VISUALIZACION DE MACROMOLECULAS

POR ORDENADOR.
EJERCICIOS COMPLEMENTARIOS

PRCTICAS DE BIOQUMICA ESPECIAL Y BIOLOGA
MOLECULAR


1 CURSO DEL GRADO DE MEDICINA
DPTO. BIOQUMICA Y BIOLOGA MOLECULAR B e
INMUNOLOGA


CURSO 2011/2012






2
Complementos informatizados de Bioqumica y Biologa Molecular
Presentacin
El objeto de estos "complementos" es facilitar estudio de la estructura tridimensional de las
biomolculas, con especial nfasis en las macromolculas, protenas y cidos nucleicos. La
posibilidad de representar la estructura espacial de las molculas en el espacio y bajo distintos ngulos
permite correlacionar sus caractersticas estructurales con la funcin biolgica de estas biomolculas
de forma mas intuitiva que con esquemas y proyecciones meramente bidimensionales.

Notas importantes:
1) El material grfico necesario para estos ejercicios puede visualizarse en un ordenador
personal, sin conexin a Internet, siempre que se hayan instalado los programas o plugins
recomendados, todos de uso pblico permitido. Estn contenidos en el BioRom, un CD
publicado en pasados Cursos por la SEB (Sociedad Espaola de Bioqumica).
2) Los contenidos de estructura de biomolculas se encuentran clasificados en 2 mdulos,
preparados bsicamente por Profesores de las Universidades de Alcal de Henares,
Elche y Valladolid.
3) Estn preparados para una visin general de biomolculas. Para adaptarlos mejor al
contenido de la BIOQUMICA ESPECIAL Y BIOLOGA MOLECULAR del
Grado de Medicina, la parte esencial es la dedicada a protenas y cidos nucleicos.
En este documento se seala en negrita y una mayor tamao de texto.


El primer mdulo, con menor nivel de profundidad, est dedicado a la Bioqumica estructural clsica:
glcidos, lpidos, protenas, vitaminas, y cidos nucleicos. Como ejemplos de protenas se
consideran la lisozima y la hemoglobina.
1.1. Glcidos
Monosacridos: glucosa, fructosa
Disacridos: sacarosa
Polisacridos: celulosa, almidn (modelos de amilosa y amilopectina), queratn-sulfato, agarosa
1.2. Lpidos
cidos grasos: saturados, insaturados
Fosfolpidos: dilauril fosfatidil etanolamina
Esteroides: colesterol
1.3. Vitaminas: vitamina A, vitamina B2
1.4. Protenas
Estructura primaria: aminocidos
alifticos polares
polares sin carga
aromticos
bsicos
cidos
pptidos
Un ejemplo: tripptido
Estructura secundaria: alfa-hlice
hoja plegada beta (lmina beta)
Estructura terciaria: lisozima
Estructura cuaternaria: hemoglobina
1.5. cidos nucleicos
bases nitrogenadas
nuclesidos
nucletidos
ADN
ARN


3
El segundo mdulo recoge con mayor detalle la estructura de las protenas, desde sus aminocidos
constituyentes pasando por los modelos de estructura secundaria, para llegar a ilustrar las estructuras
terciaria y cuaternaria con dos ejemplos clsicos, la hemoglobina y las inmunoglobulinas G. En
la parte B tambin se analizan aspectos estructurales del ADN y de la interaccin ADN-
protenas
3.1. Aminocidos
alifticos apolares
polares sin carga
aromticos
bsicos
cidos
3.2. Pptidos y "esqueletos peptdicos"
enlace peptdico
oligopptidos
3.3. Estructura secundaria
hlice alfa
hoja plegada beta
triple hlice del colgeno
3.4. Estructura terciaria y cuaternaria
hemoglobina
hemoglobina y hemo
hlices alfa anfipticas
hidrofobicidad, polaridad y carga elctrica
puentes salinos de la desoxihemoglobina
hemoglobina de las clulas falciformes
inmunoglobulinas G
B. Los cidos nucleicos, ADN, ARN e interaccin de ambos con protenas.
3.5. Estructura de cidos nucleicos
apareamiento de nucletidos
estructura secundaria de B-ADN
otras estructuras del ADN
3. 6. Interaccin entre ADN y protenas
hlice-giro-hlice
hlice-bucle-hlice
homeodominio
dedo de zinc
3.7. Estructura del ARN
ribonucletidos
ARN de cadena sencilla
plegamiento del ARN
ARN de transferencia
interaccin codn-anticodn
ribozimas
3.8. Interaccin del ARN con protenas
protena Rev del VIH unida al ARN del "elemento de unin a Rev" (RBE)
protena EF-Tu unida a un ARNt
aminoacil-ARNt sintetasa unida a su ARNt
protena U1A del ayustosoma (espliceosoma) unida a un pre-ARNm


INFORMACION ADICIONAL
Los modelos moleculares proceden de la base de datos Protein Data Bank, donde se centralizan las estructuras de
protenas y cidos nucleicos, determinadas por estudios de RMN o de cristalografa de rayos X. Estos archivos
PDB, disponibles por internet, son ledos por el programa Rasmol, que los transforma en modelos

4
tridimensionales que se pueden girar, cambiar de tipo de representacin, colores, etc. Los archivos scripts
generados desde Rasmol pueden ser ledos por Chime.

Informacin general de utilizacin del programa:
Al pulsar los botones como ste () se carga un modelo molecular en la ventana izquierda. Las molculas giran
automticamente.
NOTAS importantes: Pulsando sobre la ventana izquierda el botn derecho del ratn se abre un men que
permite, entre otras cosas, detener la rotacin. Esta operacin ser necesaria en varias ocasiones, para observar
mejor algunos aspectos de las molculas.
Adems, pulsando y arrastrando con el botn izquierdo se puede girar el modelo a voluntad. Con el ratn puede
mover la molcula en varias direcciones, o cambiar su tamao.
Cuando se carga en la ventana izquierda un esquema, como en este caso, para poder continuar con la
presentacin debe pulsar necesariamente el botn "salir" que encontrar en dicha ventana.
El efecto de pulsar los botones puede tardar; no conviene pulsar repetidamente un botn, sino que se debe
esperar a que se lea y procese el archivo. Observe la lnea inferior de la ventana del explorador, donde se muestra
estado de ejecucin del proceso:
En particular, si falla la carga de algn archivo, todos los botones dejarn de funcionar. En ese caso, es preciso
recargar la pgina para que se desbloquee el programa Chime (en Netscape, men Ver / Recargar).


5
En resumen: Para avanzar por el contenido de las pginas dispone de dos medios:
1. Los "botones" (), que cargan modelos moleculares en la ventana izquierda.
2. Los vnculos (ejemplo), que cargan nuevas pginas en la ventana derecha o esquemas en
la izquierda. En este caso, no olvide pulsar en "Salir" para continuar. De no hacerlo, los
"botones" no funcionan ms.
3. Men desplegado del botn derecho del ratn:
File Save Molecule as...
Edit Copy
Copy Chime Script
Clear
Transfer to ISIS Draw
Transfer to Sculpt
2D rendering
Rotation
Display Wireframe
Sticks
Ball & Stick
Spacefill Van del Waals Radii

Options Display Hydrogens
Display Hydrogen Bonds
Display Disulfide Bridges
Dot surfaces Van del Waals Radii
Connolly/Richards solvent 1.2A
Slab Model
Specular
Shadows
Labels
Sprout Hydrogens
Stereo display
Color Monochrome
CPK
Aminoacid
Shapely
Group
Chain
Temperature
Structure
User
Force Palette
Sculpt Mode
Select Select all
Mouse Clip action
Highlight selection
Invert selection
Hide
Change color to
Modify Selection mode
Model
Chain
Residue
Atom
Hydrogen
Non Hydrogen
Hetero
Protein
Nucleic
Display list
Mouse Open Mouse Control Help Page
About.

6
MODULO 1
1.1: Glcidos
Monosacridos: glucosa, fructosa
Disacridos: sacarosa
Polisacridos: Celulosa, almidn, queratn-sulfato, agarosa

El programa permite rotar las molculas en el espacio, identificar las unidades formadoras mediante su color y otros muchos
detalles que tienen sus mximas aplicaciones en el caso de macromolculas, principalmente protenas y cidos nucleicos.
Para practicar estas posibilidades, visualice las molculas mediante rotacin de las mismas en el espacio, y utilice la opcin
display para observarlas segn los distintos modelos: esqueleto de varillas, modelo de bolas y varillas, radios de Van der
Waals, etc. Utilizando otras opciones del men, puede numerar los tomos de C, O y otros, as como calcular distancias y
ngulos entre los distintos tomos.
Los glcidos o hidratos de carbono son las biomolculas ms abundantes de la naturaleza, presentes tanto en los
animales como en los vegetales y los microorganismos. Adems estas molculas son muy verstiles en cuanto a las funciones
que desempean, ya que por un lado intervienen directamente en el metabolismo energtico de la clula, como fuente
inmediata de energa y/o como molculas de reserva energtica, y por otro lado ejercen funciones estructurales plsticas o de
sostn. En funcin de la complejidad de su estructura, se clasifican bsicamente en:
Monosacridos: Unidades estructurales bsicas no hidrolizables, compuestas por una cadena aliftica
polialcohlica (entre 3 y 8 tomos de carbono) y un grupo carbonilo (aldehdo o cetona). Eventualmente pueden tener
tambin otros sustituyentes como grupos carboxilo, amino, fosfato o sulfato, entre otros. En disolucin forman unas
estructuras cclicas (anillos) de 5 o 6 tomos vrtice, consecuencia del enlace hemiacetlico intramolecular que se establece
entre el carbonilo y uno de los hidroxilos ms alejados del mismo.
Poseen una disposicin espacial caracterstica, debido a la presencia de carbonos quirales o asimtricos en la
molcula. Los grupos hidroxilo (-OH) quedan orientados hacia arriba o abajo del plano medio que determina el anillo, segn
el monosacrido que se trate. El OH del carbono anomrico (carbono carbonlico antes de formar el hemiacetal) queda
orientado tanto hacia arriba como hacia abajo del anillo (anmeros beta y alfa respectivamente), ya que ambos ismeros son
interconvertibles (mutarrotacin) y de hecho coexisten simultneamente.
Esta prctica nos muestra, en primer lugar, la estructura tridimensional de dos monosacridos: D-glucosa y D-
fructosa. La representacin plana de las mismas, segn la estructura de Haworth es la siguiente:

OH
OH
OH
O
CH
2 OH
H,OH

O
OH
OH
OH
CH
2
OH
CH
2
OH

O
OH
OH
OH
CH
2
OH
CH
2
OH

o,|- D-glucopiranosa |-D-fructofuranosa o-D-fructofuranosa

Adems, la prctica permite rotar la molcula en el espacio, y observarla en la conformacin de silla, ms
prxima a la estructura real de los monosacridos que la representacin de Haworth, ya que elimina las tensiones de los
enlaces de sta ltima.
Oligosacridos y polisacridos: Glcidos ms complejos, resultado de la unin secuencial de monosacridos
(unos pocos o muchos, respectivamente). La unin se establece generalmente mediante un enlace acetlico entre el OH del
carbono anomrico de un monosacrido y otro -OH cualquiera de otro monosacrido. Este enlace se denomina o-glicosdico.
Las caractersticas y funciones de los oligosacridos y polisacridos naturales dependen de la composicin y el tamao de los
mismos, as como de la estereoisomera del enlace glicosdico, que podr ser alfa o beta en funcin del anmero que
intervenga en el enlace.
El programa nos muestra un disacrido como ejemplo de los oligosacridos, la sacarosa, y varios polisacridos,
algunos sencillos, como los homopolisacridos celulosa y el almidn, y otros ms complejos, como los heteropolisacridos
queratn sulfato y el agarosa, uno de los constituyentes del agar-agar que se emplea para la formacin de geles utilizados en
el anlisis de cidos nucleicos.
La sacarosa es un disacrido natural, que se obtiene de la caa de azcar con un rendimiento de aproximadamente
el 15%, y de la remolacha, con menor rendimiento. Constituye el denominado azcar de mesa. Su hidrlisis da lugar a una
mezcla equimolecular de D-glucosa y D-fructosa presente tambin en la naturaleza: la miel. Su estructura plana deriva de la
unin o(1|2) de una molcula de glucosa con una de fructosa:

OH
OH
O
CH
2 OH
O
OH
OH
CH
2
OH
OH
O

Podemos girar el disacrido en el espacio y poner atencin en el enlace glicosdico que le confiere el carcter no
reductor a esta molcula.
D-glucosa
D-fructosa
o(1|2) Sacarosa

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El queratn sulfato es un heteropolisacrido aislado inicialmente de la crnea. Su hidrlisis produce cantidades
equimoleculares de N-acetil-D-glucosamina, y D-galactosa. Su estructura plana es:

|-D-galactosa






n

|(14)
|(13) |(13)
|-N-acetilglucosamina-6-sulfato

La prctica nos permite distinguir e identificar las unidades bsicas formadoras de este heteropolisacrido, ya que
estn coloreadas de forma distinta. Rotando la molcula podemos apreciar el grupo N-acetilo enlazado al grupo amino en el
C2 de la glucosa y el ster sulfato del C6 de la misma. Adems, conviene prestar atencin tambin a los dos tipos de enlace
glicosdico que aparecen, |(13) y |(14) entre la N-Ac-glucosamina y la galactosa, y la galactosa y la N-Ac-
glucosamina, respectivamente.
El agar-agar es tambin un heteropolisacrido natural obtenido de las algas Rodofceas, que tiene capacidad
gelificante. Esta capacidad hace que se utilice para la preparacin de medios de cultivo y que una fraccin purificada (la
agarosa) sea utilizada para formar los geles de electroforesis utilizados para separar fragmentos de cidos nucleicos en
funcin de sus tamaos. Est formado por unidades repetitivas de agarobiosa: D-galactopiranosil-3,6-anhidro-L-galactosa,
enlazadas por uniones o(13) y en menor proporcin con ramificaciones |(14). Adems, presenta esterificaciones con
sulfato en el C6 de la galactosa, aproximadamente cada 50 unidades de monosacrido.

|-D-galactosa

OH
OH
O
OH
CH
2
OH
O
OH
O
CH
2
O
O
OH
OH
O
CH
2
OH
O
OH
O
O
CH
2
O
n
|(14) o(13) |(14)

o-3,6-anhidro-L-galactosa

1.2 Lpidos
cidos grasos: saturados e insaturados
Fosfolpidos: dilauril fosfatidil etanolamina
Esteroides: colesterol
cidos grasos saturados e insaturados:
Los cidos grasos son unidades estructurales de otros lpidos. Son cidos monocarboxlicos de cadena lineal, con un
nmero de tomos de carbono entre 4 y 26. Los ms abundantes tienen cadenas entre 12 y 20 carbonos. Los 9 ms
importantes constituyen ms del 95 % del total encontrado en grasas vegetales y animales. De ellos, 4 son saturados
(mirstico, palmtico, esterico y araqudico) y 5 son insaturados (palmitoleico, oleico, linoleico, linolnico y araquidnico).
En este apartado se presenta la estructura de los cidos grasos utilizando como ejemplos al palmtico y tres
insaturados. Como norma general, observe los cidos grasos en la opcin sticks con los tomos unidos por varillas. Permita
la rotacin de la estructura y elijan las otras opciones de display. A veces la visualizacin se mejora utilizando fondo
blanco en lugar de fondo negro. Para cambiarlo debe ir al final de la pgina y entrar en Utilidades.
Fosfolpidos: dilauril fosfatidil etanolamina
Son un grupo de lpidos caracterizados por la presencia de un grupo fosfato. Dependiendo del alcohol que aparece en su
composicin, se clasifican en fosfoacilglicridos (el alcohol es el glicerol) y esfingomielinas (el alcohol es la esfingosina).
Constituyen el material biolgico con el que se construye la bicapa lipdica que forma parte de las membranas. Considere las
mismas posibilidades que en el apartado anterior para visualizar las molculas.
Esteroides: colesterol
Los esteroides son un grupo de lpidos de los denominados isoprenoides, es decir, lpidos derivados del 2-metilbutadieno. Los
esteroides presentan estructuras derivadas del anillo ciclopentanoperhidrofenantreno, con una cadena lateral hidrocarbonada.
Pueden clasificarse, segn su estructura y funciones, en Esteroles, Vitamina D, cidos Biliares y conjugados,
Corticosteroides y Hormonas Sexuales. Para la visualizacin de la molcula propuesta consideren todas las opciones descritas
en los apartados anteriores. Recuerde que el fondo blanco para mejorar la observacin.

1.3 Vitaminas: vitamina A, vitamina B2
Las vitaminas son molculas orgnicas esenciales para los procesos biolgicos de los organismos superiores, pero que no
pueden sintetizarse por estos organismos. Las vitaminas se clasifican en dos grandes grupos: vitaminas liposolubles (A, D, E

OH
OH
O
CH
2
OSO
3
H
NHCOCH
3
O
OH
OH
O
CH
2
OH
O

OH
O
CH
2
OSO
3
H
NHCOCH
3
O
OH
OH
O
CH
2
OH
O

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y K) y vitaminas hidrosolubles. Salvo la vitamina C, las vitaminas hidrosolubles sirven para sintetizar diferentes coenzimas.
Las vitaminas liposolubles, sin embargo, no se utilizan para la sntesis de coenzimas. Para la visualizacin de ejemplos de
estas molculas se emplea un retinol o vitamina A y la riboflavina o vitamina B2. Sigan las indicaciones de los apartados
anteriores.

1.4 Protenas
1) Estructura primaria: aminocidos y pptidos
2) Estructura secundaria: alfa-hlice y hoja plegada beta
3) Estructura terciaria: lisozima
4) Estructura cuaternaria: hemoglobina

1) Estructura primaria: aminocidos y pptidos
Los aminocidos son las unidades estructurales bsicas de las protenas. Los alfa-aminocidos
se caracterizan por tener un grupo amino y otro carboxilo unidos al carbono alfa. Al carbono alfa se
unen adems un tomo de hidrgeno y una cadena R, que distingue a los diferentes aminocidos. A
pH fisiolgico, el grupo amino se encuentra protonado (-NH
3
+
) y el carboxilo sin protonar (-COO

).
En la Glicina (G) , el aminocido ms simple, la cadena R es un tomo de hidrgeno. El
modelo de bolas y varillas no refleja ni el tamao ni la forma real de la molcula, aunque permite
distinguir claramente los diferentes tomos y enlaces. Un modelo espacial compacto muestra el
tamao y forma real de la molcula, pero dificulta la percepcin de la estructura. En el modelo de
varillas se muestran slo los enlaces.
Adems de la glicina, en las protenas se encuentran 19 aminocidos ms. Estos 19
aminocidos se diferencian en la estructura de la cadena lateral R. Segn la naturaleza de esta cadena
lateral podemos clasificar los aminocidos en 5 grupos. Algunas clasificaciones eliminan el grupo de
los aminocidos aromticos, aadiendo fenilalanina y triptfano a los apolares, mientras tirosina se
incluye en los polares sin carga por la presencia del grupo hidroxifenilo.

aa. alifticos apolares
(A, V, L, I, P)
aa. polares sin carga
(S, T, C, M, N, Q)
aa. aromticos
(F, Y, W)
aa. cargados positivamente
(K, R, H)
aa. cargados negativamente
(D, E)

El pK del grupo imidazol de la histidina libre es 6.5. En las protenas, la cadena lateral de la
Histidina puede estar protonada (+) o no, dependiendo del ambiente local. Por tanto, la His debe
considerarse menos bsica que los otros dos, Lis y Arg.

En cada uno de ellos, visualice la molcula en todas las formas posibles que permite el programa, y
localice los grupos comunes y las caractersticas de la cadena lateral. Para ello, haga uso del botn
izquierdo del ratn y despliegue todas las posibilidades de visualizacin. Entre ellas, las ms
importantes a utilizar para estas biomolculas son:
Rotation. Permita que rote y entonces con la opcin display observe:
Wireframe: Se observa el esqueleto en varillas finas del aminocido.
Sticks: El esqueleto con los tomos unidos por varillas
Ball & Sticks: Aparecen los ncleos como bolas y enlaces con varillas, con el cdigo CPK.
Spacefill: Se incluyen los espacios ocupados por orbitales moleculares,
Utilice otras opciones del men (options, select etc.) e intente marcar los tomos de O y N, observar
la molcula en estreo, cambiar el color, y en resumen, familiarcese con el men de visualizacin que

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le permitir mayores posibilidades cuando en mdulos siguientes se observen macromolculas como
protenas o cidos nucleicos.

Pptidos y "esqueletos peptdicos"
Dos aminocidos pueden unirse covalentemente a travs de un enlace amida, denominado enlace
peptdico. Este enlace se forma al reaccionar el grupo alfa-carboxilo de un aminocido con el grupo
alfa-amino del otro aminocido, perdindose una molcula de agua. Pueden unirse tres aminocidos
para formar un tripptido
o pueden unirse muchos aminocidos para formar polipptidos o protenas. Los carbonos alfa de cada
aminocido se van alternando con
los enlaces peptdicos para formar el
"esqueleto" del pptido. En este
modelo de varillas (ver pantalla)
puede verse el esqueleto peptdico
de un tripptido. Pueden
representarse slo los carbonos alfa,
los tomos que intervienen en los dos enlaces peptdicos y los grupos amino y carboxilo terminal, y
tambin con las cadenas laterales. Observe cmo el enlace peptdico es una estructura plana, y cmo el
oxgeno y el hidrgeno se disponen en configuracin trans.
Ahora cada aminocido tiene una cadena lateral formada por un carbono. De este modo
hemos construido el tripptido Lys-Ala-Ile. Los pptidos empiezan a nombrarse por el aminocido
que tiene el extremo amino libre (N-terminal) y terminan por el que tiene el carboxilo libre (C-
terminal).
La representacin con modelos de bolas y varillas proporciona demasiados detalles para visualizar
grandes protenas. Por esa razn es habitual presentar la cadena peptdica por una lnea que une los
carbonos alfa. Esa lnea representa el esqueleto del pptido (backbone). A veces se utiliza el modelo
de cinta (ribbon), multihebras (strands) y cinta orientada (cartoon). Practica todas estas formas de
representar el pptido, aunque son mucho ms tiles cuando se trata de cadenas ms largas que un
tripptido y con estructura secundaria determinada (ver ms adelante)

2) Estructuras secundarias: ohlice y hoja plegada |
ohlice
Observe en pantalla el fragmento de cadena polipeptdica con este tipo de estructura. Hgala
rotar y analizar su patrn de giro helicoidal conservando la naturaleza coplanar del enlace peptdico.
Mediante la opcin "display", represntela sucesivamente en las distintas formas de esqueleto,
varillas, bolas y varillas y espacios rellenos segn los radios de Van der Waals. Utilice asimismo las
opciones de backbone, ribbon y strands antes comentadas.
Para utilizar ms el men de "opciones" del botn derecho del ratn, abrir el de "opciones" y
activar la visualizacin de los puentes de hidrgeno. Intentar ver la disposicin de stos entre enlaces
peptdicos prximos en el nivel superior (n+4) e inferior (n-4).
Con el sistema de rotacin, colocar la estructura en posicin de visin cenital observando el
espacio vaco en el interior de la hlice, que no es suficiente para alojar las cadenas laterales de los
aminocidos que se disponen hacia afuera. Esta visin se puede obtener en el men de pantalla.
Con la opcin "select", desplegar residuos y elegir uno (de los presentes en el fragmento).
Marcarlo mediante la opcin "change color to...", visualizarlo e identificar su cadena lateral.
Hoja plegada |
Adems de seguir el procedimiento marcado en pantalla, comprobar ahora en esta estructura la
diferencia entre la opcin ribbon y la cartoon. Adems, puesto que no se visualiza muy bien en fondo
negro, mediante utilidades puede cambiarse el fondo a blanco.
Observe los puentes de hidrgeno intercatenarios, e imagine la posibilidad de que esos puentes
de hidrgeno tambin puedan ser intracatenarios en una protena globular donde se produzca un giro
de la cadena, y los dos fragmentos representados sean en realidad parte de una misma cadena
polipeptdica.


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3) Estructura terciaria: Lisozima
Utilice las distintas opciones de representar la cadena polipeptdica de esta protena. Las opciones
ribbon y cartoon son de nuevo importantes de comparar.

Desplegando el men de opciones, obtener informacin sobre la secuencia. Obtener el nmero total
de aminocidos en la cadena y visualizar los enlaces disulfuro que existen en esa molcula sealando
cuantos hay y sus posiciones.

4) Estructura cuaternaria: Hemoglobina
Seguir el protocolo de la pantalla, y observar preferentemente la disposicin casi tetradrica de
las 4 subunidades del tetrmero, la relacin de tamaos, la posicin de la H proximal al ion ferroso y
la orientacin de la entrada de oxgeno al anillo de porfirina.

1.5. cidos nucleicos
a) Bases nitrogenadas
b) Nuclesidos
c) Nucletidos
d) ADN
e) ARN
a) Bases nitrogenadas
La primera estructura visible en esta seccin es la adenina (A): es una base derivada de la purina
(concretamente, es la 6-aminopurina). Recuerde la numeracin especfica del anillo purnico, e
identifique el N del anillo imidazlico en posicin 9.
Para formar nuclesidos, nucletidos y cidos nucleicos se pierde el H del N9 y por ese punto queda
unida a la ribosa o desoxirribosa mediante un enlace N-glicosdico. Las pirimidinas quedaran unidas
por un enlace anlogo, pero con intervencin del N1 del anillo nico de pirimidina.

b) Nuclesidos
El ejemplo que ahora ilustra estas estructuras es el de la adenosina (Ado): la adenina forma con la
ribosa el nuclesido. Visualizar varias vistas con distintos ngulos de observacin.
c) Nucletidos
Cuando a un nuclesido se une uno o varios grupos fosfato, se forma un nucletido. En el ejemplo, la
adenosina se une con un grupo fosfato formando el nucletido llamado cido adenlico o adenosina-
monofosfato (AMP). Como a pH fisiolgico el fosfato est ionizado, se le llama tambin adenilato.
Se pueden unir tambin dos o tres grupos fosfatos consecutivos, dando lugar, respectivamente, a:
adenosina-difosfato (ADP) y adenosina-trifosfato (ATP). El ATP es especialmente importante por ser
la "moneda energtica" de las clulas. Los nucletidos formados por ribosa se llaman ribonucletidos
y forman parte del ARN, mientras que los formados por desoxirribosa se llaman
desoxirribonucletidos y forman parte del ADN.

d) ADN: cido desoxirribonucleico
La unin sucesiva de desoxinuclesidos-monofosfato (dNMPs) forma un polmero lineal
denominado ADN monohebra. Su forma ms estable consiste en dos cadenas o hebras asociadas entre
s mediante puentes de hidrgeno entre las bases nitrogenadas, formando una doble hlice. (Muvelo
para apreciar la forma helicoidal). Uniendo los tomos de fsforo con una lnea verde ficticia se
observa mejor la helicoicidad (completar estudio ADN en mdulos siguientes)
e) ARN: cido ribonucleico
La unin sucesiva de ribonuclesidos-monofosfato (NMPs) forma un polmero lineal
denominado ARN. A diferencia del ADN, el ARN est formado por una sola hebra. sta adopta
diferentes estructuras dependiendo de su secuencia de nuclesidos (o de bases). Aqu veremos slo un
ejemplo, el ARN de transferencia o ARNt. La lnea ficticia que une los tomos de fsforo (esqueleto)
nos permite observar cmo se pliega la cadena. Ver la molcula completa (completar estudio ARN en
mdulos siguientes).

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MODULO 2
Esta simulacin presenta un cierto grado de solapamiento con la anterior, pues est basada en el
estudio de protenas y cidos nucleicos, y ha sido desarrollada en varios Dptos. de Bioqumica y
Biologa Molecular de Facultades espaolas que generosamente ha cedido este material. Por tanto,
queda a discrecin del alumno el recorrer apartados ya vistos anteriormente (aminocidos y pptidos)
en funcin de su sensacin sobre dichos conocimientos.
La sesin comienza con unas generalidades sobre la molcula de cido adenlico o adenilato (AMP) y
el manejo del ratn para conseguir mayor riqueza en la observacin y manejo de las molculas.
De forma general, puede decirse que la parte correspondiente a los aminocidos (seccin 3.1) es
prcticamente igual a lo realizado en la prctica 1, pero la ventana de observacin es mayor y presenta
mejor visibilidad.
Respecto a pptidos (seccin 3.2), la exposicin es ms extensa que en la sesin 1, y se visualizan los
tripptidos/tetrapptidos AAA, KAA, KAI y KAIT.
Las secciones correspondientes a la estructura secundaria (3.3) en o-hlice y hoja plegada | son ms
extensas que en la seccin 1, y las estructuras se visualizan mejor en la ventana de esta seccin.

AMPLIACIN SOBRE ESTRUCTURA DE PROTENAS.
3.3 Estructura en triple hlice del colgeno
La unidad bsica de una fibra de colgeno es la molcula de tropocolgeno, una triple hlice de tres
cadenas polipeptdicas, A, B y C, cada una de ellas con aproximadamente 1000 residuos (aqu se
muestran 30). En cada cadena (representada en la pantalla con el cdigo de colores CPK) se repite de
forma caracterstica la secuencia Gly-X-Y, donde X suele ser prolina e Y suele ser prolina o
hidroxiprolina.
La hidroxiprolina se forma postraduccionalmente a partir de la prolina. En la reaccin de hidroxilacin
interviene la vitamina C. Un sntoma del escorbuto, producido por dficit de dicha vitamina es el
debilitamiento de las fibras de colgeno.
La secuencia Glicina, (el residuo central es en este caso Alanina), Prolina, Hidroxiprolina, puede
apreciarse claramente en esta estructura helicoidal. La estructura es ms evidente si magnificamos la
cadena y la representamos en un modelo de bolas y varillas.
Ahora, el esqueleto peptdico se representa en blanco. La pequea cadena lateral de la Glicina (un
tomo de hidrgeno), se dispone hacia el interior, permitiendo que las tres cadenas polipeptdicas
formen una triple hlice compacta. Los residuos de Gly de las tres cadenas (A, B y C) se representan
aqu en modelo espacial compacto. En este ejemplo, la triple hlice es menos compacta en el centro,
donde un residuo de alanina sustituye a la glicina. El metilo de la alanina, ms voluminoso que el
hidrgeno de la glicina, impide el empaquetamiento de las hlices. Las cadenas laterales de los
residuos de prolina e hidroxiprolina se disponen hacia el exterior de la triple hlice, interaccionando
con el solvente.

3.4 Estructura terciaria y cuaternaria
Hemoglobina
1. Hemoglobina y Hemo
2. Hlices alfa anfipticas
3. Hidrofobicidad, polaridad y carga elctrica
4. Puentes salinos de la desoxihemoglobina
5. Hemoglobina de las clulas falciformes
6. Inmunoglobulinas G

1. Hemoglobina y hemo
La molcula de hemoglobina mayoritaria en personas adultas (HbA) est formada por cuatro cadenas
polipeptdicas (o1, |1, o2, |2), unidas entre s de forma no covalente. Por cada molcula de
hemoglobina hay adems cuatro molculas de hemo (una protoporfirina IX con un tomo de Fe
2+
).
Los grupos hemo se representan en rojo porque son los responsables del color rojo de la hemoglobina.
Ahora los grupos hemo se colorean utilizando el cdigo CPK (los hidrgenos no se representan). La
molcula de oxgeno se une al Fe
2+
del hemo en los pulmones, donde el oxgeno es abundante, y se
libera en los tejidos que necesitan el oxgeno para su metabolismo.

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Observe tambin en detalle una nica molcula de hemo (intente identificar los sustituyentes del anillo
porfirnico). El Fe
2+
del hemo puede formar 6 enlaces de coordinacin. Cuatro de ellos, situados en el
plano del hemo, se establecen con los nitrgenos de los anillos pirrlicos de la protoporfirina IX. Los
otros dos, perpendiculares al plano del hemo, se establecen con el nitrgeno de la cadena lateral de la
histidina F8 (His proximal) y con el oxgeno. Por la misma cara del hemo a la que se une el oxgeno se
aproxima la cadena lateral de la histidina E7 (His distal), que aunque no establece enlace con el Fe
2+

dificulta estricamente la unin del CO al sitio del oxgeno. La afinidad del hemo aislado por el CO es
25000 veces la del oxgeno, mientras que la hemoglobina es slo 200 veces mayor.
A continuacin se muestra la posicin de la molcula de hemo (con una molcula de oxgeno) en una
de las cuatro cadenas de la hemoglobina, representada en un modelo compacto. Los residuos de
propionato del hemo (hidroflicos) se disponen hacia la superficie de la protena, mientras que el resto
de la molcula (hidrfoba) queda enterrada entre los aminocidos apolares de la protena, y las dos
histidinas (F8 y E7).

2. Hlices alfa anfipticas
Observe la gran cantidad de tomos de oxgeno y nitrgeno en esta superficie de una de las hlices alfa
de la hemoglobina. Este lado de la hlice se orienta hacia la superficie de la protena, en contacto con
el agua. Ahora el esqueleto peptdico se muestra en amarillo.
El otro lado de la hlice es hidrofbico y se orienta hacia el interior de la protena, donde no hay
molculas de agua y puede interaccionar con los aminocidos hidrfobos de otras hlices.
(Pulse ahora el botn derecho del ratn mientras mantiene el cursor sobre la ventana de la izquierda.
En el Menu "Rotacin" seleccione "Start"). Puede apreciar ahora una vez ms la diferencia entre
ambos lados de la hlice.

3. Hidrofobicidad y polaridad
Esta representacin de una de las cadenas beta muestra los aminocidos con carga elctrica, polares, y
apolares, el grupo hemo, y los oxgenos del agua. Los aminocidos polares y con carga son abundantes
en la superficie, donde forman puentes de hidrgeno con el agua. (La mayora de las molculas de
agua del disolvente no se muestran).
Antes de continuar pare la rotacin de la molcula, una seccin vertical a travs de la molcula, cerca
de la superficie anterior, muestra gran cantidad de residuos hidrfilos. A medida que movemos el
plano de seccin hacia el interior de la molcula se aprecia cmo el centro es hidrfobo mientras que
la superficie tiene gran cantidad de aminocidos polares y con carga elctrica. Cerca de la superficie
posterior, los residuos hidrfilos son otra vez abundantes.

4. Puentes salinos de la desoxihemoglobina
Las estructuras terciaria y cuaternaria de la desoxihemoglobina (forma T ) estn estabilizadas por 8
puentes salinos entre las cadenas laterales de varios aminocidos y los grupos carboxilo y amino
terminales de las cadenas alfa. Pulse para ver en un esquema los aminocidos implicados.
Puentes salinos entre las cadenas alfa1 y alfa2.
El grupo carboxilo de las Arg141 (el aminocido C-terminal) forma un puente salino con el grupo
amino de las Val1. Adems, los grupos guanidinio de las Arg141 forman puentes intercatenarios con
la cadena lateral de los Asp126.
En la representacin de bolas y varillas puede apreciar mejor la interaccin de los tres aminocidos, la
Arg141 de la cadena alfa1 y la Val1 y el Asp126 de la cadena alfa2. Del resto de la molcula slo se
muestra el esqueleto peptdico de las cadenas alfa.
Puentes salinos entre las cadenas alfa y beta.
Los grupos carboxilo de las His146 (los aminocidos C-terminales de las cadenas beta1 y beta2)
forman puentes salinos con los grupos amino de las Lys40 de las cadenas alfa2 y alfa1.
Las cadenas laterales de las His146 forman a su vez un puente con el carboxilo de las cadenas laterales
de los Asp94 de la misma cadena beta.
En la representacin de bolas y varillas se aprecia mejor la interaccin entre los tres aminocidos, la
His146 y el Asp94 de la cadena beta1 y la Lys40 de la cadena alfa2. Pulse aqu para ver las frmulas
de los aminocidos His146, Lys40 y Asp94.
Observe que el puente entre el carboxilo del Asp94 y el anillo imidazol de la His146 requiere que este
ltimo est protonado.

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Los puentes salinos que estabilizan la desoxihemoglobina (forma T) se rompen tras producirse la
unin del oxgeno (forma R). Veamos como ejemplo la rotura del puente His146-Asp94.
En la forma T, como ya hemos visto, la conformacin de las cadenas beta permite que la His146 y el
Asp94 formen un puente salino. La unin del oxgeno produce un cambio conformacional que rompe
dicho puente. Una consecuencia es la disminucin del pK del grupo imidazol de la His146, lo cual
produce la liberacin de un protn (Efecto Bohr).

5. Hemoglobina de clulas falciformes
La hemoglobina de las clulas falciformes (hemoglobina S) difiere de la hemoglobina A en un solo
aminocido: El glutamato en posicin 6 de las cadenas beta est substituido por una valina. La cadena
lateral de la valina es apolar, por lo que aparece un "parche" hidrfobo en la superficie de la molcula
(mostrado en blanco). Si no lo observa, gire la molcula con arrastre manual hasta conseguir la mejor
visualizacin posible.
En la hemoglobina desoxigenada hay un pequeo "parche" hidrfobo en la superficie de las cadenas
beta, al quedar expuestas en la superficie las cadenas laterales de la Ala70 y la Leu88 (mostradas
tambin en blanco). Este "parche" hidrfobo aparece tanto en la hemoglobina A como en la S. En la
hemoglobina S desoxigenada estos "parches" hidrfobos se pegan unos a otros (por su tendencia a
excluir al agua), haciendo que la hemoglobina polimerice formando agregados en forma de cadena.
En el ejemplo que aqu se muestra, la Val6 (cadena beta) de la hemoglobina S interacciona con la
Ala70 y la Leu88 de la cadena beta de otra molcula de hemoglobina. Intente obtener una vista ms
cercana para mayor detalle.
En la anemia falciforme, la Val6 se une a un parche hidrfobo diferente, localizado en la superficie de
las cadenas alfa. Las fibras de hemoglobina distorsionan la forma normal de los hemates, que
adquieren forma de hoz (de ah el nombre de falciforme). Los heterozigticos tienen una mezcla de
hemoglobina A y hemoglobina S. La hemoglobina A impide la polimerizacin, con lo que la anemia
es moderada. En los homozigticos, la hemoglobina S polimeriza, los hemates se rompen en los
capilares y se manifiesta la forma ms grave de la enfermedad. Sin embargo, la hemoglobina S
confiere resistencia para un tipo de malaria. A lo largo de la evolucin, esta "ventaja" ha hecho que la
anemia de clulas falciformes tenga una incidencia de hasta un 40% en algunas regiones de frica
donde la malaria es endmica.

6. Inmunoglobulinas G
a. Estructura de la IgG
b. Dominio CL
c. IgG anti-Lisozima: Modelo de interaccin antgeno-anticuerpo
a. Inmunoglobulina IgG
Las IgG son tetrmeros formados por cuatro cadenas polipeptdicas, dos cadenas idnticas de unos 446
aa (cadenas pesadas o heavy, H1 y H2) y dos cadenas, tambin idnticas, de unos 214 aa (cadenas
ligeras o light, L1 y L2). Las cadenas H y las L se unen por puentes disulfuro intercatenarios.
Adems, existen puentes disulfuro intracatenarios que hacen que tanto las cadenas ligeras como las
pesadas se plieguen en varios dominios.
Los primeros 108 aa de las cadenas ligeras y pesadas son diferentes para cada anticuerpo especfico y
forman el dominio o Regin Variable (V
H
y V
L
). Este dominio contiene el sitio de unin con el
antgeno, por lo que cada molcula de IgG puede unirse a dos molculas de antgeno.
El resto de Aa de la secuencia primaria son idnticos para todas las inmunoglobulinas de una clase (G,
A, M, D o E), y forman la denominada Regin Constante (C
H
y C
L
).
Las Cys que forman los puentes disulfuro se muestran aqu en modelo espacial, superpuestas en el
esqueleto peptdico de las cuatro cadenas. Magnificando la imagen se pueden apreciar con ms detalle
los puentes disulfuro que unen las cadenas pesadas entre s y las cadenas ligeras a las pesadas.
Al tratar las molculas de IgG con enzimas proteolticos se obtienen diferentes fragmentos que se
corresponden con diferentes dominios funcionales. Si se tratan con papana, las cadenas pesadas se
rompen, obtenindose tres fragmentos peptdicos, 2 fragmentos Fab (fragment antigen binding) y 1
fragmento Fc (fragment crystallizable). Cada fragmento Fab es capaz de unirse a una molcula de
antgeno. En cambio, si se tratan con pepsina los fragmentos Fab permanecen unidos, denominndose
fragmento F(ab')2.


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b. Dominio CL
La estructura secundaria predominante en todos los dominios de las IgG es la hoja plegada beta.
Veamos en detalle como ejemplo la estructura terciaria del dominio CL utilizando varias
representaciones diferentes:
Codigo de colores: hlice alfa (rojo), hoja beta (amarillo) y giro (azul).
Observe la imagen como:
Modelo compacto.
Esqueleto peptdico.
Modelo esquemtico.
Colores en arco iris: desde extremo N-terminal (azul violeta) C-terminal (rojo).
El dominio CL tiene tres residuos de Cys. Dos de ellos forman un puente disulfuro intracatenario. El
tercero forma un puente disulfuro con la regin constante de la cadena pesada (Pare la rotacin antes
de continuar).
Como se observa en esta seccin transversal del dominio CL, los esqueletos peptdicos de las hojas
beta forman dos lminas que crean un "emparedado" conteniendo los residuos hidrfobos de la
molcula. Los aminocidos con cadenas laterales polares y cargadas se disponen en cambio hacia la
superficie, en contacto con el solvente. El puente disulfuro queda enterrado en el ncleo hidrfobo.
(Reanude la rotacin para ver la seccin en diferentes direcciones)

c. IgG Anti-lisozima: complejo Fab: lisozima
En este ejemplo se muestra al unin de un fragmento Fab de la IgG anti-lisozima con una molcula de
lisozima. Cadena H (rojo), Cadena L (verde), Antgeno (Lisozima, prpura).
Si slo se presenta el esqueleto peptdico (con los puentes disulfuro) se hacen ms evidentes en el
fragmento Fab los dominios variable y constante de las cadenas pesadas y ligeras. Recuerde que el
dominio variable es el que tiene el sitio de unin para el antgeno.
En cada una de las regiones variables (dominios V
H
y V
L
hay tres Regiones Hipervariables o regiones
donde la variacin de aminocidos entre las IgG que se unen a diferentes antgenos es mxima. Estas
regiones tambin se denominan Regiones Determinantes de la Complementaridad (CDR).
LV LV
CDRL-1 verde CDRH-1 rojo
CDRL-2 azul CDRH-2 naranja
CDRL-3 blanco CDRH-3 amarillo
En las regiones CDR se encuentran los tomos del anticuerpo que contactan con el antgeno
(lisozima). En este esquema se muestra el esqueleto peptdico de la lisozima (de N- a C-terminal en
cdigo arco iris). Los residuos que contactan con el anticuerpo (eptopo) se muestran en trazo grueso.
Finalmente, en este modelo compacto se muestra:
* El complejo Fab-lisozima (identificados los tomos de los CDR y del eptopo).
* El fragmento Fab (identificados los tomos de los CDR)
* La lisozima (identificados los tomos del eptopo).


PARTE b: AMPLIACIN SOBRE ESTRUCTURA DE CIDOS NUCLEICOS.
3.5 Estructura de cidos nucleicos
Apareamiento de los nucletidos
Par T-A, con 2 enlaces de hidrgeno (no se representan los H). El par de bases es prcticamente plano
y los anillos de pentosa perpendiculares a l. Obsrvese la proximidad entre las bases en el modelo
espacial compacto.
Par C-G, con 3 enlaces de hidrgeno (no se representan los tomos de H)
Estructura secundaria del ADN
Forma B o modelo de Watson y Crick Dos dinucletidos complementarios aparean sus bases para
formar un fragmento de ADN B de doble hebra. En la figura, 5'pTpC3' de una hebra est apareado con
la 3'ApGp5' de la otra. Los pares de bases se sitan paralelamente y en el interior, las pentosas y
fosfatos (esqueleto) en el exterior. Para poder aparear todas las bases manteniendo los enlaces
fosfodister, cada par de bases se desplaza con respecto al anterior por un giro de unos 36. El
resultado en la molcula completa (polinucletido) es la formacin de una doble hlice dextrorsa.

15
Uniendo los tomos de fsforo con una lnea verde ficticia, para representar el esqueleto, se observa
mejor la hlice.
A continuacin tenemos una vista axial de la molcula. Al girar, se puede apreciar que existe una
ligera curvatura en el eje de la doble hlice: la estructura real del ADN no es exactamente igual al
modelo de Watson y Crick (pero este dato es tenido en cuenta por los muy expertos en estructuras
macromoleculares. Particularmente, el autor de estos comentarios recomienda obviarlo para evitar
confusiones). En el modelo compacto con bases (rosa) y esqueleto (verde) se observan los dos surcos,
mayor y menor.

Variantes estructurales del ADN en doble hebra: formas A y Z
ADN A: la forma A es una doble hlice, dextrorsa como la B, pero ms ancha. La lnea verde, ficticia,
une los tomos de fsforo (es decir, define el esqueleto): obsrvese la hlice y tambin la inclinacin
de los pares de bases, mayor que en el ADN B.
Obsrvese en vista axial que los pares de bases se sitan a un lado del eje de la hlice. Por ello, la
hlice es ms ancha.
En el modelo espacial compacto (bases y esqueleto),.lo que era el surco mayor en el ADN B se
convierte en la forma A en un surco estrecho y profundo, mientras que el surco menor es ancho y
superficial.
ADN Z: la forma Z es una doble hlice sinistrorsa, lo que la diferencia de las A y B, y es ms estrecha.
Obsrvese cmo el esqueleto (lnea verde, ficticia, que une los tomos de fsforo) avanza en sentido
contrario a las agujas del reloj (hlice sinistrorsa) y adems describe una lnea en zig-zag. Esta
caracterstica da nombre a la forma Z.
Modelo espacial compacto (bases y esqueleto). Lo que era el surco mayor en el ADN B se convierte
en la forma Z en un surco muy poco profundo, mientras que el surco menor es estrecho y profundo.
El origen de la distinta conformacin del ADN Z se encuentra en la orientacin diferente de los
enlaces N-glicosdicos: En los nucletidos purnicos (A, G) la base se sita sobre el anillo de pentosa
(conformacin sin), mientras que en los pirimidnicos (T, C) se sita hacia fuera (conformacin anti).
En las formas A y B del ADN, todos los nucletidos estn en conformacin anti.

3.6 Interaccin entre ADN y protenas: Motivos estructurales proteicos de unin al ADN
Algunas estructuras tridimensionales se repiten en distintas protenas y son responsables de su
interaccin con secuencias especficas de ADN. A estas estructuras se las denomina "motivos
estructurales". Los principales motivos responsables de la interaccin con el ADN son:
1. Hlice-giro-hlice.
2. Hlice-bucle-hlice
3. Homeodominio
4. Cremallera de leucina
5. Dedo de zinc

1. Motivo hlice-giro-hlice (tambin llamado hlice-vuelta-hlice o HTH)
Ejemplo 1: Dmero de la protena Cro del bacterifago lambda; se muestra slo una parte de la
protena, la que corresponde a sus dos motivos hlice-giro-hlice, unida a un fragmento
de ADN de 20 pb. Cada cadena se muestra en un color: las 2 hebras de ADN (azul de
distinta tonalidad) y 2 motivos en la protena dimrica (en verde y amarillo). Para
apreciar mejor la estructura tridimensional, es conveniente girar la molcula.
Esta estructura que es comn con otras protenas, y por ello se llama motivo, consta de:
1) un tramo en alfa-hlice, que encaja en el surco mayor del ADN e interacciona directamente con las
bases nitrogenadas, llamado por ello "hlice de reconocimiento" (en coloracin naranja).
2) un corto tramo de pptido sin estructura secundaria (un giro o vuelta, en ingls turn, mostrada en
amarillo).
3) otra alfa-hlice que queda ms separada del ADN y forma un ngulo fijo con la primera (en verde).

Los tres componentes dan nombre al motivo. Adems de ellos, cada protena en particular posee otras
regiones en alfa-hlice, giros y bucles (mostrados en rojo y prpura) que colaboran en la estructura del
motivo, y el resto de la molcula de protena (no mostrada para simplificar la figura). Observar
tambin el modo espacial compacto, que conserva el mismo cdigo de colores.

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Ejemplo 2: "Represor lambda", protena del bacterifago lambda, unido al ADN en la regin del
operador. Observe de nuevo el dmero en dos surcos mayores y consecutivos del ADN.

2. Motivo hlice-bucle-hlice (HLH)
Ejemplo 1: Dmero de la protena Max de ratn, con dos motivos hlice-bucle-hlice idnticos,
unido a un fragmento de ADN de 22 pb. Cada cadena se muestra en un color: las 2
hebras de ADN (azules) y 2 motivos en la protena dimrica (verde y amarillo).
Esta estructura es comn en muchas protenas, y por ello se llama motivo, consta de:
1) un tramo en alfa-hlice, que encaja en el surco mayor del ADN e interacciona directamente
con las bases nitrogenadas (equivalente a la "hlice de reconocimiento" del motivo hlice-giro-hlice,
mostrado en naranja).
2) un tramo de pptido sin estructura secundaria, ms largo que en el motivo hlice-giro-
hlice, llamado por ello un bucle, en ingls loop, en amarillo). Este elemento es por tanto distinto que
el giro corto del motivo HTH.
3) otra alfa-hlice que no interacciona con el ADN pero s con la otra cadena proteica,
estabilizando el dmero. (En verde, pero los colores son ms oscuros para una de las dos subunidades
proteicas). Fjense en la longitud de esta segunda estructura helicoidal. En otros ejemplos, como el 2
que se ilustra a continuacin, ni es tan larga ni est orientada de forma perpendicular al ADN.
Estos tres componentes dan nombre al motivo (HLH). Adems de ellos, cada protena en particular
posee otras regiones que forman el resto de la molcula, tampoco mostradas en este caso.
Ejemplo 2: USF, protena humana ("factor estimulador de secuencia arriba"), unido al ADN.
Obsrvese cmo la posicin y dimensiones del bucle y de la segunda hlice son
diferentes al ejemplo anterior.

3. Motivo homeodominio
Ejemplo 1: Dmero de la protena MAT alfa-2 de levadura, con dos homeodominios idnticos,
unido a un fragmento de ADN de 21 pb. Cada cadena se muestra en un color: las 2
hebras de ADN y 2 motivos en la protena dimrica (mismo cdigo que en motivos
anteriores).
Este motivo, de nuevo con elementos similares a los anteriores, consta de:
1) un motivo de tipo hlice-giro-hlice (naranja-amarillo-verde) que contacta con el surco
mayor del ADN (dos tramos en alfa-hlice separados por un corto tramo sin estructura secundaria).
2) una tercera hlice, externa al ADN (en rojo).
3) un tramo sin estructura secundaria definida que interacciona con el ADN en el surco menor
(en prpura).
Adems, cada protena posee otras regiones que forman el resto de la molcula, no mostradas por
simplificacin.
Obsrvese en una visin axial cmo las dos hlices de reconocimiento encajan en posiciones sucesivas
del surco mayor.
En el modelo espacial compacto se destaca en color verde oscuro el pptido que contacta con el surco
menor.

Ejemplo 2: En este caso, un heterodmero formado por una subunidad de la protena anterior MAT
alfa-2 y otra de una protena similar, MAT A-1.

4. Motivo cremallera de leucina
Ejemplo 1: Protena GCN4 de levadura; se muestra slo una parte de la protena, la que corresponde
al motivo cremallera de leucina, unida a un fragmento de ADN. Cada cadena se muestra
en un color: las 2 hebras de ADN y 2 cadenas en la protena.

Este motivo consta de los dos segmentos peptdicos en alfa-hlice, que a su vez se enrollan
ligeramente entre s (formando un superhelicoide). En un extremo, estas hlices interaccionan entre s
y en el otro lo hacen con secuencias especficas de bases en el surco mayor del ADN. Utilice una vista
superior para apreciar el enrollamiento mutuo de las dos cadenas proteicas helicoidales: La interaccin
entre las dos hlices se mantiene principalmente gracias a fuerzas de tipo hidrofbico entre cadenas

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laterales de leucina, situadas cada 7 residuos en la secuencia (en colores verde oscuro y naranja, cada
dos vueltas de alfa-hlice). Por otro lado, en la regin que contacta con el ADN existe abundancia de
aminocidos con carga positiva, como arginina (en rojo y marrn).
Utilice una vista ampliada de uno de los contactos entre leucinas de ambas cadenas (cadenas laterales
en color ms oscuro amarillo y verde, otros aminocidos en color CPK).

5. Motivo dedo de zinc
Ejemplo 1: Tres motivos dedo de zinc consecutivos en una misma cadena peptdica, unidos al ADN.
Fragmento (residuos aminocidos 1-101) del factor de transcripcin TFIIIA, de la rana
Xenopus laevis, unido a 15 pb del gen para ARN 5S.
Fragmentos o-hlice en rojo, los hoja plegada | en naranja e Iones zinc en verde.
Este motivo consta de un segmento peptdico en alfa-hlice y dos en hoja beta antiparalela, de los
cuales hay 4 aminocidos (2 Cys y 2 His) cuyas cadenas laterales coordinan al ion Zn
2+
; este tipo de
dedo de zinc se denomina por ello C2H2. Se destacan los tomos que coordinan al Zn (N en His y S
en Cys).
Ejemplo 2: Seis motivos dedo de zinc C
2
H
2
consecutivos en una misma cadena peptdica. De la
misma protena, TFIIIA.
Ejemplo 3: Otro tipo de motivo dedo de zinc. Receptor de estrgenos humano, unido al ADN.

En este caso, la protena posee un solo dedo de zinc pero forma un dmero al unirse al ADN. Adems,
el motivo tiene una estructura diferente: 2 Zn
2+
, coordinados cada uno por una hlice y un bucle, a
travs de las cadenas laterales de 4 Cys para cada Zn. Este tipo de dominio se llama dedo de zinc C4.

3.7. Estructura del ARN
1. Ribonucletidos
2. ARN de cadena sencilla
3. Plegamiento del ARN
4. ARN de transferencia
5. Interaccin codn-anticodn
6. Ribozimas
Esta parte del mdulo est ms orientada al ARN desde un punto de vista tanto estructural como
funcional. Al igual que sucedi anteriormente, este apartado comienza con unas generalidades sobre la
molcula de cido adenlico o adenilato (AMP) y el manejo del ratn para conseguir mayor riqueza en
la observacin y manejo de las molculas. Es obvio que a estas alturas de la utilizacin de estos
programas de visualizacin de molculas, el alumno debe de pasar rpidamente por esta seccin
introductoria y entrar sin ms prembulos en la estructura del ARN y los puntos que le adentrarn en
aspectos no tratados en las prcticas anteriores.
1. Ribonucletidos: Componentes elementales del ARN
El ARN o cido ribonucleico es un polirribonucletido, formado por uniones 3'-5'-fosfodister entre
nucletidos de ribosa (ribonucletidos).
Un ejemplo de un ribonucletido es el adenilato (AMP). Obsrvese el OH en 2', que lo diferencia del
desoxirribonucletido dAMP, componente del ADN.
2. Cadena de ARN de hebra sencilla
Observe ahora una cadena de ARN de 12 nucletidos, hebra sencilla. En este caso, el oligonucletido
sinttico adopta esta disposicin en hlice, que permite un apilamiento parcial de las bases, aunque no
es muy estable y puede adoptar otras conformaciones. Observe tambin el modelo espacial compacto,
con el esqueleto (hidroflico, polar) y las bases (hidrofbico, apolar).

3. Plegamiento de la cadena de ARN
La estabilidad de la molcula de ARN aumenta mucho si, de forma similar a como ocurre con el ADN,
las bases hidrofbicas pueden ocultarse del medio acuoso. Esto puede ocurrir mediante formacin de
puentes de hidrgeno entre bases complementarias aunque, a diferencia del ADN, ambas bases
pertenecen a la misma cadena de ARN. Es decir, la cadena se pliega sobre s misma en zonas donde
las secuencias son parcialmente complementarias, formando tramos cortos de doble hlice.
Observemos, como ejemplo, la estructura del ARN ribosmico 5S de Xenopus laevis (formado por
128 nucletidos). Otros ARNs son mayores y adoptan estructuras ms complejas.

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En el caso de ARNr y ARNt, es comn que gran parte de la molcula presente secuencias
complementarias que permiten este tipo de plegamiento. Para facilitar el seguimiento de esta
estructura espacial, es muy til el cdigo arco iris desde el extremo 3' al 5'.
Como se realiz anteriormente para otros modelos proteicos o de cidos nucleicos, observe el modelo
espacial compacto, con el esqueleto (hidroflico, polar) y las bases (hidrofbico, apolar). Se puede ver
cmo algunas bases (en rojo), al no tener una base complementaria enfrente, se vuelven hacia el
exterior de la molcula.
Mediante el zoom utilizable en esta parte de la prctica, observe ms de cerca uno de los bucles o
puntos donde la cadena vuelve sobre s misma, el extremo de un tramo en doble hlice. Para una mejor
observacin, parar la rotacin e ir pulsando sucesivamente los botones mostrados en la pantalla.
Tras reanudar la rotacin, observe los pares de bases (enfrentadas en el mismo plano) y las bases del
bucle, no apareadas.

4. ARN de transferencia
Los ARN de transferencia son molculas de hebra sencilla que adoptan un plegamiento o estructura
tridimensional caracterstica, en forma de L. Aunque esta es la forma real, los ARNt han sido
representados muy frecuentemente en hoja de trbol por comodidad en la representacin conceptual
para la interaccin codn-anticodn.
Como se puede observar, existen unas regiones donde la molcula adopta una doble hlice
intracatenaria. Esto ocurre gracias a la formacin de puentes de hidrgeno entre bases
complementarias de dos zonas de la misma cadena. La representacin muestra el cdigo arco iris para
facilitar el seguimiento lineal de la cadena.
Los dos extremos 5 (rojo) y 3 (azul) se encuentran cercanos, mientras la regin donde se encuentra el
anticodn est prcticamente en el lado opuesto de la L de la molcula. Las bases apareadas y no
apareadas se pueden mostrar u ocultar, y se muestran en diferente color.

Los enlaces por puentes de hidrgeno entre las bases apareadas y en algunos casos formando ternas o
interacciones de tres bases hacen que se adopte el plegamiento tridimensional adecuado, dndole a la
molcula su estructura espacial caracterstica. Las zonas apareadas definen cuatro brazos o asas en la
estructura del ARNt; ordenados de 5' a 3' son:
Brazo aceptor del aminocido (rojo)
Brazo D o DHU (azul)
Brazo del anticodn (verde)
Brazo T o T+C (amarillo ocre)

Cada brazo tiene una regin apareada, o tallo (stem), y otra no apareada en su extremo, o bucle (loop).
Se pueden usar los botones para ver y ocultar las bases hasta diferenciar claramente las distintas partes
de la molcula.
Adems de los 4 brazos, existe otra regin, de longitud variable, que puede o no aparear sus bases (en
amarillo). Esta regin es la que presenta menor homologa entre ARNt de distintas especies.
El brazo variable. Vistas axiales a lo largo de los dos brazos de la "L" (detener antes la rotacin):
a) Sobre el eje del brazo aceptor (con el extremo 5' en primer plano, y el 3' un poco ms atrs)
b) Sobre el eje del brazo del anticodn (con el anticodn en primer plano)
Reanude la rotacin y sobre el modelo espacial compacto, puede observar algunas zonas
funcionalmente importantes de la molcula como son:
Molcula en general Esqueleto (prpura) Bases (verde)
Nucletido del extremo 5' : Esqueleto (azul oscuro) Base (azul claro)
Nucletido del extremo 3' : Esqueleto (prpura oscuro) Base (naranja)
Anticodn: Esqueleto (rojo) Bases (amarillo)
Vuelva a la representacin simplificada. El ejemplo que hemos visto corresponde al ARNt de levadura
especfico para fenilalanina (ARNt
Phe
). Veamos otro ejemplo, en el cual el brazo variable (zona
engrosada, verde) es mayor: ARNt
Ser
de levadura. En este caso, el bucle de este brazo es ligeramente
mayor que el anterior.

5. Interaccin codn-anticodn
Vemos aqu el brazo del anticodn del ARNt
Phe
(el mismo estudiado anteriormente):

19
Esqueleto (lnea imaginaria que une los fosfatos).
Tallo (nucletidos con bases apareadas).
Bucle (nucletidos con bases no apareadas), excepto el anticodn (triplete mG-A-A)
(mG esO2'-metilguanosina-5'-monofosfato) (pulsa en la imagen para aumentarla)
Ahora veamos el modelo molecular de la interaccin de este anticodn (mG-A-A en el ARNt) con un
codn UUU (en el ARNm):
Para diferenciarlos bien, se han coloreado los tomos de carbono del ARNt y los del ARNm.
(Puesto que el metilo de mG est en la pentosa, no afecta al apareamiento y mG aparea igual que G)
(El codn complementario sera UUC, pero gracias al balanceo tambin es posible el apareamiento
con UUU; a esto se le llama codones sinnimos, y ambos codifican Phe; una muestra de la
degeneracin del cdigo gentico)
3 2 1 ARNt anticodn
3' -A-A-G- 5'
5' -U-U-U- 3' ARNm codn
1 2 3
No se ven los enlaces de hidrgeno entre bases, pero puedes observar su coplanaridad y
enfrentamiento. Resaltar
par A3-U1
par A2-U2
par G1-U3

6. Ribozimas
Se cre este nombre cuando se descubri que existen ciertas molculas de ARN que ejercen actividad
cataltica y, por tanto, no todas las molculas con actividad enzimtica son protenas.
Podemos ver aqu un ejemplo, perteneciente al grupo de las llamadas "ribozimas en cabeza de
martillo", pues su estructura secundaria recuerda a sta. El modelo consta de dos cadenas:
Una de ARN (rojo), que es la ribozima, y otra de ADN monohebra (azul), que sera el anlogo del
sustrato. En este caso, el ARN de la ribozima no puede hidrolizar la hebra de ADN, por lo que el
complejo es ms estable y puede estudiarse mejor.
La estructura secundaria de la ribozima unida a su anlogo del sustrato: (pulsar en la imagen para
aumentarla)
La ribozima (rojo) corta un enlace fosfodister (verde) si el sustrato (azul) fuese una hebra de ARN
formado por ribonucletidos. En este modelo dicho sustrato se ha sustituido por un ADN de una hebra,
que, aunque se une a la ribozima, no es hidrolizado y as permite estudiar la estructura del complejo
ribozima-sustrato.
Se representan en color ms claro (azul o rojo, pero la diferencia con el resto no es muy visible) las
regiones que forman puentes de hidrgeno entre sus bases complementarias (regiones de doble hlice).

3.8. Interaccin del ARN con protenas
1. Protena Rev del VIH unida al ARN del "elemento de unin a Rev" (RBE).
2. Protena EF-Tu unida a un ARNt.
3. Aminoacil-ARNt sintetasa unida a su ARNt.
4. Protena U1A del ayustosoma (espliceosoma) unida a un pre-ARNm.

1. Protena Rev del VIH unida al ARN del "elemento de unin a Rev" (RBE)
Veamos primero el elemento de unin a Rev: se trata de un ARN (se muestra un fragmento, de 30
nucletidos). Forma una estructura de tallo y bucle (aunque los apareamientos de bases en el tallo no
se ven en este modelo).
Esta secuencia de ARN forma parte del gen vrico para la glicoprotena del envoltorio del virus de
inmunodeficiencia humana VIH-1.
Modelo espacial compacto
Ahora veamos cmo la protena Rev (se muestra un pptido de 17 aminocidos) se asocia
estrechamente con la estructura de este ARN.
Modelo espacial compacto

2. Protena EF-Tu unida a Cys-ARNtCys

20
Vemos aqu el complejo ternario de elongacin de la traduccin en procariotas:
aminoacil-ARNt
factor de elongacin EF-Tu
GTP unido al EF-Tu (el GTP lleva unido un ion Mg
2+
)

Se destacan en modelo de varillas el GTP, el residuo cisteinilo y el nucletido 3'-terminal del ARNt, al
que est unido (adenilato).

Enfocar el extremo 3' del ARNt con el aminocido unido (Cys). En color CPK.
Enfocar el centro de unin del GTP. En color CPK.
Modelo espacial compacto. (puedes repetir los enfoques sobre l)

3. Aminoacil-ARNt sintetasa unida a su ARNt
Vemos aqu el ARNtGln unido a la glutaminil-ARNt sintetasa (especfica para l) (este modelo
contiene slo el esqueleto de ambas cadenas, es decir, los tomos de fsforo del ARN y los carbonos
alfa de la protena; puede verse esto cambiando la representacin a Display (Spacefill).
Obsrvese cmo la sintetasa contacta especialmente con el extremo 3' del ARNt (donde se une el
aminocido) y con el lazo del anticodn. Esto permite a la enzima reconocer nicamente un
aminocido y un ARNt, estableciendo as la especificidad aminocido-anticodn. Se dice por ello que
las aminoacil-ARNt sintetasas son "el segundo cdigo gentico".
Otro ejemplo: en este caso, el ARNtAsp unido a su correspondiente aspartil-ARNt sintetasa.
(Este modelo s incluye todos los tomos, por eso es ms lento)
Hlices alfa
Hojas beta
Zonas sin estructura secundaria regular
Modelo espacial compacto.

4. Protena U1A del ayustosoma unida a un pre-ARNm
El "ayustosoma", tambin llamado cuerpo de empalme o ms comnmente espliceosoma (del ingls
spliceosome) es el complejo ribonucleoproteico responsable del proceso de corte de intrones y
empalme de exones, una de las modificaciones postranscripcionales que sufre el ARN en eucariotas.
Est formado por varias molculas de ARN (del tipo nuclear pequeo, ARNsn) asociadas con varias
molculas de protena.
Se observan aqu dos molculas de uno de esos componentes, la protena U1a, unidas a un
polirribonucletido (ARN, de 48 nucletidos) que corresponde al extremo 3' de un precursor de ARN
mensajero (pre-ARNm o ARNnh).
Modelo espacial compacto.
MOSTRAR OCULTAR
El ARN
Una molcula U1a
La otra U1a
















21
EJERCICIOS SOBRE PPTIDOS
Observe la siguiente Tabla de Pptidos con funcin biolgica activa:
Nombre Secuencia Funcin
Glutatin
-ECG
Ubicuo. Mantiene estado redox citosol celular
Liberador TSH
piroEHP-CONH
2

Secretado por hipotlamo, hace que pituitaria libere tirotropina.
Vasopresina
CYFQNCPRG- CONH
2

Secretada por hipfisis, hace que el rin retenga agua.
Met-Encefalina
YGGFM
Opiceo que inhibe la sensacin de dolor
Angiotensina II
(equina)
DRVYIHPF
Pptido hipertensivo. Tambin estimula secrecin de aldosterona
por suprarrenales
Bradiquinina
RPPGFSPFR
Pptido vasodilatador
Sustancia P
RPKPQFFGLM- CONH
2

Neurotransmisor implicado en la transmisin del dolor
Glucagn
bovino
HSQGTFTSDYSKYLDS
RRAQDFVQWLMNT
Hormona pancretica que estimula la liberacin de glucosa y est
implicada en regular el nivel de glucemia.

1-Cuntos de ellos, citando nombres, pueden formar un enlace disulfuro intramolecular?



2-Cuntos contienen azufre pero no pueden formar enlaces disulfuro? Citelos


3-El significado estructural de (caso del glutatin) est relacionado con:
a) Que contiene 3 aminocidos
b) Que el residuo de glutmico es gamma-carboxiglutmico
c) El residuo de glutmico forma un enlace peptdico con cistena mediante el carboxilo de la
cadena lateral

4-La lana, como el cabello y otras o-queratinas, debe su insolubilidad y resistencia mecnica y
qumica al alto contenido en puentes disulfuro entre las cadenas polipeptdicas que forman las
fibrillas. Las polillas son animales capaces de degradar la lana. Analizado su aparato digestivo, se
observa que no contiene ninguna proteasa especial, pero s un alto contenido en cido sulfhdrico
Por qu cree que este hecho favorece la digestin de la lana?
a) El cido sulfhdrico es muy fuerte, ms fuerte que el clorhdrico del estmago humano.
b) El cido sulfhdrico es capaz de reducir los puentes disulfuro y separar cadenas.
c) El cido sulfhdrico no guarda relacin con la degradacin de la lana por estos animales.

PROPIEDADES DE LAS PROTENAS Y ESTRUCTURA PRIMARIA.
Las secuencias de muchas protenas humanas estn contenidas en bases de datos como el
SWISS-PROT y se expresan en varios formatos. Es muy recomendable que el alumno practique la
entrada por internet en esa base de datos y se familiarice con su uso (GenBank,
www.ncbi.nlm.nih.gov; o bien SWISS-PROT en www.expasy.org).
Para facilitar el problema, se ha simplificado, traducido y adaptado uno de los formatos ms usuales,
que se utiliza a continuacin para varios ejemplos:

PEPSINGENO HUMANO
Nmero de acceso en SWISS-PROT: P00790. Es el precursor de la pepsina A.
El pptido seal est constituido por los aminocidos: 1 al 15.

22
La activacin tiene lugar mediante un segundo corte proteoltico, que elimina el pptido de 16 al 62.
La pepsina A humana madura tiene 326 aminocidos (del 63 al 388).
La isoenzima gstrica tiene baja especificidad, aunque prefiere enlaces peptdicos en los que participan
los aromticos F o L. El centro activo est formado por los D 94 y 277.
La secuencia o estructura primaria del precursor tal como se sintetiza en ribosoma es:

10 20 30 40 50 60 70 80
MKWLLLLGLV ALSECIMYKV PLIRKKSLRR TLSERGLLKD FLKKHNLNPA RKYFPQWEAP TLVDEQPLEN YLDMEYFGTI

90 100 110 120 130 140 150 160
GIGTPAQDFT VVFDTGSSNL WVPSVYCSSL ACTNHNRFNP EDSSTYQSTS ETVSITYGTG SMTGILGYDT VQVGGISDTN

170 180 190 200 210 220 230 240
QIFGLSETEP GSFLYYAPFD GILGLAYPSI SSSGATPVFD NIWNQGLVSQ DLFSVYLSAD DQSGSVVIFG GIDSSYYTGS

250 260 270 280 290 300 310 320
LNWVPVTVEG YWQITVDSIT MNGEAIACAE GCQAIVDTGT SLLTGPTSPI ANIQSDIGAS ENSDGDMVVS CSAISSLPDI

330 340 350 360 370 380 388
VFTINGVQYP VPPSAYILQS EGSCISGFQG MNLPTESGEL WILGDVFIRQ YFTVFDRANN QVGLAPVA


Con dicha secuencia y datos relacionados, responda a las siguientes cuestiones:

5- Cuente todos los residuos bsicos (R y K, no H) y cidos (D y E) que contiene la molcula. Cuales
son ms abundantes, los cidos () o los bsicos ()?


6-En que extremo se sitan la mayora de los bsicos?
N-terminal C-terminal

7-Existe una variacin de carga de la protena cuando se activa el pepsingeno a pepsina?
Si No

8- El pH del jugo gstrico es cido -Cmo ser el pI del pepsingeno en relacin con la pepsina?
Mayor Menor

9) Cuntos fragmentos produce el pepsingeno humano si fuera proteolizado por la tripsina? Y la
pepsina activa?




10) Para determinar la secuencia del glucagn bovino, se tomaron 2 muestras distintas que fueron
tratadas de forma separada con 2 proteasas y los pptidos resultantes fueron secuenciados por el
mtodo de Edman. Los resultados obtenidos fueron:
a) Tripsina: produjo 3 fragmentos, YLDSR, AQDFVQWLMNT, HSQGTFTSDYSK y una R libre
b) Quimotripsina*: produjo 6 fragmentos, SKY, LDSRRAQDF, HSQGTF, VQW, LMNT, TSDY (Nota:
*La quimotripsinase us en condiciones suaves para reconocer slo cadenas laterales aromticas9.

Con estos datos Puede deducir la estructura primaria del glucagn?










23
PROINSULINA HUMANA
Cuando se elimina el pptido seal de la preproinsulina, queda una cadena polipeptdica de 86
aminocidos con la siguiente secuencia primaria:

FVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKTRREAEDLQVGQVELGGGPGAGSLQPLALEGSLQKRGIVEQCCTSICSLYQLEN
YCN

Una vez procesada por proteasas especficas, la insulina humana muestra dos cadenas A y B de 21 y
30 aminocidos. El pptido C (sombreado) se pierde, adems de 2 residuos bsicos de ambos lados.

Cadena A: GIVEQCCTSICSLYQLENYCN Desde A1 a A21

Cadena B FVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT Desde B1 a B30

11)-La Tabla adjunta muestra los cambios en la estructura de la insulina de varias especies. Antes de
existir la posibilidad de obtener insulina humana recombinante a partir de cultivos bacterianos, el
tratamiento de personas diabticas con insulinas animales produca frecuentemente una respuesta
alrgica inicial. Anote en la columna de la derecha el nmero de posiciones diferentes de cada
especie respecto a la humana.

Especie A8 A9 A10 B1 B2 B30 Nmero de residuos diferentes
a la insulina humana
Hombre T S I F V T 0
Vaca A S V F V A
Cerdo T S I F V A
Oveja A G V F V A
Caballo T G I F V A
Perro T S I F V A
Pollo H N T A A A
Pato E N P A A T

12)-En base a ello, prediga que insulina animal producir ms reacciones alrgicas en humanos, y
cuales menos, y son por tanto ms apropiadas en el caso hipottico de no tener humana.

Ms: ________ Menos: __________


13) Cree que la unin especfica de la insulina al receptor de membrana se produce por la zona
central de la cadena A(A8-A10) y los extremos de la cadena B (B1-2 Y B30)?
Si No

Puede justificar muy brevemente la razn de su respuesta?




14) En el tratamiento de un tipo de pacientes diabticos se utiliza una insulina modificada llama
glargina que lleva aadidos 2 residuos de arginina en las posiciones B31 y B32. Razone brevemente
las razones por las cree que se utiliza esa modificacin molecular en la molcula de la hormona.










24
15)-Escriba la estructura del uracilo en forma lactama, lactima y mixta.









16)-Qu base no tiene posibilidad de tautomera lactama / lactima?
a) Adenina b) Guanina c)Citosina


La siguiente secuencia es la estructura primaria de los 120 primeros resduos de la cadena o1 del
colgeno maduro de piel de rata (X=Hidroxiprolina).
EMSYGYDEKSAGVSVPGPMGPSGPRGLXGPXGAXGPQGFQGPXGEXGEXGASGPMGPRGP 60
XGPXGKNGDDGEAGKPGRXGQRGPXGPQGARGLXGTAGLXGMKGHRGFSGLDGAKGPNGT 120

17)- A partir de qu residuo es posible la formacin de la triple hlice tpica del tropocolgeno?.





18) Las protenas se N-glicosilan especficamente en residuos de asparragina por un sistema
enzimtico del retculo que reconoce la secuencia especfica Asn-X-(Ser o Thr), donde X es cualquier
aminocido excepto Pro. En la secuencia de arriba Donde existe algn lugar susceptible de ser N-
glicosilado? El carbohidrato que se aade sobre la asparragina, es siempre el mismo, o variable?


19)- Elija una posible funcin del fragmento N-terminal que no forma la hlice tritrenzada.
1- Prevenir la polimerizacin prematura de las unidades de tropocolgeno al colgeno
2- Tener secuencias de reconocimiento para la secrecin de esa protena por el fibroblasto
3- Constituir zonas de interaccin con proteoglicanos en el tejido conectivo
4- Las dos primeras

20) La elastina es otra protena fibrosa encontrada en el tejido conectivo, pero mucho ms flexible
que el colgeno. Esta protena es tambin muy rica en G y P, pero con muy pocas hidroxiprolinas e
hidroxilisinas. Su estructura es al azar y su flexibilidad se debe a entrecruzamientos intercatenarios
por desmosina e isodesmosina. Escriba las estructuras de:

a- 5-Hidroxilisina y Alisina (o Lisinal, pero ojo con esta denominacin, que tambin se llama as un
frmaco que no tiene que ver con el aminocido derivado de la lisina)













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b-Desmosina e isodesmosina.-









18 Cual es el aminocido proteico precursor de stos?
a) K b) W c)H

19)-Cuntos Fab contiene una molcula de IgM?
a) 1 b) 5 c) 10

20)-Cuntos Fc contiene una molcula de IgM?
a) 1 b) 5 c) 10

21)-Cuntas cadenas J hay en cada molcula de IgM?
a) 1 b) 5 c) 10


22) La glicosilacin de protenas es una de las modificaciones post-traduccionales mas frecuentes.
Existen glicosilaciones catalizadas enzimticamente con funcin definida (O- y N-glicosilaciones) y
otras glicosilaciones que no estn catalizadas enzimticamente ni responden a una regulacin o
mejora de la funcin proteica, sino que se producen por reacciones qumicas al estar en contacto la
protena y el carbohidrato durante tiempos prolongados.

a) Ponga un ejemplo de una protena de la membrana del eritrocito que presente mltiples O-
glicosilaciones, diga en que residuos se puede O-glicosilar una protena y cual es la funcin
ms normal de este tipo de modificaciones post-traduccionales.
b) Ponga una ejemplo de protena de la sangre que puede sufrir un proceso de glicosilacin no
enzimtica y para que se emplea en bioqumica clnica este grado de glicosilacin.























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23)- En los ARNt existen apareamientos de bases distintos de los normales de Watson y Crick.
Si No

Incluso ternas con enlaces entre 3 bases
Si No

24)- Escriba la estructura de la dihidrouridina(D) y la pseudouridina (+).












24)- Existe el dihidrouracilo? Si No
Y el pseudouracilo? Si No