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Bioqumica Aplicada
METABOLISMO MICROBIANO
Los ingenieros debemos ver la clula como un micro-reactor. METABOLISMO. Es el conjunto de procesos por los cuales una clula obtiene la energa y los nutrientes que necesita para vivir y reproducirse.
Tipos de metabolismo
metabolismo primario. Implica producir la energa, y nuevas molculas que necesita para sus acciones vitales de supervivencia y reproduccin. metabolismo secundario. La formacin de productos es consecuencia de una serie de reacciones internas que la clula realiza como una forma de defensa
PRINCIPIOS DE BIOENERGETICA
Bioenergtica o termodinmica bioqumica Procesos endergnicos: se manifiestan durante los procesos anablicos; requieren que se le aada energa a los reactivos (sustratos o combustibles metablicos Procesos exergnicos: se libera energa como resultado de los procesos qumicos (ej, el catabolismo de macromolculas) Las reacciones endergnicas se llevan a cabo con la energa liberada por las reacciones exergnicas.
Acople catabolismoanabolismo
TRANSPORTADORES DE ENERGA
Compuestos ricos en energa: Adenosina trifosfato ( ATP ) Guanosina trifosfato ( GTP ) Acetil fosfato cido 1,3-difosfoglicrido cido fosfoenolpirvico ( PEP )
endergnica
Ciertas coenzimas actan transportando estos electrones desde las sustancias que se oxidan a las que se reducen: los transportadores de electrones
TRANSPORTE DE NUTRIENTES
Sucede a travs de la membrana celular. Los lpidos restringen el paso de sustancias solubles en agua (polares). El agua es una excepcin por tener un pequeo volumen molecular
MEMBRANA CELULAR
Tipos de transporte
Difusin pasiva Mecanismos de transporte Difusin facilitada Transporte activo: (cambio conformacional, translocacin de grupos)
Difusin
Transporte activo
Requiere gasto de energa para transportar la molcula de un lado al otro de la membrana. Ocurre contra el gradiente de concentracin. La clula utiliza ATP como fuente de energa.
Combinaciones
Los quimiolitoauttrofos obtienen energa de la oxidacin de compuestos inorgnicos y carbono de la fijacin del CO2. Ejemplos: bacterias nitrificantes,
bacterias oxidantes del azufre, bacterias oxidantes del hierro,etc.
Los fotolitoauttrofos obtienen energa de la luz y carbono de la fijacin del CO2, usando compuestos inorgnicos como equivalentes reductores.
Ejemplos: Cyanobacteria (agua como equivalente reductor), Chlorobiaceae, Chromaticaceae (sulfuro de hidrgeno ).
Combinaciones
Los quimiolitohetertrofos obtienen energa de la oxidacin de compuestos inorgnicos, pero no pueden fijar CO2. Ejplo: algunos Nitrobacter spp., Wolinella (con
hidrgeno como equivalente reductor), algunas bacterias oxidantes del hidrgeno.
Los fotoorganotrfos obtienen energa de la luz y el carbono y los equivalentes orgnicos. reductores de compuestos
Quimiolitotrofos o quimiosintticos
procesos qumicos
Quimioorganotrofos
procesos qumicos
I. CATABOLISMO QUIMIOHETEROTROFO
Sustratos: glucosa, lpidos, protenas Cuando degrada sustratos orgnicos (organtrofos), utiliza diferentes rutas como:
gliclisis, va pentosa fosfato, va hexosamonofosfato (de Warbur-Dickens) , va de Entner-Duodoroff
GLICOLISIS GLUCOGENESIS
GLICLISIS
Va principal de utilizacin de la glucosa El metabolismo de Glu se interrelaciona con el metabolismo de lpidos y protenas Conjunto de Px Qumicos Glucosa Glucosa aerobias anaerobia Piruvato Lactato
1.1. GLICOLISIS
Esta ruta presenta las siguientes caractersticas: - Se lleva a cabo en el citosol. - Se da en todas las clulas. - No requiere de oxgeno (Ruta anaerbica). - Todos los intermediarios entre glucosa y piruvato estn fosforilados. - Se lleva a cabo en 10 pasos (hasta piruvato) cada uno catalizado por una enzima diferente. - Tiene un rendimiento neto de 2 ATP.
GLICOLISIS
ENZIMAS: 1. Hexoquinasa 2. Glucosa fosfato isomerasa 3. Fosfofructoquinasa 4. Aldolasa 5. Triosa fosfato isomerasa 6. Gliceraldehido 3 fosfato deshidrogenasa 7. 3 fosfoglicerato quinasa 8. Mutasa 9. Enolasa 10. Piruvato quinasa
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
GLICOLISIS FASE I
ENZIMAS: 1. Hexoquinasa 2. Glucosa fosfato isomerasa 3. Fosfofructoquinasa 4. Aldolasa 5. Triosa fosfato isomerasa
GLICOLISIS FASE II
ENZIMAS: 6. Gliceraldehido 3 fosfato deshidrogenasa 7. 3 fosfoglicerato quinasa 8. Mutasa 9. Enolasa 10. Piruvato quinasa
10
VA FOSFOGLUCONATO
Produce ribosa-5-Fosfato para sntesis de Ac. Nucleicos; Muchos azcares con carbonos 6 (triosas, pentosas, heptosas) brindan la oportunidad de dar energa y convertirse luego en gliceraldehido o fru-6- P . Esta ruta propicia la formacin de NADPH2 agentes reductores ms importantes de la clula sntesis de colesterol hormonas
Va alternativa Fru-6- P
ATP ADP
<ahora Fructo-6-Fosfato si es quinasa sustrato> Enzima limitante de Aldolasa la Velc. Va Glicoli.
Glu-6-P P Fosfoglucolisomerasa
Hexoquinasa
Mg+2
Mg+2
Fru-1,6 Bi
En hgado es una enzima muy activa, fosforila en posicin 6 a la glucosa; es una enzima universal de organismos vivos. Requiere ATP y Mg+2 y trabaja a conc. Bajas de glucosa.
1 Glu 2(GA3 P] GA 3 P NAD+ Es el nico que continua la va metablica Oxidacin y fosforilasa del GA3 P a pH 7.3 fisiolgico estn ionizados . . . Se denominan Sales Es la 1ra. Rx va Glicoltica donde se forma ATP Pasa a la sangre, hgado y es captado donde es convertido a glucosa Gluconeo-gnesis Lactato Ac. Lctico 2 PG Glicerato H2O NAD+
Di OHA P
VIA GLICOLITICA Funciona en todos los organismos vivos animales y vegetales eucarioticos y procarioticos. Todas las enzimas estn en el Citosol.
NADH2
Ac. 1.3 DPG 1.3 DP Glicerato Difosfogli- Mg+2 ceroquinasa APD Fosforizacin a nivel del ATP sustrato 3P Glicerato
Glicolisis 1mol Glucosa 2ml Ac. lctico Inhibidor Complejo; Fluoruro Fosfato unido al Mg Todas las Isoenzimas requieren Mg La fosferilzacin de Glu es irreversible. Enolasa
Mg+2
Tiene el mayor potencial energtico de todos los componentes tiene enlace fosfato de alta energa
ADP
ATP
M IT OC ON D
NADH2 Mg+2 Mn
Deshidrogenasa lctica
RI A
Piruvato Quinasa
C. Krebs.
Reduccin piruvato a Lactato es en escasa conc. O 2.; permite a la Gliclisis seguir funcionando
R ND O C TO MI
IA
Ac. Fosfoerol Piruvato Quinasa Ac. Pirvico Pirvico Piruvato ADP ATP
Piruvato deshidrogenasa COOH C=0 HSGA CO2 Descarboxilacin oxidativa del Piruvato
H3CO-CO N SCoA
NAD NADH2 Acetil coenzima A
CH3
piruvato
CICLO DE KREBS
Si NADH2 no fuera reoxidado la gliclisis anaerobia podra de tenerse cuando todo NAD existente en el citosol se hubiese reducido.
Fosfogliceroquinasa
2 ATP
Se consumen 2 ATP
..
Proc. Exergnico Glu 2 Lactatos AG = - 47 Kcal/mol Proc. Endergnico 2ADP + 2Pi 2ATP + 2H2O G = +14.6 Kcal/mol
Rendimiento energtico
FASE I:
2ATP BALANCE ATPs: 2 ADP
C6
2 G3P
2 C3P
-2 ATP
FASE II:
2 Pi 4 ADP
2 G3P
2 C3P
2P
4 ATP
2 C3
DESTINO DEL PIRUVATO Glucosa Reduccin Piruvato Transaminacin Carboxilacin Alanina Oxalacetato Descarboxilacin Oxidativa Acetil Co A Lactato
FERMENTACION ALCOHOLICA
FERMENTACION LACTICA
cido succnico
cido pirvico
cido actico
Alcohol etlico
cido actico
CO2
H2
Protena
Alanina
Mitocondria
1.2. VIA PENTOSA FOSFATO Funciones y significacin biolgica. Las clulas necesitan pentosas (ribosa-5-P) para la sntesis de cidos nucleicos y de coenzimas y poder reductor (NADPH) para la biosntesis de cidos grasos y otros compuestos. Estas molculas se obtienen degradando glucosa-6-P por la va de las pentosas-P Las principales funciones de la va de las pentosas fosfato son: -generar NADPH y - sintetizar azcares de cinco carbonos (PENTOSAS-P).
reacciones que procuran un amplio conjunto de azcares fosforilados, interconvirtiendo las pentosas-P entre si, y finalmente en hexosas-P. Se producen un conjunto de reacciones de: isomerizacin y epimerizacin, que transforman a la ribulosa-5-P a ribosa-5-P y xilulosa-5-P.
TRANSALDOLIZACIONES Y TRANSCETOLIZACIONES, que acaban formando fructosa-6-P y gliceraldehido-3-P; ambos se pueden incorporar a las vas glucoltica/gluconeognica.
Los glcidos formados se incorporan a reaciones glicolticasgluconeognicas, en dependencia de las necesidades celulares.
VA PENTOSA FOSFATO
1.3. Va de fosfocetolasa
Vas catablicas de degradacin de azcares en bacterias lcticas. A) Va homofermentativa o de Embden-Meyerhoff B) Va heterofermentativa o de la fosfocetolasa
La
va de Entner-Doudoroff
reaccin general es
de fermentacin. La
RESPIRACION Proceso por el cual la clula microbiana libera la energa almacenada en los alimentos. Este proceso ocurre en las mitocondrias de la mayora de las clulas eucariotas o en la membrana celular de las clulas procariotas Puede ser:
Aerobia anaerobia
Opcione s
Estructura de mitocondria
Respiracin aerobia
C C C C C C
GLUCOSA
CCC CCC CC
E
C
CC
CC CC
C
RESPIRACION CELULAR
FASE I FASE II
FASE III
Coenzima-A. (Co-A)
Mercaptol------ac. Pantotenico- Adenina 3P
NADH+ H
CO2
ACETIL - S - CoA 2C
NADH+
FASE II
Enzimas :
1. Citrato sintasa 2. Aconitasa 3. Isocitrato deshidrogenasa 4. cetoglutarato deshidrogenesa 5. Succinil-SCoA sintetasa 6. Succinato deshidrogensa 7. Fumarasa 8. Malato deshidrogenasa
DE KREBS
CICLO DE KREBS Funcin principal: oxidar completamente acetil CoA h hasta CO2 y H2O. Se realiza en la Mitocondria. Esta intimamente ligado a la Cadena Respiratoria (H2 producidos en oxidaciones del ciclo son aceptados por los transportadores de la Cadena Respiratoria para ser llevados hasta O2, en este transporte se libera energa que es utilizada para sntesis ATP. Enzimas que participan estn en la Matriz mitocondrial. Succinato Deshidrogenasa mitocondrial. que est membrana
1 Sntesis Citrato
2 NADH2 HSCoA CO2 2 Piruvato
Piruvato Deshidrogenasa
NAD
NADH2 Oxalacetato
NADH2
NAD Malato
O2
H2O Fumarato
T 2A
1A T P
FADH2 FAD
AD P
Succinato
Citrato Sinteasa cataliza la condensacin del: Monoflor acetil CoA con Acetil CoA + Oxalacetato Citroil CoA Citrato H2O HSCoA
2 Isomerizacin Citrato a Isocitrato Se realiza en 2 etapas: Citrato H2O Cis-aconitato H2O Isocitrato
3 Deshidrogenacin y Descarboxilacin del Isocitrato Se realiza en 2 etapas: NAD Isocitrato NADH2 Oxalsuccinato CO2 Cetoglutarato
Se produce NADH2 que interreacciona con la Cadena Respiratoria y se libera 1 mol CO2 4 Descarboxilacin Oxidativa Cetoglutarato Cetoglutarato + NAD+HSCoA Succinil CoA + CO2 + NADH2
Succinil CoA contiene enlace de alta energa Se libera 2 molcula de CO2 Se produce NADH2 que interreacciona con la Cadena Respiratoria.
5 Desacilacin Succinil CoA Succinil CoA. Pierde CoA por accin de la succini CoA sinteasa que cataliza ruptura enlace tioester rico en Enga. Puente en succinil CoA. La ruptura del Enlace tioester est asociada a la fosforilacin GDP. Formacin GTP, es un ejemplo de fosforilacin a nivel de sustrato. Succinil CoA + GDP + Pi Succinato GTP
Es la nica Rx del C.K. donde se produce un enlace fosfato de Alta Energa directamente. GTP + ADP Nucleosido difosfato Quinasa ATP + GTP
6 Deshidrogenacin del Succinato Aceptar de H2 el FAD grupo prosttico de la enzima que transfiere los H2 a CoA y sigue la cadena respiratoria. En la transferencia H2 se sintetiza 2ATP. La succinato deshidrogenasa se halla fuertemente unida a membrana interna de la Mitocondria a diferencia de las dems enzimas que estn en la Matriz Mitocondrial.
8 Deshidrogenacin del Malato a Oxalacetato Requiere cofactor NAD o que se reduce NADH2 e interacciona con cadena Respiratoria. El Oxalacetato se condensa acil CoA y comienza un nuevo ciclo.
En c/vuelta C.K. hay 4 RX Oxido Reduccin 1 Descarboxilacin oxidativa del Isocitrato 2 Descarboxilacin oxidativa del - Cetoglutarato 3 Oxidacin del Malato 4 Oxidacin del Succinato forma forma forma forma NADH2 NADH2 NADH2 FADH2
c/NADH2 que interacciona con Cad. Respiratoria se forma 3ATP 3ATP * 3NADH = 9 ATP c/FADH2 que interacciona con Cad. Respiratoria se forma 2 ATP = 2ATP En la fosforilacin ADP a expensas GTP se forma 1 ATP = 1 ATP
..
9 ATP+2ATP+1ATP = 12 ATP que se forman en cada vuelta del C. Krebs Se consumen 2H2O 1H2O sntesis del citrato 1 H2O Hidratacin del Fumarato
Sucede en la mitocondr ia
Acetil-CoA + 3H2O + 3NAD+ + FAD+ + ADP + Pi 2CO2 + CoA + 3NADH2 + FADH2 + ATP
Una molcula de glucosa da lugar a dos de acetil- CoA, que pueden entrar en este ciclo El total ser el doble del indicado en esta
Los electrones son En la respiracin los eliminados de los electrones son transportadores de transferidos de energa por medio manera secuencial a de la reduccin de travs de una serie algn aceptor de protenas terminal de transportadoras electrones como: adosadas a la el oxgeno (en la membrana celular. respiracin Esta es la cadena aerbica) de transporte de nitrgeno, sulfato o electrones. dixido de carbono (en la respiracin
Cadena Respiratoria Mitocondrial Hay un conjunto de compuestos de estructura qumica muy variable que se encuentran ubicados o adheridos a la membrana mitocondrial interna. Aqu a travs de procesos de xido Reduccin se realiza la transferencia de H2 y/o hacia el oxgeno con desprendimiento de energa que se aprovecha para la sntesis de ATP (Fosforilacin Oxidativa)
Centros Fe-S se intercalan para formar compuestos cambian de valencia . . participan en el transporte de
NAD+ NADH2
DH 2 FA
CoQ
O2 -
CoQH2
O2 atmf.
Ac
um f .
o ric co ni i cc su
D FA
Citocromos: Son protenas que tienen al grupo Hemo como grupo prosttico. Hemo=Tetrapirrol ciclico con Fe Citocromo C es el ms dbilmente unido Slo transportan uno a la vez El Fe acta en el transporte Absorben VIS (400-600nm) Se modifican segn su estado xido reduccin.
Potencial protnico
Potencial intermenbrana
Proceso quimiosmotico
Rendimiento energtico
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ESQUEMA RESUMIDO
Glicerina
cido graso
cido graso
Lpido
NADH2
Todos loscompuestos compuestos de esta reaccin entran areaccin la va glucoltica. entran Todos los de esta a la va glucoltica.
Catabolismo de protenas
Las protenas son demasiado grandes para atravesar las membranas Los microorganismos excretan proteasas que hidrolizan las protenas exgenas a pptidos. Proteasas Peptidasas Protenas----- Pptidos------- Aminocidos Los esqueletos carbonados de los
aminocidos entran en el ciclo ATC para sufrir una mayor oxidacin va acetil CoA, cido cetoglutrico, cido succnico, cido fumrico o cido oxaloactico
Resumen de organotrofos
Almidn Glucosa 6C
Azcares complejos
cido pirvico 3C
Aminocidos 2C
Acetil CoA 2C
Otros aminocidos de ms de 3C