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APRESENTAO
Este manual foi criado com o intuito disseminar o uso do software Pajek, que at o momento dispe de poucos manuais/tutoriais prticos, e a sua grande maioria em ingls. Atravs de um contato direto com o programa tem como objetivo proporcionar ao usurio um rpido aprendizado das principais funes do software. Para fins didticos est dividido em Parte I e II, a primeira a iniciao ao programa e aos seus comandos bsicos. A parte II j vem atravs de exemplos aplicar recursos mais avanados do programa. O manual foi desenvolvido com base na verso 1.28 do Pajek.
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SUMRIO
PARTE I:
PARTE II:
Pajek:
Exemplo Tutorial:
Propriedades dos Vrtices Parties Configurando Layout Gerenciando a Rede Viso Global e Contextual Vetores Anlise da Rede
Criando uma rede Comandos mais comuns Configurando o layout Criando uma rede direto no Pajek Parties (Partitions) Vetores (Vectors) Recapitulando (exemploresumo)
PARTE I
Os arquivos-exemplo utilizados nesse tutorial se encontram na pasta data dentro da pasta onde o Pajek foi instalado.
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O SOFTWARE
Pajek (aranha em esloveno) um programa de Windows para anlise de grandes redes. Comeou a ser desenvolvido em 1996. O programa est disponvel gratuitamente no site para uso no-comercial: http://vlado.fmf.uni-lj.si/pub/networks/pajek/
INSERO DE DADOS
Alm dos seus prprios formatos de arquivo, o programa aceita diversos outros como:
UCINET DL, genealogical GED, e alguns formatos moleculares: BS (Ball and Stick), MAC (Mac Molecule) e MOL (MDL MOLfile).
Rode o Pajek. Aparecer a janela principal (veja no prximo slide). O programa organizado como uma calculadora para dados de redes.
Network (rede) - objeto principal (linhas e vrtices); Partition (partio) para qual cluster o vrtice pertence; Vector (vetor) - valores dos vrtices; Permutation (permutao) reordenao dos vrtices; Cluster (grupo) subconjunto de vrtices (por exemplo, o cluster de uma partio); Hierarchy (hierarquia) clusters (grupos) e vrtices ordenados hierarquicamente
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TELA PRINCIPAL
Clique no primeiro cone de Network e na caixa de dilogo selecione o tipo de arquivo desejado. Por exemplo, para Ucinet data, escolha o tipo: UCINET DL files (*.dat) Encontre seu arquivo, selecione e clique em open para abri-lo. Se tudo estiver certo, aparecer uma nova network (rede) no Network e uma abrir uma nova janela com as informaes do processo de leitura do arquivo. Agora, pode-se traar a rede usando indo no menu Draw e clicando em draw. Fazendo isso aparecer uma tela com a representao grfica da rede.
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REPRESENTAO GRFICA
Pode-se montar uma rede por diversas formas no Pajek, a seguir alguns exemplos bsicos de sua utilizao.
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Linhas vazias no programa indicam fim da rede, no crie pargrafos. No separar as palavras com tabulao (boto Tab do teclado) O espao normal entre os dados pode ser usado livremente Erros de leitura as vezes requerem que o programa seja reaberto.
Os comandos do Pajek so iniciados com *. *Vertices 5 define uma rede com 5 vrtices. Abaixo colocam-se os vrtices numerados Se preciso cada vrtice pode ser nomeado, basta colocar entre aspas o nome desejado.
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Salve o arquivo anterior com um nome qualquer. Abra o arquivo salvo no Pajek. Aparecer uma janela Report informando do processo de leitura do arquivo. Clique em Draw ou aperte Ctrl + G O programa dever exibir uma tela conforme a seguir:
A esto os 5 vrtices organizados. Pode-se movimentalos clicando e arrastando os vrtices para qualquer posio desejada.
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Se preferir, use a opo Mark Vertices Using >> Numbers (ou Ctrl + N no teclado) para visualizar os nmeros dos vrtices ao invs dos seus nomes (labels)
DESENVOLVENDO A REDE
*ARCSLIST
Arcslist cria setas direcionadas aos vrtices indicados Acrescente o comando Arclist conforme abaixo, salve o arquivo e reabra no Pajek. 1 2 4 setas ligando o vrtice 1 ao vrtice 2 e ao 4 4 5 seta ligando o vrtice 4 ao 5
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DESENVOLVENDO A REDE
*EDGESLIST
Edgeslist funciona igual ao Arcslist, mas cria setas no-direcionadas aos vrtices indicados. 1 2 4 setas ligando o vrtice 1 ao vrtice 2 e ao 4 4 5 seta ligando o vrtice 4 ao 5
sub-menus para configurar as cores do plano de fundo, linhas, setas, letras, etc...
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VOLTANDO AO EXEMPLO
*ARCS E *EDGES
Pode-se
especificar o valor da ligao (Diferentemente do *arcslist e *edgeslist, que todas as ligaes tem valor 1) Agora cada ligao deve ser especificada em uma linha. Veja o exemplo a seguir:
VOLTANDO AO EXEMPLO
*ARCS E *EDGES
Em *arcs
Em *edges:
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VOLTANDO AO EXEMPLO
*MATRIX
As linhas da matriz representa as ligaes de um vrtice. As colunas os vrtices-destino da ligao. No exemplo abaixo:
a 1 linha diz que o vrtice 1 se liga ao vrtice 2 e ao 5 com valor 1, e ao vrtice 3 com valor 2. A 3 linha diz que o vrtice 3 se liga com valor 1 ao vrtice 4 (valor 1 na 4 coluna)
Voc pode usar um programa de planilhas como o Excel para auxiliar na montagem da matriz. Basta copiar os nmeros da matriz formada (com fundo azul no Excel) para o bloco de notas logo abaixo do comando *matrix
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Em Options >> Lines >> Different Widths a expessura da linha varia com o valor da ligao.
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Segure o boto direito do mouse, arraste-o e solte na rea que desejar ampliar.
Essa opo gera redes aleatrias num dado nmero de vrtices e ligaes.
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How many vertices: 5 (nmero de vrtices) How many arcs: 0 (nmero ligaes aleatrias)
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Digitando: 2, +2 ou -2 tem-se:
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O valor da ligao pode ser alterado, clique com o boto direto sobre a linha criada:
Especifique o new line value com o valor desejado e d OK. O new relation value especifica o ndice da linha
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SALVANDO AS MODIFICAES
Para salvar as modificaes na rede v em: File >> Network >> Save
SALVANDO AS MODIFICAES
Quando voc salva as modificaes de um arquivo o programa gera dentre outras coisas as coordenadas de posio de cada vrtice
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PARTIES (PARTITIONS)
PARTIES (PARTITIONS)
CRIANDO PARTIES
Com uma rede de 5 vrtices, com o vrtice 1, 2 e 5 na partio (ou cluster) 1 e o restante no cluster 2:
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PARTIES (PARTITIONS)
CRIANDO PARTIES
V no menu:
Net >> Random Network >> Total No. of Arcs gere uma rede aleatria de 5 vrtices somente.
Abra
PARTIES (PARTITIONS)
CRIANDO PARTIES
Pressione Ctrl+P ou Draw >> Draw-Partition Cada cor representa um cluster no qual o vrtice est definido.
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CRIANDO PARTIES
DIRETO NO
PAJEK
Clique em:
O nmero padro de dimensions igual ao n de vrtices. Constant especifica um valor inicial para todos os vrtices
CRIANDO PARTIES
DIRETO NO
PAJEK
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CRIANDO PARTIES
MTODO ALTERNATIVO
DIRETO NO
PAJEK
Uma nova partio de dimenses igual ao n de vrtices gerada Todos os vrtices so colocados na partio (cluster) 0
EDITANDO PARTIES
AUMENTANDO/DIMINUINDO
DIRETO NO
PAJEK
N DA PARTIO
Pressione o do meio do mouse sobre o vrtice. Pressione o Shift + boto esquerdo sobre o vrtice.
Diminuir o n da partio:
Tecla Alt + boto do meio sobre o vrtice. Tecla Alt + boto esquerdo.
NOTA: se executar algum desses comandos clicando fora do vrtice o programa entende que para incrementar/diminuir o n de cluster de todos os vrtices.
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EDITANDO PARTIES
DIRETO NO
PAJEK
EDITANDO PARTIES
MOVENDO VRTICES DA MESMA
DIRETO NO
PAJEK
PARTIO
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VETORES (VECTORS)
Vetores servem para descrever propriedades numricas dos vrtices. A extenso padro para arquivos de vetor .vec
VETORES (VECTORS)
CRIANDO VETORES DIRETO NO PAJEK
Dimension: deve ser o mesmo n de vrtices. Constant: um valor inicial para todos os vetores.
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VETORES (VECTORS)
EDITANDO VETORES DIRETO NO PAJEK
CONFIGURANDO O LAYOUT
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RECAPITULANDO
Com os conhecimentos adquiridos at agora possvel criar uma boa apresentao combinando:
RECAPITULANDO
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RECAPITULANDO
RECAPITULANDO
Ou pressione Ctrl + Q
Clique com o boto direito e ligue os vrtices da forma desejada. (consulte os slides 27, 28 e 29) Clique e arraste os vrtices e partitions para a forma desejada.
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RECAPITULANDO
SALVANDO O PROJETO
Para
File >> Pajek Project File >> Save Ou pressione F2 D um nome para o arquivo, que ser salvo com a extenso .paj
ATENO: O Pajek no salva os dados automaticamente nem lembra o usurio de salvar as modificaes realizadas. Salve as modificaes sempre que necessrio.
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File >> Pajek Project File >> Load Ou pressione F1 Selecione o arquivo .paj desejado.
Os arquivos:
Evite cruzar linhas Evite angulos pequenos nas linhas com vrtices em comum. Nem linhas muito curtas nem muito compridas. No deixe os vrtices muito prximos das linhas.
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PARTE II
Os arquivos-exemplo utilizados nesse tutorial se encontram na pasta data dentro da pasta onde o Pajek foi instalado.
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EXEMPLO INICIAL
Para
comear, abra o arquivo World_trade.paj que se encontra na pasta data dentro da pasta onde o Pajek foi instalado.
WORLD_TRADE.PAJ
A representao a seguir um exemplo de rede baseado no comrcio internacional. Cada seta (arc) representa as importaes de manufaturas de metal de um pas para outro.
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WORLD_TRADE.PAJ
Clicando com o boto direito sobre um vrtice abre uma janela com suas propriedades.
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PARTIES (PARTITIONS)
Parties guardam caractersticas discretas dos vrtices. Uma propriedade discreta se consiste de um limitado nmero de classes
Como no exemplo:
Os pases europeus esto dentro da partio 3 (Europa) Os pases sul-americanos esto dentro da partio 6 (Amrica do Sul)
Parties (partitions)
Analisando dados das parties
Aparecer uma caixa de dilogo que funciona da seguinte forma, por exemplo:
Digitando +10 ir aparecer os 10 maiores valores de partition (cluster) Digitando -5 ir mostrar os 5 menores valores de cluster
Digitando 7 ir eliminar dos resultados as classes (no caso, continentes) com 6 vrtices (pases) ou menos.
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PARTIES
O
(PARTITIONS)
SELECIONANDO PARTIES
Selecione
o world_system_1980.clu
PARTIES
(PARTITIONS)
V em: Options >> Size >> of Vertices Defina um tamanho ou digite 0 para automtico.
Deixe desmarcado a opo Different Widths em: Options >> Lines >> Different Widths
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PARTIES
(PARTITIONS)
Repare que os vrtices esto em 4 cores diferentes, cada um representa uma categoria. (centrais, perifricos, etc...) V em Layout >> Energy >> Kamada-Kawai >> Free
Isso colocar a maioria dos pases centrais (com mais ligaes) no meio e os perifricos (com menos ligaes) na margem.
PARTIES
MUDANDO AS CORES
(PARTITIONS)
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GERENCIANDO
EXTRAINDO UMA SUB-REDE
A REDE
Vamos usar o import_manufactures.net e continent.clu. (s abrir o World_trade.paj) V em Operations >> Extract Network. Digite 6. (6 a partio da Amrica do Sul). Aperte Ctrl + P para aparecer o grfico da rede. Use o comando:
Agora tem-se uma sub-rede (sub-network) s dos pases da Amrica do Sul. E pelo layout Kamada-Kawai o Brasil fica no centro da rede.
GERENCIANDO
EXTRAINDO UMA SUB-REDE
A REDE
Repare que o programa gera um novo arquivo de rede e partio, com o nome Extracting...
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GERENCIANDO
EXTRAINDO UMA SUB-REDE
A REDE
E se por acaso precisssemos de visualizar a sub-rede dos pases da Amrica do Sul organizados em pases centrais, perifricos, etc..? Coloque a seo de Parties (partitions) da seguinte forma:
V em: Partitions >> Extract Second from First Digite 6 em select clusters para selecionar o continente Amrica do Sul.
GERENCIANDO
EXTRAINDO UMA SUB-REDE
A REDE
Sub-rede: pases da Amrica do Sul. Classificados pela cor dos vrtices em: Centrais, Perifricos, ...
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VISO GLOBAL
ANALISANDO A REDE
Na anlise de redes se obtm uma viso global reduzindo os vrtices de uma classe a um novo vrtice.
VISO GLOBAL
REDUZINDO A REDE (SHRINK NETWORK)
Na primeira janela pede o n mnimo de ligaes que precisam existir entre os vrtices para que seja desenhado uma linha na nova rede. Deixe 1 e d OK. Na segunda janela pede-se o cluster que no ser reduzido. Deixe 0 (zero) e d OK. O Pajek vai gerar uma nova rede reduzida, pressione Ctrl + G para visualiz-la.
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VISO GLOBAL
RENOMEANDO GRUPOS
O Pajek no tem como entender o significado dessas classes, ento ele nomeia cada vrtice com o nome do primeiro vrtice do grupo sucedido de #. Por exemplo,Amrica do Sul ficou representado como #Argentina
Use o comando: File >> Partition >> Edit para renomear os vrtices de acordo.
VISO GLOBAL
ANALISANDO A REDE
Aps renomear, deixe marcado a opo Options >> Lines >> Mark Lines >> with Values para visualizar os valores na rede.
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VISO GLOBAL
ANALISANDO A REDE
O total de exportaes dos pases Amrica do Norte para os pases da Amrica do Sul.
O total de exportaes e importaes dos pases dos pases da Amrica do Sul entre eles mesmos.
O total de exportaes e importaes dos pases dos pases da Amrica do Norte entre eles mesmos.
VISO CONTEXTUAL
ANALISANDO A REDE
Para
Vamos usar o exemplo para colocar os pases da Amrica do Sul (cluster 6) em relao aos demais continentes.
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VISO CONTEXTUAL
ANALISANDO A REDE
Na segunda janela pede-se o cluster que no ser reduzido. Coloque 6 (Amrica do Sul)
O Pajek vai gerar uma nova rede reduzida, pressione Ctrl + G para visualiz-la.
VISO CONTEXTUAL
ANALISANDO A REDE
A rede produzida ficou muito poluda . Para uma melhor visualizao pode-se remover as ligaes at um determinado valor.
V em: Net >> Transform >> Remove >> lines with value >> lower than
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VISO CONTEXTUAL
Net >> Transform >> Remove >> lines with value >>
ANALISANDO A REDE
remove as ligaes com valores MENORES que: (especificar) remove as ligaes com valores MAIORES que: (especificar) remove as ligaes com valores dentro do intervalo: (especificar)
VETORES (VECTORS)
Vetores
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VETORES
No
(VECTORS)
Esse
vetor contm os dados do PIB per capita dos pases. (do ingles: GDP gross domestic product )
VETORES
(VECTORS)
Na primeira janela pode-se escolher exibir uma lista com os X maiores ou menores valores da seguinte forma: informa os X vrtices com os MAIORES valores informa os X vrtices com os MENORES valores
Dar uma lista com os 10 vrtices com os maiores valores
+X -X
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VETORES
(VECTORS)
VETORES
Na
(VECTORS)
segunda janela voc definir intervalos para exibir uma distribuio de frequncia.
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VETORES
Ou
(VECTORS)
ainda definir uma quantidade de classes na distribuio, seguidas de #. Por exemplo, definir a distribuio em 5 classes:
Vetor
Carregue
Por Truncamento
Partio
um arquivo de partio.
Partition
Ou pressione: Ctrl + V
O Pajek vai gerar um novo Vetor from partition com base na partio.
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Vetor
Por Truncamento
Partio
transformao vetor em partio mais complicada porque necessrio converter nmeros reais (vetor) em inteiros (partio). a forma mais simples, pois apenas elimina as casas decimais do nmero real.
Vector >> Make Partition >> by Truncating (Abs)
Truncamento
VETOR
POR INTERVALOS
PARTIO
Outra
forma de converter um vetor em partio definir uma classe de partio para cada intervalo de valores num vetor.
Vector >> Make Partition >> by Intervals >> First Threshold and Step
Neste caso, ele criar uma primeira classe de partio com o valor mnimo at 10000, e depois criar as demais classes 20000 em 20000.
10000 Classe 1
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VETOR
PARTIO
Vector >> Make Partition >> by Intervals >> Selected Thresholds Por exemplo:
100 Classe 1 >100 at 150 Classe 2 >150 Classe 3
ANLISE
No
DA REDE
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ANLISE
DA REDE
Continentes de cada pas Desse relatrio pode-se concluir que na Amrica do Sul (coluna 6) no tem pases centrais (linha 1), mas tem h 3 pases na classe 2, 4 pases na classe 3 e 8 pases sem definio (classe 999998)
ANLISE
Grau:
DA REDE
GRAU E DENSIDADE
o n de linhas no vrtice
GRAU 3
Densidade:
MENOR DENSIDADE
MAIOR DENSIDADE
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Anlise da rede
Informaes de Grau
O grau uma propriedade discreta do vrtice, atravs do comando abaixo o programa gera uma partio com as informaes de grau.
>> Output
>> All
Anlise da rede
Informaes de Grau
Agora, usando o comando: Info >> Partition Atravs do relatrio ao lado, da partio gerada dos inputs, pode-se concluir por exemplo que a Austrlia, Alemanha e frica do Sul so os pases com o maior nmero de pases importadores (18 inputs)
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Anlise da rede
Arcs Edges
Desta forma, atravs dos procedimentos utilizados nos 2 slides anteriores possvel analisar quantas interaes tem um vrtice, independente se input ou output.(importao ou exportao como no caso do exemplo)
Anlise da rede
Arcs Edges
1 Soma os valores das linhas em uma nova. 2 Conta o n de linhas que sero unidas. 3 Preserva o menor valor das linhas a serem unidas. 4 Preserva o maior valor.
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Anlise da rede
Partio
Vetor
Como as parties trabalham com valores discretos e inteiros para obter o grau mdio preciso converter a partio de graus em vetor.
Anlise da rede
Similarities / Dissimilarities
Desenhar os vrtices mais prximos ou mais distantes de acordo com sua afinidade. Funciona somente nos layouts energy
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Anlise da rede
Similarities / Dissimilarities
No exemplo ao lado, Similarities est ativado. Quanto maior o valor da ligao, mais prximo o vrtice desenhado um do outro. Valores negativos so colocados ainda mais distantes.
Anlise da rede
Balano (Balance)
Organiza por tentativa e erro os vrtices em parties. Number of repetitions: especifica o n de tentativas. (n muito altos requerem mais tempo para que o computador realize as tentativas) Importance of Neg/Pos errors: define um peso no erro de se colocar vrtices com valores negativos e positivos juntos.
OBS.: comandos assinalados com * usam muito do processamento do computador e podem deix-lo lento ou travar, especialmente em redes muito grandes
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Anlise da rede
Balano (Balance)
Necessita que a rede j tenha uma partio Use o Partition >> Create Constant Partition para gerar uma partio
Ao final o Pajek vai gerar um relatrio do processo e criar uma partio com a melhor forma testada.
NOTAS FINAIS
Este documento fruto do trabalho de iniciao cientfica realizado no CEFET/RJ no qual foi realizado o estudo do funcionamento do software Pajek e suas aplicaes no processo de anlise de redes sociais colaborativas.
Contato: Andr M. Sarmento
marquesandre89@gmail.com.br
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REFERENCIA BIBLIOGRFICA
Exploratory Social Network Analysis with Pajek
Wouter de Nooy Andrej Mrvar Vladimir Batagelj
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