Ligamiento

Ligamiento
Ligamiento yy mapas
mapas genticos
genticos
Dr. Antonio Barbadilla
Tema 5: Ligamiento y1 mapas genticos
Objetivos
Objetivos tema
tema 5:
5:
Ligamiento
Ligamiento yy cartografa
cartografa gentica
gentica (mapas)
(mapas)
Debern quedar bien claros los siguientes puntos
Los conceptos de ligamiento, recombinacin y
entrecruzamiento
Cmo calcular las frecuencias de recombinacin en loci ligados
Construccin de mapas genticos a partir de cruzamientos
pruebas de 2 y 3 factores (puntos)
Interferencia y coeficiente de coincidencia
Demostracin citolgica del entrecruzamiento
Anlisis de ttradas en hongos ascomicetos
Recombinacin mittica
Cartografa gentica en humanos
Ligamiento y recombinacin en bacterias y virus
Tema 5: Ligamiento y2mapas genticos
Ligamiento:
Ligamiento: Asociacin
Asociacin de
de genes
genes en
en el
el
mismo
mismo cromosoma
cromosoma formando
formando grupos
grupos de
de
ligamientos
ligamientos
Ligamiento total
A
A
a
Genotipo F1
AB / ab
A
A
a
a
B
B
b
b
Gametos (100% gametos
parentales)
50 % AB
50 % ab
Segregacin independiente (no ligamiento,

2a ley de Mendel)
gametos
Genotipos F1
A B
-- -a b
A
A
AB
A
A
Ab
A
A
aB
a
a
50%
recombinanB
tes
B
B
b
a
a
ab
a
a
b
b
Proporcin 1:1:1:1
Mensaje:
La frecuencia de gametos
recombinantes (FR) debe estar
entre el ligamiento total (0%) y
la segregacin independiente
(50%)
0% FR 50%
Ligamiento:
Descubrimiento del ligamiento (Morgan

con mutantes de Drosophila
melanogater)
Mutantes de Drosophila melanogater

Estudio del ligamiento con
mutantes
+: salvaje
Cy: Curly sd: scalloped
+: salvaje
w: white
ap: aptera vg: vestigial dp: dumpy
sepia
D: Dichaete
7
c: curved
Bar
Ligamiento:
Simbolismo del ligamiento
Configuracin en acoplamiento o cis -> AB/ab
Configuracin en repulsin o trans -> Ab/aB
Prueba de ligamiento: desviacin de la
proporcin 1:1:1:1 en un cruzamiento prueba de
un dihbrido
Grupos de
ligamiento en
Drosophila
Ligamiento a nivel del DNA

Haplotipo
10
Cruzamiento prueba:
Genotipos P
AA BB
aa bb
Gametos P
AB
ab
F1
Aa Bb
Gametos
11
aa bb
ab
AB
Ab
aB
Cruzamiento
prueba
ab
Aa Bb
Aa bb
aa Bb
aa bb
A- BA- bb
aa Baa bb

Fenotipos
Genotipos
Mensaje:
El cruzamiento prueba
permite inferir las
proporciones de los
gametos que se forman
en el doble
heterocigoto
12
Recombinacin: la generacin durante la

meiosis de genotipos haploides distintos de
los genotipos parentales
Gametos P
F1
13
ab
Aa Bb
Gametos
AB
AB
ab
Ab
aB
Gametos parentales
Gametos recombinantes
Recombinacin:
Recombinacin intercromosmica: genes (loci)

en diferentes cromosomas (leyes de Mendel)
Genotipos F1
A B
-- -a b
A
A
a
a
AB
A
A
Ab
A
A
aB
a
a
ab
a
a
B
B
b
b
50%
recombinantes
Proporcin 1:1:1:1
Recombinacin intracromosmica: genes

situados en el mismo cromosoma --->
Entrecruzamiento
14
Entrecruzamiento (Crossover): El
intercambio de cromtidas no hermanas entre

cromosomas homlogos durante la meiosis por un
proceso de rotura y reunin del DNA
Cromosomas en la meiosis
Productos meiticos
Meiosis
sin
entrecru
zamiento
entre los
genes
Meiosis
con
entrecru
zamiento
entre los
genes
B
b
15
Recombinantes
Meiosis
Meiosis yy entrecruzamiento
entrecruzamiento
16
Entrecruzamiento visto mediante

microscopa electrnica
17
Entrecruzamiento visto mediante

microscopa electrnica
18
Entrecruzamiento
en el nivel del
DNA
19
Migracin ramal
20
Tema 5: Ligamiento y20

mapas genticos
Cartografa gentica:
La cartografa gentica asigna el lugar
cromosmico de un gen (o locus) y su relacin de
distancia con otros genes (o loci) en un cromosoma
dado
A. Sturtevant (1913). La distribucin y

el orden lineal de los genes se pueden
establecer experimentalmente
mediante el anlisis gentico
21
Supuesto: las frecuencias de

entrecruzamiento, y por tanto la
frecuencia de recombinacin, depende de la
distancia entre genes
A
B C
Unidad de distancia: La unidad de mapa (u.m.) o el

centimorgan (cM) --> La distancia entre genes (loci) en los
Temaes
5: Ligamiento
y22
mapas genticos
que 22
la frecuencia de recombinacin
del 1%
Meiosis
23

mapas genticos
Mayor distancia entre loci --> Mayor nmero de

entrecruzamientos
Ms Entrecruzamientos ---> Ms Recombinacin
A mayor frecuencia de recombinacin
mayor la distancia entre loci
El nmero de etrecruzamientos por meiosis y por
cromosoma se puede representar por una distribucin
aleatoria de Poisson, con media
e
f (i )
i!
24
1
FR (1 e )
2
ln(1 2 FR)

mapas genticos
Mapa a partir de cruzamientos prueba de

dos puntos (dos loci en el mismo
cromosomas)
Se determina la distancia 2 a 2 entre loci y stas
se suman para estimar la distancia gentica total
de un cromosoma
A
25

mapas genticos
Ejemplo:
Experimento de Morgan
pr = Ojos Prpura
vg = Alas vestigiales
Ambos alelos son recesivos respecto al salvaje
P
F1
pr+ pr+ vg+ vg+ X pr pr vg vg

pr+ pr vg+ vg X
Fenotipos F
pr+ vg+
pr vg
pr+ vg
pr vg+
26
pr pr vg vg
1339
1195
151
154
____
2839

mapas genticos
Metodologa
Normalmente heterocigoto X homocigoto recesivo
(cruzamiento prueba) -> AB/ab X ab/ab
No se observa en la F2 la proporcin fenotpica 1:1:1:1, y la
proporcin no es predecible a priori porque depende de la
distancia entre los genes estudiados
Las dos clases mayoritarias corresponden a los gametos
no recombinantes (parentales), y las minoritarias a los
recombinantes (no parentales)
La frecuencia de recombinacin (recombinantes/total X
100) refleja la distancia gentica entre los dos genes. Una
unidad de mapa o centimorgan (1cM) = 1% de
recombinantes
Se ordernan tres genes cuyas distancias se han medido
dos a dos
27

mapas genticos
Fenotipos F
pr+ vg+
pr vg
pr+ vg
pr vg+
1339
1195
151 305
154
____
2839
Proporcin no 1:1:1:1. Un test de 2 es muy significativo

FR = 305/2839 = 0,107 = 10,7 cM
pr
vg
28
10,7 cM Tema 5: Ligamiento y28mapas genticos
Orden de los genes

Se han estudias tres pares de genes y estas son las
distancias entre ellos:
distancia A-B = 12;
distancia B-C = 7; y
distancia A-C = 5
Cul es el orden de los genes? Las distancias deben ser
aditivas y consistentes entre s
Supongamos las tres ordenaciones posibles
29

mapas genticos
Orden de los genes

Ordenaciones posibles
Caso 1: Marcador A est en el medio:
B
12
A A
C
Caso 2: Marcador B est en el medio:

A
B B
12
A
C
5
Caso 3: Marcador C est en el medio:
A
30
12
C
C
B
7
Aditividad
B

mapas genticos
Las distancias de mapa no son completamente

aditivas
B
FR = x
FR = y
C
FR < x + y
25,4
b 5,9 pr
La mejor estima distancia,

suma (b-pr) + (pr-c)
19,5
31

23,7 Distancia
experimento dos puntos b-c
Relacin entre frecuencia de recombinacin y

entrecruzamiento (o distancia real de mapa)
Las distancias de mapa no son completamente aditivas porque los
dobles recombinantes entre dos marcadores A y C no se detectan
en un cruce de dos puntos, subestimndose la distancia A y C
A
A
B
b
C
C
a
a
B
b
c
c
La relacin entre la distancia real de mapa (nmero de

entrecruzamientos) y la frecuencia de recombinacin entre dos
marcadores o loci no es lineal. Cuanto ms lejos estn los marcadores
peor es la estima
La frecuencia de recombinacin (FR) entre dos marcadores no puede
superar el 50%
FR 0,5
32

mapas genticos
Funcin de mapa
Es una funcin que permite estimar la distancia de mapa mejor que
empleando solamente la frecuencia de recombinacin, pues corrige
los intercambios (entrecruzamientos) no detectados
50
FR
observada
(%)
40
FR (1 e )
2
30
20
10
=1
=2
=3
=4
Nmero medio de entrecruzamientos por meiosis

Zona de
linealidad
33
50
100
150
200
Tema 5: reales
Ligamiento y33
mapas genticos
Unidades de mapa
Por qu la frecuencia de recombinacin (FR)

entre dos marcadores no puede superar el 50%?
Demostracin 1: Muchos entrecruzamientos entre a y b
Es igual de probable cualquier combinacin,

++,
ab,
a+,
+b,
es como si segregaran independientemente ambos
mapas genticos
loci. Luego, la FR mxima es 50%
34
Por qu la frecuencia de recombinacin (FR)

entre dos marcadores no puede superar el 50%?
Demostracin 2: caso completo para 1 2 entrecruzamientos
35
FR promedio de un doble
entrecruzamiento = 8/16 = 50%
mapas genticos
Mapa a partir de cruzamientos prueba de tres

puntos (tres loci en el mismo cromosomas)
Metodologa
Triple heterocigoto X homocigoto recesivo

(cruzamiento prueba) -> ABC/abc X abc/abc
Si hay ligamiento, no se observa en la F2 la
proporcin fenotpica 1/8 para cada tipo de gameto
Se agrupan las clases recprocas (aquellas
que tienen un fenotipo mutante en el par recproco, como el par de
fenotipos fenotipos ABC-abc Abc-aBC. Las clases recprocas deben
ser de frecuencia parecida
Orden de los genes:
Los fenotipos no recombinantes (parentales) son los ms
frecuentes
Los fenotipos menos frecuentes resultan de un doble
entrecruzamiento
Al comparar los fenotipos no recombinantes con los doble
entrecruzados, el gen del medio es el que est cambiado
Distancias de mapa: a la distancia entre genes consecutivos debe
mapas genticos
sumarse
las
frecuencias
de
los
dobles
entrecruzamientos
36
Ejemplo:
Tres mutantes marcadores

b = Cuerpo negro; pr = Ojos Prpura; c = curved, alas
curvadas
Los tres alelos son recesivos respecto al salvaje
P
b+ b+ pr+ pr+ c+ c+ X bb prpr cc
F1
b+b pr+ pr c+ c X bb pr pr vg vg
Si no estn ligados
F2
37
1/8 bb prpr cc
1/8 bb prpr c+c
1/8 bb pr+pr cc
1/8 bb pr+pr c+c
1/8 b+b prpr cc
1/8 b+b prpr c+c
1/8 b+b pr+pr cc
1/8 b+b pr+pr c+c
Si estn ligados
1/2 bb prpr cc
1/2 b+b pr+pr c+c

mapas genticos
Resultados del cruzamiento prueba, F2

Fenotipo
Salvaje
Black, purp, cur
Purp,curved
Black
Curved
Black,purp
Purp
Black,curved
Total
Genotipo
Nmero
b+b pr+pr c+c

bb prpr cc
b+b prpr cc
bb pr+pr c+c
b+b pr+pr cc
bb prpr c+c
b+b prpr c+c
bb pr+pr cc
5701
5617
388
367
1412
1383
60
72
15 000
Porcentaje
38
Nmero de
recombinantes entre
b-pr
pr-c
b-c
388
367
388
367
1412
1383
60
72
1412
1383
60
72
887
2927
3550
5,9%
19,5%
23,7%
El gen pr est en el medio

mapas genticos
Tetrada meitica
Gametos
Entrecruzamiento entre b y pr
b
b
b+
b+
pr
pr
pr+
pr+
c
c
c+
c+
b
b
b+
b+
pr
pr+
pr
pr+
c
c+
c
c+
Doble entrecruzamiento en la regin b-pr-c
b
b
b+
b+
pr
pr
pr+
pr+
c
c
c+
c+
b
b
b+
b+
pr
pr+
pr
pr+
39

mapas genticos
c
c
c+
c+
Mapa gentico de los marcadores
La mejor estima distancia

entre los extremos es la
25,4
suma (b-pr) + (pr-c)
b 5,9 pr
19,5
23,7
Distancia b-csin considerar los

dobles recombinantes
40

mapas genticos
Coeficiente de coincidencia: mide si los

entrecruzamientos son independientes entre s
Si los mltiples entrecruzamientos suceden
independiemente los unos de los otros, la frecuencia de
los dobles entrecruzamientos ser al producto de la
frecuencia de los intercambios sencillos
Coeficiente coincidencia (CC) = (nmero de dobles
entrecruzamientos observados)/(nmero de dobles
entrecruzamientos esperados)
Si CC < 1, dobles disminuidos
Si CC > 1, dobles incrementados
Interferencia: 1 - CC
41
Mapa de
ligamiento parcial
de los 4
cromosomas
de Drosophila
melanogaster
42

mapas genticos
Mapas genticos (de recombinacin)

versus mapas fsicos
43

mapas genticos
Importancia mapas de recombinacin
Describir Ias tasas de recombinacin a lo largo del

genoma
Predecir la transmisin gentica de un gameto
Localizacin de genes que influyen el fenotipo (QTLs)
Marco de referencia para cartografa fsica
Marco de referencia para la cartografa de genes
asociados a enfermedades
mapas genticos
44
Mapas genticos versus mapas fsicos

Frecuencia de recombinacin por unidad de DNA
Especies Tamao haploide Unidades de mapa
del genoma
Fago T4
1.6 x 105 pb
E. coli
4.2 x 106 pb
Levadura 2.0 x 107 pb
Hongo
2.7 x 107 pb
Nemtodo 8.0 x 107 pb
Mosca de la
fruta
1.4 x 108 pb
Ratn
3.0 x 109 pb
Humanos
Varn 3.3 x 109 pb
Mujer 3.3 x 109 pb
Tamao de la unidad mapa
Distancia media
entrecruzamientos consecutivos
800
1750
4200
1000
320
200 pb
2400 pb
5000 pb
27000 pb
250000 pb
1.0 x 10 4 pb
1.2 x 10 5 pb
2.5 x 10 5 pb
1.3 x 10 6 pb
1.2 x 10 7 pb
280
1700
500000 pb
1800000 pb
2.5 x 10 7 pb
9.0 x 10 7 pb
2809
4782
1200000 pb
700000 pb
6.0 x 10 7 pb
3.5 x 10 7 pb
45

mapas genticos
Anlisis de ttradas
Los hongos
ascomicetos
retienen los cuatro
productos
haploides de cada
meiosis en un saco
denominado asca
46

mapas genticos
Hongos ascomicetos
Estos organismos son nicos porque se puede analizar meiosis individuales,
permitiendo estudiar aspectos bsicos de la gentica de la meiosis (un proceso
central de la biologa de los eucariotas)
Cartografiar los centrmeros como si fuesen loci
Investigar la posibilidad de interferencia de cromtida
Examinar los mecanismos de entrecruzamiento
Ustigalo
hordei Neurospora
Aspergillus
Coprinus
(basidio
nidulans
crassa
Lagopus
Ascobolus miceto)
(basidiomiceto)
immersus
Saccharomyces
cerevisiae
Ttradas
47
Octadas
No ordenadas
Ttradas Octadas
Patrones distintos de
ascosporas y ascas en
Lineales
Neurospora
mapas
genticos
Meiosis y mitosis postmeitica en la ttrada lineal de Neurospora
48

mapas genticos
Distancia de un locus al centrmero en

Neurospora
No recombinacin entre el
locus y el centrmero
4:4
49

mapas genticos
Recombinacin entre el locus

y el centrmero
2:2:2:2
50

mapas genticos
Distancia de un locus al centrmero: estmese el porcentaje de
ttradas que muestran patrones de segregacin en la segunda divisin para

ese locus y divdase por 2
Patrones MII = 9 + 11 + 10 + 12 = 42 o sea 14%

Puesto que slo la mitad de los cromosomas que sufren entrecruzamiento son
recombinantes, la distancia de mapa (medida como frecuencia de
Tema5:cM
Ligamiento y51mapas genticos
recombinacin) ser 14/2 = 7 unidades de mapa
51
Demostracin citolgica del entrecruzamiento
Tcnica de cromosomas arlequinados

Demuestra el intercambio de cromtidas
Coincidencia entre quiasma y lugar de intercambio
La existencia de recombinacin mittica
52

mapas genticos
Retinoblastoma hereditario por

entrecruzamiento mittico
53

mapas genticos
Retinoblastoma hereditario por

entrecruzamiento mittico
R
R
Mitosis
r
r
R
R
r
R
Clula normal R/R
R
r
r
r
54
Clula retinoblastoma r/r

mapas genticos
Cartografa en humanos
Mapas genticos (de
recombinacin)
Herencia ligada al cromosoma
X
Marcadores polimrficos
asignados a colecciones de
familias (CEPH).
alozimas
DNA (RFLPs,
microsatlites, RAPDs,...)
La caza de genes asociados a
enfermedades
Mapas fsicos
Mtodos especiales de cultivo
celular: hibridacin de clulas
somticas
Hibridacin in situ de sondas
de DNA en cromosomas
metafsicos
Secuenciacin del DNA
55

mapas genticos
Cartografa gentica en humanos

Estudios familias
Herencia ligada al cromosoma X
marcadores clsicos
Autosmicos marcadores clsicos
Cartografa marcador-enfermedad
La caza de genes asociados a enfermedades
Cartografa marcador-marcador
Estudios marcadores polimrficos asignados a
colecciones de familias (CEPH).
DNA (Microsatlites, RFLPs, RAPDs,...)
56

mapas genticos
Mapa
gentico de
alta
resolucin
del
Cromosoma
1
The Homo
Cooperative
sapiens.
Human
Linkage
Center
http://lpg.nci.nih.gov/CHLC/
57

mapas genticos
Cartografa a travs de la herencia ligada al cromosoma X

(359 loci se han asignado al X)
Xg Protena grupo sanguneo

Ictiosis (un efermedad de la piel)
Albinismo ocular
Angioqueratoma (crecto celular)
Centrmero
Fosfoglicerato-quinasa
Alfa-galactosidasa
Xm
Deutan (ceguera color rojo-verde)
G6PD
Protano (ceguera color rojo-verde)
Hemofila A
58

mapas genticos
Ligamiento
Ligamiento yy recombinacin
recombinacin en
en bacterias
bacterias yy
virus
virus
Procesos sexuales en bacterias y virus: Transformacin,
conjugacin, transduccin y sexduccin en bacterias y
recombinacin vrica
Conjugacin
Ciclo biolgico de fagos
59

mapas genticos
Procesos sexuales en bacterias y virus

Transformacin
Proceso sexual:
combinacin del
material gentico
de dos individuos
distintos
Conjugacin
Recombinacin
vrica
Transduccin
60
Sexduccin
mapas genticos
Incorporacin del material gentico por transformacin
Se requiere un doble entrecruzamiento para la transformacin

Ejemplo del uso de la fecuencia de transformacin para estimar distancias genticas:
Una cepa his+ met+ se transforma con his- met-
61
34 hist- met+
Distancia entre ambos genes =
28 hist+ met194 hist- met- (transformantes sencillos/total transformantes) =
(34 + 28 )/(34 + 28 + 194) = 0,24
Conjugacin bacteriana
62

mapas genticos
Cintica conjugacin bacteriana
63

mapas genticos
Conjugacin, recombinacin y mapas
64

mapas genticos
Mapa
bacteriano por
conjugacin.
65
Unidades en minutos
mapas genticos
Virus bacterifagos:
Fase ltica o
infecciosa
Fase lisognica
(la bacteria o
husped
lisognico y el
fago
temperado)
66

mapas genticos
Virus bacterifagos:
67

mapas genticos
Transduccin:
Especializada o
restringida
Generalizada
Recombinacin bacteriana por transduccin
68

mapas genticos

Ligamiento

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Tema 5: Ligamiento y1 mapas genticos

Ligamiento y recombinacin en bacterias y virus

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Tema 5: Ligamiento y2mapas genticos

Segregacin independiente (no ligamiento,

Tema 5: Ligamiento y4mapas genticos

Tema 5: Ligamiento y5mapas genticos

Descubrimiento del ligamiento (Morgan

Dr. Antonio Barbadilla

Tema 5: Ligamiento y6mapas genticos

Mutantes de Drosophila melanogater

Cy: Curly sd: scalloped

ap: aptera vg: vestigial dp: dumpy

Dr. Antonio Barbadilla

Tema 5: Ligamiento y7mapas genticos

Dr. Antonio Barbadilla

Tema 5: Ligamiento y8mapas genticos

Dr. Antonio Barbadilla

Tema 5: Ligamiento y9mapas genticos

Ligamiento a nivel del DNA

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Tema 5: Ligamiento y10mapas genticos

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Tema 5: Ligamiento y11mapas genticos

Tema 5: Ligamiento y12mapas genticos

Recombinacin: la generacin durante la

Recombinacin intercromosmica: genes (loci)

Recombinacin intracromosmica: genes

Dr. Antonio Barbadilla

intercambio de cromtidas no hermanas entre

Dr. Antonio Barbadilla

Tema 5: Ligamiento y15mapas genticos

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Tema 5: Ligamiento y16mapas genticos

Entrecruzamiento visto mediante

Dr. Antonio Barbadilla

Tema 5: Ligamiento y17mapas genticos

Entrecruzamiento visto mediante

Dr. Antonio Barbadilla

Tema 5: Ligamiento y18mapas genticos

Dr. Antonio Barbadilla

Tema 5: Ligamiento y19mapas genticos

Dr. Antonio Barbadilla

Tema 5: Ligamiento y20

A. Sturtevant (1913). La distribucin y

Tema 5: Ligamiento y21mapas genticos

Supuesto: las frecuencias de

Unidad de distancia: La unidad de mapa (u.m.) o el

Dr. Antonio Barbadilla

Dr. Antonio Barbadilla

Tema 5: Ligamiento y23

Mayor distancia entre loci --> Mayor nmero de

Dr. Antonio Barbadilla

Tema 5: Ligamiento y24

Mapa a partir de cruzamientos prueba de

Dr. Antonio Barbadilla

Tema 5: Ligamiento y25

pr+ pr+ vg+ vg+ X pr pr vg vg

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Tema 5: Ligamiento y26

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