Aplicaciones de las tcnicas de Biologa molecular al diagnstico microbiolgico en Chile

Cul es nuestra realidad?

Alumna: Javiera Inostroza Z. Fecha: 19/11/2012 Microbiologa II

Introduccin
Hechos destacados: 1953: Doble hebra de DNA. Watson y Crick 1975: Secuenciacin. Mtodo de Sanger 1883-1885: Invencin de PCR. Kary Mullis 1984: PFGE. Schwartz y Cantor

Realidad en Chile
Laboratorio
Lab. HCUCH

Mtodo
PCR tiempo real

Lab. de gastroenterologa HCUCH

Lab. PUC

PCR tiempo real

PCR tiempo real PCR convencional Secuenciacin PGFE Amplificacin mediada por transcripcin PCR tiempo real PCR tiempo real PCR tiempo real PCR tiempo real PCR tiempo real

Lab. Clnica Las Condes Lab. Clnica Alemana Lab. Clnica Santa Mara Lab. Clnica Dvila Lab. Barnafi Krause

Lab. CUCM
Lab. aclin (Valparaso) ISP

PCR tiempo real

PCR tiempo real PCR tiempo real PFGE

PCR en tiempo real

Deteccin del producto amplificado en tiempo real
Deteccin de fluorescencia (sondas especficas/agentes intercalantes)

Cualitativo y cuantitativo.

Equipos Q-PCR

LightCycler 2.0 GeneXpert

Microorganismos detectados
Microorganismo Adenovirus Laboratorio Lab. Barnafi Krause Lab. Clnica Dvila Lab. Clnica Santa Mara Lab.PUC Lab. Aclin (Valparaso) ISP HCUCH Lab. Barnafi Krause Lab. Aclin (Valparaso) Lab. Clnica Dvila Lab. Clnica Santa Mara HCUCH Lab. Barnafi Krause Lab. Clnica Dvila Lab. Clnica Santa Mara
HCUCH Lab. Barnafi Krause Lab. Aclin (Valparaso) Lab. Clnica Dvila Lab. Clnica Santa Mara Lab. PUC

VHH-6 VHH-8

Lab. Barnafi Krause Lab. Clnica Dvila Lab. Clnica Dvila

Virus polioma BK Virus polioma JC

HCUCH

Metaneumovirus

Lab. Clnica Dvila Lab. Clnica Santa Mara

HCUCH Lab. Barnafi Krause ISP Lab. Clnica Santa Mara

HCUCH Lab. Clnica Dvila Lab. Clnica Santa Mara Lab. de gastroenterologa HCUCH Lab. Aclin (Valparaso) Lab. Clnica Dvila Lab. Clnica Santa Mara Lab. de gastroenterologa HCUCH Lab. Aclin (Valparaso) Lab. Barnafi Krause Lab. Clnica Dvila Lab. CUCM Lab. Clnica Dvila Lab. Clnica Santa Mara Clnica Dvila

VHC

VIH

Virus Influenza A(H1N1)

CMV

VHB

VRS

Lab. Barnafi Krause Lab. Clnica Santa Mara

HCUCH Lab. Clnica Dvila Lab. Clnica Santa Mara HCUCH Lab. Clnica Dvila Lab. Clnica Santa Mara HCUCH Lab. Clnica Dvila Lab. Clnica Santa Mara

Enterovirus

VPH

VEB

Parvovirus

Virus Hanta

HSV I yII

VZV

Virus

Microorganismos detectados
Microorganismo Bordetella pertusis Laboratorio HCUCH Lab. Barnafi Krause Lab. Clnica Dvila Lab. Clnica Santa Mara Lab. PUC Lab. Clnica Dvila Lab. Clnica Santa Mara HCUCH Lab. PUC ISP Lab. Clnica Dvila Lab. Clnica Santa Mara
ISP HCUCH

Micobacterias

Chlamydia pneumoniae Chlamydia trachomatis

Clnica Alemana Lab. Clnica Dvila Lab. Clnica Santa Mara Lab. PUC (deteccin simultanea de resistencia a rifampicina) HCUCHLab. PUC Lab. Clnica Dvila ISP ISP Lab. Clnica Dvila ISP ISP Lab. PUC (identificacin de toxinas) Lab. Clnica Dvila

Streptococcus pneumoniae Ureaplasma Listeria

Lab. Clnica Dvila HCUCH Lab. Clnica Dvila Lab. Clnica Dvila Lab.Clnica Santa Mara Lab. PUC

Neisseria gonorrhoeae Neisseria meningitidis Legionella

Treponema pallidum SAMR

Lab. Clnica Santa Mara

Bacterias

Chlamydia psitacci Mycoplasma pneumoniae

Klebsiella pneumoniae Escherichia coli (STEC)

Pneumocistis jiroveci

Lab. Barnafi Krause Lab. Clnica Dvila Lab. Clnica Santa Mara
HCUCH

Lab. Clnica Santa Mara Lab. PUC

Hongos

Enterococcus

Clostridium difficile

Streptococcus grupo B

Lab. Barnafi Krause

Lab. Clnica Dvila

En qu casos se utilizan las tcnicas de Biologa molecular? No cultivables

Microorganismo Bordetella pertusis Laboratorio HCUCH Lab. Barnafi Krause Lab. Clnica Dvila Lab. Clnica Santa Mara Lab. PUC Lab. Clnica Dvila Lab. Clnica Santa Mara HCUCH Lab. PUC ISP Lab. Clnica Dvila Lab. Clnica Santa Mara
ISP HCUCH

Chlamydia pneumoniae

Chlamydia trachomatis

Chlamydia
Chlamydia psitacci Mycoplasma pneumoniae

Lab. Barnafi Krause Lab. Clnica Dvila Lab. Clnica Santa Mara Clostridium difficile
HCUCH

Lab. Barnafi Krause

En qu casos se utilizan las tcnicas de Biologa molecular?

Crecimiento lento
Micobacterias Clnica Alemana Lab. Clnica Dvila Lab. Clnica Santa Mara Lab. PUC (deteccin simultanea de

resistencia a rifampicina)
Neisseria gonorrhoeae Neisseria meningitidis Legionella HCUCHLab. PUC Lab. Clnica Dvila ISP ISP Lab. Clnica Dvila

Mycobacterium tuberculosis MTB/RIF-Xpert: deteccin de mutacin genrpoB/regin81bp S: 98%

Klebsiella pneumoniae
Escherichia coli (STEC)

ISP
ISP Lab. PUC (identificacin de toxinas) Lab. Clnica Dvila

Enterococcus

En qu casos se utilizan las tcnicas de Biologa molecular? Identificacin de genes de R

Klebsiella pneumoniae y E. coli con presencia de carbapenemasas KPC. Identificacin de Tipo de Carbapenemasa KPC por PCR y secuenciacin. Tipificacin gentica por electroforesis de campo pulsado (PFGE).

1 hallazgo: 14 de Abril de 2012

-secuenciacin del gen KPC revel la presencia de KPC-2

27 de Abril de 2012: confirmacin de 3 casos en la regin metropolitana. -Test de Hodge -Test de cido bornico

-PCR: BlaTEM: Positivo BlaSHV Positivo BlaOXA Positivo Bla KPC Positivo BlaCTXM Negativo BlaPER Negativo BlaVIM Negativo BlaIMP Negativo BlaSME Negativo

Departamento Laboratorio Biomdico Nacional y de Refetencia. Instituto de Salud Pblica de Chile

En qu casos se utilizan las tcnicas de Biologa molecular?

Micobacterias

Identificacin de toxinas
Neisseria gonorrhoeae Neisseria meningitidis Legionella Klebsiella pneumoniae

Clnica Alemana Lab. Clnica Dvila Lab. Clnica Santa Mara Lab. PUC (deteccin simultanea de resistencia a rifampicina)

HCUCHLab. PUC Lab. Clnica Dvila ISP ISP Lab. Clnica Dvila ISP

Escherichia coli (STEC)

Lab. Microbiologa molecular, seccin Bacteriologa ISP

Enterococcus

ISP Lab. PUC (identificacin de toxinas)

Lab. Clnica Dvila

En qu casos se utilizan las tcnicas de Biologa molecular?

VIH

Cuantificacin
-Carga Viral

Lab. Aclin (Valparaso) ISP HCUCH Lab. Barnafi Krause Lab. Aclin (Valparaso) Lab. Clnica Dvila Lab. Clnica Santa Mara
HCUCH Lab. Clnica Dvila Lab. Clnica Santa Mara

CMV

Parvovirus

VEB

HCUCH Lab. Barnafi Krause Lab. Clnica Dvila Lab. Clnica Santa Mara
Lab. de gastroenterologa HCUCH Lab. Aclin (Valparaso) Lab. Clnica Dvila Lab. Clnica Santa Mara Lab. de gastroenterologa HCUCH Lab. Aclin (Valparaso) Lab. Barnafi Krause Lab. Clnica Dvila

VHC

VHB

En qu casos se utilizan las tcnicas de Biologa molecular? Tcnicas de eleccin con baja S y E IF: 57,2% a 75%
TestPack H1N1: 47,3 a

61,5 %

PCR:93 a 100%

En qu casos se utilizan las tcnicas de Biologa molecular? Estudios epidemiolgicos

Estudio de brote por Neisseria meningitidis W135

En qu casos se utilizan las tcnicas de Biologa molecular?

Otras metodologas sin resultado

Amplificacin de gen 16S

Secuenciacin

Base de datos

Nuevas metodologas
APTIMA COMBO 2 GENE-PROBE (Amplificacin mediada por transcripcin) Deteccin simultnea de Neisseria gonorrhoeae y Chlamydia trachomatis. Chlamydia trachomatis Neisseria gonorrhoeae

Sensibilidad clnica
Cultivo* 70-85%

Demora
1 semana

Sensibilidad clnica
72%

Demora
72 horas

APTIMA COMBO 2

94-97%

48 horas**

91-99%

En el da

Conclusiones
Mtodos altamente sensibles y especficos Uso en epidemiologa Resultados rpidos Posibilidad de cuantificacin Uso en conjunto con tcnicas tradicionales Cuidadosa interpretacin clnica del paciente

Fin de la presentacin Preguntas?

Anexo

23S ARNr a partir de CT y una regin especfica de 16S ARNr a partir de GC mediante intermediarios de ADN.