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Cellules et Gnomes

uf de grenouille Xenopus laevis

Plan
I - Caractristiques communes universelles toutes les cellules II - Diversit des cellules III - Comprendre comment passer tant de formes de vie partir dun code commun tous les organismes vivants

III - Information gntique chez les eucaryotes


Plus gros, plus labor Souvent pluricellulaire

L'eucaryote
Par dfinition : enveloppe nuclaire 10 fois plus long et 1000 fois plus gros cytosquelette Membranes internes Peuvent phagocyter des organismes entiers (n'ont pas de paroi)

Principales caractristiques d'une cellule eucaryote

Fig 1-31
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Neutrophile phagocytant une hmatie

Fig 1-32

Hypothse d'apparition
Inconnu Cellule eucaryote primordiale qui a mang d'autres cellules Ncessite une membrane souple et un cytosquelette

Protozoaire didinium mangeant d'autres cellules museau

Fig 1-33
Protozoaire carnivore

Didinium

http://protist.i.hosei.ac.jp/P DB/Images/Ciliophora/Didini um/


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/ciliate/pages/d_garg/fig2.ht m&h=591&w=566&prev=/i mages%3Fq%3Ddidinium%2 6svnum%3D10%26hl%3Dfr %26lr%3D%26ie%3DUTF8%26oe%3DUTF8%26sa%3DN

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Consquences de la prdation
Mitochondrie
consomme de l'oxygne et tire profit de l'nergie d'oxydation de la nourriture pour produire de l'ATP taille d'une bactrie a son propre gnome (une molcule d'ADN circulaire), ses ribosomes, ses ARNt ancienne eubactrie arobique phagocyte par un eucaryote ancestral symbiose il y a 3,5 milliards d'annes quand l'atmosphre s'est enrichie en O2 12

Mitochondrie

Fig 1-34

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Origine des mitochondries

Fig 1-35

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Consquences de la prdation
Chloroplastes
utilisent l'nergie lumineuse pour synthtiser des hydrates de carbone partir de CO2 et H2O de l'atmosphre ont leur propre gnome ancienne bactrie photosynthtique phagocyte par un eucaryote ancestral qui avait dj phagocyt des mitochondries symbiose
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Chloroplastes
(A) Chloroplastes verts dans une mousse

Fig 1-36
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Origine des chloroplastes

Fig 1-37

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Consquences de la prdation
Avec les mitochondries et les chloroplastes, il n'y a plus besoin d'aller au-del dans la phagocytose La plante serait un eucaryote pass de la chasse la ferme avec sa paroi de protection

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et les champigons
Eucaryote Comme les animaux
mitochondries et pas de chloroplastes

Contrairement aux animaux


ont une paroi paisse ( pas de phagocytose) se nourrissent des dtritus des autres digestion externe
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Le gnome des eucaryotes est hybride


Double origine
Eucaryote anarobique ancestral Bactrie

Information dans le noyau et


mitochondries chloroplastes

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Gnome mitochondrial
Dgnr Version abrge des gnomes bactriens correspondant 16 659 pb 13 protines 2 ARNr 22 ARNt Les autres gnes ont t dplacs dans le gnome de l'hte 21

Le gnome des eucaryotes est gros


Mitochondries et bactries ont de petits gnomes Les eucaryotes
sont plus gros ont de gros gnomes ont plus de gnes ont plus d'ADN non codant
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Gnome humain

1000 fois plus de pb qu'une bactrie 20 fois plus de gnes 10 000 fois plus d'ADN non codant 98,5% au lieu de 11% chez E. coli
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Comparaison des tailles de gnome

Fig 1-38

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ADN non codant


ADN inutile qu'on garde comme des vieux papiers Le poisson bouffi s'est dbarrass de son ADN non codant Il y a toujours plus d'ADN non codant que d'ADN codant Ce sont pour beaucoup des gnes rgulateurs qui disent "quand" et "o" un gne doit entrer en scne 25

Le poisson bouffi (Fugu rubripes) Gnome de 400 millions de pb (le quart du poisson zbre avec le mme nombre de gnes)

Fig 1-39
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An international research consortium has taken a substantial short cut to the biologically important information embedded in the human genome by completing a draft sequence of the genome of the Japanese pufferfish Fugu rubripes. Although the Fugu genome contains essentially the same genes and regulatory sequences as the human genome, it carries those genes and http://images.google.fr/imgres?imgurl=www.lbl.gov/ regulatory sequences in approximately 365 million bases as imagesmain/hp_collage_fugufish.jpg&imgrefurl=http compared to the 3 billion bases that make up human DNA. With ://www.lbl.gov/LBL-PID/hpfar less so-called "junk DNA" to sort through, finding genes and fugufish.html&h=319&w=504&prev=/images%3Fq% controlling sequences in the Fugu genome should be a much 3Dfugu%2Brubripes%26svnum%3D10%26hl%3Dfr easier task. The information can then be used to help identify these%26lr%3D%26ie%3DUTF-8%26oe%3DUTFsame elements in the human genome. For the full story go to http://www.lbl.gov/Science-Articles/Archive/fugu8%26sa%3DN decoded.html.

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Programme de dveloppement des organismes multicellulaires


Peau, os, nerveux, adipeux, viennent d'une seule et mme cellule avec le mme gnome Rle de l'environnement sur les gnes de rgulation Rles de la position de la cellule

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Emballement du nombre de gnes de contrle par des signaux environnementaux

Fig 1-40

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mutant

normal

Antirrhinum

Fig 1-41
Mutation d une protine rgulatrice
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Quelques espces
Les protistes La levure : Saccharomyces cerevisiae Plante : Arabidopsis thaliana Ver : Caenorhabditis elegans Mouche : Drosophila melanogaster Souris : Mus musculus Homme : Homo sapiens
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Quelques espces
Les protistes La levure : Saccharomyces cerevisiae Plante : Arabidopsis thaliana Ver : Caenorhabditis elegans Mouche : Drosophila melanogaster Souris : Mus musculus Homme : Homo sapiens
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Les protistes
Sont des eucaryotes Unicellulaires
chasseurs : protozoaires photosynthtiseurs : algue fossoyeurs : champignons ou levure

Grande varit de forme Grande varit de structure


soies, photorcepteurs, cils, appendices, bouche, dart, muscles

norme intrt en biologie (avenir !) Reprsentent un coup d'il sur notre pass

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Exemple de protistes : grande varit de formes


dinoflagell

Fig 1-42
amibe
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Quelques espces
Les protistes La levure : Saccharomyces cerevisiae Plante : Arabidopsis thaliana Ver : Caenorhabditis elegans Mouche : Drosophila melanogaster Souris : Mus musculus Homme : Homo sapiens
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La levure : Saccharomyces cerevisiae


Eucaryote Champignon tre unicellulaire le plus simple possible Brasseurs de bire et levure des boulangers Robuste et facile cultiver Paroi paisse Prsence de mitochondries et absence 37 de chloroplastes

Saccharomyces cerevisiae (levure) Prolifre par bourgeonnement

Fig 1-43
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La levure : Saccharomyces cerevisiae


Se reproduisent rapidement
soit de faon vgtative (par division) soit de faon sexue (accouplement/miose)

Peut se diviser indfiniment


soit l'tat haplode soit l'tat diplode

en fonction des conditions de culture


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Cycle de reproduction de S. cerevisiae


vivent l'tat diplode ou haplode les cellules diplode et haplode peuvent prolifrer la miose est dclenche par le jeune et conduit des spores rsistantes l'environnement

Fig 1-44

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La levure : Saccharomyces cerevisiae


Tout petit gnome
13 117 000 pb (1997) dont 78 520 pb mitochondriales 2,5 fois plus que E. coli 6 300 protines

Cycle cellulaire
extrapolable l'homme

On peut spoter sur une lame de verre les ADN des 6 300 protines Ralisable pour n'importe quelle cellule dont on connat tout le gnome
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Suivi des modifications de l'expression des gnes de levure par puce ADN

Fig 1-45

(18 mm)

Il y a eu 2 applications de cDNA : vert rouge jaune : vert+rouge 42

Quelques espces
Les protistes La levure : Saccharomyces cerevisiae Plante : Arabidopsis thaliana Ver : Caenorhabditis elegans Mouche : Drosophila melanogaster Souris : Mus musculus Homme : Homo sapiens
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Le monde microscopique des organismes unicellulaires est beaucoup plus vari que le monde qui nous entoure
Bactries eucaryote = 3 000 millions d'annes Vertbrs insectes = 700 millions d'annes Poissons mammifres = 450 millions d'annes Diffrentes espces de fleurs = 150 millions d'annes 44

Plante : Arabidopsis thaliana


Modle retenu parmi les 300 000 espces de fleurs sur terre

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Arabidopsis thaliana
ressemble au cresson produit des milliers de descendants en 8 - 10 semaines 140 millions de pb 11 fois plus que la levure

Fig 1-46
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Arabidopsis thaliana wildtype flower. It is approximately 5 Arabidopsis thaliana mm in size. Scanning electron microscopy image, artificially coloured. By Juergen Berger, Electron Microscopy Unit, Max Planck Institut fuer Entwicklungsbiologie, Tuebingen, Germany. (copyright).
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On Wednesday, a team of scientists announced the first complete sequence of a plant genome in the latest issue of Nature. In tomorrows issue of Science, a group of scientists will announce a computational analysis of the same Arabidopsis genome that makes it more reliable as a genetic model for other plant species. The findings provide a clearer picture of the ancient history of this model genome. Clarification will allow researchers to compare genes across widely divergent crop species, such as grasses (rice and other grains) and broadleafed plants (soybeans, fruits and vegetables). And this will speed up identification of important genes in crop plants for breeding or genetic engineering programs. Aligning the genetic maps of crop plants and Arabidopsis--a flowering plant in the mustard family--will provide important insights in comparative plant genomics, according to lead author and evolutionary geneticist Todd J. Vision. He is at the Agricultural Research Services Center for Agricultural Bioinformatics in Ithaca, N.Y. Visions co-authors are Daniel G. Brown at the Whitehead Institute/MIT Center for Genome Research and Steven D. Tanksley at Cornell Universitys Departments of Plant Breeding and Plant Biology. Arabidopsis was chosen as a genetic model because its genome is one of the smallest and seemingly one of the simplest among flowering plants. But plant geneticists began finding duplicate sections of chromosomes, suggesting that the genome had doubled at least once during its ancestry. Duplications add to the difficulty of locating related chromosome sections in other plants because the genome gets shuffled--like a deck of cards-naturally over millions of years of evolution. By applying some novel computations to an almost complete sequence of the Arabidopsis genome, Vision and colleagues found its ancestry to be more complex than suspected. Instead of duplicating only once, the genome has doubled at least four times. And those events occurred between 100 and 200 million years ago, about the time when dinosaurs walked the Earth and before many of our broadleaved crop plants began to diverge from Arabidopsis distant ancestor. So evidence of these duplications would be in many of todays crop genomes. Scientific contact: Todd J. Vision, ARS Center for Agricultural Bioinformatics, Cornell University, Ithaca, NY, phone (607) 2545353, fax (607) 254-8888, tv23@cornell.edu.

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Quelques espces
Les protistes La levure : Saccharomyces cerevisiae Plante : Arabidopsis thaliana Ver : Caenorhabditis elegans Mouche : Drosophila melanogaster Souris : Mus musculus Homme : Homo sapiens
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Ver : Caenorhabditis elegans


Petit nmatode de 1 mm de long Attaque les cultures, sans danger pour nous Vit quelques jours Peut survivre indfiniment dans un conglateur Organisme idal 959 cellules somatiques (toujours) 53 Plan de dveloppement toujours identique

Ver : Caenorhabditis elegans


97 millions de pb 19 000 protines Une profusion de mutants Programme de division cellulaire et de mort cellulaire Applica ble l'homme

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Caenorhabditis elegans
1 mm de long entirement squenc hermaphrodite

Fig 1-47
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Quelques espces
Les protistes La levure : Saccharomyces cerevisiae Plante : Arabidopsis thaliana Ver : Caenorhabditis elegans Mouche : Drosophila melanogaster Souris : Mus musculus Homme : Homo sapiens
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Mouche : Drosophila melanogaster


tude trs ancienne Preuve que les gnes (units d'information gntique) sont ports par les chromosomes (il y a 80 ans)

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Drosophila melanogaster

Fig 1-48
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Mutant 4 yeux

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Mouche : Drosophila melanogaster


Chromosomes gants dans certaines de ses cellules (polytnes) avec des bandes Corrlation exacte entre hrdit et bandes

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Chromosomes gants des cellules de glandes salivaires de Drosophila

Fig 1-49
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Mouche : Drosophila melanogaster (plus rcent)


vnements squentiels entre instruction gntique et structure du corps Caractrisation des gnes ncessaires l'organisation du corps avec intestin, membres, yeux, en place On recherche alors les homologues Qu'on teste chez la souris
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Mouche : Drosophila melanogaster puissance du modle


9 jours pour progresser de l'uf l'adulte Gnome 170 millions pb (homme =3 200) 14 000 protines Beaucoup moins de gnes dupliqus que chez les vertbrs
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Problmes des duplications du gnome


Cf. supra : presque tous les gnes ont des paralogues ns par duplication Il peut y avoir duplication de la totalit du gnome (1 voire 2 fois)
saumon, carpe, poisson zbre

Puis il y eut de nombreux changements


perte de copies nouvelles duplications rarrangements (=modification de l'ordre)

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Deux espces diffrentes de la grenouille Xenopus


X. tropicalis diplode X. laevis ttraplode X. ruwenzoriensis hexaplode (18X6=108 chromosomes)

Fig 1-50

Les trois espces auraient diverg il y a 120 millions d'annes


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Redondance gnique
Un gne existe en gnral en plusieurs versions interchangeables : c'est la redondance Une mutation peut n'avoir aucun effet (avion 2 moteurs) Chez la drosophile, les gnes sont peu redondants mutation a un effet (avion 1 moteur) L'organisme peut faire muter une copie Une copie peut tre plus adapte au foie et une autre au cerveau 69

Fig 1-51(A)

Les consquences de la duplication gnique sur l'analyse de la fonction des gnes


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Fig 1-51(B)

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Quelques espces
Les protistes La levure : Saccharomyces cerevisiae Plante : Arabidopsis thaliana Ver : Caenorhabditis elegans Mouche : Drosophila melanogaster Souris : Mus musculus Homme : Homo sapiens
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Souris : Mus musculus


Mammifre
3-4 fois plus de gnes que la drosophile gnome 20 fois plus gros des milliards de fois plus de cellules se ressemblent tous

Comparaison de protines homologues


85% d'analogie entre homme et lphant 70% d'analogie entre homme oiseau 2 fois plus de divergence parce que 2 fois plus de temps d'volution

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poques de divergence des diffrents vertbrs

Fig 1-52
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Souris : Mus musculus


quivalences des maladies de l'homme

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Mme tache blanche sur le front chez l'enfant et chez la souris due une mutation du mme gne kit ncessaire au dveloppement et au maintien des cellules pigmentaires

Fig 1-53
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Quelques espces
Les protistes La levure : Saccharomyces cerevisiae Plante : Arabidopsis thaliana Ver : Caenorhabditis elegans Mouche : Drosophila melanogaster Souris : Mus musculus Homme : Homo sapiens
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Homme : Homo sapiens


L'homme est capable de rapporter ses maladies et ses dsordres gntiques Grosse banque de donnes de 6 milliards d'individus Gnome = 3 milliards de pb norme apport des sept espces pour la connaissance de l'homme
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Homme : Homo sapiens


Qu'est le gnome humain ? 2 individus diffrent de 1 ou 2 nuclotides tous les 1000 nuclotides Le squenage a t fait sur quelques individus Le gnome est variable d'un individu l'autre et varie au cours de la reproduction
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Homme : Homo sapiens Avenir


Il faudrait connatre chaque individu
susceptibilit des maladies rponse un mdicament prvention des mdicaments

Cultures gntiquement modifies Bactries : les utiliser notre profit Tous ont le mme langage gntique
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