Instituto Tecnolgico y de Estudios Superiores de Monterrey Campus Estado de Mxico Trabajo final de gentica

Manuel Souvervielle Soto Oscar Martnez Zamarripa

A01166919 A01161608

Gentica Gpo. 1

Profesor: Master Gustavo Limn Camacho

3 de mayo de 2010

Como se sabe, el material gentico sufre muchos cambios y regulaciones que limitan o amplifican la expresin de ciertos genes. El tipo de regulaciones que se conocen son estructurales, de empaquetamiento y entre otras, las postranscripcionales, que afectan directamente al mRNA posterior a su maduracin, usualmente presentes en 5, por ejemplo, las secuencias reguladores como enhancers, silencers, factores de transcripcin y estructurales como lo es el splicing alternativo o la metilacin o fosforilacin de histonas. Recientemente se ha encontrado que hay molculas de RNA que fungen como regulador de la expresin gnica, entre ellas podemos encontrar los siRNA (small interfering RNA) y los miRNA (micro RNA). Ambos se encargan del silenciamiento del RNA, fenmenos en los que molculas cortas de ARN provocan la represin de secuencias homlogas, en la expresin gnica. Actualmente se tiene un auge en la investigacin de estos silenciadores del RNA para las nuevas terapias gnicas que estn en desarrollo Nos estamos refiriendo un mtodo de regulacin postranscripcional en el que se adhiere a 3 de la molcula de mRNA-maduro durante el proceso de traduccin. Los micro RNAs de interferencia o miRNAs, son pequesimas molculas de RNA (~20 pdb) inscritas en el genoma de animales y plantas. Son molculas que se han conservado a travs de la evolucin y que podemos encontrar en los eucariontes. stas son trascritas a partir de genes determinados pero en realidad nunca se llegan a traducirse a protenas. Tienen caractersticas muy similares a las de los siRNAs convencionales pero la diferencia es que cada RNA precursor suele dar lugar a slo un miRNA. Los miRNAs son molculas altamente conservativas, sirven como reguladores de la expresin de algunos genes, unindose (como ya se haba mencionado antes) a las regiones diana 3 no transcritas (UTRs) de mRNAs especficos. Son elementos integrales en el control post-transcripcional de los genes. Bsicamente, las molculas cortas llamadas miRNA, provienen de una regin de aproximadamente 70 a 130 nucletidos que forma una horquilla imperfecta que es cortada por Dicer (Klug, 2006), que es una enzima de tipo RNasa III especfica de ARN de doble cadena. En las clulas animales, el producto que es un RNA de aproximadamente 19-14 nucletidos se empareja con las regiones 3 que no se han traducido, del mRNA maduro para as bloquear la traduccin (Klug, 2006). En las clulas vegetales, los miRNA se juntan con la regin codificante de los RNAs diana con un alto grado de complementariedad, despus causan la detencin de la traduccin (Barajas et. al. 2006). Incluso estas molculas de RNA pueden iniciar la degradacin del mRNA despus de parar la traduccin. (Klug, 2006) Cabe mencionar que el mecanismo por el cual los microARNs reducen el nivel de protenas, hasta ahora no queda totalmente claro. Pero basndonos en estudios se puede tener una buena idea de cmo pasa. Los miRNAs presentan una formacin o biognesis particular, la escisin y activacin de miRNAs activos de cadena sencilla por parte del transcrito precursor sucede a travs de un proceso con varios pasos. Al inicio, son transcritos como parte de precursores ms largos, refirindose al transcrito primario (pri-miRNA), que se dobla y une a si mismo formando una estructura de horquilla (hairpin). Luego se procesa al pri-miRNA en el ncleo por medio del complejo Drosha y transportado al citoplasma por exportin 5, donde pasan por el paso final del proceso por accin de la ribonucleasa Dicer; posteriormente, miRNAs maduros son incorporados al complejo

silenciador inducido por RNA (RISC por sus siglas en ingls), asocindose con protenas argonautas. Una vez formando parte del RISC, la accin de helicasa de la ribonucleasa Dicer, separa en hebras sencillas al miRNA y se dirige a su mRNA objetivo, inhibiendo la traduccin, estabilidad y localizacin del mismo (Masafumi, 2010). Muchas de las secuencias genmicas que codifican miRNAs estn en regiones del genoma que no estn asociadas con genes conocidos; muchos se encuentran en partes frgiles de los cromosomas humanos (Calin, 2004) y se transcriben independientemente. Varios miRNAs son codificados en intrones de transcritos primarios de mRNA. Comnmente son codificados con la misma orientacin que el primer transcrito, lo que nos indica que la transcripcin de este tipo de gen de miRNA es dirigido por un promotor de mRNA (Lagos-Quintana, 2003). La importancia y diversidad de estos pequeos RNAs reguladores, se ha hecho notar de poco tiempo atrs, tomando en cuenta que la primera publicacin con la descripcin del (hasta ese momento) recientemente descubierto miRNA, apareci aproximadamente hace unos 12 aos, en un estudio de lin-14 en nematodos, especficamente en Caenoharbditis Elegans, lin-14 es una protena esencial para el control de diversos eventos postembrinicos en C. Elegans; sugiriendo que la traduccin de lin-14 se vea regulada por interacciones RNA-RNA anti sentido (Lee, 1993). Sin embargo se ha presentado como un grave problema y un gran esfuerzo el entender cmo, cundo y dnde es que los miRNAs con producidos y su accin en clulas, tejidos y organismos. Es supuesto que cada miRNA regula mltiples genes y ya que se ha investigado que en eucariontes de alto nivel hay cientos de miRNAs (Lim, 2003; Masafumi, 2010), es notable que el potencial regulatorio que aportan los miRNAs es enorme. Se hicieron estudios en los que se clonaron y secuenciaron varios cientos de miRNAs de ratones, humanos, Drosophila, C. elegans y Arabidopsis, y result que la evidencia obtenida nos indica que hay de 200 a 300 genes de miRNA nicos en el genoma de los humanos y los ratones (Lim, 2003). Tambin sabemos que las secuencias de muchos miRNAs son homlogos con las de otros organismos, esto nos sugiere que los miRNAs representan una vieja e importante forma de regulacin gnica y que se han conservado en el tiempo (Grosshans 2002). En humanos podemos ver que tienen relevancia en el funcionamiento celular debido a que se estima que la regulacin por miRNAs afecta a hasta un tercio del total de genes (Barajas et. al. 2006). Se cree que cada miRNA regula varios genes y debido a que, como se menciona en el artculo de Lim acerca de estudios que se han hecho para encontrar la cantidad de genes que codifican para miRNA en vertebrados, el cual mencionamos en la parte superior, tambin se cree que hay una enorme cantidad de genes que codifican para miRNAs, el potencial de regulacin que nos aportan estas molculas, es enorme. Este tipo de regulacin puede llevarle ventaja a otro tipo de mecanismos de regulacin gnica, pues es probablemente mucho ms rpida que la regulacin mediante una disminucin en su transcripcin. Simplemente un miRNA puede regular de la misma forma a varios genes de una misma o una diferente ruta metablica (siempre y cuando estos contengan secuencias complementarias al miRNA) y as se facilitara la coordinacin en los cambios de expresin de los ya mencionados genes (Barajas et. al. 2006).

Los genes en los cuales la expresin depende de los miRNAs, es decir que estn regulados por ellos, son frecuentemente factores de transcripcin o genes implicados en el desarrollo. Por ejemplo en una investigacin en la que genes implicados en la sntesis y funcin de miRNAs de la planta A. thaliana tenan alteraciones, aparecen graves alteraciones morfolgicas y del desarrollo; esto nos muestra que la importancia de la regulacin de genes por miRNAs es muy alta (Barajas et. al. 2006). Otras investigaciones que se han llevado a cabo en los ltimos aos, han provisto de evidencia contundente de que los miRNAs actan como importantes reguladores en proceso necesarios y de gran importancia, tales como el desarrollo celular primario, como se expuso en la regulacin del desarrollo de C. Elegans (Reinhart, 2000); proliferacin y muerte celular (Brennecke, 2003), apoptosis y metabolismo de grasas (Xu, 2003), diferenciacin celular (Chen, 2003) y desarrollo neuronal. Por otra parte, se abre la puerta a la investigacin mdica cuando se descubre que la expresin de miRNAs interfiere en varias patologas sobre todo de tipo cancerosas, como lo son la leucemia crnica linfoctica (Calin, 2004), adenocarcinoma de colon (Michael, 2003), linfoma de Burkitt (Meztler, 2004); y en los estudios ms novedosos se sugiere una relacin entre miRNAs y enfermedades de infeccin viral (Pfeffer, 2004). Como tal, los miRNAs sirven como nodos en una red de sealizacin que asegura la homeostasis y la regulacin de cncer, metstasis, fibrosis y biologa de clulas madre (Masafumi, 2010). En suma, todos estos resultados nos llevan a pensar que el rol de los miRNAs como reguladores gnicos en eucariontes de nivel superior, puede ser igual de importante que aquella regulacin que proveen los factores de transcripcin. El desafo a futuro ser identificar de manera sistemticamente todos los miRNAs que afectan y son regulados por la red de sealizacin celular. A pesar de estar lejos de este objetivo, la capacidad tecnolgica y las herramientas experimentales definitivamente proveen esta capacidad, la capacidad de monitorear miRNAs que contribuyen en los eventos de sealizacin celular discreta, usando lecturas de caminos metablicos ambiguos o especficos. Curiosamente, algunos aspectos de las funciones de los miRNAs ya se pueden percibir en analoga con dispositivos de ingeniera humana, como es el caso de switches electrnicos; sin embargo pasar mucho antes de que podamos ver que los miRNAs presten su servicio en el diseo de principio operacionales en sistemas complejos. Este conocimiento tiene aplicacin en aspectos enigmticos de la biologa del tejido, como lo son la regeneracin, el auto ensamblaje y homeostasis e incluso en ingeniera computacional y general. De por si sabemos que la regulacin gnica tiene una importancia enorme para el desarrollo adecuado de los seres vivos. Hemos podido ver cmo precisamente unas pequeas molculas de ARN son las responsables de evitar la traduccin del ARN mensajero cuando es necesario, basta con ver la cantidad de genes utilizados para esta accin, para saber que es un proceso realmente importante. Aprendiendo ms acerca de estos micro RNAs se pueden hacer cosas muy importantes, como por ejemplo avances en la prevencin de cncer y lo sabemos por lo que hemos visto, que interviene en padecimientos como la leucemia crnica linfoctica o un adenocarcinoma de colon. Hay todava una enorme cantidad de cosas que descubrir acerca de este tipo de RNA y podemos aprender a usarlo a nuestro favor. Es curioso cmo algo tan pequeo puede tener una influencia tan grande, pero as es la gentica, desde el feroz tigre de bengala, hasta la ballena azul ms grande del ocano, slo pueden existir de la manera en que los conocemos gracias a cosas tan pequeas (para nosotros) como el ADN.

Fuentes de informacin: Lee RC, Feinbaum RL, Ambros V (1993) The C. elegans heterochronic gene lin-4 encodes small RNAs with antisense complementarity to lin-14. Cell 75: 843-854 Aravin AA, Lagos-Quintana M, Yalcin A, Zavolan M, Marks D, Snyder B, Gaasterland T, Meyer J, and Tuschl T (2003) The small RNA profile during Drosophila melanogaster development. Dev Cell 5: 337350. Cai X, Hagedorn CH, Cullen BR. (2004) Human microRNAs are processed from capped, polyadenylated transcripts that can also function as mRNAs. RNA. Nov 3 Calin GA, Sevignani C, Dumitru CD, Hyslop T, Noch E, Yendamuri S, Shimizu M, Rattan S, Bullrich F, Negrini M, Croce CM (2004) Human miRNA genes are frequently located at fragile sites and genomic regions involved in cancers. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 101: 2999-3004. Grosshans H & Slack F (2002) Micro-RNAs: Small is plentiful. J Cell Biol 156: 1721. Hutvagner G, Zamore PD (2002) A miRNA in a multiple-turnover RNAi enzyme complex. Science 297, 2056-2060. Khvorova A, Reynolds A, Jayasena SD. (2003) Functional siRNAs and miRNAs exhibit strand bias. Cell 115(2): 209-16. Doench JG, Petersen CP, Sharp PA. (2003) siRNAs can function as miRNAs. Genes Dev 17: 438-42 Olsen, P. H. and Ambros, V. (1999) The lin-4 regulatory RNA controls developmental timing in C. elegans by blocking LIN-14 protein synthesis after the initiation of translation. Develop Biol 216: 671-680. Rhoades MW, Reinhart BJ, Lim LP, Burge CB, Bartel B, Bartel DP. (2002) Prediction of plant microRNA targets. Cell 110: 513-20. Zeng Y, Wagner EJ, Cullen BR (2002) Both Natural and Designed Micro RNAs Can Inhibit the Expression of Cognate mRNAs When Expressed in Human Cells. Molecular Cell 9: 1327-1333. Zeng Y, Yi R, Cullen BR (2003) miRNAs and small interfering RNAs can inhibit mRNA expression by similar mechanisms. Proc Nat Acad Sci 100: 9779-9784. Lim LP, Glasner ME, Yekta S, Burge CB, Bartel DP (2003b) Vertebrate microRNA genes. Science 299: 1540. Barajas, D, Atencio, F A, Tenllado, F, & Daz, J R. (2006). Silenciamiento por rna: de la regulacin de la expresin. biojournal, (4), 10.

Reinhart BJ, Slack FA, Basson M, Pasquinelli AE, Bettinger JC, Rougvie AC, Horvitz HR, and G Ruvkun. (2000) The 21 nucleotide let-7 RNA regulates C. elegans developmental timing. Nature 403: 901906. Chen X. (2003) A MicroRNA as a Translational Repressor of APETALA2 in Arabidopsis Flower Development. Science E-Pub. Brennecke J, Hipfner DR, Stark A, Russell RB, Cohen SM (2003) bantam encodes a developmentally regulated microRNA that controls cell proliferation and regulates the proapoptotic gene hid in Drosophila. Cell 113: 25-36. Senthil Subramanian, Yan Fu, Ramanjulu Sunkar, Oliver Yu (2008) Novel and nodulation-regulated microRNAs in soybean roots. Biomed Central. BMC Genomics 2008, 9:160. Bosheng Li, Weilun Yin, Xinli Xia (2009). Identification of microRNAsand their targets from Populus euphratica. ELSEVIER. Science direct. Biochemical and biophysical research communications 388 (2009) 272-277. Klug, W.S., Cummings, M.R., & Spencer, Ch. A. (2006). Conceptos de gentica. Madrid: PEARSON EDUCACIN, S.A.. Bruce Alberts, James D. Watson, et al (2002). Molecular Biology of the Cell. Garland Science. Cuarta edicin. Chapter 7. control of gene expression.