Microarrays, Introduccin y Tcnicas de Reparacin

Un saludo a todos. Estaba mirando unos apuntes que tena por encima del escritorio sobre avances en bioinformtica y estaba con el tema relacionado con los microarrays. Se me ha ocurrido hacer un resumen sobre los mismos para acercaros ms sobre el tema de los Microarrays. Por ello, tengo pensado cada x das escribir una nueva entrada al respecto. Hoy empezaremos con la Introduccin yTcnicas de reparacin. El prximo da hablaremos de la Aplicacin de los biochips, Microarrays en la prctica y Ventajas e Inconvenientes. Espero, si alguien tiene informacin al respecto, que participe en esta iniciativa que se me ha ocurrido. Empecemos! Introduccin. Un microarray o biochip es una coleccin (Arrays) de pequeos fragmentos de genes unidos a la superficie de pequeos cristales (micro), o dicho con otras palabras, es un dispositivo de pequeo tamao (chip) que tiene inmovilizado material biolgico (bio), que permite la automatizacin simultnea de miles de ensayos encaminados a conocer en profundidad la estructura y funcionamiento de nuestra dotacin gentica. En ellos se integran decenas de miles de fragmentos de material gentico, de secuencia conocida y de diferente tamao, ordenados sobre un sustrato slido, de manera que forman una matriz de secuencias en dos dimensiones. Si las secuencias son cortas, se denominan microarrays de oligonucletidos, si tienen mayor tamao, chips de ADNc (ADN complementario, sintetizado a partir de ARNm). A los fragmentos inmovilizados en el soporte, se les denomina sondas (probes). Los cidos nucleicos de las muestras a analizar se pueden marcan por diversos mtodos (enzimticos, fluorescentes, etc.), incubndose posteriormente sobre la matriz de sondas, producindose una hibridacin entre las secuencias homlogas, es decir, slo las cadenas complementarias a las del chip se hibridan. Despus de la hibridacin entre las secuencias del microarray y la muestra marcada con fluorescencia, los chips son ledos en un escner, originndose un patrn de luz caracterstico y una cuantificacin de la intensidad de hibridacin de cada punto, los datos obtenidos son interpretados mediante un ordenador. Esto permite una identificacin y cuantificacin del ADN o ARN presente en la muestra, as como conocer la estructura y funcin de la dotacin gentica, tanto en los diferentes estados de desarrollo normal como patognicos del paciente. Tcnicas de Reparacin.

Diseo del biochip: durante este proceso se produce la seleccin del tipo y

cantidad de material biolgico que se va a inmovilizar sobre la superficie, que variar en funcin del tipo de experimento que se desee llevar a cabo. Se determina tambin la densidad de integracin, es decir el nmero de sondas que se desean inmovilizar sobre la superficie del chip, que se ver limitada por el mtodo de fabricacin que se desee emplear. Se seleccionan los estndares internos para el tipo de ensayo. Todas estas selecciones deben ser realizadas por el investigador en el caso de que se vaya a emplear un biochip personalizado. Fabricacin: este paso est muy diversificado como consecuencia de la gran cantidad de soluciones tecnolgicas presentes en el mercado. Este paso determina la densidad de integracin que se puede lograr en un chip. Preparacin de la muestra: en este paso estn incluidos todos los procesos que debe sufrir la muestra para ser empleada en este tipo de ensayos. Los procesos a seguir son la extraccin y purificacin del material a analizar (ADN, ARN o protenas), un proceso de amplificacin en el caso de tratarse de material gentico y por ltimo el marcaje de la muestra para permitir su deteccin en el proceso de revelado. Hibridacin y lavado: a partir de este paso el procedimiento de trabajo es prcticamente igual para los chips comerciales y para los personalizados, con algunas diferencias debidas a las diferentes soluciones tecnolgicas empleadas. Resulta un paso clave ya que en l se produce la reaccin de afinidad en la que se hibridan las hebras de ADN de la muestra marcadas para permitir su posterior identificacin, con sus complementarias inmovilizadas en la superficie del chip. Segn las condiciones en las que se produzca esta reaccin de afinidad se obtendrn mejores o peores resultados posteriormente en el proceso de revelado. El lavado se realiza para eliminar las interacciones inespecficas que se dan entre la muestra y el material inmovilizado o la superficie del biochip. Revelado: es un proceso que viene condicionado por la gran variedad de alternativas tecnolgicas diseadas para esta funcin. Entre estas soluciones las ms comunes son la utilizacin de escneres lser y cmaras CCD para la deteccin de marcadores fluorescentes con los que se ha marcado la muestra. Otra solucin algo ms econmica es la utilizacin de istopos radiactivos para el marcaje de los blancos y su posterior deteccin. Almacenamiento de resultados: tras el revelado al que se someten los biochips se debe proceder al almacenamiento de los datos obtenidos. Anlisis de resultados: etapa final de todo experimento con la tecnologa basada en biochips. A este paso llegan los datos procedentes del revelado y se presentan

en forma numrica o en forma de una imagen de 16 bits en la cual se pueden apreciar los puntos en los que la reaccin de hibridacin ha sido positiva y los puntos en los que no ha habido tal hibridacin. Es en este punto en el que se aplican una mayor cantidad de elementos de software bioinformtico destinados a la extraccin de conocimiento del experimento realizado.