Bioinformtica

II
1 Semestre 2014

Prof. Gabriel Nuez Vivanco

ganunez@utalca.cl

Unidad I: Filogentica y Evolucin

Subcompetencias
Conocer las bases tericas que rigen los procesos por los que
una especie cambia con el paso de las generaciones, mediante
el desarrollo de los siguientes contenidos:
* Introduccin a la Evolucin Molecular
* Filogentica Molecular

Unidad II: Anlisis de los Genomas

Subcompetencia
Comprender la importancia e impacto que tiene la posibilidad
de estudiar y analizar los Genomas en sus variados campos de
aplicacin, mediante el desarrollo de los siguientes contenidos:
* Expresin Gnica y Microarreglos
* Mtodos de secuenciacin y anotacin de Genes

Unidad III: Genmica

Subcompetencia
Comprender el concepto integral que utiliza la Genmica para
predecir la funcin de genes, mediante el desarrollo de los
siguientes contenidos:
* Genmica Comparativa
* Anlisis globales de expresin de genes
* Metagenmica

Evaluacin
Unidades de aprendizaje N1 (35%)
- Prueba escrita 1 80%
- Promedio Taller 1 y 2 20%
Unidad de aprendizaje N2 (30%)
- Prueba escrita 2 80%
- Promedio Taller 2 y 3 20%
Unidad de aprendizaje N4 (35%)
- Prueba escrita 3 80%
- Promedio Taller 4 y 5 20%
Prueba recuperativa
Evaluacin Opcional Acumulativa (35%)

Bibliografa
Durbin, Richard, Sean Eddy, Anders Krogh, and Graeme Mitchison. Biological
Sequence Analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge,
UK: Cambridge University Press, 1999. ISBN: 9780521629713.
http://books.google.cl/books?
id=R5P2GlJvigQC&printsec=frontcover&source=gbs_ge_summary_r&cad=0#v=one
page&q&f=false
Jones, Neil, and Pavel Pevzner. An Introduction to Bioinformatics Algorithms.
Cambridge, MA: MIT Press, 2004. ISBN: 9780262101066.
http://books.google.cl/books?
id=p_qzpkNVcUwC&printsec=frontcover&dq=An+Introduction+to+Bioinformatics+Al
gorithms&hl=es-419&sa=X&ei=FmQgUW0I9PrkAeoroAQ&ved=0CC4Q6AEwAA#v=onepage&q=An%20Introduction%20to
%20Bioinformatics%20Algorithms&f=false
Jonathan Pevsner. Bioinformatics and Functional Genomics. 2009 | ISBN-10:
0470085851 | ISBN-13: 978-0470085851 | Edition: 2
http://books.google.cl/books?
id=vm24OEQFMbQC&pg=PT778&dq=Bioinformatics+and+Functional+Genomics&h
l=es-419&sa=X&ei=QWQgU7CLLYLkAethYDwCA&ved=0CC4Q6AEwAA#v=onepage&q=Bioinformatics%20and

Bioinformtica
According to a National Institutes of Health (NIH) definition:

Bioinformatics is research, development, or application of

computational tools and approaches for expanding the use of biological,
medical, behavioral or health data, including those to acquire, store,
organize, analyze, or visualize such data.

Computational biology is the development and application of data-

analytical and theoretical methods, mathematical modeling and

computational simulation techniques to the study of biological, behavioral,
and social systems.

we all store immense amounts of never-to-be-seen-again

data in complicated file systems

TICs

Por qu las TICs?

Manejar gran cantidad de datos
Aplicar reglas
Buscar Patrones
Visualizar
Simular
Generar y Probar Hiptesis
Proponer Mecanismos
Explorar Redes de variables

Dogma Central de la Biologa

Molecular
Replicacin

Transcripcin
Inversa
Replicacin

Traduccin

Gen
Los genes son las unidades fundamentales de la

herencia

ADN 10,000 + genes

1 gen 1 unidad funcional

El mARN es una copia temporal del ADN

Es el medio de transporte de la informacin gentica para que
la maquinaria celular construya la protena.
Los mARN luego se degradan

Varios ARN
tARN: Une AA a los ribosomas durante
la traduccin.
mARN: Codifica para la secuencia de
AA de una protena.
rARN: Forma parte de la maquinaria de
los ribosomas.
snARN: Se une a ciertas protenas y
ayuda al procesamiento del RNA

Protenas

El cdigo gentico

3 Perspectivas de la Bioinformtica
Desde la Clula

3 Perspectivas de la Bioinformtica
Desde el Organismo

3 Perspectivas de la Bioinformtica
El rbol de la Vida

 Molcula
Dogma central de la biologa molecular (genmica)
DNA (genoma) " RNA (transcriptoma) " protena (proteoma) "
fenotipo celular
Organismo
Distintas partes del cuerpo
Distintos momentos de su desarrollo
Distintos estados fisiolgicos o patolgicos

Organismos
Evolucin
Interaccin entre organismos

Anlisis de Secuencias
1958: for his work on the structure of proteins,
especially that of insulin
1980: for their contributions concerning the
determination of base sequences in nucleic
acids
1985: Mtodo de Secuenciacin de ADN

Frederick Sanger

Mtodo de Sanger

Bases de Datos Biolgicos

1995 Bacteria Haumophilus influenzae primer organismo

secuenciado
2000 ms de 100 organismos secuenciados
260,000 organismos en secuenciados

Bases de Datos Publicas

Instituciones
National Center for Biotechnology Information

(NCBI)

GenBank

European Bioinformatics Institute (EBI)

EMBL Nucleotide Sequence Database

National Institute of Genetics

DNA Database of Japan (DDBJ)

Las tres comparten sus datos diariamente
Coordinadas por la International Nucleotide Sequence

Database Collaboration (INSDC)

Otras bases de datos

Hay otras muchas bases de datos (BBDD) que

contienen datos sobre secuencias de ADN/protenas:

Especficas de otras instituciones (p. ej. Swiss-

Prot)
Especficas de un cromosoma u orgnulo

Especficas de familias de protenas (p. ej. Pfam:

Protein family database con miles de familias de

protenas homlogas)
Especficas de organismo. Por ejemplo:

SGD para S. cerevisiae

OMIM para H. sapiens y enfermedades

BBDD automticas y
BBDD de construccin automtica
curadas
Las entradas en la base de datos son realizadas de

manera automtica o manual por usuarios no

especializados en la BD

Crecen rpidamente, pero su contenido no es

siempre perfecto

BBDD curadas

Las entradas se revisan a mano por expertos en

la BD

Crecen ms lentamente, pero ofrecen

informacin fiable

Casi todas las BBDD importantes tienen ambas

versiones, o especifican en cada entrada el grado

de fiabilidad

Informacin almacenada
La informacin almacenada siempre va a girar

entorno a las secuencias, fundamentalmente:

Nucletidos: orgenes, secuencias codificantes,

genes, etc.

Aminocidos: protenas

Genomas: secuencias completas para

organismos

Publicaciones: artculos cientficos

Informacin adicional relacionada con las

secuencias

Expresin asociada
Anotaciones funcionales
Relaciones entre secuencias

Informacin almacenada:
relaciones
Genoma
s

Nucletido
s

Navegador
es
genmico
s

Gene
s

Introne
s
Exone Interaccione
s
Terminador
s
es
Inicios
Mutaciones

Interaccione
s

Protenas
Estructura 3D
Props.
qumicas

Publicacione
s

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II
1 Semestre 2014

Prof. Gabriel Nuez Vivanco

ganunez@utalca.cl