Estructura y Funcin de los cidos Nucleicos

Tema 5
1 Parte: Estructura y Propiedades de los cidos Nucleicos
J. Salgado (UVEG 2007-08)

Los cidos Nucleicos son Polmeros de Nucletidos

DNA y RNA se diferencian en el tipo azcar:

cido Nucleico

5
Azcar Fosfato Azcar Azcar Fosfato Azcar Azcar Fosfato Fosfato

3
Fosfato

Ribosa

En RNA

Esqueleto azcar-fosfato

En DNA
Desoxirribosa
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cido desoxirribonucleico

tomos numerados con primas cido ribonucleico

2

Las Bases Pueden ser Purinas o Pirimidinas

Purinas

Purina

Adenina (A)

Guanina (G)

Pirimidinas

Pirimidina

Citosina (C)

Uracilo (U)

Timina (T)

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tomos numerados sin primas

En el DNA se encuentran A, G, C y T En el RNA se encuentran A, G, C y U

3

Nucletidos: Unidades Monomricas con las que se Forman los cidos Nucleicos
Nuclesido: Base + Azcar
En el RNA: adenosina, guanosina, citidina, uridina En el DNA: desoxiadenosina, desoxiguanosina, desoxicitidina, desoxitimidina

Enlace -glicosdico

9 1

Adenosina Ribosa

Nucletido: Nuclesido + Fosfato

Enlace fosfoster 5
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En el RNA: adenilato, guanilato, citidilato, uridilato A En el DNA: desoxiadenilato, desoxiguanitato, desoxicitidilato, desoxitimidilato

Adenosina 5-trifosfato o adenilato 5-trifosfato (o 5-ATP)

Ribosa 4

La Cadena de Nucletidos: Estructura Primaria

DNA
Esqueleto azcarfosfato
Enlace fosfodister

Esqueleto azcarfosfato

RNA 5 3

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Las secuencias de nucletidos se escriben siempre en la direccin 5 3

Estructura Secundaria del DNA

La molcula de DNA se pliega localmente como una doble cadena helicoidal
Modelo de James Watson y Francis Crick (1953). Basado en:
Patrn de difraccin de rayos X de Maurice Wilkins y Rosalind Franklin Reglas de Erwin Chargaff
J. Salgado (UVEG 2007-08)

Las proporciones A:T y G:C son siempre cercanas a 1

La Doble Hlice del DNA de tipo B

3 5
Desde arriba

Dos cadenas antiparalelas complementarias

Doble hlice a derechas

Surco mayor

Cadenas azcarfosfato

Bases Apiladas

Plano de las bases perpendicular al eje de la hlice ~10 pares de bases (pb) por vuelta
3,4 entre bases

Surco menor

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36 de giro cada base

Apareamientos entre las Bases

Interaccin especfica entre pares purinapirimidina
Tres enlaces de hidrgeno entre G y C Dos enlaces de hidrgeno entre A y T

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Adaptado a la anchura de la hlice Facilita la replicacin Los apareamientos errneos causan mutaciones
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Estabilidad de la Doble Hlice

Enlaces por puente de hidrgeno entre las bases
Son ms estables las uniones C G (tres enlaces) que las A=T (dos enlaces)

Efecto hidrofbico
Interacciones hidrofbicas entre las bases apiladas en el centro de la hlice

Fuerzas de van der Waals debidas al empaquetamiento de los anillos de las bases Fuerzas electrostticas
El DNA es un polianin. La repulsin entre las cargas negativas de los grupos fosfato se reduce por apantallamiento debido a la presencia de:
Cationes divalentes (Mg2+) Protenas bsicas, ricas en Lys y Arg (Histonas) Poliaminas
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Otras Estructuras Secundarias del DNA

El DNA de cadena doble puede asumir distintas conformaciones debido a la flexibilidad del anillo de ribosa y al giro del enlace C1N
DNA B (de Watson y Crick)
En condiciones de humedad elevada

DNA A
En DNA parcialmente deshidratado 11 pb por vuelta, dimetro=26 Semejante a los dplex de RNA y RNA/DNA

DNA Z
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Hlice a izquierdas 12 pb por vuelta, dimetro=18 Puede aparecer en zonas con repeticiones CG Posible funcin en la regulacin de la expresin gnica
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Superenrollamiento
Surge al girar una cadena doble de DNA cuyos extremos estn fijados
Puede ser positivo (DNA sobre-enrollado) o negativo ( DNA infra-enrollado)
Es ms comn el negativo, y tiene importancia en los procesos de replicacin y transcripcin DNA circular relajado

Genera una molcula ms compacta Relajado Superenrollado

DNA circular superenrollado

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Superenrollamiento in vivo
El superenrollamiento es un proceso catalizado que requiere energa de la hidrlisis de ATP
Llevado a cabo por las topoisomerasas
Topoisomerasas de tipo I
Catalizan el relajamiento del DNA superenrollado por corte de una de las hebras

Topoisomerasas de tipo II
Introducen superenrollamiento negativo por corte y giro de las dos hebras

Tiene importancia para la compactacin del genoma

En procariotas
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Asociacin del DNA a un ncleo central de protenas Superenrollamiento en trenza

En eucariotas
Asociacin del DNA a ncleos sucesivos de protenas Superenrollamiento solenoidal compacto
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Genomas
Se llama genoma al conjunto completo de informacin gentica de un organismo
Se hereda de generacin en generacin Codificado en secuencias de cidos nucleicos Organizado en cromosomas
Cada cromosoma contiene una sola molcula de DNA

Los genomas se diferencian por su tamao y complejidad

En procariotas
Un solo cromosoma de DNA circular de cadena doble + DNA extracromosmico circular de cadena doble (plsmido)

En eucariotas
Mltiples cromosomas de DNA lineal de cadena doble Genoma diploide, excepto en gametos (haploide) Gran cantidad de DNA no codificador Las mitocondrias y cloroplastos tienen genoma propio (similar al genoma de procariotas)

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En virus
Genoma de DNA o RNA, de cadena simple o doble, circular o lineal
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El Cromosoma Bacteriano
Forma una estructura llamada nucleoide
DNA circular de cadena doble superenrollado unido a un ncleo central proteico
Tetrmeros de la protena HU Poliaminas catinicas

Cromosoma de Escherichia coli

Bucles superenrollados

Le permite comprimirse en un espacio pequeo

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Bucle relajado

Cromosoma extendido (3x106 pb) 1,5 mm Cromosoma empaquetado 2 m

Centro proteico

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Cromosomas Eucariotas
DNA lineal empaquetado alrededor de octmeros de histonas
Las histonas asociadas a DNA forman unidades repetidas cada 200 pb llamadas nucleosomas El conjunto se asocia en una fibra condensada que forma la cromatina Se consigue una elevada compactacin La estructura de la cromatina regula la expresin gnica
Cromosoma

Cromatina

Dimetro del cromosoma

Fibra condensada

Histonas

Nucleosoma

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DNA

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Estructura de los Nucleosomas

Unidades repetidas cada 200 pb
Nucleosoma: octmero de histonas + DNA enrollado (145 pb) Las histonas son protenas policatinicas
Contienen muchas Lys y Arg Estabilizacin electrosttica del DNA (polianin)

Nucleosomas
Ncleo de histonas

Cinco tipos de histonas

2 x (H2A, H2B, H3, H4) forman el ncleo octamrico H1 interacciona con el DNA conector y delimita al nucleosoma
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DNA conector

Modificaciones covalentes de las histonas regulan la funcionalidad del DNA

Acetilacin, metilacin, fosforilacin
DNA enrollado (145 pb)

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Tipos de RNA
RNA mensajero (mRNA)
Se transcribe en el ncleo a partir de la secuencia de DNA de los genes. Su secuencia ser leda en el citoplasma para dar lugar a protenas especficas

RNA de transferencia (tRNA)

Transporta los aminocidos hasta los ribosomas para formar las protenas Existen tipos especficos para cada aminocido Contienen diversas bases modificadas

RNA ribosmico (rRNA)

Principal componente de los ribosomas (formados tambin por protenas)

RNA heterogeneo (hnRNA)

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Transcritos primarios y precursores del mRNA en clulas eucariotas

RNA nuclear pequeo (snRNA)

En partculas ribunucleoproteicas nucleares. Participan en el procesamiento de otros RNA
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Estructura de los RNA

Cadena sencilla plegada sobre s misma
No tienen aplicacin las reglas de Chargaff Distintos tipos de estructura secundaria
Bucles, horquillas, brazos Regiones dplex con apareamientos C G (tres enlaces de H) y A=U (dos enlaces de H) entre zonas palindrmicas de complementariedad
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Estructura primaria
5 Estructura secundaria
Bucle

Brazo Regin palindrmica (autocomplementaria)

Forman hlices dextrgiras similares a las del DNA

Globalmente adoptan una estructura terciaria compleja, por asociacin de hlices y bucles

Estructura terciaria de un tRNA

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Estructura de los tRNA

Estructura adaptada a su funcin Forma de trbol
Custro brazos principales con zonas dplex
Brazo aceptor
Une el aminocido activado en el extremo CCA 3
Bucle del anticodn Bucle T C Bucle DHU Extremo CCA

3 5

Sitio de unin del aminocido activado

Brazo del anticodn

Contiene la secuencia complementaria de los codones del mRNA
Bucle DHU

Brazo aceptor Bucle T C

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Contiene mltiples bases modificadas

Derivados metilados y dimetilados de A, U, C y G
Brazo DHU Brazo del anticodn

Brazo T C Brazo variable Bucle del anticodn Anticodn

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Estructura del Ribosoma

Maquinaria de sntesis de las protenas de gran tamao molecular
Coeficiente de sedimentacin 70S (Svedberg) en procariotas

~ 2/3 rRNA + 1/3 protenas Dos subunidades

50S (contiene rRNA 5S y 23 S + 34 polipptidos) 30S (contiene rRNA 16 S + 21 polipptidos)

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Subunidad 50S

Ribosoma (70S, 2700 kDa)

Subunidad 30S
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Estructura del rRNA

Estructura secundaria del rRNA 16S: Puede deducirse a partir de las zonas de complementariedad halladas en su secuencia Estructura terciaria del rRNA 16S: Determinada mediante cristalografa de rayos X

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Estructura y Funcin de los cidos Nucleicos

Tema 5
2 Parte: Funciones de los cidos Nucleicos
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Principios Fundamentales de la Biologa Molecular

1. La informacin codificada en el DNA consiste en una secuencia especfica de bases nitrogenadas
La REPLICACIN se basa en el apareamiento especfico entre las bases de cadenas de DNA complementarias

2. La descodificacin de la informacin gentica para su utilizacin comporta la sntesis de RNA

La TRANSCRIPCIN se basa en el apareamiento especfico entre bases de cadenas de DNA y cadenas de RNA

3. Con la intervencin de varios tipos de RNA se sintetizan las protenas, que son responsables de la mayora de las funciones celulares
La TRADUCCIN de las secuencias de bases en secuencias de aminocidos ocurre de acuerdo con el cdigo gentico replicacin

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DNA

transcripcin

RNA

traduccin

Protenas
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Replicacin
Consiste en la sntesis de nuevas copias de DNA a partir de un molde preexistente
Ocurre una sola vez en la vida de la clula, antes de la divisin celular Es un proceso rpido y exacto, con mecanismos de reparacin eficaces Siempre se da en la direccin 5 3
Molcula parental original

La replicacin es semiconservadora
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Primera generacin de molculas hijas

Cada hebra de una cadena doble de DNA sirve de molde para la sntesis de una hebra complementaria
Segunda generacin de molculas hijas 24

Requerimientos para el Proceso de Replicacin

Molde de DNA preexistente
Cadena (o fragmento de cadena) simple

Cebador (primer)
Pequeo fragmento de RNA (~5 nucletidos) con el grupo 3-OH libre, unido al DNA molde (sintetizado por la primasa del primosoma)

Precursores activados
Desoxinucletidos 5-trifosfato (dATP, dGTP, dTTP, dCTP)

DNA-polimerasas
Catalizan la formacin de enlaces fosfodister dirigida por un molde de DNA (actividad polimerasa 5 3) y la correccin de errores (exonucleasa 3 5) Requieren Mg2+ y un cebador con su extremo 3-OH libre Tres tipos:
DNA polimerasa I (Pol I): Elimina el cebador mediante una actividad exonucleasa 5 3 y sintetiza DNA en su lugar DNA polimerasa II (Pol II): Funcin desconocida (quiz similar a la Pol I) DNA polimerasa III (Pol III): Sntesis de la nueva cadena de DNA a partir del cebador
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Otras enzimas
Primasa: RNA polimerasa que sintetiza el cebador. Forma parte del primosoma Helicasa (Dna B): Separa las dos hebras del DNA dplex. Requiere ATP Girasa (topoisomerasa II): Genera superenrollamiento negativo. Requiere ATP Ligasa: Une fragmentos nuevos sintetizados
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Proceso de Replicacin: Iniciacin

1. La replicacin se inicia en lugares especficos
En procariotas el origen es nico, y se llama locus oriC
Contiene secuencias de ricas en AT y cuatro sitios de unin para la protena DnaA

Origen de replicacin en E. coli

secuencias ricas en AT en tandem Sitios de unin para la protena DnaA

La unin de la DnaA inicia el proceso

Secuencia consenso (13 pb)

2. La helicasa DnaB separa las dos hebras de DNA

Se forman un ojo y dos horquillas de replicacin El proceso genera tensin (enrollamiento) que es relajada por la accin la girasa
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tetrmeros SSB girasa

horquilla de replicacin ojo de replicacin girasa

Topoisomerasa II que introduce superenrollamiento negativo (con consumo de ATP)

en las horquillas de replicacin

3. Las cadenas simples se estabilizan por las SSB (protenas

de unin a cadena simple)

ATP

ADP+Pi

helicasa

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Proceso de Replicacin: Elongacin

5 3

4.La primasa del primosoma sintetiza cebadores de RNA sobre las hebras simples de la horquilla 5.La Pol III sintetiza nuevo DNA a partir del cebador
Siempre en direccin 5 3
La hebra gua se sintetiza de manera continua La hebra retardada forma un bucle donde la sntesis de DNA ocurre de manera discontinua en fragmentos 3 de Okazaki 5

Helicasa

Girasa Primosoma Cebador

Protenas SSB 3
Primasa Holoenzima DNA Pol III 5

Fragmentos de Okazaki

DNA Pol I

6.La Pol I elimina los RNA cebadores y sintetiza DNA en su lugar

Tiene actividad exonucleasa 5 3 y polimerasa 5 3
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Hebra gua

DNA ligasa

Hebra retardada

5 3

7.Los fragmentos de la hebra retardada son ligados por la DNA ligasa

3 5

5 3 27

La maquinaria de replicacin
Replisoma

Avance de la horquilla

Girasa (topoisomerasa)

Primosoma
Protena abrazadera

Helicasa Cebador

Protenas de Unin a cadena simple (SSB) Cebador (RNA) Fragmento de Okazaki

Holoenzima Pol III: Dmero asimtrico

Dmero de Pol III Protena Pol I pinza
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Cadena retardada

Sintetiza la cadena gua

Sintetiza la cadena retardada

Cadena gua

Ligasa

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Errores en la Replicacin: Mutaciones

Son cambios en la secuencia del DNA. Tipos:
Sustitucin de un par de bases por otro Eliminacin (delecin) de parte de la secuencia Insercin de pares de bases

Mutacin por tautomerizacin:

Apareamiento anmalo transicin

Pueden ocurrir de manera espontnea

Transiciones A<->G o T<->C debidas a tautomerizaciones
Amino (-NH2) Ceto ( C=O ) imino (=NH) enol ( C-OH )

Citosina

Tautmero imino de Adenina

Mutacin por radiacin: La luz

ultravioleta produce dmeros de pirimidina

Pueden deberse a agentes mutagnicos

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Radiacin ultravioleta Reactivos qumicos Molculas aromticas planas (agentes intercalantes)

Dmero de timina
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Mecanismos de Reparacin
El nivel de fidelidad de las copias de DNA es muy alto, debido a: Reparacin directa
La regin daada se corrige in situ
La DNA fotoliasa utiliza energa de la luz para eliminar los dmeros de pirimidina formados por radiacin UV

La especificidad enzimtica de la maquinaria replicativa La correccin de errores de las DNA polimerasas mediante prueba de lectura
Detectan nucletidos incorrectos y los eliminan hacia atrs (actividad exonucleasa 3 5)

Por escisin de bases

Las bases daadas se retiran y se reemplazan

Los mecanismos de reparacin post-replicativos

Reparacin directa Reparacin por escisin de bases Reparacin por escisin de nucletidos

Por escisin de nucletidos

Se elimina y se reemplaza un fragmento en torno a la zona daada
La escinucleasa urvABC escinde 12 nucletidos en la zona daada Regeneracin a cargo de la DNA Pol I y la DNA ligasa
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Replicacin en Eucariotas
Ms compleja y ms lenta que en procariotas
Por el mayor tamao y complejidad del genoma Los eucariotas poseen cinco DNA polimerasas
, inicia la sntesis , funcin de reparacin , elongacin , papel desconocido , replicacin del genoma mitocondrial
Comienza la sntesis de DNA

Mltiples orgenes de replicacin

Cada uno representa una unidad de replicacin (replicn) bidireccional

Ciclo celular

La replicacin se encuentra regulada de acuerdo con el ciclo celular

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Sntesis de DNA limitada a la fase S, y coordinada con la divisin celular (mitosis)

Comienza la mitosis

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