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20/02/2012

INTRODUCTION A LETUDE DES ENZYMES

Pr. Laila CHABAA 1re anne mdecine / 2011-2012

OBJECTIFS
Savoir dfinir une enzyme Pouvoir dcrire la structure et la composition dune enzyme Connatre le mode daction des enzymes Connatre la classification des enzymes Pouvoir classer les coenzymes en fonction de leurs natures, et leurs rles

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PLAN
INTRODUCTION I - DEFINITION ET STRUCTURE II MODE DACTION DES ENZYMES III- CLASSIFICATION ET NOMENCLATURE IV - COENZYMES ET COSUBSTRATS CONCLUSION

INTRODUCTION

organisme vivant ?
Respiration Croissance Efforts physique

Comment?
Ractions biochimiques: Rle de lanhydrase carbonique Ractions danabolisme Ractions de catabolisme

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CO2 + H2O

H2CO3

HCO3- + H+

anhydrase carbonique
Zn2+

Ractions uniques ou intgres dans une voie mtabolique Temps adapt Ncessit de catalyseurs: enzymes qui permettent aux ractions de se drouler dans les conditions physiologiques compatibles avec la vie

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Exemple 1: raction de dcarboxylation du pyruvate CH3-CO-COOH CH3COH + CO2

In vitro: 170 C In vivo: 37 , la pyruvate dcarboxylase C

Exemple 2: raction dhydrolyse du saccharose saccharose + H2O glucose + fructose

In vitro: plusieurs mois, annes In vivo: quelques secondes, saccharase ou invertase

CHAPITRE -IDEFINITION ET STRUCTURE DES ENZYMES

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A- DEFINITIONS
Substrat: molcule qui entre dans une raction pour

tre transforme par laction catalytique dune enzyme Produit: molcule qui est produite au cours dune

raction catalyse par une enzyme

Enzyme: est une catalyseur biologique qui assure la transformation biochimique dun substrat (S) en un produit (P).

Glucokinase S
ATP ADP

P
Glucose 6 phosphate
Pi H2O

Glucose

P Glucose 6 phosphatase

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Catalyseurs:

Agissent faible dose augmentent la vitesse de la raction diminuent lnergie dactivation sont rgnrs la fin de la raction
E+S E-S E+P

Biologiques:

Protines produites par lorganisme Action spcifique : substrat, raction E+S Rgulables E+P

B- STUCTURE
Protines doues de proprits catalytiques Holoprotines ou htroprotines Monomriques, polymriques, complexe multienzymatique Les Htroprotines sont constitues : 1 - Partie protique : apoenzyme porte la spcificit enzymatique Fixation du substrat Favorise laction du coenzyme

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2- Partie non protique ( cofacteur ou coenzyme )

Atomes ou molcules biologiques, substance apporte par Indispensable la catalyse enzymatique: Intervient dans la

lalimentation (ex: vitamine)

raction enzymatique, mais nest pas transform dfinitivement la fin de cette raction, transporte le substrat, reoit le produit ou participe la

structure de l'enzyme. Deux types : - li: groupement prosthtique - libre: cosubstrat

2.1- le groupement prosthtique - Rgnr sans tre libr - Fonctionne concentration stoechiomtrique

AX

ApoE-GP

ApoE-GP X

BX

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Exemple: lacide lipoque

AH2

dshydrognase

Acide lipoque

Acide dihydrolipoque

FADH2

FAD

2.2 - le cosubstrat - Ncessite un second apoenzyme pour tre rgnr Apoenzyme 1 AX A

cosubstrat

cosubstrat- X

B Apoenzyme 2

BX

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Exemple: G6P DHase 6 phosphogluconate

Glucose 6 phosphate NADP+

NADPH,H+

Glutathion glutathion rductase

Glutathion rduit

CHAPITRE II MODE DACTION DES ENZYMES

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Pour que la raction enzymatique se produise, il faut : Que lenzyme reconnaisse spcifiquement les cofacteurs dont elle a besoin. La formation dun complexe enzyme-substrat Un change d'nergie libre entre le complexe enzymesubstrat et le milieu environnant.

NOTIONS DE BIOENERGETIQUE

pourquoi une raction est possible ? Comment agit lenzyme ?

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1. Constante dquilibre

A +B

C+D

v1= k1 [A] [B] v2 = k2 [C] [D]


A lquilibre: v1 = v2 k1 [A] [B] = k2 [C] [D] K1/K2 = Kq = [C] [D] / [A] [B]

2. Variation dnergie libre standard

A +B
A, B, C et D ont une nergie libre note GA, GB, GC et GD

C+D

On dfinit la variation dnergie libre: G = (GC+ GD) (GA+ GB) (kjoule/mole)

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A +B

C+D

Dans les conditions standard: Pression : 1 atm T: 25 C (298K) pH 7 [A] = [B] = [C] = [D] = 1 mole

On dfinit la variation dnergie libre standard:

G = -RT ln Keq
R: constante des gaz parfaits, R = 8,31 Joules/mole T: temprature absolue

A +B

C+D

variation dnergie libre standard G = -RT ln Keq

[C] [D] / [A] [B] > 1 Ln Kq valeur positive

alors G < 0 : raction exergonique [C] [D] / [A] [B] :0 1 Ln Kq valeur ngative

alors G > 0 : raction endergonique

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3. Variation dnergie libre G = G + RT ln Keq

lintrieur de la cellule: T= 37 C, cc < 1 mole

4. Consquences et applications * La constante dquilibre permet le calcul de G * Si on connait G et les concentrations des substrats et des prod uits, on peut calculer G et prdir le sens de la raction * Une raction endergonique peut avoir lieu si elle est couple une raction exergonique

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A- ACTION SUR LENERGIE LIBRE DACTIVATION


1- Dfinitions 1.1- Etat de transition

S+E Pour que S

P+E

P, S doit passer par un tat activ de contenu nergtique

plus lev: tat de transition

1.2- Energie dactivation

-Correspond la diffrence dnergie entre ltat initial et ltat de transition.

- Cest lnergie libre moyenne quune molcule doit recevoir du milieu environnant pour que la raction se produise une vitesse donne. Cette dernire sera proportionnelle lnergie capte.

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2- Action des enzymes sur lnergie dactivation:

Les enzymes abaissent lnergie dactivation


Etat de transition

Energie dactivation Absence denzyme Prsence denzyme

Etat initial

Etat final

B- ACTION SUR LA VITESSE DE LA REACTION


Les enzymes augmentent la vitesse de la raction Lquilibre de la raction est atteint plus rapidement Les concentrations lquilibre ne sont pas modifies
E Exemple: S 70 % P 30 %

100 70 quilibre

Sans enzyme Avec enzyme

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C- FORMATION DU COMPLEXE ENZYME-SUBSTRAT ENZYME1- NOTION DE SITE ACTIF

1.1 - DEFINITION
Pour que lenzyme puisse assurer sa fonction catalytique, elle doit se lier son substrat.

Le site actif est lensemble des acides amins qui entrent en contact avec le substrat.
Ces acides amins sont loigns les uns des autres sur la squence primaire, mais son rapprochs dans lespace par les repliements dus aux structures secondaires et tertiaires de la protine.

Parmi les acides amins du site actif, on distingue ceux qui: Interviennent dans la reconnaissance du substrat et forment avec des liaisons covalentes: site de fixation Participent la transformation chimique du substrat en produit: site catalytique Le site actif est localis au fond dune poche de la zone interne hydrophobe de la protine

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Reprsentation de la molcule de ribonuclase ( en noir, les trois acides amins du site actif : 12 et 119, histidine; 41, lysine).
PELMONT, Enzymes, presses universitaires, grenoble.

1.2 MODELE DU SITE ACTIF 1.1.1 MODELE DE FISHER Cest le modle de la cl et de la serrure: la forme S (cl) est complmentaire du site actif de lenzyme (la serrure)

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1.1.2 MODELE DE KOSHLAND OU AJUSTEMENT INDUIT La molcule enzymatique nest pas rigide Lenzyme et le substrat adaptent mutuellement leurs formes respectives qui ne sont complmentaires quau sein du complexe ES

1.3 MISE EN EVIDENCE DU SITE ACTIF


Mthodes chimiques de marquage: inhibiteurs irrversibles entranant linactivation de lenzyme Acides amins frquents au niveau du site actif: srine, cystine, histidine, tyrosine et lysine Exemple 1: DFP ou diisopropylfluorophosphate se combine avec la srine O-CH-(CH3)2 O=P F O-CH-(CH3)2 H O Ser-enzyme

Actyl-choline strase

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Exemple 2: drivs de larsenic trivalent qui se combinent avec la cystine HS R As = O HS Phosphoglycraldhyde dshydrognase cys - enzyme

D- SPECIFICITE DE LA REACTION ENZYMATIQUE


- Permet dviter la formation de sous-produits - Due une complmentarit entre le substrat et lenzyme : site actif

1- SPECIFICITE LIEE A LA REACTION


Une enzyme peut avoir plusieurs substrats mais catalyse un seul type de raction. ex: hydrolyse, oxydo-rduction. Un substrat peut ragir avec plusieurs enzymes qui contrlent des ractions diffrentes. Exemple Dcarboxylation R CH COOH NH2 R CO COOH + NH3 R CH2 NH2 + CO2

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2- SPECIFICITE LIEE AU SUBSTRAT


Une enzyme catalyse un seul type de raction sur un type chimique de substrat Spcificit troite: 1 substrat

urase
Ex1: ure carbonate dammonium

glucose oxydase
Ex 2 : glucose acide gluconique

Spcificit large : plusieurs substrats glucose 6-phosphate + ADP

Glucose + ATP

Hexokinase
fructose + ATP fructose 6-phosphate + ADP

2.1: SPECIFICITE LIEE A LA NATURE DE LA LIAISON:


Ex: lipase hydrolyse les Triglycrides sans tenir compte des AG lis au glycrol

2.2: SPECIFICITE DE GROUPE:


Ex: exo et endopeptidases

2.3: STEROSPECIFICITE :
Distingue entre les isomres optiques Ex1: trypsine agit sur les acides amins de type L, Ex 2: et glucosidases

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CHAPITRE III C LAS S I F I C AT I O N ET N O M E N C LAT U R E

Classification et nomenclature en 1961, International Union of Biochemistry (IUB) 1. les enzymes sont distingues en 6 classes en fonction des ractions

quelles catalysent.

2.

Chaque classe contient des sous-classes (groupement fonctionnel du

substrat) et des sous-sous classes ( accepteur).

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CLASSE

ROLE

SOUS CLASSES

1 2 3 4 5 6

oxydo-rductase transfrase hydrolase lyases isomrases Ligases (synthtases)

17 8 11 7 6 5

3.

Chaque enzyme possde un numro de code (E.C) fait de 4 chiffres:

exemple: E.C 2.7.1.1 classe 2 (transfrase) sous-classe 7 (transfert de phosphate) sous-sous- classe 1 ( accepteur de phosphate est un groupement alcool)

enzyme : Hexokinase ou ATP: D hexose 6 phosphotransfrase

ATP Glucose

ADP glucose 6-phosphate

HEXOKINASE

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4. Le nom de lenzyme est form de deux parties: Le nom du ou des substrats Une deuxime partie qui se termine par un suffixe ase et dsigne le type de raction. Ex: Hexokinase, lactate dshydrognase

CHAPITRE IV LE S C O E N Z Y M E S

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CE SONT DES COFACTEURS INDISPENSABLES CERTAINES ENZYMES libres (cosubstrats)

A LACTIVITE DE

Lis (groupements prosthtiques)

Mtalliques, Drivs de vitamines hydrosolubles, hminiques

Oxydo-rduction

Transfert de groupement

A- LES COENZYMES METALLIQUES Cations bivalents qui se lient lenzyme ou au substrat. Exemple: Mg 2+ : phosphatases, phosphokinases Zn 2+ : anhydrase carbonique, alcool dshydrognase Cu 2+ : tyrosine hydroxylase

B- LES COENZYMES DE TRANSFERT DE GROUPEMENT

Vitamines hydrosolubles S-adnosyl mthionine

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1.1 LA THIAMINE PYROPHOSPHATE Origine Structure : vitamine B1 :

CH C N C H S C CH 2 CH 2

Rle: Raction de dcarboxylation des acides -ctoniques

1.2 LE PHOSPHATE DE PYRIDOXAL Origine: vitamine B6 ou pyridoxine Structure: Noyau pyridine substitu

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Rle: Raction de dcarboxylation et de transamination des acides amins 1- raction de transamination des acides amins AA1 + AC2 AC1+ AA2

Exemple: transamination de lalanine en pyruvate

2- raction de dcarboxylation des acides amins

R CH - COOH NH2

R - CH2 - NH2 + CO2

Exemple: dcarboxylation du glutamate en GABA (acide gammaaminobutyrique )

HOOC-CH2-CH2 CH - COOH NH2

HOOC-CH2-CH2 - CH2 - NH2 + CO2

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1.3 LE COENZYME A Origine: Drive de lacide pantothnique (vit B5) Structure complexe

nuclotide

Phosphopantothine sulfhydryle

Rle: activation des molcules contenant un groupement carboxylique par formation dune liaison thio-ester riche en nergie

R COOH + CoASH

R CO ~SCoA + H2O

exemple: activation des Acides gras en acyl CoA

CH3-(CH2)14 COOH + CoASH


Acide palmitique

CH3-(CH2)14 CO ~SCoA + H2O


palmityl CoA

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1.4 LES COENZYMES DE TRANSFERT DE RADICAUX MONOCARBONNES

Groupement formyl

CH=O CH=NH (histidine) -CH2 OH CH3 COOH

Groupement formimino : Groupement hydroxymthyl: Groupement mthyl Groupement carboxyle : :

1.4.1 LACIDE TETRAHYDROFOLIQUE Origine: Drive de La vitamine B9, apport par lalimentation sous forme de polyglutamylfolate (ptroyl heptaglutamate++) qui sera transform en ptroyl monoglutamate Structure: noyaux ptroique (ptridine relie un acide paraaminobenzoique par un chanon monocarbon) substitu en 2 et 4

(THF)

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Rle: 1 - transport de groupements monocarbons lis au N5, N10 ou les deux.

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N5- hydroxymthyl

Ex: mthylation de luracile en thymine

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Rle: 2 - interconversion des groupements monocarbons.

NADP THF CH2 OH NADH,H+

NADPH2 THF CHO

NAD

THF CH3

Rle: 3 - coenzyme de rduction

Vit B 12 R CH2 OH THF DHF R CH3

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1.4.2 LA CYANOCOBALAMINE Origine: Drive de La vitamine B12 Structure: complexe

CN , OH, NO2, 5dsoxyadnosine

Rle:

1. Ractions disomrisation: migration intramolculaire de groupements monocarbons Ex: HOOC CH CO ~ SCoA CH3 Mthyl malonyl CoA 2. Rduction de radical hydroxymthyl en mthyl Ex: Vit B 12 R CH2 OH THF DHF R CH3

Vit B12

HOOC CH2 CH2 - CO ~ SCoA

Mthyl malonyl CoA mutase succinyl CoA

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1.4.3 LA BIOTINE Origine: La vitamine H ( foie, jaune duf) structure: Noyau imidazole + noyau thiophne

NH2 Lys -Apoenz

Rle: groupement prosthtique des carboxylases, transport et activation du CO2

1.4.3 LA S-ADENOSYL METHIONINE

Donneur de CH3, cosubstrat

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Exemple: synthse de ladrnaline partir de la noradrnaline

C- LES COENZYMES DOXYDO-REDUCTION

CoE + AH2 CoEH2 + B

A + CoEH2 CoE + BH2

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2.1- LES COENZYMES FLAVINIQUES Origine: riboflavine ou vitamine B2, alimentation structure: Noyau isoalloxazine

R = H2PO3 R = -PO3- ac adnilique

Flavine mononuclotide (FMN) Flavine adnine dinuclotide (FAD)

Fonctionnement:

FMN + 2 H+ + 2 e FAD + 2 H+ + 2 e -

FMNH2 FADH2

Enzymes FMN: cytochrome c rductase L amino-acide oxydase

Enzymes FAD: Glucose oxydase

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2.2- LES COENZYMES NICOTINIQUES Origine: nicotinamide ou vitamine PP, indispensable

Adnosine monphosphate (AMP)

Nicotinamide mononuclotide

NAD NADP

: nicotinamide adnine dinuclotide : nicotinamide adnine dinuclotide phosphate

Rle
NAD: cosubstrat de ractions doxydation catalyses par des

dshydrognases Rducteur dans la chane respiratoire mitochondriale NADP: rducteur dans la synthse des acides gras

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Mcanisme: NAD(P) + 2 e- + H+ NAD(P)H,H+

2.3 - LACIDE LIPOQUE Structure: AG en C8 avec pont S-S entre C6 et C8. la partie active est le pont disulfure

COOH

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Rle :

- Groupement prosthtique li un rsidu lysine de lapoenzyme - Intervient dans les ractions de dcarboxylation oxydatives des

par son groupement COOH acides -ctoniques

mcanisme : fixe rversiblement deux atomes dhydrogne

2.4 LE COENZYME Q OU UBIQUINONE Structure: noyau quinonique et une chane polyisoprnique

Rle: cosubstrat, transporteur mobile de protons et dlectrons dans la chane respiratoire mitochondriale

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Exemple : raction de dshydrognation du succinate en fumarate

Succinate dshydrognase
HOOC CH2 CH2 COOH HOOC CH CH COOH

CoQ

CoQH2

2.5 PROTINES CENTRE FER - SOUFRE Structure: protine fer non hminique. Lion Fe 2+ ou Fe 3+ est li la protine par des atomes de soufre (cystine, ion sulfure S2-)

Rle : transporteurs dlectrons dans la chane respiratoire mitochondriale

mcanisme : lion de fer fixe llectron apport par un substrat puis le passe un second substrat qui sera rduit S 1( rduit) + Prot (Fe 3+) S 2 (oxyd) + Prot (Fe 2+) S 1 (oxyd) + Prot (Fe 2+) S 2 (rduit) + Prot (Fe 3+)

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2.6- LES COENZYMES HMINIQUES Structure: noyau porphyrine avec au centre un ion fer

Apoenzyme

Rle : groupement prosthtique denzymes doxydorduction: Cytochromes, catalases, proxydases

Exemple : Rduction de loxygne

Cytochrome oxydase
O 2 + 2 H+ + 2 cyt c(Fe2+) H2O + 2 Cyt c (Fe3+)

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CONCLUSION

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