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FACULTE DE MEDECINE

PIERRE & MARIE CURIE

PCEM1

4. Biologie
Moléculaire
L'étude des acides nucléiques

CAHIER D'EXERCICES
de BIOCHIMIE
2005-2006
EDITE PAR LES ENSEIGNANTS DE BIOCHIMIE

http://www.chusa.jussieu.fr/disc/bio_cell
Cahier d'Exercices de Biochimie / PCEM1 Biologie Moléculaire / 2

CAHIER D'EXERCICES POUR PCEM1

BIOCHIMIE

IV. BIOLOGIE MOLECULAIRE:


l'étude des acides nucléiques

SOMMAIRE
Page

1. Structure des acides nucléiques . . . . . . . . . … … … … . 3

2. Transcription ....................……........ 3

3. Traduction . . . . . . . . . . . . . . . . . … … . . . . . . . . . . . . . . . . 4

4. Réplication et Réparation ..........…......... 11

5. Altérations du matériel génétique et


Outils de Biologie moléculaire ......………... 12

6. QCM ………………………….......………... 17

7. Annales du concours… … … … … … . . . . . . . … … … . . 25

ANNEXES.
I • Code génétique . . . . . . . . . . . . . . . . … … … . . . . . 28
II • Codes des acides aminés . . . . . . … … … . . . . . 28

Image de couverture :
Photographie en microscopie électronique d'une fourche de réplication déficiente
chez un mutant de levure. Une anomalie lors de la réplication d'ADN serait l'un des
mécanismes contribuant à l'instabilité génomique (Science-26 juil 2002
www.sciencemag.org)

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Cahier d'Exercices de Biochimie / PCEM1 Biologie Moléculaire / 3

1. STRUCTURE DES ACIDES NUCLEIQUES

1.1 Structure de l’ADN


a. Par convention la séquence d’une molécule d’ADN est écrite dans le sens 5’ (gauche) - 3’
(droite).
Quels sont les groupements chimiques correspondant à ces extrémités ?
b. Un échantillon d’ADN contient 28,9 moles pour 100 d’adénine. Quels sont les
pourcentages de thymine, guanine et cytosine ? Quelles caractéristiques structurales
permettent de différencier ces bases?
c. Est-ce que la proposition suivante est vraie : « si la séquence d’un déoxyribonucléotide
est p C p T p G p G p A p C , alors sa séquence complémentaire est p G p A p C p C p
TpG»?

1.2 Soit le fragment d'ADN suivant:


5'ACTTC3'
3'TGAAG5'
a. Par l'intermédiaire de quels atomes et de quel type de liaison cette structure est-elle
stabilisée?
b. Comment peut-on dénaturer cette molécule?
c. Quel intérêt présente la possibilité de ré-associer des simples brins d'ADN entre eux?

2. TRANSCRIPTION

2.1 Déroulement de la transcription d’un gène


a. Quelle est la définition d’un gène?
b. Quels sont les composants moléculaires nécesssaires à la transcription?
c. Comment se fait l’initiation de la transcription?
d. Quel est le sens de lecture de l’ADN lors de l’élongation?
e. Montrer comment un signal hormonal peut réguler l’expression d’un gène.

2.2 Citer les 3 évènements indispensables à la maturation post-transcriptionnelle des


transcrits primaires d'ARN conduisant à la formation des ARN messagers chez les
Eucaryotes. Vous préciserez le déroulement chronologique, les étapes ainsi que le rôle de
chacune de ces modifications nucléaires.

2.3 Compléter les propositions suivantes.


a. La synthèse d’ARN, qui est aussi appelée ____________________, est un processus
hautement sélectif.
b. La transcription commence quand une molécule d’_________________________ se lie à une
séquence ____________________ sur la double hélice d’ADN;
c. L’___________________________ transcrit les gènes dont les ARN seront traduits en
protéines, l’______________________________ synthétise les grands ARN ribosomiques, et
l’_____________________________ produit une variété d’ARN stables très petits.
d. L’addition d’un nucléotide G méthylé à l’extrémité 5’ d’un transcrit initial forme la
___________________ , qui semble protéger de la dégradation l’ARN en élongation, et joue un
rôle important dans l’initiation de la synthèse protéique.
e. L’extrémité 3’ de la plupart des transcrits de la polymérase II est définie par une
modification, au cours de laquelle le transcrit en élongation est clivé à un site spécifique, et
une _________________ est ajoutée à l’extrémité 3’ coupée par une polymérase distincte.

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f. Les modifications des extrémités 5’ et 3’ d’une chaîne d’ARN terminent la formation du


_____________________ .
g. Les séquences codantes d’ARN de chaque côté de l’intron sont réunies l’une à l’autre
après que la séquence intronique ait été retirée; Cette réaction est connue sous le nom
d’_____________________________ .
h . Les séquences conservées aux deux extrémités d’un intron sont appelées
_______________________ et _____________________.

2.4 Compléter les propositions suivantes.


a. Les protéines _______________________ stimulent ou inhibent la transcription de certains
groupes de gènes spécifiques.
b. Le motif de liaison à l’ADN en ________________________ a été retrouvé dans des protéines
de liaison à l’ADN chez les eucaryotes et les procaryotes; il contient dans sa structure un ou
plusieurs ions métalliques.
c. Le motif ______________________________ est ainsi appelé car deux hélices , provenant de
chaque monomère, se rejoignent pour former une bobine enroulée.
d. Le motif ____________________________ consiste en une courte hélice  reliée par une
boucle à une deuxième hélice , plus longue.

3. TRADUCTION

3.1 Expression du gène de l’apolipoprotéine E


Séquence du gène codant pour l’Apolipoprotéine E humaine(allèle Epsilon 4).
(Genbank : HUMAPOE4)

1 GGAACTTGAT GCTCAGAGAG GACAAGTCAT TTGCCCAAGG TCACACAGCT GGCAACTGGC AGACGAGATT CACGCCCTGG 80


81 CAATTTGACT CCAGAATCCT AACCTTAACC CAGAAGCACG GCTTCAAGCC CTGGAAACCA CAATACCTGT GGCAGCCAGG 160
161 GGGAGGTGCT GGAATCTCAT TTCACATGTG GGGAGGGGGC TCCTGTGCTC AAGGTCACAA CCAAAGAGGA AGCTGTGATT 240
241 AAAACCCAGG TCCCATTTGC AAAGCCTCGA CTTTTAGCAG GTGCATCATA CTGTTCCCAC CCCTCCCATC CCACTTCTGT 320
321 CCAGCCGCCT AGCCCCACTT TCTTTTTTTT CTTTTTTTGA GACAGTCTCC CTCTTGCTGA GGCTGGAGTG CAGTGGCGAG 400
401 ATCTCGGCTC ACTGTAACCT CCGCCTCCCG GGTTCAAGCG ATTCTCCTGC CTCAGCCTCC CAAGTAGCTA GGATTACAGG 480
481 CGCCCGCCAC CACGCCTGGC TAACTTTTGT ATTTTTAGTA GAGATGGGGT TTCACCATGT TGGCCAGGCT GGTCTCAAAC 560
561 TCCTGACCTT AAGTGATTCG CCCACTGTGG CCTCCCAAAG TGCTGGGATT ACAGGCGTGA GCTACCGCCC CCAGCCCCTC 640
641 CCATCCCACT TCTGTCCAGC CCCCTAGCCC TACTTTCTTT CTGGGATCCA GGAGTCCAGA TCCCCAGCCC CCTCTCCAGA 720
721 TTACATTCAT CCAGGCACAG GAAAGGACAG GGTCAGGAAA GGAGGACTCT GGGCGGCAGC CTCCACATTC CCCTTCCACG 800
801 CTTGGCCCCC AGAATGGAGG AGGGTGTCTG TATTACTGGG CGAGGTGTCC TCCCTTCCTG GGGACTGTGG GGGGTGGTCA 880
881 AAAGACCTCT ATGCCCCACC TCCTTCCTCC CTCTGCCCTG CTGTGCCTGG GGCAGGGGGA GAACAGCCCA CCTCGTGACT 960
961 GGGCTGCCCA GCCCGCCCTA TCCCTGGGGG AGGGGGCGGG ACAGGGGGAG CCCTATAATT GGACAAGTCT GGGATCCTTG 1040
1041 AGTCCTACTC AGCCCCAGCG GAGGTGAAGG ACGTCCTTCC CCAGGAGCCG GTGAGAAGCG CAGTCGGGGG CACGGGGATG 1120
1121 AGCTCAGGGG CCTCTAGAAA GAGCTGGGAC CCTGGGAAGC CCTGGCCTCC AGGTAGTCTC AGGAGAGCTA CTCGGGGTCG 1200
1201 GGCTTGGGGA GAGGAGGAGC GGGGGTGAGG CAAGCAGCAG GGGACTGGAC CTGGGAAGGG CTGGGCAGCA GAGACGACCC 1280
1281 GACCCGCTAG AAGGTGGGGT GGGGAGAGCA GCTGGACTGG GATGTAAGCC ATAGCAGGAC TCCACGAGTT GTCACTATCA 1360
1361 TTATCGAGCA CCTACTGGGT GTCCCCAGTG TCCTCAGATC TCCATAACTG GGGAGCCAGG GGCAGCGACA CGGTAGCTAG 1440
1441 CCGTCGATTG GAGAACTTTA AAATGAGGAC TGAATTAGCT CATAAATGGA ACACGGCGCT TAACTGTGAG GTTGGAGCTT 1520
1521 AGAATGTGAA GGGAGAATGA GGAATGCGAG ACTGGGACTG AGATGGAACC GGCGGTGGGG AGGGGGTGGG GGGATGGAAT 1600
1601 TTGAACCCCG GGAGAGGAAG ATGGAATTTT CTATGGAGGC CGACCTGGGG ATGGGGAGAT AAGAGAAGAC CAGGAGGGAG 1680
1681 TTAAATAGGG AATGGGTTGG GGGCGGCTTG GTAAATGTGC TGGGATTAGG CTGTTGCAGA TAATGCAACA AGGCTTGGAA 1760
1761 GGCTAACCTG GGGTGAGGCC GGGTTGGGGG CGCTGGGGGT GGGAGGAGTC CTCACTGGCG GTTGATTGAC AGTTTCTCCT 1840
1841 TCCCCAGACT GGCCAATCAC AGGCAGGAAG ATGAAGGTTC TGTGGGCTGC GTTGCTGGTC ACATTCCTGG CAGGTATGGG 1920
1921 GGCGGGGCTT GCTCGGTTCC CCCCGCTCCT CCCCCTCTCA TCCTCACCTC AACCTCCTGG CCCCATTCAG ACAGACCCTG 2000
2001 GGCCCCCTCT TCTGAGGCTT CTGTGCTGCT TCCTGGCTCT GAACAGCGAT TTGACGCTCT CTGGGCCTCG GTTTCCCCCA 2080
2081 TCCTTGAGAT AGGAGTTAGA AGTTGTTTTG TTGTTGTTGT TTGTTGTTGT TGTTTTGTTT TTTTGAGATG AAGTCTCGCT 2160
2161 CTGTCGCCCA GGCTGGAGTG CAGTGGCGGG ATCTCGGCTC ACTGCAAGCT CCGCCTCCCA GGTCCACGCC ATTCTCCTGC 2240
2241 CTCAGCCTCC CAAGTAGCTG GGACTACAGG CACATGCCAC CACACCCGAC TAACTTTTTT GTATTTTCAG TAGAGACGGG 2320
2321 GTTTCACCAT GTTGGCCAGG CTGGTCTGGA ACTCCTGACC TCAGGTGATC TGCCCGTTTC GATCTCCCAA AGTGCTGGGA 2400
2401 TTACAGGCGT GAGCCACCGC ACCTGGCTGG GAGTTAGAGG TTTCTAATGC ATTGCAGGCA GATAGTGAAT ACCAGACACG 2480
2481 GGGCAGCTGT GATCTTTATT CTCCATCACC CCCACACAGC CCTGCCTGGG GCACACAAGG ACACTCAATA CATGCTTTTC 2560
2561 CGCTGGGCCG GTGGCTCACC CCTGTAATCC CAGCACTTTG GGAGGCCAAG GTGGGAGGAT CACTTGAGCC CAGGAGTTCA 2640
2641 ACACCAGCCT GGGCAACATA GTGAGACCCT GTCTCTACTA AAAATACAAA AATTAGCCAG GCATGGTGCC ACACACCTGT 2720
2721 GCTCTCAGCT ACTCAGGAGG CTGAGGCAGG AGGATCGCTT GAGCCCAGAA GGTCAAGGTT GCAGTGAACC ATGTTCAGGC 2800
2801 CGCTGCACTC CAGCCTGGGT GACAGAGCAA GACCCTGTTT ATAAATACAT AATGCTTTCC AAGTGATTAA ACCGACTCCC 2880
2881 CCCTCACCCT GCCCACCATG GCTCCAAAGA AGCATTTGTG GAGCACCTTC TGTGTGCCCC TAGGTAGCTA GATGCCTGGA 2960
2961 CGGGGTCAGA AGGACCCTGA CCCGACCTTG AACTTGTTCC ACACAGGATG CCAGGCCAAG GTGGAGCAAG CGGTGGAGAC 3040
3041 AGAGCCGGAG CCCGAGCTGC GCCAGCAGAC CGAGTGGCAG AGCGGCCAGC GCTGGGAACT GGCACTGGGT CGCTTTTGGG 3120
3121 ATTACCTGCG CTGGGTGCAG ACACTGTCTG AGCAGGTGCA GGAGGAGCTG CTCAGCTCCC AGGTCACCCA GGAACTGAGG 3200
3201 TGAGTGTCCC CATCCTGGCC CTTGACCCTC CTGGTGGGCG GCTATACCTC CCCAGGTCCA GGTTTCATTC TGCCCCTGTC 3280

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3281 GCTAAGTCTT GGGGGGCCTG GGTCTCTGCT GGTTCTAGCT TCCTCTTCCC ATTTCTGACT CCTGGCTTTA GCTCTCTGGA 3360
3361 ATTCTCTCTC TCAGCTTTGT CTCTCTCTCT TCCCTTCTGA CTCAGTCTCT CACACTCGTC CTGGCTCTGT CTCTGTCCTT 3440
3441 CCCTAGCTCT TTTATATAGA GACAGAGAGA TGGGGTCTCA CTGTGTTGCC CAGGCTGGTC TTGAACTTCT GGGCTCAAGC 3520
3521 GATCCTCCCG CCTCGGCCTC CCAAAGTGCT GGGATTAGAG GCATGAGCAC CTTGCCCGGC CTCCTAGCTC CTTCTTCGTC 3600
3601 TCTGCCTCTG CCCTCTGCAT CTGCTCTCTG CATCTGTCTC TGTCTCCTTC TCTCGGCCTC TGCCCCGTTC CTTCTCTCCC 3680
3681 TCTTGGGTCT CTCTGGCTCA TCCCCATCTC GCCCGCCCCA TCCCAGCCCT TCTCCCCCGC CTCCCCACTG TGCGACACCC 3760
3761 TCCCGCCCTC TCGGCCGCAG GGCGCTGATG GACGAGACCA TGAAGGAGTT GAAGGCCTAC AAATCGGAAC TGGAGGAACA 3840
3841 ACTGACCCCG GTGGCGGAGG AGACGCGGGC ACGGCTGTCC AAGGAGCTGC AGGCGGCGCA GGCCCGGCTG GGCGCGGACA 3920
3921 TGGAGGACGT GCGCGGCCGC CTGGTGCAGT ACCGCGGCGA GGTGCAGGCC ATGCTCGGCC AGAGCACCGA GGAGCTGCGG 4000
4001 GTGCGCCTCG CCTCCCACCT GCGCAAGCTG CGTAAGCGGC TCCTCCGCGA TGCCGATGAC CTGCAGAAGC GCCTGGCAGT 4080
4081 GTACCAGGCC GGGGCCCGCG AGGGCGCCGA GCGCGGCCTC AGCGCCATCC GCGAGCGCCT GGGGCCCCTG GTGGAACAGG 4160
4161 GCCGCGTGCG GGCCGCCACT GTGGGCTCCC TGGCCGGCCA GCCGCTACAG GAGCGGGCCC AGGCCTGGGG CGAGCGGCTG 4240
4241 CGCGCGCGGA TGGAGGAGAT GGGCAGCCGG ACCCGCGACC GCCTGGACGA GGTGAAGGAG CAGGTGGCGG AGGTGCGCGC 4320
4321 CAAGCTGGAG GAGCAGGCCC AGCAGATACG CCTGCAGGCC GAGGCCTTCC AGGCCCGCCT CAAGAGCTGG TTCGAGCCCC 4400
4401 TGGTGGAAGA CATGCAGCGC CAGTGGGCCG GGCTGGTGGA GAAGGTGCAG GCTGCCGTGG GCACCAGCGC CGCCCCTGTG 4480
4481 CCCAGCGACA ATCACTGAAC GCCGAAGCCT GCAGCCATGC GACCCCACGC CACCCCGTGC CTCCTGCCTC CGCGCAGCCT 4560
4561 GCAGCGGGAG ACCCTGTCCC CGCCCCAGCC GTCCTCCTGG GGTGGACCCT AGTTTAATAA AGATTCACCA AGTTTCACGC 4640
4641 ATCTGCTGGC CTCCCCCTGT GATTTCCTCT AAGCCCCAGC CTCAGTTTCT CTTTCTGCCC ACATACTGCC ACACAATTCT 4720
4721 CAGCCCCCTC CTCTCCATCT GTGTCTGTGT GTATCTTTCT CTCTGCCCTT TTTTTTTTTT TAGACGGAGT CTGGCTCTGT 4800
4801 CACCCAGGCT AGAGTGCAGT GGCACGATCT TGGCTCACTG CAACCTCTGC CTCTTGGGTT CAAGCGATTC TGCTGCCTCA 4880
4881 GTAGCTGGGA TTACAGGCTC ACACCACCAC ACCCGGCTAA TTTTTGTATT TTTAGTAGAG ACGAGCTTTC ACCATGTTGG 4960
4961 CCAGGCAGGT CTCAAACTCC TGACCAAGTG ATCCACCCGC CGGCCTCCCA AAGTGCTGAG ATTACAGGCC TGAGCCACCA 5040
5041 TGCCCGGCCT CTGCCCCTCT TTCTTTTTTA GGGGGCAGGG AAAGGTCTCA CCCTGTCACC CGCCATCACA GCTCACTGCA 5120
5121 GCCTCCACCT CCTGGACTCA AGTGATAAGT GATCCTCCCG CCTCAGCCTT TCCAGTAGCT GAGACTACAG GCGCATACCA 5200
5201 CTAGGATTAA TTTGGGGGGG GGTGGTGTGT GTGGAGATGG GGTCTGGCTT TGTTGGCCAG GCTGATGTGG AATTCCTGGG 5280
5281 CTCAAGCGAT ACTCCCACCT TGGCCTCCTG AGTAGCTGAG ACTACTGGCT AGCACCACCA CACCCAGCTT TTTATTATTA 5360
5361 TTTGTAGAGA CAAGGTCTCA ATATGTTGCC CAGGCTAGTC TCAAACCCCT GGCTCAAGAG ATCCTCCGCC ATCGGCCTCC 5440
5441 CAAAGTGCTG GGATTCCAGG CATGGGCTCC GAGCGGCCTG CCCAACTTAA TAATATTGTT CCTAGAGTTG CACTC 5515

La séquence ci-jointe est celle du gène de l'apolipoprotéine E humaine, allèle e4. Le dernier
nucléotide de chaque ligne est numéroté sur la droite (n° de position).

3.1.1 Certaines parties de cette séquences ont été soulignées d'un trait simple; examinez
avec soin le début et la fin des séquences qui sont situées entre ces séquences
soulignées: à quoi correspondent les séquences soulignées ?

3.1.2 Quelles sont les fonctions (rôles) des protéines qui se fixent en premier sur ce
gène dans la région allant du nucléotide 975 au nucléotide 1046 ?

3.1.3 Quel est le rôle du triplet de nucléotides en 1871-1873 ?

3.1.4 Quelle est la traduction de la séquence 1847-1913 de ce gène ?

3.1.5 Le nucléotide en position 1913 est un G qui fait partie de la séquence traduite:
quel est sa position dans le cadre de lecture: N1, N2 ou N3 ?

3.1.6 Le nucléotide en position 3007 est un G qui fait partie de la séquence traduite:
quel est sa position dans le cadre de lecture: N1, N2 ou N3 ?

3.1.7 Il existe dans le domaine de l'apolipoprotéine E codé par l'exon 4 du gène deux
Arginines qui peuvent être mutées en Cystéines par une simple substitution d'un
nucléotide: quelle est à ces endroits (soulignés deux fois), la séquence du brin
sens du gène muté?

3.1.8 Quelle sera la longueur après transcription et maturation (comprenant l'addition


de 1000 AMP du côté 3'-OH) de l'ARN messager de l'apolipoprotéine E ?

3.1.9 Quel est le rôle du codon (souligné deux fois) TGA en 4495

3.1.10 Quels sont les numéros des nucléotides de la boîte de polyadénylation ?

3.1.11 La sécrétion de la protéine hors des cellules est suivie de l'hydrolyse d'un peptide
de 18 acides aminés du côté N-terminal. Quel est le rôle de ce peptide ?

3.1.12 De combien d'acides aminés se compose l'apolipoprotéine E mature ?

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3.2 Soit le schéma ci-contre représentant un ARNt (avec son anticodon).


a. Quel est le nom de l'acide aminé transporté par cet ARNt ?
b. Quel est le nom du nucléotide situé à l'extrémité 3' de cet ARNt ?
c. Par quel type de liaison l'acide aminé sera-t-il lié à cet ARNt ?

3.3 Combien de liaisons phosphates riches en énergie sont consommées


dans la synthèse d'une protéine de 75 résidus d’acide aminé ?
Commenter votre réponse.

3.4.
3.4.1 Soit une séquence de bases présente sur un brin d’ADN (brin 1)

....-G-A-C-T-T-A-C-A-C-G-C-G-A-T-T-T-T-A-T-A-T-A-G-C-....
a. Recopiez cette séquence et écrivez la séquence du brin d’ADN complémentaire (brin 2)

b. Sachant que l’ARNm issu de la transcription de ce fragment d’ADN code le début d’une
protéine:
- déterminez quel est le brin matrice (justifiez votre réponse) et écrivez la séquence de
l’ARNm.
- orientez toutes les séquences des acides nucléiques;
- écrivez la séquence du polypeptide traduit à partir de cet ARNm.

c. A la suite d’une mutation, la 10ème base (G) du brin 1 représenté ci-dessus, a été
remplacée par une adénine.
Dans un autre mutant, cette même base G a été remplacée par une cytosine.
Chez un troisième mutant, la même base G a été remplacée par une thymine.
Enfin, chez un quatrième mutant, ce même nucléotide G a été perdu.
Ecrivez pour chaque cas les modifications introduites dans les séquences.
Qu’advient-il de la protéine dans chaque cas?

3.4.2 Le code génétique est dit redondant ou dégénéré.


Comment s’exprime cette dégénérescence et quelle remarque peut-on faire à son
sujet?

3.4.3 On estime que l’ensemble des molécules d’ADN présentes dans le noyau d’une cellule
humaine (avant la phase de réplication) représente  6 x 109 paires de nucléotides.
Quelle longueur totale d’ADN cela représente-t-il? Justifiez vos calculs en
présentant votre raisonnement.

3.4.4 Quels sont les différents types d’ARN matures présents dans une c e l l u l e
eucaryote? Précisez en 2 lignes maximum (pour chaque type) leur fonction
respective.

3.5 PROBLEME SUR LA SEQUENCE, LA TRANSCRIPTION ET LA TRADUCTION DU GENE SPO II G.


Cet exercice est organisé autour de l’exploitation d’une séquence nucléotidique. On se
propose d’analyser cette séquence en vue d’étudier successivement:
- le sens de transcription,
- le cadre de lecture
- l’enchaînement des acides aminés
- une propriété biologique de la protéine,
- les nucléotides modifiés chez quelques mutants.

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La séquence d’ADN représentée ci-dessous est celle d’un fragment de 120 paires de bases
entièrement contenu dans la partie traduite du gène spo II G de la bactérie Bacillus
subtilis.

5’P
1 11 21 31

GAAAAAACTG AAATTACGGT TGACGCACCT CTGGTATAAG

41 51 61 71

CTGCTGATGA AACTTGGGCT GAAAAGTGAT GAAGTCTATT

81 91 101 111

ACATAGGCGG GAGTGAAGCC CTGCC GCCTCCATTATCTAA


3’ OH

3.5.1 Le sens de transcription


a. Sachant que la séquence donnée est celle du brin sens, indiquer par une flèche sur la
séquence ci-dessous le sens de progression de la transcription. Justifier.
G A A A A A A C T G A A A T T A C G G T...............G C C C T G C C G C C T C C A T T A T C T A A
1 11 101 111

3.5.2 Le cadre de lecture


a. Théoriquement l’information génétique portée par l’ARNm peut être traduite de trois
façons différentes. Pourquoi ?
b. Donner dans le tableau I ci-dessous les différentes séquences prises par les trois
codons stop au niveau des trois brins d’acide nucléique.

TABLEAU I
5’ P  3’ OH Séquences des codons non-sens

1er type 2ème type 3ème type


ARNm
brin d’ADN sens
brin d’ADN transcrit

c. Avec des barres verticales, définir les trois cadres de lecture potentiels de la séquence
étudiée. Dans chaque cas encadrer les codons stop.

1er CADRE DE LECTURE POTENTIEL


1 11 21 31

GAAAAAACTG AAATTACGGT TGACGCACCT CTGGTATAAG


41 51 61 71

CTGCTGATGA AACTTGGGCT GAAAAGTGAT GAAGTCTATT


81 91 101 111

ACATAGGCGG GAGTGAAGCC CTGCCGCCTC CATTATCTAA

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2ème CADRE DE LECTURE POTENTIEL


1 11 21 31

GAAAAAACTG AAATTACGGT TGACGCACCT CTGGTATAAG


41 51 61 71

CTGCTGATGA AACTTGGGCT GAAAAGTGAT GAAGTCTATT


81 91 101 111

ACATAGGCGG GAGTGAAGCC CTGCCGCCTC CATTATCTAA

3ème CADRE DE LECTURE POTENTIEL


1 11 21 31

GAAAAAACTG AAATTACGGT TGACGCACCT CTGGTATAAG


41 51 61 71

CTGCTGATGA AACTTGGGCT GAAAAGTGAT GAAGTCTATT


81 91 101 111

ACATAGGCGG GAGTGAAGCC CTGCC GCCTCCATTATCTAA

d. Quel est le cadre de lecture effectivement utilisé pour la synthèse de la protéine ?

e. Si au cours d’une expérience préliminaire on établit la séquence d’un seul brin d’un
fragment d’ADN que l’on sait être interne à un gène, il est possible, au moins en théorie de
déterminer le sens de la transcription. Comment ?

3.5.3 L’enchaînement des acides aminés


a. Identifier sur la séquence ci-dessous l’extrémité qui code pour la région N-terminale du
fragment protéique. Justifier.

1 11 111

GAAAAAACTG AAAT ................................CCTC CATTATCTAA

b. Donner dans le tableau II la composition en acides aminés du fragment protéique


analysé.
TABLEAU II

Acide aminé Nombre Acide aminé Nombre

ala Alanine leu Leucine

arg Arginine lys Lysine

asn Asparagine met Méthionine

asp Acide Aspartique phe Phénylalanine

cys Cystéine pro Proline

gln Glutamine ser Sérine

glu Acide Glutamique thr Thréonine

gly Glycocolle trp Tryptophane

his Histidine tyr Tyrosine

ile Isoleucine val Valine

3.5.4 Une propriété biologique de la protéine


La protéine codée par le gène spo II G interagit avec l’ADN. Ce fait est-il compatible avec la
composition en acides aminés du fragment analyse ? Pourquoi ?
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3.5.5 Les nucléotides modifiés chez quelques mutants.


Cette protéine peut-être purifiée à partir de la souche sauvage et de 3 mutants affectés dans
le gène spo II G. Elle est soumise à une électrophorèse en conditions non dénaturantes;
dans ces conditions la migration s’effectue selon la charge électrique.
a. Quel nucléotide doit-on trouver en position 71 chez les mutants pour obtenir les profils
d’électrophorèse présentés dans le figure I ?

FIGURE I

Sauvage Mutant 1 Mutant 2 Mutant 3

- +

Nucléotide G
n°71

3.5.6 En résumé :
Le tableau III concerne 18 des 120 nucléotides de la séquence
TABLEAU III
ADN ... CAT ATA ...
DOUBLE
-BRIN ... GAA ...

ARNm ... GUC ...

ANTICODON CAG
des ARNt
ACIDE lys trp
AMINE

a. Déterminer le sens de transcription. Justifier.


b. Orienter l’ARNm, les deux brins de la molécule d’ADN et compléter le tableau III.
c. Schématiser par un trait la chaîne polypeptidique en l’orientant et en donnant la
position relative des acides aminés déterminés.

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3.6 TRADUCTION
3.6.1 Compléter directement sur le schéma ci-dessous (Figure 1) les légendes qui doivent
indiquer :

- les sous-unités
ribosomales et le
principal type d’ARN
ribosomal (A R N r) dont
elles sont constituées
- les sites de fixation
peptidique (site P) et
acide aminé (site A) du
ribosome
- les molécules d’ARN
messager (A R N m ) et
d’ARN de transfert
(ARNt)
- les extrémités N -
t e r m i n a l e et C -
terminale de la chaîne
peptidique en cours de
synthèse

3.6.2 Ajouter directement sur le schéma ci-dessous (Figure 2)


- le résidu 7-méthylguanosine
triphosphate ( Gppp) à
l’emplacement correct.
- la séquence nucléotidique du
premier codon de l’ARN messager.
- la séquence nucléotidique de
l’extrémité 3’ de l’ARN messager.

Déduire des informations dont vous disposez sur la séquence d’ARN messager:
- la séquence des huit premiers acides aminés du peptide.
- la séquence du gène codant ces huit premiers acides aminés.

3.6.3 - Citer quatre étapes nécessaires à l’incorporation du quatrième acide aminé à partir de
cet acide aminé libre.
Indiquer pour chacune des quatre étapes, si elle est directement couplée à l’hydrolyse de
liaison(s) riche(s) en énergie, en précisant le cas échéant, le nombre de liaison(s) riche(s)
en énergie hydrolysées.
- Citer le nom de l’enzyme et le numéro des étapes qui permettent d’assurer la spécificité
du quatrième acide aminé incorporé.

3.6.4 - Dans quel(s) compartiment(s) de la cellule a lieu la synthèse de cette chaîne


peptidique?
- Dans quel(s) compartiment(s) de la cellule a eu lieu la synthèse du ribosome et quel est
son devenir immédiat une fois que la synthèse de la chaîne peptidique sera achevée?
- Dans quel(s) compartiment(s) de la cellule a eu lieu la synthèse de l’ARN messager et
quel est son devenir immédiat une fois que la synthèse de la chaîne peptidique sera
achevée?

3.6.5 Le tableau suivant illustre trois mutations différentes des codons 6 et 7 telles qu’elles
apparaissent dans la séquence nucléotidique de l’ARN messager.

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Position du codon 1 2 3 4 5 6 7 8

ARNm Normal --- GCU GUU GCU AAU AUC UUU GGU

ARNm avec Mutation X --- GCU GUU GCU AAU AU U GGU


Suppression de 3 nucléotides

ARNm avec Mutation Y --- GCU GUU GCU AAU AUC UAG GGU
Remplacement de 2 nucléotides

ARNm avec Mutation Z --- GCU GUU GCU AAU AUC UUC GGU
Remplacement d’1 nucléotide

Citer pour chacune des mutation X, Y et Z:


- le type de mutation :
- ses conséquences éventuelles sur le cadre de lecture:
- ses conséquences éventuelles sur le peptide synthétisé:

4. REPLICATION ET REPARATION

4.1 On incube des extraits solubles de colibacilles contenant de l’ADN avec un mélange de dATP,
dTTP, dGTP et dCTP marqués tous avec du 32P sur le phosphore . Après une période
d’incubation, le mélange est traité à l’acide trichloracétique qui précipite l’ADN et laisse en
solution les petites molécules.
a. Si un des quatre précurseurs manque, on ne trouve pas de radioactivité dans le précipité.
Commenter.
b. Aurait-on trouvé de la radioactivité si c’était le phosphore  ou  qui avait été marqué ?
c. Dans la chaîne synthétisée de manière continue suivante, où est l’erreur ? Comment cette
erreur sera-t-elle corrigée ?
Matrice
(3’) C - G - T - A - C - A - A - A- C - C - T - G - G - T - T - ...... (5’)
Néosynthètisé
(5’) G - C - A - T - G - T - T- T- G - G - A - A - ...... (3’)
d. Cette chaîne, sous l’influence des UV, peut présenter d’autres altérations. Lesquelles?
Comment seront-elles réparées?

4.2 Quelles sont les caractéristiques principales de la télomérase?

4.3 Compléter les propositions suivantes.


a. L’enzyme responsable de la synthèse d’ADN dans la réplication comme dans la réparation
est l’___________________.
b. Lors de la réplication, la région active du chromosome est une structure en forme d’Y
appelé une ______________________.
c. L’enzyme qui scelle les brèches dans l’hélice lors de la synthèse et de la réparation de
l’ADN s’appelle: l’_____________________ .
d. Lors de la réplication de l’ADN, le brin fils synthétisé en continu s’appelle:___________, et
le brin synthétisé de manière discontinue est appelé_______________ .
e. Si l’ADN polymérase positionne un nucléotide incorrect à l’extrémité 3’, un domaine
catalytique distinct possédant une activité_________________ enlève la base mal appariée.
f. L’initiation de la synthèse d’ADN sur le brin à réplication discontinue requiert de
petites_________________ fabriquées par une enzyme appelée__________________, qui a pour
substrat des _______________________ .
g. La séparation de 2 brins d’ADN au niveau de la fourche de réplication est catalysée par
l’__________________, qui se déplace unidirectionnellemment le long de l’ADN grâce à l’énergie
fournie par l’hydrolyse d’ATP;
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h. Les________________, qui participent au relâchement de l’ADN, se lient à l’ADN simple brin


de sorte que ses bases restent disponibles pour servir de matrice.
k. Chez les bactéries et les levures, comme chez plusieurs virus infectant les cellules
eucaryotes, on a montré que les fourches de réplication se forment au niveau de séquences
particulières de l’ADN appelées__________________
l. Les________________peuvent être considérées comme des «nucléases réversibles» qui
créent des cassures transitoires, soit monocaténaires (type I), soit bicaténaires (type II).

4.4 Compléter les propositions suivantes.


a. La plupart des modifications spontanées de l’ADN sont rapidement éliminées par un
processus de correction appelé la _____________________; il est exceptionnel que les
mécanismes de maintenance échouent, et permettent une modification de séquence
permanente, qui est appelée une ______________________.
b. Deux modifications spontanées courantes de l’ADN sont: la ____________________ qui
résulte d’une rupture des liaisons N-glycosidiques de l’adénine ou de la guanine au
désoxyribose, et la _____________________ qui transforme la cytosine en uracile.
c. Le processus de réparation des fragments d’ l’ADN implique trois étapes: les enzymes
appelées __________________ reconnaissent et excisent la portion modifiée du brin d’ADN, les
__________________ resynthétisent la région excisée, et l’______________________ comble
l’espace laissé.
d. La simple excision de base implique 3 enzymes: ______________________

5. ALTERATIONS DU MATERIEL GENETIQUE ET


OUTILS DE BIOLOGIE MOLECULAIRE

5.1 Compléter la séquence palindromique :


A G A T ? ? ? ?
? ? ? ? ? ? ? ?

5.2 Etablir une séquence d'acide nucléique sur laquelle une endonucléase de restriction sera
active.
Si cette séquence était présente dans l'ADN d'une bactérie, serait-elle systématiquement
coupée par l'endonucléase correspondante?

5.3 Séquençage d'un ADN par la technique de Sanger:


a. Expliquez en quelques lignes le principe de la technique.
b. Soit représenté ci-dessous sur la ligne, un segment d'ADN monobrin. Son séquençage est
effectué par la technique de Sanger, avec une amorce XY. En examinant le schéma
représentant une partie de l'autoradiogrmme du gel de migration, écrire :
• la séquence nucléotidique lue directement sur ce schéma du film.
• la séquence réelle du segment d'ADN monobrin correspondant.

A G C T

sens de
migration

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5.4 Diagnostic d'une maladie génétique


5.4.1- Au cours de l’exploration d’une famille atteinte d’hypercalcémie hypocalciurique
familiale, des mutations inactivatrices du récepteur sensible au calcium, (responsables
d’une augmentation du niveau de
calcémie à partir duquel la sécrétion de
PTH et la réabsorption du calcium par le
tubule rénal sont inhibées) ont été
mises en évidence par la technique de
séquençage de Sanger chez un sujet
atteint de la maladie.

a. En comparant les gels de


séquence ci-contre d’un sujet
normal et d’un patient atteint,
dites où est située la mutation
?

b. De quel type est-elle?

c. Quel est le mode probable de


transmission de cette maladie?

5.4.2 Pour rechercher la mutation chez les apparentés du sujet étudié, une étude par PCR-
RFLP a été pratiquée.
a. Quel est le principe de cette méthodeet son intérêt par rapport au southern
blot?
b. Avec la séquence mutée apparait un site supplémentaire de digestion par l’enzyme de
restriction BslI qui coupe le palindrome (imparfait) suivant :
5’ CCnnnnn/nnGG 3’
n= nucléotide indéterminé Fragment d’ADN amplifié de 504 pb:

"/"= site de coupure. Séquence normale : 


Bsl I Bsl I
87 pb 313 pb 104 pb

L’amplification par PCR de


l’exon concerné du gène du
récepteur du calcium, conduit à
l’obtention d’un fragment de 504 Séquence mutée : 

paires de bases. Ce fragment est Bsl I Bsl I Bsl I


87 pb 133 pb 180 pb
soumis ensuite à une digestion 104 pb

par BslI qui génère différents


types de fragments (cf. schéma).

Sur l’arbre généalogique ci-contre


est représenté le résultat de la
migration sur gel d’agarose de ce
produit de PCR, non digéré puis B C
digéré par BslI, issu de
l’amplification de l’ADN A D
génomique des individus A, B, C
et D.
615 bp
Lesquels de ces sujets 492 bp
présentent la mutation? 369 bp

246 bp

123 bp

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5.5 Vous voulez étudier un fragment d'ADN de 536 paires de base correspondant à la région
régulatrice située en amont (5') du gène de votre protéine favorite. Cette séquence est la
suivante :
Brin sens :
5' GATTCAGGAGATTCACAC - - 500 nucléotides - - TCGGTACAGCTATACAGG 3'
Brin antisens:
3' CTAAGTCCTCTAAGTGTG - - 500 nucléotides - - AGCCATGTCGATATGTCC 5'

5.5.1 Parmi les 8 amorces suivantes quelles sont les 2 amorces (à désigner par leurs
lettres) qui permettront l'amplification par PCR de ce fragment ?
a) 5' GA TTC AG G AGATTC AC AC 3'
b) 5' C T AAG TC C TC TAAG TG TG 3'
c) 5' C A C AC TTA GAGGAC TTAG 3'
d) 5' TC GGTAC A G C TATA C AGG 3'
e) 5' AG C C ATG T C G ATAT G TC C 3'
f) 5' G T G TG AAT C TC C TG AATC 3'
g) 5' C C TGTATA GC TGTA C C G A 3'
h) 5' G G AC ATAT C G AC AT G G C T 3'

5.5.2 Décrire brièvement mais précisément les différents ingrédients requis et le principe
de base de cette méthode de PCR.

5.5.3 Quelle expérience simple vous permettra de savoir si l'amplification spécifique de


votre fragment a réussi.

5.6 Les ARN extraits du cytosol de différents tissus sont analysés par la technique dite du
"Northern" en utilisant comme sonde un oligonucléotide correspondant à une partie du
premier exon du gène de la calcitonine (hormone hypocalcémiante).

Thyroïde Cerveau Foie Rein Muscle Rate

Sens de
migration

a. Interprétez cette image en indiquant les différentes hypothèses possibles.


b. Lorsque la même expérience est réalisée sur des ARN nucléaires de thyroïde ou de
cerveau, on observe surtout des bandes très faibles et diffuses, de plus haut poids
moléculaire qu'en partant d'ARN cytosolique. A quoi correspondent-elles ?

5.7 La question porte sur un gène codant une protéine humaine synthétisée exclusivement par
le foie.
Vous devez étudier un segment d’ADN codant de ce gène, dont la séquence la plus
fréquente dans la population générale est la suivante:

5’ ACT AAG GCA AAA TTC CGA GAG GCC CTA GAA GAT ACA CGA 3’
La première étape de l’étude va consister à amplifier, à partir de l’ADN génomique, la
totalité de ce segment par PCR (Réaction de Polymérisation en Chaîne).

5.7.1 Pouvez-vous utiliser indifféremment l’ADN extrait de cellules sanguines, de la peau,


du foie ou d’autres tissus pour cette étude?

5.7.2 Vous devez synthétiser des amorces oligonucléotidiques dont la longueur vous est
imposée: chacune d’elles doit comporter 9 nucléotides.
Compte tenu de cet impératif, donnez la séquence de chacune des amorces.

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5.7.3 Outre l’ADN génomique et les amorces oligonucléotidiques, vous devrez ajouter au
milieu de la réaction, une enzyme et les molécules précurseurs nécessaires à la
synthèse d’ADN.
• Citez le nom de l’enzyme.
• Citez le terme générique qui désigne l’ensemble des molécules précurseurs
nécessaires à la synthèse d’ADN.

5.7.4 Décrivez en une phrase chacune des 3 étapes qui se répète à chaque cycle de PCR:

5.7.5 Un polymorphisme de restriction Hae III bi-allélique de ce gène, résulte d’une


substitution C  T qui fait disparaître le site de restriction Hae III (GGCC) dans
l’ADN de 5 % des sujets, comme cela est schématisé ci-dessous:

Pour étudier ce polymor-


phisme, le fragment
amplifié par PCR est
soumis à une digestion
enzymatique par Hae III,
puis à une
électrophorèse.

Sachant que l’enzyme HaeIII coupe sans décalage l’ADN double brin entre GG et CC,
indiquez quels sont le nombre et la taille du ou des fragments obtenus par
électrophorèse, chez chacun des trois sujets suivants:
• Homozygote pour la version allélique fréquente.
• Homozygote pour la version allélique rare.
• Hétérozygote.

5.7.6 Existe-t-il des différences dans la séquence protéique correspondant à ce segment


d’ADN (dont les codons sont représentés sur la figure) entre les 3 sujets?
Comment qualifiez-vous dans ce cas, la substitution C  T?

5.7.7 Chez un sujet donné la même séquence correspondant à ce segment d’ADN, pourra-t-
elle être détectée
• dans une préparation d’ADN complémentaire de son foie?
• dans une préparation d’ADN complémentaire de ses cellules sanguines?
Justifiez vos réponses.

5.8
Ci-dessous est représenté un gène de ménage (dont l’expression est, par définition, ubiquitaire)
qui code une enzyme humaine E.

5.8.1. Combien ce gène comporte d’introns ?


5.8.2. Si la taille de chaque intron est de 10 kpb, et celle du promoteur de 100 pb, quelle est,
sans compter d’autres séquences régulatrices éventuelles, la taille du gène?
5.8.3. Si tous les exons sont conservés au cours de l’épissage, quelle sera, sans compter la
coiffe et la queue poly A, la taille du transcrit primaire et la taille de l’ARN messager?

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5.8.4. En adoptant la même représentation que celle du gène de l’enzyme E, représentez la


structure du transcrit primaire, celle de l’ARNm et celle d’un ARNm qui résulterait
d’un épissage alternatif de votre choix?
Pour chacune des trois molécules, positionnez s’il y lieu, la coiffe et la queue polyA, en
abrégé.
5.8.5. a) Quel est le nom de la molécule complète qui constitue la coiffe?
b) Quel est le nom de chacune des molécules simples qui composent la coiffe ?
c) Citez deux fonctions de la coiffe
5.8.6. Que signifie polyA?
5.8.7. Quelle est la taille totale des séquences codantes du gène qui code l’enzyme E?
5.8.8. Quel est le nombre d’acides aminés de l’enzyme E?
5.8.9. Compte tenu des éléments dont vous disposez sur le schéma, quelle est la séquence
d’acides aminés en N-et en C-terminal de la protéine?
5.8.10. Une paire d’amorces correspondant aux deux séquences nucléotidiques indiquées sur
le schéma, est utilisée pour réaliser une amplification par PCR, d’ADN complémentaire
(ADNc).
a) Pouvez-vous utiliser l’ADNc de n’importe quel tissu de l’organisme (entourez)
Justifiez en une phrase votre réponse
Quelle est la taille attendue du fragment amplifié?
b) Pour réaliser la PCR, quels sont les réactifs que vous devez ajouter au milieu qui contient
déjà l’ADNc à amplifier et les amorces?
c) Combien de températures différentes utiliserez-vous pour chaque cycle de PCR?
5.8.11. Vous analysez la séquence de l’extrémité 3’ du
premier exon par méthode enzymatique. Vous disposez
pour cela de l’ADN complémentaire et d’une amorce
simple brin ATg gCA
a) Indiquez le nom complet et le nom abrégé (entre
parenthèses), du nucléotide spécifique qui a été utilisé
pour réaliser la réaction de séquençage dont le produit a
été déposé dans chacun des 4 puits du gel
d’électrophorèse représenté ci-dessous (voir b)
b) Représentez l’emplacement attendu des bandes sur le
gel d’électrophorèse (en noircissant les cases
correspondantes)

5.9. Un gène de 10 kilobases (Kb) a subi une mutation au niveau d’un seul nucléotide :
remplacement d’une cytosine par une guanine. On cherche à identifier la mutation en
soumettant le gène normal et le gène muté à l’action d’une série d’ endonucléases de
restriction (étudiées indépendamment). Après électrophorèse en gel d’agarose, on
obtient les résultats suivants exprimés en kb
(précision de la méthode + 0,05 kb)

Enzyme utilisée Spécificité Gène normal Gène muté


EcoR I GAATTC 7,4+2,6 7,4+2,6
Bgl II AGATCT 10 10
Pst I CTGCAG 6+4 10
Sac I GAGCTC 10 6+4

a- Quelles sont vos conclusions en ce qui concerne l’effet de chaque enzyme sur
chaque gène ?
b- A la lumière de ces conclusions, reconstituez une séquence de 9 nucléotides en
précisant le siège de la mutation.

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6. QCM

1. Structure des acides nucléiques  c. Le désoxyribose correspond à une molécule


de ribose dans laquelle le OH en position 3' est
remplacée par un H.
1 Un nucléotide, compris dans la structure d’un  d. Dans une molécule d'ADN, le caractère
acide ribonucléique a tous les caractères suivants polyanionique est dû à l’ionisation du résidu
sauf un, indiquer lequel : phosphate.
 a. Il contient toujours des atomes de carbone,  e. Les deux chaînes d'une molécule d'ADN sont
d’hydrogène, d’oxygène, de phosphore et d’azote anti-parallèles.
 b. Il contient trois fonctions acides dont deux
estérifiées 6 Toutes les affirmations concernant la
 c. Il contient une liaison N-osidique structure de l’ADN, ci-dessous sont vraies
 d. Il contient une base azotée, purine ou sauf une, indiquer laquelle :
pyrimidine  a. Les molécules d’ADN sont formées de 2
 e. Il contient un ose à six carbones (hexose) chaînes anti-parallèles.
 b. Les bases azotées liées 2 à 2 par des
2 Dans la structure d’un ADN normal, toutes les liaisons hydrogènes sont tournées vers
structures ci-contre existent, sauf une, l’extérieur
indiquer laquelle :  c. Les bases azotées sont parallèles entre elles,
 a.  d. leurs noyaux empilés comme des assiettes.
 b.  e.  d. Les désoxyriboses et les phosphates se
 c trouvent à l’extérieur de la molécule d’ADN.
 e. Chaque nucléosome est constitué d’un
fragment d’ADN de 145 nucléotides et de 8
molécules d’Histones.

7 La base azotée représentée ci-dessous

 a. est une base purique


 b. est la thymine
 c. s’apparie à une base pyrimidique dans la
3 Dans la structure du fragment d'ADN représenté double hélice d’ADN
par la séquence A C T C , il y a toutes les  d. forme 3 liaisons « hydrogène » avec la base
liaisons, fonctions, molécules simples ou complémentaire à laquelle elle s’apparie dans la
groupes d'atomes suivants, sauf un, indiquer double hélice d’ADN
lequel :  e. peut être méthylée dans l’ADN génomique
 a. Quatre liaisons N-osidiques
 b. Quatre ß-D-riboses 8 Le nucléotide composé représenté ci-
 c. Un noyau purine dessous
 d. Trois fonctions amine primaire libres NH2
 e. Deux cytidines
N
N
O O O
4 Dans l'ADN, indiquez le ou les couple(s) de -
trinucléotide(s) complémentaire(s) en tenant O P O P O P O CH2 N N
O
compte des conventions d'écriture des O- O- O-

séquences (c'est-à-dire de 5' vers 3')


 a. AAC et GTT OH OH

 b. AAC et TTG
 c. CAT et GTA
 d. CAT et ATG
 e. CTA et GAT  a. est l’adénosine triphosphate
 b. contient du désoxyribose
5 Dans l'ADN, quelles sont les propositions  c. possède 2 liaisons riches en énergie
justes  d. possède 2 liaisons « phosphoester »
 a.Les bases G et C sont appariées par deux  e. sert de précurseur à la synthèse d’ARN
liaisons hydrogènes.
 b.Les bases pyrimidiques sont appariées entre
elles.

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2. Transcription

1 Un épissage alternatif à partir du site donneur de l’intron 2 dans un gène à 7 exons peut aboutir à tous les
messagers suivants, sauf un, indiquer lequel:

6 Le facteur TFIID
2 Parmi les propositions suivantes concernant la  a. est un facteur de transcription.
séquence de tous les ARN messagers,  b. est nécessaire à l’activité de transcription de
lesquelles sont exactes l’ARN polymérase II.
 a. elle débute par un codon AUG  c. se lie à une séquence d’ADN dans le promoteur
 b. elle se termine par un site de polyadénylation des gènes.
 c. elle est formée exclusivement d'une séquence  d. se lie à une séquence d’ADN qui peut être
codant une protéine localisée à plusieurs milliers de paires de
 d. elle possède à son extrémité 5' une coiffe nucléotides du site d’initiation de la transcription.
formée d'un nucléotide à méthylguanosine  e. se lie à l’ADN par l’intermédiaire de son petit
 e. elle contient toujours un codon stop sillon.

3 Parmi les propositions suivantes sur la 7 Les ARN messagers (ARNm)


transcription certaines sont exactes,  a. sont toujours synthétisés dans le sens 5’  3’
lesquelles?  b. sont toujours traduits dans le sens 5’  3’
 a. la transcription ne concerne que la production  c. comportent toujours tous les exons du gène
des ARN messagers  d. ont toujours une coiffe 7-méthylguanosine
 b. la transcription des ARN de transfert est triphosphate en 5’
réalisée par l'ARN polymérase III  e. ont toujours au moins un codon AUG
 c. la transcription utilise toujours les 2 brins du
gène comme matrice, ce qui permet la production 8 Un exon
de 2 molécules d'ARN messager différentes  a. est retrouvé sous forme de séquence d'ARN
 d. la transcription nécessite l'ouverture de dans l'ARN messager.
l'hélice d'ADN  b. est une séquence d'ADN obligatoirement
 e. seuls les exons sont transcrits codante.
 c. est une séquence d'ADN présente en dehors
4 La transcription des gènes.
 a. l’ARN polymérase II synthétise les ARN  d. est un domaine protéique particulier de
précurseurs des ARN messagers l'enveloppe de certains virus.
 b. l’initiation de la transcription par l’ARN  e. code pour un nombre entier d'acides aminés.
polymérase II nécessite l’assemblage d’un
complexe de facteurs généraux de transcription sur 9 La transcription d'un gène codant une protéine
le site promoteur du gène  a. a lieu sur les ribosomes.
 c. l’initiation de la transcription par l’ARN  b. met en jeu l'ARN polymérase II.
polymérase II n’est pas influencée par l’état de  c. u t i l i s e des désoxyribonucléotides
condensation de la chromatine triphosphates.
 d. les séquences d’ADN régulatrices peuvent être  d. a lieu sur les deux brins.
séparées du promoteur par plusieurs milliers de  e. fait intervenir la fixation de facteurs
paires de nucléotides transcriptionnels sur le promoteur.
 e.les facteurs de transcription peuvent se lier aux
séquences d’ADN régulatrices par l’intermédiaire
de liaisons hydrogène

5 L’ARN messager chez les eucaryotes


 a.possède une séquence complémentaire du brin
codant de l’ADN génomique
 b. ne comporte pas les introns
 c. peut comporter une partie seulement des exons
 d. est toujours entièrement traduit
 e. possède une longue répétition polyadénylique

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10 Transcription d'un gène par l'ARN polymérase II 15 Au cours de la transcription, toutes les espèces
 a. On appelle "région promotrice" l'ensemble chimiques suivantes ont un rôle à jouer sauf une,
des séquences d'ADN situées immédiatement en indiquer laquelle :
amont du site d'initiation de la transcription et  a. RNA polymérase II
contrôlant la transcription.  b. ribonucléotides
 b. Un même gène peut donner deux protéines  c. désoxy- thymidine triphosphate (dTTP)
différentes selon le tissu où il est transcrit.  d. protéine liant la boîte TATA (TBP)
 c. les séquences stimulatrices ou "enhancers"  e. guanosine triphosphate
peuvent agir en trans.
 d. les séquences stimulatrices ou "enhancers" 16 Les propriétés suivantes sont toutes en accord
peuvent être situées dans un intron. avec la définition des exons et des introns chez
 e. les séquences stimulatrices ou "enhancers" les Eucaryotes, sauf une, indiquer laquelle :
peuvent être situées à plusieurs centaines de  a. l’exon est une séquence de nucléotides
paires de bases en 5' d'un gène.  b. l’intron est compris entre 5’GT (site donneur) et
AG 3’ (site receveur)
11 Parmi les propositions concernant les ARN  c. la queue poly A ne fait partie d’aucun exon
messagers des eucaryotes  d. les introns sont transformés en lassos, puis
 a. Leur biosynthèse est sous le contrôle de détruits par la ribonucléase
facteurs TFII  e. un exon est toujours situé entre deux introns
 b. Ils sont codés par des gènes dont le
promoteur est situé à l'intérieur de la région 17 Au cours de la transcription d’un gène actif en
transcrite. période de jeûne, les facteurs suivants
 c. L'excision des introns se fait dans le s’unissent deux à deux comme indiqué, sauf
cytoplasme après fixation du pré-ARNm sur le dans un cas, indiquer lequel :
ribosome.  a.Le récepteur des glucocorticoïdes + le cortisol
 d. Au cours de l'excision-épissage se crée une avec le Glucocorticoid Responsive Element (GRE)
liaison 2'-5' phosphodiester.  b. La RNA polymérase II avec le brin sens du
 e. La séquence poly A n'est pas traduite . gène à transcrire
 c. Une adénine du brin antisens avec un uracile
12 Toutes les affirmations concernant la du transcrit primaire
transcription ci-dessous sont vraies sauf une,  d. Une sous-unité de la protéine TFIID avec la
laquelle séquence TATA du promoteur
 a. Le brin sens est le brin sur lequel la boîte  e. Un nucléotide triphosphate avec l’extrémité
TATA est du côté 3 ‘ de la boîte CAAT 3’OH terminale du transcrit en cours de synthèse
 b. L’ARN polymérase I synthétise les ARN
ribosomiques 28S, 18S et 5,8S 18 La fin de la transcription est le résultat de tous
 c. L’ARN polymérase II synthétise les ARN les évènements suivants sauf un, indiquer
messagers lequel :
 d. Les séquences cis-régulatrices sont reconnues  a. l’ARN polymérase (RNA polymerase) a
par des facteurs protéiques transrégulateurs synthétisé un ARN contenant la séquence
ayant des effets sur la vitesse de transcription AAUAAA
 e. L’excision-épissage est une étape de la  b. l’ARN polymérase (RNA polymerase) s'est
maturation des transcrits primaires où les exons dissociée de l’ADN
sont coupés de la structure primaire et les introns  c. l’ARN polymérase (RNA polymerase) a lu la
liés les uns à la suite des autres séquence TTATTT sur le brin antisens du gène
transcrit
13 Le transcrit primaire du gène de la lipoprotéine-  d. l’ARN polymérase (RNA polymérase) a reconnu
lipase comprend toutes les séquences ou un codon de terminaison
structures suivantes, sauf une, indiquer laquelle  e. l’ARN polymérase (RNA polymerase) ne
 a. Boîte TATA. synthétise plus de liaisons et le transcrit primaire
 b. Site donneur de l’intron 1. est coupé à son extrémité 3’OH terminale
 c. Codon de la Méthionine.
 d. A du branchement. 19 L’ARN messager mature a passé par toutes les
 e. Boîte AAUAAA de polyadénylation. étapes suivantes après la transcription, sauf une,
indiquer laquelle :
14 Le promoteur du gène de l’apolipoprotéine A-II  a. Le premier nucléotide de l’exon 3 a été
contient toutes les séquences suivantes, sauf hydrolysé de sa liaison avec le site donneur de
une, indiquer laquelle l’intron 2
 a. TGACTCA où vient se fixer un facteur trans-  b. Il a traversé la membrane nucléaire
régulateur de la famille AP-1  c. Son extrémité 3’-OH a été allongée de plus de
 b. ATG où vient se fixer le tARN de la méthionine 1000 nucléotides
 c. GGCCC où vient se fixer la protéine Sp1  d. Son extrémité 5’-phosphate a été complètée
 d. TATA où vient se fixer la TATA binding protein d’un nucléotide
 e. CATCCAT où vient se fixer la CAAT binding  e. Sa séquence codante est devenue unique et
protein continue

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5 Au cours de l’élongation, du début d’une protéine,


3. Traduction un ribosome se trouve successivement dans les
deux états ci-dessous
1 Au cours du cycle d’initiation
de la traduction, toutes les
liaisons suivantes sont
essentielles pour déterminer
le cadre de lecture exact,
sauf une, indiquer laquelle :
 a. Fixation d’un Met-ARNtMet
dans le site peptidique
 b. Liaison du l’uracile du
codon AUG avec le deuxième
nucléotide de l’anticodon
 c. Liaison de la guanine du
codon AUG avec le troisième
nucléotide de l’anticodon
 d. Présence des trois
nucléotides suivants (en 3’ du
codon AUG) dans le site acide aminé du ribosome
 a. site P : ARNt~Val-COOH;
 e. Liaison du fragment 5’-non-codant de l’ARNm
site A : ARNt~Leu-Phe-Leu-Ala-Met-NH2
avec les ARNr et protéines du ribosome
 b. site P : ARNt non chargé ;
site A : ARNt~Val- Met -Ala- Leu-Phe-Leu -NH2
2 La lysyl-tRNA synthétase reconnaît spécifi-  c. site P : ARNt~Val- NH2;
quement tous les ligands suivants, sauf un,
site A : ARNt~Leu-Phe-Leu-Ala-Met -COOH
indiquer lequel :
 d. site P : ARNt non chargé;
 a. ARNt dont la boucle centrale porte l’anticodon
site A : ARNt~Val-Leu-Phe-Leu-Ala-Met-NH2
UUU
 e. site P : ARNt~Val-Leu-Phe-Leu-Ala-Met- NH2;
 b. ATP
++ site A : ARNt non chargé
 c. ion Mg
 d. Lysine
6 Au cours de la traduction de l'extrémité 5'-
 e. ARNt dont la boucle centrale porte l’anticodon
terminale d'un messager dans un polyribosome
AAA
lié, une ribonucléoprotéine du cytoplasme
(Signal Recognition Particle = SRP) provoque
3 La tryptophanyl-tRNA synthétase possède toutes les tous les effets suivants, sauf un, indiquer lequel
propriétés suivantes sauf une, indiquer laquelle :
 a. Transport et fixation du ribosome sur la
 a. elle possède un site de liaison spécifique du
ribophorine
tryptophane
 b. Arrêt de l'élongation de la protéine traduite
 b. elle reçoit de l’énergie lors de l’hydrolyse de
 c. Liaison spécifique de cette ribonucléoprotéine
l’ATP
avec un récepteur du reticulum endoplasmique.
 c. elle transfère spécifiquement le tryptophane sur  d. Synthèse d'un chaînon d'acides aminés
le peptide au cours de la traduction hydrophobes à l'extrémité NH2-terminale de la
 d. elle active le tryptophane en le liant à un ARNt protéine traduite.
 e. elle n’est active qu’en présence d’un ARN
 e. Liaison spécifique de cette ribonucléo-protéine
comprenant deux séquences 5’CCA 3’, à deux
avec les acides aminés hydrophobes de l'extrémité
endroits différents de sa structure primaire
NH2-terminale de la protéine traduite.
4 Toutes les liaisons suivantes sont hydrolysées ou
7 L'incorporation d'un acide aminé libre comme la
rompues au cours de l’élongation d’une protéine, leucine, dans la structure primaire d'une
à chaque acide aminé incorporé, sauf une, protéine en cours d'élongation requiert
indiquer laquelle : l'hydrolyse des liaisons riches en énergie
 a. Liaison ester à l’extrémité 3’-OH de l’ARNt du
suivantes, sauf une, indiquer laquelle :
site peptidique
 a. ATP  AMP + pyrophosphate
 b. Liaison anhydride d’acides entre les phosphates
 b. peptidyl-tARN  tARN + peptide transféré sur la
du GTP lié au ribosome et au facteur eEF2 lors de
la translocation du messager leucine
 c. Liaisons hydrogène entre l’anticodon de l’ARNt  c. GTP-eEF1  GDP-eEF1
devenu libre du site peptidique et le codon de  d. GTP  GDP + phosphate
l’acide aminé incorporé à l’étape précédente  e. ATP  ADP + phosphate
 d. Liaison anhydride d’acides entre les phosphates
du GTP fixé sur le facteur eEF1 8 Le méthionyl-ARNt
 e. Liaison amide entre l’extrémité COOH-terminale  a. est nécessaire à l’initiation de la traduction
du peptide en cours de synthèse et la fonction  b. comprend l’ARNt dont l’anticodon est 5’ CAU 3’
amine de l’acide aminé incorporé  c. est synthétisé par une réaction enzymatique
couplée à l’hydrolyse de 4 liaisons riches en
énergie
 d. est synthétisée par une aminoacyl-ARNt
synthétase spécifique de la méthionine
 e. comporte une liaison ester riche en énergie
nécessaire à la formation d’une liaison peptidique
entre la méthionine et un autre acide aminé

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 e. La mobilisation du peptidyl-tRNA du site A au


9 Les ARN de transfert (ARNt) site P sur le ribosome est rendue possible par
 a. représentent le type d’ARN le plus abondant de l'hydrolyse de L'ATP
la cellule
 b. sont au nombre de 20 15 Toutes les affirmations concernant la traduction
 c. chacun d’entre eux se lie à un seul aminé ci-dessous sont vraies sauf une, laquelle
 d. chacun d’entre eux se lie à un seul codon  a. L’ARN messager mature est toujours traduit
 e. se lient aux acides aminés par l’intermédiaire dans sa totalité
d’une liaison riche en énergie  b. Le codon de terminaison de la traduction est
UGA
10 Quel est (ou quels sont) le(s) triplet(s)  c. Le code génétique est fondé sur des mots de 3
nucléotidique(s) du (ou des) anti-codon(s) du lettres les codons
(ou des) ARNt Glu s'appariant avec les  d. Le codon de l’ARN m AUG est
codons de l'acide glutamique GAA et GAG? complémentaire de l’anticodon CAU de l’ARNt
 a. CUU  e. Le bilan énergétique de la traduction est
 b. CUC
fonction du nombre d’acides aminés incorporés
 c. UUC
dans la protéine.
 c. TTC
 c. CTC
16. Toutes les affirmations concernant la
11 Indiquez la ou les propositions exactes traduction ci-dessous sont vraies sauf une,
 a. La fixation du complexe acide aminé ARNt laquelle
sur l'ARN messager se fait par l'acide aminé.  a. Le signal peptide est un peptide d’adressage
 b. Il existe trois triplets différents codant la fin de situé à l’extrémité NH2-terminale des protéines à
la synthèse d'une chaîne peptidique. excréter
 c. Le codon initiateur de la traduction code  b. L’acylation du peptide néosynthétisé est une
toujours pour la méthionine. modification post– transcriptionnelle du peptide
 d. Chez les eucaryotes, la transcription et la  c. Le ribosome catalyse le transfert du peptide
traduction ont lieu dans le même compartiment situé sur l’ARNt du site P sur la fonction amine de
cellulaire. l’acide aminé de l’ARNt du site A. Il utilise
 e. La transcription d'un gène se fait dans le sens l’énergie de la liaison riche en énergie entre le
5' -------> 3'. peptide et l’ARNt du site P
 d. Le complexe ribosomique qui se dissocie de
12 Parmi les codons suivants quels sont les 2 qui l’ARN messager, nécessite un cofacteur eRF
correspondent au codon d'initiation de la lorsque le site A se trouve en regard d’un codon
traduction d'une part et à l'un des codons de non sens
terminaison de chaîne protéique d'autre part?  e. La séquence 5’ non traduite de l’ARN messager
 a. AUC est reconnue par des cofacteurs eIF4A, eIF4B et
 b. AUG eIF4F qui s’y fixent
 c. UAG
 d. GAU
 e. UAC

13 La séquence nucléotidique de l'anticodon d'un


ARNt est 5' -CCU - 3' quelle est dans la
séquence suivante d'un ARN messager le triplet
4. Réplication et réparation
nucléotidique qui pourra s'apparier à
l'anticodon? 1 La DNA-polymérase a toutes les activités
suivantes au cours de la réplication d'un
fragment de chromosome sauf une, indiquer
laquelle :
 a. elle ajoute un nucléotide en liant son phosphate
à la fonction alcool en 3' d'un brin d'ADN qu'elle
synthétise
 b. elle hydrolyse les amorces du brin "retardé" en
 a.  d. commençant par leur côté 5'
 b.  e.  c. elle ajoute un nucléotide en liant sa fonction
 c. alcool en 3' au phosphate 5' terminal d'un brin
d'ADN qu'elle synthétise
 d. elle hydrolyse l'ARN des amorces du brin
14 Synthèse protéique : "avancé" en commençant par leur côté 5'
 a. La synthèse protéique débute par l'aa N  e. elle ajoute un nucléotide en liant le phosphate à
terminal et se termine par l'aa C terminal la fonction alcool en 3' d'une amorce d'ARN créée
 b. Les acides aminés sont activés par une par la DNA-primase
liaison ester aux molécules d'ARN t
 c.La terminaison d'une synthèse protéique
requiert la liaison d'un t RNA terminateurs à un
codon stop du mRNA
 d. On trouve de la thymine dans la majorité des
tRNA

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2 La synthèse du brin retardé par l'ADN polymérase 7 Les principes et mécanismes généraux de la
se distingue de celle du brin rapide par toutes les réplication
différences suivantes, sauf une, indiquer  a. Il est nécessaire d'ouvrir la molécule d'ADN
laquelle : en un point précis pour procéder
 a. elle consomme moins de désoxyribo- enzymatiquement à sa réplication in vivo.
nucléosides triphosphates  b La synthèse d'un brin nouveau d'ADN
 b. elle fait intervenir beaucoup plus souvent les nécessite toujours la fabrication préalable d'une
enzymes ADN-primase et ADN-ligase amorce d'ARN.
 c. elle engendre la production des fragments  c. Il existe au niveau d'une fourche de
d'Okazaki réplication, deux molécules d'ADN polymérases à
 d. elle fait appel à des amorces plus nombreuses fonctionnement simultané mais différent, l'une
 e elle se fait à contre-sens du déplacement de allongeant un brin d'ADN dans le sens 5' --->3' et
l'enzyme sur l'ADN l'autre allongeant l'autre brin dans le sens 3'--->5'.
 d. Le brin dit "précoce" est celui à synthèse
3 L'ADN polymérase humaine est capable de toutes discontinue et le brin dit "tardif" est celui à
les activités enzymatiques suivantes, sauf une, synthèse continue.
indiquer laquelle :  e. Dans une boucle de réplication, les deux
 a.Condensation du phosphate d'un désoxyribo- fourches progressent en direction opposée, à la
nucléotide sur la fonction 3' alcool libre d'un brin même vitesse.
d'ADN hybridé à un autre brin servant de modèle
 b. Hydrolyse de la liaison anhydride entre le 8 L'enzymologie de la réplication
premier et les deux autres phosphates d'un  a. La primase est une catégorie d'ARN
désoxyribonucléoside triphosphate polymérase spécialisée dans la synthèse des
 c. Condensation du phosphate du désoxyribo- amorces d'ARN sur le brin à synthèse
nucléotide 5' initial d'un brin d'ADN avec le discontinue.
désoxyribonucléotide 3' terminal d'un autre brin  b. La destruction des amorces d'ARN sur le brin
d'ADN retardé est effectuée par l'enzyme nommée
 d. Hydrolyse du désoxyribonucléotide 3' terminal ligase.
d'un brin d'ADN  c. On appelle "ADN hélicase" la protéine
 e. Hydrolyse du ribonucléotide 5' initial d'un ARN séparant les deux brins appariés de la molécule
d'ADN à répliquer, au niveau de la pointe de
4 L'ADN polymérase catalyse toutes les réactions chaque fourche.
suivantes, sauf une, indiquer laquelle :  d. Les enzymes de relaxation, fonctionnant en
 a. réparation d'une brèche étendue sur un ADN amont des fourches, suppriment les contraintes
double brin lésé. mécaniques induites par la progression de la
 b. synthèse d'une liaison ester entre un nucléoside réplication le long de l'ADN.
triphosphate et l'extrémité 3'-OH d'un brin d'ADN  e. Les protéines dites de "stabilisation" se fixent
 c. hydrolyse de la liaison ester entre le dernier et sur les deux double hélices récemment
l'avant-dernier nucléotides à l'extrémité 3'-OH d'un synthétisées pour les protéger de l'action des
brin d'ADN nucléases.
 d. hydrolyse de la liaison ester entre le premier et
le deuxième nucléotides à l'extrémité 5'-phosphate 9 Quelle est l'activité enzymatique, retrouvée chez
d'un ARN la plupart des ADN polymérases, qui leur
 e. synthèse de la liaison ester entre l'extrémité 3'- permet d'assurer une très grande fidélité de la
OH d'un brin d'ADN et l'extrémité 5'-phosphate d'un réplication?
autre brin d'ADN  a. Activité d'exonucléase 3' ----> 5'
 b. Activité d'exonucléase 5' ----> 3'
5 Au cours de la réplication de l’ADN,  c. Activité de polymérase
l’incorporation d’un désoxyribonucléotide  d. Activité d'endonucléase
 a. est catalysée par une ADN polymérase  e. Activité de synthèse d'amorce
 b. consomme l’énergie fournie par l’hydrolyse de
deux liaisons riches en énergie 10 La réplication de l'ADN des eucaryotes
 c. peut avoir lieu à l’extrémité 3’-OH ou 5’-OH d’un  a. u t i l i s e des désoxyribonucléotides
brin amorce d’ADN triphosphates.
 d. peut avoir lieu à l’extrémité 3’-OH ou 5’-OH d’un  b. fait intervenir de l'ARN.
brin amorce d’ARN synthétisé par une primase  c. débute en un seul site.
 e. peut avoir lieu à l’extrémité 3’-OH d’un brin  d. met en jeu des ADN polymérases
amorce d’ARN synthétisé par une télomérase bidirectionnelles.
 e. est semi-conservative.
6 Les ARN polymérases et les ADN polymérases
ont en commun les caractéristiques suivantes 11 Au cours de la réplication
 a. catalysent l’addition d’unités nucléotidiques dans  a. la croissance de la chaîne se fait toujours
le sens 5’  3’ dans le sens 5' ----->3'
 b. catalysent la formation de liaisons  b. les deux brins de l'ADN se séparent grâce à
« phosphodiester » des protéines.
 c. nécessitent une chaîne polynucléo-tidique  c. les précurseurs sont les
matrice désoxyribonucléotides pour un brin et les
 d. nécessitent une chaîne polynucléo-tidique ribonucléotides pour l'autre.
amorce  d. il y a un épissage de l' ADN néoformé.
 e. possèdent une activité exonucléasique 3’  5’  e.la synthèse est continue pour un brin d'ADN et
discontinue pour l'autre.
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12 On rencontre des acides nucléiques hybrides  b. insertion d’un C dans le codon CCC d’une
(brins de ribonucléotides et de désoxyribo- proline
nucléotides liés de façon antiparallèle et  c. délétion de la boîte TATA
complémentaire) dans toutes les circonstances  d. transversion dans le codon d’un acide
suivantes sauf une, indiquer laquelle : aspartique
 a. entre l'amorce et le brin avancé de DNA au  e. délétion du site receveur du dernier intron
cours de la réplication
 b. au cours de la transcription inverse du RNA 3 Parmi les mutations nucléotidiques lesquelles
viral vont changer la séquence en acides aminés de
 c. entre un élément cis-régulateur et un facteur la protéine?
trans-régulateur  a. mutation silencieuse
 d. entre l'amorce et le brin retardé de DNA au  b. mutation faux sens
cours de la réplication  c. mutation non sens
 e. dans le site catalytique d'une RNA polymérase  d. mutation somatique
 e. mutation conservatrice
13 Toutes ces affirmations concernant la réplication
sont vraies sauf une, laquelle : 4 Parmi les propositions suivantes concernant le
 a Les 2 brins de l’ADN parental servent chacun de séquençage de l'ADN par la méthode de
modèle pour la synthèse d’un nouveau brin au Sanger, lesquelles sont exactes?
cours de la réplication  a. les réactions parallèles de séquençage ne
 b. L’hélicase sert à stabiliser les brins séparés diffèrent entre elles que par la nature du
 c. Les ADN Polymérases ont une activité didéoxynucléotide
exonucléasique  b. l'ADN à séquencer doit être sous forme
 d. Le Mg++ est essentiel pour l’activité des ADN double brin
polymérases  c. les réactions de séquence sont des réactions
 e. L’ADN Polymérase  est associée à la primase de polycondensation de l'ADN
et L’ADN Polymérase  est la principale enzyme de  d. chacune des 4 réactions parallèles de
réplication en synthétisant sur le brin direct aussi séquence se fait en présence d'un seul
bien que sur le brin retardé nucléotide
 e. la région séquencée est déterminée par la
14 Toutes les affirmations concernant la réplication matrice d'ADN et non l'amorce
et la réparation ci-dessous sont vraies sauf une,
laquelle : 5 Classer dans l’ordre les étapes de la méthode du
 a. La télomérase est une ADN polymérase qui « Southern blot »
peut continuer la synthèse d’un ADN simple brin ; 1 - Electrophorèse
 b. Une structure avec entrecroisement de brins de 2 - Hybridation
2 ADN homologues est appelée structure Holliday 3 - Transfert sur membrane
 c. Le remplacement d’un A par un G est une 4 - Digestion de l’ADN par une enzyme de restriction
transition 5 - Autoradiographie
 d. Le remplacement d’un C par un T est une  a. 4 – 3 – 1 – 2 – 5
transversion  b. 1 – 4 – 3 – 5 – 2
 e. Une mutation somatique n’est pas transmissible  c. 4 – 1 – 3 – 2 – 5
à la descendance d’un sujet  d. 2 – 5 – 3 – 4 – 1
 e. 1 – 4 – 5 – 3 – 2

6 L’ADN complémentaire
5. Altération du matériel génétique et outils  a. l’ADN complémentaire est synthétisé par
de biologie moléculaire transcriptase inverse à partir d’ARN messager
 b. les banques d’ADN complémentaire sont
1 Dans la séquence suivante du gène d’une protéine identiques quel que soit le tissu humain (foie,
poumon, cœur, rein…) à partir duquel elles sont
CAGGCCGAGGCCAAAGTAAATCTCA préparées
 c. les banques d’ADN complémentaire préparées
correspondant à l’extrémité 3’ de l’exon 3, qui se à partir de différents tissus humains (foie, poumon,
traduit par Gln Ala Glu Ala Lys, indiquer quelle cœur, rein…) ont en commun les séquences
transition G A (nucléotides soulignés) est correspondant aux gènes domestiques
susceptible d’entraîner un empêchement de  d. la séquence en acides aminés d’une protéine
l’excision épissage de l’intron 3 de cette peut être déterminée à partir d’une séquence
protéine : d’ADN complémentaire
 a. CAAGCCGAGGCCAAAGTAAATCTCA  e. la séquence d’un intron peut être déterminée à
partir d’une séquence ADN complémentaire
 b. CAGGCCGAGGCCAAAATAAATCTCA
 c. CAGACCGAGGCCAAAGTAAATCTCA 7 Parmi les enzymes suivantes, laquelle ou
 d. CAGGCCGAGACCAAAGTAAATCTCA lesquelles sont utilisées dans la technique de
 e. CAGGCCGAAGCCAAAGTAAATCTCA RT-PCR
 a. ligase
2 Toutes les lésions moléculaires suivantes peuvent  b. ADN polymérase thermostable
se traduire par un caractère ou une maladie chez  c. transcriptase inverse
l’enfant qui les reçoit dans son patrimoine  d. ARN polymérase
génétique, sauf une, indiquer laquelle :  e. hélicase
 a. transition GA dans un codon de terminaison
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8 Les didésoxyribonucléosides triphosphates


 a. possèdent trois liaisons riches en énergie 14 L'autoradiographie d'un gel de polyacrylamide
 b. ne possèdent pas de groupement OH en 3’ réalisée pour déterminer la séquence d'un
 c. peuvent être incorporés par l’ADN polymérase fragment d'ADN selon la méthode de Sanger est
à l’extrémité 3’-OH d’un brin d’ADN représentée ci-contre. Chaque indication figurant
 d. empêchent l’extension du brin d’ADN dans sur le schéma en haut du gel: G, A, T, C
lequel ils sont incorporés correspond à l'incubation en présence d'un des 4
 e. peuvent être utilisés dans les techniques de didéoxynucléotides triphosphate. Quelle est la
séquençage de l’ADN séquence de 5' vers 3' du fragment d'ADN matrice?

9 La transcriptase inverse
 a. est une ADN polymérase ARN dépendante .
 b. est une enzyme qui permet l'entrée d'un
rétrovirus dans la cellule hôte.
 c. est utilisée pour la synthèse in vitro d'ADNc.
 d. a été isolée à partir d'un virus à ARN.
 e. est une enzyme qui permet la synthèse
d'ADN à partir d'ARN.

10 Parmi les propositions concernant la technique


de Southern,
 a. fait obligatoirement intervenir une ADN
polymérase
 b. permet l'analyse des ARN messagers
exprimés dans un tissu ou une cellule
 c. on peut utiliser comme sonde un
oligonucléotide de synthèse
 d. On peut utiliser comme sonde un fragment
d'ADN simple brin de séquence inconnue.
 e. permet de détecter des mutations
 a. 5'-T A C C T A G A C A T T G G T A C C C - 3'
11 Parmi les propositions concernant la PCR  b. 5'-G G G T A C C A A T G T C T A G G T A -3'
 a. permet l'amplification de fragments d'ADN de
séquence complètement inconnue  c. 5'-A T G G A T C T G T A A C C A T G G G -3'
 b. nécessite des amorces ARN.  d. 5'-C C C A T G G T T A C A G A T C C A T - 3'
 c. deux amorces différentes sont nécessaires  e. 5'-T A C C T A C A C A T T G G T A C C C - 3'
 d. fait intervenir une ADN-ligase
 e. l'élongation par la Taq-polymérase se fait à
72°C 15 La télomérase
 a. synthétise une séquence répétée d’ADN
12. Un ADNc est:  b. utilise une matrice d’ADN
 a. une séquence fabriquée in vitro pour des  c. utilise comme amorce l’extrémité 3’-OH d’un brin
besoins expérimentaux. d’ADN
 b. une séquence ne contenant aucune  d. utilise une matrice d’ARN
information autre que celle qui est présente dans  e. utilise comme amorce l’extrémité 3’-OH d’un brin
un ARN messager mature d’ARN
 c. une séquence contenant l'ensemble des
exons et des introns.
 d. une séquence dont on peut déduire une 16 La délétion d’un codon entier dans l’ADN
séquence polypeptidique. génomique
 e. une séquence naturellement présente dans le  a. est une mutation ponctuelle
génome humain.  b. peut entraîner une modification de la séquence
peptidique
13 Les enzymes de restriction  c. peut modifier le cadre de lecture
 a. interviennent dans la réplication.  d. peut affecter l’excision-épissage d’un intron
 b. ont une fonction chez les bactéries d'où on les  e. peut introduire un codon stop
extrait.
 c. reconnaissent le plus souvent des
palindromes.
 d. coupent l'ADN simple brin.
 e. peuvent couper un ADN circulaire.

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7. Annales 2005
QCM
1. La figure suivante représente un fragment d’acide
nucléique de quatre nucléotides.
O

C CH 3
HN C

C CH
O O N
- O P O CH 2 NH2
O
O C C C
H H
N C N
H H
C C
HC C CH
O H N N
- O P O CH 2 O
O
O C C C
H H
N C N
H H
C C
C C CH
O H H2N NH N
- O P O CH 2 NH2
O
O C H H C C
H C C
H HN CH  a. il est le fils des sujets n° 1 et 3
O H O
C
N
CH  b. il a un autre site de restriction Taq I, 300 pb plus
- O P O CH 2
O
loin
O C H H C  c. il a un site de restriction Taq I de plus que les
H
C C
H
sujets n° 2 et 4
O H  d. il est homozygote pour le fragment de restriction
Ce fragment se situe dans une des deux séquences que le plus court (3,5 Kb)
voici :  e. il est homozygote pour le fragment de restriction
5’-AAGCGGCTATAGCCGCTT-3’ le plus long (3,8 Kb)
5’-UUCGCCUAUAGCGCGAA-3’
4. Le promoteur du gène de l’apolipoprotéine A-II
Quels sont dans cette séquence les cinq nucléotides (apoA-II) contient toutes les séquences suivantes,
suivants en allant du côté 3’ ? Indiquer ces cinq sauf une, indiquer laquelle
nucléotides parmi les propositions suivantes :  a. TGACTCA (élément cis-régulateur TRE)
 a. CGCTT  b. TATA (boîte TATA)
 b. ATCGC  c. CCAT (boîte CAT ou CAAT)
 c. CGCTA  d. GGCCC (boîte GC)
 d. GCTAT  e. ATG (codon d’initiation)
 e. GCGAA
5 . Au cours de la transcription du gène d’une
2. Une mutation non-sens (CAGTAG) du gène de protéine extracellulaire, la RNA polymerase II agit
l’apolipoprotéine C-I (apoC-I) engendre une en fonction de l’orientation indiquée des molécules
modification du site spécifique (CAG/CTG) de suivantes, sauf une, indiquer laquelle :
l’enzyme de restriction Pvu II.  a. elle transcrit chaque intron en commençant par
Parmi les techniques suivantes, toutes permettent de son site donneur
faire le diagnostic de la présence ou de l’absence de  b. elle parcourt le brin antisens du gène de 3’ vers 5’
cette mutation chez un sujet, sauf une, indiquer  c. elle achève la synthèse du transcrit primaire par
laquelle son extrémité 5’-phosphate
 a. extraction d’ARN + RT-PCR + digestion par Pvu  d. elle transcrit la séquence qui codera pour les
II + électrophorèse avec BET acides aminés du signal-peptide avant celle qui
 b. extraction d’ADN + PCR + digestion par Pvu II + codera pour le reste de la protéine
électrophorèse avec BET  e. elle commence la transcription en séparant les
 c. extraction d’ADN + PCR + électrophorèse + deux brins de l’ADN du gène à partir de l’extrémité
hybridation avec une sonde ASO 5’ de l’exon 1
 d. extraction d’ARN + digestion par Pvu II +
électrophorèse avec BET 6. Selon les gènes, des combinaisons de structure
 e. extraction d’ADN + digestion par Pvu II + peuvent être obtenues par épissage alternatif
Southern blot avec sonde du gène apoC-I aboutissant à des transcrits différents. Toutes les
combinaisons d’exons suivantes sont possibles,
ASO = allele specific oligonucleotide ; BET = bromure sauf une, indiquer laquelle :
d’éthidium ; PCR = polymerase chain reaction ; RT  a. l’exon 5 peut être suivi de l’exon 7
= reverse transcription ;  b. il peut y avoir plusieurs exons avec un codon de
terminaison, dont un seul sera épissé à la suite de
3. Un polymorphisme du gène de l’apolipoprotéine C- l’avant-dernier exon du même gène
II (apoC-II) a été mis en évidence sur l’ADN des  c. l’exon 4 peut être suivi de l’exon 3
sujets après digestion par l’enzyme de restriction  d. plusieurs promoteurs peuvent initier la
Taq I, puis électrophorèse et Southern blot révélé transcription du même gène par plusieurs exons 1,
par une sonde cDNA de l’apoC-II. chacun étant épissé ensuite avec le même exon 2
Le sujet n° 6 vu sur le film de l’autoradiographie a  e. le même lasso peut contenir l’intron 3, l’exon 4 et
tous les caractères suivants sauf un, indiquer l’intron 4
lequel :

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7. La prolyl-tRNA synthétase est spécifique de toutes  b. La DNA polymérase d hydrolyse les nucléotides
les actions suivantes, sauf une, indiquer laquelle : mésappariés en 3’ des brins nouveaux
 a. elle hydrolyse deux liaisons riches en énergie  c. La DNA ligase associe les fragments d’Okazaki
 b. elle condense la proline sur l’AMP par une liaison sur le brin retardé
anhydride d’acide  d. L’hélicase (topoisomérase) déroule la double
 c. elle reconnaît la proline, acide aminé hélice en avant de la polymérase
 d. elle reconnaît un tRNA dont l’anticodon est GGG  e. La DNA polymérase d ajoute des nucléotides à
 e. elle produit un acide pyrophosphorique l’extrémité 5’ des fragments d’Okazaki

8. A différentes étapes de la traduction du fragment 10. La réparation par excision de base permet de
de messager suivant, les sites acide aminé et corriger toutes les lésions du DNA suivantes, sauf
peptide d’un ribosome sont occupés de toutes les une, indiquer laquelle :
façons suivantes, sauf une, indiquer laquelle :  a. hydrolyse d’une liaison N-osidique (site sans
…CUG ACU CCU GAG GAG AAG UCU… base)
 b. dimère de thymines (cyclobutylique)
 a. site P : tRNAPro~Pro-Thr-Leu-…  c. 5-bromouracile (analogue structural de l’uracile)
site A : tRNAGlu~Glu  d. désamination d’une adénine (hypoxanthine)
 b. site P : tRNAGlu~Glu  e. méthylation d’une cytosine (5-méthylcytosine)
site A : tRNAGlu~Glu-Pro-Thr-Leu-…
 c. site P : tRNAGlu~Glu-Pro-Thr-Leu-… 1 1 . Une structure Holliday peut se produire par
site A : rien croisement des brins de deux DNA homologues
 d. site P : tRNAGlu~Glu-Pro-Thr-Leu-… provenant des molécules suivantes, sauf une,
site A : tRNAGlu~Glu indiquer laquelle :
 e. site P : tRNAGlu~Glu-Glu-Pro-Thr-Leu-…  a. deux gènes homologues, sur des chromosomes
site A : tRNALys~Lys différents
 b. deux chromosomes appariés au cours de la
9. Lors de la progression d’une fourche de méiose
réplication, les mécanismes suivants  c. deux DNA fils après la réplication
accompagnent la synthèse du DNA, sauf un,  d. deux gènes dupliqués l’un à la suite de l’autre (en
indiquer lequel : tandem)
 a. La DNA primase synthétise des amorces d’ARN  e. deux chromosomes au cours de la réparation
sur le brin retardé homologue

EXERCICE
9 questions à choix multiples (Cocher les cases vraies pour chaque QCM)

Soit l’ADN complémentaire double brin (ADNc) qui a été synthétisé à partir de l’ARN messager de l’apolipoprotéine A-II
(apoA-II). La séquence du brin sens de cet ADNc est :

1 AGGCACAGAC ACCAAGGACA GAGACGCTGG CTAGGCCGCC


41 CTCCCCACTG TTACCAACAT GAAGCTGCTC GCAGCAACTG
81 TGCTACTCCT CACCATCTGC AGCCTTGAAG GAGCTTTGGT
121 TCGGAGACAG GCAAAGGAGC CATGTGTGGA GAGCCTGGTT
161 TCTCAGTACT TCCAGACCGT GACTGACTAT GGCAAGGACC
201 TGATGGAGAA GGTCAAGAGC CCAGAGCTTC AGGCCGAGGC
241 CAAGTCTTAC TTTGAAAAGT CAAAGGAGCA GCTGACACCC
281 CTGATCAAGA AGGCTGGAAC GGAACTGGTT AACTTCTTGA
321 GCTATTTCGT GGAACTTGGA ACACAGCCTG CCACCCAGTG
361 AAGTGTCCAG ACCATTGTCT TCCAACCCCA GCTGGCCTCT
401 AGAACACCCA CTGGCCAGTC CTAGAGCTCC TGTCCCTACC
441 CACTCTTTGC TACAATAAAT GCTGAATGAA TCC

Pour faciliter les comptes, la séquence a été divisée en groupes de 10 lettres et le numéro du premier
nucléotide de chaque ligne a été mentionné.

12. Parmi les constituants suivants, quels sont ceux 13. Cet ADNc:
qui ont été utilisés pour la synthèse de cet ADNc :  a. comporte la séquence du promoteur du gène de
 a. une ARN polymérase l’apoA-II
 b. une transcriptase réverse  b. reproduit la séquence de l’ARNm de l’apoA-II
 c. une ADN ligase (hors mis la coiffe et la queue polyA)
 d. les ribonucléosides triphosphates : ATP, UTP,  c. reproduit la séquence de tous les exons du gène
GTP, CTP de l’apoA-II
 e. les désoxyribonucléosides triphosphates :  d. reproduit en partie la séquence du brin sens du
dATP, dTTP, dGTP, dCTP gène de l’apoA-II
 e. reproduit en partie la séquence du brin anti-sens
du gène de l’apoA-II

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14. Les deux séquences de 3 nucléotides en  d. est supérieure à celle d’un fragment de même
caractères gras comprennent : taille, constitué uniquement de désoxyguanylate
 a. un site d’initiation de la transcription du gène de (polydG)
l’apoA-II  e. est supérieure à celle d’un fragment de même
 b. un signal de fin de traduction de la protéine taille, constitué uniquement de désoxycytidylate
apoA-II (polydC)
 c. un site d’épissage du transcrit primaire de
l’apoA-II 18. Le produit de PCR ainsi obtenu, est soumis à une
 d. un signal de polyadénylation du transcrit digestion par l’enzyme de restriction HypCH4 V
primaire de l’apoA-II pour laquelle il n’existe qu’un site de restriction
 e. un élément cis-régulateur d’expression du gène dans l’ADNc de l’apoA-II (situé aux nucléotides 98-
de l’apoA-II 101), puis à une électrophorèse en gel d’agarose.
Sachant que l’enzyme HypCH4 V hydrolyse l’ADN
15. Sachant que le gène de l’apoA-II comporte 4 de la façon suivante :
er
exons et que le 1 exon n’est pas traduit, cet 5’…TG  CA…3’
ADNc : 3’…AC  GT…5’
 a. a la même longueur que le gène de l’apoA-II vous observerez à l’électrophorèse :
 b. a la même longueur que la séquence du gène
de l’apoA-II située entre les sites d’initiation et de  a. deux fragments de 41 pb et 262 pb
terminaison de la transcription  b. deux fragments de 99 pb et 342 pb
 c. a la même longueur que le transcrit primaire de  c. quatre fragments de 41 pb, 99 pb, 262 pb et 342
l’apoA-II pb.
 d. a la même longueur que la séquence codante  d. trois fragments de 99 pb, 342 pb et 473 pb.
du gène de l’apoA-II  e. trois fragments de 41 pb, 303 pb et 473 pb.
 e. a la même longueur que l’ARNm de l’apoA-II
(hors mis la coiffe et la queue polyA) 19. Une délétion des deux nucléotides numérotés
100-101 dans la séquence d’ADNc sera
16. Vous souhaitez à partir de ce cDNA, synthétiser accompagnée :
par réaction de polymérisation en chaîne (PCR), le  a. d’un décalage du cadre de lecture
fragment situé entre les deux séquences en  b. de la synthèse d’une protéine tronquée (plus
caractères gras. Parmi les constituants suivants, courte que la protéine normale)
quels sont ceux que vous utiliserez pour cette  c. d’un défaut d’épissage du transcrit primaire
synthèse :  d. d’un changement du 14
ème
acide aminé de
 a. l’oligonucléotide : 5’- er
l’apoA-II (le 1 étant la méthionine)
ATGAAGCTGCTCGCAGC-3’  e. de la disparition du site de restriction de l’enzyme
 b. l’oligonucléotide : 5’- de restriction HypCH4 V dans l’ADNc
CAGCCTGCCACCCAGTGA-3’
 c. l’oligonucléotide : 5’- 20. La séquence d’ADNc d’un sujet homozygote pour
TCACTGGGTGGCAGGCTG-3’ la délétion des nucléotides numérotés 100-101 est
 d. les didésoxyribonucléosides triphosphates : soumise comme dans la question 4 à une
ddATP, ddTTP, ddGTP, ddCTP amplification du fragment situé entre les deux
 e. une ADN polymérase séquences en caractères gras, puis à une digestion
par l’enzyme de restriction HypCH4 V.
17. La température de fusion du produit de PCR Vous observerez à l’electrophorèse en gel
ainsi obtenu : d’agarose :
 a. est identique à celle d’un fragment de même  a. trois fragments de 41 pb, 262 pb et 303 pb
taille, constitué uniquement de désoxythymidylate  b. un fragment de 301 pb
(polydT)  c. un fragment de 473 pb
 b. est supérieure à celle d’un fragment de même  d. deux fragments de 41 pb et 262 pb
taille, constitué uniquement de désoxythymidylate  e. deux fragments de 99 pb et 342 pb
(polydT)
 c. est supérieure à celle d’un fragment de même
taille, constitué uniquement de désoxyadénylate
(polydA)

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ANNEXE I .

CODE GENETIQUE
1er 2ème 3ème
Nucléotide Nucléotide Nucléotide
U C A G
Phe Ser Tyr Cys U
U “ “ “ “ C
Leu “ Stop Stop A
“ “ Stop Trp G
“ Pro His Arg U
C “ “ “ “ C
“ “ Gln “ A
“ “ “ “ G
Ileu Thr Asn Ser U
A “ “ “ “ C
“ “ Lys Arg A
Met “ “ “ G
Val Ala Asp Gly U
G “ “ “ “ C
“ “ Glu “ A
“ “ “ “ G

ANNEXE II.
- Codes des acides aminés

A: ala F: phe K: lys P: pro T: thr
C: cys G: gly L: leu Q : gln V: val
D: asp H: his M: met R: arg W: trp
E: glu I: ile N: asn S: ser Y: tyr

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