Utilização de ferramentas de análise de DNA

Dr. LUCIANO DA SILVA PINTO

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Eletroferograma resultante do sequenciamento
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•Nucleotídeos conservados podem indicar elementos regulatórios que podem ser pré ou pró transcricionais.Análise comparativa e alinhamento de seqüências Porquê alinhar seqüências? •Análise inicial das sequência (busca de erros). •Posições conservadas em seqüências homólogas sugerem sítios importantes (sítios ativos ou catalíticos. domínios de ligação de DNA. sítios hidrofóbicos.). pontes dissulfeto. . etc. •Encontrar seqüências similares ajuda a determinar a propriedade e inserir funções da nova seqüência.

Alinhamento de seqüências • consiste em introduzir espaços (gaps) entre os monômeros de uma ou mais seqüências a fim de obter o melhor alinhamento possível. . • A qualidade é determinada pela soma dos pontos obtidos por cada unidade pareada (match) menos as penalidades pela introdução de gaps e posições não pareadas (mismatch).

Sistema de escore e estatística Bases idênticas : “match” score Bases diferentes : “mismatch” score Gaps : “gap opening” penalidade por início de gap “gap extension” penalidade por extensão do gap Exemplo: Match = +1 Mismatch = -1 Gap opening = -5 Gap extension = -1 .

Sistema de escore e estatística • Qual alinhamento é melhor Match = +1 Mismatch = -1 Gap opening = -5 Gap extension = -1 .

Métodos de alinhamento • Grande variedade: parâmetros de comparação algoritmos de comparação Busca de similaridades Entre seqüências Alinhamentos: • Global: todas as bases são alinhadas umas com as outras ou com gaps (simbolizados como ..) Alinhar E-VISP ELVISP EVISP e ELVISP • Local : Não necessita alinhar todas as bases em todas as seqüências Alinhar DUDESLIKESELVIS e DUDESELVIS DUDES & ELVIS DUDESLIKESELVIS ou D – DES & ELVIS DUDES..ou .-ELVIS ..

Programas de análise e alinhamento de seqüências • • • • • • Contig express (Vector NTI) BioEdit BLAST Clustalw Multialin FASTA .

Contig Express .

BioEdit .

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nih. numa coleção de seqüências.nlm. • Programa disponibilizado no NCBI .ncbi. • Descarta todas as pesquisas com pontuação pequena (score baixo) e vai alinhando a vizinhança das com pontuação boa.http://www. as que apresentam alinhamento com a sua.O que é o BLAST? • Basic Local Alingment Search Tool • Conjunto de programas utilizados para execução de buscas por similaridades estatisticamente significantes • Identifica. • Fragmenta sua seqüência e procura homologia no banco de dados. até chegar ao máximo valor.gov/ .

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nih.nlm.ncbi.gov/BLAST/ .Ferramentas BLAST http://www.

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BLAST Assembled Genomes Choose a species genome to search. or list all genomic BLAST databases. Human Oryza sativa Gallus gallus Mouse Rat Bos taurus Danio rerio Pan troglodytes Microbes Arabidopsis thaliana Drosophila melanogaster Apis mellifera .

Basic BLAST Search a nucleotide database using a nucleotide query Algorithms: blastn. megablast. discontiguous megablast Search protein database using a protein query Algorithms: blastp. psi-blast. phi-blast Search protein database using a translated nucleotide query Search translated nucleotide database using a protein query Search translated nucleotide database using a translated nucleotide query nucleotide blast protein blast blastx tblastn tblastx .

Specialized BLAST Choose a type of specialized search (or database name in parentheses.) Search trace archives Find conserved domains in your sequence (cds) Find sequences with similar conserved domain architecture (cdart) Search sequences that have gene expression profiles (GEO) Search immunoglobulins (IgBLAST) Search for SNPs (snp) Screen sequence for vector contamination (vecscreen) Align two sequences using BLAST (bl2seq .

blastn .

org/PDB/ .cbr.gov/ • PubMed: National Library of Medicine http://www.nlm.gov/ • SwissProt: Swiss Bioinformatics Resource http://expasy.ca/sprot/ • PDB: The Protein Databank http://www.pubmed.nrc.ebi.ac.rcsb.ncbi.uk/ http://www.nih.Sítios obrigatórios para um Bioinformata • NCBI: The National Center for Biotechnology Information • EBI: The European Bioinformatics Institute http://www.

EXERCÍCIOS .

ls_pinto@hotmail.com .

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