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UNIVERSIDAD NACIONAL DE SANTA FACULTAD DE CIENCIAS E.A.

P BIOTECNOLOGIA

Visualizacin de la Estructura Tridimensional de Biomolculas


INTRODUCCIN:
Las biomolculas poseen tamaos y estructuras 3D caractersticas, que son el resultado de su esqueleto estructural y sus grupos funcionales sustituyentes. La conformacin 3D de las molculas determina sus interacciones; por ejemplo, en la unin de un sustrato al centro cataltico de una enzima, las molculas deben encajar exactamente, de forma complementaria, para que se produzca la accin biolgica. El estudio de la estructura 3D de las biomolculas se realiza principalmente por mtodos fsicos. El mtodo ms informativo es el de la cristalografa de rayos X. Si un compuesto puede ser cristalizado, la difraccin de los rayos X por el cristal puede usarse para determinar las posiciones relativas de cada uno de los tomos de la molcula con gran precisin. Mediante este mtodo se han deducido las estructuras de la mayor parte de las biomolculas pequeas (aquellas que poseen menos de aproximadamente 50 tomos) y de muchas biomolculas mayores como las protenas. Las tcnicas de resonancia magntica nuclear (RMN) son complementarias a la cristalografa de rayos X al proporcionar informacin acerca de la estructura 3D de biomolculas en disolucin, pero est limitado a molculas no mayores que 30 kD. Ciertas estructuras han sido obtenidas por modelaje terico, un mtodo no tan exacto como los mtodos experimentales descritos. Un tipo de modelaje, llamado modelaje por homologa, involucra la superposicin de una secuencia conocida a una estructura 3D determinada experimentalmente de una molcula similar en secuencia. Los resultados de este tipo de modelaje tienden a ser ms confiables que aquellos derivados puramente a partir del conocimiento terico. El conocimiento de la estructura 3D detallada de una biomolcula es til porque suele arrojar indicios sobre los mecanismos de las reacciones en las que la molcula participa. Los datos sobre las estructuras 3D de macromolculas proteicas se encuentran disponibles en la base de datos de protenas (Protein Data Bank): http://www.rcsb.org/pdb/ como archivos *.pdb. Para la visualizacin de las protenas en su estructura 3D se utilizar el programa RasMol (Versin para Windows: RasWin). Este programa permite mostrar las dos representaciones bsicas de cada molcula: 1) un modelo espacial lleno y 2) una representacin de cintas. En esta ltima, se podr apreciar las estructuras representadas por flechas planas y las hlices por cintas helicoidales; los giros o vueltas se observarn como cintas que unen las diferentes estructuras secundarias

entre s. Objetivos:
Aprender el uso del programa de visualizacin RASMOL. Visualizar y reconocer algunas caractersticas de los aminocidos y nucletidos

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II.- Materiales: 1.- WWW.UNIPROT.ORG


2.- WWW.SWISSMODEL.EXPASY.ORG

III.- Resultados:

Hemoglobin subunit beta-1


Abrimos el uniprot y ponemos hemoglobin y buscamos la del ratn que es P02068 y tiene que ser beta.

Ahora vemos aminocidos

la hemoglobin subunit beta-1 (HBB1_MOUSE) con 147

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Luego bajamos hasta casi llegar a la ltima parte en donde dice 3D structure databases y vemos si tiene PDB al cual le daremos le daremos el que pese menos, porque ese tendr mejor resolucin. Y ponemos a descargar el PDB file (text).

Y utilizamos el programa RasMol para poder ver la estructura en 3D y obtemos la siguiente imagen del ratn (mouse)

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Hemoglobin subunit beta (HORSE):


Siguiendo el mismo procedimiento, abrimos el uniprot y ponemos hemoglobin y buscamos la del caballo que es P02062 .

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Entramos a P02062 (HBB_HORSE) y vemos que tiene 146 AA

Bajamos hasta 3D structure databases y le damos en PDB en 2D5X y descargamos la estructura en PDB file (Text)

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Y utilizamos el programa RasMol para poder ver la estructura en 3D y obtenemos la siguiente imagen del caballo ( horse)

Actividades de Prctica en Laboratorio. 1. Complete la siguiente tabla: Cdigo PDB P11413 P03366 Nombre de la protena Organismo del que Proviene Homo Sapiens (human) Cantidad de Aminocidos 515 1447 Entry de la Database Seleccionada 2BH9 3NU3

Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase Gag-Pol polyprotein

P22259 P00808 D3EDG6

Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate BH10) (HIV-1) Phosphoenolpyruvate Escherichia coli carboxykinase [ATP] (strain K12) Beta-lactamase Bacillus licheniformis Geobacillus sp. Catalase

540 307 189

2OLR 2WKO

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Cuestionario.
1. Qu otros programas de visualizacin molecular existen de libre uso?

2. Explique el fundamento de la cristalografa de rayos X en el conocimiento de la estructura molecular?

3. Explique el fundamento de la NMR en el conocimiento de la estructura molecular?

4. Porqu es importante conocer la estructura tridimensional de una protena para la sntesis de medicamentos?