Esquema general.

Las protenas son polmeros

lineales de a-aminocidos con
amplia variabilidad estructural
y funciones biolgicas muy
diversas. La variedad de
protenas es muy grande, y en
su clasificacin se suele
recurrir a:
1. criterios fsicos
2. criterios qumicos
3. criterios estructurales
4. criterios funcionales
Clasificacin de las protenas.
Es difcil hacer una
clasificacin ms descriptiva o
conceptual. Sin embargo, los
criterios que hemos descrito
son muy tiles desde el punto
de vista prctico, y nos
permiten definir al colgeno
como una protena simple,
fibrosa y oligomrica, y al
citocromo c como una
protena conjugada, globular y
monomrica.

El criterio fsico ms utilizado es la solubilidad. As se
distinguen
1. albminas: protenas que son solubles en agua o en
disoluciones salinas diludas,
2. globulinas: requieren concentraciones salinas ms
elevadas para permanecer en disolucin,
3. prolaminas: solubles en alcohol,
4. glutelinas: slo se disuelven en disoluciones cidas o
bsicas,
5. escleroprotenas: son insolubles en la gran mayora de
los disolventes.
Clasificacin de las protenas atendiendo a
criterios fsicos.
Desde un punto de vista qumico, existen
dos grandes grupos de protenas:
Protenas Simples: formadas
exclusivamente por a-aminocidos, como es
el caso de la ubiquitina, una proteasa
intracelular formada por 53 AA.
Protenas Conjugadas: que contienen
adems de la cadena polipeptdica un
componente no aminoacdico llamado grupo
prosttico, que puede ser un azcar, un
lpido, un cido nucleico o simplemente un
in inorgnico. La protena en ausencia de su
grupo prosttico no es funcional, y se llama
apoprotena. La protena unida a su grupo
prosttico es funcional, y se llama
holoprotena (holoprotena = apoprotena +
grupo prosttico). Son protenas conjugadas
la hemoglobina, la mioglobina, los
citocromos, etc.
Clasificacin de las protenas atendiendo a
criterios qumicos.
En la figura inferior derecha se representa el
citocromo c, donde el grupo prosttico
(representado en color verde) es el grupo
hemo.
Desde un punto de vista funcional
se distinguen:
protenas monomricas: constan
de una sola cadena polipeptdica,
como la mioglobina,
protenas oligomricas: constan de
varias cadenas polipeptdicas. Las
distintas cadenas polipeptdicas que
componen una protena
oligomrica se llaman subunidades,
y pueden ser iguales o distintas
entre s. Un ejemplo es la
hemoglobina, formada por 4
subunidades, cada una
representada de distinto color en la
figura de la derecha.
Clasificacin de las protenas atendiendo a
criterios funcionales.
En cuanto a su forma molecular,
podemos distinguir:
protenas globulares: la cadena
polipeptdica aparece enrollada
sobre s misma dando lugar a
una estructura ms o menos
esfrica y compacta.
protenas fibrosas: si hay una
dimensin que predomina sobre
las dems, se dice que la
protena es fibrosa. Las
protenas fibrosas, por lo
general, tienen funciones
estructurales.
Clasificacin de las protenas atendiendo a
criterios morfolgicos.
Desde el punto de vista bioqumico, las
propiedades de las protenas son:

1. precipitacin selectiva

2. capacidad amortiguadora

3. propiedades osmticas
Propiedades de las protenas.
El agua es el disolvente
biolgico por excelencia.

En disolucin acuosa, los
residuos hidrofbicos de las
protenas se acumulan en el
interior de la estructura,
mientras que en la superficie
aparecen diversos grupos con
carga elctrica, en funcin del
pH del medio.
Precipitacin selectiva de las protenas.
En torno a los grupos cargados, los
dipolos del agua se orientan conforme a
la carga elctrica de cada grupo, de tal
manera que la protena presenta una
capa de solvatacin formada por el
agua de hidratacin, que es el agua
retenida por las cargas elctricas de la
superficie de las protenas (En color rojo
en la Figura derecha).

Los AA polares sin carga tambin se
disponen en la superficie, donde
interaccionan con el agua mediante
puentes de hidrgeno.
Precipitacin selectiva de las protenas.
Cualquier factor que modifique la
interaccin de la protena con el
disolvente disminuir su estabilidad en
disolucin y provocar la precipitacin.

As, la desaparicin total o parcial de la
envoltura acuosa, la neutralizacin de
las cargas elctricas de tipo repulsivo o
la ruptura de los puentes de hidrgeno
facilitar la agregacin intermolecular y
provocar la precipitacin.

La precipitacin suele ser consecuencia
del fenmeno llamado
desnaturalizacin.
Precipitacin selectiva de las protenas.
Se llama desnaturalizacin de las protenas a la prdida de las estructuras de orden
superior (secundaria, terciaria y cuaternaria), quedando la cadena polipeptdica reducida a
un polmero estadstico sin ninguna estructura tridimensional fija.Cuando la protena no ha
sufrido ningn cambio en su interaccin con el disolvente, se dice que presenta una
estructura nativa.
Cualquier factor que modifique la interaccin de la protena con el disolvente disminuir su
estabilidad en disolucin y provocar la precipitacin. As, la desaparicin total o parcial de
la envoltura acuosa, la neutralizacin de las cargas elctricas de tipo repulsivo o la ruptura
de los puentes de hidrgeno facilitar la agregacin intermolecular y provocar la
precipitacin.
Desnaturalizacin de las protenas.
En una protena cualquiera, la estructura nativa y la
desnaturalizada tan slo tienen en comn la estructura
primaria, es decir, la secuencia de AA que la componen. Los
dems niveles de organizacin estructural desaparecen en la
estructura desnaturalizada.
La desnaturalizacin provoca diversos efectos en la protena:
1. cambios en las propiedades hidrodinmicas de la
protena: aumenta la viscosidad y disminuye el coeficiente
de difusin
2. una drstica disminucin de su solubilidad, ya que los
residuos hidrofbicos del interior aparecen en la superficie
3. prdida de las propiedades biolgicas.
Desnaturalizacin de las protenas.
Una protena desnaturalizada mantiene
nicamente su estructura primaria. Por
este motivo, en algunos casos, la
desnaturalizacin es reversible ya que
es la estructura primaria la que
contiene la informacin necesaria y
suficiente para adoptar niveles
superiores de estructuracin.
El proceso mediante el cual la protena
desnaturalizada recupera su estructura
nativa se llama renaturalizacin.
En muchos casos, la desnaturalizacin
conduce a la prdida total de la
solubilidad, con lo que la protena
precipita. La formacin de agregados
fuertemente hidrofbicos impide su
renaturalizacin, y hacen que el
proceso sea irreversible.
Desnaturalizacin de las protenas.
Plegamiento asistido por otras protenas.
Plegamiento
asistido por
otras
protenas.
Los agentes que provocan la desnaturalizacin de una protena
se llaman agentes desnaturalizantes.
Se distinguen agentes fsicos (calor) y qumicos (detergentes,
disolventes orgnicos, pH, fuerza inica).
Como en algunos casos el fenmeno de la desnaturalizacin es
reversible, es posible precipitar protenas de manera selectiva
mediante cambios en:
la polaridad del disolvente
la fuerza inica
el pH
la temperatura
Desnaturalizacin de las protenas.
La polaridad del disolvente disminuye cuando se le aaden
sustancias menos polares que el agua como el etanol o la acetona.

Con ello disminuye el grado de hidratacin de los grupos inicos
superficiales de la molcula proteica, provocando la agregacin y
precipitacin.

Los disolventes orgnicos interaccionan con el interior hidrofbico
de las protenas y desorganizan la estructura terciaria, provocando
su desnaturalizacin y precipitacin.

La accin de los detergentes es similar a la de los disolventes
orgnicos.
Efecto de la polaridad del disolvente sobre la
estructura de las protenas.
Un aumento de la fuerza inica del medio (por adicin de sulfato amnico,
urea o hidrocloruro de guanidinio, por ejemplo) tambin provoca una
disminucin en el grado de hidratacin de los grupos inicos
superficiales de la protena, ya que estos solutos
(1) compiten por el agua y
(2) rompen los puentes de hidrgeno o las interacciones electrostticas,
de forma que las molculas proteicas se agregan y precipitan.
En muchos casos, la precipitacin provocada por el aumento de la fuerza
inica es reversible. Mediante una simple dilisis se puede eliminar el
exceso de soluto y recuperar tanto la estructura como la funcin
original. A veces es una disminucin en la fuerza inica la que provoca
la precipitacin. As, las protenas que se disuelven en medios salinos
pueden desnaturalizarse al dializarlas frente a agua destilada, y se
renaturalizan cuando se restaura la fuerza inica original.
Efecto de la fuerza inica sobre la estructura de las
protenas.
Los iones H
+
y OH
-
del agua provocan efectos parecidos, pero adems de
afectar a la envoltura acuosa de las protenas tambin afectan a la carga
elctrica de los grupos cidos y bsicos de las cadenas laterales de los
aminocidos.

Esta alteracin de la carga superficial de las protenas elimina las
interacciones electrostticas que estabilizan la estructura terciaria y a
menudo provoca su precipitacin.

La solubilidad de una protena es mnima en su punto isoelctrico, ya que
su carga neta es cero y desaparece cualquier fuerza de repulsin
electrosttica que pudiera dificultar la formacin de agregados.
Efecto del pH sobre la estructura de las protenas.
Cuando la temperatura es elevada aumenta la energa cintica de las
molculas con lo que se desorganiza la envoltura acuosa de las protenas,
y se desnaturalizan.

Asimismo, un aumento de la temperatura destruye las interacciones
dbiles y desorganiza la estructura de la protena, de forma que el interior
hidrofbico interacciona con el medio acuoso y se produce la agregacin y
precipitacin de la protena desnaturalizada.

Las protenas suelen tener una temperatura crtica de transicin entre un
estado plegado y otro desplegado o desnaturalizado, y en ocasiones, en
este camino pueden detectarse intermediarios estables.
Efecto de la temperatura sobre la estructura de las
protenas.
Esta propiedad se debe a la existencia de:
Grupos ionizables de las cadenas laterales
de los aminocidos Asp, Glu, Lys, Arg, His,
Tyr, Cys.
Grupos COOH y NH
2
terminales (Tabla de la
derecha).
Por este motivo, las protenas poseen un
considerable poder amortiguador en una
amplia zona de pH.
Aunque cada AA tiene unos grupos
ionizables con unas constantes de ionizacin
(pK
a
) caractersticas, el valor de dichas
constantes puede verse ligeramente
modificado por el entorno proteico.
El grupo imidazol del AA histidina es el
principal responsable del poder
amortiguador de las protenas a pH
fisiolgico, ya que su pK
a
est prximo a 7.
Capacidad amortiguadora de las protenas.
Cuando el pH es bajo, los grupos ionizables
estn protonados, y la carga neta de la protena
es de signo positivo. Cuando el pH es alto, los
grupos ionizables estn desprotonados, y la
carga neta es de signo negativo. Entre ambas
zonas, habr un pH en el cual la carga neta de la
protena es nula. Es el pH isoelctrico o punto
isoelctrico, y es caracterstico de cada
protena (Tabla de la izquierda).
A valores de pH por debajo del pH isoelctrico
la carga neta de la protena es positiva, y a
valores de pH por encima del pH isoelctrico, la
carga neta de la protena es negativa. La
mayora de las protenas intracelulares tienen
carga negativa, ya que su pH isoelctrico es
menor que el pH fisiolgico (que est proximo a
7).
Se llaman protenas cidas a aquellas que
tienen un punto isoelctrico bajo (como la
pepsina), y protenas bsicas a las que tienen
un punto isoelctrico alto (como las histonas).
Capacidad amortiguadora de las protenas.
Como todo soluto molecular o inico, las
protenas ejercen un efecto osmtico
cuando existen barreras que limitan su libre
difusin, como puede ser una membrana
semipermeable (Figura superior), que
permite el paso del agua, pero no de los
solutos. Si tenemos dos compartimentos
acuosos separados por una membrana
semipermeable y uno de ellos contiene
protenas, stas tienden a captar agua del
compartimento vecino (Figura inferior).
Este efecto osmtico es proporcional al
nmero de partculas dispersas. El valor de
la presin osmtica se puede calcular
mediante la frmula de Van't Hoff: p = cRT,
donde p es la presin osmtica, c es la
concentracin, R es la constante de los
gases y T es la temperatura absoluta.
Propiedades osmticas de las protenas.
En el caso de las protenas, el
efecto osmtico se ve amplificado
por otros dos factores.
Por un lado, el agua de hidratacin
que forma la envoltura acuosa de
las protenas tambin contribuye a
la presin osmtica (Figura de la
derecha).
Propiedades osmticas de las protenas.
Por otro lado, las protenas se
comportan como polianiones, cuyas
cargas estn neutralizadas por iones
Na
+
o K
+
(Figura superior). Las
membranas biolgicas son permeables
a estos iones y a sus contraiones, con lo
cual su concentracin a ambos lados de
la membrana se equilibra.
Sin embargo, la existencia de protenas
en slo uno de los compartimentos
provoca la retencin permanente de
iones difusibles en ese lado de la
membrana (efecto Donnan), lo que
incrementa el efecto osmtico (Figura
inferior).
Propiedades osmticas de las protenas.
Se denomina presin coloidosmtica o
presin onctica al efecto osmtico
conjunto de las protenas, que es el
resultado de:
(1) la presin osmtica (que slo depende
del nmero de partculas)
(2) la presin provocada por el agua de
hidratacin
(3) la presin provocada por el exceso de
iones debido al efecto Donnan
La mayor parte del agua en el sistema
circulatorio est retenida por el efecto
osmtico de las protenas del plasma.
Cuando por cualquier circunstancia
patolgica disminuye la concentracin de
protenas en el plasma, el agua puede fluir
libremente hacia los tejidos, provocando un
edema (Figura de la derecha).
Propiedades osmticas de las protenas.
Las protenas asumen funciones muy variadas gracias a su gran hetereogeneidad estructural.
Describir las funciones de las protenas equivale a describir en trminos moleculares todos los
fenmenos biolgicos. Podemos destacar las siguientes:
funcin enzimtica
funcin hormonal
funcin de reconocimiento de seales
funcin de transporte
funcin estructural
funcin de defensa
funcin de movimiento
funcin de reserva
transduccin de seales
funcin reguladora
Muchas protenas ejercen a la vez ms de una de las funciones enumeradas. Algunas protenas
de membrana tienen tanto funcin estructural como enzimtica; la ferritina es una protena que
transporta y, a la vez, almacena el hierro; la miosina interviene en la contraccin muscular, pero
tambin funciona como un enzima capaz de hidrolizar el ATP, y as se podran poner muchos
ejemplos ms.
FUNCIONES BIOLGICAS de las protenas.
La gran mayora de las
reacciones metablicas
tienen lugar gracias a la
presencia de un catalizador
de naturaleza proteica
especfico para cada
reaccin.
Estos biocatalizadores
reciben el nombre de
enzimas. La gran mayora de
las protenas son enzimas.
Protenas con funcin enzimtica.
Las hormonas son sustancias
producidas por una clula y que
una vez secretadas ejercen su
accin sobre otras clulas dotadas
de un receptor adecuado.
Algunas hormonas son de
naturaleza proteica, como la
insulina y el glucagn (que
regulan los niveles de glucosa en
sangre) o las hormonas segregadas
por la hipfisis como la hormona
del crecimiento, o la calcitonina
(que regula el metabolismo del
calcio).
Protenas con funcin hormonal.
La superficie celular alberga un
gran nmero de protenas
encargadas del reconocimiento de
seales qumicas de muy diverso
tipo (figura de la izquierda).
Existen receptores hormonales, de
neurotransmisores, de
anticuerpos, de virus, de bacterias,
etc.
En muchos casos, los ligandos que
reconoce el receptor (hormonas y
neurotransmisores) son, a su vez,
de naturaleza proteica.
Protenas con funcin de reconocimiento de seales
qumicas.
En los seres vivos son esenciales
los fenmenos de transporte, bien
para llevar una molcula
hidrofbica a travs de un medio
acuoso (transporte de oxgeno o
lpidos a travs de la sangre) o bien
para transportar molculas polares
a travs de barreras hidrofbicas
(transporte a travs de la
membrana plasmtica).
Los transportadores biolgicos son
siempre protenas.
Protenas con funcin de transporte.
Las clulas poseen un citoesqueleto de naturaleza proteica que
constituye un armazn alrededor del cual se organizan todos sus
componentes, y que dirige fenmenos tan importantes como el
transporte intracelular o la divisin celular. En los tejidos de sostn
(conjuntivo, seo, cartilaginoso) de los vertebrados, las fibras de
colgeno forman parte importante de la matriz extracelular (de color
claro en la Figura) y son las encargadas de conferir resistencia mecnica
tanto a la traccin como a la compresin.
Protenas con funcin estructural.
La propiedad fundamental de los
mecanismos de defensa es la de
discriminar lo propio de lo extrao.
En bacterias, una serie de
protenas llamadas endonucleasas
de restriccin se encargan de
identificar y destruir aquellas
molculas de DNA que no
identifica como propias (en color
blanco en la figura de la derecha).
En los vertebrados superiores, las
inmunoglobulinas se encargan de
reconocer molculas u organismos
extraos y se unen a ellos para
facilitar su destruccin por las
clulas del sistema inmunitario.
Protenas con funcin defensiva.
Todas las funciones de
motilidad de los seres vivos
estn relacionadas con las
protenas. As, la contraccin
del msculo resulta de la
interaccin entre dos
protenas, la actina y la
miosina.
El movimiento de la clula
mediante cilios y flagelos
est relacionado con las
protenas que forman los
microtbulos.
Protenas con funcin de en el movimiento.
La ovoalbmina de la clara de huevo, la lactoalbmina de la
leche, la gliadina del grano de trigo y la hordena de la
cebada, constituyen una reserva de aminocidos para el
futuro desarrollo del embrin.
Protenas con funcin de reserva.
Los fenmenos de transduccin
(cambio en la naturaleza fsico-
qumica de seales) estn
mediados por protenas. As,
durante el proceso de la visin, la
rodopsina de la retina convierte (o
mejor dicho, transduce) un fotn
luminoso (una seal fsica) en un
impulso nervioso (una seal
elctrica), y un receptor hormonal
convierte una seal qumica (una
hormona) en una serie de
modificaciones en el estado
funcional de la clula.
Protenas con funcin de transduccin de seales
qumicas.
Muchas protenas se unen al DNA y
de esta forma controlan la
transcripcin gnica (Figura de la
izquierda). De esta forma el
organismo se asegura de que la
clula, en todo momento, tenga
todas las protenas necesarias para
desempear normalmente sus
funciones.
Las distintas fases del ciclo celular
son el resultado de un complejo
mecanismo de regulacin
desempeado por protenas como
la ciclina.
Protenas con funcin reguladora.
Estructura de protenas
A primera vista podra pensarse en las protenas como polmeros lineales de AA unidos entre s por medio de
enlaces peptdicos. Sin embargo, la secuencia lineal de AA puede adoptar mltiples conformaciones en el
espacio. La estructura primaria viene determinada por la secuencia de AA en la cadena proteica, es decir, el
nmero de AA presentes y el orden en que estn enlazados. La conformacin espacial de una protena se
analiza en trminos de estructura secundaria y estructura terciaria. La asociacin de varias cadenas
polipeptdicas origina un nivel superior de organizacin, la llamada estructura cuaternaria. Por ltimo, la
asociacin de protenas con otros tipos de biomolculas para formar asociaciones supramoleculares con
carcter permanente da lugar a la estructura quinaria.
Por tanto, podemos distinguir cinco niveles de estructuracin en las protenas:
estructura primaria , estructura secundaria , estructura terciaria , estructura cuaternaria
estructura quinaria (asociaciones supramoleculares)
Los enlaces que determinan la estructura primaria son covalentes (enlace amida o enlace peptdico),
mientras que la mayora de los enlaces que determinan la conformacin (estructuras secundaria y terciaria)
y la asociacin (estructura cuaternaria y quinaria) son de tipo no covalente.
Niveles de estructura en protenas.
La estructura primaria viene
determinada por la secuencia de
AA en la cadena proteica, es decir, el
nmero de AA presentes y el orden
en que estn enlazados (Figura de la
derecha). Las posibilidades de
estructuracin a nivel primario son
prcticamente ilimitadas. Como en
casi todas las protenas existen 20
AA diferentes, el nmero de
estructuras posibles viene dado por
las variaciones con repeticin de 20
elementos tomados de n en n,
siendo n el nmero de AA que
componen la molcula proteica.
Niveles de estructura en protenas.
Generalmente, el nmero de AA que
forman una protena oscila entre 80 y
300. Los enlaces que participan en la
estructura primaria de una protena son
covalentes: son los enlaces peptdicos.
El enlace peptdico (Figura de la
izquierda) es un enlace amida que se
forma entre el grupo carboxilo de una
AA con el grupo amino de otro, con
eliminacin de una molcula de agua.
Independientemente de la longitud de la
cadena polipeptdica, siempre hay un
extremo amino terminal y un extremo
carboxilo terminal que permanecen
intactos. Por convencin, la secuencia
de una protena se lee siempre a partir
de su extremo amino.
Niveles de estructura en protenas.
Como consecuencia del establecimiento
de enlaces peptdicos entre los distintos
AA que forman la protena se origina
una cadena principal o "esqueleto" a
partir del cual emergen las cadenas
laterales de los AA (tomos
sombreados en la Figura de la derecha).
Los tomos que componen la cadena
principal de la protena son el N del
grupo amino (condensado con el AA
precedente), el C
a
(a partir del cual
emerge la cadena lateral) y el C del
grupo carboxilo (que se condensa con el
AA siguiente). Por lo tanto, la unidad
repetitiva bsica que aparece en la
cadena principal de una protena es:
(-NH-C
a
-CO-).
Niveles de estructura en protenas.
Como la estructura primaria es la que
determina los niveles superiores de
organizacin, el conocimiento de la
secuencia de AA es del mayor inters
para el estudio de la estructura y funcin
de una protena. Clsicamente, la
secuenciacin de una protena se
realiza mediante mtodos qumicos. El
mtodo ms utilizado es el de Edman,
que utiliza el fenilisotiocianato para
marcar la protena (representado en la
Figura de la izquierda como un
tringulo) e iniciar una serie de
reacciones cclicas que permiten
identificar cada AA de la secuencia
empezando por el extremo amino. Hoy
en da esta serie de reacciones las realiza
de forma automtica un aparato
llamado secuenciador de AA.
Niveles de estructura en protenas.
Los avances de la Biologa Molecular
permiten conocer la secuencia de un
gen mucho antes de que se haya podido
purificar la protena que codifica. El
anlisis de la secuencia del DNA
permite secuenciar una protena sin
que se haya purificado previamente,
ya que cada grupo de tres bases de la
secuencia del DNA especifica un
aminocido. El Cdigo Gentico
establece para cada grupo de tres
nucletidos (codn) el AA que codifica.
En la Tabla de la derecha, la letra sobre
fondo rosceo corresponde a la primera
base del codn, la letra sobre fondo
morado a la segunda, y la letra sobre
fondo amarillo a la tercera. El Cdigo
Gentico es de validez universal, ya
que es el mismo para todos los seres
vivos.
Niveles de estructura en protenas.
La comparacin de la estructura
primaria de una misma protena en
especies diversas tiene un enorme
inters desde los puntos de vista
funcional y filogentico. Cuanto ms
alejadas estn las especies analizadas en
el rbol filogentico, ms diferencias se
podrn observar en la estructura
primaria de protenas anlogas. As, si
comparamos las secuencias del
citocromo c de diversas especies, y
determinamos cuntos AA son distintos
entre cada pareja, se puede construir
una matriz como la de la Figura inferior,
a partir de la cual se podr establecer el
rbol filogentico que nos indica para el
caso de la protena citocromo c, cmo
ha ido evolucionando a medida que
aparecen nuevas especies.
Niveles de estructura en protenas.
Sin embargo, a menudo se encuentra que el mismo aminocido
aparece siempre en idntica posicin en todas las especies
estudiadas. Estos AA reciben el nombre de AA invariantes o AA
conservados, y suelen ser indispensables para la funcin y
estructura correcta de la protena. Cualquier mutacin en estas
posiciones es letal para el organismo, y por tanto hay una fortsima
seleccin en contra. En la Figura inferior se muestra la comparacin
de las secuencias de los primeros 50AA de la protena Troponina C.
Los AA conservados estn sombreados en negro.
Niveles de estructura en protenas.
La estructura secundaria es el plegamiento que la cadena polipeptdica
adopta gracias a la formacin de puentes de hidrgeno entre los tomos
que forman el enlace peptdico. Los puentes de hidrgeno (en color verde en
la figura inferior) se establecen entre los grupos -CO- y -NH- del enlace
peptdico (el primero como aceptor de H, y el segundo como donador de H).
De esta forma, la cadena polipeptdica es capaz de adoptar conformaciones
de menor energa libre, y por tanto, ms estables.

Estructura SECUNDARIA de las protenas.
Se pueden distinguir varios tipos de
conformaciones que determinan la estructura
secundaria de una protena:
CONFORMACIN AL AZAR
HLICE a
HOJA b
GIROS b
CONFORMACIN DEL COLGENO
ESTRUCTURAS SUPERSECUNDARIAS

En algunas protenas, o en
ciertas regiones de la misma, no
existen interacciones de
suficiente consideracin como
para que se pueda distinguir un
nivel de organizacin superior a
la estructura primaria. En estos
casos se habla de conformacin
al azar.
La figura de la derecha
representa el motivo estructural
denominado dedo de zinc, muy
comn en protenas que
interaccionan con el DNA.

Estructura SECUNDARIA: conformacin al azar.
Cuando la cadena principal o esqueleto de un
polipptido se pliega en el espacio en forma de
helicoide dextrgiro se adopta una
conformacin denominada hlice a (Figura de la
izquierda, en verde). Esta estructura es peridica
y en ella cada enlace peptdico puede
establecer dos puentes de hidrgeno (Figura
de la derecha, lneas punteadas). Un puente de
hidrgeno se forma entre el grupo -NH- del
enlace peptdico del AA en posicin n y el grupo
-CO- del enlace peptdico del AA situado en
posicin n-4. El otro puente de hidrgeno se
forma entre el grupo -CO- del enlace peptdico
del AA en posicin n y el grupo -NH- del enlace
peptdico del AA situado en posicin n+4.
Estructura SECUNDARIA: hlice a.
Cada vuelta de la hlice implica 3,6 AA, con una translacin media por residuo de 0,15
nm, lo que indica que la hlice tiene un paso de rosca de 0,54 nm. Dicho con otras
palabras, una vuelta completa de la hlice a representa una distancia de 0,54 nm y
contiene 3,6 residuos de AA.
Las cadenas laterales de los AA se
sitan en la parte externa del
helicoide, lo que evita problemas
de impedimentos estricos
(Figura de la izquierda). En
consecuencia, esta estructura
puede albergar a cualquier AA, a
excepcin de la prolina, cuyo C
a

no tiene libertad de giro, por
estar integrado en un heterociclo.
Por este motivo, la prolina suele
determinar una interrupcin en la
conformacin en hlice a (Figura
de la derecha).
Estructura SECUNDARIA: hlice a.
Los AA muy polares (Lys, Glu) tambin desestabilizan la hlice a porque los enlaces de
hidrgeno pierden importancia frente a las interacciones electrostticas de atraccin o
repulsin. Por este motivo, la estructura en hlice a es la que predomina a valores de
pH en los que los grupos ionizables no estn cargados. En caso contrario, adoptan la
conformacin al azar.
Cuando la cadena principal de un
polipptido (de color verde en la
figura de la izquierda) se estira al
mximo que permiten sus enlaces
covalentes se adopta una
configuracin espacial denominada
estructura b (Figura de la izquierda),
que suele representarse como una
flecha.
En esta estructura las cadenas
laterales de los aminocidos se sitan
de forma alternante a la derecha y a
la izquierda del esqueleto de la
cadena polipeptdica.
Estructura SECUNDARIA: hoja b.
Las estructuras b de distintas cadenas polipeptdicas o bien las estructuras b de
distintas zonas de una misma cadena polipeptdica pueden interaccionar entre s
mediante puentes de hidrgeno, dando lugar a estructuras laminares llamadas por su
forma hojas plegadas u hojas b (Figura de la derecha, con los puentes de hidrgeno
representados de color verde).
Cuando las estructuras
b tienen el mismo
sentido N C, la hoja b
resultante es paralela
(Figura izquierda), y si
las estructuras b tienen
sentidos opuestos, la
hoja plegada resultante
es antiparalela (Figura
derecha).
Estructura SECUNDARIA: hoja b.
Esta conformacin es
tpica de protenas
fibrosas como la fibrona
de la seda (Figura de la
izquierda), donde
numerosas estructuras b
antiparalelas dan lugar a
varias hojas b, pero
tambin aparece en
protenas globlulares
como las
inmunoglobulinas.
Estructura SECUNDARIA: hoja b.
Secuencias de la cadena polipeptdica
con estructura a o b a menudo estn
conectadas entre s por medio de los
llamados giros b (Figura de la derecha,
en color blanco). Son secuencias cortas,
con una conformacin caracterstica
que impone un brusco giro de 180
o
a la
cadena principal de un polipptido.
Estructura SECUNDARIA: giros b.
AA como Asn, Gly y Pro (que se
acomodan mal en estructuras de
tipo a o b) aparecen con
frecuencia en este tipo de
estructura (Figura de la derecha).
La conformacin de los giros b
est estabilizada generalmente
por medio de un puente de
hidrgeno entre los residuos 1 y
4 del giro b (En color verde en las
Figuras derecha e izquierda).
El colgeno (Figura de la derecha) es una
importante protena fibrosa, con
funcin estructural. Presenta una
secuencia tpica compuesta por la
repeticin peridica de grupos de tres
AA. El primer AA de cada grupo es Gly, y
los otros dos son Pro (o hidroxiprolina) y
un AA cualquiera: -(G-P-X)-.
Conformacin del colgeno.
La frecuencia peridica de la Prolina
condiciona el enrollamiento peculiar del
colgeno en forma de hlice levgira. La
glicina, sin cadena lateral, permite la
aproximacin entre distintas hlices, de
forma que tres hlices levgiras se asocian
para formar un helicoide dextrgiro.
En protenas con estructura terciaria globular es frecuente
encontrar combinaciones de estructuras al azar, a y b, con
una disposicin caracterstica que se repite en distintos tipos
de protenas. Son los llamados motivos estructurales o
estructuras supersecundarias.
Algunos estn formados por a-hlices, otros por estructuras b,
y otros por combinaciones de las dos. De entre las ms
abundantes, podemos destacar:
Estructuras SUPERSECUNDARIAS.
Formada por dos a-
hlices cortas,
conectadas entre s
mediante un tramo sin
estructura secundaria
(o a veces un giro b). Es
caracterstico de
protenas que
interaccionan con el
DNA.
Estructuras SUPERSECUNDARIAS: hlice-giro-hlice.
Es un motivo estructural
formado por dos a-hlices
yuxtapuestas (Figura de la
izquierda). A menudo,
estas dos hlices
interaccionan entre s
mediante cadenas laterales
de leucina (Figura de la
derecha, en color azul),
originando una estructura
llamada "cremallera de
leucina" que aparece
frecuentemente en
protenas que
interaccionan con el DNA.
Estructuras SUPERSECUNDARIAS: Coiled-coil.
Formada por dos a-hlices
conectadas entre s por un
giro. Est presente en
protenas que se unen a
calcio como la calmodulina o
la troponina-C. La unin al
Ca
++
(tomo de color verde en
la Figura superior y de color
naranja en la Figura inferior)
se lleva a cabo gracias a las
tres cadenas laterales de Asp
localizadas en la secuencia
que conecta las dos hlices.
Estructuras SUPERSECUNDARIAS: Mano E-F.
En este motivo, cuatro a-hlices
se asocian a lo largo de su eje
longitudinal. Los residuos
hidrofbicos se apian en el
interior de una forma tan
compacta que el agua queda
totalmente excluda. El centro
activo de protenas como el
citocromo b
562
o la
miohemeritrina est localizado
uno de los extremos de la zona
hidrofbica de esta estructura
supersecundaria. Los residuos
hidroflicos se localizan en la
superficie.
Estructuras SUPERSECUNDARIAS: 4 hlices empaquetadas.
Es un motivo estructural muy
sencillo en el cual dos
estructuras b adyacentes se
orientan de forma antiparalela
(en color rojo en la Figura), y
estn conectadas por medio
de un segmento con
estructura al azar (en color
blanco). Se encuentra con
mucha frecuencia en las
protenas y no se le relaciona
con ninguna funcin concreta.
Estructuras SUPERSECUNDARIAS: horquilla b.
Formado por
varias hojas b
antiparalelas
conectadas por
segmentos con
conformacin al
azar.
Estructuras SUPERSECUNDARIAS: meandro b.
En esta estructura
supersecundaria, numerosas
estructuras b orientadas de
forma antiparalela se
entrecruzan entre s dando lugar
a una especie de canasta o barril,
donde los residuos hidrofbicos
se acumulan en el interior. Este
motivo estructural aparece en la
protena que une retinol, donde
8 estructuras b adoptan esta
configuracin y la molcula de
retinol se acomoda en el interior,
dejando fuera nicamente su
grupo OH.
Estructuras SUPERSECUNDARIAS: barril b.
Este es un motivo estructural
poco frecuente, que aparece
en la protena UDP N-
Acetilglucosamina O-
Aciltransferasa de E. coli. Se
puede apreciar una hlice
levgira formada por el
enrollamiento de varias
estructuras b orientadas de
forma paralela. En el interior
de la b-hlice se acumulan las
cadenas laterales
hidrofbicas, lo que da
estabilidad a la estructura.
Estructuras SUPERSECUNDARIAS: hlice b.
Motivo estructural
mediante el cual dos
estructuras b se orientan
de forma paralela (en rojo
en la figura) mediante un
segmento que contiene
una hlice a (en color
verde) y dos segmentos
con estructura al azar (de
color blanco).
Estructuras SUPERSECUNDARIAS: b-a-b.
Consta de hlices a
y hojas b en
disposicin paralela
y alternante. Es
frecuente en
protenas que se
unen a nucletidos.
Estructuras SUPERSECUNDARIAS: estructura de Rossmann.
Se llama estructura terciaria a la disposicin
tridimensional de todos los tomos que
componen la protena, concepto equiparable
al de conformacin absoluta en otras
molculas. La estructura terciaria de una
protena es la responsable directa de sus
propiedades biolgicas, ya que la
disposicin espacial de los distintos grupos
funcionales determina su interaccin con los
diversos ligandos. Para las protenas que
constan de una sola cadena polipeptdica
(carecen de estructura cuaternaria), la
estructura terciaria es la mxima informacin
estructural que se puede obtener. La Figura
de la derecha corresponde a la protena
triosafosfato isomerasa. La estructura
terciaria es una disposicin precisa y nica en
el espacio, y surge a medida que se sintetiza
la protena. En otras palabras, la estructura
terciaria est determinada por la secuencia
de AA (estructura primaria).
Estructuras terciaria de las protenas.
Se distinguen dos tipos de estructura
terciaria:
Protenas con estructura terciaria de tipo
fibroso en las que una de las dimensiones es
mucho mayor que las otras dos. Son
ejemplos el colgeno (Figura superior), la
queratina del cabello o la fibrona de la
seda). En este caso, los elementos de
estructura secundaria (hlices a u hojas b)
pueden mantener su ordenamiento sin
recurrir a grandes modificaciones, tan slo
introduciendo ligeras torsiones
longitudinales, como en las hebras de una
cuerda.
Protenas con estructura terciaria de tipo
globular, ms frecuentes, en las que no
existe una dimensin que predomine sobre
las dems, y su forma es aproximadamente
esfrica. En este tipo de estructuras se
suceden regiones con estructuras al azar,
hlice a hoja b, acodamientos y estructuras
supersecundarias. La figura inferior
corresponde a la mioglobina.
Estructuras terciaria de las protenas.
Las fuerzas que estabilizan la estructura
terciaria de una protena se establecen entre
las distintas cadenas laterales de los AA que
la componen. Los enlaces propios de la
estructura terciaria pueden ser de dos tipos:
covalentes y no covalentes (Figura de la
derecha).
Los enlaces covalentes pueden deberse a (1)
la formacin de un puente disulfuro entre
dos cadenas laterales de Cys, o a (2) la
formacin de un enlace amida (-CO-NH-)
entre las cadenas laterales de la Lys y un AA
dicarboxlico (Glu o Asp).
Los enlaces no covalentes pueden ser de
cuatro tipos: (1) fuerzas electrostticas entre
cadenas laterales ionizadas, con cargas de
signo opuesto, (2) puentes de hidrgeno,
entre las cadenas laterales de AA polares (3)
interacciones hidrofbicas entre cadenas
laterales apolares y (4) fuerzas de polaridad
debidas a interacciones dipolo-dipolo.
Estructuras terciaria de las protenas.
Como resultado de estas interacciones, en las
protenas con estructura terciaria globular:
las cadenas laterales con carcter apolar se
orientan hacia el interior de la molcula
evitando las interacciones con el disolvente, y
forman un ncleo compacto con carcter
hidrofbico (en color azul en la figura de la
derecha).
las cadenas laterales de los aminocidos
polares se localizan en la superficie de la
molcula, interaccionando con el agua y
permitiendo que la protena permanezca en
disolucin (en color blanco en la figura de la
derecha).
Estructuras terciaria de las protenas.
No todas estas interacciones contribuyen por igual al mantenimiento de la estructura terciaria.
Obviamente, el enlace que aporta ms estabilidad es el de tipo covalente, y entre los no
covalentes, las interacciones ms importantes son las de tipo hidrofbico, ya que exigen una
gran proximidad entre los grupo apolares de los AA.
Cuando desaparecen estas interacciones la estructura terciaria de una protena se desestabiliza y
pierde su estructura tridimensional caracterstica de manera que pierde su funcin y, a menudo
precipita. Este fenmeno se conoce con el nombre de desnaturalizacin.
Existen regiones diferenciadas dentro de
la estructura terciaria de las protenas que
actan como unidades autnomas de
plegamiento y/o desnaturalizacin de las
protenas. Estas regiones constituyen un
nivel estructural intermedio entre las
estructuras secundaria y terciaria reciben el
nombre de dominios. Los dominios se
pliegan por separado a medida que se
sintetiza la cadena polipeptdica. Es la
asociacin de los distintos dominios la que
origina la estructura terciaria. La Figura de
la derecha corresponde a la protena
piruvato quinasa, que consta de 4
dominios, cada uno representado de un
color. La prdida total o parcial de los
niveles de estructuracin superiores al
primario recibe el nombre de
desnaturalizacin, que puede ser
reversible o irreversible.
Estructuras terciaria de las protenas: concepto
de DOMINIO.
Cuando una protena consta de
ms de una cadena
polipeptdica, es decir, cuando
se trata de una protena
oligomrica, decimos que tiene
estructura cuaternaria. La
estructura cuaternaria debe
considerar: (1) el nmero y la
naturaleza de las distintas
subunidades o monmeros que
integran el oligmero y (2) la
forma en que se asocian en el
espacio para dar lugar al
oligmero. La figura de la
derecha corresponde a la
hemoglobina.
Estructuras CUATERNARIA de las protenas.
En protenas con estructura terciaria
de tipo fibroso, la estructura
cuaternaria resulta de la asociacin
de varias hebras para formar una
fibra. La miosina o la tropomiosina
constan de dos hebras con
estructura de hlice a enrolladas en
una fibra levgira. La a-queratina
del cabello y el fibringeno de la
sangre presentan tres hebras en
cada fibra levgira. El colgeno
consta de tres hebras helicoidales
levgiras que forman una fibra
dextrgira. La fibrona de la seda
presenta varias hebras con
estructura de hoja b orientadas de
forma antiparalela.
Estructuras CUATERNARIA de las protenas.
Cuando varias protenas con estructura
terciaria de tipo globular se asocian para
formar una estructura de tipo
cuaternario, los monmeros pueden ser:
Exactamente iguales, como en el caso
de la fosfoglucoisomerasa o de la
hexoquinasa.
Muy parecidos, como en el caso de la
lactato deshidrogenasa.
Con estructura distinta pero con una
misma funcin, como en el caso de la
hemoglobina.
Estructural y funcionalmente distintos,
que una vez asociados forman una
unidad funcional,como en el caso de la
aspartato transcarbamilasa, un enzima
alostrico con 6 subunidades con
actividad cataltica y 6 con actividad
reguladora.
Estructuras CUATERNARIA de las protenas.
La estructura cuaternaria modula la actividad biolgica de la
protena y la separacin de sus subunidades, a menudo, conduce
a la prdida de funcionalidad.
Las fuerzas que mantienen unidas las distintas cadenas
polipeptdicas son, en lneas generales, las mismas que
estabilizan la estructura terciaria.
Las ms abundantes son las interacciones dbiles (hidrofbicas,
polares, electrostticas y puentes de hidrgeno), aunque en
algunos casos, como en las inmunoglobulinas, la estructura
cuaternaria se mantiene mediante puentes disulfuro.
El ensamblaje de los monmeros se realiza de forma espontnea,
lo que indica que el oligmero presenta un mnimo de energa
libre con respecto a los monmeros.
Estructuras CUATERNARIA de las protenas.
En muchos casos, las protenas se agrupan bien
entre s, bien con otros grupos de biomolculas
para formar estructuras supramoleculares de
orden superior y que tienen un carcter
permanente. Este nivel de asociacin recibe el
nombre de estructura quinaria:
1. ASOCIACIONES ENTRE PROTENAS
2. ASOCIACIONES ENTRE PROTENAS Y
OTRAS BIOMOLCULAS

ASOCIACIONES SUPRAMOLECULARES de las
protenas.
Las protenas a y b-tubulina (en color azul y verde en la figura
inferior) forman unos dmeros que se ensamblan formando
filamentos huecos enormemente largos llamados microtbulos,
cuya funcin es fundamentalmente estructural, ya que forman
parte del citoesqueleto de las clulas (que contribuyen a dar
forma a las clulas), del centriolo (que participa en la mitosis), y
de los cilios y flagelos (que participan en la motilidad celular).
Asociaciones quinarias entre protenas.
La fibrina es otra
protena que forma una
asociacin
supramolecular. Los
monmeros de fibrina
se unen mediante
enlaces covalentes para
formar la malla
tridimensional
caracterstica del
trombo o cogulo
sanguneo.
Asociaciones quinarias entre protenas.
Las protenas se pueden
asociar:
1. Con azcares
2. Con lpidos
3. Con cidos nucleicos
ASOCIACIONES ENTRE PROTENAS Y OTRAS
BIOMOLCULAS.
Cuando las protenas se asocian con azcares pueden
originar asociaciones supramoleculares como los
proteoglicanos o los peptidoglicanos.
ASOCIACIONES ENTRE PROTENAS Y
GLCIDOS.
Cuando las protenas se asocian con lpidos pueden
originar asociaciones supramoleculares como las
lipoprotenas del plasma sanguneo y las membranas
biolgicas.
ASOCIACIONES ENTRE PROTENAS Y LPIDOS.
Cuando las protenas se asocian con cidos nucleicos
pueden originar asociaciones supramoleculares como
los ribosomas, nucleosomas o virus.
ASOCIACIONES ENTRE PROTENAS Y CIDOS
NICLEICOS.
Los elementos tpidos de una
cromatografa en columna incluyen un
material poroso slido en el interior de
una columna de cristal o plstico. Esta
matriz slida hace de fase estacionaria
a cuyo travs fluye la disolucin
proteca tamponada, que constituye la
fase mvil. Constantemente est
pasando tampn a travs de la
columna, lo que permite el avance
diferencial de las protenas, a una
velocidad relacionada con grado de
interaccin con la matriz de la fase
estacionaria.
Recogiendo alcuotas de similar
volumen, en tubos de ensayo
diferentes se pueden llegar a separar
las distintas protenas (A, B, y C) de la
mezcla de la figura de la derecha.
Mtodos de purificacin de protenas.
CROMATOGRAFA EN COLUMNA.
Ion-exchange chromatography exploits
differences in the sign and magnitude of
the net electric charges of proteins at a
given pH. The column matrix is a synthetic
polymer containing bound charged groups;
those with bound anionic groups are called
cation exchangers, and those with bound
cationic groups are called anion exchangers.
Ion-exchange chromatography on a cation
exchanger is shown here. The affinity of
each protein for the charged groups on the
column is affected by the pH (which
determines the ionization state of the
molecule) and the concentration of
competing free salt ions in the surrounding
solution. Separation can be optimized by
gradually changing the pH and/or salt
concentration of the mobile phase so as to
create a pH or salt gradient.
Mtodos de purificacin de protenas.
CROMATOGRAFA DE INTERCAMBIO INICO.
Size-exclusion
chromatography, also called
gel filtration, separates proteins
according to size. The column
matrix is a cross-linked polymer
with pores of selected size.
Larger proteins migrate faster
than smaller ones, because they
are too large to enter the pores
in the beads and hence take a
more direct route through the
column. The smaller proteins
enter the pores and are slowed
by their more labyrinthine path
through the column.
Mtodos de purificacin de protenas.
CROMATOGRAFA DE EXCLUSIN POR TAMAO.
Affinity chromatography
separates proteins by their
binding specificities. The proteins
retained on the column are those
that bind specifically to a ligand
cross-linked to the beads. (In
biochemistry, the term ligand is
used to refer to a group or molecule
that binds to a macromolecule such
as a protein.) After proteins that do
not bind to the ligand are washed
through the column, the bound
protein of particular interest is
eluted (washed out of the column)
by a solution containing free ligand.
Mtodos de purificacin de protenas.
CROMATOGRAFA DE AFINIDAD.
Different samples are loaded in wells or
depressions at the top of the polyacrylamide gel.
The proteins move into the gel when an electric
field is applied. The gel minimizes convection
currents caused by small temperature gradients,
as well as protein movements other than those
induced by the electric field.
Proteins can be visualized after electrophoresis
by treating the gel with a stain such as
Coomassie blue, which binds to the proteins but
not to the gel itself. Each band on the gel
represents a different protein (or protein
subunit); smaller proteins move through the gel
more rapidly than larger proteins and therefore
are found nearer the bottom of the gel. This gel
illustrates the purification of the enzyme RNA
polymerase from E. coli. The first lane shows the
proteins present in the crude cellular extract.
Successive lanes (left to right) show the proteins
present after each purification step. The purified
protein contains four subunits, as seen in the last
lane on the right.
Mtodos de purificacin de protenas. Electroforesis
en gel de poliacrilamida.
Estimating the molecular weight of a
protein. The electrophoretic mobility of a
protein on an SDS polyacrylamide gel is
related to its molecular weight, Mr. (a)
Standard proteins of known molecular weight
are subjected to electrophoresis (lane 1).
These marker proteins can be used to
estimate the molecular weight of an unknown
protein (lane 2). (b) A plot of log Mr of the
marker proteins versus relative migration
during electrophoresis is linear, which allows
the molecular weight of the unknown protein
to be read from the graph.
Mtodos de purificacin de protenas. Electroforesis
en gel de poliacrilamida.
Isoelectric focusing. This
technique separates
proteins according to their
isoelectric points. A stable
pH gradient is established
in the gel by the addition
of appropriate
ampholytes. A protein
mixture is placed in a well
on the gel. With an applied
electric field, proteins
enter the gel and migrate
until each reaches a pH
equivalent to its pI.
Remember that when pH
pI, the net charge of a
protein is zero.
Mtodos de purificacin de protenas.
Isoelectroenfoque.


Two-dimensional electrophoresis. (a) Proteins are
first separated by isoelectric focusing in a cylindrical
gel. The gel is then laid horizontally on a second,
slab-shaped gel, and the proteins are separated by
SDS polyacrylamide gel electrophoresis. Horizontal
separation reflects differences in pI; vertical
separation reflects differences in molecular weight.
(b) More than 1,000 different proteins from E. coli
can be resolved using this technique.
Mtodos de purificacin de protenas. Electroforesis
bidimensional.