Instituto Tecnolgico de Mrida. Depto. Ingeniera Qumica, Bioqumica y Ambiental. Biologa Molecular Dra. Sara Sols Pereira.

Regulacin de la expresin gentica: Procariotas.

EQUIPO 4

JOSE PECH FLORES. RAFAEL NOVELO CHACON

GERARDO TUN GONGORA. KAREN PECH PUGA

Introduccin

Para que las actividades de autogobierno de las clulas se realicen es necesario regular la velocidad de la sntesis enzimtica. Cada clula debe tener el conjunto justo de estas enzimas. Ahorro de aa's para la sntesis de enzimas que slo se usan de vez en cuando.

Regulacin de la biosntesis Proteica.

Transcripcin (mRNA codificador) Traduccin (Iniciacin y Velocidad)

Tipos de Enzimas Reguladas.

En general estas enzimas difieren en su estado natural y en su concentracin bajo distintas condiciones metablicas. Las enzimas bacterianas que son reguladas se pueden clasificar en dos tipos: las constitutivas y las inducibles. Las Enzimas Constitutivas son los que se forman a velocidades y cantidades constantes, independientemente de cual sea el estado metablico del organismo. Se consideran como una parte de la maquinaria bsica y permanente de la clula. Gluclisis.

Continuacin

Tambin estn las Enzimas Inducibles. Estas enzimas se encuentran en cantidades muy pequeas pero su concentracin puede elevarse rpidamente hasta mil veces o ms cuando se halla en presencia de su sustrato, particularmente cuando dicho sustrato es la nica fuente de carbono de la clula.

En dichas condiciones se requiere a la enzima para que trasforme al sustrato en un metabolito directamente utilizable para la clula.

Lactosa
Galactosidasa

Glucosa Galactosa

Este tipo de enzimas permite el ahorro de aa's y de energa metablica.

Slo se forman cuando se necesitan.

Represin

Es un tipo de exclusin que se basa en la seleccin de los componentes presentes en la clula. Supongamos que en un medio la nica fuente de nitrgeno es una sal amnica, todos compuestos nitrogenados partiran del ion NH4 y se dara la sntesis de protenas . Pero si se aade un aa, como la histidina, entonces las enzimas requeridas para sntesis de hys desapareceran rpidamente de las clulas. Es decir, cuando las enzimas para la sntesis del aminocido no se necesitan, dejan de fabricarse. Generalmente cuando esto ocurre no slo se reprime a una sola enzima, si no a todo el grupo que participa en la sntesis, a esta represin se le conoce como Represin Coordinada. Y viene acompaado de una represin total de la sntesis de histidina como producto final, a esta represin se le conoce como Represin De Producto Final.

Represin por Catabolito.

Volvamos al ejemplo de la Lactosa que sustituye a la Glucosa como fuente de C.

Lactosa
Galactosidasa

Glucosa Galactosa

Cuando hay glucosa como fuente de C, los microorganismos prefieren la ruta catablica mas primitiva, esto es, la glucoltica o fermentativa desconectando cualquier ruta catablica suministradora de energa. A este tipo de represin se le conoce como Represin por Catabolito.

Regulacin en la Transcripcin.

Al menos tres tipos de protenas regulan el inicio de la transcripcin por la RNA polimerasa: factores de especificidad, represores y activadores.

Factores de Especificidad Represores Activadores.

Modifican la especificidad de la RNAp por un promotor determinado o un conjunto de promotores. Impiden el acceso de la RNAp al promotor Potencian la interaccin RNAp- promotor.

Factores de Especificidad.

Uno de los factores de especificidad es la subunidad del holoenzima de la RNAp. Recordando: En la transcripcin de Procariotas, slo haba 1 RNAp, donde el factor le daba la especificidad de unin a los promotores. La subunidad ms reconocida es la 70 La mayora de los promotores son reconocidos por la subunidad , esta subunidad se ve reemplazada (32 ) cuando se ven sometidos a estrs por calor u otros factores. Entonces la RNAp se dirige hacia una serie de promotores especializados con una secuencia consenso diferente. Estos promotores especializados controlan la expresin de un conjunto de genes que codifican las protenas de la respuesta al choque trmico.

Represores.

Los represores se unen a sitios especficos del DNA. En clulas procariticas estos sitios de unin denominados operadores, estn generalmente cerca de un promotor. La regulacin mediante una protena represora que bloquea la transcripcin se denomina Regulacin Negativa.

Continuacin

La unin del represor al DNA se regula por una seal molecular o efector normalmente una molcula pequea o protena que une al represor y provoca un cambio conformacional. La interaccin entre el represor y la molcula seal puede tanto aumentar como disminuir la transcripcin. En algunos casos, el cambio conformacional provoca la disociacin de un represor unido al DNA del operador y el inicio de la transcripcin procede normalmente.

Continuacin

En otros casos la interaccin entre un represor inactivo y la molcula seal hace que el represor se una al operador. El sitio de unin de un represor puede encontrarse a cierta distancia del promotor y esto afecta a la inhibicin del ensamblaje o de la actividad de un complejo de transcripcin en el promotor.

El represor se une en presencia de la seal; el represor se disocia y la transcripcin tiene lugar cuando se elimina la seal.

Activadores.

Ahora bien, los activadores constituyen el contrapunto molecular de los represores, se unen al DNA y potencian la actividad de la RNAp en el promotor, se trata de la Regulacin Positiva. Los sitios de unin de los activadores se encuentran a menudo adyacentes a promotores (unidos a RNAp) o bien no se une por si sola o lo hace dbilmente, de manera que en ausencia de activador la transcripcin es escasa. Los activadores estn unidos al DNA potenciando la transcripcin hasta que la unin de una molcula seal provoca la disociacin del activador.

Continuacin

El activador (en verde) se une a una secuencia molecular y tiene lugar la transcripcin, cuando se aade la seal, el activador se disocia y se inhibe la transcripcin.

 El activador se une en

presencia de la seal, solamente se disocia cuando se elimina la seal.

Regulacin Negativa El represor unido inhibe la transcripcin

Regulacin Positiva El activador unido facilita la transcripcin.

Operones.
RECORDANDO :

Unidades transcripcionales que contienen ms de un gen.

Como se ha podido observar, los Operones son fundamentales para la regulacin de la expresin.

En la aplicacin de la regulacin positiva y negativa se observara el opern Lac, con modificaciones negativas y positivas.

Opern Lac.

El opern Lactosa (Lac) incluye genes como la Galactosidasa (Z), la galactsido permeasa (Y) y la tiogalactsido transacetilasa (A). El ltimo de estos enzimas modifica los galactsidos txicos para facilitar su eliminacin por la clula.

Opern Lac con Regulacin Negativa.

En ausencia de la lactosa, los genes del opern Lac estn inhibidos. El opern Lac tiene dos sitios de unin secundarios para el represor Lac , uno (O2) situado +140 dentro del gen que codifica la Galactosidasa (Z) y otro (O3) en el sitio 90 dentro del gen I. Para inhibir el opern, el represor Lac parece que se une tanto al operador principal como a uno de los dos sitios secundarios, con el DNA interpuesto formando un lazo. Cualquiera de las dos formas de unin bloquea el inicio de la transcripcin.

Continuacin
A pesar de la complejidad del complejo de unin,

la

represin no es absoluta.
La unin del represor Lac reduce la tasa de inicio de la

transcripcin en un factor 103. Si los dos sitios Os se eliminaran por mutacin o delecin la unin se disminuye a 102.

Opern Lac con Regulacin Positiva

El efecto de la glucosa en el opern est facilitado por c AMP (es sintetizada en ausencia de glucosa) y una protena denominada protena receptora del c AMP o CAP (Protena activadora del Catabolito). La transcripcin del opern lac en distintas condiciones es controlada por el represor lac y por (CAP), cada una de las cuales se une a una secuencia de DNA especfica en la regin de control de transcripcin de lac .

1.- la subunidad 70 de la RNAp se une al promotor lac, que se ubica a poca distancia corriente arriba del sitio de inicio. A) Slo hay Glucosa en el medio, y el represor Lac activado. Sin Transcripcin. B) La glucosa tambin est presente, ocurre la represin por Catabolito. Y la transcripcin (es decir, el N de veces por minuto que distintas molculas de polimerasa acaban la transcripcin) es muy baja.

C) Cuando la glucosa est ausente, la CAP- c AMP se une a un sitio cerca del promotor Lac. Y estimula un elemento de regulacin positiva sensible a niveles de glucosa, mientras que el represor Lac es un elemento de regulacin negativa sensible a la lactosa.

Opern Arabinosa
El sistema de regulacin de la arabinosa es mas complejo

que el del Opern Lac.

La arabinosa,

una pentosa, puede ser usada como sustrato metablico a travs de la va de las pentosas-fosfato. Las enzimas necesarias para su metabolizacin son: arabinosa isomerasa, ribulosa quinasa y ribulosa-5-fosfato epimerasa que estn codificadas por los genes estructurales araA, araB y araD.

 regin reguladora que a

su vez tiene dos operadores araO1 y araO2.

un sitio de unin para la protena reguladora (araC) denominado araI (I=inductor). unin para la CAPAMPc.

Un promotor sitio de

La protena araC est codificada por un gen araC prximo que se transcribe desde su propio promotor (prximo a araO1) en direccin opuesta a los genes estructurales. El papel de la protena es complejo, ya que es capaz de regular su propia sntesis unindose a araO1 y cuando su concentracin supera las cuarenta copias por clula reprime su sntesis. Respecto a los genes estructurales,acta tambin como un regulador positivo y negativo, unindose a araO2 y a araI

Si la glucosa es abundante y la arabinosa es escasa: la protena reguladora araC se une en dos puntos, a araO2 y araI formndose un lazo de ADN que no permite la transcripcin de los genes estructurales. Si la glucosa es escasa y la arabinosa es abundante: el complejo CAP-AMPc es abundante y se une a su sitio del ADN, adyacente a araI. La arabinosa funciona como un activador, al unirse a la protena araC altera su conformacin, y al unirse sta a araI se combina con CAP-AMPc y aumenta la transcripcin. Si ambos son escasos o ambos son abundantes, el sistema de regulacin no est claro aunque se sabe que hay represin.

Protenas Reguladoras

Recordatorio

Motivo: Elemento conservado en la secuencia de aminocidos, que habitualmente se asocia con una funcin concreta. Son sitios especficos. Dominio: Regin de la estructura tridimensional de una protena con una funcin concreta.

Dentro de las protenas reguladoras, existen aa's que usan sus cadenas laterales para formar enlaces de hidrogeno con bases del DNA ; aa's como asn gln glu lys y arg.
Existen dos motivos que juegan un papel principal en la unin al DNA de las protenas reguladoras: la hlice giro hlice y el dedo de zinc (se conocen pocos motivos en procariotas). Tambin se considera un tipo de dominio de unin al DNA, el homeodominio, pero este se involucra en algunas protenas eucarioticas.

Hlice-Giro-Hlice

Este motivo de unin al DNA es crucial para la interaccin de muchas protenas reguladoras procariticas. Consta de alrededor 20 aa's en dos segmentos helicoidales cortos, cada uno con siete a nuevo residuos de aminocidos de longitud separados por un giro . Esta estructura generalmente no es estable, es simplemente la porcin reactiva de un dominio de unin al DNA algo mayor. A la helicoidal se le denomina hlice de reconocimiento porque contiene muchos aminocidos que interacciona con el DNA con especificidad. El represor lac tiene este motivo de unin al dna.

Atenuacin de la Transcripcin.

Acabada la represin y establecida la transcripcin, la velocidad de la transcripcin se ajusta mediante un segundo proceso de regulacin denominado Atenuacin De La Transcripcin, en el que la transcripcin se inicia normalmente pero se interrumpe bruscamente antes de que se transcriban los genes del opern. La frecuencia de la atenuacin de la transcripcin esta regulada por la disponibilidad de los aa's y depende del rgido acoplamiento de la transcripcin y la traduccin de las bacterias (ya que son simultneas).

Atenuacin en el Trp.

El mecanismo de atenuacin utiliza seales codificadas dentro de una regin gua (162 nns en el extremo 5 del mRNA que precede al codn de inicio del primer gen para el trp). La transcripcin se inicia al principio de la gua 162 nns del mRNA codificada por una regin de DNA denominada trpL. Y un mecanismo regulador determina si la transcripcin se atena al final de la gua o continua hacia los genes estructurales.

Los atenuadores en el opern trp implica a las secuencias 1 a 4 (encuadradas)

En la secuencia gua est el atenuador (secuencias) se aparean para formar una horquilla rica en G Y C seguidos por una serie de residuos de U.

Regulacin en la Traduccin

Un incremento de la demanda celular de sntesis proteica se satisface mediante el incremento del nmero de ribosomas. Las clulas tienen que coordinar la sntesis de los componentes ribosmicos: las Protenas Ribosmicas (protenas r) y el RNA r. Esta regulacin es diferente a los mecanismos descritos hasta ahora porque tienen lugar principalmente a nivel de traduccin.

Los Operones de protenas r se regulan principalmente mediante un mecanismo de retroalimentacin traduccional. Una protena r codificada por cada opern tambin acta como represor traduccional.

La protena r es la que esta dentro del crculo, cada uno de los represores traduccionales bloquea la traduccin de todos los genes de este opern, unindose al sitio indicado por el mRNA. Los genes que codifican las subunidades de la RNAp estn de amarillo. Las protenas r de la subunidad ribosmica grande se designan L1 a L34; las de la subunidad pequea de S1 a S21

C0ntinuacin.

En general la protena r que desempea el papel de represor tambin se une a un RNAr. Cada protena r represora de la traduccin se une con mayor afinidad al rRNA apropiado que a su mRNA y la traduccin se reprime solo si el nivel de la protena r excede al de rRNA. Esto asegura que la traduccin de los mRNA que codifican protenas r se reprima solo cuando el nivel de estas protenas r sea superior al necesario para producir ribosomas funcionales. El sitio de unin del mRNA para el represor traduccional esta cerca del sitio de inicio de la traduccin de unos de los genes del opern, generalmente en el primer gen. Cuando el represor de la traduccin esta ausente, la unin al ribosoma y la traduccin de uno o ms genes elimina la estructura plegada del mRNA permitiendo que se traduzcan los genes.

Debido a que la sntesis de protenas r esta coordinada con las disponibilidad de los rRNA la regulacin de la produccin de ribosomas refleja la regulacin de la sntesis de rRNA.

Repuesta Severa

La regulacin coordinada con concentraciones de aa's de denomina Respuesta Severa.

Cuando las concentraciones de los aminocidos son bajas, la sntesis de rRNA se detiene. La deficiencia de aa's provoca la unin de tRNA descargados al sitio A de los ribosomas. Esto desencadena una secuencia de acontecimiento que empieza con la unin de una enzima llamada Factor De Respuesta Severa (protena relA) al ribosoma. Cuando esta unido al ribosoma el factor de respuesta severa cataliza la formacin de un nt poco comn guanosina tetrafosfato (ppGpp) por adicin del pirofosfato a la posicin 3 del GTP.

Continuacin

El aumento brusco del

nivel de ppGpp en respuesta a la carencia de aa's produce una gran reduccin de la sntesis de rRNA debida, al menos en parte, a la unin de ppGpp a la RNAp.

Bibliografa
Principios de Bioqumica . David L. Nelson. Michael M. Cox Bioquimica, la base molecular de la vida. Trudy McKee Biologa Molecular de la Vida. Alberts Biologa Celular y Molecular. Lodish