Académique Documents
Professionnel Documents
Culture Documents
ndice
1.
2.
3.
4.
5.
6.
Introduccin
Clasificacin de los aminocidos
Estereoqumica
Propiedades
Algunas reacciones biolgicas
Pptidos y protenas
6.1. Introduccin
6.2. Secuenciacin de pptidos y
protenas
6.3. Estructura de pptidos y
protenas
1. Introduccin
1. Introduccin
- Los aminocidos son cidos carboxlicos que contienen una funcin amina. En
determinadas condiciones el grupo amina de una molcula y el carboxilo de otra
reaccionan uniendo ambos aminocidos mediante un enlace amida.
CO2
CO2
H3N
H3 N
CO2
H3N
CH C
R
H2N
CO2
Prolina
Abreviacin
Estructura
Abreviacin
Prolina
Pro(P)
Estructura
O
Gly(G)
H2N
Alanina
Nombre
fenilalanina
OH
N
H
Phe (F)
OH
O
Ala (A)
OH
NH
NH
Valina
OH
O
Val(V)
Triptfano
Trp(w)
H2N
OH
HN
O
OH
Leucina
NH2
Leu(L)
OH
Isoleucina
NH2
Ile(I)
Asparagina
Asn(N)
H2N
OH
OH
Metionina
Met(M)
NH2
Glutamina
S
OH
NH2
NH2
Gln (Q)
H2N
OH
NH2
Abreviacin
Estructura
Abreviacin
Cistena
Cys(C)
Estructura
O
HS
Ser (S)
OH
NH2
HO
Treonina
Nombre
OH
Thr(T)
OH
NH2
Lisina
Lys(K)
O
H2N
OH
OH
NH2
Arginina
NH2
Asp(D)
H2N
Histidina
O
Glu (E)
Tyr(Y)
OH
O
OH
HO
NH2
His (H
N
HN
HO
NH2
OH
NH2
OH
NH2
N
H
HO
NH
Arg (R)
OH
NH2
3. Estereoqumica
3. Estereoqumica
- La glicina es el aminocido ms sencillo y es aquiral.
-En los dems -aminocidos el carbono es un centro estereognico.
- Las configuraciones se especifican mediante la notacin D y L. Todos los
aminocidos que provienen de protenas tienen configuracin L, aunque se conocen
-aminocidos naturales de la serie D.
CO2
CO2
Glicina
(Aquiral)
H3N
H3N
H
CO2
H
R
NH3
L-aminocido
(Proyeccin de Fischer y en perspectiva)
3. Estereoqumica
- El cambio de la configuracin en aquellos aminocidos que poseen slo un centro
estereognico conduce a la obtencin de su enantimero. Para un aminocido con
ms de un centro estereognico el cambio de configuracin del carbono de L a D da
lugar a un diastereoismero.
CO2
CO2
H3N
L-Isoleucina
H3C
H3C
CH2CH3
NH3
H
CH2CH3
D-Allo-Isoleucina
4. Propiedades
4. Propiedades
- Los aminocidos son sustancias mucho ms polares de lo que uno esperara de
acuerdo con su frmula molecular.
- Las propiedades que presentan, slidos cristalinos solubles en agua, se atribuyen al
hecho de que la forma estable es un zwitterin o sal interna.
O
H2N
CH C
O
OH
H3N
CH C
CH C
O
OH
R
Especie presente
en medio cido
H+
+H+
H3N
CH C
R
Zwitterin
Especie presente
en medio neutro
H+
+H+
H2N
CH C
R
Especie presente
en medio bsico
4. Propiedades
O
H3N
CH C
R
O
OH
H+
+H+
H3N
CH C
R
H+
+H+
H2N
CH C
R
4. Propiedades
-La glicina se caracteriza por dos pKa: uno corresponde a la posicin ms cida
(pKa1) y el otro a la menos cida (pKa2). Otros aminocidos con cadenas laterales
neutras presentan valores de pKa similares a los de la glicina.
- El punto isoelctrico pI corresponde al valor de pH para el cual el aminocido no
tiene carga neta, corresponde a un mximo en la concentracin del zwitterin.
Aminocido
pKa1
pKa2
pI
Glicina
2.34
9.60
5.97
Alanina
2.34
9.69
6.00
Valina
2.32
9,62
5.96
Leucina
2.36
9,60
5.98
Isoleucina
2.36
9,60
6.02
Metionina
2.28
9,21
5.74
Prolina
1.99
10.60
6.30
fenilalanina
1.83
9,13
5.48
Triptofan
2.83
9,39
5.89
Asparagina
2.02
8,80
5.41
Glutamina
2.17
9,13
5.65
Serina
2.21
9,15
5.68
Treonina
2.09
9,10
5.60
4. Propiedades
- Aquellos aminocidos que poseen cadenas laterales que contienen grupos cidos o
bsicos se caracterizan mediante tres valores de pKa. El valor del pKa extra (puede
ser pKa2 o pKa3) refleja la naturaleza de la funcin presente en la cadena lateral.
- Los puntos isoelctricos de estos aminocidos se encuentran a medio camino entre
los valores de los pKa del monocatin y del monoanin.
Aminocido
pka1
pKa2
pKa3
pI
cido Asprtico
1.88
3.65
9.60
2.77
cido Glutmico
2.19
4.25
9.67
3.22
Tirosina
2.20
9.11
10.07
5.66
Cistena
1.96
8.18
10.28
5.07
Lisina
2.18
8.95
10.53
9.74
Arginina
2.17
9.04
12.48
10.76
Histidina
1.82
6.00
9.17
7.59
HO
OH
O
cido -cetoglutrico
NH3
Enzima
Agenteredutor
HO
OH
NH2
cido L-glutmico
O
OH
HO
cido pirvico
HO
O
1etapa
cido -cetoglutmico
HO
NH2
OH
L-Alanina
HO
O
NH3
cido L-glutmico
HO
Enzimas
NH3
Hcido
base
HO
HO
H
O
N
2etapa
HO
O
O
O
O
cido L-glutmico
cido pirvico
Imina
Imina reordenada
3 etapa: La hidrlisis de la iminia reordenada conduce al formacin del anilina y cido -cetoglutmico
HO
HO
HO
O
O
O
Imina reordenada
+H2O
HO
O
O
O
cido -cetoglutrico
H2N
L-Alanina
OH
OH
NH2
Lfenilanlanina
cidofenilpirvico
HN
OH
NH2
Histidina
N
Enzimas
CO2
HN
Histamina
H2N
O
HO
OH
OH
NH2
HO
NH2
HO
Tirosina
3,4dihidroxifenilalanina
HO
HO
NH2
Dopamina
HO
HO
HO
NH2
HO
N
H
OH
norepinefrina
(Noradrenalina
OH
Epinefrina
(Adrenalina)
6. Pptidos y protenas
6.1. Introduccin
En pptidos, polipptidos y protenas los aminocidos se unen unos a otros
mediante enlaces amida. El enlace amida entre un grupo amino de una aminocido
y el carboxilo de otro se denomina enlace peptdico.
AminocidoNterminal
Glicina
NH2
O
H
N
Alanina
AminocidoCTerminal
OH
Alanilglicina
- Por acuerdo las estructuras peptdicas se escriben de manera que el grupo amino
se escribe a la izquierda y el carboxilo a la derecha. As los extremos izquierdo y
derecho de los pptidos corresponden al extremo amino y al carboxlico,
respectivamente. La alanina es el aminocido N-terminal en la alanilglicina y la
glicina es el aminocido C-terminal.
- El orden preciso de enlace en un pptido es su secuencia de aminocidos y se
especifica usando las abreviaturas de tres letras correspondientes a cada aminocido
conectadas por guiones.
- Los aminocidos individuales que componen un pptido son llamados residuos.
6.1. Introduccin
6.1. Introduccin
La encefalina es un pentapptido.
6.1. Introduccin
Algunos pptidos presentan modificaciones estructurales, un ejemplo es la
oxitocina.
CH
R
O
H
N
CH
R'
O
H
N
CH
R''
O 2N
H 2N
CH
O
H
N
CH
CH(CH3)2
O
H
N
CH2 C
O
H
N
CH2C6H5
CH
OH
CH3
ValPheGlyAla
1fluoro2,4dinitrobenceno
NO2
O
CH
O 2N
O
H
N
CH
CH(CH3)2
O
H
N
O
H
N
CH2 C
CH2C6H5
CH
OH
CH3
DNPValPheGlyAla
NO2
O
O
CH
O 2N
COH
CH(CH3)2
DNPVal
+ H2N
CH
COH
+ H 2N
CH2 COH +
CH2C6H5
Phe
Gly
O
H2N
CH
CH3
Ala
OH
O
N
+ H2N
CH
H
N
HN
CH
C
N
H
N
H
N
PPTIDO
HCl
S
C
CH
R
PPTIDO
H2N
PPTIDO
CH
R
H
N
S
C
CH
H
N
PPTIDO
O
H
N
fenilisotiocyanato
Cl
H
N
Cl
H
N
C
HN
N
C
CH
R
Cl
C
HN
O
C
CH
R
S
Cl
C
HN
C
CH
R
forma
al
enrollarse
la
estructura
primaria
Mioglobina
Pptido
CH
CH3
NH
O
CH
R
H2N
H2N
Arg-145
- La regin interna del enzima donde se localizan los grupos funcionales que
participan en la actividad cataltica se conoce con el nombre de sitio activo.
- Los coenzimas, cofactores o grupos prostticos interaccionan tanto con los enzimas
como con el sustrato para producir los cambios qumicos correspondientes que la
protena no puede hacer por s misma (ej: reacciones de oxidacin o reduccin).
- El grupo prosttico hemo (una porfirina) se encuentra rodeado por la mioglobina
(protena del msculo). Esta protena es capaz de almacenar el oxgeno gracias a que
ste se coordina al Fe2+ del grupo hemo, que no se oxida a Fe3+ (incapaz de unirse a
oxgeno) porque se encuentra protegido por esta protena.