ESTRUCTURA TRIDIMENCIONAL DE LAS PROTEINAS

PROTEINAS NATIVAS. TIENEN UNA CONFORMACION BIEN DEFINIDA

INICIO

FINAL

LA CONFORMACION DE UNA PROTEINA ESTA ESTABILIZADA PRINCIPALMENTE POR INTERACCIONES DEBILES Una cadena polipeptdica determinada puede asumir incontables conformaciones diferentes, lo que hace que su estado desplegado se caracterice por un alto valor de entropa (S) conformacional Este valor de la entropa, junto con las interacciones por enlace de hidrogeno de muchos de los grupos de la cadena polipeptdica con el disolvente (agua), tiende a favorecer el mantenimiento del estado desplegado Entre las interacciones qumicas que contrarrestan estos efectos y estabilizan la conformacin nativa se incluyen los enlaces disulfuro y las interacciones dbiles (no covalentes: enlaces de hidrogeno, interacciones hidrofobicas, inicas y de Van der Waals)

A pesar de ser los enlaces covalentes mucho mas fuertes, son las interacciones dbiles las que tienen mas importancia como fuerza estabilizadora de la estructura de las protenas gracias al gran numero en que se encuentran presentes. En general, la conformacin proteica de menor energa libre (es decir la mas estable) es la que posee el mayor numero de interacciones dbiles

La contribucin de las interacciones dbiles a la estabilidad de las protenas puede entenderse a partir de la consideracin de las propiedades del agua En su seno existe una compleja red de molculas de agua unidas por puentes de hidrogeno. El agua posee el mayor potencial de formacin de enlaces de hidrogeno, y las dems molculas presentes en una disolucin acuosa rompern en cierto modo la red de enlaces de hidrogeno del agua. La optimizacin de los enlaces de hidrogeno alrededor de una molcula hidrofobica tiene como resultado la formacin de una capa de solvatacin de agua altamente estructurada en la inmediata vecindad, lo que produce un descenso desfavorable en la entropa del agua La asociacin entre grupos polares e hidrofobicos hace que se reduzca esta capa de solvatacion estructural y por lo tanto se produzca un aumento de entropa favorable. El termino entropa es la principal fuerza directora termodinmica de la asociacin de grupos hidrofobicos en disolucin acuosa; por esta razon, las cadenas laterales hidrofobicas de aminocidos tienden a empaquetarse en el interior de la protena, evitando su interaccin con el agua

La formacin de puentes de hidrogeno e interacciones inicas en una protena son tambin procesos dirigidos en gran medida por el mismo efecto entropico Los grupos polares pueden formar normalmente enlaces de hidrogeno con el agua, y son por lo tanto solubles en ella. Sin embargo, el numero de puentes de hidrogeno por unidad de masa es generalmente mayor en el agua pura que en cualquier otro liquido o disolucin, y existen limites a la solubilidad de incluso las molculas mas polares, a causa del decremento neto de enlaces de hidrogeno que se produce cuando estn presentes En consecuencia, y hasta cierto punto, tambin alrededor de las molculas polares se formara una capa de solvatacion de agua estructurada A pesar de que la energa de formacin de enlaces de hidrogeno o interacciones inicas intramoleculares entre dos grupos polares de una macromolcula equivale prcticamente a la eliminacin de las interacciones entre estos mismos grupos y el agua, la desestructuracion del agua al producirse la interaccin intramolecular proporciona una fuerza entropica directora del plegamiento La variacin neta en energa libre que se produce al formarse interacciones dbiles en el interior de las protenas es por lo tanto, y mayoritariamente, una consecuencia del aumento en entropa en la disolucin acuosa circundante

Entre los diferentes tipos de interacciones dbiles, las interacciones hidrofobicas juegan un papel especialmente importante en la estabilizacin de la conformacin de las protenas; el interior de una protena es generalmente un ncleo densamente empaquetado de cadenas laterales hidrofobicas de aminocidos Tambin es importante que cualquier grupo polar o cargado situado en el interior de la protena tenga cerca otros grupos adecuados para el establecimiento de enlaces de hidrgeno o interacciones inicas La contribucin aparente de un enlace de hidrogeno a la estabilidad de la estructura nativa es pequea, pero la presencia de un nico grupo con potencial de formacin de puente de hidrogeno sin la pareja adecuada en el interior hidrofobico de la protena puede ser tan desestabilizante como para hacer que las conformaciones que presenten estos grupos sean a menudo imposibles de adoptar termodinmicamente

H2O H2O > No. interacciones H2O Otro (hidrfobo o incluso de < No. de interacciones naturaleza polar) DESPLEGADO Alta capa de rea de solvatacin: Mayor orden (menor entropa)

PLEGADO Menor capa de rea de solvatacin Menor orden (mayor entropa)

ESTRUCTURAS SECUNDARIAS DE LAS PROTEINAS: HELICE CONFORMACION

Las protenas se clasifican en: PROTEINAS FIBROSAS: Sus cadenas polipeptdicas se ordenan formando largos filamentos u hojas Llevan a cabo importantes funciones estructurales en la anatoma y fisiologa de vertebrados, proporcionndoles proteccin frente al exterior, soporte, estructura y forma Suelen estar formadas principalmente por un nico tipo de estructura secundaria PROTEINAS GLOBULARES: Sus cadenas polipeptdicas se pliegan en forma esfrica o globular La mayor parte de enzimas y hormonas peptidicas son protenas globulares A menudo contienen varias tipos de estructuras secundarias

Los carbonos de los aminocidos adyacentes se encuentran separados por 3 enlaces covalentes, ordenados as:

O
1 2 3

Estudios indicaron que el enlace amida C-N de una amina de un pptido es ligeramente mas corto que el enlace C-N de una amina simple, y que los tomos asociados con el enlace son COPLANARES

N=5 O=6

Esto indica la existencia de una resonancia, es decir, que el oxigeno carbonilico y el nitrgeno amida compartian parcialmente 2 pares de electrones

.. .. ..

..

..

..

El oxigeno tiene una carga parcial negativa y el nitrgeno positiva, formando un pequeo dipolo elctrico Los 4 tomos del enlace peptdico se encuentran en el mismo plano, de modo que el tomo de oxigeno del grupo carbonilico y el tomo de hidrogeno del nitrgeno amida se hallan entre ellos en posicin TRANS Los enlaces amida C-N no pueden rotar libremente a causa de su carcter parcial de doble enlace

El esqueleto polipeptdico de una protena puede visualizarse por tanto como una serie de planos rgidos separados por grupos METILENO SUSTITUIDOS

La rigidez de los enlaces peptidicos limita el numero de conformaciones que un polipeptido puede adoptar

PUENTES DE HIDROGENO

PI=3.22

ENLACES IONICOS

PROBLEMA DE CONFORMACION

H
1

EXTREMO CARBOXILO TERMINAL

EXTREMO AMINO TERMINAL

Es la conformacin mas extendida posible de las cadenas polipeptdicas El esqueleto de la cadena polipeptdica se encuentra extendida en forma de zig-zag en lugar de plegarse como una hlice En la conformacin , los enlaces de hidrogeno pueden ser INTRAcatenarios o bien INTERcatenarios, entre los enlaces peptidicos de cadenas polipeptdicas adyacentes Los grupos R de aminocidos adyacentes sobresalen de la estructura de zig-zag en direcciones opuestas, dando lugar a la alternancia

CODOS O GIROS Se encuentran a menudo en aquellos lugares en los que una cadena polipeptdica cambia abruptamente su direccin (estos giros suelen conectar los extremos de segmentos adyacentes en una hoja plegada antiparalela Esta estructura forma un giro cerrado de (~180) en el que estan involucrados 4 aminoacidos Los grupos peptidicos que flanquean el primer aminocido estn unidos por puentes de hidrogeno con los grupos peptidicos que flanquean el cuarto A menudo se encuentran residuos de Gly y Pro en los giros En el caso de la glicina ello es debido a que es un residuo pequeo y flexible Mientras que para Pro es la facilidad con que los enlaces peptidicos en los que participa el nitrgeno imino de la prolina adoptan la configuracin CIS, particularmente adecuada para la formacin de un giro cerrado Los giros se encuentran a menudo en la superficie de las protenas

PROLINA

Puente Hidrogeno

PUENTES DE HIDROGENO

(DESNATURALIZANTE)

1) El sustrato polipeptidico se une de una forma no covalente con las cadenas laterales del bolsillo hidrofobico

2) Se transfiere H+ desde Ser a His. El sustrato forma un estado de transicin tetradrico con la enzima

3) Se transfiere H+ al fragmento C-terminal, que se libera por la ruptura del enlace C-N. el pptido N-terminal esta unido a travs de un enlace acilo a la serina

4) Una molcula de agua se une a la enzima en lugar del polipeptido separado

5) La molcula de agua transfiere su protn a His 57 y su OH al fragmento de sustrato restante. De nuevo se forma un estado de transicin tetradrico

6) Se libera el segundo fragmento peptdico: se rompe el enlace acilo, el protn se transfiere de nuevo desde His a Ser, y la enzima vuelve a su estado inicial

Desde un punto de vista funcional se distinguen: Protenas monomricas: constan de una sola cadena polipeptdica, como la mioglobina. Protenas oligomricas: constan de varias cadenas polipeptdicas. Las distintas cadenas polipeptdicas que componen una protena oligomrica se llaman subunidades, y pueden ser iguales o distintas entre s. Un ejemplo es la hemoglobina, formada por 4 subunidades, cada una representada de distinto color en la figura inferior.

En cuanto a su forma molecular, podemos distinguir: protenas globulares: la cadena polipeptdica aparece enrollada sobre s misma dando lugar a una estructura ms o menos esfrica y compacta. protenas fibrosas: si hay una dimensin que predomina sobre las dems, se dice que la protena es fibrosa. Las protenas fibrosas, por lo general, tienen funciones estructurales.

Desde un punto de vista qumico, existen dos grandes grupos de protenas: protenas simples: formadas exclusivamente por a-aminocidos, como es el caso de la ubiquitina, una proteasa intracelular formada por 53 AA. protenas conjugadas: que contienen adems de la cadena polipeptdica un componente no aminoacdico llamado grupo prosttico, que puede ser un azcar, un lpido, un cido nucleico o simplemente un in inorgnico. La protena en ausencia de su grupo prosttico no es funcional, y se llama apoprotena. La protena unida a su grupo prosttico es funcional, y se llama holoprotena (holoprotena = apoprotena + grupo prosttico). Son protenas conjugadas la hemoglobina, la mioglobina, los citocromos, etc. En la figura inferior derecha se representa el citocromo c, donde el grupo prosttico (representado en color verde) es el grupo hemo.