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Cours de biochimie structurale

1 me Anne Radiologie

03/12/2014

Dr Chatter Rym
2014-2015

Plan du cour des protines


1-Dfinition
2-Rles biologiques
A- Les acides amins
1- Formule gnrale
2- Proprits physico-chimique et ioniques
B- Les peptides
1- Liaisons peptidiques
2- Nomenclature
3-Dtermination de la structure des peptides
4- Rles biologiques
C- Les protines
1- Structure primaire
2- Structure secondaire
3-Structure tertiaire
4- Structure quaternaire
3- Techniques de dosage des protines

Dtermination de la squence dun peptide


La dtermination de la structure primaire dun peptide obeit en gnral
la stratgie suivante :
1-Identification des aminoacides terminaux
-Lextremit N: on utilise le chlorure de dansyl et aprs hydrolyse chimique
complte du peptide on identifie le dansyl aminoacide

Rq: La prsence de lysine dans le peptide va perturber cette mthode puisque la chaine
latrale de ce rsidu porte un groupe NH2

-Lextremit C:on utilise une dgradation limite laide des carboxypeptidases

Dtermination de la squence dun peptide (suite)


2-Rsolution des problmes
-Labsence damino acide terminal indiquera que ceux-ci ont t modifis et sont
surement cycliques ou semi cycliques
-La prsence des ponts disulfure intra-chaine posera des problmes quant
la composition en aminoacide. La rduction de ceux-ci par un thiol, suivie
dune alkylation supprimera les problmes
La prsence de plusieurs groupement N et C terminaux indiquera que le peptide
est form de plusieurs chaines lies des ponts disulfure. La rduction de ceux-ci par
un thiol suivie dune alkylation sparera les diffrentes chaines

3-Dgradation des peptides en fragment


En utilisant les diffrentes mthodes de coupure de liaisons peptidiques qui fragmentent
le peptide et en rptant ltape 1 (identification des aminoacides terminaux)
on peut positionner les AA dans la squences

Dtermination de la squence : la dgradation rcurrente

En prsence du phenylisothiocyanate (PTC) , un pH basique , lAA donne de


absorbent dans lUV et facilement sparable par chromatographie

Chromatogra
mme

Injecteur

Agitateur

mAU

Pomp
e
Colonne
(phase
stationnaire)

Injection

temp

Detecteur

Dtermination de la squence : la dgradation rcurrente


Par un changement de pH ( lgrement acide), il y a cyclisation et libration
PTH aminoacide et dun peptide amput de son aminoacide N terminal.

En rptant ces cycles:


-Action du PTC pH 9 pour donner un PTC-peptide
-puis libration du PTH aminoacide par passage un pH acide

Dtermination de la squence : la dgradation rcurrente

Dtermination de la squence : technique rcente


La spectromtrie de masse

Dviation dune particule charge dans un champ lectrique.


Cette technique est capable de mesurer avec grande prcision le rapport mas
lectrique de molcule.

Dtermination de la squence : technique rcente


Cette technique comporte 2 tapes
-Le bombardement dun peptide par des atomes dun gaz rare ( argon ou xron) produit
lespece peptidique ionique (P,H)+ isole du milieu par un premier spectromtrie
Lion peptidique est ensuite bombard par des atomes neutres dhelium qui provoquent
des ruptures partir des deux extrmits.
Une srie de fragments est obtenue et ces derniers sont soumis une analyse par
seconde spectromtrie de masse

Les rsultats sont analyss et un traitement informatique reconstitue la squence primaire

Les peptides dintrt biologique


Peptides rle physico-chimique
Le gluthathion (Glu-Cys-Gly) joue un rle central dans la dfense cellulaire contre
le dioxygne et ses drivs actifs.
Cest un couple Red-ox tres efficace contre les peroxydases

Les peptides dintrt biologique


Peptides activit de mdiateur
Cette famille de peptide se retrouve dans les glandes de fonctions de communication
dans le systme endocrine , la transmission et la modulation nerveuse, la motricit
des vaisseaux sanguins, les ractions inflammatoires.
Peptides hormonaux
Locytocine: dclenche les contractions des muscles lisses (utrus pour laccouchement,
glande mammaire pour la rjection du lait)
L'ocytocine est un polypeptide comportant neuf acides amins, dont
les deux groupements cystine sont relis par un pont disulfure
(Cys1 - Cys6).

La squence des acides amins est prsente ci-dessous:


H3N+CysTyrIleGlnAsnCysProLeuGlyCOO-.

Les peptides dintrt biologique


Peptides activit de mdiateur
Peptides hormonaux
Vasopressine effet antidiuritique au niveau du rien provoque une rabsorption d'eau
via une action sur le segment distal du nphron lors d'une dshydratation corporelle.
(action hypertensive comme mdicament).
La vasopressine est un polypeptide
comportant neuf AA, dont les deux
groupements cystine sont relis par un
pont disulfure (Cys1 - Cys6).
La squence des acides amins est
prsente ci-dessous.
H3N+CysTyrPheGlnAsnCysPro
ArgGlyCOO(-)

Les peptides dintrt biologique


Non du
peptide
(hormones)

Nombre dAA

Lieux de
scrtions

Rles
biologiques

ACTH

39

Lobe antrieur
de lhypophyse

Insuline

Bi catnaire (21
et 30)

pancras

Rgule le
mtabolisme du
glucose
(hypoglycmie)

Glucagon

29

pancras

Augmente la
glycmie
(hyperglycmie)

scrtine

27

Muqueuse
duodnale

Stimule le
pancras
exocrine au
cours de la
digestion

Les peptides dintrt biologique

ACTH
NH2-Ser-Tyr-Ser-Met-Glu-His-Phe-Arg-Try-Gly-LysPro-Val-Gly-Lys-Lys-Arg-Arg-Pro-Val-Lys-Val-TyrPro-Asp-Ala-Gly-Glu-Asp-Glu-Ser-Ala-Glu-AlaPhe-Pro-Leu-Glu-Phe-COOH

Insuline

Les peptides dintrt biologique


Les neuropeptides
Ce sont deux famille de molcules, ligands de rcepteurs crbraux

Famille des enkphalines

Famille des endorphines

Ces deux molcules participent au contrle de la douleur


Elle contiennent le meme tetra peptides N terminal (Tyr-Gly-Gly-Phe)

Famille des enkphalines

Les peptides dintrt biologique


Les molcules de linflammation
Une agression tissulaire dclenche une raction de dfense dabord locale:
cest la raction inflammatoire dont les manifestations sont douleur , chaleur, rougeur
et dme provoqus par des molcules vasodilatatrices

Histidine

Hydroxytryptophane
dcarboxylation

Histamine

Srotonine

Les peptides dintrt biologique


Peptides antibiotiques

Certains microorganismes synthtisent des peptides, inhibiteurs de la synthse protique,


Qui sont des armes de dfense et de colonisation
Peptides bactriens

Tyrocidine

Les peptides dintrt biologique


Peptides bactriens

Bacitracine A

Peptides fongiques

Penicilline

Les peptides dintrt biologique


Peptides immunomodulateurs
Cyclosporines: mtabolites secondaires secrter par le champignon micromycte
Tolypocladium : peptides antifongiques qui sont immunosuppresseurs utiliss
dans la transplantations dorganes.