Facultad de Ingeniera

UNIVERSIDAD DE MENDOZA
Pasaje Descote750
5500 Mendoza
Repblica Argentina
Telfono 061-201872

CURSO

EXPERIMENTACIN CON BASES DE DATOS

DE SEALES CARDIOLGICAS. RECURSOS DE
PHYSIONET.
DICTADO POR:
DR. ING. JESS RUBN AZOR MONTOYA
2011

La base de datos PHYSIOBANK

PhysioBank es una base de datos de seales digitales fisiolgicas de
gran crecimiento, con buena fundamentacin en datos relativos a la
comunidad de investigaciones biomdicas a la que se puede acceder
desde la direccin de Internet www.physionet.org.
Se incluye en esta base seales de mltiples parmetros
cardiopulmonares, neurales y de otros campos de la biomedicina,
abarcando a individuos sanos y pacientes con una gran variedad de
condiciones que conciernen a distintas implicancias patolgicas tales
como muerte cardiaca sbita, falla congestiva de corazn, epilepsia,
desrdenes motores, apnea del sueo y senilidad.

Esta base de datos es de libre acceso va Web y propende a actividades

cooperativas, esto es suministrando datos para investigaciones y
solicitando el envo de resultados para su realimentacin.

PhysioBank ATM

El "Cajero Automtico" de PhysioBank es un centro de

auto-servicio para explorar PhysioBank utilizando su
navegador web. En la actualidad, su Toolbox incluye un
software que puede mostrar formas de onda anotadas,
series de tiempo del intervalo RR e histogramas,
convertir archivos de seal WFDB a texto, CSV, EDF, o
archivos mat (para uso con Matlab u Octave), y mucho
ms.

Cmo usar el PhysioBank ATM

Utilice el panel del cajero automtico de control para:

a) Seleccionar una Input (un registro PhysioBank),

b) Definir las opciones Output correspondientes,
c) Elegir una herramienta desde el Toolbox, y
d) desplazarse dentro del registro que haya elegido con los botones
Navigation (o, una vez que le han permitido, la Navigation bar en la
parte inferior del panel de control encima del mapa de la seal).
El panel del cajero automtico presenta la siguiente forma:

Cmo usar el PhysioBank ATM

Utilizando la barra Selected input aparecer una seleccin, y debajo
de ellos, los resultados aparecen una vez que haya optado.

Cmo usar el PhysioBank ATM

Utilizando el Record map se selecciona el registro correspondiente.

Cmo usar el PhysioBank ATM

Input
Las colecciones PhysioBank se organizan en ms de 50 bases de datos,
cada una con un nmero de registros, y cada registro contiene informacin
recogida de un solo sujeto. (Para obtener ms informacin acerca de
PhysioBank, consulte An Introduction to the PhysioBank Archives)
1 - En el panel de entrada (arriba, a la izquierda), seleccione una base de
datos de la lista desplegable de bases de datos.

2 - Elija un registro.
3 - (Opcional) Seleccione una seal (forma de onda) de inters, o elija todas
(all) las seales. Slo unas pocas herramientas se ven afectadas por esta
decisin.
4 - (Opcional) Seleccione un conjunto de anotaciones si hay ms de un set
disponible, las herramientas que no leen las anotaciones no se ven
afectadas por esta decisin.

Cmo usar el PhysioBank ATM

Output
Las elecciones en esta seccin afectan la salida producida por alguna de las
herramientas, pero no el total de ellas.
Length: la duracin de la ventana observaciones dentro del registro de
entrada. (Los botones Navigation a la derecha definen la ubicacin de la
ventana dentro del registro.)

Time format: cmo se saca el tiempo (si hay datos disponibles).

Data format: cmo se sacan las muestras.

Cmo usar el PhysioBank ATM

Algunas herramientas soportan slo un subconjunto de posibles
formatos de tiempo y datos.
El formato fecha /hora slo est disponible para los registros de
algunas bases de datos en la se registr la hora del da (y en algunos
casos, la fecha), de lo contrario, el tiempo es indicado por el intervalo
que ha transcurrido desde el inicio de la grabacin.
Los tiempos en las muestras, y los datos en unidades ADC crudas, son
valores enteros sin escala y no desplazados como originalmente se han
registrado,
Otros formatos de tiempo y de datos presentan los datos registrados
convertidos en unidades fsicas, pero sin ninguna exactitud adicional.

Cmo usar el PhysioBank ATM

Toolbox
Una vez que se haya especificado qu datos examinar, se selecciona
una herramienta en el men Toolbox (arriba, a la derecha). Los
resultados aparecen en la ventana del navegador, por lo general en
unos pocos segundos.
Una vez que se haya elegido una herramienta, utilizando la mayora de
los dems controles se actualizarn los resultados, as (por ejemplo) se
puede aplicar la herramienta a un registro diferente cambiando su
seleccin en el rea Input , o se la puede aplicar a otra ventana de
observacin mediante el uso de los botones de navegacin, o puede
estrecharse o ensancharse la ventana al cambiar la longitud en las
opciones Output .

Por el contrario, se puede examinar la misma ventana utilizando

diferentes herramientas, eligindolos en sucesin desde el Toolbox. .
Los resultados aparecen en la parte inferior de la pgina, y es posible
que haya que desplazarse hacia abajo para verlas.

Cmo usar el PhysioBank ATM

Especificacin de datos a examinar

Resultados aparecen en la ventana del navegador

Cmo usar el PhysioBank ATM

Navigation
La mayora de los registros PhysioBank son demasiado grandes para
cargarlos en un navegador web, de ah la necesidad de seleccionar una
ventana de observacin. La ubicacin de la ventana de observacin se indica
en Selected input (visible una vez que se haya elegido un registro), y su
duracin est determinada por su eleccin de la longitud en la zona de
opciones Output.

Se usan los botones de navegacin para mover la ventana de observacin a

travs del registro que se ha elegido. Si la longitud de la ventana es dt,
entonces:

Cmo usar el PhysioBank ATM

|<<
Mueve al comienzo del registro
<<
mueve 6dt atrs
<
mueve dt atrs
*
No mueve (refresca los resultados)
>
mueve dt adelante
>>
mueve 6dt adelante
>>|
Mueve al final del registro
Se puede tambin usar la barra de navegacin, descrita en la prxima seccin,
para moverse en el registro.

Cmo usar el PhysioBank ATM

La navigation bar (barra de navegacin) y el record map (Mapa de registro)
Una vez que se haya seleccionado una entrada, el mapa de registro aparece
debajo del panel de control. El mapa se escala para que toda la longitud del
registro se ajuste a travs de la ventana del navegador.
El rectngulo gris en la barra de navegacin indica la ubicacin y la duracin de
la ventana de observacin. Utilice las flechas sobre su izquierda y derecha para
desplazar la ventana en un ancho-de-ventana, o haga clic en cualquier lugar
dentro de la barra para mover la ventana de observacin en un monto mayor.
Si el registro es mucho mayor que la ventana de observacin, el ancho del
rectngulo gris no est a escala, y el rectngulo puede permanecer en su lugar,
si la ventana de observacin se desplaza por un pequeo intervalo de tiempo
utilizando las flechas.

Cmo usar el PhysioBank ATM

Selected input (entrada seleccionada)
Esta barra de estado est siempre visible justo debajo del panel de control, a
menos que todava no se haya elegido un registro de entrada.
Indica qu registro y anotador han sido elegidos, los lmites de la ventana de
observacin, y contiene un enlace a la pgina principal de la base de datos a la
que pertenece el registro seleccionado.

Resultados
Los resultados aparecen debajo de la barra Selected input .
En la mayora de los casos, los resultados solicitados desde la PhysioBank
ATM tambin se pueden obtener mediante la ejecucin de los mismos
programas utilizados por el "cajero automtico" en su propia computadora.

El PhysioBank ATM Toolbox

Plot waveforms (seales y anotaciones) grficamente
Esta herramienta muestra un segmento corto de las formas de onda, junto con
cualesquiera anotaciones del conjunto de anotaciones seleccionado que ocurren
dentro de la ventana temporal. Si se ha optado por una seal en el rea Input,
slo esa seal aparece en la salida (esta funcin puede ser til si se solapan
seales de otro tipo).

Los charts se crean como figuras vector PostScript mediante pschart, y se

convierten en imgenes PNG amigables de navegador usando Image Magica .
Adems para descargar las imgenes PNG, o verlas en su navegador, es
posible descargar imgenes de PostScript de alta resolucin (se incluyen
enlaces a las imgenes chart.png y chart.ps en el Resumen de comandos que
aparece entre la barra Select Input y el chart).
Una versin previa de esta herramienta est disponible desde 2000 como ChartO-Matic.

El PhysioBank ATM Toolbox

Plot serie de tiempos del
intervalo RR
Si la entrada seleccionada
incluye
anotaciones
de
ritmo
cardiaco,
esta
herramienta calcula la serie
de tiempo de los intervalos
entre latidos consecutivos
(intervalos
RR)
usando
ann2rr, y muestra las series
de tiempo utilizando plt (que
produce
figuras
vector
PostScript) e Image Magick
(que convierte el PostScript
a PNG para su visualizacin
en su navegador).

El PhysioBank ATM Toolbox

Plot de histograma
de intervalos RR

Esta herramienta calcula las series de

tiempo de intervalos
RR y grafica un
histograma de ellos
usando las utilidades estndar POSIX
.

El PhysioBank ATM Toolbox

Mostrar muestras como texto
Por defecto, las muestras de todas las seales dentro de la ventana de
observacin se convierten en texto. Si se ha optado por una seal en el rea
Input, slo esa seal aparece en la salida.
Los nombres de algunas seales son demasiado grandes para caber en las
columnas, estos nombres se acortan dejando caer los caracteres iniciales (ya
que los nombres de las seales relacionadas a menudo difieren slo al final, esto
hace identificables a las columnas). Utilice el men Signals en el panel de
control para ver los nombres completos de la seal.
Tenga en cuenta que la cantidad de salida disponible a travs de los "cajeros
automticos" PhysioBank se limitan a 100.000 muestras por seal de cada
solicitud. Para los registros que contienen mltiples seales, esto puede ser de
varios megabytes de texto, y puede exceder la capacidad de su navegador, si es
as, reduzca el tamao de su pedido y vuelva a intentarlo.
Se puede ejecutar rdsamp (sin un lmite en el nmero de muestras convertidas)
en su propia computadora para convertir los archivos de la seal desde
PhysioNet y otras fuentes en forma de texto.

El PhysioBank ATM Toolbox

Algunas salidas de esta utilidad:

El PhysioBank ATM Toolbox

El PhysioBank ATM Toolbox

Mostrar anotaciones como texto
Cada lnea de salida se corresponde con una nica anotacin.
Las fechas y horas o tiempo transcurrido son mostrados seguidos por tiempos
en las muestras a menos que el formato sea hora, minutos o segundos, la
eleccin del formato de datos no tiene ningn efecto en la salida, la cual es
generada por rdann.
Ver la annotation key (clave de anotacin) para una descripcin de los
mnemnicos de anotacin que aparecen despus de las columnas de tiempo,
tenga en cuenta que se han usado mnemnicos especiales para algunas bases
de datos, y estas se describen en la pgina principal de la base de datos.
Algunos ejemplos:
Beat annotations:
Code
Description
N
Normal
beat
(displayed
as
""
by
PhysioBank ATM, pschart, and psfd)
L
Left bundle branch block beat
R
Right bundle branch block beat
B
Bundle branch block beat (unspecified)
A
Atrial premature beat

the

El PhysioBank ATM Toolbox

Una salida tpica tiene el formato:

El PhysioBank ATM Toolbox

Mostrar intervalos-RR como texto
Si la entrada seleccionada incluye anotaciones de ritmo cardiaco, esta
herramienta calcula la serie de tiempo de los intervalos entre latidos
consecutivos (los intervalos RR) mediante ann2rr.
Los intervalos RR en s mismos, aparecen en la tercera columna de salida,
flanqueada por los mnemnicos de anotacin de los latidos delimitando cada
intervalo, y los tiempos de ocurrencia de aquellos latidos.
Una salida tpica es:

El PhysioBank ATM Toolbox

Exporta seales como .mat
Esta herramienta crea un archivo con el formato .mat que se puede leer
directamente en Matlab o en el software de cdigo abierto Octave.
Si se ha optado por una seal (en lugar de todas las seales), el archivo..mat
contiene las muestras de esa nica seal.
Tngase en cuenta que los archivos .mat disponibles va ATM PhysioNet
contienen un mximo de 1.000.000 columnas (muestras por seal).
Considrese que la carga y trazado de series de tiempo de esta longitud
puede requerir uno o dos minutos de computacin, an con suficiente
memoria.
Si se descarga e instala el paquete de software WFDB, que incluye wfdb2mat,
es posible que se ejecute (sin lmite en el nmero de muestras convertidos)
en su propia computadora para convertir los archivos de la seal de
PhysioNet y otras fuentes en forma .mat..

El PhysioBank ATM Toolbox

Exporta seales como .mat
A modo de ejemplo, desde la base Normal Synus Rithm:

Con el botn derecho del mouse se puede descargar el archivo 16265m.mat en

la carpeta work de Matlab y se pueden recuperar los datos.
>> load 16265m
>> whos
Name
Size
val
2x1280

Bytes
20480

Class
double

Attributes

El PhysioBank ATM Toolbox

Del mismo modo, se pueden bajar otros dos archivos en la misma carpeta,
estos son 16265m.info y plotATM.m
Ejecutando luego:
matName='16265m.mat'; infoName='16265m.info';
plotATM(matName,infoName)

El PhysioBank ATM Toolbox

Tambin es posible un graficacin directa desde la matriz de dos columnas,
val, que est cargada en el workspace.
x=val(1,:); y=val(2,:); S=size(val);
i=1:S(2);plot(i,x(i),i,y(i)+800)

El PhysioBank ATM Toolbox

Exportar seales como CSV
Esta herramienta crea un archivo en formato CSV (commaseparated value), conteniendo las muestras en la regin de
inters.
Como en los otras casos, PhysioBank ATM est limitado a
100,000 muestras por seal y por requerimiento. Para registros
ms grandes se puede exceder la capacidad del navegador.

Se puede usar rdsamp (sin lmite para el nmero de muestras

convertidas) sobre la propia computadora para convertir los
archivos de seal desde PhysioNet y otras fuentes en formato
CSV.
Una vez el archivo en CSV, es posible utilizarlo en una variadad
de programas que trabajan con este formato.

El PhysioBank ATM Toolbox

Exportar seales como EDF

El Formato de Datos Europeas (FED) es un formato de archivo estndar
diseado para el intercambio y almacenamiento de series de tiempo de
origen mdico.
Al ser un formato abierto y no propietario, EDF se utiliza comnmente
para archivar, intercambiar y analizar los datos de los dispositivos
comerciales en un formato que es independiente del sistema de
adquisicin.
De esta manera, los datos pueden ser recuperados y analizados por un
software independiente. El software EDF est disponibles gratuitamente.
Esta herramienta crea un archivo ED desde un registro seleccionado,
usando mit2edf. Unas pocas Bases de Datos PhysioBank contienen
registros ya en formato EDF.