Ejercicios de bioinformtica

aplicaciones en protenas
Funcin del agente desnaturalizante y el agente reductor
200
Protenas.
Condicin Normal
Condicin patolgica
ANLISIS DE IMGENES
MAPAS DE PROTEINAS EN 2D
-MAGVDKAMVTLSNGVKMPQFGLGVWQSPAGEVTENAVNWALCAGYRHIDTA

-ALNTNSRYGPDPDEAQF

-AIYKNEESVGAGLRASGVPREDVFITTKLWNTEQGYESTLAAFEESRQKLGVDYIDL
YLIHWPRGKDILSKEGKKYLDSWRAFEQLYKEKKVRAIGVSNFHIHHLEDV

-VSNFHIHHLEDVLAMCTVTPMVN

-LAMCTVTPMVNQVELHPLNNQADLRAFCDAKQIKVEAWSPLGQGKLLSNPILSAIG
AKYNKTAAQVILRWNIQKNLITIPKSVHRERIEENADIFDFELGAEDVMSID

-ENAVNWALCAGYRHIDTAAIYKNEESVGAGLRA

-IFDFELGAEDVMSIDALNTNSRY

Ensamblaje de secuencias
Bsqueda de protenas en Pubmed
Bsqueda de protenas en (Protein data bank)
Crystal structure of LipL32
>SEQUENCE
GAFGGLPSLKSSFVLSEDTIPGTNETVKTLLPYGSVINYYGYVKPGQA
PDGLVDGNKKAYYLYVWIPAVIAEMGVRMISPTGEIGEPGDGDLVSDA
FKAATPEEKSMPHWFDTWIRVERMSAIMPDQIAKAAKAKPVQKLDD
DDDGDDTYKEERHNKYNSLTRIKIPNPPKSFDDLKNIDTKKLLVRGLY
RISFTTYKPGEVKGSFVASVGLLFPPGIPGVSPLIHSNPEELQKQAIAAE
E
Bsqueda de la estructura 3D de protenas
- Identifique la protena en la base de datos
- Descargue la estructura 3D
- Cuantas hlices posee la protena
- Cuantas laminas posee la protena
- Cuantas uniones posee la protena
- Cual es la funcin biolgica de la protena

Identificacin de un espectro de masas
Bsqueda de dominios estructurales
MANDFVHLNVHTEYSLLNNYNPIEKLIEKAKELNFKAMAITDYNNMYGVIDFYKRCKKNSIKPIIGCELT
LSYSNNEFYNIILLAKNNLGYKNLCKLVSNLYVVENRNREFITFDELEKYSKNLILIVGSKRSFIRKCLY
SEDILSAKNEILNFKSLFNREDLFLELNFHFEENDELMMNRYLEFANEVNIETVVTNDVHYLENTDFNLF
KIARCISKGVLLSELKEDNFTQAEYFLKSEEEMLKIFSTLEDSMYNTKMIAQRCNVEFDFSTYHLPEYKV
PDGVSTKEDYLHSLIIEGMKKRYENLTDEIKKRVNYEFSVINKMGFTDYFLIVWDFVNFAKKNKIPVGPG
RGSGANSIVAYCLEITDIDPIEYDLIFERFLNPERVSMPDFDIDFCNERREEVIDYVIKKYGKNHVSQII
TFGTMKPRAAVRDIGRVLGYKLSTVDKVAKLIPNNLDVTFKNALRDSLELKKLYDEDINIKKLINISEKF
EKFHRHISIHAAGIVITKEELTEYIPLAKSGENIVTQFNMVELEELGLLKMDFLGLRTLTVIDDTIKLVK
KNYNRDIDIEKISLNDKNVLNLFKTADTIGIFQFESTGMRLFLKDLKADNFDELVAANSLFRPGPMNQIP
NYIKNKRNPSGIRYLDKRLEKYLKSTYGIIVYQEQVMQIARELAGYTWGQADNLRKAIGKKHMDIMEYNR
KIFIYGLDNLDGSIKIKGCIRNGVDEKLAQNIFDLIVEFGNYAFNKSHSACYSLNAYRTAYLKYYYPLEY
MVCLLNSVINYERQFFLYFQEIKRMGIKILLPSVNFSFYKISTENKCMRVGFSQIKGFNRLLAKDIIEAR
KAGKFKNFKEFLERLKDSKNMNLISIENLIKSGAFDEIEKNRIEILNSCETLFTQIVSKSKNELSGQLSL
ISSDFMQEKFVEYKNFSKDDTLEFEKDVLGFYISAHPLDSYKEYIKSKNSMKLIDLKVLDKGIYKVIVYV
NSVKTRKSKKNKTLKIINVEDFSSSIELLNVKDLDINKGKIYEISVKVTVNSFGNTNFTIIDADEIYDIY
IKKLYIKLDSLDYYTKKKLGEFSEKYNGENQVILYISSNHKTLKLENKFDLRNENLLVELEDNFGKDCFY
Que dominios se encuentran en la siguiente secuencia
- Cuantos y cuales dominios encuentra en la secuencia
- En que tipo de protenas se encuentran estos dominios
- Cual es proceso biolgico y funcin molecular de cada uno de esos dominios
- Busque la estructura por homologa en la base de datos Protein Databank
- Modele su estructura en tres dimensiones
- Cuantas estructuras secundarias encuentra
- Segn la estructura global que protena podra ser
- Cual es la posible funcin de esta protena
Localizacin en las vas metablicas
Visualice mediante la base de datos KEGG:

- El modelo de infeccin de Leismania
- El modelo de infeccin del virus Epstein-Barr
- El proceso de biosntesis de aminocidos
- El camino de sealizacin del TNF

METABOLOMA