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La biologie cellulaire, ou cytologie

I. Introduction
1.1 Dfinition
La biologie cellulaire est une discipline de la biologie tudiant les cellules et leurs organites, les processus vitaux qui s'y droulent ainsi que les mcanismes permettant leur survie (reproduction, mtabolisme, homostasie, communication) sans oublier la caractristique principale de la cellule vivante, savoir, la mort, qui peut tre programme gntiquement (apoptose) ou tre le rsultat d'une agression (ncrose). L'histologie est quant elle l'tude des cellules un niveau suprieur, c'est--dire de leurs agencements en tissus et de leurs interactions (les jonctions : tanches, d'ancrage et de communication, etc.).

1.2 Le cycle cellulaire


Le cycle cellulaire correspond au processus par lequel une cellule aboutit la duplication de son matriel gntique, puis la gnration de deux cellules filles, identiques la cellule dorigine. Les diffrentes tapes de ce processus sont dfinies comme les phases. Durant ce cycle il y a deux tapes importantes que sont la rplication ou phase S (synthse et duplication de lADN) et la mitose (sgrgation des chromosomes et sparation des cellules filles).

Le cycle cellulaire est divis en plusieurs phases : La phase G1, premire phase de croissance (la plus longue), La phase S durant laquelle le matriel gntique est rpliqu, La phase G2, qui est la seconde phase de croissance cellulaire et, La phase M, celle de la mitose proprement dite. Il existe une phase dite de quiescence qui correspond la sortie du cycle, phase G0. Les phases G1, S et G2 constituent l'interphase 1

1.1.2 Le mtabolisme Ensemble des ractions couples se produisant dans les cellules de l'organisme. Il permet soit : Dextraire l'nergie des nutriments (catabolisme), De synthtiser les constituants ncessaires la structure et au bon fonctionnement des cellules (anabolisme). 1.1.3 LHomostasie Initialement labore et dfinie par Claude Bernard, l'homostasie est la capacit que peut avoir un systme quelconque (ouvert ou ferm) conserver son quilibre de fonctionnement en dpit des contraintes qui lui sont extrieures. Selon Walter Bradford Cannon, lhomostasie est lquilibre dynamique qui nous maintient en vie. On parle par exemple : - dhomostasie cellulaire :qui vise maintenir la constance du milieu intrieur de la cellule - dhomostasie tissulaire : un tat dquilibre qui tend maintenir lintgrit du tissu. Schma montrant la formation dune vsicule endocytotique et de lendosome. 1.1.4 Les communications intercellulaires La communication cellulaire peut stablir entre deux cellules dun mme tissu ou de tissu diffrent et aussi entre la cellule et la matrice extra cellulaire. La communication seffectue gnralement par contact du ligand son rcepteur (voir schmas ci-dessous).

Schma reprsentant les diffrentes voies de communication cellulaire. (3 modes de communication) 2

1.1.5 Lapoptose et la ncrose La ncrose est une mort cellulaire accidentelle caractrise par l enflement de la cellule, puis lclatement de la membrane cellulaire qui dverse le contenu dans le tissu environnant provoquant linflammation.

Lapoptose est la mort cellulaire programme. Elle implique des cellules individuelles dans un tissu et ne provoque pas dinflammation .

1.2 Les diffrentes branches de la biologie cellulaire


1.2.1 Cytochimie et Cytoenzymologie La cytochimie, autre branche rcente de la biologie cellulaire, est ne de la convergence des mthodes et des disciplines consacres lanalyse chimique et physico-chimique de la matire vivante. Parmi les dcouvertes importantes de la biochimie, figurent dabord celles de Fisher et Hofmeister qui, en 1902, dcouvrirent quune protine est constitue dacides amins joints par liaison peptidique. Des tudes antrieures de Mesher (1869) et Kossel (1891), constituent une contribution tout aussi importante la biologie cellulaire. Ces deux auteurs purent, en effet, partir de diffrents types cellulaires, isoler les acides nucliques dont le rle primordial dans les phnomnes de lhrdit. Un autre grand progrs fut ralis lorsquOstwald introduisit dans la pense biologique la notion dactivit catalytique et quil dcouvrit que les enzymes sont les entits molculaires utilises par la cellule pour raliser les divers types de transformations nergtiques ncessaires au maintien des activits vitales.

1.2.2 Biologie molculaire La biologie molculaire est une discipline dont l'objet est la comprhension des mcanismes de fonctionnement de la cellule au niveau molculaire. Le terme biologie molculaire dsigne galement l'ensemble des techniques de manipulations d'acides nucliques (ADN, ARN). Parmi les ralisations spectaculaires de la biologie molculaire, il faut souligner : La dcouverte que la squence exacte des acides amins et larrangement tridimensionnel de la chane polypeptidique dans la structure dune molcule protique vont de pair avec les proprits biologiques dfinies dune protine, Ltude des sites actifs dans diffrentes enzymes ; Le modle molculaire de lADN propos par Watson et Crick en 1953 ; Les dcouvertes de la strochimie des macromolcules. 1.2.3 Biologie Cellulaire Moderne La biologie cellulaire moderne aborde les problmes de la cellule tous les niveaux de son organisation depuis les structures molculaires. La Biologie Cellulaire moderne a pour objet dintgrer lensemble des processus biologiques se droulant au sein de la cellule jusqu une chelle molculaire. Sa proccupation majeure est de comprendre les relations existant entre les structures cellulaires et les fonctions biologiques. Discipline la fois descriptive et exprimentale, la Biologie Cellulaire sest dote dinstruments dobservation de plus en plus puissants qui lui ont permis de dcrire en dtail jusqu la morphologie des macromolcules biologiques fonctionnelles qui montrent que certaines activits cellulaires complexes et hautement intgres dpassent le cadre des simples organites que la cytologie permet didentifier (cas de la synthse des protines, voir cours sur la traduction). 1.2.3.1 La Gnomique La gnomique est une discipline de la biologie moderne. Elle tudie le fonctionnement d'un organisme, d'un organe, d'un cancer, etc. l'chelle du gnome, et non plus limite celle d'un seul gne. La gnomique se divise en deux branches : La gnomique structurale, qui se charge du squenage du gnome entier ; Cette branche de la gnomique regroupe toutes les analyses de la structure des gnomes (Ici structure est entendu au sens organisation des gnomes ) ; Les mthodes concernes sont donc le squenage des gnomes, l'identification des gnes, des squences rgulatrices, des squences rptes, etc.. La gnomique fonctionnelle, qui vise dterminer la fonction et l'expression des gnes squencs en caractrisant le transcriptme et le protme. 1.2.3.2 Le Transcriptme 4

Le transcriptme est l'ensemble des ARN messager (molcules servant de matrice pour la synthse des protines) issu de l'expression d'une partie du gnome d'un tissu cellulaire ou d'un type de cellule. La caractrisation et la quantification du transcriptme dans un tissu donn et dans des conditions donnes permettent d'identifier les gnes actifs, de dterminer les mcanismes de rgulation d'expression des gnes et de dfinir les rseaux d'expression des gnes. . 1.2.3.3 Le Protme Le protme est l'ensemble des protines exprimes dans une cellule, une partie d'une cellule (membranes, organites) ou un groupe de cellules (organe, organisme, groupe d'organismes) dans des conditions donnes et un moment donn. Alors que les gnes codent des instructions, les protines les excutent pour assurer le fonctionnement cellulaire. Le protme est de nature dynamique : la diffrence du gnome qui est plus ou moins stable dans les cellules d'un organisme, le protme varie temporellement et spatialement. La taille et la complexit du protme est plus importante que celle du gnome car un gne peut coder plusieurs protines. Ceci est d des modifications de la maturation des ARNm (voir cours plus loin sur la transcription), mais aussi des modifications post-traductionnelles des protines comme les phosphorylations et les glycosylations. L'tude du protme, la protmique, permet une meilleure comprhension du fonctionnement cellulaire partir de l'expression protique dans un contexte global. Lune des applications de la protmique est la dcouverte de bio marqueurs spcifiques dun cancer donn. Exemple : Le PSA (Prostat Spcifique Antigne) : est un bio marqueur du cancer de la prostate. Lorsque la valeur du PSA dans le sang est suprieure 4ng, on peut souponner un dbut de cancer. 1.2.3.4 La Biotechnologie : Une des applications des connaissances acquises en biologie cellulaire La biotechnologie est une science pluridisciplinaire. Elle utilise la matire vivante pour dgrader, synthtiser et produire des matriaux (bioconversions-biosynthses), en vue dune activit agronomique ou industrielle. La Biotechnologie peut tre dfinie comme lutilisation intgre de la biochimie, de la microbiologie et des sciences de lingnieur en vue de permettre une application technologique (industrielle) des capacits des micro-organismes, des cultures de cellules tissulaires et de parties de ceux-ci. Exemple : synthse industriel de linsuline (hormone qui rgule le glucose sanguin, utilise dans le traitement du diabte)

II.La thorie cellulaire

Cette thorie repose sur quatre principes fondamentaux : Tout tre vivant est constitu de cellules ; Toute cellule est issue dune autre cellule ; Le matriel gntique ncessaire lentretien dune cellule et la reproduction de cellules filles se transmet dune gnration lautre ; Les ractions chimiques dun organisme, cest dire son mtabolisme, se droulent dans la cellule. Les virus sont des particules parasites qui ont besoin dune cellule hte, animale, vgtale ou bactrienne pour pouvoir vivre. 2.1 Comparaison structurelle entre une cellule animale, vgtale et bactrienne

Structure dune cellule animale

Structure dune cellule bactrienne Tableau rcapitulatif montrant la diffrence entre les cellules eucaryotes et procaryotes 7

Procaryotes

Eucaryotereprsentants

bactries, arches

protistes, champignons, plantes, animaux

Taille typique

~ 1-10 m

~ 10-100 m

Type de noyau

nuclode; pas de vritable noyau

vrai noyau avec une enveloppe

ADN

Un seul chromosome circulaire

molcules linaires (plusieurs chromosomes) avec des protines histone

Transcription et synthse des protines

Coupl, seffectuent au cytoplasme

synthse d'ARN dans le noyau synthse de protines dans le cytoplasme

Ribosomes

23S+16S+5S

28S+18S+5,8S+5S

Structure cytoplasmique

trs peu de structures

trs structur par des membranes intracellulaires et un cytosquelette

Mouvement de la cellule

flagelle

flagelle et cils

Mtabolisme

anarobique (en absence doxygne) ou arobique (en prsence doxygne)

Habituellement nest que arobique

Mitochondries

aucune

de une plusieurs douzaines

Chloroplastes

aucun

dans les algues et les plantes chlorophylliennes

Organisation

habituellement des cellules isoles

cellules isoles, colonies, organismes complexes avec des cellules spcialises

Division de la cellule

division simple

Mitose (multiplication conforme de la cellule) Miose (formation de gamtes)

III.

Les organites cellulaires

Selon leur fonction principale, les organites interviennent dans les processus de synthse ou de dgradation mtaboliques. Cette distinction arbitraire a l'intrt de montrer le dynamisme du mtabolisme cellulaire. Les constituants sont soumis un renouvellement permanent qui permet la cellule de rpondre au mieux aux sollicitations physiologiques. A. Les organites de synthse le noyau ; localisation et rplication de l'information gntique (ADN), synthse des ARN messagers (ARNm), de transfert (ARNt) et ribosomaux (ARNr) (ce dernier est synthtis dans une structure nuclaire distincte appele nuclole), la mitochondrie ; mtabolisme de l'oxygne et synthse d'ATP (source d'nergie) et NAD(P)H (pouvoir rducteur), le rticulum endoplasmique (RE) ; synthse des (glyco)protines (RE-rugueux) et lipides (RE-lisse), l'appareil de Golgi ; maturation de (glyco)protines et formation de vsicules de scrtion. B. Les organites de dgradation L'endosome : recyclage des membranes et des protines de surface, Les lysosomes ; dgradation des protines, lipides et polysaccharides (contient des hydrolases : lipases, protases et nuclases) Les peroxysomes ; dtoxification des molcules potentiellement dangereuses. C. Les organites de structure le cytosquelette ; donne la forme cellulaire, intervient dans la contraction, le mouvement et la division cellulaire. En gnral, toutes les cellules ont les mmes organites, mais en fonction de leur rle dans l'organisme (de leur spcialisation), ils sont plus ou moins dvelopps. 9

Exemples : Les cellules pancratiques : contiennent lappareil de Golgi en abondance pour la productiond'enzymes digestives. Les cellules lymphocytaires B : contiennent le rticulum endoplasmique en abondance pour la production d'anticorps. Les cellules hpatiques : possdent des proxysomes en abondance pour dtoxifier le sang. Les cellules leucocytaires : contiennent des lysosomes en grande quantit pour tuer les microbes. Les cellules musculaires : cytosquelette abondant (actine et myosine) pour la contraction. Les cellules nerveuses : contiennent un cytosquelette abondant (tubuline) impliqu dans le transport des vsicules de neurotransmetteur. 3.1 Organites spcifiques dune cellule Vgtale: Paroi cellulaire, Vacuole centrale, Chloroplaste, Plasmodesmes 3.2 Organites communes aux cellules animales et vgtales: Noyau, Centrosome, Appareil de Golgi, Mitochondrie, Peroxysome, Membrane plasmique, Rticulum endoplasmique rugueux et Rticulum endoplasmique lisse, Ribosomes, Cytosquelette (micro filaments, filaments intermdiaire et microtubules) 3.3 Organites spcifiques dune cellule animale: Lysosomes, centrioles, flagelles (sauf sur certaines gamtes)

3.1 Fonctions des constituants bactriens


3.1.1 Le rle de la paroi * la paroi donne la forme la bactrie * elle a un rle de protection * elle permet la diffrenciation de deux grands types de bactries (tableau ci-dessous). 3.1.2 Constitution chimique de la paroi Toutes les parois bactriennes sont constitues d'un muco-complexe, la murine. La murine existe chez toutes les bactries (Gram+). Par contre certaines autres molcules (protines, lipides) ne sont prsentes que dans la paroi de certaines espces (Gram-).

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Murine + +
3.1.3. Le msosome

Protine +

Lipides +

Bactrie type GRAM + GRAM -

Joue un rle dans la division de la bactrie c'est un repli de la membrane plasmique souvent en rapport troit avec l'ADN bactrien. 3.1.4 LADN : 3.1.4.1 LADN chromosomique : Comme toutes les cellules la bactrie contient un gnome constitu dun seul chromosome qui joue un rle dans la croissance, le dveloppement et la division cellulaire. 3.1.4.2 LADN plasmidique : la bactrie peut possder un ou plusieurs plasmides constitus dADN bicatnaire et circulaire qui joue un rle principalement de dfense. 3.1.5 Les Thylakodes : Fonctionnent comme ceux des chloroplastes des cellules vgtales. On les retrouve dans les cellules procaryotes photosynthtiques seulement.

3.2 Rles des constituants de cellules vgtales


3.2.1 La Paroi cellulaire : Elle est compose de protines et de polysaccharides comme la cellulose. Rle : maintenir la forme de la cellule et la protger de lenvironnement extrieur. 3.2.2 La vacuole centrale : Organite volumineux qui grossit mesure que la plante crot. Elle est entoure dune membrane appele tonoplaste. Rle : elle emmagasine et dgrade les dchets.

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3.2.3 Le chloroplaste : Fait partie dun groupe dorganites que lon appelle plastes. Ils sont forms de sacs membraneux empils. La chlorophylle est le pigment vert qui donne la couleur des chloroplastes. Rle : La photosynthse 3.2.4 Les plasmodesmes : Canaux qui traversent la paroi cellulaire. Rle : relier le cytoplasme aux cellules voisines.

3.3 Le Peroxysome
Le peroxysome est un organite cellulaire entour par une membrane simple et ne contenant pas de matriel gntique. Contrairement la mitochondrie ou le chloroplaste, toutes les protines qui le constituent sont codes par des gnes nuclaires et proviennent du cytosol. Le peroxysome a t dcouvert dans les annes 1950 grce l'utilisation du microscope lectronique. 3.3.1 Structure

3.3.2 Fonction Les peroxysomes, sont chargs de la dtoxification de la cellule : Les enzymes oxydases (D-amino-acide-oxydase, urate-oxydase) enlvent des atomes d'hydrogne libres (raction d'oxydation) des substrats organiques spcifique R. Ces substrats lis des atomes d'hydrogne, sont potentiellement toxiques pour la cellule. L'oxydation de ces molcules les dtoxifient. RH2 + O2 R + H2O2

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La catalase utilise le peroxyde d'hydrogne H2O2 produit par d'autres enzymes pour oxyder une varit d'autres substrats toxiques R' (phnols, acide mthanoque, alcool): on parle de raction de peroxydation. H2O2 + R'H2 R' + 2 H2O. La catalase, catalyse aussi la raction : H2O2 + H2O2 => O2 + 2H2O

3.4 Voies de biosynthse et de scrtion des protines


3.4.1 Le Rticulum endoplasmique En biologie cellulaire, le rticulum endoplasmique, (du latin reticulum : "rseau"; et endoplasmique: " l'intrieur du cytoplasme") ou RE, est un organite prsent dans les cellules eucaryotes. Le RE modifie les protines, produit des macromolcules et transfre des substances vers l'appareil de Golgi. Dans les neurones, le rticulum endoplasmique se nomme Corps de Nissl, et dans les hpatocytes, Corps de Berg.

Le RE est constitu d'un rseau membraneux tendu. La membrane spare la lumire du rticulum du cytosol. Des parties de la membrane du rticulum sont en continuit avec la membrane externe du noyau, et la lumire du RE est en continuit avec l'espace inter membranaire du noyau. Une partie du RE est couverte de ribosomes qui assemblent les acides amins en chanes protiques suivant l'information provenant du noyau. L'apparence rugueuse de ces parties au microscope lectronique leur vaut la qualification de RE granuleux (REG ou RER). Les parties sans ribosomes sont appeles RE lisse (REL). Les ribosomes sur le REG insrent la protine synthtise directement dans la lumire du RE, o elles acquirent leur conformation (repliement) avant de gagner l'appareil de Golgi. La quantit de REL et de REG varie selon les cellules. De mme la proportion de REG par rapport celle de REL varie aussi selon l'tat d'activit de la cellule, selon les besoins en protosynthse de la cellule. Les REG et REL ont des fonctions diffrentes mais ces deux lments constituent des compartiments en constante volution dynamique et de ce fait l'on peut passer de l'un l'autre dans une mme cellule. 13

3.4.1.1 Le RE granuleux ou rugueux


3.4.1.1.1 Fonctions Le rticulum endoplasmique rugueux (REG) assemble et transporte les protines destines aux membranes et la scrtion. Au sein du REG les protines peuvent tre modifies par Glycosylation . Les protines synthtises de manire classique par les cytoribosomes (ribosomes libres) ne sont pas glycosyles. Ce phnomne concerne seulement les protines synthtises au niveau du RE. Il existe deux types de glycosylation : la O-glycosylation et la N-glycosylation. La N est la plus frquente et l'asparagine est l'acide amin de la protine qui sera glycosyle. Ce type de glycosylation dbute dans le RE pour se terminer dans le Golgi. Au niveau du REG les protines nosynthtises (nouvellement synthtises) subissent un repliement et leur qualit est contrle. Si des protines sont mal replies, elles sont limines par le protasome.

3.4.1.2 Le RE lisse
3.4.1.2.1 Fonctions Le RE assure de multiples fonctions. - Stockage et concentration de molcules. Il le fait par endocytose, par pinocytose, ou partir de substances labores par la cellule. On note par exemple l'accumulation dans les vacuoles du RE d'immunoglobulines. - Rle de dtoxification, avec la transformation de molcules toxiques en molcules atoxiques, en partie grce au cytochrome P450. Cela a surtout lieu dans le rein et le foie. - Rle dans le mtabolisme du calcium. Le calcium est stock dans le RE. La rgulation du calcium avec l'Inositol-tris-phosphate (IP3) notamment, - joue un rle dans le contrle de la prolifration cellulaire, dans l'apoptose, et le mtabolisme cellulaire. - Joue un rle dans la scrtion d'H+ et Cl- par les cellules bordantes de l'estomac (acidification du milieu stomacal).

3.4.2 Appareil de Golgi 3.4.2.1 Structure


L'appareil de Golgi est structurellement et biochimiquement polaris. Il possde deux faces distinctes : le ct cis (ou de formation) et le ct trans (ou de maturation). La face cis est situe proximit des membranes du rticulum endoplasmique. Ses membranes sont fines et sa composition est similaire celles du rticulum. Elles sont entoures par des vsicules golgiennes, aussi appel vsicules de transition qui sont issues du rticulum. La face trans est gnralement proche de la membrane du plasma. Ses membranes sont plus paisses et similaires celle du plasma. On trouve sur ces faces des vsicules plus grandes, les vsicules scrtrices.

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3.4.2.2 Le rle des saccules de Golgi est : de modifier les substances synthtises dans le RER . Ces transformations peuvent tre une agrgation des restes de glucides pour obtenir une structure finale ou alors pour tre protolys et ainsi acqurir une conformation active. Par exemple, dans le RER des cellules acineuses du pancras synthtisent la pro-insuline qui acquiert la conformation finale de l'insuline grce aux transformations qu'elle subit dans l'appareil de Golgi. Les enzymes que l'on trouve l'intrieur des dictyosomes sont capables de modifier des macromolcules par glycosylation (ajout de glucides) et par phosphorylation (ajout de phosphates). Les protines sont galement marques par des squences de signaux qui dterminent leur destination finale, comme par exemple le mannose-6-phosphate qui est ajout aux protines des lysosomes.

En outre, l'appareil de Golgi scrte des enzymes, telles que les enzymes digestives du pancras. Elles traversent tous les sacs de l'appareil et quand elles arrivent au niveau de la face trans du dictyosome (sous la forme de vsicules de scrtion), elles sont transportes vers leur destination finale, en dehors de la cellule, par exocytose. L'appareil de Golgi est le plus important des organites pour la synthse des hydrates de carbone. 15

Parmi les autres fonctions de l'appareil de Golgi, on trouve galement le transport et le stockage des graisses et la formation des lysosomes.

3.4.3 Exocytose/endocytose.
Plusieurs substances trop volumineuses, comme des gouttelettes de liquide par exemple ou des particules solides ne peuvent entrer dans la cellule. La membrane tant une structure fluide, celle-ci peut cependant se dformer de faon pouvoir internaliser ou expulser des particules volumineuses: ces phnomnes sont respectivement appels l'endocytose et l'exocytose. Fondamentalement, ces phnomnes membranaires doivent tre aliments en nergie: on parle encore de mcanisme de transport actif.

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3.4.3.1 Lendocytose 3.4.3.1.1 Dfinition


Terme issu du grec endon : dedans et kutos : cellule. Signifie vers l'intrieur de la cellule. Ce mcanisme de transports va permettre de grosses molcules ou encore des macromolcules de pntrer dans la cellule. Pour cela, il est ncessaire qu'une vsicule se forme. Ce processus est obtenu partir de la membrane cytoplasmique de laquelle se dtache graduellement une sorte d'invagination. On dcrit classiquement trois formes d'endocytose : A. La phagocytose (qui signifie action de manger) au cours de laquelle des portions de membrane cytoplasmique mais galement du cytoplasme entourent progressivement un objet destin tre absorb par la cellule. Il se forme ainsi une vsicule que l'on appelle le phagosome. Le plus souvent le phagosome va fusionner avec un lysosome contenant des enzymes digestives qui vont permettre d'hydrolyser (dtruire) le contenu de la vsicule. L'intervention d'une varit de globules blancs : les macrophages est habituel dans l'organisme humain. Ils permettent ainsi l'limination de bactries et d'autres substances trangres ainsi que celle des cellules mortes. B. La pinocytose. En effet, lors de ce mcanisme on voit se mettre en place dans la cellule un petit repli de membrane qui vient doucement englober une gouttelette de liquide contenue l'extrieur de la cellule dans laquelle se trouvent des molcules dissoutes. Dans un deuxime temps cette gouttelette pntre dans la cellule l'intrieur d'une vsicule pinocytaire de trs petite taille. Le mcanisme de pinocytose est employ par certains types de cellules pour absorber des nutriments. Les tissus contenant cette varit de cellules sont ceux qui tapissent l'intrieur des intestins essentiellement. C. L'endocytose par rcepteurs interposs. Contrairement aux deux mcanismes prcdemment cits, l'endocytose est trs slective. Dans ce cas les rcepteurs employs par la cellule sont des protines de la membrane cytoplasmique qui vont se lier uniquement qu'avec certaines substances. Secondairement, les rcepteurs et les substances qui sont ainsi lis entre elles vont pntrer vers l'intrieur de la cellule en utilisant de petites vsicules que l'on appelle des vsicules tapisses (par la clathrine). La clathrine est une couche de protines qui tapisse la vsicule du ct cytoplasmique. L'endocytose est utilise tout particulirement par les reins pour favoriser l'absorption de diverses substances comme l'insuline, des lipoprotines dont la densit est basse (cholestrol), le fer et certaines petites protines. Il existe une pathologie appele l'hypercholestrolmie familiale (maladie hrditaire) 17

dans laquelle les rcepteurs protiniques qui sont ncessaires la capture du cholestrol et qui utilisent le phnomne d'endocytose, sont absents. Cette anomalie est l'origine d'une accumulation de cholestrol en dehors de la cellule c'est--dire dans le sang. L'hypercholestrolmie familiale est susceptible d'tre l'origine de maladie coronarienne entre autres.

3.4.3.2

LExocytose.

Est un procd de sortie qui permet la cellule d'expulser dans le milieu extracellulaire de grosses molcules comme, par exemple, certaines protines fabriques par la cellule. Lors de ce processus, des vsicules contenant les produits de scrtion migrent vers la membrane cytoplasmique. Lors de ce contact, la membrane lipidique des vsicules fusionne la membrane cytoplasmique leur permettant ainsi de dverser leur contenu dans le milieu extracellulaire ou plus prcisment dans le milieu interstitiel.(figure ci-dessous)

3.4.3.2.1 Voies de scrtion contrle et constitutive Les deux voies divergent dans le rseau trans-golgien. Un grand nombre de protines soluble sont continuellement scrtes hors de la cellule par la voie de scrtion constitutive. Cette voie fournit galement des lipides et des protines transmembranaires la membrane plasmique.

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Des cellules scrtrices spcialises possdent galement une voie de scrtion contrle, par laquelle des protines slectionnes dans le rseau trans-golgien sont dtournes vers des vsicules de scrtion, o les protines sont concentres et stockes jusqu' ce qu'un signal extracellulaire stimule leur scrtion.

3.5 La mitochondrie
3.5.1 Structure de la mitochondrie : Les mitochondries ont une dimension de 1-2 10 m de long et de 0,5 1 m de large. Elles se composent de 2 membranes mitochondriales, une externe et une interne, qui dlimitent trois milieux : le milieu extra-mitochondrial (cytoplasme de la cellule), l'espace inter-membranaire et la matrice. Chacune est de l'ordre des 6 nm et l'espace intermembranaire est de 7 nm.

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Figure 1. Structure de la mitochondrie La membrane externe est permable toutes les molcules de 5 kDa ou moins grce la prsence de porines. Elle contient aussi des translocases : transporteurs protiques, impliques dans l'import des protines (Translocase of the Outer Membrane, TOM). La membrane interne se replie pour former de nombreuses crtes (cristae), ce qui a pour consquence d'augmenter sa surface totale. La base d'une crte est souvent constitue par une structure tubulaire troite appele tube de jonction de crte qui tablit une communication entre l'espace intrieur de la crte et l'espace inter membranaire priphrique de la mitochondrie (voir figure1 ). La composition lipidique de la membrane interne est particulire : elle contient une majorit de phosphatidylcholine et de cardiolipine. Dans cette membrane on trouve la chane respiratoire de transporteurs d'lectrons, et l'ATP synthase. Dans l'espace matriciel - on trouve un mlange trs concentr de nombreuses enzymes, dont celles qui sont ncessaires l'oxydation du pyruvate et des acides gras (en actyl-CoA) et au cycle de l'acide citrique (cycle de Krebs). - On trouve l'ADN mitochondrial. Le gnome mitochondrial (ADNmt) humain est circulaire et compos de 16 569 paires de bases, dont 13 cistrons codant des ARNms, 22 gnes pour des ARNts et 2 gnes pour des ARNrs. L'utilisation d'ADNmt pour la synthse protique dpend entirement de l'importation de facteurs de transcription et de traduction. La rplication de l'ADNmt est aussi entirement dpendante de l'import d'enzymes provenant du cytoplasme. Suivant les organismes 1 10 % des protines mitochondriales sont directement synthtise dans 20

la matrice par les mito-ribosomes, partir de l'ADN mitochondrial. 3.5.2 Fonctions de la mitochondrie La mitochondrie est considre comme la centrale nergtique de la cellule, car c'est l que se droulent les dernires tapes du cycle respiratoire (en prsence d'oxygne, arobie) qui convertit l'nergie des molcules organiques issues de la dgradation du glucose en nergie directement utilisable par la cellule (ATP). En cas d'absence d'oxygne la cellule utilise la fermentation dans le cytoplasme pour produire l'nergie ncessaire son fonctionnement, mais c'est un systme beaucoup moins efficace, qui dgrade de faon incomplte le substrat. La production d'acide lactique donne lieu, par exemple, des phnomnes de crampes. 3.5.2.1 Synthse de lATP

La premire tape: La Glycolyse


La glycolyse se droule dans le cytosol de la cellule. Elle transforme le glucose (sucre 6 carbones) en deux molcules de pyruvate (sucre 3 carbones) qui seront par la suite transformes soit par le cycle de Krebs (en arobiose), soit par fermentation (en anarobiose).

Bilan de la glycolyse 1 glucose + 2 ADP + 2 Pi + 2 NAD+ --> 2 Pyruvates+ 2 ATP + 2 NADH + 2 H+

La 2me tape : Oxydation du pyruvate


Le pyruvate produit dans le cytosol lors de la glycolyse entre dans la mitochondrie par transport actif. Il y est transform en actyl-coenzyme A par trois enzymes.

a- Cycle de Krebs
Le cycle de Krebs (cycle des acides tricarboxyliques) est la plaque tournante du mtabolisme cellulaire. Il est aliment par le catabolisme des glucides, des lipides et des protines. Le cycle de Krebs se droule dans la matrice de la mitochondrie. Il transforme l'actyl-CoA en gaz carbonique, en NADH + H+, en ATP et en FADH2.

Bilan du cycle de Krebs


Au cours du cycle, partir d'une mole de glucose et jusqu'au stade CO2 et H2O on produit 2 CO2, 6NADH + H+, 2FADH2 et 1 ATP. 21

La rduction des coenzymes NAD et FAD par la chane respiratoire produit 38 ATP
b. Chane de transport des lectrons (figure ci-dessous)
La trs grande majorit de l'ATP produit lors de la respiration arobie l'est par la chane de transport des lectrons. Les coenzymes rduits (NADH + H+ et FADH2) produits par la glycolyse et le cycle de Krebs vont tres roxyds par la chane respiratoire. La chane de transport des lectrons est une suite de molcules fixes sur la membrane interne de la mitochondrie (voir figure ci-dessous). Les lectrons provenant des coenzymes rduits se dplacent donc le long de la membrane sur la chane de transport. Les lectrons, en se dplaant, font sortir des protons (H+) dans l'espace intermembranaire de la mitochondrie. L'accumulation de protons fait fonctionner l'ATP synthtase (une pompe protons) qui utilise le reflux de protons pour fabriquer de l'ATP.

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Une molcule de glucose permet, en arobiose, l'obtention de 38 molcules d'ATP, alors que la glycolyse en anarobiose n'en fournit que 2.
Bilan gnral du catabolisme du glucose

L'oxydation d'une seule molcule de NADH-H+ permet la formation de 3ATP L'oxydation d'une seule molcule FADH2 permet la formation de 2 ATP.

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IV. La membrane plasmique La membrane plasmique forme une pellicule continue de 6 9 nm dpaisseur dlimitant le cytoplasme du milieu extracellulaire. Ce micro-cotone est compose de phospholipides, de protines (intracellulaires, extracellulaires ou insres dans la double couche phospholipidique) et de molcules de cholestrol.Grce une permabilit trs slective, elle joue un double rle de protection et de contrle des changes entre les milieux intracellulaire et extracellulaire.

IV.1 Bicouche lipidique Une membrane est compose d'une bicouche de lipides amphipathiques ou amphiphiles, (des phospholipides dans la plupart des cas). Chaque lipide membranaire a sa tte polaire hydrophile oriente vers lextrieur de la membrane et sa queue hydrophobe (chane d'acide gras sature ou insature) oriente vers l'intrieur. L'paisseur d'une membrane est d'environ 7,5 nm. La membrane cytoplasmique est qualifie de "dynamique" de par son constant renouvellement. IV.1. 1 Les glycolipides. On ne trouve ces lipides que sur le feuillet externe de la membrane. Les glucides associs aux lipides ont un rle trs important dans la reconnaissance des signaux extracellulaires.

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IV.2.1 Le modle de la mosaque fluide Le terme de mosaque fluide, d Singer et Nicholson[7], est souvent employ pour dcrire la fois la composition et le comportement dynamique des membranes biologiques :

mosaque car la composition de la membrane est trs htrogne la fois dans l'espace et le temps. Ainsi, l'existence de protines intgrales (membranaires), de lipides diffrents (une diffrence de composition entre le feuillet interne et externe est aussi observe), de sucres complexes, existant presque' indpendamment les uns des autres, explique la dnomination de mosaque. fluide car les phospholipides et les protines membranaires peuvent se mouvoir dans le plan de la membrane. De plus, la membrane est un corps parfaitement dformable dans les 3 directions de l'espace. Les principaux composants influant sur la fluidit d'une membrane sont les phospholipides insaturs et le cholestrol : -Les phospholipides avec une chaine d'acide gras insature fluidifient la membrane en diminuant les interactions de van der Waals (interactions lectromagntiques faibles); -Le cholestrol rigidifie la membrane en gnant la diffusion latrale des lments. Plus il y a de cholestrol moins la double couche lipidique est fluide

IV.2.2 Les protines membranaires. Les membranes diffrent beaucoup entre elles quant leur composition en protines, et celle-ci reflte l'activit biochimique membranaire. Ce sont soit des protines intrinsques (intgres dans la membrane plasmique), soit des protines extrinsques (sur une face ou l'autre de la membrane). Les liaisons entre protines intrinsques et membranes sont de type hydrophobe. La liaison entre protines extrinsque et membrane se fait par liaison H ou de type lectrostatique. Les protines de la face externe peuvent tre glycosiles (rle dans la reconnaissance des signaux extracellulaires).

IV.2- Les transports membranaires. IV.2.1 Introduction


Le caractre hydrophobe de la partie interne de la double couche lipidique en fait une barrire extrmement impermable la plupart des molcules polaires. Cette fonction de barrire est trs importante, car elle permet la cellule de maintenir des concentrations de soluts dans le cytoplasme diffrentes de celles du milieu extracellulaire, et cela dans chaque compartiment dlimit par une membrane. Mais c'est prcisment pour cette raison que les cellules ont d dvelopper des systmes particuliers pour transporter des molcules hydrosolubles travers la membrane. Les cellules doivent ingrer des substances nutritives essentielles et excrter les dchets mtaboliques. Elles doivent aussi rgler les concentrations ioniques intracellulaires. Le transport des ions inorganiques et des petites molcules hydrosolubles travers la double couche lipidique 25

s'effectue grce des protines transmembranaires spcialises, dont chacune est responsable du transfert d'un ion spcifique ou d'une molcule ou d'un groupe spcifique d'ions ou de molcules troitement apparents. Les cellules ont ainsi dvelopp des systmes de transport d'ions et de macromolcules faisant intervenir des protines membranaires : transporteurs, pompes ou canaux. Les raisons pour lesquelles les cellules ont besoin de ces protines de transport membranaire sont les suivantes : 1. approvisionnement en mtabolites, 2. limination des dchets mtaboliques, 3. maintien de concentrations ioniques bien dfinies.

IV.2.1- Impermabilit de la double couche lipidique aux ions.


Si on lui laisse le temps, pratiquement toute molcule non charge diffusera travers une double couche lipidique ne contenant pas de protines dans le sens de son gradient de concentrations. La vitesse de diffusion d'une molcule travers ce type de double couche lipidique varie cependant considrablement en fonction de la taille de la molcule et de sa solubilit. Au contraire, les doubles couches lipidiques sont extrmement impermables toutes les molcules charges, quelle que soit leur taille.

IV.2.2.1- Les diffusions. IV.2.2.1.1- La diffusion simple.


Elle se produit travers la double couche lipidique des membranes ; elle ne concerne donc pas les molcules charges qui sont trs lipophobes. Les molcules vont donc passer des compartiments de plus forte concentration aux compartiments de plus faible concentration.

IV.2.2.2- la diffusion facilite.


Elle concerne les molcules dont la traverse de la bicouche lipidique est cintiquement dfavorise en raison de leur faible liposolubilit. Il s'agit cependant toujours d'une diffusion puisqu'elle s'opre variation ngative d'enthalpie libre. Lorsque le solut n'est pas charg la diffusion se fait selon le gradient de concentration, mais travers une structure protique membranaire (une permase) qui acclre la diffusion. Une diffusion facilite peut se reprsenter comme une diffusion catalyse par une enzyme particulire. Cintiquement, on distingue une diffusion simple d'une diffusion facilite par le fait que cette dernire est caractrise par un phnomne de saturation. En effet, alors qu'un flux diffusif simple est 26

proportionnel la surface de membrane traverse (loi de Fick), un flux facilit est, de plus, limit par le nombre de points de passages, donc par la densit de molcules de permase dans la membrane ; ce qui explique le phnomne de saturation qu'voque la courbe hyperbolique de cette cintique.

Lorsque le solut est charg (ions minraux comme le sodium ou le potassium, par exemple), la diffusion se fait alors selon le gradient lectrochimique (de concentration et de potentiel lectrique). Ainsi, le sens de la diffusion facilite d'un ion ne peut pas tre dduit de la seule connaissance des concentrations. Pour peu que le gradient lectrique le permette, un ion peut diffuser spontanment contre son gradient de concentration ; il faut et il suffit pour cela que le terme DG soit ngatif. Ici encore, une structure protique facilite la diffusion mais n'affecte pas son sens. Une diffrence importante doit cependant tre note ici ; alors que la diffusion facilite fait intervenir une permase pour les composs neutres avec un fonctionnement michaelien (interaction entre la permase et le solut transfr), les ions diffusent travers de simples canaux dont la traverse ne suppose pas un changement de conformation. Il n'en reste pas moins que la cintique d'une telle diffusion facilite conserve le caractre d'une saturation, ce qui s'explique par le fait que les canaux sont en nombre fini dans les membranes. Les canaux ioniques ne sont pas toujours ouverts, ils ont souvent besoin d'une excitation extrieure, cette excitation peut tre chimique, lectrique ou mcanique suivant les canaux.

IV.2.2.2- Les transports actifs.


Transport actif primaire. Qu'ils soient chargs ou non, les soluts peuvent tre activement transports contre leur gradient de concentration travers la membrane et donc par couplage avec un processus exergonique. On parle de transport actif primaire lorsque c'est une raction chimique exergonique qui est couple au transport. (Le plus souvent on a hydrolyse d'ATP). Un modle maintenant classique est celui de la pompe sodium potassium des cellules animales. C'est l'hydrolyse de cet ATP qui fournit l'nergie ncessaire au transport. (figure ci-dessous) 27

On a une sortie de 3 Na+ pour une entre de 2 K+. Transport actif secondaire. On parle de transport actif secondaires lorsqu'un solut est pomp (contre, donc, son gradient lectrochimique) en utilisant un gradient de concentration ionique mis en place par une pompe primaire. Trs souvent le gradient de concentrations utilis est le gradient de sodium de la pompe sodium potassium. Le transport de la substance peut se faire dans le mme sens que celui du sodium, on parle alors de symport, ou dans le sens contraire, on parle alors d'antiport. Ici le transport du glucose se fait dans le mme sens que celui du Na+, c'est donc un symport. (cf. figure ci-dessous)

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V. Les molcules d'adhrence


Dans leur majorit les cellules des animaux pluricellulaires sont organises en ensembles coopratifs appels tissus, qui s'associent leur tour selon diverses combinaisons en units fonctionnelles de plus grandes dimensions : les organes. Les cellules des tissus sont habituellement en contact avec un rseau complexe de macromolcules extracellulaires scrtes : la matrice extracellulaire (constitue par la fibronectine, la laminine et le collagne). Les cellules d'un tissu sont galement maintenues en place par adhrence directe des cellules entre elles. Toutes ces interactions sont dues des protines membranaires spcialises : les molcules d'adhrence. Elles jouent un rle trs important la fois dans le dveloppement et l'intgrit anatomique des tissus. Dans la plupart des cas, les molcules d'adhrence peuvent tre considres comme des rcepteurs, c'est-dire des protines transmembranaires capables de fixer un ligand. Ce sont souvent les molcules d'adhrence elles-mmes (prsentes par les cellules adjacentes) ou encore des composants de la matrice extracellulaire.

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Figure : Contacts multiples d'une cellule avec son environnement Adhrence cellule-cellule 1. Le rle des molcules d'adhrence dans l'assemblage cellulaire 2. Le rle des molcules d'adhrence dans la circulation des cellules Immunitaires

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3. Le rle des molcules d'adhrence dans la cohsion tissulaire

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VI. Le cytosquelette Le cytosquelette est constitu de filaments d'actine, de filaments intermdiaires et de microtubules. Leurs fonctions concernent la dfense contre les agressions mcaniques, la forme de la cellule et les divers mouvements cellulaires et intracellulaires. Les lments du cytosquelette sont des structures protiques allonges rsultant de la polymrisation d'lments monomriques. Le cytosquelette forme un rseau complexe de filaments et tubules qui s'tend dans tout le cytoplasme. Contrairement au squelette osseux qui est rigide, le cytosquelette est une structure trs dynamique qui se rorganise continuellement au cours des diffrents vnements cellulaires (migration, division, etc.). Le cytosquelette interagie galement avec les molcules d'adhrence (les intgrines les NCAM (molcules dadhsion cellulaires). VI.1 Les fonctions des filaments d'actine Par des exemples spcifiques nous illustrons ci-dessous quelques fonctions des filaments d'actine. 1. Migration cellulaire Aux sites d'infection, les leucocytes quittent la circulation pour s'infiltrer dans les tissus. L, attirs par les peptides N-formyls perdus par les bactries, elles gagnent la source d'infection. Les mouvements ncessaires ce dplacement se font grce au cytosquelette et l'actine en particulier. L'actine joue un rle dans la formation des lamellipodes rsultant d'un phnomne de protrusion membranaire. (figure cidessous). Le rseau d'actine priphrique sous-membranaire sert d'appui la polymrisation de nouveaux filaments qui repoussent la membrane, formant ainsi progressivement le lamellipode de l'actine

Figure : La migration cellulaire 2. Traction sur la matrice extracellulaire Les faisceaux contractiles d'actine forment des fibres dites de tension dans les fibroblastes tissulaires (tissu conjonctif) les rendant capables de se contracter et d'exercer ainsi une traction sur la matrice 32

extracellulaire qui les entoure. Ce processus est essentiel pour entamer la cicatrisation au cours de laquelle les deux lvres de la blessure doivent progressivement tre rapproches. Par l'intermdiaire de complexes molculaires d'adhrence regroups aux sites appels contacts focaux, les filaments d'actine sont relis la matrice extracellulaire (fibronectine, laminine et collagne). La molcule principalement implique est l'intgrine qui, grce un complexe de molcules de liaison (taline, vinculine et actinine) est fixe au cytosquelette d'actine (figure : ci-dessous)

Figure : Les fibres de tension


3. Cytodirse En fin de mitose, aprs que les chromosomes se soient spars grce aux microtubules (tlophase), les filaments d'actine forment en priphrie de la cellule et perpendiculairement l'axe du fuseau mitotique (microtubules), un faisceau contractile appel anneau contractile. Quand l'anneau se contracte (comme le cordon d'une bourse) il spare la cellule mre en deux cellules filles (cytodirse). 4. Maintien de l'intgrit tissulaire et participation aux mouvements des feuillets embryonnaires Comme cela est montr dans la ressource molcules d'adhrence , les filaments d'actine sont un composant important de la ceinture d'adhrence. Ces filaments sont arrangs sous forme de faisceaux contractiles. En associant les lments du cytosquelette d'une cellule ceux d'une autre, cette ceinture permet l'pithlium de rsister aux agressions mcaniques (figure : ci-dessous)

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Figure : La ceinture d'adhrence En plus de ce rle utile de rsistance tissulaire, les faisceaux contractiles des ceintures sont l'origine de mouvements tissulaires au cours de l'embryogense.

Figure 8 : Formation du tube neural par contraction progressive de la ceinture d'adhrence 34

VII. Noyau
. En biologie cellulaire, le noyau est un organite, prsent dans la majorit des cellules eucaryotes, et contenant la plupart du matriel gntique de la cellule. Il a deux fonctions principales : contrler les ractions chimiques du cytoplasme et stocker les informations ncessaires la division cellulaire. Il a un diamtre variant de 5 7 micromtres, ce qui fait de lui le plus grand des organites.

VII.1 Enveloppe nuclaire


Le noyau est entour par une double membrane appele l'enveloppe nuclaire. Les membranes internes et externes de cette enveloppe fusionnent intervalles rguliers, formant les pores nuclaires. Ces derniers permettent les changes nuclo-cytoplasmiques dans les deux sens, comme par exemple la sortie des ARNm (ARN messagers) vers le cytoplasme et l'entre de nuclotides dans le noyau ncessaire la synthse des ARN. Ainsi, l'enveloppe nuclaire rgule et facilite le transport entre le noyau et le cytoplasme, tout en sparant les ractions chimiques se droulant dans le cytoplasme de celles se droulant l'intrieur du noyau. La membrane externe est en continuit avec le rticulum endoplasmique granuleux ou rugueux (REG) et peut tre, comme ce dernier, parseme de ribosomes sur sa face cytoplasmique. L'espace entre les deux membranes (appel l'espace prinuclaire) est en continuit avec le lumen (espace interne) du REG. Quant la membrane interne, elle est recouverte par la lamina sur sa face nucloplasmique. La lamina est un rseau de protines (environ 2000 types de protines) qui joue un rle de soutien et participerait selon des recherches rcentes l'organisation des mouvements de la chromatine pendant les diffrentes phases du cycle cellulaire.

VII.2 Matriel gntique


l'intrieur du noyau se trouve un ou plusieurs nucloles entours par une matrice fibreuse appele le nucloplasme. Le nucloplasme est un liquide ayant une consistance glatineuse (similaire, ce niveau, au cytoplasme), dans lequel de nombreuses substances sont dissoutes. Ces substances comprennent des nuclotides triphosphates, des enzymes, des protines et des facteurs de transcription. Le matriel gntique (ADN) est lui aussi prsent dans le noyau, sous la forme d'un complexe ADN-protines appel chromatine et compos de plusieurs units discontinues appeles chromosomes. Il y a deux types de chromatine : l'euchromatine et l'htrochromatine.

L'euchromatine est la forme la moins compacte d'ADN, et les rgions d'ADN qui la constituent contiennent des gnes qui sont frquemment exprims par la cellule. Elle se trouve principalement au centre du noyau. Au contraire, dans l'htrochromatine, situe principalement en priphrie du noyau, l'ADN est assez compact. Les rgions qui la constituent soit contiennent des gnes qui ne sont pas exprims par la cellule. Dans les organismes multicellulaires, les cellules sont hautement spcialises dans l'excution de fonctions particulires, en consquence diffrents ensembles de gnes sont requis 35

et exprims. Ainsi, les rgions d'ADN qui constituent l'htrochromatine varient suivant les types de cellules.

VII.3 Rplication de l'ADN


La rplication est le processus au cours duquel l'ADN est synthtis grce l'ADN polymrase. Ce mcanisme permet lADN d'tre dupliqu (donc doubl). Puisque les deux chanes de l'ADN parental se sparent et que deux nouvelles molcules sont formes, on qualifie ce processus de semi-conservateur. L'ADN a l'importante proprit de pouvoir tre reproduit l'identique, ce qui permet l'information de se transmettre d'une cellule mre aux cellules filles. La molcule d'ADN s'ouvre comme une fermeture clair (ou tirette par rupture des liaisons hydrognes entre bases apparies de liaisons faibles) librant deux brins complmentaires. Chaque brin solitaire catalyse alors la synthse de sa moiti manquante, intgrant, selon la rgle de complmentarit des bases, des nuclotides qui sont disperss dans le noyau. Ainsi, chaque nouvelle molcule est identique la molcule d'ADN initiale. La rplication va commencer des endroits prcis : les origines de rplications (environ 250 paires de base). Des protines, les facteurs d'initiation de la rplication vont reconnatre ces endroits. Le rle de ces facteurs d'initiation est de faciliter la fixation d'autres protines qui elles aussi vont se fixer ces origines de rplication. Ces protines permettent l'ouverture des deux brins de l'ADN et ainsi "faire apparatre" des fourches de rplication (figure ci-dessous). Un grand nombre de protines interviennent dans le mcanisme molculaire de la rplication de lADN formant le complexe enzymatique de rplication, appel rplisome[1]. Les enzymes et protines intervenant dans la rplication de lADN sont homologues chez les eucaryotes et chez les Archaea mais ont des squences en acides amins trs diffrentes chez les bactries. Toutefois, au niveau fonctionnel comme au niveau structural, on retrouve des homologies frappantes entre les protines bactriennes et les protines eucaryotes, ce qui indique que les mcanismes de rplication sont analogues. La rplication de lADN : semi-conservatrice et bidirectionnelle]

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Schma gnral de la fourche de rplication de l'ADN Le brin dADN qui sert de matrice la rplication est le brin parental. Le nouveau brin complmentaire au brin parental est le brin noform. lissue de la rplication, chacune des deux molcules dADN nouvellement forme est constitue dun brin parental et dun brin noform. On qualifie ce processus de semi-conservateur. La rplication de lADN dbute partir dune origine de rplication et progresse dans les deux sens partir de ce point crant ainsi deux fourches de rplication. On dit que la rplication de lADN est bidirectionnelle.

La fourche de rplication
La fourche de rplication est la structure forme lorsque lADN se rplique, et sur lesquelles l'ADN polymrase vient se fixer. L'ADN polymrase est une enzyme catalysant la formation des liaisons nuclotidiques. Le complexe enzymatique intervenant dans la rplication est appel rplicase. La rplication peut tre divise en trois tapes principales : linitiation, llongation et la terminaison.

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1. Linitiation de la rplication
Linitiation de la rplication a lieu lorigine de rplication. Il ny a quune seule origine de rplication dans les chromosomes bactriens alors quil en existe plusieurs chez les eucaryotes. Il existe des protines capables de reconnatre ces origines et initier la rplication. Ces protines sont capables douvrir progressivement et drouler lADN. La fourche de rplication est cre par laction des hlicases qui brisent les liaisons hydrognes entre les deux brins de la double hlice dADN ce qui permet leur sparation. Dautres protines peuvent se lier lADN simple brin (ou ADN monocatnaire) ainsi form et viter la reformation de la double hlice. Ce sont les protines SSB (single strand binding).

2. Llongation ou la synthse dADN


Cest au cours de cette phase quil y a formation du rplisome et synthse dADN. Llongation de lADN progresse toujours dans le sens 5' vers 3' pour le brin en formation. Cest l'ADN polymrase, qui ajoute l'extrmit 3' de la molcule en formation, des dsoxyribonuclotides. Cependant, les deux brins de la double hlice dADN sont enrouls dans des sens opposs : ils sont antiparallles. Il existe de ce fait des mcanismes diffrents selon le brin dADN rpliqu. Il existe ainsi un brin direct , ou brin prcoce , (leading strand) et un brin indirect , ou retard , ou brin tardif , (lagging strand) :

le brin direct est le brin complmentaire du brin parental orient 3 vers 5 (le brin direct : le brin noform est donc orient 5 vers 3). Il est donc cr de faon continue, dans le sens 5 vers 3 ; le brin indirect est le brin complmentaire du brin parental orient 5' vers 3 (le brin indirect est donc orient 3 vers 5). Il est cr de faon discontinue, sous forme de fragments dOkazaki, dans le sens 5 vers 3.

-> les fragments d'Okazaki chez le procaryote mesure 1000 2000 bases, et chez l'eucaryote 200 bases L'ADN polymrase a besoin d'une amorce pour fonctionner, parce qu'elle ne commence synthtiser que par une extrmit 3'OH Libre. Et c'est l'amorce ARN qui va fournir cette extrmit libre. La prsence ici d'ARN est explique par le fait que seules deux enzymes peuvent synthtiser les nuclotides : L'ARN Polymrase et L'ADN Polymrase. Dans le cas prsent, l'ADN Polymrase ne pouvant fonctionner sans amorce, c'est L'ARN qui prend le relai pour fournir l'amorce ncessaire. La primase va en effet crer ces amorces d'ARN. Il y aura donc sur le brin retard des jonctions ARN-ADN, qui seront par la suite limines par une exonuclase. Des ADN polymrases particulires vont ensuite combler les lacunes laisses par l'ARN. Une hlicase brise les liaisons H entre les deux brins, et des protines SSB se fixent l'ADN monocatnaire, pour viter la reformation de liaisons entre les deux brins. Sur l'ADN double brin prcdant l'hlicase se fixe une topoisomrase I qui va permettre d'viter les torsions entranes par l'ouverture de la double-chane par l'hlicase (comme pour une ficelle dont on carte les deux brins), en coupant un des brins, puis le ressoudant aprs droulement. Une topoisomrase II va se fixer sur une des molcules d'ADN filles, et par la scission des deux brins de celle-ci, va permettre le dmlement des 2 38

ADN filles. Elle ressoude ensuite (aprs le passage de l'autre molcule dans l'interstice form) la molcule lyse.vvvv

3. La terminaison
Cette phase correspond larrt de la rplication lorsque deux fourches de rplication se rencontrent ou lorsquune fourche rencontre un signal de terminaison de la rplication. Il y a "ter" : terA terD terB terC (protines de terminaison) qui freine les fourches de rplication.

Fidlit de la rplication
La fidlit de rplication est trs grande (1/100 000 avant activit 3'-5' exonuclasique) et en trs grande partie due l'ADN polymrase, qui place les bases azotes selon leur spcificit (A-T, C-G). Si de telles erreurs se produisent, cette enzyme met en place son activit 3'-5' exonuclasique, ce qui permet une fidlit de rplication de 1/10 000 000 (erreur/nb de bases rpliques). Les quelques erreurs restantes aprs cette intervention pourront tre corriges par diffrents systmes de rparation de l'ADN et principalement le systme de rparation des msappariements ou MR (mismatch repair). La fidlit finale de la rplication est de 1/10 000 000 000

VII.4 Transcription
La transcription est un processus biologique ubiquitaire qui consiste, au niveau de la cellule, en la copie des rgions dites codantes de l'ADN en molcules d'ARN. En effet, si la molcule d'ADN est le support universel de l'information gntique, ce sont les molcules d'ARN qui sont reconnues par la machinerie de traduction en squences protiques. L'enzyme qui catalyse cette raction de transcription est appele ARN polymrase. Il en existe plusieurs types intervenant dans la transcription de plusieurs types d'ARN (messager, ribosomique, de transfert, etc.) L'ARN polymrase reconnat et se fixe sur une rgion particulire de l'ADN, situe en amont d'une rgion codante d'un gne : le site promoteur.

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Chez les eucaryotes, le transcrit primaire d'ARNm est complt par une queue (polyadnylation) et une extrmit 5' comportant plusieurs modifications chimiques : la coiffe. La molcule d'ARN directement synthtise partir du modle ADN reste dans le noyau et est traite par un complexe enzymatique. Ce mcanisme s'appelle l'pissage : certaines squences appeles introns sont excises, les exons restant se relient ensuite entre eux. Il peut y avoir un mcanisme d'pissage alternatif, augmentant ainsi le nombre de possibilits d'ARN messager mature. L'ARN produit est plus court, passe dans le cytoplasme et devient un ARNm ou ARN messager mature. L'ARNm est alors traduit en protine partir des acides amins en prsence des ribosomes et des ARN de transfert (ARNt). Ce mcanisme s'appelle la traduction.

VII.4.1 Chez les procaryotes


La transcription a lieu dans le cytoplasme bactrien puisque c'est l que se trouve l'ADN (chromosome ou plasmide) Elle se droule en 3 tapes distinctes : l'initiation, l'longation et la terminaison. L'initiation s'effectue au niveau du promoteur, immdiatement en amont de la squence codante. L'ARN polymrase bactrienne est constitue de 5 sous units : 2 , , ' et . La sous unit reconnat une squence 40

consensus dans le promoteur du gne, se fixe sur l'ADN et recrute les autres parties du complexe enzymatique. Une fois l'ARN polymrase mise en place, la sous unit se dtache du complexe et ' assure la liaison l'ADN : c'est le complexe ferm. L'ARN polymrase droule ensuite la double hlice sur 17 paires de bases environ : c'est le complexe ouvert. La phase d'longation peut commencer. Le complexe enzymatique synthtise alors le brin d'ARN complmentaire du brin codant. La terminaison de la transcription se fait au niveau du terminateur, situ aprs la squence codante. Des squences d'ADN riches en paires G-C avec 3 liaisons hydrognes, donc plus fortes, ralentissent la progression de l'ARN pol, et d'autre part la formation d'une boucle en pingle cheveux entre 2 rgions complmentaires de l'ARN bloque l'enzyme. Enfin une protine de terminaison (Rho) libre la molcule d'ARN. L'ARNm ainsi produit est directement utilisable par la machinerie cellulaire pour tre traduit. Comme la transcription et la traduction se droulent dans le mme compartiment, les ribosomes commencent traduire un ARNm avant que sa transcription soit termine, ainsi on parle dune transcription couple la traduction.

VII.4.2 Chez les eucaryotes


De nombreuses diffrences existent par rapport la transcription chez les procaryotes. La transcription se droule dans le noyau cellulaire. La chromatine doit au pralable avoir t dcompacte (euchromatine) pour permettre la machinerie protique d'accder l'ADN. Contrairement aux procaryotes, l'ARN produit par la transcription (eucaryotes) n'est pas directement utilisable par les ribosomes et devra subir plusieurs tapes de maturation post-transcriptionnelle. Enfin il existe 3 types d'ARN polymrase diffrentes au lieu de l'unique pour les procaryotes. Mais seules, ces ARN polymrases ne peuvent rien faire et elles doivent tre accompagnes de facteurs de transcription gnraux (protines). Ces facteurs se nomment TFI (facteurs de transcriptions pour lARNpolymrase I), TFII ( pour lARN-pol II) etTFIII (pour lARN-pol III). Comme prcdemment on retrouve les 3 phases distinctes dans le processus de transcription commencer par l'initiation. L'quivalent chez les eucaryotes de la bote de Pribnow est la bote TATA situe environ 30 paires de bases avant l'origine de transcription, celle-ci joue un rle prpondrant puisqu'elle va fixer l'ARN polymrase II. Deux autres botes font aussi partie des squences consensus parmi elles : la bote CAAT (situe environ 70 paires de bases en amont du site d'initiation de la transcription) qui est un site modulateur de la transcription et la bote GC. Enfin on trouve une rgion dite Enhancer qui peut stimuler la transcription plusieurs centaines de paires de bases du lieu de la transcription. (voir fig. ci-dessous)

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1. L'initiation par l'ARN polymrase commence par la protine TFII D qui est elle-mme constitue de la protine de liaison TBP ( TATA biding protein protine de liaison la boite TATA) qui va se fixer sur la bote TATA ce qui va constituer le cur du complexe d'initiation. ( voir figure ci-dessous).

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Figure montrant les diffrentes tapes dinitiation de la transcription chez les eucaryotes. Formation du complexe dinitiation.

Ensuite les diffrents facteurs gnraux de transcription viennent s'assembler sur ce noyau . La TFII A vient stabiliser le complexe TFII D-ADN, la TFII B et TFII E se lient l'ADN, la TFII F qui est une hlicase ATP-dpendante et enfin l'ARN polymrase II. Cependant ce complexe ne peut initier la transcription qu' une faible frquence. Des facteurs de transition supplmentaires doivent intervenir. Parmi eux le CTF (NF1) se lie la bote CAAT (squence consensus reconnue par NF1 : facteur nuclaire), le Sp 1 se lie aux botes GC : ce sont des trans-activateurs. Par ailleurs, les squences enhancers cis activateurs (squences consensus reconnues par des activateurs

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de transcription) seront elles-mmes actives par des protines activatrices et par une boucle sur elle-mme de l'ADN ces mmes protines vont entrer en contact avec la bote TATA. 2. L'longation peut alors commencer ; l'lment central de l'longation est la phosphorylation du domaine CTD (Carboxy Terminal Domain), domaine spcifique de la sous unit de 220 kDa de l'ARN polymrase II. Celle-ci est riche en srine et en thronine qui sont deux acides amins pouvant tre phoshoryls sur leur groupement hydroxyle. La phosphorylation par TFII H (du domaine CTD) qui est une protine Kinase en prsence d'ATP va dplacer l'ARN polymrase jusqu'au lieu d'origine de la transcription. L'addition squentielle des ribonuclotides peut alors dmarrer. 3. La terminaison est assure par des signaux spcifiques dont le signal de polyadnylation AAUAAA. La polymrase continue sa transcription un peu aprs ce motif puis est libre sous l'action de divers facteurs (Facteurs de terminaison de la transcription). La transcription proprement dite est termine mais l'ARN obtenu n'est pas fonctionnel pour autant et doit subir 3 tapes de maturation. L'ARN est cliv au niveau du signal de polyadnylation et une polymrase spcifique (la polyA Polymrase ou PAP) ajoute de nombreux rsidus Adnine (50 chez les levures, 200 chez les eucaryotes suprieurs) : c'est la queue polyA, essentielle la stabilit de l'ARN. Il est noter que cette partie de l'ARN n'est pas code dans l'ADN sous forme de polyT. l'autre extrmit 5', l'addition d'une coiffe mthylguanosine est ncessaire pour la reconnaissance par les ribosomes lors de l'tape de traduction. L'ARN obtenu n'est pas encore prt tre traduit et doit subir une dernire tape de maturation post-transcriptionnelle. En effet, l'ADN chez les eucaryotes possde des squences codantes (Exons) et des squences non codantes (Introns). Seuls les exons participent donc la synthse des protines. L'ARN des eucaryotes est d'abord produit sous forme de pr-ARNm qui contient toute la squence du gne (introns + exons). Il subit ensuite une opration d'pissage : un complexe nucloprotique (le spliceosome) reconnat les introns et les limine (l'pissage permet en outre d'obtenir diffrentes protines partir d'un mme gne en slectionnant quels exons seront conservs : c'est l'pissage alternatif).

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Les ARN ribosomaux sont synthtiss par lARN-polymrase I (les 28S ; 18S ; 5.8S).

Les gnes de classe III sont transcrits par lARN-polymrase III. Ces gnes codent pour lARNt et LARN ribosomal 5S

VII.5 Transcription inverse


La transcription inverse (ou rtrotranscription) est la raction inverse de la transcription. C'est la synthse d'un brin d'ADN partir d'une matrice ARN grce une ADN polymrase ARN dpendante ou encore transcriptase inverse ou rtrotranscriptase (le terme anglais reverse transcriptase est parfois aussi utilis).

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VII.5 Traduction gntique

Transcription et traduction gntique : schma gnral La traduction est l'interprtation des codons de l'ARNm en acides amins. Le code gntique est le systme de correspondances (code) permettant l'ARN d'tre traduit en protine par une cellule. La traduction s'effectue dans le cytoplasme, elle ncessite des acides amins qui sont polymriss selon l'ordre donn par les codons de l'ARNm. Elle a aussi besoin d'nergie, des ribosomes, des ARNt, de l'activit enzymatique et d'un plan apport par l'ARNm. Processus On peut diviser la traduction en cinq phases principales : la liaison du ribosome et de l'ARNm, l'initiation, l'longation, la terminaison et le recyclage des sous units

1. L'initiation
Une sous-unit du ribosome se fixe sur l'extrmit de l'ARNm, accompagne de l'ARNt qui porte la mthionine (dont l'anticodon est UAC). Le ribosome et la sous-unit se dplacent jusqu' ce qu'ils parviennent au codon AUG, codant la mthionine : ce codon est le codon initiateur. Une autre sous-unit ribosomiale vient alors se poser sur ce codon. La synthse commence. 46

Pour plus de dtails : Les sous-units du ribosome possdent 3 sites : A(aminoacylARNt), P(peptidoacylARNt), E(exit). Divers facteurs protiques rentrent en jeu. Nous allons nous intresser au cas des eucaryotes tout d'abord. Mcanisme : - Cest le code gntique qui permet le passage du gne la protine - Dans celui-ci, un acide amin correspond une succession de 3 nuclotides : TRIPLET ou CODON. - Le code gntique est redondant (= dgnr) car plusieurs triplets peuvent avoir la mme signification, cest--dire coder pour le mme acide amin. - Le code gntique est universel car un mme triplet correspond un mme acide amin, que ce soit chez lhomme, lanimal, le vgtal ou la bactrie. - Certains codons ne correspondent aucun acide amin, ce sont les codons Stop ou Non Sens .

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Le code gntique prsente les codons et les acides amins correspondants La leucine est par exemple code par les triplets CUU, CUC, CUA et CUG. C'est pourquoi on dit que le code gntique est redondant. Mais un triplet donn ne correspond qu'un seul acide amin (par exemple le triplet UUU correspond la phnylalanine.

La traduction est la transformation dun message contenu dans un acide nuclique, lARNm, en une chane polypeptidique. Elle se ralise au niveau des ribosomes avec lintervention des ARNt (t comme transfert) en 3 tapes : 1. linitiation Les facteurs intervenant dans linitiation sont : LARNm, lARNt ; LARN ribosomal (les 2 sous units) ; les Facteurs dinitiation ; lnergie et la mthonine dinitiation et la mthionyl-ARNtsynthtase 2. llongation : Fixation dun nouvel ARNt en face du 2me codon de lARNm => formation dune liaison peptidique entre deux acides amins (par un ribosyme : un lment ribosomal (28S) qui peut catalyser la liaison peptidique (raction de la peptidyl transfrase)) Translocation du ribosome dun codon => mise en place dun 3me acide amin. LARNt du second retourne dans le cytoplasme et ainsi de suite. LARNt se charge dun acide amin par une enzyme appele Amino-acyl-synthtase. Les facteurs intervenants dans cette tape sont : les facteurs protiques dlongation, les 20 48

acides amins, les diffrentes enzymes : amino-acyl-transfrase et lenzyme intervenant dans la formation de liaison peptidyl entre les diffrents acides amins du polypeptide naissant.

3. La terminaison
Quand le ribosome parvient au niveau d'un codon stop (il en existe 3 dans tout le code gntique : UGA, UAG ou UAA, ne correspondant aucun acide amin) il y a action des facteurs de terminaison. ). La chane protique se dtache alors du ribosome.Ces facteurs sont au nombre de deux chez les eucaryotes (eRF1 et eRF3) et au nombre de 3 chez les procaryotes (RF1, RF2, RF3).

VIII. Application des tudes de la biologie et la physiologie cellulaire 1. Clonage des gnes et synthse in vitro de protines dintrt thrapeutique par exemple (la thrapie gnique). Ceci grce la comprhension du mode de rplication et de transcription et avec la dcouverte des enzymes de transcription et des plasmides. 2. Dcouvertes des marqueurs protiques spcifiques de certains cancer (ex. le PSA (cancer de prostate) et le BRCA(cancer du sein). Par les techniques de protomique et de transcriptme 3.

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