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Prsentation du PFE:
Documentation et extension
d'une librairie de traitement
d'images mdicales 3D et 4D
Mara Cristina GIMENEZ

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Prsentation du PFE:
Documentation et extension d'une librairie de
traitement d'images mdicales 3D et 4D
Mon projet:
Mise en place dune Politique de Qualit :
- Analyse et documentation de lexistant
- Amlioration de lexistant
tout en applicant cette Politique de Qualit

afin doptimiser le travail dvelopp
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Sommaire
1. Introduction
2. Prsentation de lentreprise
3. Objectifs gnraux du stage
4. Phases de la Gestion du Projet
5. La Gestion Qualit
6. La Gestion du Temps
7. Conclusions
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Introduction
Lieu: Service de Radiothrapie du
Centre Lon Brard

Dure: 4 mois (mai - sept 2006)

Encadrants:
INSA: Vasile Marian SCUTURICI
CLB: David SARRUT et Simon RIT
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Prsentation de lentreprise(1)
1. Le Centre Lon Brard
Spcialis dans la cancrologie
Centre rgional
Priv, d'intrt public
3 missions:
les soins,
la recherche,
et l'enseignement.


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Prsentation de lentreprise (2)
2. Le Service de Radiothrapie
Quest-ce que la Radiothrapie?

quipe pluridisciplinaire de recherche:
Physiciens
Mdecins
Informaticiens

Mission


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Objectifs gnraux du stage


Mise en place d'une Politique de Qualit:

1. Analyse de l'existant

2. Documentation oriente utilisateur et dveloppeur

3. Amlioration de lexistant

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La Gestion du Projet
Phases:


1. tude de l'existant:
Architecture technique
Outils de visualisation des images
La librairie de traitement d'images ILR
Le partage des fichiers source
La documentation
2. Analyse de besoins
Le partage des fichiers source
La documentation
La librairie ILR
3. Choix de solutions
Pour le partage des fichiers source
Pour la documentation
Pour l'volution de la librairie ILR
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tude de l'existant (1/5)
Architecture technique

8 postes
Architecture X86
Systme dexploitation Suse
Logiciels libres
Systme de fichiers NFS


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tude de l'existant (2/5)
L'outil de visualisation des images: ViewVox
Quelques notions sur les images numriques:

Dimension: 2D, 3D, 4D (3D+temps).. nD
Type de pixel: (unsigned) int, (unsigned) char, double, float
Image: matrice

Dvelopp au sein du CLB

Visualisation des formats
.vox, .ppm, .pgm

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tude de l'existant (3/5)
La librairie ILR


2 classes principales:
- GridBase, purement virtuelle
- Grid<PixelType> hrite de GridBase
Dimension tablie selon le constructeur:



Plusieurs fonctions pour les mmes algorithmes:







Grid(const int x, const int y, const bool allocate);
Grid(const int x, const int y, const int z, const bool allocate);
template<typename GridType>
void gridMax(const GridType & input1, const GridType & input2, GridType & output););

template<typename GridType>
void gridMax(const GridType & input1, const double & val, GridType & output);
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tude de l'existant (4/5)
Le partage des fichiers source

CVS install sur la machine de Simon
(CVS: Concurrent Versions System)

Non accessible depuis lextrieur

Seulement utilis par Simon et David






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tude de l'existant (5/5)
La documentation

Presque inexistente au dbut du stage

http://www.creatis.insa-lyon.fr/~dsarrut/ilr/


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Analyse de besoins
1. Le partage des fichiers
Accs scuris
Accessible depuis lextrieur
Outil utilis par tous

2. La documentation
Disponible en ligne
Syntaxe facile
Partie prive et publique

3. La librairie ILR
Gnricit

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Choix de solutions (1/8)
Le partage des fichiers: CVS

Existant: celui install sur la machine de Simon

Nouveau: celui de CREATIS

Accessible depuis lextrieur du CLB
Accs scuris grce une cl crypte
Manuel dutilisation intgr dans la documentation
Faisant partie des outils de dveloppement courants
pour tous les dveloppeurs du Service de Radiothrapie





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Choix de solutions (2/8)
La documentation: le Wiki

http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio

Avantages

Scurit

Contenu

MAJ continue

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Choix de solutions (3/8)
L'volution d'ILR: CLITK

a) Command Line: (pareil que dans ILR)



b) Une autre librairie: ITK
Traitement dimages avec C++ (comme ILR)
Beaucoup plus large quILR
Open-source software systme, large doc
Possibilit de lire de nouveaux formats de fichier (i.e: .vox !)
./clitkImageResample -i toto.vox -o titi.vox --size 128,-1,-1 --iso_spacing 1 -v
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Choix de solutions (4/8)
L'volution d'ILR: CLITK
Image<PixelType, Dimension>






Filtres


typedef unsigned char PixelType;
const unsigned int Dimension = 3;
typedef itk::Image< PixelType, Dimension > ImageType;

typedef itk::ImageFileReader< ImageType > ReaderType;
ReaderType::Pointer reader = ReaderType::New();
const char * filename = argv[1];
reader->SetFileName( filename );
reader->Update();
ImageType::Pointer image = reader->GetOutput();

Quelques aspects importants dITK:
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Choix de solutions (5/8)
L'volution d'ILR: CLITK




Comparative entre ILR, ITK et CLITK:
ILR ITK CLITK
Grid<PT> Image<PT,Dim> GenericImage <PT,Dim>
3D ok, 2D avec bugs Toutes les dimensions Toutes les dimensions
Fonctions Filtres Filtres
.vox, .pgm, .ppm Tous (.vox rajoutable!) Tous (.vox inclus!)
Ligne de commandes Rien Ligne de commandes
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Choix de solutions (6/8)
L'volution d'ILR: CLITK
Dautres caractristiques de CLITK:

Ct utilisateur: Images gnriques (pixel type et
dimension inconnus)
lintrieur: Images non-gneriques et librairies dITK
Mmes outils que dans ILR mais plus de fonctionnalits
Structure assez standardise (dveloppement rapide et
facile reprendre pour le reste des dveloppeurs)
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Choix de solutions (7/8)
L'volution d'ILR: CLITK
Structure des fichiers dun outil de CLITK:





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Choix de solutions (8/8)
L'volution d'ILR: CLITK
Phases du dveloppement de CLITK:

David (tuteur du PFE):
Lecture des fichiers .vox

Moi
Algorithmes non gnriques de CLITK
Class pour grer les images gnriques
Reader et Writer pour lire/crire des images gnriques
Filtres gnriques (en particulier,
cliktImageResample et clitkImageArithm)





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La Gestion Qualit (I)
4 axes:

1. Le Code:
Standard de code (intgr dans la doc)
Partage des fichiers: CVS
Plan de tests

2. La Documentation:
Pour le code : faite par le dveloppeur
Sur le Wiki : mme structure ILR et CLITK
Pour les comptes rendus


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La Gestion Qualit (II)
3. La Scurit
Code (CVS)
Wiki (gestion des permissions faite par ladmin)

4. La Gestion du Temps
Respect des dlais
Planning Prvisionnel VS Planning Rel




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La Gestion du Temps
Le planning prvisionnel VS le plannig rel:
Rvision de la prsentation. Soutenance 2 Semaine 2
Rvision de la prsentation. 1 Semaine 1
Tche(s) Nb de jours SEPTEMBRE
Doc soutenance PFE 4 Semaine 5
Doc soutenance PFE 5 Semaine 4
CLITK, gnrateur de code. Doc partie CLITK 4 Semaine 3
CLITK, gnrateur de code. Doc partie CLITK 5 Semaine 2
CLITK, gnrateur de code. Doc partie CLITK 5 Semaine 1
Tche(s) Nb de jours AOT
CLITK, algorithms gnriques. Doc partie CLITK 1 Semaine 5
CLITK, algorithms gnriques. Doc partie CLITK 5 Semaine 4
CLITK, algorithms gnriques. Doc partie CLITK 5 Semaine 3
CLITK, algorithms gnriques. Doc partie CLITK 4 Semaine 2
CLITK, algorithms gnriques. Doc partie CLITK 5 Semaine 1
Tche(s) Nb de jours JUILLET
CLITK, premiers algorithms. Doc partie CLITK 4 Semaine 5
CLITK, premiers algorithms. Doc partie CLITK 5 Semaine 4
CLITK, premiers algorithms. Doc partie CLITK 5 Semaine 3
Renseignement ITK 4 Semaine 2
Renseignement ITK 2 Semaine 1
Tche(s) Nb de jours JUIN
Doc partie IRL 3 Semaine 5
Doc partie IRL 4 Semaine 4
Renseignment Wiki. Doc partie IRL 5 Semaine 3
Installation ILR, renseignement ILR 4 Semaine 2
Installation ILR, renseignement ILR 3 Semaine 1
Tche(s) Nb de jours MAI
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Conclusions
1. Intrt du projet
Ct CLB (Wiki, ILR, CLITK..)
Mon ct (1er stage, CNRS..)


2. Axes damlioration
Gnrateur de code
Gestion du Temps

3. Remerciements

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Questions