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OBJECTIFS
Savoir dfinir une enzyme Pouvoir dcrire la structure et la composition dune enzyme Connatre le mode daction des enzymes Connatre la classification des enzymes Pouvoir classer les coenzymes en fonction de leurs natures, et leurs rles
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PLAN
INTRODUCTION I - DEFINITION ET STRUCTURE II MODE DACTION DES ENZYMES III- CLASSIFICATION ET NOMENCLATURE IV - COENZYMES ET COSUBSTRATS CONCLUSION
INTRODUCTION
organisme vivant ?
Respiration Croissance Efforts physique
Comment?
Ractions biochimiques: Rle de lanhydrase carbonique Ractions danabolisme Ractions de catabolisme
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CO2 + H2O
H2CO3
HCO3- + H+
anhydrase carbonique
Zn2+
Ractions uniques ou intgres dans une voie mtabolique Temps adapt Ncessit de catalyseurs: enzymes qui permettent aux ractions de se drouler dans les conditions physiologiques compatibles avec la vie
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A- DEFINITIONS
Substrat: molcule qui entre dans une raction pour
tre transforme par laction catalytique dune enzyme Produit: molcule qui est produite au cours dune
Enzyme: est une catalyseur biologique qui assure la transformation biochimique dun substrat (S) en un produit (P).
Glucokinase S
ATP ADP
P
Glucose 6 phosphate
Pi H2O
Glucose
P Glucose 6 phosphatase
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Catalyseurs:
Agissent faible dose augmentent la vitesse de la raction diminuent lnergie dactivation sont rgnrs la fin de la raction
E+S E-S E+P
Biologiques:
Protines produites par lorganisme Action spcifique : substrat, raction E+S Rgulables E+P
B- STUCTURE
Protines doues de proprits catalytiques Holoprotines ou htroprotines Monomriques, polymriques, complexe multienzymatique Les Htroprotines sont constitues : 1 - Partie protique : apoenzyme porte la spcificit enzymatique Fixation du substrat Favorise laction du coenzyme
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Atomes ou molcules biologiques, substance apporte par Indispensable la catalyse enzymatique: Intervient dans la
raction enzymatique, mais nest pas transform dfinitivement la fin de cette raction, transporte le substrat, reoit le produit ou participe la
2.1- le groupement prosthtique - Rgnr sans tre libr - Fonctionne concentration stoechiomtrique
AX
ApoE-GP
ApoE-GP X
BX
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AH2
dshydrognase
Acide lipoque
Acide dihydrolipoque
FADH2
FAD
cosubstrat
cosubstrat- X
B Apoenzyme 2
BX
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NADPH,H+
Glutathion rduit
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Pour que la raction enzymatique se produise, il faut : Que lenzyme reconnaisse spcifiquement les cofacteurs dont elle a besoin. La formation dun complexe enzyme-substrat Un change d'nergie libre entre le complexe enzymesubstrat et le milieu environnant.
NOTIONS DE BIOENERGETIQUE
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1. Constante dquilibre
A +B
C+D
A +B
A, B, C et D ont une nergie libre note GA, GB, GC et GD
C+D
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A +B
C+D
Dans les conditions standard: Pression : 1 atm T: 25 C (298K) pH 7 [A] = [B] = [C] = [D] = 1 mole
G = -RT ln Keq
R: constante des gaz parfaits, R = 8,31 Joules/mole T: temprature absolue
A +B
C+D
alors G < 0 : raction exergonique [C] [D] / [A] [B] :0 1 Ln Kq valeur ngative
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4. Consquences et applications * La constante dquilibre permet le calcul de G * Si on connait G et les concentrations des substrats et des prod uits, on peut calculer G et prdir le sens de la raction * Une raction endergonique peut avoir lieu si elle est couple une raction exergonique
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P+E
- Cest lnergie libre moyenne quune molcule doit recevoir du milieu environnant pour que la raction se produise une vitesse donne. Cette dernire sera proportionnelle lnergie capte.
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Etat initial
Etat final
100 70 quilibre
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1.1 - DEFINITION
Pour que lenzyme puisse assurer sa fonction catalytique, elle doit se lier son substrat.
Le site actif est lensemble des acides amins qui entrent en contact avec le substrat.
Ces acides amins sont loigns les uns des autres sur la squence primaire, mais son rapprochs dans lespace par les repliements dus aux structures secondaires et tertiaires de la protine.
Parmi les acides amins du site actif, on distingue ceux qui: Interviennent dans la reconnaissance du substrat et forment avec des liaisons covalentes: site de fixation Participent la transformation chimique du substrat en produit: site catalytique Le site actif est localis au fond dune poche de la zone interne hydrophobe de la protine
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Reprsentation de la molcule de ribonuclase ( en noir, les trois acides amins du site actif : 12 et 119, histidine; 41, lysine).
PELMONT, Enzymes, presses universitaires, grenoble.
1.2 MODELE DU SITE ACTIF 1.1.1 MODELE DE FISHER Cest le modle de la cl et de la serrure: la forme S (cl) est complmentaire du site actif de lenzyme (la serrure)
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1.1.2 MODELE DE KOSHLAND OU AJUSTEMENT INDUIT La molcule enzymatique nest pas rigide Lenzyme et le substrat adaptent mutuellement leurs formes respectives qui ne sont complmentaires quau sein du complexe ES
Actyl-choline strase
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Exemple 2: drivs de larsenic trivalent qui se combinent avec la cystine HS R As = O HS Phosphoglycraldhyde dshydrognase cys - enzyme
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urase
Ex1: ure carbonate dammonium
glucose oxydase
Ex 2 : glucose acide gluconique
Glucose + ATP
Hexokinase
fructose + ATP fructose 6-phosphate + ADP
2.3: STEROSPECIFICITE :
Distingue entre les isomres optiques Ex1: trypsine agit sur les acides amins de type L, Ex 2: et glucosidases
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Classification et nomenclature en 1961, International Union of Biochemistry (IUB) 1. les enzymes sont distingues en 6 classes en fonction des ractions
quelles catalysent.
2.
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CLASSE
ROLE
SOUS CLASSES
1 2 3 4 5 6
17 8 11 7 6 5
3.
exemple: E.C 2.7.1.1 classe 2 (transfrase) sous-classe 7 (transfert de phosphate) sous-sous- classe 1 ( accepteur de phosphate est un groupement alcool)
ATP Glucose
HEXOKINASE
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4. Le nom de lenzyme est form de deux parties: Le nom du ou des substrats Une deuxime partie qui se termine par un suffixe ase et dsigne le type de raction. Ex: Hexokinase, lactate dshydrognase
CHAPITRE IV LE S C O E N Z Y M E S
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A LACTIVITE DE
Oxydo-rduction
Transfert de groupement
A- LES COENZYMES METALLIQUES Cations bivalents qui se lient lenzyme ou au substrat. Exemple: Mg 2+ : phosphatases, phosphokinases Zn 2+ : anhydrase carbonique, alcool dshydrognase Cu 2+ : tyrosine hydroxylase
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CH C N C H S C CH 2 CH 2
1.2 LE PHOSPHATE DE PYRIDOXAL Origine: vitamine B6 ou pyridoxine Structure: Noyau pyridine substitu
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Rle: Raction de dcarboxylation et de transamination des acides amins 1- raction de transamination des acides amins AA1 + AC2 AC1+ AA2
R CH - COOH NH2
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1.3 LE COENZYME A Origine: Drive de lacide pantothnique (vit B5) Structure complexe
nuclotide
Phosphopantothine sulfhydryle
Rle: activation des molcules contenant un groupement carboxylique par formation dune liaison thio-ester riche en nergie
R COOH + CoASH
R CO ~SCoA + H2O
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Groupement formyl
1.4.1 LACIDE TETRAHYDROFOLIQUE Origine: Drive de La vitamine B9, apport par lalimentation sous forme de polyglutamylfolate (ptroyl heptaglutamate++) qui sera transform en ptroyl monoglutamate Structure: noyaux ptroique (ptridine relie un acide paraaminobenzoique par un chanon monocarbon) substitu en 2 et 4
(THF)
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N5- hydroxymthyl
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NAD
THF CH3
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Rle:
1. Ractions disomrisation: migration intramolculaire de groupements monocarbons Ex: HOOC CH CO ~ SCoA CH3 Mthyl malonyl CoA 2. Rduction de radical hydroxymthyl en mthyl Ex: Vit B 12 R CH2 OH THF DHF R CH3
Vit B12
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1.4.3 LA BIOTINE Origine: La vitamine H ( foie, jaune duf) structure: Noyau imidazole + noyau thiophne
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2.1- LES COENZYMES FLAVINIQUES Origine: riboflavine ou vitamine B2, alimentation structure: Noyau isoalloxazine
Fonctionnement:
FMN + 2 H+ + 2 e FAD + 2 H+ + 2 e -
FMNH2 FADH2
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Nicotinamide mononuclotide
NAD NADP
Rle
NAD: cosubstrat de ractions doxydation catalyses par des
dshydrognases Rducteur dans la chane respiratoire mitochondriale NADP: rducteur dans la synthse des acides gras
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2.3 - LACIDE LIPOQUE Structure: AG en C8 avec pont S-S entre C6 et C8. la partie active est le pont disulfure
COOH
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Rle :
- Groupement prosthtique li un rsidu lysine de lapoenzyme - Intervient dans les ractions de dcarboxylation oxydatives des
Rle: cosubstrat, transporteur mobile de protons et dlectrons dans la chane respiratoire mitochondriale
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Succinate dshydrognase
HOOC CH2 CH2 COOH HOOC CH CH COOH
CoQ
CoQH2
2.5 PROTINES CENTRE FER - SOUFRE Structure: protine fer non hminique. Lion Fe 2+ ou Fe 3+ est li la protine par des atomes de soufre (cystine, ion sulfure S2-)
mcanisme : lion de fer fixe llectron apport par un substrat puis le passe un second substrat qui sera rduit S 1( rduit) + Prot (Fe 3+) S 2 (oxyd) + Prot (Fe 2+) S 1 (oxyd) + Prot (Fe 2+) S 2 (rduit) + Prot (Fe 3+)
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2.6- LES COENZYMES HMINIQUES Structure: noyau porphyrine avec au centre un ion fer
Apoenzyme
Cytochrome oxydase
O 2 + 2 H+ + 2 cyt c(Fe2+) H2O + 2 Cyt c (Fe3+)
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CONCLUSION
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