F, G1 et G2) - Rgulateur: N-ter: 120 aa / rsidus conservs = 3D + 1 K Transfert P du rsidu H au rsidu D C-ter: souvent HTH motif / modification conformation due P

EnvZ/OmpR PhoR/PhoB

Systmes de rgulation deux composants Les variantes du senseur

ArcB/ArcA

Senseur hybrides : rares chez bactries/ eucaryotes

KinA/SpoOF,SpoOB, SpoOA 9

Systmes de rgulation deux composants Senseur: histidine kinase


TM H N G1/F/G2

10

Systmes de rgulation deux composants Rgulateur de la rponse


Domaine receveur

TM

11

Systmes de rgulation deux composants Analyse systmatique dans 1 organisme


Ex: Caulobacter crescentus Gram-, cycle dimorphique - Dtermination par bioinformatique nombre systme 2 composants: 106 systmes - Rle dans diffrenciation cellulaire: - Inactivation par insertion 9 essentiels pour croissance 39/106 impliqus - Analyse biochimique: - Phospho-transfert entre kinase et rgulateur - Mesure efficacit de transfert rponse croise Mise en vidence de CenK/CenR: contrle intgrit mb cellulaire Cible dantibiotique ?
12

Systmes de rgulation deux composants Analyse systmatique dans 1 organisme


Ex: Caulobacter crescentus Inactivation systmes 2 composants Phnotype de nage

13

Systmes de rgulation deux composants Analyse systmatique dans 1 organisme


Ex: Caulobacter crescentus Profile de phospho-transfert pour 3 histidine kinases

tP fer s ran T

1h
tP fer ns tra

autoP

No

10sec

dP

A 10sec, rgulateur spcifique activ

14

Systmes de rgulation deux composants Analyse systmatique dans 1 organisme


Ex: Caulobacter crescentus CenK/CenR: contrle intgrit cellulaire

Sauvage

Inactivation de CenK

Sauvage

Inactivation de CenR

15

Exemples: +sieurs kinases/1 rgulateur rponse


Sporulation chez Bacillus subtilis

KinA,KinB,KinC,KinD,KinE: kinases, signaux diffrents SpoOF: Rgulateur P par kinases SpoOB: P par SpoOF SpoOA: P par SpoOB, active gnes de sporulation et inhibe ceux de croissance 2 points de dP: RapA,RapB,RapE: deP SpoOF. Exprims pendant croissance vgtative 16 SpoOE,YnszD,YisI: deP SpoOA.

Exemples: 2 voies convergentes


Respiration anarobie et limitation en phosphate chez Bacillus subtilis

PhoR/PhoP: signal=faible phosphate. Contrle resA rgulon. ResE/ResD: signal=PhoPP et ResD. Contrle respiration anarobie. ResD ncessaire lactivit de PhoP: boucle de rgulation positive 1 systme rgul transcriptionnellement par 1 autre systme
17

Exemples: +sieurs signaux/1 rponse


Rgulation des gnes ugd (UDP-glucose dhydrognase) Chez Salmonella enterica

PhoQ/PhoP: signal=faible [Mg2+]. Contrle virulence, adaptation [Mg2+]. PmrB/PmrA: signal=faible [Fe3+]. Contrle ugd transcription. PmrD=activateur de PmrB/PmrA. RcsC/YojN/RcsB,RcsA: signal=dformation enveloppe. Contrle ugd transcription. ugd: synthse de lipopolysaccharides (rsistance antibiotique polymixine B).
18

Exemples: CheA/CheY,CheZ
Chimiotactisme chez E. coli

Chimiorcepteurs: signal=molcules attractives ou rpulsives CheA: kinase cytoplasmique. Reoit signal via chimiorcepteurs mbaires. CheW: rgule autoP de CheA CheY: rgulateur. Quand CheYP, interagit avec moteur des flagelles. DP par CheZ; CheR et CheB: modifie chimiorcepteurs (mthylation). 19

Exemples: Quorum sensing

Mdi par des peptides-phromones Virulence chez Staphylococcus aureus, comptence de Bacillus subtilis et Streptococcus pneumoniae, production bactriocine par Gram+. 20

Exemples: production bactriocine


- Toxine produites par bactries - Peptides synthtiss par voie ribosomique. - Activit bactricide vis--vis de bactries proches de la souche productrice. - 4 classes de bactriocines: Classe I: peptides < 5 kDa (20 aa) acides amins rares, lantibiotiques. Classe II : peptides non lantibiotiques stables la chaleur. Inhibe Listeria protines > 30 kDa non stables la chaleur. protines complexes.
21

Classe III:

Classe IV:

Exemples: production bactriocine


Dshydratation
O NH C CH CH2OH O NH C CH CH2

Dshydratation
O NH C CH CH CH3 O NH C CH CH2 SH O NH C CH CHOH CH3

Srine

Didshydroalanine (Dha)

Didshydrobutyrine Thronine (Dhb)

Cystine Addition nuclophile


O NH C CH CH2 S O NH C CH CH2 O NH C CH CH CH3 S

Addition nuclophile
O NH C CH CH2

Lanthionine

-mthyllanthionine

22

Exemples: production bactriocine


Organisation des clusters de gnes rgulant la production de lantibiotique

Production: LanA: peptide prcurseur. LanB, NisC: responsables des dshydratations. LanT: ABC-transporteur (contient un site de liaison lATP). LanP: clivage du peptide signal du prcurseur (peut tre associ NisT). Immunit: LanI: impliqu dans immunit de la souche productrice. LanF,E,G: ABC-transporteur responsable de limmunit. Rgulation: systme 2 composants LanK: kinase. LanR: Rgulateur de rponse. 23

Exemples: production bactriocine


Autorgulation des lantibiotiques (nisine et subtiline) par systme 2 composants

Milieu ext. Cytoplasme

gnes lan

- LanK: signal=lantibiotique. LanR: rgulateur transcriptionnel du cluster de gnes lan. - LanA production autorgule extracellulairement via 1 transduction du signal. - Economie nergie: disfonctionnement dun lment = 0 production. - Augmenter niveau dimmunit si bcp LanA = amplification du signal.
24

Exemples: production bactriocine


Autorgulation des lantibiotiques (nisine et subtiline) par systme 2 composants

- Transcription de nisA: - induite par Nisine A et dose-dpendante: - non induite par Nisine A non modifie ou par peptide diffrent (Pep5). - ncessite NisK et NisR.

25

Exemples: production bactriocine


NICE systme = Nisin Controlled Expression systme

- NisR/NisK: sur plasmide ou sur chromosome. - Induction par Nisine: - utilise dans aliments = non toxique. - faible quantit. - peut tre introduit dans bactries autres que L. lactis si NisR/NisK ports par plasmide. - sans induction: 0 production utilisable pour protines toxiques. 26 - production de protine = 60 %.

Exemples: production bactriocine


NICE systme: efficacit dans bactries pathognes

- Comparaison force de qq promoteurs chez B. subtilis et Streptococcus pyogenes: - nisA: nisine active NisK qui P NisR = activateur de nisA. - lacA: lacA induit par lactose et rprim par LacR quand glucose. - xylA: xylA induit par xylose et rprim par XylR en absence. - Spac (systme chimre): spac est rprim par LacI et induit par lactose. nisA est le plus efficace chez bactries pathognes. 27