II. Short Answer (Choose 2/3; 5 pt each).

 You may answer all 3 for extra 
credit
Answers are to be typed and handed in on 10/19 or must be emailed 
to me teachbiochem@aol.com  by 8:00 PM on 10/19.

41. Name and describe the 3 basic shapes and 2 arrangements in which 
bacteria appear. What are biofilms and why are they important to 
medicine (use Scientific American article)?

42. Give the symptoms, cause (use specific name of pathogen), 
transmission and treatment of three of the infectious diseases presented 
in class. You may use an infectious disease that you presented. 

43. Compare the mechanisms that viruses and bacteria use to cause 
disease. Explain why normal flora is beneficial to humans (give 3 
reasons).

41. There are three basic shapes of bacteria, and several variations in the appearance of 
bacterial colonies. Round bacteria (1) are called cocci, and pairs of cocci are called 
diplococci while larger colonies are called streptococci when the bacteria are lined up end 
to end in chains and staphylococci when they form irregular “glob”­like clusters. Rod­
shaped bacteria are called bacilli (2), and they are found singularly or as streptobacilli 
(the strepto­ prefix having the same meaning as with cocci). Curved or spiral bacteria (3) 
may be called vibrios when they are short curved rods, spirochetes when they are thin 
flexible helices and spirilla when they are thick rigid helices. Bacteria are also divided 
into Gram­positive and Gram­negative varieties, depending on the presence of 
peptidoglycan in the cell wall that thickens the structure and often provides better 
protection from the environment.
Bacterial colonies sometimes form biofilms when individual bacteria excrete a 
protective sticky layer made of carbohydrates to form a matrix, or substratum – each 
bacterium is like a cubicle in a grid. Biofilms are often formed in contaminated tap water 
(which helps scientists if they are testing the cleanliness of a water source) and can be 
harder to destroy with antibiotics since the antibiotic might not be able to penetrate 
further than a few layers in the matrix, or cannot effectively destroy the carbohydrate 
matrix, or simply cannot even bind to the carbohydrate matrix because of its chemical 
structure. The gunk that forms in swimming pools if they are not treated with chlorine 
(which is a potent antibacterial agent, I use it to clean everything) is a biofilm, and 
drinking or washing water supplies have to be treated to prevent biofilms in these as well. 
Biofilms may also form on non­sterile surgical implants, and this is why there’s always a 
risk of rejection (immunological response) for any surgical procedure.
42. Clostridium tetani is the Gram­positive bacillus that forms tetanus, a disease that 
affects the anterior horn ganglia – the motor center that needs to be inhibited 
continuously by neurotransmitters glycine or gamma­amino butyric acid (GABA). 
Otherwise, the ganglia neurons just constantly fire off, causing muscle spasms or stiffness 
(constant muscle contraction) because the body is designed to stay in motion unless 
otherwise told (there are actually several benefits to this weird unintuitive setup, and 
incidentally, narcolepsy is related to this, when the body excessively inhibits the ganglia 
at inopportune times). The tetanus bacteria form endospores to survive in the outside 
world, in animal feces, and the endospores only reactivate in an environment without 
oxygen – so tetanus may be transmitted through deep puncture wounds (far away from the 
outside oxygen­rich environment) from feces­contaminated nails or splinters or what­not. 
Tetanus is treated with tetanus immunoglobulin (immune response) to destroy the 
neurotoxin antigen that interferes with the motor inhibition response, as well as with 
antibiotics like penicillin and metronidazole to kill the bacteria.
Rabies is caused by the Lyssavirus rabies virus which is transmitted by the bite of 
a rabid animal (bat, dogs, raccoons, etc.) since it is found in the saliva. The rabies virus 
travels along nerve pathways to the brain, where it causes swelling (encephalitis) which is 
bad because nerves get activated and inactivated for the wrong reasons (causing insomnia, 
seizures, anxiety, confusion, and can be damaged; the neurons that the rabies virus travels 
through can also be affected in similar ways (myelitis, which causes numbness or pain 
sensations, and involuntary muscle actions); hydrophobia is also a concern, characterized 
by excessive salivation as well as inability to speak or swallow due to the muscle spasms 
and stiffness caused by the disease. Rabies needs to be treated within 2 weeks of 
infection, before the damage gets too severe, with a vaccine and immunoglobulin (the 
treatment is known as post­exposure prophylaxis).
Typhoid fever, with the bacillus Salmonella typhi to blame, is characterized by 
intense fever (104F), rash, and constipation in the early stages. The disease progresses to 
severe diarrhea and bloody stool in three weeks, accompanied by delirium, confusion, and 
agitation; toxemia (blood poisoning), myocarditis (heart muscle inflammation), and 
intestinal hemorrhaging can develop which almost certainly lead to death. The typhoid 
bacterium is transmitted fecal­orally, and is treated with antibiotics like ampicillin; a 
vaccine is available as well.

43. Bacteria and viruses have distinct methods of infection. Viruses are quasi­living since 
they cannot perform any metabolic or reproductive processes, unlike most organisms, and 
so must infect other organisms to survive – they attach to a cell and inject their genetic 
material into the cell, disrupting its normal processes and causing them to turn into 
virtual virus factories. Bacteria don’t need other cells to perform cellular processes, so the 
reasons why they infect other organisms are for parasitic purposes, or maybe mutual 
benefit. Bacteria feed on the host or organisms that come along the host’s way and use the 
host to transmit their offspring. The immunologic response that bacteria often have is due 
to antigens (carbohydrate structures on cell walls) that may have toxic side effects on the 
host (or may help the bacteria acquire nutrients or favorable habitat conditions).
Normal flora (bacteria that live in/on organisms without being attacked by the 
immune system) are beneficial for several reasons. They provide services like 
metabolizing or providing vitamins, attacking or competing against other bacteria that 
may be infectious, and stimulate the production of antibodies that, while not affecting the 
normal flora, do work against infectious bacteria of similar antigen structures. It is 
important to note that often normal flora is only beneficial or harmless in certain habitats 
– for example, most E. coli are harmless in the intestines but can cause problems if they 
infect the urinary tract or abdomen.