IBAMA

Introduo a Mtodos de Estimativa de

Riqueza e Anlises de Biodiversidade

Instrutor: Marcos Vincius Carneiro Vital

marcosvital@gmail.com
Universidade Federal de Alagoas

Estrutura do curso
- Planejamento, coleta e anlise de dados de
biodiversidade.
- Teoria, exemplos prticos e estudos de caso.
- Bases na ecologia e na estatstica (especialmente
a multivariada).

Algumas indicaes fundamentais de leitura:

- Measuring Biological Diversity, A.E. Magurran.
- Ecological Methodology, C.J. Krebs.
- Mtodos estatsticos multivariados, B.J.F. Manly.
- Numerical Ecology, P. Legendre & L. Legendre.

E algumas indicaes de software gratuitos:

- EstimateS e PAST.
- The R Project for Statistical Computing
- Outros: Biodiversity Pro, PopTools (no Excel),
PCORD (apenas multivariada) e outros.

Objeto de estudo
- Afinal, o que biodiversidade?
- Diversidade: riqueza e equabilidade.
- Composio.

Objeto de estudo: afinal, o que biodiversidade?

Riqueza: nmero de espcies.

Objeto de estudo: afinal, o que biodiversidade?

Equabilidade: distribuio das abundncias relativas.

Objeto de estudo: afinal, o que biodiversidade?

Composio: a identidade das espcies.

Objeto de estudo
- Afinal, o que biodiversidade?
- Diversidade: riqueza e equabilidade.
- Composio.
- Tipos de dados
- Nmero de indivduos (ou presena/ausncia) de
cada espcie em amostras/ambientes/locais/etc.
Fatores
explicativas.

ambientais

outras

variveis

Planejamento
- Objetivos
- Teoria, hipteses e predies.
e/ou
- Clareza da finalidade do estudo.

Planejamento
- Objetivos
- Delineamento
-Planejar com conhecimento prvio de como os
dados coletados sero analisados.
- Coletar dados que realmente se relacionem com
os objetivos e que possibilitem responder de fato
as perguntas feitas.

Planejamento - delineamento
A lgica de se planejar experimentos!
Um pouco de delineamento experimental.

- Alguns termos e conceitos importantes:

- Unidades amostrais e amostras.
- Rplicas, pseudo-rplicas e independncia.
- A independncia das unidades amostrais
pressupostos de quase todas as anlises!

Planejamento - delineamento
A lgica de se planejar experimentos!
Um pouco de delineamento experimental.

- Algumas dicas simples mas importantes:

- O que uma UA depende da sua pergunta.
- Um projeto piloto sempre til.
- No saia coletando antes de planejar!
- No reproduza sem uma viso crtica.

Planejamento - delineamento
A lgica de se planejar experimentos!
Um pouco de delineamento experimental.

- O que deve ser garantido pelo desenho amostral:

- Independncia das UAs.
- Esforo amostral adequado.
- Representatividade do ambiente amostrado.
- Relativo ao objetivo proposto.
- Amplitude relevante das variveis medidas.

Planejamento - delineamento
A lgica de se planejar experimentos!
Um pouco de delineamento experimental.

- Problemas e conflitos comuns:

- Representatividade local X rplicas independentes
para a pergunta realizada.
- Transectos enormes X vrios transectos.
- Ou parcelas, quadrats, etc.
- Mistura de gradientes.

Planejamento - delineamento
- Mais dicas:
- A gravidade do uso de pseudo-rplicas depende do
cenrio e da pergunta!
- Se percebermos as pseudo-rplicas aps o
trabalho, podemos lidar com elas somando
informaes ou ajustando as concluses.
- E lembre-se: escolher unidades amostrais em
campo no olho no aleatrio!

Coletando
- Um breve apanhado dos mtodos de coleta.
- Treinamento, conhecimento e experincia de
campo.
- Todos os mtodos so tendenciosos!
- Padronizao do esforo e das unidades.

Transectos de observao: aves e mamferos

Transectos de observao: aves e mamferos

- Particularidades:
- Dependem da experincia do coletor.
- Organismos devem ser avistados antes do observador.
- Problemas em se avistar espcies crpticas.
- Permite estimar a abundncia.

Cmera armadilha: mamferos grandes

Cmera armadilha: mamferos grandes

- Baixa relao custo/benefcio.

- No permitem medir quantidade.
- Em alguns casos possvel distinguir indivduos.

Ponto de escuta e playback: aves e anfbios

50m

Ponto de escuta e playback: aves e anfbios

50m

- No simples de padronizar (distncia de audio).

- No permite medir quantidade.
- Espcies que no respondem e espcies que imitam!
-Gravaes podem ser feitas com pouco treinamento.

Rede de neblina: aves e morcegos

Rede de neblina: aves e morcegos

- Em mata, no coleta espcies de dossel.

- No funciona com espcies de grande porte.
- Animais podem ser marcados e soltos.

Armadilhas (Sherman e Tomahawck): pequenos mamferos

Armadilhas (Sherman e Tomahawck): pequenos mamferos

- Restrito a espcies pequenas.

- Coleta depende da isca.
- Aprendizado!
- Permite marcao e recaptura.

Pitfall: insetos, anfbios, rpteis e pequenos mamferos

Pitfall: insetos, anfbios, rpteis e pequenos mamferos

- Restrito a espcies terrestres.

- Coleta pode ser afetada pelo lquido.
- Simples, barato e no depende da experincia.

Parcelas: plantas

- Fcil padronizao.
- Medidas confiveis de abundncia.

Aps as coletas organizao dos dados coletados

- Siga a regra geral
- Unidades amostrais nas linhas, variveis
nas colunas
- UA: local, armadilha, quadrat, etc.
- Variveis: espcies, variveis ambientais, etc.
- Valores: abundncia, biomassa, presena, etc.

Aps as coletas organizao dos dados coletados

- Siga a regra geral:
- Amostras nas linhas, variveis nas colunas.
var1 var2 var3 ...

varX

sp1

sp2

sp3

a1

25

1500

1
11

0
3

a2

32

900

1
12

1
35

a3

29

2300

1
34

1
7

0
1

...
aN

...

spY

Aps as coletas anlise

- A anlise depende dos objetivos.
- Deve ser definida antes, no planejamento!
- Os mtodos em si so s ferramentas.
- Cuidado com o apego s hipteses propostas.
- Seja claro e no omita resultados.

Aps as coletas anlise

O que fazer com toda a informao?
Extraindo informao dos dados.
sp1

sp2

sp3

sp4

sp5

sp6

sp7

sp8

sp9

sp10

a1

14

a2

15

a3

12

a4

15

a5

10

a6

15

10

a7

10

a8

a9

15

a10

13

10

Aps as coletas anlise

O que fazer com toda a informao?
Extraindo informao dos dados.

- Dados X Informao:
Dados

Informao

Aps as coletas anlise

O que fazer com toda a informao?
Extraindo informao dos dados.
sp1

sp2

sp3

sp4

sp5

sp6

sp7

sp8

sp9

sp10

a1

14

a2

15

a3

12

a4

15

a5

10

a6

15

10

a7

10

a8

a9

15

a10

13

10

Aps as coletas anlise

O que fazer com toda a informao?
Extraindo informao dos dados.
120
100
80
Abundncia

60
40
20
0

Ordem das espcies

9 10 11

ndices de diversidade
- Riqueza e equabilidade ao mesmo tempo

ndices de diversidade
- Riqueza e equabilidade ao mesmo tempo
- Alguns problemas com seu uso:
- Dilema Tostines!
- Pobreza como descritores.
- Escolha arbitrria do(s) ndice(s).
- Dependncia do esforo amostral.
- Problemas com a interpretao das medidas.

Mo na massa
- Usando um gerenciador de planilhas para realizar
qualquer anlise!
- Um exemplo prtico: o ndice de Shannon
- H = -(piln(pi))
- J = H/ln(S)
- E o ndice de Simpson:
- D = (pi)2

Medindo a diversidade
- Como escolher o melhor ndice?
- Uma soluo no escolher!
- Os perfis de diversidade e a generalizao dos
ndices.
- A diferena entre os diversos ndices est contida
no peso relativo que eles atribuem equabilidade.

Medindo a diversidade
- Calculando um perfil de diversidade: a srie de Hill.
- Na = (p1a + p2a + p3a +...+ psa)1/(1-a)
- Entendendo a frmula: substituindo valores.

Medindo a diversidade
- Calculando um perfil de diversidade: a srie de Hill.

Uniforme "Normal" 1 Dominncia

sp1
10
24
61
sp2
10
20
14
sp3
10
17
7
sp4
10
13
5
sp5
10
10
5
sp6
10
7
3
sp7
10
4
2
sp8
10
2
1
sp9
10
2
1
sp10
10
1
1

Medindo a diversidade
- Calculando um perfil de diversidade: a srie de Hill.
Uniforme
"Normal"_1
Dominncia
10

Diversidade

9
8
7
6
5
4
3
2
0

0.5

1.5 2 2.5
Valor de a

3.5

Medindo a diversidade
- Calculando um perfil de diversidade: a srie de Hill.
"Normal" 1
24
20
17
13
10
7
4
2
2
1
0
0
0

"Normal" 2
42
14
13
8
6
5
3
3
2
1
1
1
1

Medindo a diversidade
- Calculando um perfil de diversidade: a srie de Hill.
"Normal"_1
"Normal"_2
13.2

Diversity

12
10.8
9.6
8.4
7.2
6
4.8
3.6
2.4
0

0.5

1.5

2 2.5
alpha

3.5

Como comparar comunidades?

- A riqueza um dos parmetros mais usados.
- Mas cada espcie tem uma identidade prpria.

Como comparar comunidades?

comunidades?!
- Composio de espcies.
- Grau de semelhana entre as comunidades.

Anlise de agrupamento
- Agrupa objetos, hierarquicamente, de acordo
com seu grau de semelhana.
1 Escolha de uma medida de semelhana.
2 Clculo da matriz de similaridade.
3 Aplicao de um mtodo de agrupamento.
4 Basta adicionar gua!

Coeficientes binrios
- Dados de presena/ausncia.
Amostra A

Amostra B

No de spp
presentes

No de spp
ausentes

No de ssp
presentes

No de ssp
ausentes

* Coeficiente de Jaccard
Sj = a / (a + b + c)

Coeficientes binrios
- Dados de presena/ausncia.
Amostra A

Amostra B

No de spp
presentes

No de spp
ausentes

No de ssp
presentes

No de ssp
ausentes

* Coeficiente de Sorensen
Ss = 2a / (2a + b + c)

Coeficientes binrios
- Dados de presena/ausncia.
Amostra A

Amostra B

No de spp
presentes

No de spp
ausentes

No de ssp
presentes

No de ssp
ausentes

- Jaccard X Sorensen: qual a diferena?

- Peso para as espcies em comum.

Coeficientes quantitativos
- Dados de abundncia, biomassa, etc.
* Distncia Euclidiana
* Distncia de Manhattan
* Distncia de Bray-Curtis
- Variao de 0 a 1.
* ndice de similaridade de Morisita
- Independente do tamanho da amostra!

Mtodos de agrupamento
- A partir da matriz de distncia, como
construir os agrupamentos?
- Cada mtodo funciona como um conjunto de
regras sobre e que ordem agrupar.
- Lembrando: o resultado depende do mtodo!
- Ento a deciso deve ser feita antes.

Mtodos de agrupamento
- Passo a passo de todos os mtodos.
1 Encontre o par de amostras mais similar, e
agrupe-o.
2 Encontre o segundo par mais similar, ou a
amostra mais similar ao primeiro agrupamento
(o que for maior).
3 Repita at agrupar todas as amostras.

Mtodos de agrupamento
- Cada mtodo muda a forma de definir a
similaridade entre uma amostra e um
agrupamento existente
* Mtodo do vizinho mais prximo.
* Mtodo do vizinho mais distante.
* Mtodo de ligao mdia.
* UPGMA

Transformaes e padronizaes dos dados

* Transformaes
- Raiz quadrada, log + 1, presena / ausncia,
etc.
* Padronizaes
- Abundncia relativa.

- Deciso deve ser tomada antes da anlise!

- E baseada na teoria.