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Difusion Cientifica

Proyectos de Jaime Lagunez Otero,


• Implementacion de Laboratorio Virtual y
sistema experto para analizar comunicación
intracelular.
• Analisis de oligonucleotido para inhibir el gen
de 14-3-3σ
• Implementacion de Redes Neuronales
evolutivas para analizar micro-arreglos en
HPC.
• Analisis de oligonucleotido para inhibir
transcriptasa reversa de VIH
• Analisis evolutivo de Secuencias de Tiempo y
Secuencias Espaciales: En colaboración con
el Centro Internacional de Ciencias, A.C.
• Diseño de de oligonucleotido para inhibir el
gen de p66.
Imp leme ntacion de
Lab ora torio Virt ual y
sis tema exp erto p ara
an aliz ar comu nica ción
in tracelu la r.
EGFR R7DTM R7DTM
Shc
PGi PGq PLCβ
Grb2
Sos DG PKC
Ras
Ral-GDS Raf MKK1 PI3K
Rho Ral MEK JNKK PtdIns(3,4,5)P3
RalBp1 PDK Rac
PLD1 ERK JNK
E2F
PC PA Cdc42/Rac Elk1 cJun AKT/PKB
PAK
G2DDC ATM ARF cFos BAD
p300 AP1
ATR DNAPK p53
PML cMyc PKA
MDM2
p21 14-3-3σ GADD45 Bax cAMP
AC
Cdc2 CDC25C Chk1
External
SDS Middle SDS Internal SDS

34
11 9 1 0
3

7 4
25
17 29
10
24 37
8 26 27
31
19 28
13

20
33
12 5 2

23

34 3 9 5
18

13 12 39
15
32
40 16 36 35
21 30
0 1 2 8 11 6 14
6 22 39
38

4 7 10 15 14
25

26

37 27 17 40 22 16

30 35
29 28 21
20 19

33

36 23 18

31

32
24 38
An alis is d e o li gon ucl eo tido
pa ra in hibi r el g en de
14-3-3 σ
Industrial pollutants were first identified in the 1940s and 1950s as causes of
cancer by Wilhelm Hueper, an American doctor working in the chemicals
industry. Most of the industrial contaminants affecting the health of present
generations did not exist before Hueper's time. Toxicopathologist Dr Vyvyan
Howard informs us that, in 2004,
Isr ael i stud y found b reas t cancer m ortali ty d ecline d aft er 19 76 w hen or gano ch lori ne
1976
pes ticid es w er e b anned or usa ge contro ll ed in the co unt ry

Isr ael i stud y sho we d an incre ase d l ev el of p esticid es in b reas t tis sues o f wo men
1978
as so ciated wi th incr eas ed i nc idence of b reas t cancer

Women wo rking a s p ro fessi onal che mists wer e rep or ted to have hig h incid ence o f b re ast
1985
cancer
Ex posure to ag ricul tur al pes ticid es kno wn to caus e can cer in r od ents linked by US
1986 Gover nm ent re se archer s to hig h i ncid en ce o f hum an bre ast can cer in N ass au and
Norf olk countie s
Stud y o f Yusho area in J ap an, w her e po pul atio n w as ex posed to dio xi ns and P CBs ,
1987
re veal ed e levate d bre ast ca nce r r ates
Co rr el atio n b etw ee n pro ximity o f h omes to haz ard ous was te sites an d majo r incre ase s in
1989
breast cancer ris ks
Hig h le vel s of b reas t cancer re por ted in G er man p es ticid e plan t whe re wo men w er e
1991
exp ose d to d iox ins
Women exp os ed to chl orina ted o rg anic so lvents r ep orted to have h ig h i nc idence o f
1991
breast cancer

Women bo rn to mothe rs wi th p re -e clamp sia and th ere fore l ow er o estr oge n l evels d ur ing
preg nancy had sig ni fica ntl y re du ced ri sks of d evelo ping brea st cancer co mpa re d wi th
1992
co nt rols . Women b orn to m other s wi th ele vated o es tro gen durin g pre gnancy had an
incr eas ed r is k of b reas t cancer

Women wo rking a s h aird res ser s and w omen usi ng hai r d yes w ere r ep orted to have an
1993
exces si ve incid ence of b reast cancer
Oligonucleótidos Terapéuticos

Oligonucleótidos Formadores de
Triplex TFO´s (DNA y/o RNA)
Antisentido (DNA o RNA)
Ribozimas (RNA)
m RNA
Ribosoma

Polimerasa

Proteína
DNA
5´CCC CTC CTT TCC CTC AGA CCT CAG TTT CCC 3´

3´GGG GAG GAA AGG GAG TCT GGA GTC AAAGGG5´


5´XGGC GAG GAA ACG GAG AGA GGA CAGAAAGCG3´
NH2

N
HO O
OH

N O

HO
O
H H

H H
O O CH3
CNS
O P O-

O-
Antiparalela Hoogsteen inversa
O- O-
O
P O P O-
O-
H O
O H
H H H
HO H
H

AAT
H H
O H
O
HO
O
N N -O
N
P
N H H O
N
-O
N N N

GGC
N
H H
H O
N H H
H H H N H
O N N N O O
O H O O O
H H
N N N N P
N H N H
O H O
H H -O
H H
-O H
O- N O
N N N
N
P H
H
O H
O
H
O-
-O
H H
H
H H
O O P O-
H O H

O H
H H

H H
O
HO

N O H
H O

5´CTT3´
N H H
O
O O
N
H N N
N P
N H H O

3´GAA5´
O H -O
O H
-O N
O- N
P H

5´GAT3´ TAT
O
O H
H H
H O
Dicroismo Circular
800

600
Elipticidad/M cm

400 Sencilla
Duplex
200
Triplex
0
200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320

-200

-400

-600
Longitud de onda
1 2 3 4

Doble Control
Sencilla
0.25
s/n
0.2
c/a s/oligo
0.15 0.025
0.05
0.1 1
2
0.05
4

T0 T1 T2 T4 T8 T12 T18 T24

T(h)
Adr
A431 Adr Oli Oli

14-3-3σ
Implementacion de Redes
Neuronales evolutivas para
analizar micro-arreglos en
HPC.
C1 C2 Cp

...
capa
de
salida

conexio ... ...


nes capas
oculta
s

capa ...
de
entrad
a X1 X2 X3 Xn

Figura 3. Estructura del modelo.


Figura 1. Estructura general de una red
neuronal artificial.
Variables y Coeficientes

• CV Coeficiente de vitalidad
• RP Radio del centroide
• Ro Radio inicial
• gv Constante de decisión para eliminación por RP
∀ βv Constante de decisión para eliminación por CV
• X Patrón de entrada
• N Dimensión del patrón X
• Factor para modificación del CV
• CV Coeficiente de vitalidad, es una medida que proporciona información acerca de que tan frecuentemente ha
resultado ganador el centroide en cuestión, lo que se traduce en una medida de su eficacia como representativo
de patrones de expresión de genes.Figu ra 3 Algo rit mo de cl ust ering no superv isa do

RP Radio del centroide, define la vecindad del centroide. Los patrones que se encuentran a una distancia del
centroide menor a su radio vienen clasificados por este centroide.
• Ro Radio inicial, es proporcionado por el usuario.

• gv es el valor mínimo que puede tomar el radio, prototipos con un radio menor a este valor serán eliminados de
la red.
∀ β v es el valor mínimo que puede tomar el coeficiente de vitalidad, prototipos con un CV menor a este valor serán
eliminados de la red.
• X es el patrón de entrada y representa el vector con los valores de expresión de un mismo gene en N
experimentos realizados.
• d(X, P) es la distancia entre el patrón de ingreso y el vector de peso del centroide, constituye el criterio usado
como base para definir los cúmulos de patrones.
• Pi es el centroide que se está evaluando actualmente, con 1<i<n.
• WC cada centroide representa una clase y se indica con este valor, más de un centroide puede pertenecer a una
misma clase, estos centroides forman los cúmulos o clusters.
• CS al crear la neurona de salida se le asigna este valor y representa la clase asociada al cluster de la capa oculta.
∀ α es el factor para la modificación del CV de cada centroide.
An Ev olv in g
Ne ural Net work for the In te rpr et ation of Gen e Expre ssion
Patt ern s .
O MI CS A J ourn al of I nteg rativ e Bio log y, V ol um e 9 , N um ber
2, 2 005, pag es 2 07-2 15. Mar qu ez, M.C., G onzal ez, P.P and Lagu nez- Otero , J . ( 20 05)

• Res umen .
• Los datos biológicos provenientes de los avances en genómica 90s se ve
reflejado en los grandes bancos de información biológica con que se
cuenta, tanto de dominio público como privado. Es ahora cuando se
requiere el apoyo de las herramientas de la información que permitan
extraer la mayor cantidad de conocimiento. En este trabajo [10] se
presenta un modelo neuronal inteligente capaz de realizar clustering no
supervisado que tiene como finalidad el aplicarlo a datos biológicos
referentes a patrones de expresión de genes, se trata de un modelo de red
neuronal artificial. Los resultados generados representan la clasificación de
grupos de genes en diferentes clases, acompañados de un segundo nivel de
clasificación representado en cada uno de los centroides que integran los
clusters representativos de cada clase. La red tiene una arquitectura que se
forma libremente de acuerdo con las necesidades de los patrones
presentados.
• Palabras clave: Inteligencia computacional, redes neuronales, expresión de
genes, clustering.
An al isi s de o ligo nu cleoti do
pa ra inhi bi r tra ns cr iptasa
reve rsa de VI H
Prevalencia de SIDA en el mundo
• Patent Application
• Oligoribonucleotide Inhibitor of Retroviral Reverse Transcriptase
• Inven to r:


Jai me L agú nez -Otero
Asig nee

• Re ference U.S. p atent s


• 6,1 3 2,7 2 5
• 55 23 3 89 E cker et al. … . 6/ 1 99 6… … Inh ib itors of hu ma n imm unod ef icie nc y viru s
• 5,1 7 6,9 9 6 Me thod f or m aking s yn th etic ol ig onu cl eotid es w hic h bi nd sp ec ific ally to targ et sites o n dup lex DN A m ole cu les, by f orm ing a co linear
trip le x, th e syn thet ic o lig onu c leotid es and meth ods of use
• 5,1 7 5,2 6 6 Nucleo sid es a nd o lig onu c leos id es w ith a phosphate-fre e intern ucle osi de bac kbo ne and pro cess fo r p rep aring the s ame
• 5 ,50 2 ,04 Potent inh ib itor of HIV reverse t ra nsc rip tas e
• OTH ER P UBLICATION S
• 1 Human im mun ode fic iency virus typ e-1 reverse transc riptio n can b e inhibi ted i n vitro b y oli go nucle ot ide s th a t targ et b oth natural
and synt hetic tR NA prim ers. W ei X , Gotte M , Wainberg MA : Nuc leic Ac ids R es. 20 00 Au g 1 5 ;28 (1 6) :30 65 -7 4. CIT. IDS: PMID:
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20 41 8 06 3
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pri mer tRN A(Lys3) , i nitiatio n of cD NA s ynth es is, a nd e ffe ct of inhibi tors. Dufour E , El Dira ni-Diab R , Bo ulm e F, Fo urn ier M, N evinsky G ,
Tarrag o-Litv a k L, Litvak S, And reol a M L Eur J Bioc hem . 1 9 98 J an 1 5; 2 5 1( 1-2 ): 4 8 7-9 5. CIT. IDS: PM ID : 94 9 23 22 UI : 9 81 5 12 86
• 6 Re verse transcri ptase (R T) in hib ition o f P CR a t low conc en trations of temp la te and i ts im plic ations for quant itative RT-P CR.
Chan dler DP, Wag non CA, Bo lt on H J r Ap pl E nviron M icro bi ol. 19 9 8 F eb; 6 4 (2 ): 6 69 -77 . CIT. IDS: PM ID: 94 6 44 06 U I: 9 81 25 6 82
• 7 Phos phoro thioa te oli go nucle otide s d erived f rom hu ma n imm unod ef icie nc y virus type 1 ( HIV-1 ) p rim er tRN ALy s 3 are s tro ng
inh ib itors of HIV-1 revers e transcrip ta se a nd a rrest viral rep lica tio n in infec ted c ells . E l Di ran i-D iab R , Sarih-Co ttin L, De lord B, Dumo n
B, M ore au S, Toulm e J J, Fl eury H, Litvak S Ant imic rob Ag ent s Chemo ther. 19 97 Oc t;4 1( 10 ): 2 14 1 -8. CIT. IDS: PMID: 9 33 30 3 9 U I: 9 74 7 21 69
• 8 Inh ib itio n of HIV-1 rep li cation using a m ut ated tRN ALy s-3 prim er. Lu Y, P lanelle s V, Li X , P alaniap pan C, Day B, Ch a llita-E id P , Am ad o R ,
Step hens D, Kohn D B, Bakker A, F ay P , Bam bara R A, Ro senbl at t J D J Biol Chem. 19 9 7 Jun 6 ;27 2 (23 ) :14 52 3-3 1 . CI T. I DS :PMI D: 9 1 69 40 9 U I:
97 31 3 41 5
• 9 Int eraction o f human im mun odefic iency virus type 1 reverse tra nsc rip tase w ith p rime r tRN A Lys3 and af finity mo di fica tio n of
Diseño de oligonucleotido para inhibir el gen de p66.
Interes por parte
Esta de los
propuesta
medios oligonucleótido de
consiste en un

ARN que se dirige a


la enzima
trancriptasa reversa
(TR); de esta forma
es capaz de inhibir
la replicación del
virus. Los
oligonucleótidos son
fragmentos de ADN
• El grupo delseDr.
que dirigen a
Lagunez puntos
Otero, específicos
del
Instituto
de de
un cromosoma o
Química de
deuna
la UNAM
proteína.
presenta el trabajo
en Australia en el
Estudiantes y Colaboradores
Maura Cárdenas
Pedro Pablo Gonzalez, UAM
Adriana Ramirez
Vicente Madrid, INSP
Armando Franyutti,
Ricardo Reyes Chilpa, IQ
Octavio Rosas, Yvonne Lagunez Otero,
Dr. Marco Jose, Director del Centro
Internacional de Ciencias