MINOCIDOS Y

PROTENAS

Los aminocidos son los constituyentes basicos de las enzimas,

hormonas, protenas, y tejidos del cuerpo. Un pptido es un
compuesto de dos o ms aminocidos. Los oligopptidos tienen
diez o menos aminocidos. Los polipptidos y las protenas son
cadenas de ms de diez aminocidos, pero los pptidos que
contienen ms de 50 aminocidos se clasifican como protenas

En el reino animal, los pptidos y las protenas regulan el

metabolismo y proporcionan apoyo estructural. Las clulas y
los rganos del cuerpo son controlados por hormonas
peptdicas. Una insuficiencia de protena en la dieta puede
prevenir la produccin adecuada de hormonas peptdicas y
protenas estructurales para mantener las funciones
normales del cuerpo

Muchas estructuras del cuerpo estn formadas de

protenas.
El cabello y las uas consisten de queratinas o keratinas
que son cadenas largas de protenas con un alto
porcentaje (15% -17%) del aminocido cistena.
El colgeno es la protena ms comn en el cuerpo y
comprende aproximadamente el 20-30% de todas las
protenas del organismo. Se encuentra en tendones,
ligamentos, y muchos tejidos que tienen funciones
estructurales o mecnicos.
Los msculos se componen aproximadamente de 65% de
actina y miosina, que son las protenas contrctiles que
permiten el movimiento muscular.
La casena es una protena nutritiva presente en la leche.
Aproximadamente el 80% de la protena en la leche es
casena y contiene todos los aminocidos comunes.

Aminocidos
Para empezar en todos son -aminocidos, es decir, el
grupo cido (siempre un carboxilo) y el grupo amino se
hallan unidos al mismo tomo de carbono.
Grupo amino

Grupo R o cadena
lateral (parte
variable)

Grupo
carboxlico

Carbono

La configuracin (S) de los aminocidos.

Casi todos los aminocidos naturales tienen configuracin
(S), con estereoqumica parecida a la del L-(-)gliceraldehdo, por lo que se denominan L-aminocidos.
Excepto la glicina, todos los aminocidos son quirales. El
centro quiral es el tomo de carbono asimtrico .

Hay veinte aminocidos,

denominados
aminocidos
estndar, que
prcticamente
se encuentran
en todas las
protenas.

Los
aminocidos
estndar
difieren
unos de
otros en la
estructura
de las
cadenas
laterales
enlazadas a
los tomos
de carbono
.

 A pesar de que generalmente los aminocidos se

escriben con un grupo carboxlico (-COOH) y un
grupo amino (-NH2), su estructura real es inica y
depende del pH.
El grupo carboxlico pierde un protn, dando lugar
a un in carboxilato, y el grupo amino se protona y
da lugar a un in amonio. A esta estructura se le
denomina in dipolar o zwitterin.

Curva de valoracin de la glicina

El pH controla la carga
de la glicina: catinica
por debajo de pH = 2.3;
aninica por encima de
pH = 9.6 y zwitterinica
entre pH = 2.3 y 9.6. El
pH isoelctrico es 6.0.
El punto isoelctrico es
el pH al que el
aminocido se
encuentra en equilibrio
entre las dos formas,
como el zwitterin
dipolar con una carga
neta de cero.

Sntesis de laboratorio de los aminocidos

AMINLISIS DIRECTA DE LOS -HALOACIDOS
R-CH2C02H (1) X2/P
(2) H2O

R-CH-C02H NH3 (exceso)

X

R-CH-C02
+
NH3

Es probable que este sea el mtodo menos usado, en

razn de que sus rendimientos son muy bajos

A PARTIR DE LA FTALAMIDA DE POTASIO

O
N K
-

Cl-CH2C02C2H5

O
O
N
O

-CH2C02C2H5

CH2-C02
+
NH3

Sntesis de Gabriel y malnica.

Uno de los mejores mtodos para sintetizar aminocidos
consiste en combinar la sntesis de Gabriel de aminas con la
sntesis malnica de cidos carboxlicos.

El ster N-ftalimidomalnico se alquila de la misma

forma que el ster malnico. La hidrlisis y la
descarboxilacin da lugar a un -aminocido racmico.

Mecanismo de la sntesis de Strecker.

En un paso separado, la hidrlisis del -aminonitrilo da lugar

a un -aminocido

Enzima acilasa.
Una enzima acilasa (como la acilasa del rin de cerdo o la
carboxipeptidasa) slo desacila al aminocido natural L

La mezcla resultante de D-aminocido y de Laminocidos desacilados se separa fcilmente

Reaccin de un aminocido con ninhidrina.

La ninhidrina es un reactivo comn para visualizar las
manchas o bandas de los aminocidos que se han separado
por cromatografa o electroforesis.

La ninhidrina produce el mismo colorante prpura,

independientemente de la estructura del aminocido
original. La cadena lateral del aminocido se pierde en
forma de aldehdo. La ninhidrina se puede utilizar en la
deteccin de huellas dactilares dado que existen trazas de
aminocidos en las secreciones de la piel

Determinacin de la composicin de los aminocidos.

En el analizador de
aminocidos, el
hidrolizado pasa a
travs de una columna
de intercambio inico.
La solucin que
emerge de la columna
se trata con ninhidrina
y su absorbancia se
registra en funcin
del tiempo. Cada
aminocido se
identifica por el
tiempo de retencin
necesario para pasar a
travs de la columna.

Composicin de la bradiquinina humana

Utilizacin de un analizador de aminocidos para
determinar la composicin de la bradiquinina humana. Los
picos de la bradiquinina para la Pro, Arg y Phe son ms
grandes que los de la mezcla equimolecular estndar, ya
que la bradiquinina tiene tres residuos Pro, dos residuos
Arg y dos residuos Phe

Secuenciacin de los aminocidos en polipptidos y

protenas
Una vez que se determina la composicin de aminocidos de
una protena o polipptido es necesario determinar su peso
molecular
Existen varios mtodos entre los cuales estn:
mtodos qumicos
ultracentrifugacin
dispersin de luz
presin osmtica
difraccin de rayos X
El paso siguiente es, determinar el orden en el cual estn unidos
los aminocidos, es decir, debemos determinar la estructura
covalente (o estructura primaria) del polipptido

Formacin de enlaces PEPTDICOS:

PUENTES DI SULFURO

O
C
H 2N

CH
H2C

OH

SH2

H2N

CH

SH2

CH 2

O
OH

C
H2N

O
OH

CH
H2C

C
H2N

CH
CH 2

OH

Polmeros de
aminocidos de PM
menor a 6000 daltons
(<50 aa)
Dipptido: 2 aa
Tripptido: 3 aa
Tetrapptido: 4 aa
Pentapptido: 5 aa

Extremo N-terminal: comienzo de la

cadena
Extremo C-terminal: fin de la cadena

AA1

AA2

AA3

AA4

enlaces peptdico

extremo
amino libre
N terminal

extremo
carboxilo libre
C-terminal

El mtodo de Sanger
El mtodo de Sanger para la determinacin N-terminal es una
alternativa. Utilizando como reactivo el 2,4-dinitrofluorobenceno
(DNFB) en una solucin ligeramente bsica, la reaccin de sustitucin
nucleofilica en la que participa el grupo amino libre del residuo Nterminal

El mtodo degradacin Edman

Un segundo mtodo de anlisis N-terminal es la degradacin de Edman.
Este mtodo ofrece una ventaja sobre el mtodo de Sanger, en cuanto a
que elimina el residuo N-terminal y deja intacto el resto de la cadena
peptdica.
Se basa en una reaccin de marcado entre el grupo aminocido N-terminal
y el isotiocianato de fenilo C6H5-C=S

El mtodo C-terminal
Los residuos C-terminal se identifican a travs del uso de
enzimas digestivas llamadas carboxipeptidasas.
Estas enzimas catalizan especficamente la hidrlisis del enlace
amida del residuo del aminocido que contiene un grupo CO 2H,
y lo separa del resto como aminocido libre, sin embargo, la
carboxipeptidasa continua su ataque contra la cadena de
polipptidos que resta, desconectando de forma sucesiva los
residuos C-terminal

HIDROLISIS PARCIAL
El anlisis de la sucesin por medio de la degradacin
de Edman o la carboxipeptidasa,peor aun por el
mtodo de Sanger es poco prcticaen el caso de
protenas o polipptidos de gran tamao
Pero se puede recurrir ala tnica de la hidrlisis
parcial, por medio de cidos diludos o enzimas, se
intenta romper la cadena del pptido eb frgmentos
mas pequeos y los mismos se identifica por Edman o
carboxipeptidasa.
A continuacin se examinan las estructuras de estos
fragmentos menores en busca de puntos de
sobreposicin yse intenta reconstruir el orden de los
aminocidos del polipptido original

ESTRUTURAS PRIMARIAS DE LOS POLIPEPTIDOS

Y LAS PROTEINAS
corresponde a la secuencia de aminocidos de una protena
y es mantenida por los enlaces peptdico

amino
terminal

carboxilo
terminal

ESTRUCTURA PRIMARIA

Hace referencia a:
La identidad de aminocidos.
La secuencia de aminocidos.
La cantidad de aminocidos.
La variacin en un solo aa hace que cambie su funcin biolgica.
Los aa se unen por UNIONES PEPTDICAS.

SINTESIS DE POLIPEPTIDOS Y PROTEINAS

R`-NH2

R-C-O-NHR` +

=O

R-C-O-C-R +

=O

=O

=O

Realizar la sntesis de un enlace amido es simple

R-C-O-H

El problema se hace ms complicado cuando, tanto el

grupo cido como el amino, estn presentes en la misma
molcula, como en los aminocidos; en especial, cuando el
objetivo es la sntesis de una poliamida de origen natural,
donde la sucesin de los distintos aminocidos es muy
importante

GRUPOS PROTECTORES
La solucin a este problema es proteger al grupo amino
del primer aminocido antes de activarlo y dejarlo
reaccionar con el segundo aminocido
Proteger el grupo amino significa convertir en algn otro
grupo de nucleofilidad baja, uno que no reaccione con un
derivado de acilo reactivo
El grupo protector debe elegirse con cuidado, porque una
vez se forma el enlace amida entre el primero y el
segundo aminocido, es necesario poder eliminar dicho
grupo sin afectar ni alterar el nuevo enlace formado

GRUPOS PROTECTORES

-CH2-0-C-Cl

cloroformato de bencilo

=O

=O

Se crearon un gran nmero de reactivos que cumplen con

estos requisitos .
Dos de uso muy frecuente son:
cloroformato de bencilo
carbonato de di-terc-butiloxicarbonilo
(CH3)3-C-O-C-O-C-(CH3)3

carbonato de
di-terc-butiloxicarbonilo

Ambos grupos reaccionan con los grupo amino para formar

derivados que no reaccionan ante la acilacin adicional.
Adicionalmente ambos reactivos son de un tipo que
permite eliminar al grupo protector bajo condiciones que
no afectan a los enlaces peptdicos.

=O

GRUPOS PROTECTORES
El grupo benciloxicarbonilo (que se abrevia Z-) se puede
eliminar por hidrogenacin cataltica o por tratamiento de
los derivados con HBr fro en medio de cido actico

cloroformato de bencilo

=O

-CH2-0-C-Cl + H2N-R

=O

-CH2-0-C-NH-R
-CH2-0-C-NH-R

OH25 c

H2/Pd

HBr
Ac. Actico fro

=O

=O

-CH2-0-C-Cl
-CH2-0-C-NH-R +HCl
-CH3 + H2N-R + CO2
-CH2Br + H2N-R + CO2

=O

GRUPOS PROTECTORES
El grupo terc-butiloxicarbonilo (que se abrevia Boc-) se
puede eliminar por tratamiento con HCl o CF3CO2H en
medio de cido actico

carbonato de
di-terc-butiloxicarbonilo

(CH3)3-C-O-C-O-C-(CH3)3 + H2N-R

OH25 c

=O

=O

(CH3)3-C-O-C-O-C-(CH3)3

(CH3)3-C-O-C-NH-R

=O

+(CH3)3C-OH

(CH3)3-C-O-C-NH-R

HCl o CF3CO2H

AC. Actico 25 c

(CH3)2-C=CH2 + H2N-R + CO2

ACTIVACIN DEL GRUPO CARBOXILO

Es necesario asegurar que la reaccin entre el grupo
carboxilo y el grupo amino se realice por tanto al
carboxilo se debe activar
La forma ms obvia de activar un grupo carboxilo
es convertirlo en un cloruro de acilo, pero los
grupos acilo son ms reactivos de lo necesario
por lo que provocara reacciones secundarias
complejas

=O

Es mejor convertir el grupo carboxilo del aminocido en

un anhdrido mixto por medio del cloroformato de etilo
Cl-C-O-C2H5

Cmo sintetizar pptidos?

1 debemos proteger el aminocido primero
O
Z NH CH C
R

OH

2 Activamos el grupo carboxilo

O
Z NH CH C
R

O
OH

Cl C O

O
O
Z NHCHC O C O C2H5
R

C2 H5

3 Reacciona con el otro aminocido

O
O
Z NHCHC O C O C2H5
R

H3N CH CO
CH3

O
Z NH CH C
R

NH

CH
R

CO 2H

+ CO 2 + C2H5OH

SINTESIS
AUTOMATICA DE
PEPTIDOS
Los mtodos
utilizados se
emplean para
sintetizar un
sinnmero de
polipptidos son en
extremo lentos
R.B.Merriefield
cre un
procedimiento para
automatizar la
sntesis de

Estabilizacin por resonancia.

la estabilizacin por resonancia de una amida da lugar a su gran
estabilidad, a la disminucin de basicidad del tomo de nitrgeno y a la
rotacin restringida (carcter de doble enlace parcial) del enlace C-N.

En un pptido, el enlace amida se denomina enlace peptdico. Tiene

seis tomos en un plano: el C y el O del carbionilo, el N y su H, y los
dos tomos de carbono asociados.

Estructura secundaria
El enlace peptdico tiene una geometra plana

slo existe libre rotacin en torno al C

LA RESTRICCION EN LAS ROTACIONES DEL ENLACE

PEPTIDICO FAVORECE ALGUNAS CONFORMACIONES
DE LA CADENA POLIPEPTIDICA
ESTRUCTURAS SECUNDARIAS
estructuras peridicas, con ngulos f y y que se repiten
a lo largo de la estructura.

a-hlice

lmina plegada

La a-hlice se estabiliza a travs de puentes de

hidrgeno que se forman entre el grupo >C=O
de un enlace peptdico y el grupo >NH de otro

residuo i con i + 4

-hlice
los puentes de hidrgeno
son paralelos al eje central
de la hlice
Los radicales van dirigidos
hacia afuera
3,6 aminocidos /
vuelta

Reordenamiento de lmina plegada.

Cada grupo carbonilo peptdico est unido mediante enlace
de hidrgeno al hidrgeno del grupo N-H de una cadena
peptdica adyacente.

Este ordenamiento puede hacer que se alineen muchas

molculas de pptidos unas al lado de las otras, dando lugar
a una lmina bidimensional.

Estructura terciaria de las protenas globulares.

En la estructura terciaria de una protena globular tpica se
mezclan segmentos de hlice con segmentos de
enrollamiento al azar en los puntos donde se dobla la hlice.

ESTRUCTURA TERCIARIA

Mioglobina

Protena ligante de ac. grasos

PUENTE DE
HIDROGENO

INTERACCION
HIDROFOBICA

ENLACE IONICO

PUENTE DISULFURO
INTERACCIONES Y ENLACES DE LA
ESTRUCTURA TERCIARIA

ESTRUCTURA CUATERNARIA

La ESTRUCTURA CUATERNARIA
corresponde a la asociacin de cadenas
polipeptdicas o SUBUNIDADES,
cada una de ella con su estructura terciaria.
Se mantiene por enlaces entre los
radicales de cadenas diferentes.
Son los mismos enlaces que mantienen
la estructura terciaria, pero intercadenas.
Se excluye el puente disulfuro.

HEMOGLOBINA

dmero

TBP

tetrmero

HEMOGLOBINA

Estructuras de una protena

La estructura primaria es
la estructura enlazada
covalentemente, incluyendo
la secuencia de
aminocidos y los puentes
disulfuro. La estructura
secundaria incluye las
reas de hlices , lminas
plegadas o enrollamientos
al azar. En la estructura
terciaria se incluye la
conformacin total de la
molcula. En la estructura
cuaternaria se incluye la
asociacin de dos o ms
cadenas peptdicas de la
protena activa.

ESTRUCTURA DE PROTEINAS

Estructura
primaria

Secuencia
De
aminocidos

Estructura
secundaria

helice

Estructura
terciaria

Plegamiento
tridimensional

Estructura
cuaternaria

Ensamblaje de
subunidades

por fin se acabo