Procesamiento Digital de Seales Biomdicas

Dr. Juan Jos Aranda Aboy

Profesor Titular

Sistemas
Este concepto se utiliza para describir mediante Modelos, principalmente matemticos, los diferentes procesos fsicos, qumicos, biolgicos sociales que ocurren. Los Sistemas estn integrados por varios elementos dispositivos mediante interconexiones grandes y complejas. Los elementos que conforman el sistema cumplen, por lo general, diferentes funciones dentro del mismo. Como algunos ejemplos de sistemas podemos sealar:
El Universo La Galaxia La Tierra El Cuerpo Humano La Clula La Molcula El tomo - Las Naciones Unidas - El Televisor - Internet - La Bolsa de Negocios - La Universidad - El Hospital - El Automvil
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Clasificaciones de los Sistemas

En base a sus caractersticas, se ubican en categoras no necesariamente excluyentes entre si. Algunas categoras tpicamente utilizadas son: Esttico Peridico Invariante en el tiempo Lineal Determinstico Estable Causal Dinmico Aperidico No Lineal Probabilstico (Aleatorio) Catico Auto semejante (Fractal)

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Informacin
Es un mensaje sobre los eventos que tienen efecto en el interior de los sistemas mas complejos y en su relacin con el medio exterior.

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Teora de la Informacin
Se ocupa de la estimacin cuantitativa acerca de cmo se comunica, o sea, como se transmite la informacin en el espacio y en el tiempo.

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Seales
Son funciones que describen la variacin a travs del tiempo de las variables dentro de un proceso. Cada seal brinda informacin acerca del estado en que se encuentra una determinada condicin dentro del proceso en estudio. Ejemplos:
La variacin de la temperatura de un cuerpo, La aceleracin de un automvil, Etc.
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Sistemas y Seales
Para su estudio, los sistemas se definen en trminos de la relacin a travs del tiempo que se establece entre dos vectores de seales, uno de entrada y otro de salida.
SISTEMA Vector de Seales a la Entrada X(t) Funcin de Transferencia H(t) Vector de Seales a la Salida Y(t)

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Teora de Seales
Existen diversos motivos para estudiar seales: 1. Modelado: Para desarrollar una descripcin del comportamiento del proceso observado. 2. Anlisis: Para obtener informacin del proceso a partir de las seales que entrega. 3. Diseo: Cumple dos propsitos:
a) Asociar una seal con su contenido informativo, y b) Determinar y predecir la forma de la seal que se propagar a travs de un sistema.
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Procesamiento de Seales
Brinda un marco de trabajo slido para conceptuar y analizar la conducta de los sistemas de manera organizada y coherente. Puede realizarse de dos formas:
Analgico: Si las seales se procesan de forma continua en el tiempo, aunque los valores de cada seal individual pueden ser continuos discretos. Digital: Cuando las seales se procesan utilizando tcnicas discretas, numricas, para lo cual se emplean muestras digitalizadas con un perodo fijo, en valores de tiempo bien determinados; y cuantificadas en niveles de valores discretos de amplitud intensidad predefinidos.
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Ejemplos de Seales
Las siguientes grficas muestran la funcin seno: Continua Discreta

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Muestreo
Se toman valores de la seal en intervalos de tiempo fijos, o sea, con un perodo T dado. Comnmente se utiliza tambin el trmino Frecuencia de Muestreo, que equivale al inverso del perodo: = 1/T y se mide en hertzios(Hz).
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Teorema del Muestreo (Nyquist)

Una seal continua slo puede ser muestreada apropiadamente si y solamente si no contiene componentes de frecuencia por encima de la mitad de la razn de muestreo.
Establece que para lograr la apropiada reconstruccin de una seal analgica a partir de una seal muestreada, se necesita que dicho muestreo se haya realizado al menos al doble de la mxima frecuencia existente en la seal analgica original.
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Muestreo apropiado
Estas muestras NO contienen toda la informacin necesitada para reconstruir la seal
Estas muestras SI contienen toda la informacin necesitada para reconstruir la seal
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Cuantificacin
Proceso mediante el cual se convierte de una amplitud infinitamente precisa a un valor binario. Se toman valores en intervalos de amplitud intensidad fijos, a partir de un nivel conocido como Bit Menos Significativo (LSB) prefijado. Su unidad depende del tipo de sistema que entrega la seal:
voltios si es tensin elctrica, amperes si se trata de intensidad de la corriente elctrica, latidos por minuto, milmetros de mercurio en el caso de la presin, etc.
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Proceso de Digitalizacin
Las partes de este proceso son: a) Muestreo y Retencin: S/H b) Conversin Analgica a Digital: ADC. Este proceso demanda un tiempo conocido como Tiempo de Conversin.

Error de Cuantificacin
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Transformaciones Ortogonales
Son herramientas matemticas comnmente utilizadas para extraer informacin til de las seales. Ejemplos tpicos son:
Transformada de Fourier Transformadas de pequeas onditas (Wavelets)

Estas transformaciones cambian la correlacin de la informacin temporal, y permiten encontrar en otros espacios, como el dominio de las frecuencias la escala, caractersticas no observables en el tiempo.
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Dominios temporal y de frecuencias

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Ejemplo: Electrocardiograma
En el dominio temporal: En el dominio de la frecuencia:

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Transformada de Fourier
Consiste en representar una seal s(t) mediante una sumatoria de funciones sinusoidales:

donde 0 = 2 / T.
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Base ortogonal con componentes a distintas frecuencias

Cosenos a frecuencias fijas

Senos a frecuencias fijas

Determinacin de los coeficientes bn y cn de la expansin en series de Fourier

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Transformada Discreta de Fourier

La Transformada Discreta de Fourier (DFT) es la herramienta primaria, bsica, fundamental del Procesamiento Digital de Seales (DSP). Su algoritmo de clculo, conocido como Transformada Rpida de Fourier (FFT) es: DIRECTA INVERSA

que utiliza el hecho de que:

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Espectro de Frecuencias
Herramienta utilizada para determinar las caractersticas de variacin de la frecuencia a travs del tiempo.

Se obtiene calculando la Transformada Rpida de Fourier (FFT) de tramos consecutivos y traslapados de la seal.
Sonido cuyo espectro de frecuencias se visualiza. Dr. Juan Jos Aranda Aboy Profesor Titular Programa Ejemplo (en vivo)

Transformada de Gabor Short-Time Fourier Transform

Se utiliza una funcin ventana de tipo gaussiano para la localizacin en el tiempo de las frecuencias. Existe un parmetro b, equivalente a un intervalo de tiempo fijo que es empleado para trasladar dicha ventana sobre la seal, con el objetivo de cubrir todo el dominio temporal. Permite analizar la seal en su relacin tiempo frecuencia.
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Transformadas Wavelet

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Transformadas Wavelets
Las wavelets son un conjunto de funciones bases que permiten expresar cualquier funcin en el espacio como combinacin lineal de traslaciones en el tiempo y dilataciones de una unica funcion madre W(t); y que emplean un parmeto de escala 2J, de una funcin simple: f(t) = b(J,k) W(2J t - k) Estas traslaciones y dilataciones necesitan ser ortogonales La descomposicin permite el anlisis multiresolucin de la funcin f(t). Los b(J,k) contienen la informacin cerca de la frecuencia 2J y el tiempo 2-J k. La wavelet W(t) tiene que satisfacer condiciones que aseguren que esta descomposicin es vlida.
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Comparacin

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Ejemplo

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Dilatacin

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Traslacin

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Subespacios Anidados
Los espacios anidados de funciones se expanden en niveles de detalle.

Relacin entre escala y espacios de funcin wavelet

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Banco de filtros en espejo

Potencialidades de divisin en frecuencias

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Descomposicin - Reconstruccin

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Descomposicin - Reconstruccin

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Anlisis - Sntesis

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Ejemplo de wavelets
Decom position at level 5 : s = a5 + d5 + d4 + d3 + d2 + d1 . 1

s a

0 -1 0.5

0 -0.5 1

d5 d

0 -1 1

0 -1 1

0 -1 0.5

d2 d

0 -0.5 0.4 0.2 0 -0.2 -0.4 0.5 1 1.5 2 2.5 3 x 10

5

Sonido que se visualiza.

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Espectro wavelet del Electrocardiograma

Analyzed Signal (length = 957) 1.5 1 0.5 0 -0.5 100 61 57 53 49 45 41 37 33 29 25 21 17 13 9 5 1 Scale of colors from MIN to MAX Coefficients Line - Ca,b for scale a = 32 (frequency = 0.021) 1 0 -1 200 300 400 500 600 700 800 Ca,b Coefficients - Coloration m ode : init + by scale + abs 900

100

200

300

400 500 600 Local Maxim a Lines

700

800

900

61 57 53 49 45 41 37 33 29 25 21 17 13 9 5 1 100 200 300 400 500 600 700 800 900

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Descomposicin wavelet del Electrocardiograma

Decom position at level 5 : s = a5 + d5 + d4 + d3 + d2 + d1 . 1.5 1 0.5 0 -0.5 0.4 0.2 0 0.1 0 -0.1 0.2

s a

d5 d

0 -0.2 0.2

0 -0.2 0.5

d2 d

0 -0.5 1 0.5 0 -0.5 100 200 300 400 500 600 700 800 900

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Aplicaciones del Procesamiento de Seales

Algunas aplicaciones actuales del Procesamiento de Seales son: el espacio: Anlisis inteligente de los cuerpos celestes mediante sondas espaciales, mejoramiento de fotografas, etc. el comercio y la economa: Prediccin de las variaciones de la bolsa, video conferencias, etc. las telecomunicaciones y el entretenimiento: Internet, video juegos, telefona mvil, etc. la industria: Prospeccin minera y de combustibles fsiles, supervisin y control de procesos industriales, validacin no destructiva de la calidad de los productos, etc. la esfera militar: Radar, Sonar, conduccin remota de armamento, etc. la investigacin cientfica: Grabacin y anlisis de terremotos, anlisis espectral de compuestos, etc. los cuidados de salud: Equipos para ayuda al diagnstico, a la terapia y a la rehabilitacin; Almacenamiento de estudios realizados a los pacientes, etc. y otras mltiples en constante desarrollo e innovacin ...
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Seales en Ingeniera Biomdica

La Ingeniera Biomdica utiliza el Procesamiento de Seales para construir equipos y sistemas que faciliten el diagnstico y la terapia de los pacientes, lo que incide directamente en la mejor calidad de vida de los seres humanos. Su objeto de estudio, en general, es el sistema cuerpo humano, tanto individualmente como inmerso dentro de otros sistemas como el sistema hospital. Estos sistemas entregan diversos tipos de seales, que son analizadas para obtener rasgos indicativos de los patrones que se clasifican como:
Normal (PEj.: Individuo Sano) No Normal (PEj.: Paciente con Disfuncin Cardiaca)
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Problemtica de las Seales Biomdicas

El cuerpo humano es un sistema muy complejo,
Dinmico, No Lineal, Estable? Probabilstico?, etc.

que se encuentra dentro de otros sistemas mayores (PEj.: el planeta Tierra) cuyas caractersticas inciden l e incluso determinan algunas de sus propiedades particulares (PEj.: Ritmo Circadiano)
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Tipos de Seales Biomdicas

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Ejemplos de Seales Biomdicas

Flujo sanguneo en la arteria media del cerebro Electrocardiograma

Frecuencia cardiaca instantnea Electromiograma de la lengua

ngulo de rotacin de la rodilla Dr. Juan Jos Aranda Aboy Profesor Titular Intensidad de la fluorescencia de clulas excitadas con lser.

Tipos de Procesamiento

En Ingeniera Biomdica principalmente se realizan las siguientes tareas: Filtrado.- Para eliminar suavizar el ruido que se introduce durante el proceso de adquisicin de la seal y que puede originarse por mltiples fenmenos tales como: movimientos del paciente, interferencia electromagntica, otros fenmenos fisiolgicos ajenos al que se mide, etc. Deteccin de caractersticas.- Para contribuir al diagnstico a la terapia. Compresin.- Para ocupar menos espacio de almacenamiento y menor tiempo en la transmisin de informacin til.

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Ejemplo: Filtrado

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Ejemplo: Deteccin de la Onda R

1 0.5 0 0.4 0.2 0 -0.2 -0.4 0.2 0.1 0 -0.1 -0.2 0 100 200 300 400 500 2da derivada 600 700 800 900 1000 0 100 200 300 400 500 1ra derivada 600 700 800 900 1000 0 100 200 300 400 500 Original 600 700 800 900 1000

Algoritmo utilizado:
1. 2. Obtener la primera derivada de la seal: Sus ceros indican los Puntos de Inflexin. Calcular la segunda derivada: Sus mnimos indican los valores mximos de la funcin. Dr. Juan Jos Aranda Aboy Profesor Titular

Posiciones de los "peaks" encontradas

1 0.9 0.8

0.7

0.6

Amplitud

0.5

0.4

0.3

0.2

0.1

100

200

300

400 500 600 Numero de Muestra

700

800

900

1000

80

271

454

644

825

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Ejemplo: Compresin

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La asignatura dentro de la carrera

Prerequisitos del Ciclo bsico:
Matemtica (s) y lgebra Lineal, Fsica (s), Estructura de la Materia, Biologa (s) Bases de la Electromedicina Biofsica Mtodos Numricos Mediciones Biomdicas Probabilidades y Estadsticas Electromedicina 1 ( Electrnica Analgica) Electromedicina 2 ( Electrnica Digital)

Prerequisitos del Ciclo de especialidad:

Los conocimientos adquiridos se utilizan fundamentalmente en:

Bioingeniera (s), Procesamiento de Imgenes Biomdicas

Tambin pueden emplearse para desarrollar el Trabajo de Ttulo.

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Herramientas disponibles
MATLAB

LABVIEW

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Investigacin en desarrollo
HERRAMIENTAS PARA APOYAR EL DIAGNSTICO DE ENFERMEDADES POR INFECCIONES RESPIRATORIAS AGUDAS (IRA).
Investigadores:
Carolina Alvarado (estudiante en Tesis) Juan Jos Aranda (Profesor gua) Luis Togo Arredondo (Profesor referente) Agustn Gallardo (Ingeniero Civil Electrnico)
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Investigacin en desarrollo
COMPRESIN INTELIGENTE DE SECUENCIAS DE IMGENES ECOCARDIOGRFICAS Investigadores:
Ana Donoso (estudiante en Tesis) Juan Jos Aranda (Profesor gua)

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Bibliografa

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