CINETICA BIOQUMICA

Blgo. Csar A. Zaa

Introduccin al estudio de las protenas

Mulder (1838):
Describe un material presente en todos los seres vivos, con la
siguiente composicin porcentual en peso:
C: 55 % H: 6.5 %

O: 22 %N: 15 %S: 0.5 %

Dado el contenido en azufre (0.5 %) el peso molecular mnimo de

dicho material debera ser 32*100/0.5 = 6400

Hoppe-Seyler (1864):
Cristaliz por primera vez una protena, la hemoglobina
La hemoglobina cristalizada contiene invariablemente un
0.35 % de hierro. Aplicando el razonamiento de Mulder,
el peso molecular mnimo de la hemoglobina ser de
100*55.8/0.35 = 15942 (aprox. 16000)
Posteriormente se ha determinado que en la hemoglobina
hay cuatro tomos de hierro; por tanto su peso molecular
es de aprox. 64000

Sntesis de pptidos

En las protenas hay 20 aminocidos distintos: los llamados

aminocidos proteicos
Hay asimismo muchos otros aminocidos que no forman parte de
protenas, los aminocidos no proteicos
Con frecuencia los aminocidos proteicos aparecen modificados:
son las modificaciones postraduccionales

Desoxirribonucleasa I
con su substrato, DNA

Teora del Enlace Peptdico

H
H2N C COOH

H
H2N C COOH

R1
H

R2
H

H2N C COOH
R3

H2N C CO NH C CO NH C COOH + 2H2O

R1

R2

R3

ora del Enlace Peptdico - Pruebas experimentales

1. Las protenas nativas tienen relativamente pocos grupos cidobase titulables. A medida que progresa su hidrlisis, van
apareciendo grupos -NH2 y -COOH en cantidad equimolar
2. En hidrolizados parciales se encuentran di- y tripptidos cuya
estructura puede determinarse directamente
3. Las enzimas que hidrolizan protenas (tripsina, quimotripsina,
pepsina, papana) atacan al enlace -CO-NH-, tal como puede
observarse en compuestos sintticos (p.e. BAPNA)
4. Espectro infrarrojo: banda caracterstica de enlace C-N que
desaparece con la hidrlisis de la protena

Clasificacin de las protenas

I. Segn solubilidad (obsoleta): Albminas, Globulinas,
Prolaminas, Gliadinas, Escleroprotenas, etc.
II. Segn presencia o no de un grupo prosttico:
Protenas simples y Protenas conjugadas
Holoprotena = Apoprotena + Grupo prosttico
III. Segn presencia o no de subunidades:
Protenas monomricas y protenas oligomricas
IV. Segn estructura global:
Protenas fibrosas y protenas globulares

Protenas
Constituidas por C, H, O, N y S. Pueden presentar otros
elementos como P, Fe, Mg, Cu, ...
Aminocidos
Pptidos
Oligopptidos
Polipptidos
Protenas.

Aminocidos
Molculas orgnicas que presentan un radical amino y un radical
carboxilo. Existen ms de cien en la naturaleza.
Slo 20 forman parte de casi todas las protenas, se denominan
protenicos. Son todos -aminocidos.
NH2
R

COOH

H
Otros aminocidos pueden presentar inters biolgico, porque
forman parte de protenas de microorganismos, porque dan lugar a
molculas fundamentales (tiroxina) o porque sufren modificaciones
como metilaciones, fosforilaciones, ... ( -alanina; forma parte de
coenzimas, cido - aminobutrico; neurotransmisor de las sinapsis
inhibidoras).

- Los aminocidos son cidos carboxlicos que contienen una funcin amina. En
determinadas condiciones el grupo amina de una molcula y el carboxilo de otra
reaccionan uniendo ambos aminocidos mediante un enlace amida.

-Las protenas son polipptidos que contienen ms de 50 aminocidos, son

polmeros formados por 100-300 aminocidos.

Stereochemistry of -amino acids

Clasificacin de los aminocidos

- Se clasifican como , , , etc. De acuerdo con la localizacin del grupo amino
en la cadena carbonada que contiene el cido carboxlico.
NH3

cido 1-aminociclopropanocarboxlico: es un -aminocido y es el precursor

biolgico del etileno en la plantas.

CO2

CO2

H3N

cido 3-aminopropanoico: conocido como -alanina. Es un -aminocido que

constituye una de la unidades estructurales de la coenzima A .

H3N

CO2

cido -aminobutanoico: Conocido como cido -aminobutrico (GABA). Es

un -aminocido y es el principal neurotransmisor inhibitorio cerebral.

-Aunque se conocen ms de 700 aminocidos naturales diferentes, hay un grupo de

20 -aminocidos que se encuentran normalmente presentes en las protenas.
Todos ellos, excepto la prolina, responden a la misma estructura general:

H3N

CH C
R

H2N

CO2

Prolina

The 20 Amino Acids Found in Proteins

Enlace peptdico

La unin de dos o ms aminocidos (AA)

medianteenlaces amidaorigina lospptidos. En
los pptidos y en las protenas, estos enlaces amida
reciben el nombre deenlaces peptdicosy son el
resultado de la reaccin del grupo carboxilo de un AA
con el grupo amino de otro, con eliminacin de una
molcula de agua

El
enlace
peptdico
(-CO-NH-) se representa
normalmente como un enlace sencillo. Sin embargo,
posee una serie de caractersticas quelo aproximan
ms a un doble enlace. Como el nitrgeno es menos
electronegativo que el oxgeno,el enlace C-O tiene
un 60% de carcter de doble enlace mientras
que el enlace C-N tiene un 40%. Por tanto, los
enlaces C-O y N-C del enlace peptdico tienen
caractersticas intermedias entre el enlace sencillo y el
enlace doble.

Esta disposicin atmica estestabilizada por

resonancia, de forma quelos seis tomos
implicados en la formacin del enlace peptdico
estn contenidos en el mismo plano

Otra consecuencia importante de la resonancia es

que incrementa la polaridad del enlace peptdico y se
establece
unmomento
dipolar.
Por
este
motivo,cada enlace peptdico puede participar
en dos puentes de hidrgeno. En uno de ellos, el
grupo -NH- acta como donador de hidrgeno y en el
otro, el grupo -CO- acta como receptor de hidrgeno.
Esta
propiedad
contribuye
notablemente
al
plegamiento tridimensional de las protenas

Momento dipolar del enlace peptdico

El carcter parcial de doble enlace impide la libre rotacin del

enlace que une los tomos de C y N en el enlace peptdico .

Esta rigidez del doble enlace limita las posibilidades

conformacionales de los pptidos. Existen dos configuraciones
posibles :
Configuracincis: los dos Cse sitan del mismo lado del doble
enlace
Configuracintrans: los dos Cse sitan a distinto lado del doble
enlace

En cada AA, el Cpuede establecer dosngulos de

torsincon los planos de los dos enlaces peptdicos
contiguos: los llamadosf(phi)yy(psi):
. el ngulo phi (f) es la rotacin en torno al enlace C-N
. el ngulo psi (y) es la rotacin en torno al enlace C-C
Como estos son los nicos grados de libertad que
presenta la estructura,la conformacin de la
cadena polipptdica queda completamente
definida cuando se conocen los valores deyy
defpara cada AA.

En la estructura de
un pptido o de una
protena, cada AA
presenta un valor
defy
otro
deydeterminados.
Es eltamao fsico
de los tomos o
grupos de tomos
presentes
en
las
cadenas laterales el
que determina los
posibles valores que
pueden adoptar los
ngulos phi (f) y psi
(y).

Estereoqumica
- La glicina es el aminocido ms sencillo y es aquiral.
-En los dems -aminocidos el carbono es un centro estereognico.
- Las configuraciones se especifican mediante la notacin D y L. Todos los
aminocidos que provienen de protenas tienen configuracin L, aunque se conocen
-aminocidos naturales de la serie D.
CO2
CO2

Glicina
(Aquiral)

H3N

H3N
H

CO2

H
R

NH3

L-aminocido
(Proyeccin de Fischer y en perspectiva)

Stereoisomers of -amino
acids
All amino acids in
proteins are L-amino
acids,
except
for
glycine,
which
is
achiral.

Propiedades
- Los aminocidos son sustancias mucho ms polares de lo que uno esperara de
acuerdo con su frmula molecular.
- Las propiedades que presentan, slidos cristalinos solubles en agua, se atribuyen al
hecho de que la forma estable es un zwitterin o sal interna.
O
H2N

CH C

O
OH

H3N

CH C

Formas zwitterinicas de un aminocido

- Los aminocidos son anfteros, contienen un grupo cido y uno bsico.
O
H3N

CH C

OH

R
Especie presente
en medio cido

H+
+H+

O
H3N

CH C

R
Zwitterin
Especie presente
en medio neutro

H+
+H+

H2N

CH C

R
Especie presente
en medio bsico

Propiedades
O
H3N

CH C
R

OH

H+
+H+

O
H3N

CH C
R

H+
+H+

H2N

CH C

Curva de valoracin de la glicina.

- Valores de pH menores que pKa1: la especie a es la mayoritaria.
- Valores entre pKa1 y pKa :la principal especie es el zwitterin (b). La concentracin
del zwitterin es mxima en el punto isoelctrico pI.
- Valores superiores a pKa2: la especie c es la presente en mayor concentracin.

Protenas. Propiedades I
Solubilidad: solubles en agua donde forman dispersiones coloidales.
En la estructura, los aminocidos hidrfilos se encuentran al exterior
y los hidrfobos al interior. Hay excepciones.
Las protenas fibrosas suelen ser insolubles.

Punto isoelctrico: el valor del pH para el cual las cargas positivas y

negativas de los radicales de los aminocidos estn compensados.
En este valor las protenas son insolubles, por lo que el pH
fisiolgico debe ser diferente.

Poder amortiguador o tampn: debido a su carcter anftero regulan

el pH del medio

Protenas. Propiedades II

Protenas. Estructura 1aria

Protenas. Estructura 2aria. -hlice

Estructura de pptidos y
protenas

ESTRUCTURA SECUNDARIA EN PPTIDOS Y PROTENAS

- La estructura secundaria de un pptido consiste en la relacin conformacional

del aminocido vecino ms cercano con respecto a otro.
- L. Pauling y R. B. Corey establecieron que ciertas conformaciones peptdicas eran
ms estables que otras.
- Dos disposiciones especialmente estables son: la hlice y la hoja plegada .
- Ambas conformaciones se basan en:
- La geometra del enlace peptdico es plana y la cadena principal se dispone en
conformacin anti.
- Se pueden formar enlaces de hidrgeno cuando el grupo N-H de un residuo y el
grupo C=O de otro se encuentran prximos en el espacio. Aquellas
conformaciones que maximizan el nmero de estos enlaces se encuentran
particularmente estabilizadas.

Protenas. Estructura 2aria. Lmina

Hlice
Se

forma

al

enrollarse

la

estructura

primaria

helicoidalmente sobre s misma. Se debe a la

formacin de enlaces de hidrgeno entre el -C=O de
un aminocido y el -NH- del cuarto aminocido que le
sigue. Ej: queratina del pelo, cuernos, uas, lana.

Hoja plegada o lmina

En esta disposicin los aminocidos forman una
cadena en forma de zigzag, mediante la formacin de
enlaces de hidrgeno entre los grupos N-H y los C=O
de cadenas adyacentes antiparalelas. Ej: fibrona de la
seda.

Protenas. Estructura 3aria

ESTRUCTURA TERCIARIA EN PPTIDOS Y PROTENAS

- La estructura terciaria de una protena consiste en el plegamiento de la cadena.
La forma en que se pliega la cadena afecta tanto a sus propiedades fsicas como a su
funcin biolgica.
- Las protenas estructurales, tales como las presentes en la piel, el pelo, los
tendones, la lana o la seda, pueden tener una estructura secundaria tanto de hlice
como de hoja plegada , pero en general tienen una forma alargada de longitud
varias veces el dimetro de la cadena. Se denominan protenas fibrosas y tienden a
no ser solubles en agua.
- Otras protenas, incluyendo la mayora de los enzimas, operan en agua. stas se
denominan globulares y tienen una forma ms o menos esfrica:

Mioglobina

ESTRUCTURA CUATERNARIA DE LAS PROTENAS: HEMOGLOBINA

- Algunas protenas estn formadas por ensamblaje de dos o ms cadenas. La forma
en que estas subunidades se encuentran organizadas se denomina estructura
cuaternaria.
- La hemoglobina es una protena de la sangre encargada del transporte de oxgeno,
unindose a ste y transportndolo hasta los msculos donde se almacena en la
mioblobina. La hemoglobina se une a oxgeno de la misma forma que la mioglobina,
a travs del grupo hemo, pero es mucho ms grande que sta. La hemoglobina es un
ensamblaje de cuatro grupos hemo y cuatro cadenas proticas, dos llamadas y dos
.
- Algunas sustancias, por ejemplo CO, mucho ms fuertemente al Fe que el oxgeno
por lo que interfieren con el transporte y almacenamiento de oxgeno pudiendo
provocar resultados letales.
hemoglobin protease,
Escherichia coli
(http://www.pdb.org/)
DOI:10.1074/jbc.M412885200

Non-covalent Bonds in Proteins

Globular Proteins

The side chains will help determine the

conformation in an aqueous solution

Oligopptidos
Molculas formadas por un nmero de aminocidos inferior a 100.

Oligopptidos con actividad biolgica:

Algunas vitaminas del grupo B: cido pantotnico y cido flico.
Hormonas: adrenocorticotropa (ACTH), melanotropa (MSH), insulina
y glucagn, gastrina y secretina y angiotensina.
Neuropptidos: encefalinas
Antibiticos: alcaloides

Protenas. Clasificacin I
Holoprotenas o protenas simples (slo contienen aminocidos) :
Globulares: solubles(

) e insolubles (

Globulinas: inmunoglobulinas, seroglobulina, lactoglobulina,...

Albminas: ovoalbmina, lactoalbmina,...
Histonas: forman la cromatina
Protaminas: unidas al ADN en espermatozoides
Gluteninas: en semillas.

Fibrilares o escleroprotenas:
Colgeno: tejidos conectivos
Queratinas: estructuras drmicas(pelo, uas,...)
Elastinas: fibras musculares (actina y miosina)
Fibringeno: coagulacin sangunea

Protenas. Clasificacin II
Heteroprotenas o protenas conjugadas: formadas por una parte
proteica (grupo proteico) y otra no proteica (grupo prosttico). Se
clasifican segn la naturaleza del grupo prosttico.
Fosfoprotenas: algunos a. estn fosforilados (casena de la leche)
Cromoprotenas: llevan unido un pigmento
Porfirnico: con el grupo porfirnico (hemoglobina,

citocromos)

no porfirnico: con un ion metlico como Cu (hemocianinas)

Glucoprotenas: con un oligosacrido como la mucina de la saliva
Lipoprotenas: con un lpido como el transporte de colesterol
Nucleoprotenas: con cidos nucleicos como ribosomas o cromatina