El dogma central en Biologa: DNA

De DNA a mRNA: transcripcin

Escalatemporal:Ungenpromedio~1500 nucletidos~50s nucletidos ~ 50 s

mRNA

proteina

Diferentesgenestienendiferenteeficienciatranscripcional(varias polimerasaspuedentranscribirunmismogenalavez) polimerasas pueden transcribir un mismo gen a la vez)

Fidelidadtranscripcional: 1 Fid lid d t i i l 1errorcada10.000nucletidos. d 10 000 l tid (fidelidadreplicacinDNA:1errorcada10.000.000nucletidos). ExistenmecanismosdecorreccindeerroresmuyfiablestantoenDNAcomo RNApolimerasas.

ProcesadodeRNA:splicing (cut andpaste)parasepararlapartecodificante delano p g( p )p p p codificante(intrones)eneucariotas(enprocariotaslatraduccinempieza directamente).

De mRNA a proteina: traduccin.

Cdigo gentico: 3 nucletidos (codon) 1 aminocido

Combinaciones posibles: 43 = 64 (slo 4 nucletidos diferentes, A G C U) p ( , ) el cdigo gentico es redundante. (slo hay 20 aminocidos). Adaptor Ad t molecules: tRNA l l match codons i t aminoacids at ribosomes t h d into i id t ib

Escalatemporal:220aminocidosporsegundoenelribosoma DiferentesmRNAstienendiferenteeficienciatraduccional(latraduccin sepuederealizarenmuchosribosomassimultneamente). Fidelidad traduccional: 1 error cada 10.000 nucletidos.

Pero sta no es toda la historia.

Un mismo organismo puede contener clulas de muy diferente tipo, aunque el material gentico es el mismo en todas las clulas.

neurona

Miocito(msculo liso)

linfocito

Clula epitelial

Incluso un mismo tipo de clula debe responder de forma adecuada a los estmulos y cambios externos

La expresin gentica (qu genes producen proteina en cada momento) est estrechamente controlada. h l d Control transcripcional: El DNA se encuentra plegado la RNA polimerasa no plegado, siempre es capaz de unirse a la zona promotora del gen: hacen falta molculas adicionales para iniciar la transcripcin

Control posttranscripcional: La estructura del mRNA no siempre es la adecuada para iniciar la traduccin, o el mRNA puede ser anulado por otros factores (miRNAs, non coding RNAs

Control traduccional: La proteina resultante se puede inactivar, degradar por otras proteinas

Redes de regulacin: los signos sobre las rayas

Promotor Gen Y

DNA mRNA
Proteina Y RNA polimerasa Transcripcin Traduccin

En una red regulatoria los nodos (variables dinmicas de inters) son las p proteinas: Produccin de proteina (reaccin bsica)

Pero alginas proteinas regulan la expresin de otras proteinas (p ej (p.ej., actuando como factores de transcripcin)

X Y
Activators

Repressors

Signal X X*

X Y
Y Y Y
Increased transcription Increased translation

X X*

X binding site g Signal X X*

Bound repressor

X
No transcription

X*

Unbound repressor

Y Y

Asignando nmeros a las flechas: cmo podemos modelizar estas interacciones genticas bsicas? 1) Escribe las reacciones bsicas para cada una de las especies consideradas:
X (factor de transcripcin inactivo), X * (factor de transcripcin activo), P(promotor libre del gen Y), PX * (promotor con X * unido) M (mRNA), Y (proteina)

Habitualmente los factores de transcripcin estn activos cuando forman oligmeros (dos o ms molculas de X se asocian formando un complejo). 1a.- Asociacin/disciacin de molculas de X.

nX K as X n X X n K dis nX

1b.- Unin/desunin del factor de transcripcin activo al promotor del gen Y

P + X n K b (PX n )
K (PX n ) P + X n
u

1c.- Transcripcin desde el promotor libre y desde el promotor con el factor unido:

P P + M

(PXn ) (PXn ) + M
1d.1d Traduccin:

M M + Y

1d.- Degradacin de mRNA y p g proteinas:

M M

Y Y
2) Considera ligaduras:

P + PX n = PT (constante)
Nmero de promotores es constante (copy number)

3) Escribe la evolucin temporal para cada especie (variable) usando la ley de accin de masas. Ley de accin de masas: las tasas o velocidades de reaccin son proporcionales a los productos de las concentraciones de los reactivos.

La ley de accin de masas tiene un origen microscpico riguroso: Las molculas reaccionan porque se difunden y colisionan en la direccin adecuada. adecuada Las velocidades de reaccin son proporcionales a la velocidad de colisin, que d li i depende del producto de las concentraciones. d d l d t d l t i

Volumen decolisin

Vcoll R [M 1 ][M 2 ] velocidad de reaccin V

Volumen celular

Factorlimitadopor ladifusin

Gain/loss equations

dx = produccin - degradacin dt

dY = M Y Y dt dM = P + (PXn ) M M dt M
3) Considera las diferentes escalas temporales de las reacciones:
Escalas temporales tpicas en E coli (orden de magnitud) E. Activacin de un factor de transcripcin Unin de un factor activo a su lugar en el DNA Transcripcin+traduccin del gen Degradacin de proteina ~ 1 msec ~1 sec ~ 5 min. ~ 1h (un ciclo de vida celular)

Asumimos que las reacciones rpidas estn en equilibrio con respecto a las lentas, l t y no las consideramos como variables dinmicas. l id i bl di i

X n kas dX n = kdis X n kas X 0 n = Kact dt X kdis

Definiendo de esta forma constantes de equilibrio para todas las variables rpidas podemos eliminarlas. Activadores

Asumamos que la transcripcin del gen Y slo es posible cuando un factor de transcripcin p p activo est unido al promotor.

dM = (PXn ) M M dt

Podemos usar los equilibrios de las reacciones rpidas y las ligaduras para expresar la velocidad de produccin de mRNA en trminos de X y las constantes de equilibrio:

dM Xn = n M M n dt Kx + X
Funcin de Hill

K xn Umbral n Coeficient e de Hill

4) ltimo paso: aproximacin cuasi-estacionaria para mRNA

dM 0 dt d

Esto requiere que la velocidad de degradacin de mRNA << velocidad de degradacin de proteina (se suele cumplir) cumplir).

dY Xn = act YY n n dt Kx + X
Represores
Asume que la transcripcin del gen Y slo es posible con el promotor libre

dY = rep dt

1 YY n X 1+ n K x

Funcin de Hill represora

Interacciones entre genes se pueden cuantificar con funciones sigmoidales (Hill) con slo dos parmetros (umbral d activacin/represin y l d t ( b l de ti i / i cooperatividad) Este es el caso ms sencillo, pero ni mucho menos el nico.

Regulacin combinatoria por factores R l i bi t i f t de transcripcin

Especialmente en eucariotas, varios factores de transcripcin pueden regular la expresin gentica, dando gentica lugar a puertas lgicas complejas.

L. Bintu et al., Transcription regulation by the numbers: models. Current Opinion in Genetics and Development (2005) 15: 116124. N. E. Buchler et al. On schemes of combinatorial transcription On logic. PNAS (2003) 100: 5136.

Pero tambin en procariotas:

A.Mayoetal.,PlasticityofthecisRegulatoryInputFunctionofaGene,PLoS Biology(2006)

E. Coli usual (wild type)

E. Coli mutada (puerta OR)

E. Coli mutada (puerta AND)