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Facultad de Medicina
Escuela de Medicina Jos Mara Vargas
Ctedra de Bioqumica
Estructura y Propiedades
de Aminocidos y
Protenas
Br. Fabin Rodrguez
Caracas, Julio 2011
Contenido
1.
Aminocidos
.
.
.
.
.
.
2.
Pptidos
.
.
3.
Estructura de un aminocido
Clasificacin de los aminocidos
Aminocidos modificados
Estereoqumica de los aminocidos
Zwitterion
Curvas de titulacin de aminocidos
Enlace peptdico
Estructura del enlace peptdico
Protenas
.
.
.
.
Estructura terciaria
.
.
.
.
.
.
.
Dominios
Reglas de Plegado
Termodinmica del Plegado
Factores que afectan el plegado
Chaperonas moleculares
Estructura Cuaternaria
Protenas de Importancia Fisiolgica
.
.
.
4.
-Hlice.
Conformacin
Giros
Estructuras Suprasecuendarias
Queratinas
Colgeno
Protenas plasmticas
AMINOCIDOS
Aminocidos
Estructura de un Aminocido
Un aminocido es una molcula
orgnica con un grupo amino y
un grupo carboxilo.
Al Carbono se unen:
Un grupo amino (NH2)
Un grupo carboxilo (COOH)
Un hidrgeno (H+)
Una cadena lateral o grupo R
Los -aminocidos son los
monmeros que conforman las
protenas
En los genes de todos los
organismos estn codificados
los mismo 20 aminocidos
diferentes.
Aminocidos
Alanina (Ala, A)
Leucina (Leu, L)
Prolina (Pro, P)
Treonina (Thr, T)
Glicina (Gly, G)
Lisina (Lys, K)
Serina (Ser, S)
Triptfano (Trp, W)
Cistena (Cys,C)
Histidina (His, H)
Asparagina (Asn, N)
Fenilalanina (Phe, F)
Glutamina (Gln, Q)
Isoleucina (Ile, I)
Tirosina (Tyr, Y)
Arginina (Arg, R)
Aspartato (Asp, D)
Metionina (Met, M)
Glutamato (Glu, E)
Aminocidos
Triptfano
Leucina
Valina
Treonina
Lisina
Isoleucina
Histidina
Fenilalani
na
Arginina
Aminocidos
Polares
con Carga
Negativa
Polares
con Carga
Positiva
De
acuerdo a
sus
Grupos
R
Aromtic
os
Polares
sin Carga
Aminocidos
La
glicina
aminocido
pequeo
carcter
es
el
ms
La Glicina y la Prolina
dificultan el plegado
proteico.
La Metionina contiene
azufre.
Aminocidos
Absorben
fuertemente la luz UV
La Tirosina contiene
un grupo OH, es un
aminocido
hidroxilado.
Aminocidos
Aminocidos
La cadena lateral de la
Histidina
puede
estar
protonada
(carga
positiva) o desprotonarse
(carga 0) a pH fisiolgico,
por
lo
que
puede
participar en la catlisis
enzimtica
Aminocidos
Aminocidos
Aminocidos modificados
Cumplen funciones especiales
o
son
intermediarios
importantes.
4-Hidroxiprolina
e
5Hidroxilisina: forman parte
del colgeno.
6-N-metil
constituyente
miosina.
lisina:
de
la
-carboxiglutamato:
se
encuentra
en
varias
protenas de la cascada de
coagulacin.
Desmosina:
elastina.
Ornitina
integra
y
la
Citrulina:
Aminocidos
Estereoqumica de los
Aminocidos
LosEnantimerosson
estereoismeros que se
relacionan entre s por
unareflexin: son imgenes
especulares entre s, y no son
superponibles
LosDiasteroismerosson
estereoismeros que NO son
imgenes especulares entre
Aminocidos
Estereoqumica de los
Aminocidos
H
H
pero varios
Aminocidos
Estereoqumica de los
Aminocidos
La existencia de Enantimeros se
explica por la presencia de
centros quirales (Carbono que
posee unidos 4 sustituyentes
DISTINTOS )
El Carbono de los aminocidos
es un Carbono quiral. La glicina
no tiene carbono quiral
El nmero de estereoismeros de
un compuesto quiral depender
del nmero de centros quirales,
segn la frmula 2n
n= nmero de centros quirales
Si el grupo amino se encuentra a
la derecha son D aminocidos
si esta a la izquierda son L
aminocidos.
Esta
es
la
proyeccin de Fischer.
La proyeccin de Fischer es una
disposicin arbitraria en base a
un grupo funcional especfico.
Aminocidos
Estereoqumica de los
Aminocidos
Los
enantimeros
se
diferencian solo en su
capacidad para rotar el
plano de luz polarizada.
Si rotan la luz a la
derecha son dextrgiros
(d o +); si lo rotan a
la izquierda son levgiros
(l o -)
No
todos
los
D
aminocidos
son
dextrgiros, ni todos los L
aminocidos
son
levgiros.
La Proyeccin de Fischer
NO hace referencia a la
rotacin
de
la
luz
polarizada.
Todos
los
aminocidos
incorporados
a
las
protenas
son
L
aminocidos
Aminocidos
Zwitterion
In
dipolar
de
un
aminocidos que se forma
al disolverse en agua.
La
forma
zwitterionica
puede actuar como cido
o como base
Los
aminocidos
son
Anfteros;
especficamente Anfolitos
El pKa del grupo carboxlo
es de aproximadamente 2
y el del grupo amino de
aproximadamente 10.
Aminocidos
Zwitterion
El punto isoelctrico (pI) de un aminocido es el pH al cual el aa
tiene carga neta 0.
Escala
pH
6
7
de
8
10
11
12
13
14
Punto Isoelctrico
H+
H+
H+
H+
H+
H+ H+
H+
H+
H+
H+
H+
H
H+
H+
H+
H+
H+
H+
H+
H+
H+
H+
H+
H+
H+
H+
H+
H+
H+
H+
H+
H+
H+
H+
H+
H+ H+
H+
H
H+
H
H+ H+
H+
H+
H+
H+
H+
H+
H+
H+
+
H+
H+ H+
H+
H+
H+
H+
H+
Aminocidos
Zwitterion
El punto isoelctrico (pI) de un aminocido es el pH al cual el aa
tiene carga neta 0.
Aminocidos
Zwitterion
El punto isoelctrico (pI) de un aminocido es el pH al cual el aa
tiene carga neta 0.
Se coloca una molcula de Glicina cuyo pI es 5,97 en un medio acuoso a pH 7. La
molcula migrar hacia el nodo (electrodo positivo) o al ctodo (electrodo
negativo)?
R= La molcula migrar hacia el nodo
Aminocidos
Curvas de Titulacin de un
Aminocido
Monoamino y Monocarboxilo
pKa= pH en el cual existe
igual concentracin de la
especie
dadora
de
electrones
como
de
la
especie
aceptora
de
electrones. En este caso
igual concentracin de la
forma
protonada
y
Un
compuesto
tiene
desprotonada.
capacidad amortiguadora en
el intervalo de pH que rodea
su pKa
En un aminocido los grupos
capaces de ionizarse y por
tanto
con
capacidad
amortiguadora son el grupo
amino, el grupo carboxilo y
el grupo R
Un
AA
monocarboxilo
regiones
con
amortiguadora.
monoaminoposee
2
capacidad
Aminocidos
Curvas de Titulacin de un
Aminocido
Monoamino y Dicarboxilo
pKa= pH en el cual existe
igual concentracin de la
especie
dadora
de
electrones
como
de
la
especie
aceptora
de
electrones. En este caso
igual concentracin de la
forma
protonada
y
Un
compuesto
tiene
desprotonada.
capacidad amortiguadora en
el intervalo de pH que rodea
su pKa
En un aminocido los grupos
capaces de ionizarse y por
tanto
con
capacidad
amortiguadora son el grupo
amino, el grupo carboxilo y
el grupo R
Un AA monoamino-dicarboxilo
posee
3
regiones
con
capacidad amortiguadora.
Aminocidos
Curvas de Titulacin de un
Aminocido
Diamino y Monocarboxilo
pKa= pH en el cual existe
igual concentracin de la
especie
dadora
de
electrones
como
de
la
especie
aceptora
de
electrones. En este caso
igual concentracin de la
forma
protonada
y
Un
compuesto
tiene
desprotonada.
capacidad amortiguadora en
el intervalo de pH que rodea
su pKa
En un aminocido los grupos
capaces de ionizarse y por
tanto
con
capacidad
amortiguadora son el grupo
amino, el grupo carboxilo y
el grupo R
Un AA diamino-monocarboxilo
posee
3
regiones
con
capacidad amortiguadora.
Aminocidos
Zwitterion
Aminocidos
Por ejemplo:
pKa vecinos al
Zwitterion
pI
=
2,34
9,60
2
=
5,97
Aminocidos
Por ejemplo:
pKa vecinos al
Zwitterion
pI
=
2,19
4,25
2
=
3,22
PPTIDOS
Pptidos
Enlace Peptdico
Un pptido es el producto de
unin de dos o ms aminocidos
La reaccin es una condensacin
con eliminacin de una molcula
de agua
Pptidos
Enlace Peptdico
Pptidos
El Oxgeno carbonlico
tiene carga parcial
negativa y el Nitrgeno
amida carga parcial
positiva, por tanto el
enlace tiene carcter polar
Pptidos
Pptidos
PROTENAS
Macromolculas ms abundantes
Presentes en todas las clulas
Polmeros compuestos por monmeros
(aminocidos)
Estructuras y Funciones diversas
Organizacin jerrquica
Clasificacin
Simples Albmina
Conjugadas
Nucleoprotenas Ribosomas
Lipoprotenas HDL
Hemoprotenas Hemoglobina
Flavoprotenas Succinato Deshidrogenasa
Glicoprotenas Inmunoglobulinas
Metaloprotenas Ceruloplasmina
Fosfoprotenas Caseina
Clasificacin
Segn su Forma:
Fibrosas Colgeno
Clasificacin
Oligomricas Hemoglobina
Clasificacin
Segn su Funcin:
Defensa Inmunoglobulinas
Hormonal Insulina
Transporte Transferrina
Reserva Ferritina
Estructura Primaria
Estructura Primaria
Sucesin de residuos de aminocidos
en la cadena polipeptdica, que a su
vez esta determinada por la secuencia
de bases en el gen
Estructura Secundaria
Estructura Secundaria
Conformacin de los residuos
de aminocidos adyacentes en
la cadena polipeptdica, es
decir el plegado regular local
de la estructura primaria
Corresponde al arreglo
espacial de los residuos de AA
adyacentes en
una cadena polipeptdica
que se repite de forma
regular dando
origen a una estructura
Estructura Secundaria
- Hlice
Hlice
Dextrgira
Grupos R
externos
Estructura Secundaria
- Hlice
La estructura es
estabilizada por:
Puentes de hidrgeno
intracatenarios cada 4
residuos
Estructura Secundaria
Conformacin (Lmina )
Cadenas Extendidas en
zig-zag, formando
pliegues
Grupos R adyacentes
sobresalen en direcciones
opuestas (180)
La estructura es estabiliazada
por puentes de hidrgeno
intercatenarios
Estructura Secundaria
Giros
Conectan tramos
sucesivos de hlices o
conformaciones
Usualmente se encuentran
residuos de Glicina y
Prolina
La estructura es estabilizada
por puentes de hidrgeno
intracatenarios
Estructura Secundaria
Estructuras Suprasecundarias o
Motivos
Patrn de Plegamiento reconocible que incluye dos o ms
elementos de estructura secundaria y las conexiones entre
ellos
Estructura Terciaria
Estructura Terciaria
Estructura Terciaria
Dominios
Parte de una cadena polipeptdica que es estable de manera
independiente y que puede moverse como una entidad nica con
respecto al resto de la protena.
Habitualmente 40 400 AA
Estructura Terciaria
Estructura Terciaria
Reglas de Plegado
Estructura Terciaria
Reglas de Plegado
Varios
tipos
de
estructura
secundaria
(hlices
y
conformaciones ) y estructuras al
azar unidos por varios giros.
Estructura Terciaria
Reglas de Plegado
Limitadas a la capacidad
exactitud de la traduccin
Estructura Terciaria
Por tanto para que G sea negativo la entalpia debe disminuir (H ) y/o la
entropa aumentar S+
S+
Interacciones cargacarga
Enlaces de hidrgeno
Estructura
Estable
Estructura Terciaria
pH
Temperatura
Molculas orgnicas
Alcohol, acetona
Urea
Cloruro de Guanidino
Dtergentes
Agentes reductores (mercaptoetanol)
Estructura Terciaria
Rutas de Plegado
Estructura Terciaria
Chaperonas Moleculares
Protenas que interaccionan con polipptidos parcial o incorrectamente
plegados, facilitando rutas de plegado correctas o aportando
microentornos donde pueda ocurrir el plegado
Estructura Terciaria
Chaperonas Moleculares
Chaperoninas GroEL/GroEs
ESTRUCTURA CUATERNARIA
Estructura Cuaternaria
Estructura Cuaternaria
ALGUNAS PROTENAS DE
IMPORTANCIA FISIOLGICA
Queratinas
- queratinas
AA
Principales
Estructura
Secundaria
Pequeos sin
carga
Cisteina
-hlice
Estructura
Suprasecundaria
Protofilameneto
Protofibrilla
Filamneto Intermedio
Funciones
Estructura de
piel, pelo, lana,
uas, plumas,
pinzas, etc
- queratinas
AA
Principales
Estructura
Secundaria
Estructura
Suprasecundaria
Funciones
Muy
pequeos sin
carga
No hay
Cisteina
Conformaci
n
Lmina plegada
antiparalela
Estructura de
seda e hilos de
araa
Colgeno
Glicina = 35%
Alanina = 11%
Gly
Gly
X
X
Y
Y
Prolina e Hidroxiprolina (Hyp) = 21%
Hyp es sintetizada por la Prolil 4-hidroxilasa
que requiere A. ascrbico. Deficiencia Escorbuto
Elastina
Protenas Plasmticas
Fracciones
Principales Protenas
Funciones
Albmina
55
HDL
Transcobalamina
Protrombina
Transporte reverso de
colesterol
Transporte de Vit B12
Factor de Coagulacin
Haptoglobina
Ceruloplasmina
VLDL
Fijadora de
hemoglobina
Transporte de cobre
Transporte de Lpidos
(TG)
13
Transferrina
Hemopexina
LDL
Transporte de hierro
Unin con grupo hemo
Transporte de Lpidos
(CE)
Fibringeno
Nutritiva, transporte,
presin coloidosmtica
Coagulacin sangunea
Otras Protenas
Centrifugacin
Uso de detergentes
Salting Out
Precipita
las
protenas
concentraciones de sales.
utilizando
altas
Dilisis
Cromatografa
Cromatografa de afinidad
Separa protenas por su unin selectiva
Utiliza lechos especiales como sustratos, enzimas, etc.
Bibliografa
Alemn, I (2010). Estructura de las Protenas. Presentacin en Power
Point. Ctedra de Bioqumica, Escuela de Medicina Jos Mara Vargas UCV
Campos, Y (2007). Protenas. Presentacin en Power Point. Ctedra de
Bioqumica, Escuela de Medicina Jos Mara Vargas UCV
Ciarletta, E (2004). Las Protenas. Gua de Estudio Ctedra de Bioqumica,
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Gracias