Struktur subseluler Bakteri (Archaea)

Oleh: Kunti Anis Azizah (101810401004) Dwi Ratna Pujiasih (101810401039) Davidly K. (101810401013)

Pohon Filogeni Prokariot

Dasar filogeni
Pada zaman Linnaeus, kekerabatan organisme diukur

berdasarkan banyaknya persamaan karakter mikro dan makroanatomi. Setelah DNA ditemukan, kekerabatan diukur berdasarkan persamaan urutan DNA (unit terkecil organisme yang berperan sebagai pewarisan keturunan) namun, materi genetik mikroorganisme banyak mengalami mutasi dalam kurun waktu tertentu. Saat ini, kekerabatan organisme diukur berdasarkan persamaan urutan RNA ribosom, karena sulit mengalami mutasi yang banyak digunakan adalah RNA ribosom16S

 Phylum Euryarchaeota: merupakan divisi archaea yang paling banyak diteliti. Meliputi metanogen dan halofil. Phylum Crenarchaeota: meliputi termofil, hipertermofil, dan termoasidofil. Paling banyak ditemukan di lingkungan laut. Phylum Korarchaeota: divisi ini terdiri dari hipertermofil dan ditemukan di lingkungan hidrotermal dengan temperatur tinggi. Phylum Thaumarchaeota: filum ini meliputi arhchae pengoksidasi amonia metabolisme energi tidak diketahui.

Phylum Nanoarchaeota: filum ini memiliki anggota tunggal yaitu Nanoarchaeum equitans. Archabacterium ini merupakan simbion obligat dari archaea lain termasuk ke dlam genus Ignicoccus.

Archaea
Terbagi menjadi 2 filum yaitu: 1. Euryarchaeota terdiri dari mikroorganisme yang tinggal di

daerah dengan kondisi ekstrem. Terdapat 3 kelompok, yaitu: Methanogens (methano: gas metana, gen: menghasilkan). Mikroorganisme ini tidak dapat hidup jika ada O2, sehingga banyak ditemukan di daerah yang tidak ada O2 seperti rawa dan danau. spesies: Methanospirillum hungatei , menghasilkan gas metana yang penting untuk energi metabolismenya. Fakta: menghasilkan 2 M ton/ thn ke atm.

Contoh: Methanococcus jannaschii Salah satu contoh dari Archaebacteria adalah Methanococcus jannaschii. mikroorganisme penghasil metana Habitat: hidrotermal vent laut dalam (85oC). Mereka membutuhkan panas, belerang, dan air untuk hidup. Dapat tumbuh pada tekanan hingga lebih dari 200 atm.
Halophiles (hidup pada daerah dengan kadar garam

tinggi), berlawanan dengan methanogens, lebih membutuhkan oksigen untuk metabolismenya dan membutuhkan kadar NaCl tinggi untuk proses reproduksi dan pertumbuhannya. Ditemukan pada danau yang mempunyai PH diatas 11

archaea
Hyperthermophiles dapat tumbuh optimal pada temperatur yang tinggi yaitu diatas 100oC seperti daerah hidrotermal vent dan sumber air panas 2. Crenarchaeota kebanyakan adalah jenis Hyperthermophiles yang tumbuh pada daerah yang temperaturnya diatas 80oC Ekosistem seperti danau belerang bersuhu tinggi yaitu sekitar 75oC dan bersifat asam (PH 2-3). Spesies yang lain juga ada yang terdapat wilayah laut yang bersuhu rendah (-3oC) seperti laut dalam dan dekat dengan kutub.

Sulfolobus

Perbandingan struktur kimia sel

Karakteristik
Dinding sel Membran sel - Ribosom - Sensitivitas terhadap Diphteria toxin - Protein Histon tRNA inisiator Intron pada tRNA Sensitivitas antibiotika (kloramfenikol, ampisilin, tetrasiklin, streptomisin) RNA polimerase Selaput inti Organela bermembran independen -Sumber energi

Bakteria
Peptidoglikan Dwilapis fosfolipid Lipid: Ikatan ester - 70 S - Tidak - Tidak ada Formilmetionin Tidak ada Iya

Arkhaea
Pseudopeptidoglikan Tetraeter lipid Lipid: ikatan eter - 70 S - Iya - Ada Metionin Ada Tidak

Eukarya
Lignin, kitin, dan selulosa Dwilapis fosfolipid Lipid: ikatan ester - 80 S - Iya - Ada Metionin Ada Tidak

Satu Tidak ada Tidak ada -Cahaya, senyawa organik - iya (Cyanobacteria) Lingkungan moderatagak ekstrem Ada Tidak ada

Beberapa Tidak ada Tidak ada -Cahaya, senyawa organik& anorganik - tidak ada Lingkungan ekstrem Ada Ada

Tiga Ada Ada -Senyawa organik

- Klorofil
Ekologi Diatas 80oC Diatas 100oC

- iya (alga)
Lingkungan moderat Tidak ada Tidak ada

Sumber: White, D. 1995. Physiology and biochemistry of prokaryotes. Oxford University. New York

PETA KONSEP

Appendages
Merupakan struktur nonseluler yang biasanya dipakai sebagai alat gelak

atau kolonisasi.
Terletak di luar permukaan sel. Ada 3 kelompok appendages: 1. -

Flagela untuk bergerak dan berenang dalam media cair. (monotrikus, amfitrikus, lofotrikus, peritrikus) Merupakan alat gerak yang keluar dari permukaan sel. Flagela mempunyai 3 bagian yaitu: dasar tubuh (basal body), kait (hook), dan filamen. Dasar tubuh merupakan protein yang bersifat motor, tertanam pada membran, terdiri dari:protein saklar, protein As (Rod protein), protein motor, ring protein. Kait : berbentuk melengkung dan terdiri atas beberapa kopi protein yang disebut protein kait. Terdapat juga protein terasosiasi kait (HAPs=hook associate proteins) yang berperan dalam menyambung kait dengan filamen.

Filamen: tersusun atas protein yang disebut flagelin yang pertumbuhannya dari pangkal menuju ke ujung. Strukturnya mneyediakan lubang berdiameter 60 Ao untuk transportasi fibril flagelin hasil sintesis. Dengan demikian, flagelin dapat disintesis secra parsial, kemudian ditransfer melalui lubang di flagelin lama untuk dikaitkan di ujung flagelin yang lebih dahulu disintesis.
2. Fimbriae untuk perlekatan dan atau untuk kolonisasi ukuran 0,2 m-20 m, ketebalan 14m, bagian dasar melekat pada membran sel. Tersusun atas protein yang disebut protein adhesin karenba protein tersebut membantu proses perlekatan (adhesive) sel ke sel lainnya 3. Pili untuk pertukaran genetik atau perkawinan

Glikokaliks
Semua material ekstrasel yang melekat di bagian luar

dinding sel disebut glikokaliks ketika hidup di habitat alaminya Fungsi: perlekatan sel, dan proteksi terhadap fagositosis Terdiri dari: kapsula dan lapisan S Kapsula= terdiri atas material mukosa polisakarida di permukaan sel yang teksturnya kaku atau fleksibel Lapisan s= material protein atau glikoprotein, disebut lapisan S karena bersifat halus (Smooth). Lapisn S membungkus permukaan sel dan berperan sebagai dinding sel tambahan.

Dinding sel
Mengandung Pseudomurein

Secara kimia dan fisika sama seperti murein yang ada pada Eubacteria yaitu tahan terhadap enzim yang menghidrolisis ikatan peptida. Archaea tidak memiliki murein, sehingga mereka tidak sensitif terhadap antibiotik seperti rifamisin, klorampenikol, sikloheksimid, dan streptomisin yang dapat menghambat sintesis dinding sel dan sintesis protein dalam selnya.

Pseudomurein disusun oleh polisakarida yang berhubungan secara menyilang dengan asam amino. Polisakarida yang menyusun pseudomurein mengandung: TAL: Nacetyltalosaminuroni c acid NAG: Nacetylglucosamine

Membran sel
Berperan sebagai aktivItas transportasi material2, transfer elektron dari respirasi dan fotosintetik, penghasil elektrokimia, sintesis ATP, biosintesis lipid dan dinding sel, sekresi protein, sinyal dan respon terhadap lingkungan 1. Mempunyai area hidrofob (di tengah/ badan nonpolar) dan hidrofil (di kedua ujung/ kepala polar) 2. Lipid pada Archaea Termoasidofil dan metanogen adalah tetraetergliserolipid. 3. Membran 1 lapis, tidak terdapat area tengah yang kosong resisten terhadap panas. Namun bukan satu-satunya penyebab resisten terhadap panas. Misalnya arkhaea ekstrem termofil: Methanopyrus kandleri dan Thermococcus celer bahkan tidak mempunyai tetraetergliserolipid.

Membran sel
Secara komposisi membran sel arkhaea berbeda dengan membran sel bakteri dalam hal sebagai berikut:
1. 2.

Gliserol berikatan dengan isoprenoid alkohol bukan asam lemak seperti bakteri. Isoprenoid merupakan alkohol jenuh biasanya berjumlah 20 atau 40 karbon. Dalam bakteri dan eukariot, isoprenoid ditemukan pada sisi rantai quinon dan klorofil, hasil antara dalam biosintesis dari sterol seperti kolesterol dan dalam karet. Ikatan alkohol dengan gliserol adalah eter bukan ester seperti pada bakteri ester. Alkohol 40 karbon merupakan kondensasi 2 molekul isoprenoid alkohol (C-20)-gliserol, sehingga menhasilkan membran 1 lapis (tetraeter lipid) Ikatan eter pada tetraeter lipid tidak mudah rusak oleh pemanasan suhu tinggi.

3.

4.

Struktur kimia

 fosfolipid tersebut berupa eter-gliserol tanpa ikatan rangkap dan memiliki gugus metil samping yang sebagian membentuk pentasiklik, tanpa atau dengan residu fosfat yang terikat melalui ikatan ester. Ikatan eter-gliserol sangat resisten terhadap hidrolisis pada pH rendah. Selain itu, ketiadaan ikatan rangkap akan meningkatkan resistensi terhadap oksidasi. Adanya gugus metil smping akan menambah efek fluiditas.

Struktur kimia membran sel Archaea

Pada Archaea Tidak ada ruang di dalam membran (hanya ada 1 lapis) hal ini yang menyebabkan resisten terhadap panas

Perbandingan Archaea dengan Eubacteria

Struktur kimia membran sel Eubacteria

Struktur kimia membran sel Archaea

Struktur kimia membran sel Eubacteria
Struktur kimia membran sel Archaea

Yang menjadikan kepala polar bersifat hidrofilik karena adanya muatan bebas (-) dari pospat dan (+) dari -NH3

Lipid pada Archaea disusun atas hidrofob yang berikatan dengan gliserol

SITOPLASMA
Sel terdiri dari sitoplasma tebal yang berisi senyawa dan molekul yang dibutuhkan untuk metabolisme Memiliki protein khusus tekanan panas yang disebut chaperonin. Beberapa archaea mengakumulasi 2,3-diphosphoglycerate yang mereduksi depurinai DNA

RIBOSOM
Ribososm, molekul besar untuk produksi protein dalam sel. Ribososm archaea tidak sensitif pada agent inhibitor kimiawi.

 genom archaea paling banyak dalam bentuk single circular DNA molecule. DNA tidak berasosiasi dengan histon, namun memiliki DNA binding protein kata kromosom dapat digunakan. The DNA-protein complex can take up artificial dyes to show up as a colored body. Beberapa gen diekpresikan dalam operon namun gen untuk rRNA dan tRNA memiliki intron. archaea juga memiliki transposon (sekuens insersi yang bersifat transposable). DNA mengalami supercoiling karena aksi enzim girase. Binding protein DNA yang mirip histon menstabilkan DNA Contoh: Sulfolobus memiliki Sac7d, protein yang menstabilkan struktur dobel helix DNA pada suhu 40 C.

MATERI GENETIK

 Salah satu contoh Eubacteria (bakteri), Escherichia coli, mempunyai ukuran genom (kandungan DNA) sebesar 4.600 kilobasa (kb), suatu informasi genetik yang mencukupi untuk sintesis sekitar 3.000 protein. Dengan protein sesedikit ini spesies bakteri ersebut memiliki kemampuan metabolisme yang sangat terbatas.
Salah satu contoh Archaea, Methanocococcus jannaschii, mempunyai genom sebesar 1.740 kb yang menyandi 1.738 protein. Bagian genom yang terlibat dalam produksi energi dan metabolisme cenderung menyerupai prokariot, sedangkan bagian genom yang terlibat dalam replikasi, transkripsi, dan translasi cenderung menyerupai eukariot.

PLASMID
Berukuran 1-200 kbp (31)

Replikasinya terpisah dari genom inang, plasmid

menyandarkan pada faktor pengkodean-inang untuk replikasinya. Meskipun tidak esensial untuk kelangsungan hidup bakteri, plasmid menyandikan berbagai determinant genetik, yang memungkinkan inangnya untuk bertahan hidup lebih baik dalam lingkungan buruk atau berkompetisi lebih baik dengan mikroorganisme lain yang menduduki ceruk ekologi yang sama.

 Terdapat kromsom genomik yang kecil dan sirkuler disebut replicons yang penting untuk kehidupan ekstrim archaea. replicons memiliki gen untuk DNA polymerase, transcription factors, pengambilan mineral (K and PO4), dan pembelahan sel.

Improve this chart Cell Membrane: tRNA: RNA polymerase: Role in ecology: Interactions with other organisms: Pathogenicity:

Archaebacteria Branched chain ether linked lipids. Lacks thymine in tRNA. Ten subunit RNA polymerase core. Role in bio-geochemical cycles is unexplored. Mutualism, commensal. None are pathogenic. Thermostable enzymes, sewage treatment, antibiotics, organic solvents, production of biogas.

Eubacteria Straight chain ester linked lipids. Thymine present in tRNA. 4 subunit RNA polymerase core. Vital in nutrient recycling. Predators, mutualists, pathogens. Some are pathogenic. Fermented foods, bioremediation, waste processing, agrichemicals, biological pest control, scientific research.

Significance in technology and industry:

DNA:

DNA is closer to eukaryotes (sent on to daughter cells via mitosis)

DNA differs from eukaryotes.

Definition:

Single celled organisms without any cell All true bacteria or group of unicellular organelles or nucleus. prokaryotic microorganisms.

Morphology:

Occur in various shapes like spheres, rods, plates and spirals.

Various shaped bacteria have been identified like rods, cocci, spirals, comma shaped, tightly coiled etc. Peptidoglycan is present.

Cell Wall:

Lacks peptidoglycan.