INTRODUCTION GENERALE.....................................................................................................

4
Petite histoire de la gntique............................................................................................................. 4

Mitose et Miose ..............................................................................................................................6

1- Cycle cellulaire ............................................................................................................................... 6 2- Mitose ............................................................................................................................................. 6 3. Miose ............................................................................................................................................. 7
Prophase I............................................................................................................................................................... 7 Mtaphase I :.......................................................................................................................................................... 8 Anaphase I : ........................................................................................................................................................... 9 Tlophase I:............................................................................................................................................................ 9 Prophase II: ............................................................................................................................................................ 9 Mtaphase II:.......................................................................................................................................................... 9 Anaphase II: ........................................................................................................................................................... 9 Tlophase II: .......................................................................................................................................................... 9

CHAPITRE 1................................................................................................................................12 CARTOGRAPHIE GENETIQUE ET REPRODUCTION SEXUEE.........................................12

1. Premire loi de Mendel (la loi de la sgrgation)......................................................................... 12
1.1. Croisement monohybride. ............................................................................................................................. 12 1.2. Interprtation de Mendel. .............................................................................................................................. 15 1.3. Interprtation bas sur les donnes de la cytogntique................................................................................ 16 1. 4. La loi de la sgrgation. ............................................................................................................................... 19

2. Deuximes loi de Mendel (la loi de la disjonction indpendante des diffrentes paires de facteurs). ........................................................................................................................................... 20
2.1. Croisement dihybride. ................................................................................................................................... 20 2. 3. La loi de la disjonction indpendante des diffrentes paires de facteurs...................................................... 25

3. Croisements polyhybrides et croisements test (tests cross). ....................................................... 26

3.1 Determination des gamtes qui drivent dun gnotype. ............................................................................... 26 3.2. Determination des diffrentes classes de la progniture dun croisement..................................................... 27 3. 3. Croisement test (test cross). ......................................................................................................................... 28

4. Liaison et recombinaison.............................................................................................................. 30

4.1. Liaison complte et incomplte..................................................................................................................... 31 * Interprtation des rsultats des tests cross. ........................................................................................................ 32 4.2. L'ordre linaire des gnes lis et la dtermination des distances qui sparent ces gnes. ............................ 37 4.3. Le crossing-over double............................................................................................................................... 38 4. 4. Cartographie gntique ou de linkage. ......................................................................................................... 42 4.5. Interfrence chromosomique ou chiasmique................................................................................................. 47 5.1. Les autosomes et les htrochromosomes.................................................................................................... 49 5. 2. Distribution des htrochromosomes chez certains animaux et chez certaines plantes. .............................. 50 5.3. Hrdit lie au sexe. .................................................................................................................................... 51 5.3.1. Hrdit lie au chromosome Y. ................................................................................................................ 52 5.3.2. Hrdit lie au chromosome X. ................................................................................................................ 53

5. Facteurs lis aux htrochromosomes.......................................................................................... 48

CHAPITRE 2................................................................................................................................55 ANALYSE DES TETRADES .......................................................................................................55

1. Introduction.................................................................................................................................. 55

* Cycle vitale de Neurospora crassa. ............................................................................................... 55 2. Sgrgation d'un couple d'allles chez Neurospora crassa.......................................................... 56 3. Transmission de deux caractres dont les gnes sont ports par le mme chromosome. ........... 61
3.1. Croisement dihybride (a me) x (A +). ........................................................................................................ 61 3.2. Interprtation des rsultats du croisement dihybride..................................................................................... 62

4. Transmission de deux caractres dont les gnes sont ports par deux chromosomes diffrents.64
4. 1. Croisement dihybride (try a) x (+ A)..................................................................................................... 64 4.2. Interprtation des rsultats du croisement (try a) x (+ A)..................................................................... 65

CHAPITRE 3................................................................................................................................67 Gntique des populations ............................................................................................................67

1. Introduction :................................................................................................................................ 67 2. Dfinitions..................................................................................................................................... 68
2.1. Population ..................................................................................................................................................... 68 2.2. Plymorphisme. .............................................................................................................................................. 68

3. Calcule des frquences allliques et gnotypiques. ...................................................................... 68 4. Calcules des frquences gnotypiques et allliques partir des frquences phnotypiques. ..... 69 5. La loi dquilibre de Hardy-Weinberg. ....................................................................................... 70 6. Systmes multiallliques............................................................................................................... 73 7. Cas de gnes lis au sexe............................................................................................................... 74

INTRODUCTION GENERALE

Pourquoi sintresse t-on la gntique ? on trouvera des lments de rponse cette question tout au long de ce livre. Cependant il est possible de donner ds maintenant une esquisse gnrale de la rponse. La gntique est une science assez rcente, mais elle a acquit de nos jours une position clef. Elle est indispensable pour comprendre les proprits des tres vivants. Elle prend de plus en plus une place importante dans la rsolution des problmes de socit d'aujourd'hui (en mdecine, en agriculture, etc.). La gntique peut tre dfinie comme tant la science qui tudie l'hrdit. Quest ce que l'hrdit? pour le biologiste, c'est l'ensemble des proprits que les tres vivants transmettent leurs descendants par le biais de la reproduction. Ces proprits se manifestent par l'intermdiaire des caractres hrditaires. Les caractres hrditaires ont la particularit de se manifester avec rgularit au cours des gnrations. L'tude de l'hrdit passe par la comprhension des proprits du matriel gntique. Il faut donc tudier les proprits des Acides nuclique (ADN surtout et ARN) diffrents niveaux. Les cellules de tout organisme, des bactries l'homme, possdent un ou plusieurs complments d'ADN appel gnome. Le gnome est subdivis en chromosomes. Ces derniers sont constituer d'une molcule d'ADN continue et trs longue. Les chromosomes sont subdiviss sur leur longueur en milliers de rgions fonctionnelles appeles gnes. La gntique progresse d'une manire qui lui est propre, fonde sur l'analyse des variations naturelles ou induites, des gnes dans une population d'organismes. Cette variation constitue la matire premire de la gntique. En absence de cette variation on ne peut pas faire d'analyse gntique. La gntique tudie tous les aspects du gne. L'tude de la transmission des gnes de gnration en gnration est dite gntique de la transmission (ou encore gntique formelle). L'tude de la structure et des fonctions des gnes est dite gntique molculaire. L'tude du comportement des gnes dans des populations est dite gntique des populations. Cette subdivision de la gntique en plusieurs disciplines est arbitraire on a souvent des recouvrement entre ces diffrentes disciplines. Petite histoire de la gntique. L'homme fut forcment confront aux notions d'hrdit et de variations ds qu'il commena domestiquer les plantes et les animaux (Il y a environ 10000 ans de cela) et se trouva donc placer devant la ncessit de choisir, parmi tous les organismes qui taient sa disposition, ceux qui possdaient les caractristiques les plus intressantes et ensuite

de propager ces proprits dans les gnrations venir. La gntique moderne, en tant qu'ensemble de principes et de rgles analytiques, dbuta avec les recherches de Grgoire Mendel. Mendel a dcouvert les lois fondamentales de l'hrdit sans l'aide de la cytologie puisque cette science tait trs peu dveloppe l'poque o il a effectu ces travaux (1850-1870). La valeur des travaux de Mendel n'a pas t reconnue tout de suite, il a fallu attendre 1900 pour a. En 1900, trois biologistes annonaient au monde scientifique qu'ils venaient de dcouvrir l'explication d'un trs vieux problme biologique. C'est le problme de l'hrdit. En ralit cette dcouverte n'tait qu'une redcouverte de l'aveu mme de ces biologistes puisque les lois fondamentales de l'hrdit ont t pleinement et clairement nonc par Mendel 35 ans au paravent (c'est dire en 1865). Par la suite le dveloppement de la cytologie a permis de montrer que le sige de l'hrdit tait dans le noyau. L'utilisation conjointe des donnes gntiques et cytologiques (cytogntique) a permis Walter Sutton et Theodor Boveri d'noncer la thorie chromosomique de l'hrdit selon laquelle les gnes sont localiss sur les chromosomes de faon linaire. Calvin Bridges en combinant les donnes de la gntique et de la cytologie apporta la preuve de l'exactitude de la thorie chromosomique de l'hrdit. On a ensuite montr que la nature chimique du matriel hrditaire tait l'acide dsoxyribonuclique (ADN).

Mitose et Miose
Les observations des comportement des chromosomes pendant la division du noyau cellulaire est l'origine de la thorie chromosomique de l'hrdit. Il est donc indispensable de voir en dtaille ce qui se passe pendant les divisions nuclaires pour pouvoir comprendre l'analyse gntique. Voyant en dtaille ce qui se passe au cours des deux diffrents types de divisions nuclaires appeles mitose et miose. La mitose est la division nuclaire accompagnant la division des cellules somatiques. C'est le type de division qui produit un grand nombre de cellules au dpart d'une seule cellule progntrice. Chaque mitose individuelle est en gnral associe une division cellulaire qui produit deux cellules filles gntiquement identiques. La miose est le nom donn aux divisions nuclaires chez les cellules qui subissent une division spciale rencontre uniquement dans le cycle sexuelle. Chaque miocyte ( cellule qui s'engage dans un processus de division miotique) subit deux divisions cellulaires accompagnes de deux divisions du noyau. Il en rsulte que chaque miocyte produit gnralement quatre cellules appeles produit de la miose et qui donneront les gamtes. 1- Cycle cellulaire une cellule en phase de division active passe par quatre phases successives. La phase G1 est une phase de prparation, sa dure est trs variable( de quelques heures quelques jours). Aprs cette prparation la cellule entre en phase S (phase de synthse). Durant cette phase l'ADN est dupliqu, sa dure est d'environ 7 heures. Cette phase est suivie d'une deuxime phase de prparation, la phase G2 d'une dure d'environ trois heures. Enfin se produit la phase de mitose ( phase M). A la fin de cette phase deux cellules identiques la premire sont obtenues. Ces deux cellules entrent en phase G1 et le cycle reprend. Si les cellules arrtent de se diviser le cycle est interrompu. Les cellules entrent en phase (phase de repos: G0). Certaines cellules comme les cellules nerveuses y resteront toute la vie de l'individu. D'autres y resteront un temps indtermin jusqu' ce qu'un stimulus les introduise de nouveau en phase G1 et les rintgre dans un cycle mitotique. 2- Mitose La mitose est divise arbitrairement et pour des fins descriptives en stades assez bien caractriss. Avant d'entrer en Mitose, la cellule est en interphase. Les chromosomes sont trs longs et fins (non individualiss et donc non observable) leur enchevtrement forme le rseau de chromatine. La division cellulaire commence par la prophase, au cours de cette phase les chromosomes deviennent progressivement plus courts et plus pais par spiralisation (chaque chromosome forme une spirale) et nuclination (accumulation progressive de beaucoup d'ADN et d'un peu d'ARN qui combines aux protines forment

les nucloprotines qui constituent la presque totalit de la substance des chromosomes). Les chromosomes deviennent plus courts, plus pais et sont alors individualiss et facilement observables. Ds lors on constate qu'ils sont dj ddoubls sur toute leur longueur except au centromre. A la fin de la prophase et au dbut du stade suivant (promtaphase) il y a disparition de la membrane nuclaire et du nuclole et le dbut de la migration des chromosomes vers le centre de la cellule. A ce moment on commence voir facilement une structure appele fuseau nuclaire. Il s'agit d'une structure ressemblant une cage oiseaux qui s'tablit dans la rgion correspondant au noyau; elle est constitue d'une srie de fibres approximativement parallles et orientes vers les ples de la cellule. Lorsque les chromosomes atteignent l'quateur de la cellule ils s'attachent aux fibres du fuseau par leurs centromres. L'ensemble des chromosomes forme la plaque quatoriale dont l'tablissement caractrise la mtaphase. La fin de la mtaphase est marque par la division de tous les centromres dans le sens de l'axe longitudinal des chromosomes. Les chromatides soeurs sont ainsi spares, chacune acquiert son propre centromre et devient un chromosome indpendant. Chacun des deux chromosomes fils migre vers un ple oppos l'autre. Cette migration constitue l'anaphase. Lorsque les deux groupes de chromosomes ont atteint les ples opposs de la cellule, il y a formation d'une nouvelle membrane nuclaire autour de chacun d'eux. Durant ce stade nomm tlophase, le nuclole rapparat et les chromosomes se despiralisent et se dnuclinent progressivement. Au cours de la tlophase se produit la cytocinse (division du cytoplasme) qui divise la cellule mre en deux cellules filles.

3. Miose Comme la mitose, la miose est prcde d'une phase S prmiotique au cours de laquelle a lieu la synthse d'ADN. La miose comporte deux divisions successives, on distingue: La miose I et la miose II. les vnements de la miose I sont diffrents de ceux de la miose II, mais tous deux comportent les 4 stades, prophase, mtaphase, anaphase et tlophase, et bien qu'on retrouve ici les mmes appellations qu'en mitose ces deux divisions sont diffrentes de ce qui se passe en mitose. La prophase de la miose I est la plus longue et la plus complexe, elle est elle-mme subdivise en stades: leptotne, zygotne, pachytne, diplotne et diacinse. Prophase I.

* Stade leptotne (leptos = tenu, allong): c'est ce stade que les chromosomes deviennent visibles sous la forme de filaments longs et minces. Les chromosomes commencent subir une phase de spiralisation et de nuclination. On constate au moyen de microscope optique qu'ils sont constitus par un seul filament, ou chromonme, et non par deux comme la prophase de mitose.

* Stade zygotne (zygos = union): les deux chromosomes homologues qui constituent chacune des paires commencent se rapprocher l'un de l'autre et ils s'associent intimement sur toute leur longueur pour former des units bivalentes. C'est ce qu'on appelle union de synapsis des chromosomes. * Stade Pachytne (pachys = pais): les chromosomes continuent se spiraliser et a se nucliner et deviennent plus courts et plus pais. * Stade Diplotne (Diploos = double): les deux chromosomes homologues de chaque bivalent s'cartent l'un de l'autre. On constate alors que chacun des deux homologues est ddoubl sur toute sa longueur, except au centromre. Ce ddoublement s'effectue durant l'interphase prmiotique, mais ne devient visible qu'au stade diplotne. Les deux homologues ne sont pas spars entirement, ils restent attachs en des endroits o on a une structure en forme de croix. Ces structures sont appeles chiasma, elles sont formes par un phnomne particulier quon nomme crossing-over, ces derniers ont lieu durant le stade de pachytne ou zygotne. Ces crossing-over (enjambements) aboutissent un change de segments de chromosomes entre chromatides non soeurs mais appartenant des chromosomes homologues. Ils remplissent donc une fonction extrmement intressante qui est de promouvoir la variabilit gntique en crant de nouvelles combinaisons de gnes. A cot de a les crossing-over ont un autre rle tout aussi important. Ils jouent un rle dterminant dans la disjonction des homologues apparis et la formation d'au moins un crossing-over par paire semble tre ncessaire pour une sgrgation correcte. Ceci a t suggrer par l'tude de lignes dorganismes anormaux, chez qui le crossing-over est peu efficace ou inexistant. Cette tude rvle chez ces derniers des perturbations importante de lenchanement bien ordonn des vnements qui prsident la rpartition des chromosomes dans les cellules issues de la miose. * Diacinse: la compaction des chromosomes est maximale, ils deviennent trs courts et donc plus maniables pour la suite des mouvements qu'ils vont subir. On peut compter facilement le nombre des bivalents par noyau.

Mtaphase I :

Le nuclole et la membrane nuclaire disparaissent. Les bivalents migrent vers l'quateur de la cellule et s'attachent au fuseau par les centromres. On a alors formation de la plaque quatoriale. Cependant la diffrence de ce qui se passe en mitose, les centromres ne se divisent pas.

Anaphase I : chacun des chromosomes homologues migre vers un ple oppos l'autre. Comme les centromres ne se sont pas diviss, chaque centromre entrane avec lui deux chromatides, qui sont ventuellement remanies par suite de recombinaison.

Tlophase I: Une fois les deux groupes de chromosomes atteignent les ples il y a formation autour deux d'une membrane nuclaire. Les chromosomes se despiralisent mais il n y a pas de synthse d'ADN. Cette tlophase et l'interphase qui la suit forme ce qu'on appelle "intercinse". L'intercinse n'existe pas chez toutes les espces: il n'y a pas formation de membrane nuclaire et les cellules entrent directement en miose II. Cette division I est appele division rductionnelle, puisque le nombre de chromosome est rduit de moiti. La miose II ressemble une mitose dans une cellule haplode et de ce faite est appele division quationnelle. Prophase II: Les chromosomes sont individualiss et leur nombre correspond au complment haplode (n). Mtaphase II: Les chromosomes sont l'quateur de la cellule. Les chromatides soeurs ne sont pas coles sur toute leur longueur contrairement ce qu'on observe la mitose. Anaphase II: Les centromres se divisent et les chromatides soeurs se sparent et migrent des ples opposs. Tlophase II: Il y a reconstitution des noyaux autour des chromosomes au niveau de chaque ple. On obtient ainsi 4 cellules haplodes (ont la moiti du matriel gntique du mocyte original) qui sont les produits de la miose et qui donneront par la suite les gamtes.

Miose
A B

Lgende:
A: Prophase I. Chaque chromosome est form de deux chromatides soeurs. Appariement des chromosomes homologues et change de segment dADN entre les homologues (crossing-over). B: Mtaphase I. Chromosomes homologues attachs au niveau des chiasmas. La plaque quatoriale est forme par les chiasmas. C: Anaphase I. Sparation des chromosomes homologues. D: Mtaphase II. La plaque quatoriale est forme par les centromres. E: Anaphase II. Division des centromres et sparation des chromatides surs. F: Tlophase II. Formation de cellules haplodes ( gamtes).

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Mitose

Lgende:
A: Prophase. Chaque chromosome est form de deux chromatides surs (il ny a pas dappariement des chromosomes homologues). B: Mtaphase. La plaque quatoriale est forme par les centromres. C: Anaphase. Division des centromres et sparation des chromatides surs. D: Tlophase II. Formation de deux cellules diplodes identiques la cellule mre et identiques entre elles.

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CHAPITRE 1

CARTOGRAPHIE GENETIQUE ET REPRODUCTION SEXUEE.

Le gne est l'unit fondamentale de l'hrdit. Les gnticiens tudient la transmission des gnes de gnration en gnration, leurs natures, leurs variations et leurs modes d'action. Le concept de gne fut propos pour la premire fois en 1865 par Grgoire Mendel. Jusqu'alors l'ide prdominante tait que le spermatozode et l'oeuf contenaient chacun un chantillonnage "dessences" provenant des diffrentes parties de l'organisme parental; et qu' la fcondation ces essences se mlaient et dterminaient ainsi le profile du nouvel individu. A la suite de ses travaux sur les plantes de pois, Mendel proposa au contraire une thorie particulaire de l'hrdit. Dans la thorie de Mendel les caractres sont dtermins par des units gntiques discrtes qui se transmettent intacts au fil des gnrations. Cette thorie expliquait de nombreuses observations dont ne pouvait rendre compte l'ide d'une hrdit par le mlange. Voyant maintenant avec plus de dtails les travaux de Mendel et comment il est arriv formuler sa thorie et qu'elles sont les lois qu'il a dcouverts.

1. Premire loi de Mendel (la loi de la sgrgation). 1.1. Croisement monohybride.

Mendel tudia de nombreux croisements monohybrides (entre parents ne diffrant que par un seul caractre) chez le pois (tableau 1.1) dans tous ces croisements il a obtenue toujours les mmes rsultats. Pour cela on va prendre qu'un seul de ces croisements pour expliquer la premire loi de Mendel.

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Phnotype parental

F1

F2

Rapport la F2

1. pois rond x pois rids 2. pois jaunes x pois verts 3. ptales pourpres x ptales blancs 4. gousses pleines x gousse plisses 5. gousses vertes x gousses jaunes 6. fleur axiales x fleurs terminales 7. tiges gantes x tiges naines

ronds jaunes pourpres pleines vertes axiales gante

5474 ronds; 1850 rids 6022 jaunes; 2001 verts 705 pourpres; 224 blancs 882 pleines; 299 plisses 428 vertes; 152 jaunes 651 axiales; 207 terminales 787 gantes; 277 naines

2,96 : 1 3,01 : 1 3,15 : 1 2,95 : 1 2,28 : 1 3,14 : 1 2,84 : 1

Tableau 1. 1. Rsultats des croisements effectus par Mendel entre parents qui diffrent par un seul caractre. La figure 1.1 prsente les donnes du croisement que Mendel fit entre deux varits de pois l'une tige gante et l'autre tige naine. Les graines obtenues par croisement de la plante femelle de la gnration des parents (P1) furent semes l'anne suivante et donnrent la premire gnration filiale (F1). Mendel constata que toutes les plantes de la F1 avait des tiges gantes et qualifia de dominant le caractre qui s'tait manifest (tige gante) et de rcessif celui qui ne s'tait pas manifest (tige naine). Les plantes de la F1 donnrent par autofcondation des graines qui furent semes l'anne suivante et produisirent la deuxime gnration filiale (F2). Dans cette gnration, les deux caractres impliqus dans le croisement se manifestrent puisque cette progniture tait constitue par 787 plantes tige gante et 277 tige naine. Mendel calcula que le rapport entre les deux classes phnotypiques (tige gante et tige naine) tait de 1/2,84 (1 plante tige naine pour 2,84 tige gante). Comme les autres croisements (voir tableau 1.1) donnrent un rapport qui tait autours de 3:1, il en conclut que 3:1 tait le rapport moyen de cette gnration. Les graines produites (par autofcondation) par les plantes de la F2 furent semes l'anne suivante et donnrent la troisime gnration filiale (F3). C'est alors qu'il constata que les plantes tige gante de la F2 taient de deux sortes puisque un tiers d'entre elles (environ 260 sur les 787) ne produisirent que des plantes tige gante, alors que les deux autres tiers (environ 520 sur les 787) produisirent environ 3 plantes tige gante pour 1 plante tige naine. Les plantes tige naine de la F2 taient au contraire d'une seule sorte puisque toutes ne donnrent en F3 que des plantes tige naine.

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P1
X tige gante tige naine

F1

100 % tige gante

F2

787 tige gante

(rapport 2,84 : 1 ou 3 : 1)

277 tige naine

1/3

2/3

100 %

F3

100 % tige gante

3 tige gante pour 1 tige naine (rapport 3 : 1)

100 % tige naine

Figure 1. 1. Croisement monohybride entre deux varits de pois lune tige gante et lautre tige naine (expriences de Mendel).

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Les rsultats de la F3 montrent que le rapport 3:1 de la F2 n'tait pas vridique et qu'en ralit le rapport de la F2 est de 1:2:1. En effet, comme on peut le constater en examinant les rsultats de la F3 (figure 1.1), parmi les plantes tige gante de la F2, environ une sur trois (1/3) tait pure puisque toute sa progniture tait constitue par des plantes identiques elles mmes ( tige gante). Alors que deux sur trois (2/3) n'taient pas pures puisque leur progniture tait constitue par deux sortes de plantes, soit trois plantes tige gante pour une plante tige naine. le vritable rapport de la F2 tait donc:
1 plante pur tige gante: 2 plantes impures tige gante: 1 plante pure tige naine.

1.2. Interprtation de Mendel. Ltude des rsultats de ces diffrents croisements permis Mendel de formuler les interprtations suivantes: Etant donner que les gamtes sont le seul lien entre les gnrations, linformation hrditaire est donc vhicule par eux. Mendel suppost que chaque caractre est contrl par un facteur hrditaire de nature inconnue. Les plantes de la F1 doivent possder, la fois, le facteur dterminant le caractre tige gante (not T) et le facteur dterminant le caractre tige naine (not t), puisquelles donnent par autofcondation (en F2) des plantes tige gante et des plantes tige naine. Elles sont donc de formule Tt. Les plantes de la P1 tige gante possdent donc la formule TT, puisquelles donnent par autofcondation que des descendants tige gante. Les plantes de la P1 tige naine possdent donc la formule tt, puisquelles donnent par autofcondation que des descendants tige naine. Lautofcondation des plants de la F2 donne trois type de descendance en F3: - une descendance compose dindividus tous tige naine et qui est donc issue de plantes tige naine de F2 qui doivent avoir la formule tt (elles reprsentent le 1/4 de la F2). - une descendance compose dindividus tous tige gante et qui est donc issue de plantes tige gante de F2 qui doivent avoir la formule TT (elles reprsentent le 1/4 de la F2). - une descendance compose dindividus tige naine et dindividus tige gante et qui est donc issue de plantes tige gante de F2 qui doivent avoir la formule Tt (elles reprsentent le 1/2 de la F2). Donc la descendance F2 est en faite constitue par:
1 plante pure tige gante (TT) : 2 plantes impures tige gante (Tt) : 1 plante pure tige naine (tt).

1/4 TT: 1/2 Tt: 1/4 tt.

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Le rapport 1TT: 2Tt: 1tt de la F2 rsulte sans doute des combinaisons des facteurs transmis par les gamtes. Il ne peut tre ralis que de la faon suivante: gamtes femelles gamtes mles T + t

T + t __________ = TT + Tt Tt + tt ___________________ = 1TT + 2Tt + 1tt

Etant donner que les plantes qui ont produit ces gamtes avaient pour formule Tt, on conclu que les deux units qui constituent une paire de facteurs se sparent au moment de la formation des gamtes afin que ces derniers ne contiennent que l'une ou l'autre de ces units et qu la fcondation la rencontre des gamtes mles et femelles se fait au hasard (un gamte mle T a autant de chance de rencontrer un gamte femelle T quun gamte t; un gamte mle t a autant de chance de rencontrer un gamte femelle T quun gamte t et inversement). 1.3. Interprtation bas sur les donnes de la cytogntique. Quand Mendel avait fait ces expriences, il n'avait pas sa disposition les donnes de la cytogntique que nous possdons maintenant. Cependant l'analyse et les conclusions auxquelles il est arriv se sont rvles trs justes. On sait maintenant que le support de linformation gntique sont les acides nucliques, le plus souvent cest l'acide dsoxyribonuclique (ADN) et quelques fois lacide ribonuclique (ARN), que l'unit fonctionnelle de l'hrdit est le gne et que les gnes sont disposs de faon linaire tout au long des chromosomes. Chez les organismes diplodes, tous les chromosomes sont en double exemplaire, ce qui fait que tous les gnes sont en double exemplaire. Les deux copies d'un gne donn ne sont pas sur un mme chromosome, mais une des deux copies se trouve sur un chromosome et l'autre sur le chromosome homologue. Chez le pois (utilis par Mendel) on trouve 7 paires de chromosomes donc on a 14 chromosomes au total. On utilisera toutes ces donnes en plus de ce que nous savons sur la mitose et la miose pour expliquer les rsultats obtenues par Mendel dans ces expriences (cites plus haut). Le gne dterminant la longueur de la tige chez le pois se trouve sous deux formes la forme T dterminant la tige gante et la forme t dterminant la tige naine (chacune de ces deux formes est un allle: on a l'allle T et l'allle t). Le gne dterminant la longueur de la tige se trouve sur une des sept paires de chromosomes en un endroit donn ( appel locus). La composition des plantes de la gnration parentale P1 est indique dans la figure 1. 2.

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plante tige gante T P1 T X

plante tige naine t t

Figure 1. 2. La composition hrditaire, en termes cytogntique, des plantes utilises par Mendel dans son croisement: tige gante x tige naine . Chacune des plantes de la gnration parentale produira des gamtes. Ces gamtes sont produits par miose. Au cours de la miose le nombre de chromosomes est divis par deux et les allles vont tre spars (voir figure 1.3). duplication des chromosomes Division I t t t cellule mre de grains de pollen t t t t t t t t t t Division II Gamtes t

Figure 1. 3. Illustration des consquences de la miose chez l'organe mle de la plante tige naine tt. Au moment de la fcondation, les gamtes femelles T fconds par les gamtes mles t produiront des individus F1 ayant pour composition hrditaire Tt (figure 1.4). Ces individus de la F1 composition Tt, seront des plantes tige gante: lorsque T est associ t, le seul caractre qui se manifeste est celui dterminant la tige gante. Au moment de la gamtogense chez les plantes de la F1, il y aura production de deux types de gamtes proportions gales, c'est dire 50 % de gamtes T et 50 % de gamtes t. La figure 1.5 illustre ce qui se passera au cours de la microsporogense. La macrosporogense (processus de formation des gamtes femelles) aura des consquences identiques: les macrospores fonctionnelles contiendront T dans 50% des cas et t dans 50% des cas.

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Parent femelle tige gante T P1 T Miose Gamtes T

Parent mle tige naine t t

Fcondation T F1 t Descendance tige gante (allle T est dominant) Figure 1. 4. Interprtation cytogntique du croisement: tige gante X tige naine .

duplication des chromosomes

Division I
t t t

Division II

Gamtes
t 50 % t

t T t T

T T T 50 % T T

Figure 1. 5. Schma illustrant les consquences de la miose chez les plantes (Tt) de la F1. La fcondation se fait au hasard chez la trs grande majorit des tres reproduction sexue. Ceci signifie, de point de vue gntique, que la composition gntique des gamtes d'un sexe n'influence pas le choix des gamtes de l'autre sexe. Dans le cas prsent, un gamte mle (T) a autant de chances de fconder un gamte

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femelle (t) qu'un gamte femelle (T), et les proportions relatives entre les zygotes qui seront produits dpendront seulement des proportions existantes entre les diffrents types de gamtes mles et femelles. Donc puisqu'il y a 1/2 (T) et 1/2 (t) tant du ct femelle que du ct mle, les proportions relatives obtenues seront, en moyenne de : 1/2 T + 1/2 t x 1/2 T + 1/2 t _______________________ = 1/4 TT + 1/4 Tt + 1/4 Tt + 1/4 tt ____________________________________ = 1/4 TT + 1/2 Tt + 1/4 tt On peut arriver dterminer les proportions des diffrents zygotes de la F2 en utilisant la technique de l'chiquier de Punnett (voir figure 1.6) T 1/2 T T 1/2 t 1/2 1/4 [tige gante] t 1/4 [tige naine] t 1/4 [tige gante] T T 1/4 t [tige gante] t 1/2 T t

Figure 1. 6. Echiquier de Punnett, permettant de dterminer la descendance obtenue par autofcondation partir des plantes (Tt) de la F1. Cette descendance constitue la F2. 1. 4. La loi de la sgrgation. La loi de la sgrgation dcouverte par Mendel en analysant les rsultats de sept croisements monohybrides (tableau 1.1) peut tre formule comme suit : les deux units qui forment une paire de facteurs l'tat homozygote (TT ou tt) ou htrozygote (Tt) segrgent (ou se sparent) lors de la formation des gamtes, de sorte que tout gamte (mle ou femelle) ne contient qu'une seule des deux units qui forment une paire de facteurs.

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2. Deuximes loi de Mendel (la loi de la disjonction indpendante des diffrentes paires de facteurs).

2.1. Croisement dihybride. Dans les expriences dcrites jusqu'ici, on s'est occup de croisements faisant intervenir deux lignes pures qui diffrent entre elles par un seul caractre (croisement monohybride ou monohybridisme). On se demande maintenant ce qui se passe dans le cas de dihybridisme, (croisement entre deux lignes pures qui diffrent entre elles par deux caractres).

Mendel fit un croisement entre deux lignes de petits pois, l'une graines rondes et vertes et l'autre graines rides et jaunes. Chacune des deux lignes aprs autofcondation donnes 100 % de graines de mme phnotype que la gnration parentale, ceci signifie que ces deux lignes sont pures. Lorsque Mendel croisa des plantes de ces deux lignes entre elles il obtint une F1 a graines rondes et jaunes. Les rsultats de la F2 sont rassembls dans la figure 1.7. Mendel fit des expriences semblables avec d'autres paires de caractres dans de nombreux croisements dihybrides, dans chaque cas, il obtint le rapport 9/3/3/1. Il avait l un nouveau phnomne expliquer.

A l'analyse de ces croisement Mendel constata que le rapport obtenu pour chaque paire de gnes dans les croisement dihybride tait le mme que dans un croisement monohybride. Si on ne considre que les phnotypes ronds et rids et on fait le total de toutes les graines appartenant ces deux classes (voir figure 1.7). Les totaux sont 315 + 108 = 423 graines rondes et 101 + 32 = 133 graines rides. Ds lors le rapport de monohybridisme 3/1 se maintient (315+108/101+32 = 3/1). Pareillement le rapport graines jaunes/graines vertes est: 315 + 101/108 + 32 = 416/140 = 3/1. Mendel dduit de ce qui prcde que les deux systmes hrditaires taient indpendants l'un de l'autre. Mathmaticien quil tait, Mendel sest vite rendu compte que le rapport 9/3/3/1 n'tait rien d'autre que la combinaison alatoire de deux rapports 3/1 indpendants.

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P1

Rondes et vertes

Jaunes et rides

F1 F2

100 % Rondes et jaunes F1 X F1

Classes phnotypiques

Nombre dindividu 315

Rapport obtenu

Rapport thorique 9 (9/16)

rondes jaunes

9,84

rondes vertes

108

3,38

3 (3/16)

rides jaunes

101

3,17

3 (3/16)

rides vertes

32

1 (1/16)

Figure 1. 7. Rsultats du croisement dihybride fait par Mendel. Pour comprendre la suite de cette interprtation il est ncessaire de prsenter quelques rgles lmentaires du calcul des probabilits qu'on utilisera souvent:

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* Quelques rgles du calcul des probabilits. 1) Dfinition de la probabilit: Probabilit = Le nombre de cas favorables l'arriv d'un vnement Le nombre d'occasions qu'il a de se produire (ou le nombre d'essais) Par exemple, la probabilit d'obtenir pile en lanant une pice de monnaie d'un seul essai est : p(pour pile) = 1/2 car la pice de monnaie deux cots. Si chaque face a une chance gale de "sortir", le rsultat moyen devrait tre pile pour chaque srie de deux lances. 2) Rgle du produit. La probabilit que deux vnements indpendants se produisent simultanment est le produit de leur probabilit respective. Par exemple, si on prend deux pices de monnaie une de 5 DH et une autre de 1 DH, qui constituent des objets indpendants. On a: p(pour avoir le cot face de la pice 5 DH et le cot pile de la pice 1 DH) = 1/2 X 1/2 = 1/4. 3) Rgle de la somme . La probabilit que se produise l'un ou l'autre de deux vnements qui sexcluent mutuellement est la somme de leur probabilit individuelle. Par exemple avec les deux pices de monnaie: p (pour avoir face pour les 2 pices ou pile pour les 2 pices) = 1/4 + 1/4 = 1/2. Dans le cas du pois, on peut prvoir la composition de la F2 d'un croisement dihybride si le mcanisme qui rpartit R et r parmi les gamtes est indpendant de celui qui rpartit J et j. La frquence des types de gamtes peut se calculer en dterminant leurs probabilits respectives partir des rgles qu'on vient d'noncer. Donc si on prend un gamte au hasard, la probabilit de saisir un gamte d'un certain type est la mme que la frquence de ce type de gamte dans la population. D'aprs la premire loi de Mendel on sait que : frquence des gamtes J = frquence des gamtes j = 1/2 frquence des gamtes R = frquence des gamtes r = 1/2 Pour une plante Rr Jj la probabilit qu'une gamte soit R et J est crite p (RJ).Pareillement, p(Rj) signifie la probabilit qu'un gamte soit R et j. puisqu'il a t montr que les paires de R/r et J/j agissent indpendamment l'une de l'autre on peut appliquer la rgle du produit pour calculer que: p(RJ) = 1/2 x 1/2 = 1/4 p(Rj) = 1/2 x 1/2 = 1/4 p(rj) = 1/2 x 1/2 = 1/4 p(rJ) = 1/2 x 1/2 = 1/4

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On peut maintenant reprsenter la gnration F2 par lchiquier de Punnett" (figure 1-8). La probabilit de 1/16 indique dans chaque case de la grille se dduit d'une application de la rgle du produit. La composition du zygote drive de deux entits indpendantes le gamte mle et le gamte femelle. Par exemple, la probabilit (ou frquence) des zygotes RRJJ (combinant un gamte mle RJ avec un gamte femelle RJ) sera 1/4 x 1/4 = 1/16. Si on regroupe tous les types offrant le mme phnotype, on abouti au rapport 9: 3: 3:1 ronds et jaunes 9/16 ou 9 ronds et verts 3/16 ou 3 rids et jaunes 3/16 ou 3 rids et verts 1/16 ou 1

1/4 1/4 R J

R J

1/4

R j

1/4 R/r J/J 1/16

rJ

1/4 R/r J/j 1/16

r j

R/R J/J 1/16 [rondes jaunes ] R/R J/j

R/R J/j 1/16 [rondes jaunes ] R/R j/j 1/16 [rondes vertes ] R/r J/j 1/16 [rondes jaunes ] R/r j/j 1/16 [rondes vertes ]

[rondes jaunes ] R/r J/j 1/16 [rondes jaunes ] r/r J/J 1/16 [rides jaunes ] r/r J/j 1/16 [rides jaunes ]

[rondes jaunes ] R/r j/j 1/16 [rondes vertes ] r/r J/j 1/16 [rides jaunes ] r/r j/j 1/16 [rides vertes ]

1/4

R j 1/16 [rondes jaunes ] R/r J/J

1/4

r J 1/16 [rondes jaunes ] R/r J/j

1/4

r j 1/16 [rondes jaunes ]

Figure 1. 8 Echiquier de Punnett relatif linterprtation des rsultats du croisement dihybride.

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Voyant maintenant comment on interprte cette indpendance des deux paires d'allles (rond ou rid et jaune ou vert) la lumire des donnes de la cytogntique. Pour que le parent Rr Jj issu de la F1 du croisement entre les deux parents RRjj et JJrr (Figure1.9) produit les quatre types de gamtes (Rj),(RJ), (rJ) et (rj) avec des proportions gales (1/4) il faut que chacune des deux paire dallles soit port par un chromosome diffrent (figure1.9). Mtaphase I Mtaphase II Gamtes (grains de pollen) J J J J J j j R R r j r j j Orientation I 50 % J J J J J j j r r R R j j Orientation II 50 % Figure 1. 9. Production des quatre types de gamtes (R J; R j; r J; r j) avec des proportions gales chez le double htrozygote quand les deux gnes sont situs sur des chromosomes diffrents. R 25 % R j R j R r 25 % r J r r r 25 % r j r r R 25 % R J R R

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Le parent double htrozygote Rr Jj possde pour chacun des deux locus, les deux formes allliques: - locus dterminant la forme des pois: lallle R donnant la forme ronde des pois est dominant et l'allle r donnant la forme ride est rcessif. - locus dterminant la couleur des graines: lallle J donnant la couleur jaune des pois est dominant et l'allle j donnant la couleur vertes des pois est rcessif. Pour chaque locus les deux formes allliques sont chacune sur l'un des deux chromosomes homologues. * Avant que la cellule entame la miose, chaque chromosome est ddoubl et donc chacun des allles est prsent en deux copies. Chacune des deux copies d'un mme allle est sur l'une des deux chromatides soeurs (figure 1.9). * A la premire division miotique (figure 1.9) (division rductionnelle), les chromosomes homologues qui taient attachs entre eux au niveaux des chiasma vont se sparer et chacun des deux chromosomes homologues va migrer vers un ple de la cellule. A ce niveau de la miose on aura donc la sparation des allles pour chaque locus. Si on regarde la sgrgation des allles au niveau des deux locus, on constate qu'on peut avoir deux types d'orientation des chromosomes, chacune aboutissant la formation de deux types d'association des allles: RRJJ et rrjj pour l'orientation de type I; RRjj et rrJJ pour l'orientation de type II. Ces deux types d'orientation sont quiprobables puisqu'elles s'obtiennent au hasard (50% des cas on a l'orientation I et 50 % des cas on a lorientation II). * A la 2me division miotique (division quationnelle) les chromatides soeurs dun mme chromosome vont se sparer (chaque chromatide migre vers un ple de la cellule) et on obtient finalement les gamtes qui ne contiennent qu'une seule copie de chaque allle. Pour l'orientation de type I on obtient deux types des gamtes RJ et rj et pour l'orientation de type II on obtient aussi deux types de gamtes : Rj et rJ. * En rcapitulant on peut constater que la miose chez le parent double htrozygote RrJj abouti la formation de 4 types de gamtes avec des proportions gales quand chacun des deux locus est sur un chromosome diffrent. 2. 3. La loi de la disjonction indpendante des diffrentes paires de facteurs. Pour que les individus R/r J/j de la F1 puissent produire ces quatre types de gamtes (RJ, Rj, rJ, rj), en nombres gaux, il faut que les deux paires de facteurs (c'est dire la paire Rr d'une part et la paire Jj d'autre part) aient t indpendantes l'une de l'autre au moment de leur sgrgation ou disjonction. C'est la conclusion laquelle est arriv Mendel en tudiant les rsultats du croisement dihybride dcrit dans le paragraphe ci dessus.

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3. Croisements polyhybrides et croisements test (tests cross). 3.1 Determination des gamtes qui drivent dun gnotype. La nature et le nombre de gamtes que peut produire un individu dpend de sa formule gnotypique .Chez les individus diplodes on a pour chaque gne 2 copies. Si les deux copies sont de la mme forme alllique lindividu est dit homozygote. Exemple : le gne contrlant la couleur des graines chez le pois: un individu qui a pour formule gnotypique JJ est dit homozygote dominant ; un individu qui a pour formule gnotypique jj est dit homozygotes rcessif. Si les deux copie sont de formes allliques diffrentes lindividu est dit htrozygote (Jj). Si on s'interesse maintenant deux gnes la fois (exemple: le gne de pois dterminant la couleur de la graine et le gne dterminant la forme des graines). Un individu peut tre homozygote pour les deux gne (formule JJ RR ou jj rr). il peut tre homozygote pour un gne et htrozygote pour l'autre, dans ce cas l'individu est dit monohybride (exemples : JJ Rr ou Jj rr ou jj Rr ou Jj RR). Il peut tre htrozygote au niveau des deux gnes dans ce cas l'individu est dit dihybride (exemple: Jj Rr). Selon qu'un individu soit homozygote, monohybride ou dihybride les types de gamtes produites changent. A/ Ainsi un individu homozygote pour tous les gnes considrs produit toujours un seul type de gamtes puisque les chromosomes homologues qui se sparent durant la miose portent des allles identiques. Exemple : dans le premier exemple on s'interesse un seul locus (R) et dans le deuxime on s'interesse 2 loci (R et J) mais dans les deux cas lindividu est totalement homozygote. 1) 2) RR rr JJ 1R. 1rJ.

B) Un individu monohybride produit deux types de gamtes car une seule de ses paires de facteurs est cause de sgrgation gntique. 1) 2) Rr RR Jj 1R: 1r. 1RJ: 1Rj

C) Un individu dihybride produit quatre types de gamtes par ce que deux de ses paires de facteurs sont cause de sgrgation gntique. Rr Jj 1Rj: 1RJ: 1rJ: 1rj.

Donc plus le degr d'hybridation d'un individu augmente plus le nombre de types de gamtes augmente. Ainsi pour un individu trihybride le nombre de types de gamtes

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produites est de huit. Donc le nombre de gamtes augmente de faon exponentielle et ce nombre devient rapidement important et difficile trouver. Pour faciliter cette opration on utilise la mthode dichotomique (pour les individus qui ont un degr d'hybridit suprieur 2). Cette mthode consiste en la sparation dichotomique pour toutes les paires de facteurs htrozygotes (puisqu'on a chez les diplodes deux types d'allles) et les paires homozygotes s'il y en a ne dtermine pas de dichotomie (puisqu'on a un seul type d'allle). Lexemples suivants illustre cette mthode: un individu trihybride de gnotype AaBbCc produit les types de gamtes suivants: c B A b B a b c abc 3.2. Determination des diffrentes classes de la progniture dun croisement. Au moment de la fcondation les gamtes, mles et femelles, se combinent au hasard pour donner des zygotes prsentant toutes les combinaisons possibles des diffrents allles mis en jeux lors d'un croisement. Pour dterminer toutes les combinaisons possibles ainsi que la frquence de ces combinaisons, il faut tout d'abord dterminer les diffrents types de gamtes et leur frquence pour chacun des deux parents (parent mle et parent femelle). Ensuite on applique les lois de calcule des probabilits pour dterminer la frquence des diffrentes combinaisons. Pour faciliter ce travail, on utilise la mthode de l'chiquier de Punnett (voir plus haut). La construction de lchiquier consiste placer les diffrents types de gamtes du 1 parent en colonnes et du 2me parent en lignes ainsi on obtient un chiquier dont le nombre de cases est fonction du nombres de type de gamtes produites par les deux parents (nombre de cases = nombre de diffrents types de gamtes produits par le 1er parent multipli par le nombre de diffrents types de gamtes produits par le 2me parent). Chaque case de l'chiquier consiste en une possibilit de rencontre. La formule gnotypique de chacune des possibilits de rencontre est obtenue par la combinaison des formules gnotypiques des gamtes en ligne et colonne donnant cette case. La frquence de cette combinaison est obtenue en multipliant les frquence des deux types de gamtes mles et femelles. La figure 1. 8 illustre cette mthode de l'chiquier.
er

ABc ABC AbC Abc aBC aBc abC

C C c C c C

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3. 3. Croisement test (test cross). Le test cross (ou croisement test) est un type de croisement trs employ en analyse gntique. Le croisement consiste croiser un individu de gnotype inconnu avec un individu homozygote rcessif (testeur). Pourquoi le deuxime parent (testeur) doit tre homozygote rcessif? Dans un croisement on connat les phnotypes des deux parents et l'observation de la descendance permet de dterminer son phnotype. Mais les gnotypes ne sont pas connus avec certitude. Par suite de lexistence de la dominance un individu de phnotype dominant est soit homozygote dominant soit htrozygote. Mais un individu de phnotype rcessif ne peut tre que homozygote rcessif et produit un seul type de gamte . Quand on croise un individu de gnotype inconnu avec le double rcessif, le gnotype de ce dernier est connu ainsi que le type de gamte qu'il produit, la seule inconnue est le gnotype du 1er parent. En analysant la descendance du croisement test on peut alors dduire le gnotype du 1er parent d'aprs les diffrentes classes phnotypiques de la descendance puisque les allles du parent testeur sont silencieux (ne s'expriment pas au niveau du phnotype). Pour illustrer cette proprit du test cross, prenant comme exemple le croisement dihybride fait par Mendel cit plus haut. On a vu qu' la F2 on trouve 4 classes phnotypiques et 9 formules gnotypiques, donc il y a plusieurs formules gnotypiques qui donnent une seule classe phnotypique. Prenant comme exemple la classe phnotypique correspondant aux graines rondes et jaunes, cette classe peut avoir une des quatre formules gnotypiques suivantes: R/R J/J, R/r J/J, R/R J/j ou R/r J/j. Si on prend un parent de phnotype graines rondes et jaunes, pour dterminer sa formule gnotypique on le croise avec le double rcessif (graines rides et vertes).On fait donc un croisement test. La descendance d'un tel croisement peut tre l'une des quatre possibilits suivantes (correspondant au quatre gnotypes possibles): 1) 100% graines rondes et jaunes. 2) 50% graines rondes jaunes et 50% graines rides jaunes. 3) 50% graines rondes jaunes et 50% graines rondes vertes. 4) 25% graines rondes jaunes, 25% graines rides jaunes, 25% graines rondes vertes et 25% graines rides vertes. Dans le cas 1 on a comme descendance du test cross une seule classe phnotypique. Donc le parent de gnotype inconnu produit un seul type de gamte ce qui veut dire qu'il doit tre homozygote pour les deux loci. Donc le gnotype est R/R J/J. On laissera la dduction des gnotypes des autres cas au lecteur et pour l'aider dans cette tache on a prpar les chiqiers suivants :

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a/

R/.

J/.

r/r j/j

r R J

R J r j 100 % graines rondes et jaunes

Donc le gnotype du parent test est: R / R J / J.

b/

R/.

J/.

r/r j/j

r R J

R J r j 50 % graines rondes et jaunes r J r j 50 % graines rides et jaunes

Donc le gnotype du parent test est: R / r J / J.

c/

R/.

J/.

r/r j/j

r . .

. . r j 50 % graines rondes et jaunes . . r j 50 % graines rondes et vertes

Le gnotype du parent test est: . / R . / J.

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d/

R/.

J/.

r/r j/j

. . . .

. . . .

j . . r j 25 % graines rondes et vertes . . r j 25 % graines rondes et jaunes . . r j 25 % graines rides et vertes . . r j 25 % graines rides et jaunes

Le gnotype du parent test est: . / R . / J.

Figure 1 . 10 . Analyse complter des progniture obtenue dans les quatre cas de test cross fait pour dterminer le gnotype des graines rondes et vertes. Dans tous les cas le parent double rcessif ne produit qu'un seule type de gamtes : des gamtes rj. Donc si dans la descendance on obtient un phnotype rcessif c'est que le parent de gnotype inconnu a donn des gamtes portant l'allle rcessif et si on obtient dans la descendance un phnotype dominant c'est que le parent de gnotype inconnu donn des gamtes portant l'allle dominant, on fait cette analyse pour chaque locus sparment et ainsi on dduit la formule alllique du parent tester et donc son gnotype.

4. Liaison et recombinaison. Chez la majorit des espces animales et vgtales le nombre de chromosome est infrieur 100 paires. Alors que les gnes que possdent les mtazoaires est sans doute de l'ordre de plusieurs milliers. Ceci implique qu'on a plusieurs lieux hrditaires (locus ou loci) sur un mme chromosome. Chez Drosophila melanogaster par exemple on a 4 paires de chromosome et on estime le nombre de gnes qu'elle possde plusieurs milliers ( de 10000 50000 selon les estimations) donc en moyenne un chromosome de Drosophila doit avoir entre 2 500 12 500 loci. Dans les paragraphes prcdents on a vu que deux gnes qui sont situs sur deux chromosomes diffrents segrgent de faon indpendante. Dans le prsent paragraphe on va voir comment segrgent des gnes qui sont situs sur un mme chromosome.

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4.1. Liaison complte et incomplte. Le mot liaison (linkage) est employ pour dsigner le phnomne dtermin par la localisation de plusieurs gnes sur le mme chromosome, de tels gne sont donc lis (ne sont pas indpendants) et vont segrger d'une faon diffrente des gnes indpendants. Cependant cette liaison n'est pas qualitative (il y a liaison ou indpendance) mais les proprits des tre vivant font que la liaison est un phnomne quantitatif : la liaison peut tre plus ou moins forte, complte ou incomplte. L'tude du linkage est le plus souvent faite grce aux tests cross. En rsumant, les gnes peuvent segrger de faon indpendante ou de faon lies. Dans ce dernier cas la liaison peut tre complte ( linkage complet) ou incomplte (linkage incomplet). Prenant un exemple thorique de deux gnes A et B et voyant comment ils se comportent dans les trois cas (indpendance, linkage incomplet et linkage complet). Examinant les rsultats du test cross entre le parent double htrozygote et le parent homozygote rcessif . Pour le 1er locus, A est lallle dominant, a est lallle rcessif ; pour le second locus, B est lallle dominant, b est l'allle rcessif.
test cross 1 gnes indpendants P 1: [A B] X A B a b a a [a b] b b F1: phnotype -[A B] -[A b] -[a B] -[a b] F1: phnotype -[A B] -[A b] -[a B] -[a b] F1: phnotype -[A B] -[a b] % 25 25 25 25 % 45 5 5 45 % 50 50 Rapport 1 1 1 1 Rapport 9 1 1 9 Rapport 1 1

test cross 2 liaison incomplte

P 1: [A B] X A B a b a a

[a b] b b

test cross 3 liaison complte

P 1: [A B] X A B a b a a

[a b] b b

Figure 1. 10. Rsultats des tests indpendante (test cross 1), deux cross 2) et deux gnes qui sont spares les allles est discontinue de liaison.

cross impliquant deux gnes qui segrgent de faons gnes qui sont lis mais la liaison est incomplte (test compltement lis (test cross 3). N. B: la barre qui dans le cas d'indpendance et est continue dans le cas

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* Interprtation des rsultats des tests cross. test cross 1: Quand on a deux gnes qui segrgent de faon indpendante on obtient 4 classes phnotypiques avec des proportions gales. puisque chez le parent double htrozygote au niveau de la miose (mtaphase I) les deux types d'orientations des chromosomes sont quiprobables. Ce qui implique qu'on obtient quatre types de gamtes avec des proportions gales (figure 1.11).

Mtaphase I

Mtaphase II A A A B B A

Gamtes B 25 % B

A A a a

B B b a b a a b b a 25 % b b

Orientation I 50 % A A A A A a a b b B a B a a Orientation II 50 % Figure 1. 11. Sgrgation indpendante de deux gnes indpendants lors de la miose (test cross 1). B 25 % B a B B b b A 25 % b b

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Pour le parent homozygote rcessif on obtient un seul type de gamte (qui seront des gamtes ab). Si on construit l'chiquier (figure 1.12) on voit qu'on obtiendra les 4 classes phnotypiques avec des proportions gales ( 1/4 [AB], 1/4 [Ab], 1/4 [aB] et 1/4 [ab] )

1/4 A B 1 a b A B a b [A B] 1/4

1/4 a b 1/4 [a b] a b a b

1/4 A b 1/4 [A b] A b a b

1/4 1/4 [a B]

aB a B a b

Figure 1. 12. Echiquier du test cross 1. * Test cross 2 : On obtient 4 classes phnotypiques qui sont les mmes que dans le cas du test cross 1, mais cette fois les 4 classes ne sont pas galement reprsentes. On a deux classes qui sont majoritaires [AB] et [ab] avec 45 % chacune et deux classes qui sont en proportion moindre [Ab] et [aB] avec 5% chacune. Cette ingalit des proportions des 4 classes phnotypiques reflte en ralit une ingalit des proportions des gamtes produits par le parent double htrozygote (AB/ab). On constate donc que les gamtes qui donnent les classes phnotypiques les plus frquentes ont les associations allliques AB ou ab . Donc on a tendance ce que les allles A et B d'une part et a et b d'autre part, segrgent le plus souvent ensemble . Mais il arrivent que ces deux associations allliques changent et dans ce cas on obtient des gamtes qui auront les deux autres associations Ab et aB qui donneront les classes phnotypiques moins frquentes [Ab] et [aB]. Donc on a une liaison entre les allles A et B d'une part et a et b d'autre part. Ceci est d d'une part au fait que chez le parent double htrozygote les allles A et B se trouvent sur un mme chromosome (on a donc une liaison physique entre les deux allles : ils font partie d'une mme macromolcule qui est l'acide dsoxyribonuclique (ADN) qui constitue l'ossature d'un chromosome) et dautre part les allles a et b se trouvent sur un autre chromosome : le chromosome homologue au chromosome portant les allles A et B ( figure 1.13). Cependant il arrive que ces deux associations allliques soient rompues (on a plus A et B qui segrgent ensemble de mme pour a et b ). Cela suppose que le lien physique qui maintient les associations allliques soit rompu; donc cela implique qu'il y a eu cassure du chromosome au niveau de la rgion qui spare les deux locus des deux gnes. Une fois les cassures se sont faites au niveau des deux chromosomes homologues (figure 1.13) il se produit un change des segments entre les deux chromosomes ce qui abouti aux deux nouvelles associations (A avec b d'une part et

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a avec B d'autre part). Ce phnomne de cassure et dchange de segments chromosomiques entre deux chromosomes homologues est ce qu'on appelle Crossingover (enjambement). Ce phnomne se produit la prophase I de la miose (stade diplotne) et abouti la formation d'une structure dite chiasma qui est bien visible en mtaphase I (voir paragraphe : mitose et miose). Les associations allliques (AB d'une part et ab d'autres part) sont dites association parentales elle aboutissent la formation de gamtes parentales qui donneront les classes phnotypiques parentales [AB] et [ab]. Les classes phnotypiques parentales sont les plus frquentes, puisque le plus souvent on a production de gamtes parentals car le plus souvent on a des mioses sans crossing-over dans la rgion qui spare les deux gnes (le crossing-over tant un vnement rare). Quand on a des mioses o il se passe un crossing-over dans la rgion qui spare les deux gnes on a plus les associations allliques parentales, mais de nouvelles associations dites recombines (Ab et aB) qui aboutissent la formation de gamtes reconbins qui donneront les classes phnotypiques recombines [Ab] et [aB]. N.B : La frquence des classes phnotypiques recombines est gnralement plus petite que celle des classes phnotypiques parentales. La frquence des classes recombines dpend de la frquence des crossing-over et cette dernire dpend de la distance qui spare les deux loci. Plus la distance sparant les deux loci est grande plus la frquence des crossing-over est grande et donc plus la frquence des classes recombines est grande et vis vers ca. Cette relation entre la distance physique qui spare deux loci et la frquence des classes recombines a donn l'ide Morgan d'utiliser la frquence des classes recombines (frquence de recombinaison) pour donner une estimation gntique de la distance physique qui spare deux gnes. distance sparant deux locus (gnes) = % de recombinaison. = effectif des classes recombines X 100 effectif totale des descendants Ainsi dans notre exemple distance entre les deux loci A et B = 10 % = 10 cM Le cM (centiMorgan) est l'unit de cette distance. Il faut noter ici que cette distance est seulement une estimation gntique de la distance physique relle. Etant
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donn que c'est une estimation on peut ne pas trouver la mme distance quand on fait deux fois le mme croisement. Pour que cette estimation soit la plus prcise possible il faut que la taille de l'chantillon soit suffisante (ici l'chantillon c'est la descendance, donc il faut que le nombre des descendants soit le plus grand possible).

Mtaphase I
40 %

Mtaphase II
20 % A A B B 20 %

Gamtes
A B

A A a a

B B b 20 % b 40 % a b 20 % a b a b a b

Diplotne 80 % des mioses

10 % A A A A a a B B b a b 10 % a b 5 % a b B 5 % a B B b 5 % A b 5 % A B

Diplotne 20 % des mioses Figure 1. 13. Sgrgation dpendante de deux gnes dpendants lors de la miose (test cross 2).

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N.B : * Quand on a un crossing-over dans la rgion qui spare les deux locus on a seulement deux des 4 chromatides (chacun des deux chromosomes homologues a deux chromatides ) qui y participent, les deux autres conservent les associations allliques parentales. Ce qui fait qu'une miose avec crossing-over produit la moiti des gamtes qui sont parentale et l'autre moiti sont des gamtes recombins. * Une miose avec un crossing-over qui se passe en dehors de la rgion du chromosome qui est entre les deux loci, ne produit comme la miose sans crossing-over, que des gamtes parentaux (figure 1.13).

9/20 A B 1 a b A B a b [A B] soit 45 % 9/20

9/20 a b a b a b [a b] soit 45 % 9/20

1/20 1/20

Ab

1/20 1/20

aB

A b a b [A b] soit 5 %

a B a b [a B] soit 5 %

Figure 1. 14. Echiquier du test cross 2

* Test cross 3 : La descendance se compose seulement de deux classes phnotypiques qui correspondent aux classes parentales, on a pas donc de production de classes phnotypiques recombines. Ceci est du au fait qu'il n y a jamais production de gamtes recombins donc il ne se produit jamais de crossing-over et les associations allliques parentales (AB et ab) ne sont jamais rompues.

1/2 A B 1 a b A B a b [A B] soit 50 % 1/2

1/2 a b a b a b [a b]soit 50 % 1/2

Figure 1. 15. Echiquier du test cross 3

N.B : Si le pourcentage de recombinaison sapproche des 50 % on ne peut pas dire si les gnes sont physiquement lis ou non. En effet des gnes qui sont physiquement lis mais trs loigns peuvent se comporter comme des gnes indpendants puisqu'on aura autant de parentaux que de recombins.

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4.2. L'ordre linaire des gnes lis et la dtermination des distances qui sparent ces gnes. Prenant maintenant deux exemples de tests cross (ici il s'agit de test bilocaux) fait chez Drosophila. La figure 1.16 illustre les rsultats de ces deux tests cross.
test cross 1 P 1: [+ +] X + + vg cn [vg cn] vg cn vg cn F1: phnotype - [+ +] ailes longes yeux rouges - [+ cn] ailes longes yeux cinabres - [vg +] ailes vestigiales yeux rouges - [vg cn] ailes vestigiales yeux cinabres F 1: phnotype - [+ +] ailes longes corps gris - [+ b] ailes longes corps noir - [vg +] ailes vestigiales corps gris - [vg b] ailes vestigiales corps noirs effectif 398 41 48 416 903 effectif 307 69 65 298 739

test cross 2 P 1: [+ +] X + + vg b

[vg b] vg b vg b

Figure 1. 16. Tests bilocaux. cn : cinnabar, b: black. N.B: On a vu prcdemment que les allles sont nots par des lettres majuscules pour les dominants et par lettres minuscules pour les allles rcessifs ; ici les drosophilistes ont un autre type de notation: les allles sauvages (souvent dominants) sont nots par le symbole + ou par une ou deux lettres drivant du non de la mutation avec le symbole + en exposant X + alors que les allles rcessifs (souvent les allles mutants ) sont nots simplement par une ou deux lettres minuscules sans exposant xy exemple : La mutation white donnant des yeux blancs est not + ou w+ pour l'allle dominant (allle sauvage) et w pour l'allle mutant (rcessif). Si on a une mutation dominante, la mutation barre par exemple donnant des yeux rduits l'allle sauvage est not + (allle rcessif) alors que l'allle mutant qui est dominant est not par une lettre majuscule B . Chacun des deux tests cross donne 4 classes phnotypiques mais qui sont avec des proportions ingales. Donc il s'agit dans les deux cas d'un linkage incomplet. Dans le croisement 1 on a les classe phnotypiques [+ +] et [vg cn] qui sont en proportions leves se sont les classes parentales alors que les classes [+ cn] et [vg +] correspondent aux classes de frquences basses. Ce sont les classes recombines. Pour le croisement 2 les classes parentales sont [+ +] et [vg b] et les classes recombines sont [+ b] et [vg +].
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Donc pour chacun de ces deux croisements on peut donner une estimation de la distance qui spare les deux locus en calculant le pourcentage de recombinant dans chaque croisement: croisement 1 distance entre vg et cn = 41 + 48 x 100 = 9,85 % soit 9,85 cM 903

croisement 2 distance entre vg et b = 69 + 65 x 100 = 18,13 % ou 18,13 cM 739 En analysant les rsultats de ces deux tests on voit que dans le test 1 vg et cn sont lis donc ils sont sur le mme chromosome. De mme on conclu pour vg et b quils sont sur le mme chromosome. Donc les trois gnes b, vg et cn sont sur le mme chromosome, on sait donc la distance entre vg et b et la distance entre cn et vg mais on ne peut pas dterminer l'ordre linaire de ces trois gnes a partir de ces deux tests bilocaux . Donc pour reprsenter ces trois gnes sur le chromosome on a deux possibilits: vg a) 9,85 b b) 18,13 4.3. Le crossing-over double. En utilisant des tests bilocaux on ne peut que calculer la distance entre deux locus, sans pouvoir ordonner les gnes sur le chromosome. Dans ce qui suit on verra que pour ordonner les gnes sur le chromosome il faut faire des tests trilocaux (Test cross faisant intervenir 3 gnes). Considrant maintenant un test cross (figure 1.17) faisant intervenir 3 gnes lis (se trouvant sur le chromosome X de Drosophila melanogaster) les trois gnes sont: cv : cross vein less; la mutation provoque labsence de la nervure verticale au niveau des ailes. ct : cut : la mutation au niveau de ce gne donne des ailes dcoupes.v : vermillon : la coloration sauvage de l'oeil est rouge et la mutation au niveau de ce gne provoque une coloration vermillon des yeux. - NB : Chez la drosophile la femelle a deux chromosomes X alors que le mle a un seul chromosome X et un chromosome Y (donc le mle ne peut avoir qu'un seul allle la fois pour les gnes ports par le chromosome X on dit qu'il est hmizygote). 9,85 18,13 vg cn cn b

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[+ + + ] + ct + cv + v

[cv et v] cv ct v Y

Descendance Classes phnotypiques 1. [+ ct +] 2. [cv + v] 3. [cv ct +] 4. [+ + v] 5. [+ ct v] 6. [cv + +] 7. [+ + +] 8. [cv ct v] Effectif 1145 1172 123 107 205 235 3 4 ______ 2994

Figure 1. 17. Test trilocal (test cross faisant intervenir 3 gnes). La descendance se compose de huit classes phnotypiques mais les proportions des diffrentes classes sont ingales (figure 1.17); donc les trois gnes sont lis (linkage incomplet). Dans la descendance on a 2 classes phnotypiques qui sont trs majoritaires (classes 1 et 2) se sont les classes parentales les six autres classes sont des classes recombines. Ceci est d donc au fait que le parent triple htrozygote produit 8 types de gamtes avec des proportions ingales. On a donc production de 2 types de gamtes majoritaires et 6 types de gamtes issus de mioses avec des vnements de crossing-over qui ont eu lieux dans le segment du chromosome occup par les trois loci (entre les loci cv et v). Voyant maintenant comment sont produits les huit types de gamtes (figure 1.18). N.B: Les intervalles entre les lieux adjacents sont dsigns rgions de crossing-over. Il est convenu de les numroter de gauche droite : Ainsi la rgion (R1) dans le croisement est entre le locus cv et le locus ct; la rgion (R2) est entre le locus ct et le locus v. Chez le parent triple htrozygote on peut avoir 4 types diffrents de miose : - une miose sans vnement de crossing-over dans le segment de chromosome entre cv et v aboutissant la production des gamtes qui ont conserv les associations allliques parentales se sont des gamtes parentales : gamte de type 1 et 2 (figure 1.18). - une miose avec un crossing-over dans la rgion 1 (entre cv et ct). On a production de gamtes recombins dans la rgion 1: gamtes de type 3 et 4.

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- Une miose avec un crossing-over dans la rgion 2 (entre ct et v). On a production de gamtes recombins dans la rgion 2 : gamtes de type 5 et 6. - Enfin une miose avec deux crossing-over, l'un dans la rgion 1 et l'autre dans la rgion 2 (on a donc un crossing-over double). Il y a donc production de gamtes doubles recombins : gamtes de type 7 et 8.

R1
+ + cv cv A ct ct + +

R2
+ + v v + + cv cv B ct ct + + + + v v + + cv cv C ct ct + + + + v v + + cv cv D ct ct + + + + v v

1) + 2) cv

ct +

+ v

3) cv 4) +

ct +

+ v

5) + 6) cv

ct +

v +

7) + 8) cv

+ ct

+ v

Figure 1. 18. Diffrentes types de miose chez le parent triple htrozygote aboutissant aux 8 types de gamtes. N.B: Au niveau des mioses avec crossing-over (cas B, C et D dans la figure 1.17), la moiti des gamtes produits sont recombins et l'autre moiti sont des gamtes parentaux. On a deux chromatides sur quatre qui n'ont pas particip au crossing-over et qui ont donc conserv l'association alllique parentale. Au niveau des proportions il parait donc logique que la plus grande frquence des gamtes soit celle des gamtes parentaux : puisque la plus part des mioses sont des mioses sans crossing-over (les crossing-over sont des vnements rares) et mme quand on a production des gamtes recombins il y a en mme temps production de gamtes parentaux. Pour les gamtes doubles recombins, il parait logique qu'ils soit les moins reprsentes de tout les gamtes puisqu'ils ncessitent que deux vnements rares se passent simultanment (crossing-over double).

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Les gamtes recombins dans la rgion 1 et dans la rgion 2 ont des frquences intermdiaires entre les gamtes parentaux et les gamtes doubles recombins puisqu'ils ncessitent un seule crossing-over. Mais les frquences relatives des recombins dans la rgion 1 et dans la rgion 2 dpendent des distances dans les rgions 1 et 2. Les frquences des diffrents types de gamtes produits par le parent triple htrozygote se rpercutent sur la frquence des diffrentes classes phnotypiques dans la descendance, puisque le parent hmizygote rcessif produit un seul type de gamte qui n'a que des allles rcessifs. Donc le phnotype et la frquence des descendants dpendent de la frquence et du gnotype des gamtes produits par le parent triple htrozygote (voir lchiquier du croisement).
4/2994 cv ct v 1145/2994 1172/2994 123/2994 107/2994 205/2994 235/294 3/2994 + ct + cv + v cv ct + + + v + ct v cv + + + + +

cv ct v 1/2 cv ct v cv ct v

+ ct + cv ct v

cv + v cv ct v [cv + v] cv + v Y [cv + v]

cv ct + + + v cv ct v cv ct v

+ ct v cv ct v

cv + + + + + cv ct v cv ct v

[cv ct v] [+ ct +] cv ct v Y + ct + Y

[cv ct +] [+ + v] [+ ct v] [cv + +] [+ + +] cv ct + + + v Y Y + ct v Y cv + + Y + + + Y

1/2

[cv ct v] [+ ct +]

[cv ct +] [+ + v] [+ ct v] [cv + +] [+ + +]

Figure 1. 19. Echiquier du croisement de la figure 1.18. On peut maintenant calculer les distances gntiques dans les rgions 1 et 2. * la distance dans la rgion1 (R1):
DR1 = d entre cv et ct = 123 +107 +3 +4 x 100 = 7,91 cM 2994

N. B: Pour calculer la distance dans la rgion 1 il faut comptabiliser les recombins dans la rgion 1 plus les doubles recombins puisque ces derniers sont aussi issus d'un vnement de recombinaison dans la rgion 1 (en plus, bien sr, de la recombinaison dans la rgion 2). La mme chose est vraie pour le calcule de la distance dans la rgion 2. *La distance dans la rgion 2 (R2):
dR2: d entre ct et v = 205 +235 + 4 + 3 x 100 = 14,93 cM 2994

Pour le calcul de la distance entre cv et v on peut soit utiliser la mthode indirecte qui consiste additionner les distances de la R1 et de la R2, soit comptabiliser tous les recombins (mthode directe).

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* Mthode indirecte : calcule de la distance entre cv et v. d entre cv et v = 7,91 + 14,93 * Mthode directe. d entre cv et v = 123 + 107 +205 + 235 + 2(3 + 4) x 100 = 22,84 cM 2994 4. 4. Cartographie gntique ou de linkage. Pour cartographier plusieurs gnes lis, comme on l'a dj dit il faut en plus de connatre les distances qui les sparent, dterminer l'ordre dans lequel ils sont distribus sur le chromosome. Pour cela on fait des test trilocaux (tests cross faisant intervenir 3 gnes). Pour dterminer l'ordre de 3 gnes, il suffit de dterminer qui des trois occupe l'emplacement mdian. L'analyse de la descendance d'un test cross faisant intervenir 3 gnes peut nous fournir cette information. La comparaison des formules allliques parentales et des formules allliques issues du crossing-over double (formule allliques des doubles recombins) nous renseigne sur le gne qui occupe la position mdiane. Pour comprendre prenant un exemple thorique d'un triple htrozygote et regardant les consquences du crossing-over double sur les formules allliques parentales (figure 1.20). ch1 a b c a + c ch1.dr = 22,84 cM

ch1

ch1.dr

Figure 1. 20 . Consquences du crossing-over double sur les formules allliques parentales. Avant le crossing-over double le parent triple htrozygote avait les formules allliques: abc sur la chromatide 1 (ch1) et la formule alllique (+++) sur la chromatide homologue 1' (ch1). Aprs le crossing-over double, la chromatide 1 double recombine (ch1.dr) a la formule (a + c) et la chromatide 1' double recombine (ch1.dr) a la formule (+ b +) . On voit que la diffrence entre la chromatide avant la recombinaison et aprs, consiste en l'change de la partie mdiane (le segment du chromosome qui est entre les deux crossing-over) entre les deux chromatides homologues. Donc se sont les allles du gne mdian qui ont t changs tandis que les allles des deux autres gnes ne l'ont pas t.

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Donc en comparant les formules allliques parentales et les formules alllique double recombinant deux deux, on dterminera lequel des trois gnes qui a vu ces allles changer et ainsi on aura dtermin le gne qui occupe l'emplacement mdian. Mais si on ne sait pas l'ordre exact des gnes dans un test trilocal comment dterminer parmi les 8 classes de la descendance lesquelles sont les parentaux et lesquelles sont les doubles recombines? Ce sont les frquences des diffrentes classes de la descendance qui peuvent nous renseigner. On a dj vue que dans un test cross faisant intervenir trois gnes lis on a les classes parentales qui ont les frquences les plus leves et les classes doubles recombines qui ont les frquences les plus basses. Pour illustrer cette mthode de dtermination de l'ordre de trois gnes prenant un exemple d'un test cross dont on ignore l'ordre des gnes : dans cette exemple (figure 1.20) les trois gnes ont t inscrits dans un ordre incorrect et essayant de trouver l'ordre exacte . Dans cet exemple on prend trois gnes situs sur le chromosome Xchez la drosophile . Le parent femelle est triple htrozygote et le parent mle est hmizygote rcessif.

[+ + + ] cv + + + ec ct

[cv ec ct] cv ec ct Y

Descendance Classes phnotypiques 1. [cv 2. [+ 3. [+ 4. [cv 5. [+ 6. [cv 7. [cv 8. [+ + +] ec ct] + ct] ec +] + +] ec ct] + ct] ec +] Effectif

4415 4248 535 544 11 7 450 434 10644 ec : echinus : mutation donnant des yeux trs grands et uniformment rugueux. Figure 1. 20. Test cross dont on ignore lordre exact des 3 gnes. Daprs les frquences des classes phnotypiques les formules allliques parentales sont [cv + +] et [+ ec ct] et les formules allliques doubles recombins sont [+ + +] et [cv ec ct].Comparant les combinaisons parentales et double recombins deux deux:

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combinaisons parentales P1 P2 cv + + ec + ct

combinaisons doubles recombines cv + ec + ct + (DR2) (DR1)

On voit donc que se sont les allle du gnes cv qui changent entre les combinaisons parentales et doubles recombines donc c'est le gne cv qui occupe la position mdiane. Donc l'ordre des gnes est ec cv ct. N.B: La comparaison des combinaisons parentales et doubles recombines deux deux se faisant au hasard, on peut soit comparer P1 DR1 et P2 DR2 et dans ce cas on a un seul gne qui change donc c'est la bonne comparaison. Mais ci on fait la comparaison P1 DR2 et P2 DR1 on trouvera qu'il y a deux gnes qui changent et dans ce cas ce n'est pas la bonne comparaison. Pour l'ordre des gnes on a pris l'ordre ec cv ct on peut tout aussi bien prendre l'ordre ct cv ec qui est aussi juste. Il nous reste maintenant identifier les combinaisons recombines dans la rgion 1 et dans la rgion 2. On a pris l'ordre ec cv ct donc les recombines dans la rgion 1 seront des recombines entre ec et cv; et les recombines dans la rgion 2 seront ceux entre cv et ct (figure 1.21). R1 + cv R2 + + ec R1 + cv + R2 + + cv ct ec + + ec + ct Figure 1. 20. Comment dterminer les recombins dans les rgions 1 et 2. Les donnes de ce test peuvent maintenant tre rcrites en tenant compte de l'ordre correct des trois gnes (figure 1.22). ct recombins dans la rgion 2 (R. R 2) + ct ec cv + recombins dans la rgion 1 (R. R 1)

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[+ + + ] + cv + ec + ct

[ec cv ct] ec cv ct Y

Descendance Classes phnotypiques 1. [+ cv +] 2. [ec + ct] 3. [+ + ct] 4. [ec cv +] 7. [+ cv ct] 8. [ec + +] 5. [+ + +] 6. [ec cv ct] Effectif 4415 Combinaisons parentales (P) 4248 535 Combinaisons recombinant dans la rgion 1 (R R1) 544 450 Combinaisons recombinant dans la rgion 1 (R R1) 434 11 Combinaisons doubles recombines ( D R) 7 ________ 10644 Figure 1. 22. Donnes du test cross en tenant compte de lordre exact des gnes. Maintenant il nous reste qu' calculer les distances gntique dans les rgions 1 et 2. * distance gntique dans la R1 : entre ec et cv: 535 + 544 + 11 + 7 x 100 = 10,3 cM 10644 * distance gntique dans la R2 : entre cv et ct 450 + 434 + 11 + 7 x 100 = 8,47 cM 10644

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Nous pouvons maintenant regrouper les rsultats des deux test trilocaux que nous avons vu jusqu' maintenant ( le 1er faisant intervenir les locus cv ct v et le 2me faisant intervenir les locus ec cv ct. Ces quartes gnes appartenant tous au chromosome X on peut faire la carte provisoire d'un segment du chromosome X. rsultats du 1er test : 7,91 cv ct 22,84 ceux du 2me test 10,30 ec cv 18,77 d'ou ec cv ct v 8,47 ct 14,93 v

10,30

8,47 7,91

14,93

Figure 1. 23. Carte gntique provisoire dun segment du chromosome X de Drosophila melanogaster, tablie daprs les donnes des deux tests cross quon a tudi. N.B: La distance gntique entre cv et ct a t mesur dans les deux test, dans le 1er on a 7,9 cM et dans le 2me 8,4 cM. On a donc des valeurs qui sont voisines mais pas exactement les mmes ce qui montre que la distance gntique n'est pas une mesure prcise mais une estimation base sur des donnes statistiques. C'est ainsi, en combinant les rsultats de plusieurs tests cross qu'on arrive des cartes gntiques des chromosomes. Chez la drosophile modle prfr des gnticiens on est arriv construire les cartes gntiques les plus denses.

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4.5. Interfrence chromosomique ou chiasmique. Pour illustrer le phnomne dinterfrence chromosomique prenant l'exemple du test trilocal suivant (figure 1.24) :

[+ + +] + ec + sc + cv

[sc ec cv] sc ec cv Y

Descendance
Classes phnotypiques Effectif Pourcentages des recombins dans les rgions 1 et 2

1 [+ ec +] 2 [sc + cv] 3 [+ + cv] 4 [sc ec +] 5 [+ ec cv] 6 [sc + +]

1419 1445 150 R R1: 7,5 % 112 185 R R2: 10,1 % 168 ___________ 3479

Figure 1. 24. Test cross illustrant le phnomne dinterfrence chromosomique. En regardant la descendance de ce croisement on remarque qu'on obtient que six des huit classes qu'on obtient habituellement. Ce sont les classes doubles recombines qui manquent. Pourtant on a des recombines dans la rgion 1 (7,5 %) et des recombines dans la rgion 2 (10,1 %). Normalement si les crossing-over dans les deux rgions sont indpendants, on devrait avoir des doubles recombines avec une frquence d'environ 0,075 x 0,101 = 0,0075 ou bien 0,75 % ce qui reprsente environ 26 individus. Ceci indique clairement que la formation des crossing-over (chiasma) ne sont pas toujours indpendants les un des autres et qu'il arrive que la formation d'un chiasma empche totalement ou partiellement la formation d'un autre chiasma. Cest ce qu'on appelle
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interfrence chromosomique (ou chiasmique). Pour mesurer le degr de cette interfrence on utilise ce qu'on appelle le coefficient de concidence. Coefficient de concidence (Cc) = proportion obtenue des doubles recombins proportion prvue des doubles recombins La valeur de ce coefficient varie entre 1 et 0. Quand le coefficient a une valeur de 0 on a une interfrence totale (absence totale des doubles recombins).Quand il a une valeur gale 1 on a une interfrence nulle (Proportion prvue = proportion obtenue des doubles recombines). Quand le coefficient a une valeur entre 0 et 1 on a une interfrence ngative partielle. Linterfrence ngative partielle est dautant plus forte que le Cc tend vers 0. Dans l'exemple qu'on a vu dans ce paragraphe on peut mesurer linterfrence chromosomique, en calculant le coefficient de concidence (Cc): Cc = ___0____ = 0 0,0075 Donc on a une interfrence totale. N.B: Chez certaines espces (bactriophages champignons) on a obtenu des Cc qui ont une valeur suprieure 1. On a donc une interfrence positive c'est dire qu'un chiasma favorise l'apparition d'un deuxime. 5. Facteurs lis aux htrochromosomes. Les espces animales et vgtales peuvent tre divises en deux groupes. On a les espces monoque o on a un seul type dindividu qui a des organes mles et femelles et produit les deux types de gamtes mles et femelles. Chez les espce dioque on a deux type dindividu chacun produit un seul type de gamte, mle ou femelle. Chez les dioque le sexe de lindividu est dtermin gntiquement. Le plus souvent le dterminisme gntique du sexe est contrl par une (ou plusieurs) paire de chromosomes. N.B: Il existe des espces dans lesquelles le dterminisme gntique est contrl par un ou plusieurs gnes et non pas par des chromosomes entiers.

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5.1. Les autosomes et les htrochromosomes. Chez la drosophile comme chez les mammifres y compris lhomme le sexe est dtermin par une paire de chromosome. Chez ces organismes diplodes les chromosomes sont en doubles exemplaires : chaque chromosome a un chromosome qui lui est homologue. Mais chez les individus de sexe mle on a une paire de chromosome o les deux chromosomes ne sont pas homologues. Cette paire est constitue par un chromosome appel X et un chromosome Y. Chez la femelle par contre on trouve deux chromosomes X. Donc les deux sexes diffrent au niveau de cette paire de chromosomes sexuels. Cette paire constitue ce qu'on appelle les htrochromosomes (ou htrosomes) car elle est constitue diffremment chez les deux sexes. Alors que les autres paires de chromosomes sont identiques chez les deux sexes, on les nomme les autosomes. Pour illustrer ce qui prcde prenant comme exemple la drosphile; en examinant la constitution chromosomique de la drosophile on voit qu'on a quatre paires de chromosomes (la paire I,II,III et IV) . Chez la drosophile les paires II,III et IV sont identiques chez les mles et les femelles, se sont les autosomes (figure 1.25). Alors que la paire I est diffrente : chez les femelles elle est constitue par deux chromosomes identiques (XX) alors que chez les mles elle est constitue par deux chromosomes diffrents (XY) cette paire constitue les htrosomes (ou htrochromosomes). Htrochromosomes X X Y X Figure 1. 25. Formule chromosomique des deux sexes mle et femelle chez Drosophila melanogaster. Ce systme de dterminisme du sexe grce aux htrosomes permet d'avoir une population constitue pour moiti dindividus mles et pour l'autre individus femelles (figure 1. 26). Autosomes

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Parents XXAA Gamtes XA

X XYAA 1/2 X A + 1/2 Y A

F1

1/2 X X A A

1/2 X Y A A

Figure 1. 26. La paire AA symbolise les autosomes (chez la drosophile les autosomes c'est 3 paires , chez lhomme c'est 22 paires). On voit que le mle produit deux types de gamtes; on dit qu'il est htrogamtique. Alors que le sexe femelle qui ne produit qu'un seul type de gamtes est dit sexe homogamtique. 5. 2. Distribution des htrochromosomes chez certains animaux et chez certaines plantes. Le systme de dterminisme sexuel grce des chromosomes sexuels est largement rpondu dans le monde animal et vgtal mais il existe plusieurs variantes de ce systme : le tableau 1.3 rsume ces diffrentes variantes. Il y a deux grands groupes : dans le 1er groupe le sexe homogamtique est le sexe femelle et le sexe htrogamtique est le sexe mle. Dans le second on a linverse c'est dire que le sexe homogamtique est le sexe mle et le sexe htrogamtique est le sexe femelle. A l'intrieur de chacun de ces deux groupes on a deux variantes du systme de dterminisme sexuel. -1ere variante: le sexe homogamtique a deux chromosomes identiques (XX ou ZZ) et le sexe htrogamtique deux chromosomes diffrents (XY ou ZW). -2me variante : le sexe homogamtique a deux chromosomes identiques (XX ou ZZ) mais le sexe htrogamtique n'a qu'un seule chromosome (X ou Z). Dans ce cas le sexe htrogamtique produit deux types de gamtes : des gamtes avec un chromosome sexuel (X ou Z) et des gamtes sans chromosomes sexuels (O). Prenant comme exemple le dterminisme sexuel chez les sauterelles pour illustrer ce dernier cas (figure 1. 27).

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Parents X X AA

X X O AA

Gamtes

XA

1/2 X A

1/2 O A

F1

1/2 X X A A

1/2 X O A A

Figure 1. 27. Exemple de dterminisme chez une espce dont le sexe htrogamtique ne possde quun seule chromosome sexuel. O signifie absence de chromosome sexuel.

Sexe

Exemples de groupes taxonomique ou d'espces.

1/ femelle homogamtique et mle htrogamtique.

________________________________________________________________________
XX XX XY XO mammifres y compris lhomme, Drosophila, Angiosperme dioques... Sauterelles, plusieurs orthoptres et hmiptres 2/ Femelle htrogamtique et mle homogamtique. XY(ZW) XO(ZO) XX(ZZ) XX(ZZ) Les oiseaux, lpidoptres, amphibiens et reptiles... Tritons, certains papillons (Abraxas, Bombyx) ...

Tableau 1. 3. Les diffrentes variantes du systme de dterminisme du sexe grce aux chromosomes sexuels. 5.3. Hrdit lie au sexe. Les chromosomes sexuels, bien que portant des gnes responsables du dterminisme sexuel, ils portent plusieurs autres gnes dont l'expression est totalement indpendante du sexe et touche des tissus somatiques (exemple coloration des yeux chez les drosophiles, hmophilie chez lhomme).

51

Comme on a une diffrence dans la composition des chromosomes sexuels entre les deux sexes mle et femelle et comme les chromosomes X et Y sont diffrents, il s'en suit que la transmission des gnes lis aux chromosomes sexuels est diffrente de celle des gnes lis aux autosomes. Les chromosomes X et Y ne sont pas totalement diffrents mais partiellement homologues. Cette homologie partielle fait qu'on a 3 sortes de gnes lis au sexe (figure 1.28). 1. Des gnes qui se trouvent sur le chromosome X au niveau de la partie qui a son homologue au niveau du chromosome Y. On peut dire que ces gnes auront une transmission qui est homologue aux gnes lis aux autosomes. ce sont des gnes incompltement li X ou Y (par suite de recombinaison un allle peut passer du X Y). 2. Des gnes qui se trouvent au niveau de la partie du chromosome X qui n'a pas son homologue sur le Y . Ce sont des gnes lis X. 3. Des gnes qui se trouvent au niveau de la partie du chromosome Y qui n'a pas son homologue sur le X . Ce sont des gnes lis Y. Rgion dhomologie entre le X et leY (gnes incompltement lis X ou Y) Partie spcifique X (gnes lis X)

Partie spcifique Y (gnes lis Y)

Figure 1. 28. Les trois sortes de gnes lis au sexe dcoulant de lhomologie partielle entre les chromosomes X et Y. 5.3.1. Hrdit lie au chromosome Y.

Les gnes qui sont lis Y n'ont pas donc d'allle homologue, ils sont l'tat hmizygote et donc s'expriment toujours (on a pas la distinction allles dominants, allles rcessifs). Les gnes lis Y ont un mode de transmission trs simple, ils se transmettent toujours de pres fils ne passent presque jamais chez les femelles de tels gnes sont dits

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gnes hollendriques. Ce type de gne est rare chez lhomme et la drosophile, mais se rencontre assez souvent chez certains poissons. 5.3.2. Hrdit lie au chromosome X. Les gnes lis X contrairement a ceux lis Y peuvent s'exprimer chez le mle et la femelle. Mais cette expression se fait de faon diffrente dans les deux sexes. Les gnes lis X sont chez le mle toujours l'tat hmizygote (on a un seul chromosome X) et s'expriment donc toujours que l'allle soit dominant ou rcessif. Par contre chez les femelles les allles rcessifs ne s'expriment qu'a l'tat homozygote. Ce mode d'expression diffrentielle dans les deux sexes fait que les croisements rciproques ne donnent pas la mme descendance. Prenant comme exemple illustrant la transmission de gne li X, le gne contrlant la coloration des yeux chez la drosophile, le gne white (w) (figure 1-29). L'allle sauvage (w+) donne la coloration rouge des yeux de la drosophile, tandis que l'allle mutant (w) donne une coloration blanche des yeux. L'allle sauvage est dominant. N.B: A ct de l'hrdit lie au sexe qu'on vient de voir il existe un type particulier dhrdit dite hrdit influence par le sexe. Dans ce type d'hrdit les gnes sont situs sur des autosomes, mais leur expression est influence par le sexe de lindividu. Comme exemple de cette hrdit, prenant le cas de la calvitie prcoce chez lhomme. La calvitie prcoce est sous le contrle d'un allle B qui est dominant chez l'homme mais rcessif chez la femme (tableau 1.4) . En plus lexpression de cet allle chez la femme ne va jamais jusqu' la chute totale des cheveux ( mme quand le gne est l'tat homozygote BB).

Gnotype

Phnotype du Sexe Mle Femelle

calvitie (qui ne va jamais jusqu la chute totale des cheveux) pas de calvitie pas de calvitie

BB Bb bb

calvitie calvitie pas de calvitie

Tableau 1. 4. Exemple dhrdit influence par le sexe.

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[white]

X Descendance

[sauvage]

[sauvage]

[white]

Descendance - Mles -Femelles 100 % [sauvages] 100 % [sauvages]

- Mles -femelles

100 % [white] 100 % [sauvages]

INERPRETATION CHROMOSOMIQUE Parents Xw / Xw X X+ / Y X+ / X+ X Xw / Y

Gamtes

Xw

X+

X+

Xw

Descendants

X w / X+ [sauvage]

Xw / Y [white]

X + / Xw [sauvages]

X+ / Y [sauvages]

Figure 1. 29. Transmission dun caractre li au chromosome X.

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CHAPITRE 2 ANALYSE DES TETRADES

1. Introduction. Dans ce chapitre nous allons voir l'analyse gntique chez des organismes haplobiontiques. Dans le chapitre prcdent nous avons vu une analyse gntique faite chez des organismes dont la majorit du cycle de vie est sous forme diplode et la phase haplode est rduite au stade gamtique (organismes diplobiontiques). Chez les organismes haplobiontiques, c'est l'inverse qui se produit, la phase diplode est rduite tandis que la phase haplode est prpondrante. La particularit de l'analyse gntique chez les haplobiontiques est que les caractres gntiques s'expriment directement (absence de dominance / rcessivit). Ceci est dut au fait que les gnes sont en un seul exemplaire chez les haplodes. L'analyse gntique chez les haplobiontiques a permis de confirmer la thorie chromosomique de lhrdit grce l'expression directe des gnes et grce l'analyse des ttrades. Les ttrades dont il est question ici sont les produits des deux divisions d'une mme miose. Chez les organismes suprieurs comme la drosophile ou l'homme, les produits d'une miose sont irrmdiablement mlangs aux produits des autres mioses d'un mme individu. Par contre chez les champignons ascomyctes (et les autres organismes ttrades) les produits d'une mme miose restent un certain temps (assez pour qu'on puisse les isoler) regroups dans une structure qu'on appelle asque et qui empche leur sparation. Pour illustrer la particularit de l'analyse gntique chez les haplobiontique, nous allons examiner la transmission des caractres hrditaires chez un champignon ascomycte Neurospora crassa. * Cycle vitale de Neurospora crassa. Neurospora crassa est un champignon htrothalique autoimcompatible ; ceci signifie que l'espce est constitu par deux types de thalles (type A et type a). Bien que les deux types de thalles sont bisexues, ils ne peuvent s'autofconder. L'htrothallisme est dtermine par un couple d'allles dsigns A et a. Les deux types de thalles ne correspondent pas deux sexes puisque chaque thalle est bisexue (Monoque, c'est dire portent des organes femelles ascogones et des organes mles conidis ). Les thalles sont forms de cellules multinucles dans lesquelles tous les noyaux sont haplodes (Fgure 2.1).

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germination ascospore A

germination ascospore a

Mitose

thalle A

thalle a

Miose

conidie a Ascogone A

Fcondation

Caryogamie

conidie A Ascogone a

Figure 2. 1. Cycle vitale de Neurospora crassa.

2. Sgrgation d'un couple d'allles chez Neurospora crassa. Chez les organismes diplodes au cours d'un croisement monohybride, les allles se sparent pendant de la miose et plus exactement au niveau de la premire division miotique lors de la sparation des chromosomes homologues. L'examen de la sgrgation d'un couple d'allles chez Neurospara (voir ce qui suit) confirmera cette sgrgation des allles lors de la miose. L'exemple qui va tre pris est celui de la transmission du gne responsable du signe du thalle. Ce gne possde deux allle : - un allle dit "A": donne au thalle "le signe A" - un allle dit "a": donne au thalle " le signe a" Un thalle de signe A est crois avec un autre de signe a, la descendance est examine (figure 2.2.)

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NB: ici la descendance est issue directement de la miose donc nous obtenons directement le gnotype des produits de miose (c'est dire les gamtes). Comme les thalles qui vont driver des ascospores sont haplodes, le gnotype est dtermine directement partir de l'observation du phnotype. A X a

I 105 (117) 1er groupe

II 129 (117)

III 9 (10)

IV 5 (10) 2me groupe 10

V 16 (10)

VI

(10)

Figure 2. 2. Les six types dasques obtenus lors dun croisement monohybride chez Neurospora crassa (en tenant compte de lordre des spores dans lasque). Chez Neurospora crassa les asques sont ordonnes, ce qui revient dire que les produits de la miose sont telles qu'on peut distinguer les deux ascospores issues de chacune des deux divisions equationelles de la miose. Sil nest pas tenu compte de l'ordres des ascospores dans les asques, il y a un seul type d'asques qui contient une moiti des spores de signe A et l'autre moiti de signe a. Mais sil est tenu compte de l'ordre des spores dans les asques dans ce cas il y a six types d'asques (figure 2.2.). Regardons maintenant la frquence de chacun des six types d'asques, nous constatons qu'on a deux groupes d'asques: * 1er groupe: des asques qui sont trs frquents : type I et II * 2me groupe: des asques peu frquents : type III, IV, V et VI A l'intrieur de chacun des deux groupes les frquences sont voisines (statistiquement ils sont gales). Les asques du 1er groupe sont dit asques prrduits o les

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allles (A et a) sont spars ds la premire division de la miose ( division rductionelle). Tandis que les asques du second groupe sont dit asques postrduits o les allles ne se sparent qu' la deuxime division de la miose (division quationnelle). Quand est ce que nous avons postrduction ou prrduction? Nous avons une postrduction quand on a un vnement de crossing-over qui a lieu entre le centromre du chromosome et le locus du gne dterminant le signe (figure 2.3.).

PREREDUCTION Division I a a a a A A A A A Type I A A A A A a a a a a a Type II A a A Division II a Mitose

POSTREDUCTION
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A A a A a

A a A

A a a Type III

a A a A Type IV a A A a Type VI

A a a A Type V

Figure 2. 3. Obtention des asques de prrduction et de postrduction. Les asques prrduits sont produit l'ors de miose sans crossing-over (ou avec un crossing-over qui a lieu en dehors de la rgion qui spare le centromre du locus du

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gne). Ceci explique que les frquences de prrduction soient en gnrale beaucoup plus grandes que les frquences de postrduction. Lexamen de la sgrgation d'autres couples d'allles donne-t-il le mme rsultat ? Le tableau 2.1 rsume les rsultats obtenue pour un certain nombre de couples d'allles.

Caractre
Scumbo

Nombre dasques prrduits (I et II)

Nombre dasques postrduits (III, IV, V et VI)

Pourcentages des asques de postrduction

63 Prototrophie pour la leucine Signe du thale Prototrophie pour lisoleucine-valine Prototrophie pour la choline Prototrophie pour lacide paraaminobenzoque 98 351 33 30 25

0 7 61 11 28 35

0 7,1 14,8 25 48,2 58,3

Tableau 2.1. Sgrgation de diffrents couples dallles chez Neurospora crassa. Pour tous ces couples d'allles nous obtenons six types d'asques deux prrduits et quatre postrduits, sauf pour le gne Scumbo. Les asques prrduits sont toujours (sauf pour le gne de la prototrophie pour lacide paraaminobenzoque) plus frquents que les asques postrduits. Mais la frquence de postrduction varie de 0 plus de 50 %. Le pourcentage de postrduction varie d'un couple d'allle un autre (de 0 plus de 50 %). Cette variation est due la variation des distances de chaque locus par rapport au centromre du chromosome o il rside. Il est vident que le pourcentage de post rduction est proportionnel la distance qui spare un gne du centromre de son chromosome. Ainsi plus la distance entre le locus d'un gne et son centromre est grande plus le pourcentage de postrduction est grand. Pour le cas du gne Scumbo, labsence d'asque postrduit est de au fait que ce gne est trs proche du centromre et que la distance qui le spare de ce dernier nest pas suffisante pour quun crossing-over puisse avoir lieu. La frquence de postrduction peut donc servir pour mesurer la distance entre un gne et son centromre. Cependant pour calculer cette distance la frquence de postrduction ne sera pas utiliser directement, mais dans un souci d'avoir une homognit avec la distance gntique qui a t dj dfinie, nous allons mesurer cette distance en unit de recombinaison.

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Lexamen des asques postrduits montre que la moiti des spores ont eu des chromatides recombines et que l'autre moiti ont eu des chromatides non recombines (sauvage). Donc la moiti des spores sont recombines dans les asques postrduits. Dans les asques de prerduction toutes les spores sont sauvages. D'o la distance entre le gne et son centromre est:
d(gne, centromre) = pourcentage de recombinaison = Nombre de spores recombines x 100 Nombre totale des spores

= 1/2 (III + IV + V + VI)

I + II + III + IV + V+ VI

x 100

Prenons l'exemple du gne dterminant le signe du thalle, la distance entre ce gne et son centromre est: d(gne, centromre) = 1/2 (9 + 5 + 10 + 16 ) x 100 = 1/2 (40) x 100 = 7,3 cM 105 + 129+9+5+10+16 274

3. Transmission de deux caractres dont les gnes sont ports par le mme chromosome. 3.1. Croisement dihybride (a me) x (A +). Dans ce paragraphe nous nous intressons la transmission de deux gnes lis chez Neurospora crassa. Un croisement dihybride entre deux souches de Neurospora est ralis. Ces deux souches diffrent au niveau de deux gnes: - le gne dterminant le signe du thalle. - un gne entrant dans la voie de biosynthse de la methionine . L'allle sauvage donne la souche le phnotype de prototrophie pour la methionine ; c'est dire que la souche peut synthtiser la methionine et quelle peut pousser dans un milieux de culture qui ne la contient pas. L'allle mutant donne la souche phnotype d'auxotrophie pour la methionine ; c'est dire que la souche est incapable de synthtiser la methionine et en a besoin dans le milieux de culture pour qu'elle pousse. Le croisement dune souche de signe "a" et auxotrophe pour la methionine avec une autre de signe "A" et prototrophe pour la methionine est ralis. La descendance de ce croisement (les ascospores) a t tudie quand au signe du thalle auquel elles donne naissance et quand aux besoins en methionine de ces mmes thalles. Si nous tenons compte de l'ordre des spores dans les asques, il y a 36 types d'asques diffrents. Mais sil nest pas tenu compte de l'ordre, il y a essentiellement 3 types d'asques (figure 2.4.): - Dans le premier types d'asques qu'on appelle :ditype parentale (TIIP), nous navons que des spores qui ont les combinaisons allliques parentales (a. me ou A +).

61

- Dans le second type d'asque: ditype recombinant (TIIR), nous avon deux sortes de spores recombines qui n'ont plus les combinaisons allliques parentales ( a me et A +) mais de nouvelles combinaison recombines ( a + ou A me). - Dans le troisime type d'asque : tetratype (TIV), nous avons les deux types de spores parentales et les deux types de spores recombines. P1 Descendance

(a me) TIIP : 2.a me 2.a me 2.A + 2.A + TIV : 2.a me 2.a + 2.A + 2.A me 68 0,32

(A +) TII R : 2.a + 2.a + 2.A me 2.A me 4 0,02

Nombre dasques Frquences

140 0,66

Figure 2. 4. Les diffrents types d'asques obtenus par le croisement dihybride: (a me) X (A +).

Si nous regardons maintenant les frquences relatives de ces trois types d'asques, nous constatons qu'ils n'ont pas les mme frquences. Les asques "TIIP" sont les plus frquents (0,66) tandis que les asques "TIIR" sont les moins frquents (0,02), alors que les asques "TIV" ont une frquence intermdiaire (0,32).

3.2. Interprtation des rsultats du croisement dihybride. Dans la descendance du croisement dihybride (voir plus haut parag 3.1), il y a des asques qui ne contiennent que des spores parentales (DIIP) et des asques qui ont des spores recombines (DIIR et TIV). Donc les premiers drivent de mioses sans crossingover entre les deux gnes et les derniers drivent de mioses avec des crossing-over ayant lieux entre les deux gnes. Pour les tetratypes la moiti des spores sont recombines, les autres spores sont parentales. Ceci est du au fait que seulement deux des quatre chromatides (il y a deux

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chromosomes homologues l'tat diplode et chaque chromosome a deux chromatides par suite de rplication de l'ADN la phase "S" du cycle cellulaire) qui participent au crossing-over et les deux autres non. Les deux chromatides participant au crossing-over vont donner des spores recombines tandis que les deux autres vont donner des spores parentales (figure 2.5). Pour le ditype recombinant, il ny a que des spores recombines ce qui implique que les quatre chromatides ont particip a des crossing-over (figure 2.5). Donc il y a eux deux crossing-over entre ces deux gnes. Mais pour obtenir que des spores recombines il faut que les quatre chromatides participent aux deux crossing-over deux deux (chaque crossing-over faisant intervenir deux chromatides diffrentes de ceux qui participent dans l'autre crossing-over).

a a A A

me me + +

a a A A

me me + +

a a A A

me me + +

2 2 2 2

a a A A

me me + +

2 2 2 2

a me A me a + A +

2 2 2 2

A A a a

me me + +

pas de C.O

1 C.O entre 2 chromatides ou 2 C.O entre 3 chromatides

2.C.O entre les 4 chromatides prises deux deux

Figure 2. 5. Origine des trois types d'asques TIIP, TIV et TIIR obtenus lors dun croisement dihybride faisant intervenir deux gnes lis.

63

4. Transmission de deux caractres dont les gnes sont ports par deux chromosomes diffrents.

4. 1. Croisement dihybride (try a) x (+ A). Pour illustrer la transmission de deux caractres dont les gnes sont ports par deux chromosomes diffrents, nous allons prendre un exemple de croisement dihybride faisant intervenir deux gnes, mais qui segrgent cette fois de faon indpendante. Le croisement entre deux souches diffrentes de Neurospora crassa a t ralis. Ces deux souches iffrent entre elles au niveau de deux gnes: - le 1er gne dtermine le signe du thalle - le 2me gne dtermine la capacit de synthtiser le tryptophane. La souche de signe "a" et auxotrophe pour le tryptophane est croise avec une deuxime de signe "A" et protrophe pour le tryptophane (figure 2.6).

P1 Descendance

try a TIIP : 2.try a 2.try a 2. + A 2. + A

X TIV : 2.try 2.try 2.+ 2.+ 135 0,44

+ A TIIR : a A A a 2.try 2.try 2+ 2.+ 87 0,29 A A a a

Nombre dasque Frquence

81 0,26

Figure 2. 6. Rsultat d'un croisement dihybride faisant intervenir des gnes qui segrgent de faon indpendante chez Neurospora crassa. En ne tenant pas compte de l'ordre des spores dans les asques nous obtenons essentiellement trois types d'asques (comme pour le croisement prcdent):

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- des asques ditype parentales (TIIP) - des asques ditype recombinants (TIIR) - des asques ttratype (TIV). Mais si les types d'asques obtenues dans les deux cas sont les mmes, il n'en est pas de mme pour les frquences. Dans le cas des gnes indpendants des frquence sensiblement gales pour le TIIP et TIIR sont obtenues. Alors que dans le cas des gnes lis la frquences du TIIP est trs largement suprieure celle du TIIR.

4.2. Interprtation des rsultats du croisement (try a)

(+ A).

Pour comprendre pourquoi dans le cas de gnes indpendants les frquences de TIIP et de TIIR sont gales, analysons comment sont obtenus les diffrents types d'asques (figure 2.7). Les TIIP sont obtenus quand il ny a pas de crossing-over entre l'un des gnes et son centromre et quand l'orientation des chromosomes homologues la mtaphase I fait qu' l'anaphase I les deux chromosomes issus du 1er parent (try a) migrent tous deux au mme ple et les deux chromosomes issus du 2me parent (+ A) migrent au ple oppos. Les TIIR sont obtenus quand lorientation des chromosomes est inverse de celle dcrit pour les TII P (un des chromosome issu du 1er parent migre avec un chromosome issu du 2me parent). Les orientations donnant les TIIP et TIIR sont donc quiprobables puisque l'orientation des chromosomes homologues la mtaphase I de la miose se fait au hasard. Ce qui explique que les frquences soient sensiblement gales pour les TIIP et TIIR. Quand au TIV, il est obtenu quand un crossing-over intervient entre l'un des deux gnes et son centromre (figure 2.7). La frquence des tetratype va donc dpendre des distances des gnes par rapport leurs centromres respectifs. Il a t montr que cette frquence varie de 0 0,66 . Cette frqence est proche de 0 quand les deux gnes sont tous deux proches de leurs centromre, et est proche de 0,66 quand au moins l'un des deux gnes est trs loign de son centromre.

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try try try + + a try a A + A + Orientation I + + + try try a + a A try A try Orientation II (inverse de I) + + C.O. + try try a try a A + A try

a a A A

2 try a 2 try a 2+ 2+ TIIP A A

a a A A

2+ a 2+ a 2 try A 2 try A TIIR

a a A A

2+

2 try a 2+ A

2 try A TIV

Figure 2. 7. Obtention de TIIP et TIIR avec des frquences gales dans le cas de deux gnes indpendants.

66

CHAPITRE 3 Gntique des populations

1. Introduction : La gntique mendlienne tudie la transmission des caractres hrditaires entres parents et leurs descendants. Les croisements sont considrs un la fois. Prenant lexemple dun croisement monohybride : Aa F1 : AA X 1/2Aa Aa aa

La gntique des populations dcrit les proportions des gnotypes au sein dun ensemble dindividus issus de croisements non contrls entres de nombreux parents.

AA Aa Aa aa AA aa Aa AA aa aa Aa aa AA Aa aa aa Aa aa AA Aa AA AA aa Aa Aa AA Aa aa aa AA aa AA Aa AA aa

AA ?

Aa ?

aa ?

La gntique des populations a pour objectif de dcrire la structure gntique dune population en un temps donn et de prvoir lvolution de cette structure dans le temps en fonction des forces qui sexercent sur la population. La structure gntique dune population est connue pour un locus donn, quand on sait les frquences allliques et gnotypiques du dit locus. La structure gntique dune population nest pas fige mais elle volue et passe dans certains cas par des phases stable (situations dquilibres). Dans ce chapitre nous allons aborder comment calculer les frquences allliques et gnotypiques dune population. Nous dcrirons aussi les conditions qui permettent une population dtre en quilibre. Nous introduirons donc la loi dquilibre de HardyWeinberg et les forces qui agissent sur cette quilibre : Mutations, Migration, Slection et drive.

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2. Dfinitions. 2.1. Population Une population est un groupe dindividus appartenant une mme espce et qui peuvent effectivement se reproduire entre eux. Si tous les individus appartenant une mme espce peuvent thoriquement se reproduirent entre eux, dans les faits, certaines contraintes dordre spatiotemporelles peuvent faire barrire cela. Une population est constitue donc, dun ensemble dindividus qui peuvent ce reproduirent entre eux en un temps donn dans un espace donn. Une population reprsente une communaut gntique constitue par lensemble des gnotypes des individus qui la composent (Pool gntique). Le pool gntique est la somme de tous les gnotypes individuelles pour chaque gne. 2.2. Plymorphisme. Le polymorphisme dsigne la variabilit gntique prsente au sein dune population. La dfinition du polymorphisme peut tre nonce comme suit : Il y a polymorphisme si dans une mme population une portion codante ou non codante dADN prsente une variation de squence correspondant plusieurs formes allliques dont la plus frquente ne reprsente pas plus dune certaine fraction de la population totale, fixe 95 ou 99%. La valeur seuil de 1% ou 5% dfinit la limite entre les gnes polymorphes, dont la variation alllique est frquente et les gnes pour lesquels la variation alllique a un caractre exceptionnel avec un allle trs majoritaire et une ou plusieurs formes allliques rares (< 1%). Dans ce cas on parle de cryptopolymorphisme qui est la consquence de mutations dsavantageuses,qui ont tendance tre limines par slection naturelle. Par opposition les gne qui ne prsente pas de variabilit alllique sont dit monomorphes. 3. Calcule des frquences allliques et gnotypiques. La composition gntique dune population pour un locus donn est dfinie par trois paramtres : 1. Le nombre dallles diffrents 2. Les frquences de chacun des allles 3. Les frquences des diffrents gnotypes. Il peut ne pas tre claire pourquoi on doit considrer la fois les paramtres 2 et 3 puisquon peut dterminer la frquences des allles partir de celle des gnotypes. Pour illustr ce fait prenant lexemple suivant :

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Soit deux populations hypothtiques suivantes :

AA Population 1 Population 2 50 25

Aa 0 50

aa 50 25

Dans les deux populations, la frquence des allles A est de (0,5), cependant les frquences gnotypiques de la population 1 sont diffrentes de ceux de la population 2.

4. Calcules des frquences gnotypiques et allliques partir des frquences phnotypiques. Quand on tudie une population, les seules donnes immdiatement accessibles sont ceux concernant les frquences phnotypiques (observation directe dans le cas de caractres morphologique et indirecte dans les autres cas). Prenant lexemple dun gne autosomale deux allles, lallle dominant R dterminant la coloration rose des ptales de la fleur, et lallle r rcessif dterminant la couleur blanche. Dans une population de N individus, on dnombre Nr individus ptales roses et Nb individus ptales blanches. Les frquences phnotypiques dans cette population pour le caractre couleur des fleurs sont :
Frquences du phnotype rouge f(r) = Nr/N Frquence du phnotype blanc f(b) = Nb/N

Dans ce cas on ne peut que calculer la frquence du gnotype rr, qui est gale f(b). On ne peut pas calculer les frquence des gnotypes RR et Rr puisquils dterminent tout deux le mme phnotype. Dans le cas ou il y a codominance, o lhtrozygote prsente un phnotype distinct des deux homozygotes, on peut driver les frquences gnotypiques directement des frquences phnotypiques. Pour illustration, Prenant lexemple de la coloration des ptales quon vient juste de voire et supposant que le gnotype Rr dtermine le phnotype ptales roses. Si Nr, Np, Nb reprsentent respectivement les fractions de la population avec un phnotype rouge, rose et blanc on a alors :

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f(RR) = Nr/N f(Rr) = Np/N f(rr) = Nb/N

Ainsi, pour ce locus la population est compltement dcrite, du moment quon connat la frquence des trois gnotype possibles. A partir des frquences gnotypiques, il est facile de calculer les frquences allliques. Dans lexemple prcdent, on a une population de N individus diplodes. On a deux allles diffrents : R et r. Etant donn que nous avons 2N allles dans la population et que : les Nr individus de phnotype rouge on a 2 copie de lallle R, les Np individus de phnotype rose on a 1 copie de lallle R et une autre de lallle r, les Nb individus de phnotype blanc on a 2 copie de lallle r, on a alors :
f(R) = p = (2 Nr + Np)/2N f(r) = q = (2 Nb + Np)/2N Avec p + q = 1

Les frquences allliques p et q reprsentent galement la probabilit quun gamte mle ou femelle porte lallle R ou r. Il faut not aussi que les frquences allliques apportent moins dinformations que les frquences gnotypiques car les premires ne renseignent pas sur la manire dont les allles sont associs deux deux. 5. La loi dquilibre de Hardy-Weinberg. Pour illustr cette loi de rfrence dans la gntique des populations, prenant lexemple dun gne deux allles et intressons nous la relation entre les frquences gnotypiques entre deux gnrations successives. Pour ce faire, nous allons utiliser une technique trs utile en gntique des populations : nous allons construire la table des croisements. Soit :
A et a les deux allles du gne en question x11 la frquence du gnotype (AA) la gnration parentale x12 la frquence du gnotype (Aa) la gnration parentale x22 la frquence du gnotype (aa) la gnration parentale p la frquence de lallle (A) q la frquence de lallle (a)

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Gnotypes des descendants Croisements AA AA AA Aa Aa Aa aa aa aa X X X X X X X X X AA Aa aa AA Aa aa AA Aa aa Frquence

x
2 11

AA 1 1/2 0 1/2 1/4 0 0 0 0

Aa 0 1/2 1 1/2 1/2 1/2 1 1/2 0

aa 0 0 0 0 1/4 1/2 0 1/2 1

x11 x12 x11 x22 x12 x11 x

2 12

x12 x22 x22 x11 x22 x12 x

2 22

En construisant cette table nous avons dj fait trois suppositions concernant la transmission de la variabilit gntique dune gnration lautre.
Supposition 1

La frquences des gnotypes est la mme chez les mles et les femelle.
Supposition 2

Les diffrents gnotypes ont tous la mme chance de se croiser entre eux.
Supposition 3

La miose est juste. En particulier, nous supposant quil ny a pas de distorsion de la sgrgation,de comptition entre les gamtes, de diffrences dans la capacit des zygotes se dvelopper ou de la fertilit des spermes. Maintenant, que nous avons dress cette table, on peut lutilis pour calculer la frquence de chacun des trois gnotypes possible parmi les zygotes nouvellement produits pourvu que nous faisons trois suppositions additionnelles :
Supposition 4

Il n y a pas dapport de nouveau matriel gntique, que a soit par apparition de nouvelles mutations (gamtes sont produits sans mutations) ou par migration (tous les zygotes sont issues de la runion de gamtes produites par des individus appartenant la population).

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Supposition 5

La taille de la population est infini de tel sort que la frquence actuelle des croisements est gale leur probabilit calcule et la frquence des zygotes issus de ces croisements suit ce que prvoient les lois de Mendel.
Supposition 6

Tous les croisements produisent en moyenne les mmes nombres de descendants. Si ces trois suppositions sont vrifies, nous pouvons calculer la frquence de chaque gnotype parmi les zygotes de la gnration suivante qui est :

(frquence du croisement) (frquence du gnotype parmi ceux produits par le croisement)

Ainsi, la frquence du gnotype AA parmi les zygotes nouvellement forms est :
f (AA parmi zygotes) = x 11 + x11 x12 + x12 x11 + x 2 2 = x 11 + x11 x12 + x 12 2 = (x11 + x12 /2) 2 = p f (Aa parmi zygotes) = 2pq f (aa parmi zygotes) = q
2 2 2 12

Ces frquences gnotypique sont ceux des zygotes et pour retrouver ces mmes proportion parmi les descendants adultes, nous devons faire encore deux autres suppositions :
Supposition 7

Il ny a pas de chevauchement entre les gnrations

Supposition 8

Tous les zygotes (quelque soit leurs gnotypes) ont la mme probabilit datteindre lage adulte. Aprs une seule gnration o toutes les 8 suppositions cites plus haut sont vrifies nous avons les frquences gnotypiques suivantes :
f(AA) = p
2

f(Aa) = 2pq f(aa) = q

2

Dans une population qui satisfait toute ces conditions les frquences allliques et gnotypiques restent stables de gnration en gnration. On dit que la population est en quilibre de Hardy-Weinberg.

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Nous pouvons vrifier que les frquences allliques restent stables de gnration en gnration : Soit p0 et q0 les frquences allliques la gnration G0 des allles A et a respectivement Soit p1 et q1 les frquences allliques la gnration G1 des allles A et a respectivement
Pour A Pour a p1 = p q1 = q
2 0 2 0

+ p0q0 = p0 (p0 + q0) = p0 + p0q0 = q0 (p0 + q0) = q0

Il nexiste pas dans la nature, une seule population qui satisfait toutes les 8 conditions. Cependant la loi de Hardy-weinberg est importante, car chaque fois quil y a violation dune des condition de lquilibre, cela nous permettra dtecter les forces volutifs et destimer leur magnitude. 6. Systmes multiallliques. La loi de Hardy-Weinberg est aussi valable pour les gnes plus de deux allles. Lquilibre correspond alors lassociation alatoire des diffrents allles deux deux pour former les diffrents gnotypes possibles dont la frquence restera stable au cours des gnrations. Pour un locus K allles A1, A2, A3, A4,Ak, on aura (k(k+1))/2 gnotypes diffrents. Si les frquences de ces diffrents allles sont p1, p2, p3, p4,pk, les frquences des diffrents gnotypes seront lquilibre obtenu par le dveloppement de :
(p1 + p2 + p3 + + pk)2 f(A1A1) = p
2 1

soit :
2 2

f(A2A2) = p

f(A3A3) = p

2 1

. f(AkAk) = p

2 k

f(A1A2)= 2p1p2 f(A1A3)= 2p1p3 f(A1Ak)= 2p1pk , f(A2A3)= 2p2p3 f(A2Ak)= 2p2pk

etc.

Comme exemple de systme multialllique prenant lexemple du dterminisme gntique des groupes sanguin chez lhomme. Les groupes sanguin dans le systme ABO, sont du la prsence de trois allles A, B et O. Si les frquences respectives sont p, q et r nous aurons alors lquilibre de Hardy-Weinberg les frquences gnotypiques suivantes :
f(AA) = p
2

f(BB) = q

f(OO) = r

f(AB) = 2pq

f(AO) = 2pr

f(BO) = 2qr

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7. Cas de gnes lis au sexe. Prenant lexemple dorganismes dont la dtermination du sexe se fait grces aux htrochromosomes. Considrons le cas particulier ou le sexe homogamtique est le sexe femelle (voir chapitre 1) tel que lhomme ou la drosophile (femelles XX et mles XY). Les deux sexes ont des contributions gntique diffrentes et sils sont en sexe ratio quilibre (autant de mles produits que de femelle chaque gnration), le sexe homogamtique dtient pour les gnes concernes les 2/3 du pool gntique de la population, tandis que le sexe htrogamtique nen dtient que le 1/3. Si les frquences allliques chez les deux sexes sont gales, pm= pf = p et qm= qf = q. pm tant la frquence de lallles A chez les mles qm tant la frquence de lallles a chez les mles pf tant la frquence de lallles A chez les femelles qf tant la frquence de lallles a chez les femelles Les frquences gnotypiques pour une population lquilibre seront donc :
Femelles f(XAXA) = p
2

Mles f(XAY) = p f (XaY) = q

f(XAXa) = 2pq f(XaXa) = q

2

Si les frquences allliques sont diffrentes, pm pf et qm qf, alors cette diffrence est maintenue pendant plusieurs gnrations cause de la contribution diffrentielle des deux sexes la descendance. Cette diffrence nanmoins disparatra progressivement au cours des gnrations. Etant donn que les mles reoivent leurs chromosomes X de leurs mres, la frquence alllique chez les mles la gnration t, est gale la frquence chez les femelle la gnration prcdente t-1 :
f(A) : pmt= pft-1 f(a) : qmt= qft-1

Etant donn que les femelles reoivent un chromosome X de leurs mres et un autre de leurs pres, la frquence alllique chez les femelles la gnration t correspond la moyenne des frquences allliques des deux sexes la gnration t-1 :
f(A) : pft = f(a) : qft = (pmt-1 + pft-1)/2 (qmt-1 + qft-1)/2

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Dans lensemble de la population les frquences globales en cas de sexe ratio quilibr, sont obtenues en calculant les moyennes des frquences dans chaque sexe pondres par leurs contributions relatives : soit 1/3 pour les mles et 2/3 pour les femelles. Frquences globales dans la population :
f(A) : p = f(a) : q = 2/3pf + 1/3pm 2/3qf + 1/3qm

Si la proportion des deux sexes est ingale, la pondration tient compte du nombre de mles Nm et de femelles Nf :
f(A) : p = (2Nfpf + Nmpm) / (Nm + 2Nf) f(a) : q = (2Nfqf + Nmqm) / (Nm + 2Nf)

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