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Gnralits
Indications: diarrhe aigu Selon loms: diarrhe aigu = mission dau moins 3 selles liquides et/ou molles par jour depuis moins de 14 jours Si volution > 2 semaines: diarrhe persistante
Gnralits
Toutes les diarrhes aigus ne sont pas infectieuses Les diarrhes infectieuses ne sont pas toutes bactriennes Au final Interrogatoire minutieux
Aspect selles
Symptmes associs Terrain
Gravit
volution clinique
Gnralits
Flore commensale du tube digestif: Bactries anarobies (99%) Bactries arobies: entrobactries+++
Jeunes enfants nourris au lait maternel: Bactries acidophiles (Bifidobacterium, Lactobacillus, Enterococcus) qui s'opposent l'implantation des entrobactries par la cration d'un ph acide
Gnralits
Cette flore va progressivement se modifier en fonction des habitudes alimentaires Rle de l'environnement: hospitalisation: bactries typiquement d'origine hospitalire (Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus) dans la flore intestinale
Gnralits
Les mcanismes physiopathologiques varient selon les bactries impliques -Les bactries entro-invasives -Les bactries entrotoxinognes
Celles qui scrtent sur place les toxines au niveau de l'intestin grle
Celles qui scrtent leurs toxines dans laliment ingre: TIAC
Shigella
Pntration dans la muqueuse colique
Multiplication - ulcrations Clinique: douleurs abdominales et coliques Tnesme, fivre Diarrhe sanglante, glaireuse Bactrie strictement humaine Pas de portage
Salmonella
Salmonella responsable de la fivre typhode:
- Multiplication dans les ganglions lymphatiques septicmie - localisations secondaires
Salmonella
Salmonella responsable des fivres paratyphodes:
- Tableau dentrite fbrile - Multiplication dans les ganglions msentriques - Complications septiques et localisations secondaires possibles surtout chez les patients affaiblis
- Rservoir lanimal
Salmonella
Salmonella responsables des gastro-entrites simples
- Spontanment rsolutives
Campylobacter
Seconde cause de gastro-entrites fbriles en Europe
pidmiologie mal connue en Afrique Rservoirs: oiseaux+++, porc Contamination par voie digestive Tableau de colite ulcreuse ou pseudo membraneuse: fivre leve et diarrhe mucosanglante Complications possibles: cholcystite, arthrite
Yersinia enterocolitica
- Tableau de gastro-entrite fbrile avec
douleurs abdominales et diarrhe sanglante ou non - Parfois tableau de pseudo appendicite - Porte dentre alimentaire - Hte danimaux de boucherie
Escherichia coli
E. Coli entro-pathognes (E.P.E.C):
nouveau-ns et les jeunes enfants selles liquides avec mucus, fivre et dshydratation pathognie: bactries senchssent et dtruisent les cellules en brosse de la muqueuse intestinale Srogroupes O dfinis : 20, 26, 44, 55, 86, 111, 114, 119, 125, 126, 127, 128, 141, 158
Escherichia coli
Escherichia coli ntroinvasif (EIEC):
Pouvoir pathogne identique celui des Shigella Srogroupes O : 28, 32, 112, 115, 124, 136, 143, 144, 147, 152, 164
Staphylococcus aureus
Rare et suit le plus souvent un traitement ayant slectionn le germe
Fivre et diarrhe muco-sanglante
Germes toxinognes
Germes toxinognes
Clostridium difficile
Tableau de colites pseudo-membraneuses induites par les antibiotiques
Diarrhe mucosanglante et formation in situ de pseudo-membranes Commensale de la flore normale de lenfant et plus rarement de ladulte
Germes toxinognes
Vibrio
Vibrio cholerae
Scrtion dune entrotoxine thermolabile Toxine cholrique Diarrhe aqueuse massive afcale, avec des grains riziformes et odeur de poisson Maladie strictement humaine
Germes toxinognes
Vibrio
Entrites sporadiques
Pas de contamination secondaire
Germes toxinognes
Vibrio
Vibrio parahaemolyticus
diarrhes aqueuses + vomissements Consommation de poissons, fruits de mer crus Germe marin Pas de transmission inter humaine
Germes toxinognes
Escherichia coli
Escherichia coli entrotoxinognes (ETEC)
Toxine thermolabile LT proche de celle du cholra Et / ou une toxine thermostable Toxine: cholra-like Diarrhe modre ou peu svre Contamination alimentaire: diarrhe des voyageurs
Staphylococcus aureus
Souches productrices dentrotoxines
Toxine partiellement thermostable dans les aliments (ptisseries, mayonnaise, plats cuisins contenant de la crme) toxine produite dans les aliments lors de la croissance du germe
Autres
Clostidium perfringens type A
Diarrhe avec douleurs intestinales intenses Courte dure et bon pronostic Bacillus cereus: Vomissements intenses + diarrhe sans fivre Toxine thermostable ou toxine thermolabile prsente dans laliment
Cas particuliers
Germes retrouvs chez le nouveau-n
Streptococcus agalactiae et Listria monocytogenes, Escherichia coli Germes chez le nourrisson hospitalis Staphylococcus aureus, Bacilles gram ngatif en culture pure
Cas particuliers
Chez les immunodprims hospitaliss
On recherche la prsence : - dune bactrie gram ngatif largement dominante, - de germes potentiellement pathognes (Pseudomonas, Staphylococcus aureus, levures)
Cas particuliers
Recherche de BMR
Chez malades hospitaliss dans services risque (ranimation, ou onco-hmatologie)
Objectifs
- Mettre en vidence des germes qui ont un rle pathogne chez un malade au sein dune flore complexe
. Germes pathognes par eux-mmes (nombre
importance relative crer un dsquilibre fonctionnel - Mettre en vidence des germes qui sont prsents chez un porteur sain
Types de coproculture
Yersinia
Campylobacter
Coproculture oriente
En vue dune recherche dtermine : Vibrio cholerae Listeria monocytogenes Mycobacterium tuberculosis
Dmarche au laboratoire
Prlvement
Prlvement
Selles fraichement mises:
Recueil
Prlvement
Transport
Achemin sans dlai au laboratoire
Sinon milieux de transport: Cary blair+++ Glycrine tamponne Milieu de Stuart Papier filtre sch
Conservation
12h +4c
Dessiccation Prolifration des bactries commensales carts de ph
Prlvement
Prlvement
Bulletin danalyse
Doit accompagner tout prlvement
Indications cliniques: ge fivre sjour en zone dendmie cas dans lentourage traitement pris Recherche particulire doit tre prcis
Examen macroscopique
Selles liquides fcales jus de melon afcales eau de riz gairo-sanglantes ou sanglantes muqueuses pseudomembranes Selles pteuses
Examen direct
- Dposer sur une lame une petite goutte de mucus fcal ou de selle liquide ajouter un gal volume de bleu de mthylne ou de lugol Mlanger avec une baguette de bois
recouvrir dune lamelle, laisser la coloration se faire pendant 2 3 minutes examiner lobjectif 40
- Dposer sur une lame une petite goutte de mucus fcal ou de selle liquide ajouter un peu deau physiologique recouvrir dune lamelle
examiner lobjectif 40
Culture - Identification
Mise en Culture
Ensemencement
Dure variable
Mise en culture
Milieux disolement Glose slective: SS, TCBS, CIN, CCDA, Karmali. Milieux denrichissement Bouillons Slnite, Rappaport, EPHA Repiquage sur milieux slectifs
Identification
Lecture
Identification
Identification biochimique
Galeries en tubes
Galeries miniaturises Identification antignique Srogroupe Srotype Biotypes Antibiogramme Tests de sensibilit aux antibiotiques
Identification
Coproculture classique
Examen microscopique
leucocytes +/hmaties +/-
dsquilibre de la flore en faveur des Gram Culture Milieux slectifs lactoss: EMB Milieu sorbitol-mac conkey (E. Coli O157)
Colonies suspectes:
EMB: colonies plates bleues fonces avec un clat mtallique en lumire rflchie Milieu sorbitol-mac conkey: colonies incolores (sorbitol ngatif)
Examen microscopique
prsence de leucocytes dsquilibre de la flore en faveur des Gram Culture Milieux slectifs: CIN (cefsulodine-irgasan novobiocine) Bouillon denrichissement: incubation +4C Milieux lactoss des entrobactries
Milieu CIN: colonies de 1 mm de diamtre, centre rouge entoures dune zone translucide
Milieu de MacConkey: colonies incolores
mobiles 25 C, immobiles 37 C
Caractres biochimiques: Urase positive lactose ngatif saccharose positif VP, ONPG, ODC gnralement positifs 28 C et ngatifs 37 C
Examen microscopique
absence de leucocytes bacilles mobiles polaires vol de moucheron Culture Milieux slectifs: TCBS, GNA Bouillon denrichissement: EPHA
Identification
Recherche de Campylobacter
Recherche de Campylobacter
Prlvement: pas dcouvillonnage Examen macroscopique Examen microscopique
Recherche de Campylobacter
Milieux de culture
Milieu de Butzler
Milieu de Karmali Milieu de Preston
Glose au sang
Glose Columbia au sang de mouton
Recherche de Campylobacter
Culture
Recherche de Campylobacter
Culture Mthodes de filtration passive Filtre en actate de cellulose + pores de 0,45 0,65 microns Etale sur une glose au sang Pendant 30 mns 37C Passage des Campylo grce leur mobilit et leur petite taille (0,2 0,4 Um) Glose incube 37C en atmosphre micro arophile Lecture quotidienne pendant 10 jours
Recherche de Campylobacter
Recherche de Campylobacter
Lecture
Recherche de Campylobacter
Identification Catalase Oxydase Test au KOH Hydrolyse de lhippurate Hydroxyle de lindoxyle actate Production dH2S Rduction des nitrates en nitrates Croissance 25 et 42C
Recherche de Campylobacter
C jejuni Oxydase + Catalase + Hippurate + Indoxyl + acetate H2S V Nitrates + 25/42C -/+ CF R NA V
C doylei + V + + -/faible R S
C coli + + + V + -/+ R S
C fetus + + + +/V S R
Slectionner de spores de C. Difficile par chauffage dun chantillon de selles pendant 10 mn 80c,
Traitement de cet chantillon par une solution de thioglycolate de sodium Suspension ensuite tale sur milieux TGY Incubation en anarobiose pendant 24 48 h
Autres recherches
Autres recherches
Recherche de staphylocoque Culture facile sur milieu de chapman Pas dantibiogramme sur les staphylocoques isols des selles Intoxication et non dinfection Antibiothrapies abusives qui modifient la flore
normale
Autres recherches
Recherche de Listria monocytogenes
Autres recherches
Recherche de Listria monocytogenes
Autres recherches
Recherche de Listria monocytogenes
Autres recherches
Recherche de Listria monocytogenes
catalase positive esculine positive fermente le glucose pousse + 4C
Recherche de BMR
Recherche de BMR
Entrobactries rsistantes aux C3G
Recherche de BMR
Entrobactries rsistantes aux C3G
Identification biochimique
Distinction EBCASE/BLSE: test de synergie ac. Clavulanique/C3G ( bouchon de champagne ) CMI (e-tests)
Recherche de BMR
Entrocoques rsistants la vancomycine Milieux spciaux supplment en vancomycine Bouillons: enterococcosel, esculine Gloses: glose bile/esculine BHI agar Vancomycine screen agar
Recherche de BMR
Entrocoques rsistants la vancomycine
Germes les plus frquemment isols Salmonella Staphylococcus aureus Clostridium perfringens Recherche de bactries et/ou toxines
Conclusion
Lantibiogramme des bactries isoles des matires fcales doit tre systmatique, mais ne doit pas inciter une antibiothrapie Cela permet de dpister lapparition de rsistances nouvelles
Conclusion
La prsence des bactries pathognes dans les selles nimplique pas de maladie Une recherche ngative nimplique pas labsence de maladie
Ne pas rpondre pas de bactries entropathognes mais doit donner la liste des bactries effectivement recherches, par exemple : recherche de Salmonella, Shigella, Yersinia, Campylobacter ngative