INSTITUTO TECNOLGICO SUPERIOR DE LERDO

Formatos de Archivos de Secuencia

ALUMNO: Carlos Daniel Peralta Montoya.

9 de febrero de 2012

Para poder hablar de lo que son los formatos de archivos de secuencia primeramente tenemos que hablar de los tipos de archivos, que como vimos anteriormente en otro tema son tanto el tipo de archivo BINARIO y ASCII. Para recordar que eran estos archivos cabe decir que los archivos binarios son aquellos que solo manejan los ceros y unos, por mencionar unos cuantos: Archivos de videos (mpg, avi, 3gp etc), imgenes (jpg, gif, etc), comprimidos (zip, gz, etc) y muchos mas. En cuanto al archivo ASCII que nos aplica un estndar para poder asignar, ya sea valores numricos o en todo caso caracteres, para as poder utilizar documentos de texto plano para la mayor comprensin de los usuarios. Por decir algunos: Archivo fuente (f, c, p, etc), de texto (txt, tex, etc), y otros. Pero ahora que conocimos estos tipos de archivos y sobre todo el ASCII del cual se derivan los tipos de archivos de secuencia y de secuencia mltiple. Ya sin mas ahora veamos si lo tipos de archivo que se pueden manejar. Formato PHYLIP.- Utilizado frecuentemente como un formato de entrada, para utilizar este archivo necesitamos primero que la primera lnea de entrada de este archivo, deba contener por lo menos un nmero de especies o secuencias, sobre todo por que este archivo es utilizado para inferir filogenia (arboles evolutivos). Una de las caractersticas es que posee un men para poder controlar los programas.(He aqu una forma de como utilizar este archivo) Formato GENBANK.- Utilizado para crear reportes que tengan una secuencia. Principalmente se caracteriza por proporcionar al usuario una informacin bastante completa sobre la secuencia.(Tema ms Extenso) Formato EMBL.- Son los reportes generados por una base de datos de secuencia, que son utilizados por los archivos de programas del GCG. Formato PIR.- Genera los archivos que provienen de la base de datos Formato FASTA.-Es de los ms utilizados ya que en la actualidad puede incluir una o ms secuencias no alineadas. Ms info aqu. Formato Clustal.- Es de archivos de secuencia alineados, la principal caracterstica que lo sustenta son: los nucletidos tanto como los aminocidos, que a su vez son representados por un cdigo de una letra. Formato MSF.-Este archivo se utiliza para tener mas secuencias alineadas, aunque tambin nos puede servir como entrada de datos en programas GCG.

Formato RSF.- Este formato nos permitir introducir una o mas secuencias para poder realizar un anlisis completo, y como muchos archivos anteriores tambin es utilizado por algunos programas del GCG. Conclusin: Como nos dimos cuenta en el transcurso del ensayo pudimos apreciar que los tipos de archivos secuenciales tienden a tomar un curso sobre la bioinformtica. Adems de que tambin pudimos apreciar que muchos de estos archivos trabajan sobre programas que utilizan el GCG, sobre todo esto nos queda decir son demasiado utilizadas para poder llevar un orden de acomodamiento, ya sea as como base de datos. Y para no alargarnos mas solo queda decir que la informacin vista aqu es solo una pequea parte de estos archivos si es necesario saber mas sobre ellos he dejado pequeos links para que chequen la informacin. Una direccin ms para que conozcan ms sobre los archivos de secuencia

BIBLIOGRAFIA: Tipos de Archivos de Secuencia, [En Lnea], [Fecha de Consulta 8/02/12].Disponible en la web: http://www.cecalc.ula.ve/bioinformatica/UNIX/node62.html Introduccin al paquete PHYLIP, [En lnea], [Fecha de Consulta 8/02/12]. Disponible en la web: Aqu GENBANK, [En Lnea], [Fecha de Consulta 8/02/12].Disponible en la web: Aqu FASTA, [En Lnea], [Fecha de Consulta 8/02/12].Disponible en la web: Aqu. CLUSTAL, [En Lnea], [Fecha de Consulta 8/02/12].Disponible en la web: Aqu. Archivos Secuenciales, [En Lnea], [Fecha de Consulta 8/02/12].Disponible en la web: Aqu