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PCEM2 MB7 Virologie

2010

V1 – Généralités sur les virus

Généralités sur les virus Structure, Réplication, Évolution

Les virus sont des microorganismes de très petite taille, 20 à 300 nanomètres, 100 fois plus petit qu’une bactérie, non visibles en microscopie optique.

Les étapes de la découverte

1879 Meyer découvre la nature infectieuse de la

mosaïque du tabac

1892 Ivanovsky montre que c’est un agent ultrafiltrable

(n’est pas retenu par les filtres bactériens)

-ou selon un modèle hélicoïdal

les filtres bactériens) -ou selon un modèle hélicoïdal 1.2. L’enveloppe Virus de la mosaïque du tabac

1.2. L’enveloppe

Virus de la mosaïque du tabac

1901

Reed et al découvrent le virus de la fièvre jaune 1 er

Certains virus possèdent en plus une enveloppe. De

virus humain,

nature lipidique, dérivée des membranes cellulaires, c’est

1903

Remlinger Riffat-Bay : virus de la rage

un élément de fragilité.

1909

Landsteiner et Popper : poliovirus

Elle contient les glycoprotéines virales, récepteurs du

1933

Smith et al : virus de la grippe humaine

virus….

Propriétés des virus

1.3. Classification

Parasitisme intracellulaire obligatoire (ne poussent pas sur les milieux de culture bactériens)

De nombreux hôtes : plantes, animaux, bactéries

Basée sur :

le type d’acide nucléique, ARN ou ADN, sa structure (simple ou double brin, sens positif ou négatif)

la présence ou non de l’enveloppe

Pour l’homme :

200 virus peuvent infecter l’homme avec des degrés de gravité variés

1. Structure des virus

Structure simple :

- 1 acide nucléique =génome

soit un ADN, soit un ARN

- 1 coque protéique = capside

les propriétés biologiques : voies de transmission, vecteurs, pathogénique Classification hiérarchique :

Ordre

Familles Genres
Familles
Genres

Retroviridae

Espèces

: Ordre Familles Genres Retroviridae E s p è c e s Quasi-espèces assure la protection

Quasi-espèces

assure la protection et le transport du génome

1.1. La capside

Exemple :

Lentivirus

Répétition de capsomères, unités de structure constituées de quelques protéines :

- selon un modèle cubique

HIV1

HIV2

SIV

FIV

: - selon un modèle cubique H I V 1 HIV2 SIV FIV Adenovirus Cette capside

Adenovirus

Cette capside a le plus souvent la forme d’un icosaèdre

Cette capside a le plus souvent la forme d’un icosaèdre 20 12 30 faces sommets arêtes

20

12

30

faces

sommets

arêtes

1.4. Formes et tailles des virus

Virus non enveloppés

ADN db

ARN db

ADN sb ARN sb
ADN sb
ARN sb

A. Allardet-Servent

1
1

PCEM2 MB7 Virologie

2010

Virus enveloppés, ARN positif

PCEM2 MB7 Virologie 2010 Virus enveloppés, ARN positif Virus enveloppés, ARN négatif Virus enveloppés ADN 2.

Virus enveloppés, ARN négatif

enveloppés, ARN positif Virus enveloppés, ARN négatif Virus enveloppés ADN 2. Génétique et évolution des virus

Virus enveloppés ADN

Virus enveloppés, ARN négatif Virus enveloppés ADN 2. Génétique et évolution des virus 2.1. La variabilité

2. Génétique et évolution des virus

2.1. La variabilité

La variabilité est une caractéristique des virus. Elle leur permet d’échapper à la réponse immune, aux traitements antiviraux ou de s’adapter à de nouveaux hôtes.

2.1.1. Trois mécanismes déterminent la

variabilité :

mutations (le taux de mutation est très élevé chez les virus à ARN)

recombinaisons (poliovirus, VIH)

réassortiments, chez les virus à génome segmenté (grippe, rotavirus)

2.1.2.

Variabilité inter-souches

Les génotypes du VIH :

Les virus VIH sont extrêmement variables et sont classés en 2 types VIH1 et VIH2. Il y a 3 groupes de VIH1 :

Groupe M (majeur) :

Il regroupe la quasi-totalité des variants isolés et est subdivisé en :

- 9 sous-types purs (A à K)

- de nombreuses (plus de 40) formes recombinantes ou CRF

Groupe O (outlier)

Groupe N (non M-non O)

Ces 2 derniers groupes rassemblent des variants minoritaires isolés de patients originaires d’Afrique.

A. Allardet-Servent

V1 – Généralités sur les virus

Les génotypes du VHC :

Les souches du virus de l’hépatite C se répartissent en 6 groupes (de 1 à 6), subdivisés en sous-groupes (ou sous- types, a à h) L’épidémiologie et la réponse aux traitements sont différentes selon les génotypes. Le génotype 3 est retrouvé chez les toxicomanes IV, le génotype 1b chez les transfusés.

2.1.3. Variabilité intra-souches : les quasi-

espèces

Chez un patient infecté, les souches issues de la multiplication du virus initial présentent des séquences suffisamment différentes pour être considérées comme des espèces différentes.

C’est une propriété des virus à ARN (VIH, VHC) qui ont une réplication rapide, sans système de correction.

Le VIH a une capacité de réplication importante : 10 milliards de virus par jour produisent 10 15 séquences différentes chez un seul individu.

2.1.4.

Conséquences de la variabilité

Sur le diagnostic au laboratoire : prévoir des tests qui puissent identifier les variants

Sur la pathogenèse :

 

le virus polio3 atténué peut retrouver sa neurovirulence par mutation réverse

-

-

les différents génotypes du VHC ont des

pathogénicités différentes

Sur le traitement et la prophylaxie :

- les virus VHC de génotypes 1 ou 4 ont une

moins bonne réponse au traitement que le génotype 3

- la prophylaxie de la grippe nécessite que le

vaccin soit constitué des souches virales en circulation.

2.2. Origine et évolution des virus

Les virus sont issus du monde primitif à ARN où des éléments viroïdes coexistaient avec des cellules primitives à ARN. Les virus seraient les promoteurs de l’apparition de l’ADN, molécule plus stable que l’ARN. Les virus ont été une force très active dans l’évolution de la cellule. L’évolution des virus continue, de façon constante, favorisée par la nombreuse descendance et le grand nombre de mutants.

3. Émergence de nouveaux virus

L’émergence de nouvelles infections virales humaines est la conséquence d’un changement d’hôte à partir de virus d’animaux sauvages ou domestiques. Les principales barrières à ce changement d’hôte sont d’une part, l’exposition limitée de l’Homme aux virus animaux et d’autre part la nécessité d’une adaptation plus ou moins complexe de ces virus à l’Homme.

virus animaux et d’autre part la nécessité d’une adaptation plus ou moins complexe de ces virus

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Ainsi, des modifications génétiques ont été nécessaires pour que le VIH passe des Primates à l’Homme, mais sa diffusion a été possible par des modifications des comportements humains (urbanisation, voyages…). Quand au virus de la grippe, il est véhiculé par les oiseaux migrateurs permettant sa diffusion géographique.

3.1. Émergence de virus de la grippe

Il existe 3 virus Myxovirus inflenzae A, B et C.

La structure :

- L’enveloppe porte deux types de récepteurs :

H, l’hémagglutinine permet la fixation sur la cellule hôte

N, la neuraminidase permet la libération du virus

- Le génome est segmenté en 8 brins d’ARN

du virus - Le génome est segmenté en 8 brins d’ARN  Les réservoirs : -

Les réservoirs :

- Le réservoir animal des virus de la grippe A s’étend des oiseaux aux mammifères (porc, cheval, Homme…). Les

récepteurs viraux sont variables avec un grand nombre de combinaisons possibles H et N:

- chez les virus aviaires, 15 types

d’hémagglutinine et 9 types de neuraminidase sont décrits

- chez les virus mammifères, 3 types

d’hémagglutinine H1, H2, H3 et 2 types de neuraminidase N1 et N2 sont décrits.

- Le réservoir des virus de la grippe B et C est strictement humain.

3.1.1. Facteurs d’émergence Au XX siècle trois pandémies majeures ont introduit dans la population humaine des virus nouveaux contre lesquels il n’existait pas de mémoire immunitaire.

Emergence du virus de la grippe A

Réservoirs

Homme Porc
Homme
Porc

Oiseau

A. Allardet-Servent

Pandémies

1918-1919

H1N1

Grippe

espagnole

1957 :H2N2

Grippe asiatique

Facteurs

d’émergence

Production

aviaire/porcine

Promiscuité

1968: H3N2

Homme/

Grippe de

animaux

Hong- Kong

2009

H1N1v2009

Grippe « mexicaine »

V1 – Généralités sur les virus

En 2009 le virus porcin variant A H1N1 v 2009 est à l’origine d’une nouvelle pandémie. Le virus aviaire asiatique A H5N1 représente un risque pour la santé publique, mais il lui manque actuellement la capacité de transmission interhumaine.

3.1.2. Modifications génétiques majeures chez

le virus de la grippe A

Ces modifications sont responsables de variations antigéniques brutales des récepteurs H et/ou N du virus, à l’origine de pandémies.

Mécanisme : réassortiment de segments d’ARN entre 2 virus co-infectant une même cellule.

Ne se produisent que chez le Virus de la grippe A présent dans plusieurs réservoirs animaux

Caractère imprévisible

Emergence chez l’Homme du virus H1N1 2009

H1N1 Souche américaine
H1N1
Souche américaine

H1N1

Souche européenne

H1N1 2009 H1N1 Souche américaine H1N1 Souche européenne H1N1v 2009 Réassortant Le virus variant H1N1 2

H1N1v 2009

Réassortant

Le virus variant H1N1 2009 est issu d’un réassortiment entre une souche porcine européenne et une souche porcine américaine. Cette dernière est elle-même issue d’un réassortiment entre une souche aviaire, une souche porcine et une souche humaine.

3.1.3. Autres modifications génétiques chez les

virus de la grippe A, B, C

Modifications mineures

Responsables des épidémies saisonnières

Prévisibles (souches vaccinales)

Mécanisme : mutations des gènes des récepteurs

3.2. Émergence du Coronavirus agent de SRAS

Le SRAS CoV responsable de l’épidémie de 2003 a pour origine probable des chauves-souris qui ont infecté des animaux consommés par l’Homme.

de 2003 a pour origine probable des chauves-souris qui ont infecté des animaux consommés par l’Homme.

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PCEM2 MB7 Virologie 2010 3.3. Émergence du VIH Le VIH1 s’est établi chez l’Ho mme il

3.3. Émergence du VIH

Le VIH1 s’est établi chez l’Homme il y a environ 70 ans. Les 3 groupes majeurs M, N et O dérivent chacun d’un transfert à partir de virus SIV du chimpanzé. D’abord limité à de petites communautés, le VIH a ensuite atteint une diffusion planétaire.

le VIH a ensuite atteint une diffusion planétaire. 3.4. Émergence du virus Ebola Ce virus responsable

3.4. Émergence du virus Ebola

Ce virus responsable d’épidémies de fièvres hémorragiques sévères a pour point de départ des contacts avec des singes malades.

pour point de départ des contacts avec des singes malades. 4. Multiplication des Virus Les virus

4. Multiplication des Virus

Les virus se multiplient à l’intérieur d’une cellule selon un processus en plusieurs étapes. Différentes voies de synthèse cellulaires seront utilisées selon les virus. Les enterovirus, virus à ARN, se multiplient à l’intérieur du cytoplasme. Le VIH passe par une étape d’intégration dans le génome cellulaire.

A. Allardet-Servent

V1 – Généralités sur les virus

A. Allardet-Servent V1 – Généralités sur les virus 4.1. Attachement du vi rus sur la cellule
A. Allardet-Servent V1 – Généralités sur les virus 4.1. Attachement du vi rus sur la cellule

4.1. Attachement du virus sur la cellule

Le virus possède des récepteurs permettant sa fixation à la cellule par des récepteurs cellulaires. C’est la présence de ces récepteurs qui rend la cellule sensible à l’infection.

Virus

Protéine

Récepteur

Spécificité

virale

cellulaire

Adenovirus

Fibre

Intégrine

générale

Virus

Hemagglutinine

Résidu

générale

grippal

Neuraminidase

d’acide

sialique

VIH

Gp120

CD4,

Lympho T

Gp41

CXCR4,

Macrophages

CCR5

Certains récepteurs peuvent être utilisés comme cible antivirale.

4.2. La réplication des composants

viraux

Deux étapes sont essentielles, d’une part la synthèse des ARN messagers viraux à partir desquels seront traduites les protéines virales et d’autre part la synthèse des nouveaux génomes. Le virus utilise les enzymes cellulaires quand elles existent, ou à défaut ses propres enzymes.

4.2.1. La synthèse des ARN messagers

les enzymes cellulaires quand elles existent, ou à défaut ses propres enzymes. 4.2.1. La synthèse des

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PCEM2 MB7 Virologie 2010 4.2.2. La réplication du génome 4.3. Les dernières étapes de la réplication

4.2.2. La réplication du génome

PCEM2 MB7 Virologie 2010 4.2.2. La réplication du génome 4.3. Les dernières étapes de la réplication

4.3. Les dernières étapes de la réplication

Les protéines virales sont synthétisées par la cellule sous forme de précurseurs. Ceux-ci sont ensuite clivés par des protéases virales ou cellulaires pour donner les protéines définitives. Ces protéines s’assemblent avec les nouvelles copies du génome pour former les nouveaux virus qui après maturation vont pouvoir infecter de nouvelles cellules. Les virus enveloppés acquièrent l’enveloppe à partir de la membrane cellulaire dans laquelle sont intégrées des protéines virales. Les virus sont libérés par lyse de la cellule ou par bourgeonnement.

5. Cibles des traitements antiviraux

Un bon antiviral doit avoir une cible spécifique pour éviter ou réduire la toxicité cellulaire. Les principales cibles spécifiquement virales sont :

A. Allardet-Servent

V1 – Généralités sur les virus

- Le récepteur viral gp 41 du VIH1

- Des enzymes spécifiquement virales

- La transcriptase inverse, l’intégrase, la protéase des VIH

- Les ADN polymérases des virus du groupe Herpes

- La neuraminidase des virus de la grippe A et B

protéase des VIH - Les ADN polymérases des virus du groupe Herpes - La neuraminidase des

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