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Clase 4.
4. Liasas
Liasas.
4.1. Liasas C
O)
N)
(unin C
O)
COO-)
4.6 Liasas
C)
S)
H)
A + B
Sustratos
A
Sustratos
A
Enzima
Enzima
C
Productos
C
Enzima Productos
B + C
Sustrato
+
a
b c
Enzima Complejo
[enzima - sustrato]
Substrato
+
a
b c
Enzima
b c
Complejo
[enzima - sustrato]
MODELOS DE RECONOCIMIENTO
ENZIMA - SUSTRATO
SERIN-PROTEASAS
ZINC-PROTEASAS
ASPARTIL-PROTEASAS CISTEIN-PROTEASAS
QUIMOTRIPSINA
TRIPSINA
ELASTASA
CARBOXIPEPTIDASA A
CATLISIS
EL MECANISMO ES CONCERTADO
(VARIOS FENMENOS
SIMULTNEOS)
CATALASA
Es una enzima que se encuentra en citoplasma, peroxisomas o
mitocondrias.
Txica
Fe III
Cataliza la reaccin
2H2O2
II
III
IV
2H2O + O2
HCO3- + H+
H2O
CO2 +
AG
Estado inicial
(reactivos)
Estado final
(productos)
Progreso de la reaccin
Estado de transicin.- Una situacin en la que hay alta probabilidad de que las
molculas de enzima o (catalizadores) puedan romper o formar
enlaces del sustrato para formar el producto
Colisiones efectivas entre molculas especficas y orientadas
[molculas en estado de transicin]
~ velocidad de la reaccin
1.
2.
3.
4.
pH
TEMPERATURA
FUERZA INICA
CONSTANTE DIELCTRICA DEL MEDIO
Temperatura ptima
Actividad
de la
enzima
20 C
30 C
60C
Tripsina
A
C
T
I
V
I
D
A
D
8
pH
Pepsina
Colinesterasa
pH
pH
Papana
pH
moles
moles
nmoles
gramos
miligramos
gramos
hora
minuto
segundo
V Vmax
e
l
o
c
i Vmax/2
d
a
d
Km
[S]
Todas las enzimas presentan una cintica de saturacin que se denota como una
meseta que se alcanza a concentraciones elevadas de sustrato
ECUACIN DE MICHAELIS-MENTEN
V Vmax
e
l
o
c Vmax/2
i
d
a
d
1/V
-1/Km
Km
[S]
Km/V
1/Vmax
1/S
[E] = constante
DETERMINACIN DE LA Km
1/V
M = Km
Vmax
Grfica de
Lineweaver-Burk
-1
Km
1
Vmax
1/[S]
Nmero de recambio es = k3
que es
Ki o constante de inhibicin
app
M=Km/Ki
1/Vmax
Km app
M=1/VmaxKi
1/Vmax
Km
[I]
INHIBICIN COMPETITIVA
[I]
INHIBICIN NO COMPETITIVA
INHIBICIN ACOMPETITIVA
Actividad especfica
La actividad de una enzima se puede expresar en trminos
de la velocidad por la cantidad de la enzima
Unidades de
cantidad de enzima
-Inhibidor
Serie B
+Inhibidor
0.1 0.2 0.4 0.6 0.8 1.0 1.2 1.4 1.6
mM Sustrato
-1
Km
M = Km
Vmax
B ( - Inh)
1
Vmax
1/[S]
fin
INHIBICIN COMPETITIVA
1/V
+ INHIBIDOR
-INHIBIDOR
E
I+
ES
E+P
EI
1/Vmax
Vmax no cambia
-1/Km
+S
Km se hace mayor
1/S
INHIBICIN NO COMPETITIVA
1/V
+ INHIBIDOR
E
+I
1/vmax
- INHIBIDOR
La V max disminuye
Km no cambia
1/S
ES
+I
EI
-1/km
+S
ESI
E+P
1/ Vmax
La Vmax disminuye
Km disminuye
+S
ES
+I +I
ESI
E+P
* ALOSTERISMO
a) HOMOTRPICO
b) HETEROTRPICO
MODIFICACIONES
SOBRE LA ENZIMA
EXISTENTE
*REGULACIN COVALENTE
a) FOSFORILACIN
b) PROTELISIS
*ISOENZIMAS
a) EXPRESIN DEL GENE
MODIFICACIONES
PARA CAMBIAR
LA CANTIDAD DE
ENZIMA
* SNTESIS
b) SNTESIS DE LA PROTENA
EN EL RIBOSOMA
* DEGRADACIN
DIFERENTES MECANISMOS
SUSTRATO
ENZIMA
Sitio Regulador
o Sitio Alostrico
Ligando o
Regulador o
Efector alostrico
(especfico)
Sitio alostrico
(es especfico)
Actividad enzimtica
Sitio alostrico
(es especfico)
Actividad enzimtica
SUSTRATO
ENZIMA
Sitio Regulador
o Sitio Alostrico
Ligando o
Regulador o
Efector alostrico
(especfico)
Sitio alostrico
(es especfico)
Actividad enzimtica
Sitio alostrico
(es especfico)
Actividad enzimtica
REGULACIN ENZIMTICA
USTRATO
INHIBIDOR
COMPETITIVO
INHIBIDOR
NO COMPETITIVO
INHIBIDOR
ALOSTRICO
SITIO CATALITICO
SUSTRATO
ENZIMA
ENZIMA
ENZIMA
ENZIMA
Sitio Regulador
COOPERATIVIDAD
ENZIMA ALOSTRICA CON
V
POSITIVA
EFECTOR POSITIVO
E
L
O
+
ENZIMA ALOSTRICA SIN
C
EFECTOR
I
D
A
D
ENZIMA ALOSTRICA CON
EFECTOR NEGATIVO
COOPERATIVIDAD NEGATIVA
[S]
A+ B
Enz A
Sustrato A
Sustrato B
Enz B
Enz C
Sustrato C
Enz D
Sustrato D
Sustrato E
ENZIMA
DEFOSFORILADA
FORMA ACTIVA
FOSFOENZIMA O
ENZIMA FOSFORILADA
Pi (FOSFATASA)
ENZIMA
DEFOSFORILADA
ADP+ Pi
CINASA o
FOSFORILASA
Pi
Pi
Sitio de fosforilacin
ENZIMA FOSFORILADA
ACTIVA
Pi
FOSFATASA
INACTIVA
REGULACIN COVALENTE
b) PROTELISIS (REGULACIN IRREVERSIBLE)
ZIMGENOS. Protenas inactivas que tiene un tamao mayor
al de la enzima madura y que son procesados hasta la forma madura, que
es ms pequea
proteasa
NH2
NH2
COO-
COOH
PROCESAMIENTO
PRECURSOR
(INACTIVO)
O
PROTENA INMADURA
ZIMGENO
+ NH2
COOH
FORMA MADURA
(ACTIVA)
ISOFORMA 1
(sitios de
regulacin)
Isoforma
++++ activa
COO-
NH3
ISOFORMA 2
Regin
adicional
+
NH3
COO
ISOFORMA 3
Isoforma
+++ activa
aa diferentes
+
NH3
COO
Isoforma
+ activa
E + S
k1
k2
[ES]
k3
E + P
Sustituimos en
[ES] = [E] [S]
Km
6
8
11
12
13
14
en
13
V = Vmax ___[S]
___
[S] + Km
1.) Orientation/Proximity effects (also called Entropic effects)After binding the substrate(s),
enzymes will often position the substrate(s) favorably for catalysis. This positioning may place
amino acids in the active near to reactive groups on the substrate (nucleophile near to a
carbonyl group or a general base near a proton) OR put two reactive substrates closer to each
other increasing the possibility they would react. In essence this strategy aims to make
conditions favorable for reaction or to increase the likelihood a reaction will occur. Note: all
enzymes use this strategy!
2.) Covalent Enzyme Intermediate formationSometimes, the enzymes physically reacts with
the substrate forming an enzyme intermediate. The reason for formation of an intermediate in
nature is not entirely clear, but it is believed that formation of an intermediate may help
preserve stereochemistry between reacts and products, facilitate chemistry not possible by a
direct reaction (i.e. no enzyme intermediate), and to increase the specificity an enzyme has for
the substrate. However, examples in nature exist of the same reaction being catalyzed by
different enzyme, one using an intermediate and one not (ex. proteases).
3.) General Acid/General Base mediate catalysisOften substrates require assistance in making
functional groups reactive. Most times making a functional group reactive is as simple as
removing or adding a proton to the substrate at places which would not normally have that
protonation state free in solution.
Examples of general acid groupsR-COOH, R-NH3+, Imidazole-H+, R-OH
Examples of general base groupsR-COO-, R-NH2, Imidazole
Note: specific acid or specific base catalysis involves hydroxide (OH) or hydronium (H3O+ or
H+).
4.) Metal-assisted catalysisEnzyme bound metals serve to make functional groups or water
more acidic (more likely to lose a proton). The result of binding to the metal is that the
functional group or water becomes deprotonated by the enzyme or substrate and/or serves as a
nucleophile in the enzyme reaction.
5.) Strain/DistortionThe enzyme or substrate exerts tension in the enzyme substrate complex
increasing the energy of the enzyme substrate complex. Often this enzyme substrate complex is