AMINOCIDOS Y

PROTENAS
UNIDAD III
AMINOCIDOS
Las protenas son biopolmeros o biomolculas
grandes que se encuentran en todo organimo
vivo.
Existen muchos tipos y tienen muchas funciones
biolgicas.
Sea cual sea su funcin, todas las protenas
estn constitudas de -aminocidos. Es decir son
biopolmeros de -aminocidos.
Los aminocidos son bifuncionales. Contienen un
grupo amino bsico y un grupo carboxlo cido.
Las propiedades fsicas y qumicas de las
protenas dependen de los aminocidos
constituyentes.
Estructura
Estructura
El trmino aminocido define cualquier molcula un
grupo amino y un grupo cido.
El cido ms simple es el cido amino actico o
Glicina.
Otros aminocidos comunes tienen cadenas laterales
( R )sustituidas en el Carbono
H
2
N-CH
2
-COOH H
2
N-CH-COOH H
2
N-CH-
COOH

R CH
3
Glicina Aminocido Alanina
(R=CH
3
)
Sustituido
Excepto la glicina, todos los -aminocidos son
quirales. En todos los casos, el tomo de C
alfa es asimtrico.
Los aminocidos tienen muchas propiedades y
reacciones de las aminas y de los cidos
carboxlicos. La combinacin de un grupo NH
2
(bsico) y un COOH (cido) en la misma
molcula da lugar a propiedades y reacciones
caractersticas.
Las cadenas laterales de algunos aminocidos
tambin tienen grupos funcionales que dan
lugar a propiedades interesantes y
experimentan reacciones caractersticas de
esos grupos.
Aminocidos estndar de las
Protenas
Nombr
e
Smbo
lo
Abreviatur
a
Estructura Grupo
Funcional
de la
cadena
lateral
Punto
Isoelctric
o
Glicina

Alanina


Valina #



Leucina
#

G

A


V



L
Gly

Ala


Val



Leu
H
2
N-CH
2
-COOH

H
2
N-CH-COOH

CH
3
H
2
N-CH-COOH

CH
3
-CH-CH
3

H
2
N-CH-COOH

CH
2
-CH-CH
3


CH
3
Ninguno

Grupo
alquilo


Grupo
alquilo



Grupo
alquilo

6.0

6.0


6.0



6.0
Nombre

Smbol
o
Abreviatura

Estructura

Grupo
Funcional
de la
cadena
lateral

Punto
Isoelctric
o
Isoleucina #



Fenilalanina
#




Prolina



Serina


I



F




P



S
Ileu



Phe




Pro



Ser
H
2
N-CH-COOH

CH
3
-CH-CH
2
- CH
3


H
2
N-CH-COOH

CH
2
-


HN - CH-COOH

H
2
C CH
2
CH
2
H
2
N-CH-COOH


CH
2
- OH


Grupo
alquilo


Grupo
aromtico



Estructura
cclica
rgida

Grupo
hidroxilo
6.0



5.5




6.3



5.7
Nombre Smbo
lo
Abreviatur
a
Estructura Grupo
Funciona
l de la
cadena
lateral
Punto
Isoelctri
co
Treonina #



Tirosina#




Cistena



Metionina #

T



Y




C



M
Thr



Tyr




Cys



Met
H
2
N-CH-COOH

OH-CH-CH
3


H
2
N-CH-COOH

CH
2
- -OH


HN - CH-COOH

H
2
C - SH



H
2
N-CH-COOH

CH
2
- CH
2
S-CH
3

Grupo
hidroxilo


Grupo
OH
fenlico



tiol


Sulfuro
5.6



5.7





5.0


5.7
Nombre Smbol
o
Abreviatu
ra
Estructura Grupo
Funcional
de la
cadena
lateral
Punto
Isoelctric
o
Asparagina




Glutamina





Triptfano#



N




Q





W



Asn




Gln





Trp



H
2
N-CH-COOH

CH
2
-C-NH
2


O

H
2
N-CH-COOH

CH
2
-CH
2
-C-NH
2


O

H
2
N - CH-COOH

CH
2


N
H



Amida




Amida





indol

5.4




5.7





5.9



Nombre Smbol
o
Abrev
iatura
Estructura Grupo
Funcional
de la
cadena
lateral
Punto
Isoel
ctrico
Acido
Asprtico


cido
Glutmico



Lisina #



Arginina #
D



E




K



R
Asp



Glu




Lys



Arg
H
2
N-CH-COOH

CH
2
-COOH




H
2
N-CH-COOH

CH
2
- CH
2
-COOH


H
2
N-CH-COOH

CH
2
- CH
2
CH
2
- CH
2
-
NH
2

H
2
N-CH-COOH

CH
2
- CH
2
CH
2
- NH-C-
NH
2


NH

Grupo
carboxlico


Grupo
carboxlico


Grupo
amino




Grupo
guanidino
2.8



3.2



9.7




10.8



Nombre Smbo
lo
Abreviatu
ra
Estructura Grupo
Funcional
de la
cadena
lateral
Punto
Isoelctr
ico


Histidina#




H







His





H
2
N-CH-COOH

CH
2



NH


N

Anillo de
imidazol




7.6






Ejemplo de Funciones de las
Protenas
Clases de Protenas Ejemplo Funciones
Protenas
Estructurales
Enzimas
Protenas de
Transporte
Protenas Contrctiles

Protenas Protectoras
Hormonas
Toxinas
Colgeno, queratina
ADN polimerasa
Hemoglobina
Actina, Miosina

Anticuerpos
Insulina
Veneno de serpientes
Tendones, piel, uas
Repicacin y reparacin del ADN
Transporte del O a las clulas
Produce la contraccin de los
msculos
Compleja las molculas extraas
Regula el metabolismo de la
glucosa
Incapacita a las presas
Aminocidos Esenciales
Los aminocidos esenciales no son sintetizados por el
organismo y deben ser ingeridos por los seres
humanos. Deben ser incluidos en las dietas son 10:
Arginina (Agr) Valina (Val) Metionina (Met) Leucina
(Leu)
Treonina (Thr) Fenilalanina (Phe) Histidina (His) Isoleucina
(Ile)

Protenas completas Proporcionan todos los aminocidos
esenciales. Ej: carne, pescado, leche y huevos. 50g/da.
Protenas imcompletas Son deficientes en uno o ms
aminocidos esenciales. Ej: Protenas vegetales arroz, maz y trigo
son deficientes en lisina. El arroz (treonina) Maz (Triptfano).
Judas, legumbres, guisantes son las protenas vegetales ms
completas, pero son deficientes en metionina.

Alimentos ricos en protenas
Propiedades cido-base de los
aminocidos
La estructura real de los aminocidos es inica y
depende del pH.
El grupo carboxlico pierde un H
+
, dando lugar a
un in carboxilato y el grupo amino se protona y
da lugar a un in amonio. A esta estructura se le
denomina in dipolar o zwitterin.
H
2
N-CH-COOH H
3
N
+
-CH-COO
-

R R
Estructura neutra In dipolar o zwitterin.
(componente minoritario) (componente
mayoritario)


La naturaleza dipolar de los aminocidos hace que
estos tengan algunas propiedades caractersticas:
1. Los aminocidos tienen puntos de fusin altos,
generalmente superiores a 200C.
H
3
N
+
-CH
2
-COO
-
Glicina pf: 262C
2. Los aminocidos son ms solubles en agua que en
ter, diclorometano y otros solventes orgnicos
comunes.
3. Los aminocidos tienen momentos dipolares ()
mucho ms grandes que las aminas o los cidos por
separado.
H
3
N
+
-CH
2
-COO
-
CH
3
-CH
2
-CH
2
-NH
2
CH
3
-CH
2
-COOH

Glicina

= 14D Propilamina = 1,4D cido
Propinico
= 1,7D
4. Los aminocidos son menos cidos que la mayora
de los cidos carboxlicos y menos bsicos que la
mayora de las aminas.
R-COOH R-NH
2
H
3
N
+
-CH-COO
-

R
pka=5 pkb=4 pka= 10 y pkb=12
5. Son anfteros. La forma predominante depende
del pH de la solucin.
OH
-
OH
-
H
3
N
+
-CH-COOH H
3
N
+
-CH-COOH H
2
N
+
-CH-COO
-

R H
+
R H
+
R
Catinico en pka 2 Neutro pka 9-10 anionico en
medio cido medio
bsico
Punto Isoelctrico
Los aminocidos presentan carga positiva en soluciones
cidas (pH bajo) y carga negativa en soluciones bsicas
(pH alto).
El pH en el cual las dos formas de aminocidos se
encuentran en la misma proporcin, como el zwitterin
dipolar con carga neta cero, se llama pH isoelctrico o
punto isoelctrico.
OH
-
OH
-
H
3
N
+
-CH-COOH H
3
N
+
-CH-COO
-
H
2
N-CH-
COO
-

R H
+
R H
+
R
Catinico en pka 2 Neutro pka 9-10 anionico
en
medio cido medio bsico
El pH isoelctrico depende de manera predecible
de la estructura del aminocido.
Aminocidos con carcter cido: cido asprtico
(2,8)
cido Glutmico (3,2)
Aminocidos con carcter neutro: 5,0 a 6,3
Aminocidos con carcter bsico: lisina (9,7);
arginina (10,8); histidina (7,6)
Las diferencias en los puntos isolctricos se
pueden utilizar para separar mezclas de
aminocidos por electroforesis.
Se coloca una lnea de una
mezcla de aminocidos en el
centro de una capa de gel de
acrilamida (solucin tampn).
En los extremos del gel se
colocan 2 electrodos y entre
ellos se aplica un potencial de
varios miles de voltios. Los
aminocidos cargados
positivamente (catinicos) son
atrados por el electrodo
negativo (ctodo) y los
aminocidos cargados
negativamente (aninicos) son
atrados por el electrodo
positivo (nodo). Un
aminocido en su punto
isoelctrico no tiene carga, por
lo que no se mueve.
Sntesis de Aminocidos
Aminacin Reductora
O N-H H
2
NH
2
R-C-COOH exceso de NH
3
R-C-COO
- +
NH
4
R-CH-COO
-

cetocido Pd aminocido
La aminacin reductora de cetonas y aldhedos es uno de los
mejores mtodos para la sntesis de aminas. Tambin se forman
aminocidos cuando se trata un cetocido con amonaco, la
cetona reacciona para formar una imina. La imina se reduce a
amina mediante H y un catalizador de paladio. En estas
condiciones el cido carboxlico no se reduce.
O NH
2
Ph-CH
2
-C-COOH NH
3,
H
2
Ph-CH
2
-CH-COO
- +
NH
4
Pd (D,L) fenilalanina (sal de amonio)
cido 3 fenil2oxopropanoico
Aminacin de un -halocido
La reaccin de Hell-Volhard-Zelinsky es un
mtodo efectivo para la bromacin en la posicin
de un cido carboxlico. El -bromocido se
transforma en un -aminocido racmico por
aminacin directa, utilizando un exceso de
amonaco. Br
R-CH
2
-COOH 1) Br
2
/PBr
3
R-CH-COOH NH
3

cido Carboxlico

2) H
2
O

exceso
NH
2
R-CH-COO
-

+
NH
4
(D,L) aminocido (sal de amonio)
Br
Ph-CH
2
- CH
2
-COOH 1) Br
2
/PBr
3
Ph-CH
2
-
CHCOOH


cido

3-fenilpropanoico

2) H
2
O

NH
3
exceso
NH
2
Ph-CH
2
-CH-COO
-

+
NH
4
(D,L) fenilalanina (sal de
amonio)

Sntesis de Gabriel y malnica
Combinacin entre la sntesis de Gabriel de
aminas con la sntesis malnica de los cidos
carboxlicos.
Para adaptar esta sntesis a la obtencin de
aminocidos, se tendra que comenzar con el
ster malnico que contuviera un grupo amino.
El grupo amino debera estar protegido en forma no
nucleoflica para evitar que fuera atacado por un
agente alquilante (RX).
La sntesis de Gabril y malnica comienza con el ster
N-ftalimidomalnico.

El ster N-ftalimidomalnico se alquila de la misma
forma que el ster malnico.
Cuando el ster del N-ftalimidomalnico se hidroliza,
el grupo ftalimido se hidroliza junto con los grupos
ster.
El producto es un cido aminomalnico alquilado. La
descarboxilacin da lugar a un aminocido racmico.
O COOEt
N- CH

O COOEt
ster del N-ftalimidomalnico
O COOEt
N- CH O
COOEt
(1) base N-C-R
O COOEt (2) R-X
ster del N-ftalimidomalnico O COOEt
H
3
O
+

H
COOH
H
3
N
+
-C-R + CO
2
H
3
N
+
-C-R
COOH COOH
-aminocido

Hidrolizado
Esta sntesis se utiliza para sintetizar muchos
aminocidos
que no se pueden obtener por aminacin
directa.

Ejercicio
Utilice la sntesis de Gabriel y malnica para
obtener: a) valina b)fenilalanina

Sntesis de Strecker
Mediante la sntesis de Strecker se puede
obtener una gran variedad de aminocidos a
partir de los aldehdos apropiados.
1 el aldehdo reacciona con NH
3
para forma
una imina. La imina es un anlogo
nitrogenado del grupo carbonilo y es
electroflica cuando se protona. El ataque del
in cianuro a la protonada da lugar a
aminonitrilo.
Paso 1. Formacin de la imina
Paso 2. Ataque del cianuro: Dando
un alfa nitrilo

En un paso separado la hidrlisis del Alfa
aminonitrilo da lugar a un alfa-aminocido
Estos pasos de la reaccin son reversibles.
Recin con la ltima e irreversible reaccin
concluye esta. Con esto el amino nitrilo se
hidroliza y se forma junto al amonaco un
aminocido-alfa





Sntesis de Strecker de la
alanina


Ejercicios
Obtenga utilizando la sntesis de Strecker los
siguientes aminocidos:
A) Isoleucina b) Leucina c) Valina d) glicina

Resolucin de aminocidos
Todas las sntesis de laboratorio dan lugar a la
obtencin de racmicos. En la mayora de los
casos, slo los enantimeros L son
biolgicamente activos.
Si un aminocido racmico se transforma en una
sal con un cido o una base quiral pticamente
puros, se forman 2 sales diasteremericas, que
pueden ser separadas por mtodos fsicos
(cristalizacin selectiva, o cromatografa).
Los enantimeros puros se regeneran a partir de
sales diastereomricas separadas.
La resolucin enzimtica tambin se utiliza para
separar los enantimeros de los aminocidos.
Reacciones de los aminocidos: Experimentan reacciones
estndar tanto de las aminas como de los cidos
carboxlicos
a)Esterificacin del grupo carboxlico
Los aminocidos se esterifican mediante el
tratamiento con un exceso de un alcohol y un
catalizador cido (generalmente el HCl (g))
R O R O
NH
3
+
-CH-C-O
-
+ R-OH H
+
NH
3
+
-CH-C-O

-R+
H
2
O
Aminocido alcohol aminoster
Los steres de los aminocidos generalmente se
utilizan como derivados protegidos para prevenir
que el grupo carboxilo reaccione de manera
indeseada.
Grupos protectores ms frecuentes : steres
metlicos, etlicos y benclicos.
Un cido (ac) hidrlisis del ster
Aminocido libre
b)Acilacin del grupo amino: Formacin de
amidas
Un agente acilante transforma al grupo amino en
una amida. Esta reaccin se suele llevar a cabo
para protegerlo de reacciones nucleoflicas no
deseadas. Se utiliza una amplia variedad de cloruros
de cido y de anhdridos.
R OH O O R O
NH
2
-CH-C=O + R-C- X R-C- NH-CH-C-OH+ H- X
Aminocido alcohol aminoster
NH
2
-CH-COOH+PhCH
2
O-COCl PhCH
2
O-CONH-CH-COOH
CH
2
CH(CH
3
)
2
CH
2
CH(CH
3
)
2
Leucina cloroformiato de bencilo N-
benciloxicarbonileucina
c)Reaccin con ninhidrina:
Cuando la ninhidrina reacciona con un
aminocido, uno de los productos es de color
violeta intenso, anin estabilizado por
resonancia denominado prpura de
Ruhemann.
La ninhidrina produce el mismo colorante
prpura, independientemente de la estructura
del aminocido original. La cadena lateral del
aminocido se pierde en forma de aldehdo.
2 ninhidrina +Aminocido piridina prpura de
Ruhemann
d)Formacin de enlaces
peptdicos
O O
NH
3
+
- CH-C-O
-
+ NH
3
+
- CH-C-O
-


R R

- H
2
O
O O
NH
3
+
- CH-C -

NH- CH-C-O
-


R R

Enlace peptdico


Estructura y Nomenclatura de los
Pptidos
Estructura de los pptidos
La reaccin ms importante de los
aminocidos es la formacin de enlaces
peptdicos.
Las aminas y los cidos pueden reaccionar
con prdida de agua, para formar amidas.
En condiciones adecuadas un grupo amino de
una molcula condensa con el grupo carbonilo
de la otra. El producto que se obtiene es una
amida denominada dipptido, ya que est
formada por dos aminocidos.
Estos pasos de la reaccin son reversibles. Recin con la ltima e irreversible reaccin concluye esta. Con esto el amino nit rilo se hidroliza y se forma junto al amonaco un aminocido-alfa





La unin amida entre aminocidos se
denomina enlace peptdico
Un pptido es un polmero de aminocidos
unidos por enlaces amido entre el grupo amino
de cada aminocido y el grupo carboxilo del
aminocido vecino.
A cada unidad de aminocido del pptido se le
denomina residuo.
Un polipptido es un pptido que contiene
muchos residuos de aminocidos pero su masa
molecular suele ser menor de 5.000.
Las protenas contienen muchas unidades de
aminocidos, con masas moleculares
comprendidas entre 6000 y 40.000.000. El
trmino oligopptido se utiliza ocasionalmente
para designar pptidos que contienen entre 4 y
10 residuos de aminocidos.
La bradiquinina es un pptido fisiolgico y farmacolgicamente activo que
est formado por nueve aminocidos. La bradiquinina causa
vasodilatacin por medio de la secrecin de prostaciclinas, xido ntrico y el
factor hiperpolarizante derivado del endotelio.
La secuencia de aminocidos de la bradiquinina
es la siguiente:
arg - pro - pro - gly - phe - ser - pro - phe - arg.
N-terminal C-
terminal
Su frmula emprica es por consiguiente
C
50
H
73
N
15
O
11
.
La bradiquinina se nombra:
arginil-prolili-prolil-glycil-fenil-seril-prolil-fenil-
arginina
Arg-pro-pro-gly-phe-ser-pro-phe-arg
RPPGFSPFR
Extremo N-terminal: extremo del pptido con
el grupo amino libre (-NH
3
+
) izquierda.
Extremo C-terminal: extremo del pptido con
el grupo carboxilo libre (-COO
-
) derecha.

Nomenclatura de los pptidos
Se nombran comenzando por el extremo N-terminal, y
a los nombres de los residuos de los aminocidos
implicados en las uniones amido (todos excepto el
ltimo) se les aade el sufijo il de los grupos acilo.
Ej:

H
3
N
+
-CH-COO- HN-CH-COO
-
CH
3
CH
2
- OH

Alanil Serina Alanilserina Ala.Ser








Uniones disulfuro
Las uniones amido (enlaces peptdicos) forman la
columna vertebral de las cadenas de aminocidos
conocidos como pptidos y protenas. Es posible una
2 clase de enlace covalente cuando hay cualquir
residuo de cistena. Los residuos de cistena pueden
formar puentes disulfuro que pueden unir 2 cadenas
o una sola cadena formando un anillo.
La oxidacin suave enlaza 2 molculas de un tiol
para formar un puente disulfuro. Esta reaccin es
reversible y una reduccin suave rompe el disulfuro.

R-SH + HS-R oxidacin R-S-S-R + H
2
O
2 molculas del tiol reduccin Disulfuro
De forma anloga dos grupos sulfhidrilo (-SH) de cistena se
oxidan para dar lugar a un par de aminocidos unidos por
enlace disulfuro. Al dmero de cistena con enlace disulfuro se
le denomina cistina.
Estructura de la oxitocina humana. Unin S-S
obliga a parte de la molcula a formar un gran
anillo
Ile Gln
Tyr Asn
Cys S-S-Cys Pro Lue Gly.NH
2
N-terminal C-terminal

Obtencin de ondas permanentes
Cabello (protenas fuertes
y rgidas por gran
cantidad de enlaces S-S
Adicin de
HS-CH
2
-CH
2
-OH
2-mercaptoetanol
Solucin de tiol
Los puentes disulfuro se
rompen
El pelo se enrolla sobre
rulos y se permite que los
enlaces S-S se reordenen
+ neutralizante o aire
(oxidacin)
Los enlaces disulfuro se
reordenan en posiciones
nuevas, haciendo que el
cabello adquiera las
formas curvadas
marcadas por los rulos
Determinacin de la estructura de los
pptidos
A) Ruptura de uniones disulfuro
Los puentes de cistina se rompen fcilmente
reduciendolos a la forma tiol (cistena). Se
consigue una rptura ms permanente
oxidando las uniones con cido peroxifrmico
(H-COOOH), transformando los puentes
disulfuro a grupos de cido sulfnico (-SO
3
H).
b) Determinacin de la composicin de los
aminocidos
Se hidroliza completamente la cadena peptdica
calentndola durante 24 hs en HCl 6M. Se coloca la
mezcla resultante de aminocidos en la columna de un
analizador de aminocidos. Los componentes del
hidrolizado se disuelven en una solucin tampn (ac) y se
separan pasndolos a travs de una columna de
intercambio inico. La solucin que emerge se mezcla con
ninhidrina, reacciona dando un color prpura. La
absorcin de la luz se registra en un papel registrador en
funcin del tiempo. El tiempo requerido para que cada
aminocido pase a travs de la columna depende de la
fuerza con que el aminocido interaccione con la resina
intercambiadora de iones. Los aminocidos que estn
presentes se identifican comparando los tiempos de
retencin con los valores conocidos.
El rea del pico es proporcional a la cantidad de aminocido
que representa el pico
Los picos de la bradiquinina para la Pro, Arg y Phe son ms
grandes que los de la mezcla equimolar estndar, ya que la
bradiquinina tiene 3 residuos de Pro, 2 residuos de Arg y 2
residuos de Phe.
c) Secuenciacin de los pptidos:
anlisis de los residuos terminales
Se rompe un aminocido de la cadena
Deja intacta el resto de la cadena
Extremos N-terminal
C- Terminal

Secuenciacin a partir del extremo
N-terminal: Degradacin de Edman
Se trata un pptido con isotiocianato de fenilo,
seguido de una hidrlisis cida suave. Los productos
son la cadena peptdica acortada y un derivado
heterocclico del aminocido del extremo N-terminal
denominado feniltiohidantona.
El derivado de la feniltiohidantona se identifica por
cromatografa, comparndolo con los derivados de
feniltiohidantona de aminocidos estndares, lo que
da con la identidad del aminocido N-terminal. El
resto del pptido permanece intacto, por lo que se
utilizan degradaciones de Edman posteriores para
identificar los aminocidos adicionales de la cadena.
Despus de 30 ciclos de degradacin es imposible
que los anlisis posteriores sean precisos.
Degradacin de Edman
Anlisis de residuos C-terminales
No es un mtodo eficiente para secuenciar
varios aminocidos de un pptido.
El aminocido C-terminal se puede determinar
utilizando la enzima carboxipeptidasa, que
rompe el enlace peptdico del residuo C-
terminal. Los productos son el aminocido C-
terminal libre y un pptido acortado.
La reaccin posterior rompe el 2 aminocido
que se transforma en el nuevo extremo C-
terminal del pptido acortado.
Teoricamente, el aminocido que 1 aumenta su [ ] debera
ser el C-terminal y el siguiente aminocido que aparece
debera ser el 2 residuo del estremo .
Clasificacin de las protenas
Simples: p/hidrlisis solo dan lugar
a
Protenas aminocidos. Ej: insulina,
oxitocina
segn la Conjugadas: estn enlazadas a un
composicin grupo prosttico no proteico
con
Qumica un azcar, un cido nucleico,
un
lpido o algn otro grupo.
Clases de Protenas
conjugadas
Clase Grupo
prosttico
Ejemplos
Glicoprotenas
Nucleoprotenas
Lipoprotenas
metaloprotenas
Carbohidratos
cidos
nucleicos
Grasas,
colesterol
Metal
complejado
Globulina
Ribosomas, virus
Lipoprotenas de alta
densidad
Hemoglobina
Fibrosas: Alargadas, fuertes y
generalmente insolubles en
agua,
y su funcin principal es formar las
partes estructurales del
organismo.
Forma Ej: Queratina(pezuas, uas)
Globulares: Se encuentran
enrrolladas, con forma practicmente
esfricas y principalmente
forman parte de enzimas,
hormonas y protenas de transporte. Ej:
insulina, hemoglobina.
Estructura de las
protenas
Estructura Primaria: Indica
la conectividad covalente
que existe entre los
tomos, grupos de tomos
y residuos de aminocidos
que existen en una
molcula. Incluye la
secuencia de los
aminocidos, junto con
cualquier puente disulfuro
que pueda existir en la
molcula proteica.
Cualquier pliegue, enlace
de H o actividad cataltica
depende de la estructura
primaria.
Estructura
Secundaria
Las cadenas peptdicas
tienden a adoptar
ciertos ordenamientos
moleculares debido a
interacciones de
enlaces de H. Los
tomos de O del grupo
carbonilo forman
enlaces de H con los H
del grupo amida (N-H)-
Existen en general 2
ordenamientos
moleculares de las
protenas gracias a los
enlaces de H : Hlice
alfa y lmina plegada.
Estructura
terciaria
Es su conformacin
tridimensional completa.
Se ha de recordar que la
estructura secundaria es
una estructura local o
parcial. Partes de una
protena pueden tener
estructura de lmina
plegada y mientras otra de
estructura hlice alfa y
otras enrrollamientos al
azar. La estructura
terciaria incluye todas las
estructuras 2, y todos los
enrrollamientos y pliegues
que haya en el medio.
Estructura Cuaternaria
Se refiere a la asociacin de 2 o ms cadenas
de pptidos de protena completa. Ej:
hemoglobina, est formada por 4 cadenas
peptdicas unidas p/formar una protena
globular.
Desnaturalizacin de Protenas
La desnaturalizacin de las protenas es una
alteracin no natural de la conformacin o estado
inico de la protena. Generalmente da lugar a la
precipitacin de la protena y a la prdida de su
actividad biolgica.
A nivel molecular, se define como toda modificacin
en la conformacin de la protena..
Implica una destruccin en mayor o menor grado
de las uniones de valencia secundarias
responsables de la conformacin propia de la
protena original, aunque sin que se produzcan
rupturas de uniones covalentes o protelisis. El
resultado global de la desnaturalizacin de una
protena globular es el pliegue de la cadena
polipeptdica y su conformacin en un polmero
plegado al azar. Puede ser reversible e irreversible
Factores
Cambios en el pH
Cambios en la temperatura
(calor)
Disolventes como alcohol
Mezclas con soluciones
concentradas de sales ,
urea o fenlicas
Este proceso conduce a la
prdida de la actividad
biolgica.
La desnaturalizacin puede
ser producida por cambios
extremos de pH, aumento o
disminucin de la
temperatura, agregado de
metales pesados como Cr,
Pb, Hg, presin extrema,
radiaciones, etc.


Consecuencias o Efectos
Cambios en la
solubilidad
(coagulacin)
Formacin de geles
irreversibles
Exposicin de grupos
reactivos tales como
sulfhidrilos
Mayor susceptibilidad a
la hidrlisis enzimtica
Alteraciones de los
patrones de difraccin
de rayos x y rotacin
ptica.
Cambios de color.
Propiedades de las protenas
Anfoterismo: Todas las protenas se comportan
como iones dipolares, es decir, poseen un
carcter anftero al igual que los aminocidos.
Las propiedades anfotricas dependen, por lo
general, de los grupos ionizables presentes en las
cadenas laterales. Utilidad: electroforsis y
cromatografa de intercambio inico.
Solubilidad: Vara de acuerdo a la composicin
qumica y permite clasificarlas en:
Protenas simples:
1. Escleroprotenas: Insolubles. Ej. Queratina,
colgenos

A) Albminas: Solubles en agua y
soluciones
salinas Ej: ovolbumina
B) Glutelinas : insolubles en agua y
soluciones salinas, solubles en medio
lcalino. Ej:glutelina del trigo
2.Protenas C) Prolaminas: solubles en etanol 50-
80%
Globulares D) Histonas: solubles en agua y medio
cido
Ej: histonas de los espermatozoides
E) Globulinas: insolubles en agua pero
solubles en soluciones salinas diluidas.
Ej: miosina del tejido muscular.
Utilidad: precipitacin diferencial
p/investigacin.
Reacciones Coloreadas
Reaccin xantoproteica: Cuando se calienta una
solucin con protenas en presencia de cido ntrico
(conc) se obtiene un precipitado blanco que se torna
amarillento. El agregado de alcal o NH
3
(c) torna el
precipitado en naranja. Presencia de grupos
aromticos (Phe, Tyr, Trip)
Reaccin de Biurea: Se obtiene un color prpura y
violceo cuando se trata una solucin de protena
fuertemente alcalina, con una solucin diluida de
CuSO
4
. La reaccin es caracterstica de las
sustancias que poseen NH-CO-, unidas
directamente o separadas por un tomo de C o N.
Ninhidrina: Produce color azul cuando se la
calienta en presencia de protenas, peptonas
o aminocidos libres.
Reaccin de Folin: Se produce cuando se
calienta una solucin de protena en presencia
de beta-naftoquinona sulfonato. Se desarrolla
color rojizo.
Sntesis de Pptidos
La sntesis de pptidos requiere la formacin de enlaces
entre los aminocidos que forman la secuencia correcta.
Con cidos y aminas simples, se formara un enlace
amido mediante la transformacin del cido en un
derivado activado (como haluro de acilo o anhdrido) y
aadiendo la amina.
R-CO-X + H
2
N-R R-CO- HN-R+ H-X
Sin embargo la formacin de amidas a partir de
aminocidos no es fcil.
Mtodos -Mtodo de solucin clsico: Consiste en
aadir reactivos a soluciones de cadenas
peptidicas en crecimiento.
- Mtodo en fase slida: Consiste en aadir
reactivos a cadenas peptdicas en crecimiento
enlazadas a un soporte slido.
Mtodo en solucin
Alanil.valil.fenilalanina
O O O
H
2
N-CH-C-NH-CH-C-NH-CH-C-OH
CH
3
CH(CH
3
)
2
CH
2-
Ph
Alanil Valil Fenilalanina Ala-Val-
Phe
La sntesis de pptidos en solucin comienza
por el extremo N-Terminal, o de izquierda a
derecha.
Para evitar reacciones colaterales, se protege
el grupo amino de la alanina para hacerlo no
nuclefilo. Se utiliza como grupo protector el
cloroformiato de bencilo, con el que se obtiene
un uretano o ster carbamato, que se elimina
despus de la sntesis.(Grupo protector
llamado benciloxicarbonilo, grupo carbenzoxi
(cbz) o simplemente grupo z).
Paso preliminar: proteccin del
grupo amino con z.
O
+ H
2
N-CH-C-NH-OH HCl +
CH
3

Cloroformiato de bencilo alanina O O
Ph-CH
2
-O-C- NH-CH-C-OH
Grupo z CH
3

benciloxicarbonil-alanina


Al proteger el grupo amino, el grupo carboxilo se
puede activar sin que reaccione con el grupo amino
protegido. En la sntesis en solucin se activa el
grupo carboxilico tratndolo con cloroformiato de
etilo. Se obtiene de esta forma un anhdrido mixto de
aminocidos y cido carbnico que est fuertemente
activado a un ataque nucleoflico.
Paso 1: Activacin del grupo carboxilo
O O O O
z- NH-CH-C-OH + Cl-C-O-CH
2
-CH
3
z- NH-CH-C-O-C-O-CH
2
-CH
3
+ HCl
CH3 CH3


alanina protegida cloroformiato de etilo Anhdrido mixto

Paso 2: Apareamiento con el siguiente
aminocido
O O O O O
z- NH-CH-C-O-C-O-CH
2
-CH
3
+H
2
N-CH-C-OH z- NH-CH-C-NH-CH-C-
OH+CO
2
+
CH
3
CH(CH
3
)
2
CH
3


CH(CH
3
)
2

CH
3
CH
2
OH
Alanina protegida y activada valina z-ala-val






Paso 3: activacin del grupo
carboxilo
O O O O O O
z- NH-CH-C-NH-CH-C-OH+ Cl-C- O-Et z- NH-CH-C-NH-CH-C-O-C-O-Et +
HCl
CH
3
CH(CH
3
)
2
CH
3


CH(CH
3
)
2
z-ala-val activada


Paso 4: apareamiento con el
siguiente aminocido
O O O O
z- NH-CH-C-NH-CH-C-O-C-O-Et + H2N-CH-C-OH z-Ala-NH-CH-C-NH-CH-
C-OH
CH
3
CH(CH
3
)
2
CH
2-
Ph CH(CH
3
)
2
CH
2-
Ph

+ CO
2
+ Et-OH
z -Ala-Val-Phe
Para obtener pptidos ms largos, se repiten estos 2 pasos para la adicin de
cada residuo de aminocido: 1) Activacin del extremo C.terminal del
pptido en crecimiento hacindolo reaccionar con cloroformiato de etilo.
2) Apareamiento con el siguiente aminocido.

El paso final de la sntesis en solucin consiste en desproteger el
extremo N-terminal del pptido completo. Para ello se lleva a
cabo una hidrogenlisis del ster de bencilo que se produce en
condiciones suaves sin romper los enlaces peptdicos.

Z-ala-val-Ph H
2
,Pd Ala-Val-Ph + CO
2
+ Ph-CH
3

Desventajas
No es adecuado para sntesis de protenas
Necesita muchas reacciones de purificacin
Lleva gran cantidad de tiempo y bajo rendimiento
total (pasos de purificacin) Meses.
Utilidad
Sntesis de pptidos pequeos
Sntesis de Pptidos en fase
slida
Mtodo para sintetizar pptidos sin tener que purificar los
intermedios. Desarrollado por Robert Merrifield.
Reacciones individuales
a) Unin del pptido al soporte slido
Comienza por el extremo C-terminal y avanza hacia el extremo N-
terminal de izquierda a derecha.
El 1paso consiste en unir el ltimo aminocido (el del extremo C-
terminal) al soporte slido.
El soporte slido es un lecho de poliestireno especial en el que
algunos de los anillos aromticos tienen grupos clorometilo.
Resina de Merrifield.
El grupo carboxilo del aminocido N-protegido desplaza el cloruro,
dando lugar a un ster de aminocido insertado en el polmero. El
polmero sirve como parte alcohlica de un grupo protector ster
para el extremo carboxlico del aminocido del extremo C-
terminal.

Una vez que el aminocido del extremo C-
terminal se ha fijado al polmero, la cadena se
forma a partir del grupo amino de este
aminocido.
Cuando se completa la sntesis, el enlace
ster con el polmero se rompe con HF
anhdrido.
Utilizacin del grupo protector terc-
butiloxicarbonilo (Boc)
El grupo Boc es similar al grupo z, excepto en
que tiene un grupo terc-butilo en lugar del
grupo bencilo. El grupo Boc se elimina
fcilmente en condiciones cidas.
El cloruro de cido del grupo Boc es inestable,
por lo que se utiliza anhdro, dicarbonato de
di-terc-butilo, para enlazar el grupo protector
Boc al aminocido.
Proteccin del grupo amino como
derivado Boc
CH
3
O O CH
3

CH
3
-C-O-C-O-C-O-C-CH
3 +
H
2
N-CH-COOH
CO
2
+

CH
3
CH
3
R
Dicarbonato de di-terc-butilo Aminocido

CH
3
CH
3
O
CH
3
-C-OH + CH
3
-C-O-C- HN-CH-
COOH

CH
3
CH
3
R

Boc-aminocido
El grupo Boc se rompe fcilmente mediante un
ligero tratamiento con cido trifluoroactico (TFA),
CF
3
COOH.
CH
3
CH
3

CH
3
-C-O-C-NH-CH-COOH CF
3
COOH CH
2
=C +
CO
2
CH
3
R CH
3

Isobutileno
+ H
3
N
+
-CH-COOH
R
aminocido libre
Utilizacin de DCC como agente
de acoplamiento de pptidos.
Cuando se trata una mezcla de una amina y
un cido con N,N-diciclohexilcarbodiimida
(DCC), la amina y el cido reaccionan y
forman una amida. La molcula de agua que
se pierde en la condensacin transforma el
DCC en N,N diclorohexilurea (DCU)
Ejemplo de sntesis de pptidos en
fase slida
La sntesis en fase slida se lleva a cabo en sentido
opuesto a la sntesis en solucin. El primer paso es la
unin del aminocido del extremo C-terminal con el N
protegido (Boc-fenilalanina) al polmero.
El cido trifluoroactico libera el grupo protector Boc de la
fenilalanina para que su grupo amino se pueda acoplar
con el aminocido siguiente.
El segundo aminocido (valina) se aade en su forma
protegida (N-Boc) para que no se pueda acoplar consigo
mismo. La adicin de DCC hace que se acople el grupo
carboxilo de la valina con el grupo amino libre de la
fenilalanina.
Para acoplar el aminocido final (alanina), primero se
desprotege la cadena tratndola con cido trifluoroactico.
A continuacin , se aaden la Boc-alanina y la DCC.
Si se estuviera sintetizando un pptido ms largo, la
adicin de cada aminocido sucesivo requerira la
repeticin de dos pass:
1-Utilizacin de cido trifluoroactico para
desproteger el grupo amino del final de la cadena en
crecimiento.
2.La adicin del siguiente Boc-aminocido, utilizando
DCC como agente de acoplamiento.
Una vez que se ha completado el pptido, se ha de
eliminar el grupo Boc final y se ha de separar el
pptido. El HF anhidro rompe la unin ster que
enlaza el pptido al polmero y tambin elimina el
grupo protector Boc.