Facultad de Ingeniera Programa Profesional de Ingeniera Informtica CB309 Computacin Molecular Biolgica

Profesor: Dr. Yvn Jess Tpac Valdivia e-mail yvantv@gmail.com ytupac@ucsp.edu.pe

Clase 01 2011-1

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Dr. Yvn Jess Tpac Valdivia

CONTENIDO 1. Biologa Molecular

1. 1. Introduccin 1.2. Qumica Orgnica (Review) 1.3. Molculas 1.4. cidos Nucleicos 1.4. Protenas y ADN

Clote, P. and Backofen, R. (2000). Computational Molecular Biology, An Introduction. John Wiley & Sons. ISBN 0-471-87251-2
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Introduccin a la Biologa Molecular

Biologa: Asunto antiguo, con muchos siglos de investigacin Desarrollo terico muy bajo (descriptivo) teniendo poco contacto con la realidad. Pocos trabajos, como los de Darwin o los escritos de Watson and Crick tienen una buena relacin entre teora y factos. Desafo: Integracin de las ciencias formales (matemtica y el raciocinio terico) con las ramas de la biologa, desde las molculas hasta los ecosistemas.
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Introduccin a la Biologa Molecular

Biologa: Los organismos se agruparon en Procariticos: como las algas azulverdosas y las bacterias comunes que no tienen membrana nuclear que separa el ADN del citoplasma

Escherichia coli
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Introduccin a la Biologa Molecular

Biologa: Los organismos se agruparon en Eucariticos: cualquier organismo unicelular que tiene una membrana nuclear.

Trypanosoma brucei
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Introduccin a la Biologa Molecular

Desafo: En agosto de 1996, se public la secuencia del Metanococcus jannaschii . Un pequeo fragmento (aprox 1.66M caracteres), es :

A partir de esta secuencia, se da evidencia de una hiptesis de Carl Woese: existe un 3er tipo de vida
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Introduccin a la Biologa Molecular

Desafo: ... diferente de los Procarya y Eucarya llamado Archaea Archaea: Sin membrana nuclear, pero ms parecidos a los Eucarya en mecanismos de transcripcin y translacin

Methanococcus Jannaschii
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Introduccin a la Biologa Molecular

Desafo: A partir de la secuencia que se encontr (1.66 mega pares de genomas): 1. Cmo determinar los (hipotticos) genes? 2. Cmo saber que de esos genes, el 56% son totalmente nuevos, diferentes a cualquer gen encontrado en procaryotes y eucaryotes? 3. Determinar que el Methanococcus Jannaschii tiene slo un tipo de polmeresis de DNA mientras que todos los otros organismos tienen varios tipos. 4. Determinar la confianza en decir que Archaea es un tipo diferente de vida.
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Introduccin a la Biologa Molecular

Desafo: Biologa Computacional Conocida como BioInformtica, trata de desarrollar : Algoritmos Eficientes Anlisis Estadsticos, Modelos matemticos Con la intencion de encontrar respuesta a ese tipo de preguntas

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Introduccin a la Biologa Molecular

Desafo: Biologa Computacional Qu se necesita conocer y entender? - Qumica y Biologa Qumica Orgnica Comportamiento de mleculas pequeas Azcares cidos Nucleicos DNA / RNA Protenas

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Introduccin a la Biologa Molecular

Desafo: Biologa Computacional Qu se necesita conocer y entender? - Base Matemtica / Computacin Teora de Probabilidades Procesos Estocsticos (Cadenas de Markov, muestreadores, estimadores) Simulacin de Monte carlo Optimizacin Combinatoria clsica, heurstica Agrupamientos, Clasificacin

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Introduccin a la Biologa Molecular

Desafo: Biologa Computacional Para qu todo eso? - Alineamiento de Secuencias (Sequence Alignment) Que es una forma de acomodar las secuencias de DNA, RNA o protenas para identificar regiones que pueden significar relaciones funcionales, estructurales o evolutivas entre las secuencias.

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Introduccin a la Biologa Molecular

Desafo: Biologa Computacional Para qu todo eso? - Modelar los cambios evolutivos Determinar el ratio de cambio evolutivo

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Introduccin a la Biologa Molecular

Desafo: Biologa Computacional Para qu todo eso? - Inferir estructuras en protenas (Protein folding) Consiste en predecir la tercera estructura (coformacin) a partir de la secuencia de aminocidos

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Introduccin a la Biologa Molecular

Desafo: Biologa Computacional Para qu todo eso? - Estructuras anlogas (Protein threading) Consiste en encontrar estructuras de protena anlogas a una estructura conocida. La analoga basada en razones biologicas. Es un problema NP-Complete

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