Asam Nukleat

Oleh :
Indriani Pratiwi
Ajrina Khairani
Maria Fransisca
Ningsi L Sangadji
Maria Nafisah K

1506675781
1506726990
1506728743
1506738630
1506744570

Universitas Indonesia
Depok 2016

OUTLINE
Struktu
r Asam
Nukleat

Fungsi
Asam
Nukleat

Biosint
esis
Asam
Nukleat

Aplikasi
Asam
Nukleat

Analisis
Asam
Nukleat

Struktur Asam Nukleat

PENGERTIAN
Asam Nukleat adalah sebuah makromolekul yang tersusun atas
nukleotida sebagai monomernya generasi yang berperan dalam
penerusan informasi genetik antar.

TINGKATAN STRUKTUR ASAM

NUKLEAT
Struktur
Struktur
Struktur
Struktur
Primer
Urutan
linear
nukleotida yang
dihubungkan
dengan
ikatan
fosfodiester.

Sekunder
Interaksi antara
basa yang terikat
satu sama lain
dengan
ikatan
hidrogen
membentuk
helix.

Tersier
Bentuk
tiga
dimensi
dimana seluruh
rantai
dilipat,
yaitu gabungan
antar struktur
sekunder.

Kuartener
Mengacu pada
interaksi asam
nukleat dengan
molekul lainnya.

KOMPONEN PENYUSUN
ASAM
NUKLEAT
Asam nukleat tersusun dari nukleotida sebagai monomernya yang memiliki
komponen penusun diantaranya:

Gugus Fosfat
Fosfat adalah atom fosfor yang terikat
dengan 4 oksigen.
Hilangnya ion hidrogen akibat penguraian
menyebabkan fosfat bermuatan negatif.
Ini merupakan penyebab pemberian nama
asam pada molekul polinukleotida,
walaupun didalamnya juga terkandung
juga basa nitrogen.
Salah satu fungsi gugus fosfat adalah
dalam transfer energi di antara molekul

KOMPONEN PENYUSUN
ASAM NUKLEAT
Gula Pentosa
Gula
pentosa
merupakan
gula
monosakarida yang mengandung lima
atom karbon yang membentuk cincin
segilima.
Terdapat dua jenis gula pentosa yaitu
ribosa dan deoksiribosa. Pada ribosa,
karbon 2 berikatan dengan gugus
hidroksil
(-OH)
sementara
pada
deoksiribosa, atom karbon 2 berikatan
dengan hidrogen (-H).

KOMPONEN PENYUSUN
ASAM NUKLEAT
Basa Nitrogen
Basa nitrogen adalah molekul organik dengan atom nitrogen yang
memilki sifat basa.
Memiliki fungsi untuk menguraikan urutan gen.
Menurut strukturnya, basa nitrogen terbagi menjadi 2 macam, yaitu
:
-

Purin

Pirimidin

KOMPONEN PENYUSUN ASAM

NUKLEAT
Basa Nitrogen-Purin
Merupakan senyawa organik aromatic yang memiliki 2
cincin, yaitu cincin pirimidin dan cincin imidazole.
Memiliki titik didih dan titik lelh yang tinggi
Ditemukan juga pada ATP, NADPH, GTP, cAMP, dan
Koenzim A
Berdasarkan
terdapat 2 macam
Guanin purin,
(G),
Adenin (A) gugusnya,
,
yaitu:
memiliki gugus
mengandung gugus
keton.
amino.

KOMPONEN PENYUSUN ASAM

NUKLEAT
Basa Nitrogen : Pirimidin
Merupakan senyawa aromatic heterosiklik yang hanya memiliki 1
cincin
Memiliki 2 atom nitrogen. Atom-atom nitrogen terdapat pada posisi
1 dan 3 dari cincin dengan 6 C.
Terdapat 3 jenis Urasil
pirimidin yang memiliki struktur
Sitosin berbedaTimin
beda, yaitu:
Hanya terdapat pada RNA. Terdapat
pada
DNA.
Akan terikat
Struktur sangat stabil dan lebih Struktur
tidak
stabil.
bersama adenine
sederhana daripada Timin. Akan
(A) dengan 2 ikatan terikat bersama Guanin dengan Akan terikat bersama
Guanin dengan 3 ikatan
hidrogen.
3 ikatan hidrogen.
hidrogen

BENTUK ASAM NUKLEAT

Berdasarkan perbedaan bentuk gula pentosanya, asam nukleat
terbagi menjadi 2, yaitu
Asam Deoksiribonukleat (DNA), dengan gula pentosa berupa
Deoksiribosa
Asam ribosanukleat (RNA), dengan gula pentosa berupa Ribosa.

DNA
Asam Deoksiribonukleat (DNA) adalah polimer
berupa rantai panjang dari nukleotida yang
memiliki gula pentosa berupa Deoksiribosa.
Memiliki struktur double helix
Memiliki basa nitrogen berupa adenin, guanin,
sitosin, dan timin.

DNA
Terdapat 2 model DNA, yaitu:

The Watson and Crick Model

Molekul DNA terdiri dari dua rantai
polinukleotida berpilin menjadi helix
dengan arah pilinan mengikuti putaran
tangan kanan.
Rantai polinukleotida terdiri dari gula
deoksiribosa yang tergabung dengan
ikatan internukleotida yang disebut juga
sebagai ikatan 3,5-fosfodiester.
Ikatan gula dan fosfat membentuk sisi
luar dari helix dan basa nitrogen yang
membentuk bagian tegak lurus di sisi

DNA
Aturan Chargaf
Chargaff menyimpulkan bahwa
jumlah
purin
selalu
sama
dengan jumlah pirimidin dalam
suatu sampel DNA, yang berarti
jumlah adenine sama dengan
jumlah timin dan jumlah sitosin
sama dengan jumlah guanine

DNA
Berdasarkan bentuknya, DNA memiliki 3 macam konformasi, yaitu :

Ciri-ciri

DNA-A

DNA-B

DNA-Z

Tipe helix

Berpilin ke
kanan

Berpilin ke
kanan

Berpilin ke
kiri

Diameter helical
(nm)

2,55

2,37

1,84

Jarak antara dua

pasangan basa
(nm)

0,29

0,34

0,37

Jarak antara dua

pasangan basa
dalam satu
pilinan (nm)

3,2

3,4

4,5

Jumlah pasangan
basa dalam satu
pilinan

11

10

12

Topologi lekukan Sempit, dalam Lebar, dalam

rata

TINGKATAN PENGEMASAN
DNA
DNA Double
Helix

Nukleosom

Kromatin

Kromosom

RNA
RNA (Asam Ribonukleat)adalah rangkaian
nukleotida yang saling terikat seperti rantai. RNA
merupakan hasil dari transkripsi dari suatu
fragmen DNA, sehingga RNA sebagai polimer
yang jauh lebih pendek jika dibandingkan DNA.
Berbeda dengan DNA yang umumnya dijumpai
dalam inti sel, Kebanyak dari RNA terdapat dalam
sitoplasma, khususnya di ribosom.
RNA mempunyai bentuk pita tunggal dan tidak
berpilin. Molekul RNA merupakan molekul
fungsional dari DNA.
Basa nitrogennya
sitosin, dan urasil.

berupa

adenine,

guanine,

RNA
RNA memiliki 3 macam bentuk, yaitu:

messenger RNA (mRNA)

mRNA merupakan RNA yang
biasanya komplementer dengan
salah satu urutan basa rantai
DNA. di sitoplasma. Kode genetik
mRNA tersebut kemudian menjadi
cetakan
untuk
menentuk
spesifisitas urutan asama amino
pada rantai polipeptida.

RNA
transfer RNA (tRNA)
RNA yang membawa asam amino satu per
satu ke ribosom. Seluruh tRNA dapat
berbentuk seperti daun semanggi dengan tiga
atau empat lipatan jepit. Pada tRNA, terdapat
anticodon yang merupakan pasangan tiplet
basa dari triplet kodon yang terdapat pada
mRNA.
Pada salah satu ujung RNAt terdapat tiga
rangkaian
basa
pendek
yang
disebut
anticodon. Suatu asam amino akan melekat
pada ujung RNAt yang berseberangan dengan
ujung anticodon. Pelekatan ini merupakan
cara berfungsinya RNAt, yaitu membawa

RNA
ribosomal RNA (rRNA)
Molekul RNA ribosom atau RNAr
merupakan komponen struktural
yang utama di dalam ribosom.
Setiap subunit
ribosom terdiri
dari 30-46% molekul RNAr dan
70-80%
protein.
RNA
ini
menyediakan material structural
dan
pusat
katalitik
untuk
membentuk ikatan peptida dalam
pembentukan protein.

RNA

PERBEDAAN DNA DAN RNA

FUNGSI ASAM
NUKLEAT

DEOXYRIBONUCLEIC ACID

DNA
Sejenis biomolekul yang menyimpan dan
menyandi instruksi-instruksi genetika setiap
organisme dan banyak jenis virus
Instruksi-instruksi genetika ini berperan
penting dalam pertumbuhan, perkembangan,
dan fungsi organisme dan virus
Basa nitrogen pada DNA terbagi atas pirin
dan pirimidin yang saling berikatan satu
sama lain.
Double helix

1. SINTESIS PROTEIN
Ada dua kelompok protein yang dibuat ADN, yaitu protein struktural dan protein
katalis.
Protein struktural akan membentuk sel, jaringan, dan organ hingga penampakan fisik
suatu individu. Inilah yang menyebabkan ciri fisik tiap orang berbeda satu sama lain.
Protein katalis akan membentuk enzim dan hormon yang berpengaruh besar
terhadap proses metabolisme, dan akhirnya berpengaruh terhadap sifat psikis, emosi,
kepribadian, atau kecerdasan seseorang.
Proses sintesis protein dapat dibedakan menjadi dua tahap.
Tahap pertama adalah transkripsi yaitu pencetakan ARNd oleh ADN yang
berlangsung di dalam inti sel. ARNd inilah yang akan membawa kode genetik dari
ADN.
Tahap kedua adalah translasi yaitu penerjemahan kode genetik yang dibawa ARNd
oleh ARNt.

TRANSKRIPSI
Langkah transkripsi berlangsung sebagai berikut:
Sebagian rantai ADN membuka, kemudian disusul oleh pembentukan rantai ARNd. Rantai ADN yang
mencetak ARNd disebut rantai sense/template. Pasangan rantai sense yang tidak mencetak ARNd disebut
rantai antisense.
Pada rantai sense ADN didapati pasangan tiga basa nitrogen (triplet) yang disebut kodogen. Triplet ini
akan mencetak triplet pada rantai ARNd yang disebut kodon. Kodon inilah yang disebut kode genetika
yang berfungsi mengkodekan jenis asam amino tertentu yang diperlukan dalam sintesis protein.
Selanjutnya boleh dikatakan bahwa ARNd atau kodon itulah yang merupakan kode genetika. Lihat daftar
kodon dan asam amino yang dikodekannya di bawah ini.
Setelah terbentuk, ARNd keluar dari inti sel melalui pori-pori membran inti menuju ke ribosom dalam
sitoplasma.

Untuk setiap satu molekul protein yang dibentuk akan selalu dimulai dengan kodon inisiasi atau kodon
start yaitu AUG yang mengkodekan asam amino metionin. Jika satu molekul protein telah terbentuk akan
selalu diakhiri dengan tanda berupa kodon stop atau kodon terminasi, yaitu UGA, UAA, atau UAG.
Pasangan tiga basa nitrogen disebut triplet. Triplet yang terdapat pada rantai sense ADN yang mencetak
ARNd disebut kodogen. Triplet yang terdapat pada ARNd disebut kodon. Triplet yang terdapat pada ARNt
disebut antikodon.

TRANSLASI
Langkah translasi:
1. Setelah RNAd keluar dari dalam inti, selanjutnya ia bergabung dengan
ribosom dalam sitoplasma.
2. Langkah berikutnya adalah penerjemahan kode genetik (kodon) yang
dilakukan oleh ARNt. Caranya, ARNt akan mengikat asam amino
tertentu sesuai yang dikodekan oleh kodon, lalu membawa asam amino
tersebut dan bergabung dengan ARNd yang telah ada di ribosom.
3. Setelah asam amino dibawa ARNt bergabung dengan ARNd di ribosom,
selanjutnya akan terjadi ikatan antar asam amino membentuk
polipeptida. Protein akan terbentuk setelah berlangsung proses
polimerisasi.

SIMPULAN SINGKAT
LANGKAH SINTESIS PROTEIN
BERLANGSUNG SEBAGAI
BERIKUT:
ADN
mencetak
ARNd dalam
proses
transkripsi
yang
berlangsung
di dalam inti.

ARNd keluar
dari dalam
inti
bergabung
dengan
ribosom di
sitoplasma.

Datang ARNt
membawa
asam amino
yang sesuai
dengan
kodon.

Langkah sintesis protein : Transkripsi dan Translasi

Tempat berlangsung : Ribosom

Perancang jenis protein : ADN
Pelaksana proses sintesis : ARNd, ARNt, dan ARNr
Sumber energi : Adenosin Tri Phosphat (ATP)
Bahan sintesis protein : asam amino
Enzim yang diperlukan untuk transkripsi: ARN

Terjadi ikatan
antar asam
amino
sehingga
terbentuk
protein.

2. AUTOKATALIS (REPLIKASI)
Autokatalis, merupakan kemampuan DNA untuk
menggandakan
diri
(replikasi).
Replikasi merupakan proses pelipatgandaan DNA
yang ini diperlukan ketika sel akan membelah diri.
Pada setiap sel, kecuali sel gamet, pembelahan diri
harus disertai dengan replikasi DNA supaya semua
sel turunan memiliki informasi genetik yang sama.
Pada dasarnya, proses replikasi memanfaatkan
fakta bahwa DNA terdiri dari dua rantai dan rantai
yang satu merupakan "konjugat" dari rantai
pasangannya.
Dengan
kata
lain,
dengan
mengetahui susunan satu rantai, maka susunan
rantai pasangan dapat dengan mudah dibentuk.
Proses replikasi memerlukan protein atau enzim
pembantu; salah satu yang terpenting dikenal
dengan nama DNA polimerase, yang merupakan
enzim pembantu pembentukan rantai DNA baru
yang merupakan suatu polimer.

Tahapan:
Proses replikasi diawali dengan pembukaan
untaian ganda DNA pada titik-titik tertentu di
sepanjang rantai DNA. Proses pembukaan
rantai DNA ini dibantu oleh enzim helikase
yang dapat mengenali titik-titik tersebut, dan
enzim girase yang mampu membuka pilinan
rantai DNA.
Setelah cukup ruang terbentuk akibat
pembukaan
untaian
ganda
ini,
DNA
polimerase masuk dan mengikat diri pada
kedua rantai DNA yang sudah terbuka secara
lokal tersebut.
Proses pembukaan rantai ganda tersebut
berlangsung disertai dengan pergeseran DNA
polimerase mengikuti arah membukanya
rantai ganda. Monomer DNA ditambahkan di
kedua sisi rantai yang membuka setiap kali

BERDASARKAN
TEMPAT PEMBUATAN
1. DNA Mitokondria
Berbeda dengan organel sel lainnya,
mitokondria memiliki materi genetiksendiri
yang karakteristiknya berbeda dengan
materi genetik pada inti sel yang dikenal
sebagai mtDNA.
mtDNA berpilin ganda, sirkular, dan tidak
terlindungi membran.
Pada
makhluktingkat
tinggi,
DNA
mitokondria
yang
diturunkan
kepada
anaknya hanya berasaldari betinanya saja
(maternally inherited)
mtDNA mengandung banyak informasi
genetik yang berfungsi untuk respirasi.

2. DNA Kloroplas
Kloroplas mempunyai tingkat otonomi di dalam sel
yang dalam banyakhal sama dengan mitokondria.
Dalam stroma terdapat DNA.
Kloroplas juga melakukan replikasi.
Seluruh genom kloroplas terdapat di dalam satu
molekul DNA kloroplas(ctDNA) yang sirkular.
ctDNA cukup besar sehingga dapat mengkode lebih
dari 150 protein. Masing-masing dengan berat
molekul 50.000 dalton.
Ini kira-kira sama denganjumlah berbagai protein
yang terdapat dalam kloroplas, baik protein
strukturalmaupun enzim yang penting untuk
fotosintesis, sintesis karbohidrat, lipid dan protein.
Namun kloroplas tidak mengkode semua protein itu
sendiri. Replikasi dan difereniasi dikontrol sebagian
oleh genom inti dan sebagian oleh ctDNA.

SECARA UMUM FUNGSI DNA

ADALAH SEBAGAI:
membawa informasi genetik kepada generasi berikutnya;
mengontrol aktivitas hidup secara langsung dan tidak langsung;
menyintesis RNA;
sebagai arsitek (perancang) dalam sintesis protein.

RIBONUCLEIC ACID

Molekul polimer yang terlibat dalam berbagai peran biologis dalam

mengkode, dekode, regulasi, dan ekspresi gen.
RNA lebih sering ditemukan di alam sebagai untai tunggal yang
melipat ke dirinya sendiri, daripada untai ganda berpasangan
(single helix)
Basa timin pada DNA diganti dengan urasil pada RNA.

FUNGSI

1.
Pada
sekelompok
virus
(misalnya
bakteriofag), RNA merupakan bahan
genetik. Ia berfungsi sebagai penyimpan
informasi genetik, sebagaimana DNA pada
organisme hidup lain.
Ketika virus ini menyerang sel hidup, RNA
yang dibawanya masuk ke sitoplasma sel
korban, yang kemudian ditranslasi oleh sel
inang untuk menghasilkan virus-virus
baru.

2.
Peran penting RNA terletak pada fungsinya sebagai perantara
antara DNA dan protein dalam proses ekspresi genetik karena ini
berlaku untuk semua organisme hidup.
Dalam peran ini, RNA diproduksi sebagai salinan kode urutan basa
nitrogen DNA dalam proses transkripsi. Kode urutan basa ini
tersusun dalam bentuk 'triplet', tiga urutan basa N, yang dikenal
dengan nama kodon.
Setiap kodon berelasi dengan satu asam amino (atau kode untuk
berhenti), monomer yang menyusun protein.

3.
Penelitian mutakhir atas fungsi RNA menunjukkan bukti yang
mendukung atas teori 'dunia RNA', yang menyatakan bahwa pada
awal proses evolusi, RNA merupakan bahan genetik universal
sebelum organisme hidup memakai DNA.

4. BERDASARKAN JENISNYA
1. mRNA
mRNA merupakan RNA yang urutan basanya
komplementer (berpasangan) dengan salah satu
urutan basa rantai DNA.
RNA jenis ini merupakan polinukleotida berbentuk
pita tunggal linier dan disintesis oleh DNA di
dalam nukleus.
Panjang pendeknya mRNA berhubungan dengan
panjang pendeknya rantai polipeptida yang akan
disusun.
Urutan asam amino yang menyusun rantai
polipeptida itu sesuai dengan urutan kodon yang
terdapat di dalam molekul mRNA yang
bersangkutan.
mRNA
bertindak
sebagai
pola
cetakan
pembentuk polipeptida.

2. tRNA
RNA jenis ini dibentuk di dalam nukleus, tetapi
menempatkan diri di dalam sitoplasma.
tRNA merupakan RNA terpendek dan bertindak
sebagai penerjemah kodon dari mRNA.
Fungsi lain tRNA adalah mengikat asam-asam
amino di dalam sitoplasma yang akan disusun
menjadi protein dan mengangkutnya ke
ribosom. Bagian tRNA yang berhubungan
dengan kodon dinamakan antikodon.

3. rRNA
RNA ini disebut ribosomal RNA karena terdapat
di ribosom meskipun dibuat di dalam nukleus.
RNA ini berupa pita tunggal, tidak bercabang,
dan fleksibel.
Lebih dari 80% RNA merupakan rRNA.
Fungsi dari RNA ribosom adalah sebagai mesin
perakit dalam sintesis protein yang bergerak ke

4. tmRNA (Transfer-messenger RNA)

5. SRP RNA (Signal-recognition particle RNA)

Terdapat beberapa pseudoknots pada lengan

antikodon sehingga memungkinkan tmRNA
untuk berinteraksi dengan ribosom spesifik =
reaksi trans-translasi

Partikel ribonukleoprotein, berperan dalam

menargetkan atau mengarahkan protein
menuju:
a. Membran plasma (prokariotik)
b. Membran RE (eukariotik)

Fungsi: melepaskan ribosom yang tersendat

dan mendegradasi protein yang tidak lengkap
Ditemukan pada setiap urutan genom di
bakteri

Mengikat sinyal peptida dari ribosom ke

membran atau protein sekresi ketika waktu
untuk pembentukan kompleks RNC-SRP

6. snRNA (Small nuclear RNA)

Jenis non-coding RNA, umumnya bersama dengan
protein membentuk snRNP yang akan digunakan
pada splicing
Terdapat pada nukleus sel eukariotik

7. hnRNA (Heterogeneous nuclear RNA)

RNA yang masih mengandung intron, diproses
terlebih dahulu dengan bantuan snRNP pada
tahap splicing

8. lncRNA (Long non-coding RNA)

Jenis coding yang non-protein yang
mentranskripsi lebih dari 200 nukleotida
Pengaturan ekspresi gen oleh lncRNA
terjadi pada tingkat epigenetik (histon
dan metilasi DNA), transkripsi, posttranskripsi
9. snoRNA (Small nucleolar RNA)
Terdapat 2 jenis snoRNA, yaitu C/D box snoRNA (terkait
dengan metilasi) dan H/ACA box snoRNA (terkait dengan
psudoridilasi)
Metilasi: Peletakan gugus metil pada substrat
Pseudoridilasi: konversi dari nukleosida uridin menjadi bentuk
isomer lain pseudouridin ()
Berperan sebagai pemandu dalam modifikasi RNA lain seperti
rRNA, tRNA, dan snRNA.
snoRNA + protein = snoRNP mengenali dan mengikat RNA
target lewat basa komplementer yang mengelilingi basa
target untuk dimodifikasi

10. siRNA (Small interfering/ short interfering/ silencing RNA)

RNA yang memiliki double-strand dengan panjang 20-25
pasangan basa
Fungsi:
Memisahkan mRNA setelah transkripsi sehingga tidak terjadi
translasi
Pada mekanisme RNAi, berperan sebagai mekanisme antivirus
Pembentukan struktur kromatin dari genom

11. miRNA (Micro RNA)

Hasil transkripsi dari bagian non-coding DNA

(faktor transkripsi) sehingga tidak terproses
menjadi protein
Berukuran panjang 21-24 nukleotida

SINTESIS ASAM
NUKLEAT
MELIPUTI :
REPLIKASI DNA
TRANSKRIPSI RNA
SINTESIS BASA
NITROGEN

REPLIKASI DNA

MODEL REPLIKASI DNA

Model Konservatif
Rantai ganda DNA induk langsung membentuk salinan berupa rantai ganda
DNA baru tanpa ada pemisahan rantai ganda DNA induk terlebih dahulu.
Replikasi pertama menghasilkan dua rantai ganda DNA, terdiri dari satu
rantai ganda DNA induk dan satu rantai ganda DNA yang benar-benar baru.
Pada replikasi kedua, masing-masing rantai ganda DNA tersebut langsung
membentuk salinan DNA yang baru lagi.
Akhirnya, menghasilkan empat buah DNA; satu DNA induk dan 3 DNA baru.

Model Semi Konservatif

Rantai ganda DNA induk membuka atau memisah terlebih
dahulu sehingga terbentuk dua buah rantai tunggal DNA.
Masing-masing rantai tunggal tersebut berfungsi sebagai
cetakan untuk membentuk rantai tunggal DNA baru, melalui
pembentukan pasangan basa yang komplementer dengan
basa nitrogen DNA induk.
Masing-masing DNA terdiri dari satu rantai tunggal induk dan
satu rantai tunggal yang baru.
Pada replikasi kedua, masing-masing rantai ganda DNA
tersebut membuka kembali sehingga dihasilkan empat buah
DNA.
Dua buah DNA mengandung rantai tunggal induk dan dua
buah DNA yang lain merupakan rantai DNA baru.

Model Dispersif
Rantai ganda DNA hasil replikasi pertama maupun replikasi
ke dua dari DNA induk mengandung segmen campuran
antara rantai DNA induk dan rantai DNA baru.
Rantai ganda DNA salinannya terdiri dari dua rantai tunggal
DNA yang masing-masing mengandung segmen (bagian atau
potongan) DNA induk dan segmen DNA baru.

MEKANISME REPLIKASI DNA

Inisiasi
Pada tahapan ini enzim Helicase memutus ikatan kimia yang paling lemah
yaitu ikatan hydrogen diantara basa komplementer.
Hasil pemutusan ikatan hydrogen ini menghasilkan dua DNA dengan
rantai tunggal.
Masing-masing rantai untaian tunggal atau rantai polinukleotida tersebut
akan menjadi rantai dasar (template) untuk membentuk dua untai rantai
DNA baru.
Disaat helicase memisahkan untaian rantai DNA, masing-masing rantai
DNA bereaksi dengan single-strand binding protein agar masing-masing
rantai tersebut menjadi stabil.

Sintesis Primer
Untai komplementer DNA menggunakan untai yang ada
sebagai template yang dibawa oleh DNA polimerase.
Pada tahap ini, DNA polimerase membutuhkan 3 gugus
hidroksil
untuk
memulai
penambahan
nukleotida
komplementer yang disediakan DNA primase yang
mensintesis bentangan pendek RNA ke untai DNA yang ada.
segmen pendek tersebut disebut primer, dan terdiri dari 9-12
nukleotida. Hal ini memberikan DNA polimerase platform
yang diperlukan untuk mulai menyalin sebuah untai DNA.
Setelah primer terbentuk pada kedua untai, DNA polimerase
dapat memperpanjang primer ini menjadi untai DNA baru.

Sintesis leading strand

Pada tahapan ini dilakukan proses konstruksi rantai
komplementer yang baru. Proses kontruksi ini meliputi basabasanya akan berikatan dengan basa-basa yang ada di dalam
rantai dasar (template), yang berdasarkan aturan Chargaff,
akan berpasangan hanya dengan basa lain yang merupakan
pasangannya.

Sintesis lagging strand

Kedua rantai komplementer dari molekul DNA terorientasi pada arah yang
berlawanan dan DNA polimerase hanya dapat mereplikasi dalam satu
arah (hanya bekerja dari ujung 5 ke ujung 3) sehingga muncul dua
mekanisme duplikasi dari rantai DNA.
Salah satu rantai direplikasi secara kontinu seiring dengan proses
pemisahan untaian rantai DNA, sementara itu rantai yang lainnya
tereplikasi secara diskontinu dalam arah yang berlawanan dengan
dibentuknya sepotong segmen DNA yang disebut dengan fragmen
Okazaki. Dalam setiap fragmen okazaki mengandung RNA primer yang
terseparasi

Penghapusan primer dan ligase

Selanjutnya fragmen ozaki tersebut akan terisi oleh nuklotida dari DNA
polymerase III dan RNA primer yang telah terpasangkan pada tahapan
awal digantikan dengan DNA nukleotida yang benar oleh DNA polimerase
I.
Setelah itu, DNA ligase menyematkan fosfat kedalam segmen yang belum
lengkap.
Proses ini terjadi berulang ribuan kali untuk menciptakan dua molekul
DNA yang persis sama dengan molekul DNA asal.

Terminasi
Replikasi ini terhenti di lokasi terminasi khusus yang terdiri
dari urutan nukleotida yang unik.
Urutan ini diidentifikasi oleh protein khusus yang disebut tus
yang mengikat ke situs tersebut, sehingga secara fisik
menghalangi jalur helikase.
Ketika helikase bertemu protein tus itu jatuh bersama dengan
untai tunggal protein pengikat terdekat

TRANSKRIPSI RNA

MEKANISME TRANSKRIPSI
RNA
Inisiasi
Proses transkripsi dari molekul RNA dimulai dengan diurainya kedua untaian dari molekul
DNA. Pemisahan kedua untaian DNA pertama kali terjadi di suatu tempat di dalam molekul
DNA yang disebut dengan promoter.
Proses transkripsi ini mulai terjadi ketika RNA polimerase menyadari dan mengikat daerah
promotor yang terdapat dalam molekul DNA. RNA polimerase melekat atau berikatan
dengan promoter dibantu oleh adanya faktor sigma.
Setelah promoter berikatan dengan kumpulan protein (kofaktor-kofaktor). Kumpulan antara
promoter, RNA polimerase, dan kofaktor-kofaktor ini disebut kompleks inisiasi transkripsi.
Selanjutnya, RNA polimerase membuka rantai ganda DNA.
Setelah proses inisiasi terjadi maka faktor sigma akan berdisosiasi dari RNA polimerase,
bersama-sama dengan DNA dan RNA nasen (RNA yang baru disintesis), akan membentuk
kompleks terneratau kompleks yang terdiri atas tiga komponen. Dengan adanya kompleks
terner ini RNA polimerase dapat berjalan di sepanjang molekul DNA.

Elongasi
Pada tahap elongasi ini, RNA mengalami pertumbuhan
memanjang seiring dengan pembentukan pasangan basa
nitrogen DNA pada ujung 3 nya.
Sehingga, proses elongasi RNA berlangsung dari arah 5 ke 3,
sementara RNA polimerasenya sendiri bergerak dari arah 3
ke 5 di sepanjang untai DNA template. Pembentukan RNA
analog dengan pembentukan pasangan basa nitrogen pada
replikasi.
RNA akan membentuk pasangan basa urasil dengan adenin
pada rantai DNA. Tiga macam basa yang lain, yaitu adenin,
guanin, dan sitosin dari DNA akan berpasangan dengan basa
komplemennya masing-masing sesuai dengan pengaturan
pemasangan basa. Adenin berpasangan dengan urasil dan
guanin dengan sitosin.

Terminasi
Selanjutnya dalam proses ini, primer RNA dihapus
dan nukleotida RNA digantikan oleh nukleotida DNA
oleh polimerase DNA enzim.
Celah antara fragmen ditutup oleh enzim DNA
ligase.

Perbedaan Proses Transkripsi

pada Prokariotik dan Eukariotik

No
1

Replikasi DNA prokariotik

Hal ini terjadi di dalam sitoplasma

Replikasi DNA eukariotik

Hal ini terjadi di dalam nukleus

Hanya ada satu asal replikasi per molekul DNA Asal replikasi banyak (lebih dari 1000) dalam
setiap kromosom eukariotik

Asal replikasi terbentuk sekitar 100-200 atau Setiap asal replikasi terbentuk dari sekitar 150
lebih nukleotida
nukleotida

Replikasi DNA terjadi pada satu titik di setiap Replikasi DNA terjadi di beberapa titik secara
molekul DNA prokariotik
bersamaan di setiap kromosom.

Hanya dua cabang replikasi dibentuk di setiap Sejumlah cabang replikasi terbentuk secara
kromosom prokariotik replikasi, replikasi DNA bersamaan di setiap DNA replikasi.
adalah dua arah

kromosom prokariotik memiliki satu replikon

Satu replikasi gelembung terbentuk selama Banyak gelembung replikasi terbentuk dalam
replikasi DNA
satu molekul DNA bereplikasi.

Inisiasi replikasi DNA di prokariota dilakukan Inisiasi replikasi DNA dilakukan oleh protein
oleh DnaA protein dan DnaB
multisubunit

Enzim girase DNA diperlukan

10

Okazaki fragmen besar, 1000-2000 nukleotida Okazaki fragmen pendek, 100-200 nukleotida
panjang.
panjang.

11

Replikasi sangat cepat, ditambahkan sekitar Replikasi lambat, ditambahkan sekitar 100
2000 nukleotida per detik
nukleotida per detik

Molekul DNA eukariotik memiliki sejumlah

besar replikon (50.000 dan di atas), tetapi
replikasi tidak terjadi secara bersamaan pada
semua replikon

Enzim girase DNA diperlukan

PROSES PASCA TRANSKRIPSI

Trimming
Proses ini menyebabkan residu nukelotida dihilangkan dari 3 dan 5
akhir dari transkrip primer. Enzim yang berperan dalam proses ini
adalah nuklease yang mengkatalisasi hidrolisis dari ikatan
fosfodiester dalam asam nukleat.

Splicing
Splicing merupakan proses pembuangan intron dan
penyambungan ekson.
RNA hasil transkripsi pada eukariot yang disebut
pre-RNA dikarenakan RNA hasil dari transkripsi
masih mengandung intron yang tidak mengkodekan
asam amino, sehingga perlu dibuang.
Pada proses ini, intron akan dipotong oleh
spliceosome dan penyambungan ekson dilakukan
oleh enzim ligase

Poliadenilasi dan Capping

Poliadenilasi adalah proses penambahan poliA (rantai
AMP) pada ujung 3 nukleotida mRNA. Fungsinya untuk
meningkatkan stabilitas mRNA dan meningkatkan
efisiensi translasinya.
Capping adalah penambahan tudung dari mRNA berupa
molekul 7-metilguanosin
Capping berfungsi untuk melindungi mRNA dari
degradasi, meningkatkan efisiensi translasi mRNA,
meningkatkan pengangkutan mRNA dari nukelus ke
sitoplasma dan meningkatkan efisiensi prosessplicing

Retrovirus
Retrovirus adalah virus yang membawa transkripsi
terbalik.
Virus ini dapat mengkonversi RNA mereka menjadi
salinan DNA.
Proses
ini
dikatalisis
oleh
enzim
reverse
transcriptase. Kemudian DNA ini terintegrasi
kovalen
ke
dalam
genom
inang
dengan
menggunakan enzim integrase, yang dikodekan
oleh reverse transcriptase.

TRANSKRIPSI BALIK DAN

RETROVIRUS
Transkripsi Balik

Transkripsi balik (Reverse transcription) merupakan

proses kebalikan transkripsi yaitu mengkopi RNA menjadi
DNA.
Transkripsi
balik
adalah
proses
yang
mentranskripsikan untai tunggal RNA menjadi DNA
komplemennya (cDNA) dengan katalisator enzim reverse
transcriptase, primer dNTPs dan enzim RNAase Inhibitor.
Proses transkripsi balik dimulai ketika RNA dari retrovirus
memasuki sel inang, RNA genomik dari retrovirus
tersebut akan ditranskripsikan menjadi DNA rantai ganda
dan nantinya akan diinfeksikan ke DNA inang

MEKANISME TRANSKRIPSI BALIK

1. tRNA dari sebuah retrovirus akan berhibridisasi dengan sebuah area
komplementer yang disebut dengan primer binding site (PBS).
2. Sebuah segmen DNA diperpanjang dari tRNA berdasarkan pada
sekuens dari RNA genomik retrovirus.
3. Sekuens R dan U5 dari RNA virus akan dihapuskan oleh RNase H.
4. Lompatan pertama: DNA berhibridisasi dengan sekuens R yang
tersisa dari RNA virus di ujung 3
5. Sebuah rantai DNA diperpanjang dari ujung 3.
6. Hampir seluruh RNA virus dihapus oleh RNase H.

7. Rantai kedua dari DNA diperpanjang dari RNA virus

8. tRNA dan sisa dari RNA virus dihapuskan oleh RNase H.
9. Lompatan kedua: area PBS dari rantai kedua berhibridisasi dengan area PBS dari
rantai pertama
10. Perpanjangan pada kedua rantai.LTRmerupakan "long terminal repeat".

ANALISIS ASAM
NUKLEAT

ANALISIS ASAM NUKLEAT

Analisis
Kualitati
f

Elektroforesis
Sequencing
Staining
Hibridisasi
Sentrifugasi

Analisis PCR
Kuantita
Spektrofotometer
tif
DNA-Microarray
SAGE

ANALISIS KUALITATIF

Analisis Kualitatif

ELEKTROFORESIS
Tujuan :
Memisahkan
dan
mempurifikasi makromolekul
berdasarkan
perbedaan
tingkat migrasinya
dalam
sebuah medan listrik.
Makromolekul
yang
dijadikan
objek elektroforesis adalah protein
dan asam nukleat yang memiliki
perbedaan ukuran, kadar ion, dan
molekul-molekul penyusunnya.
Elektroforesis
dapat
dibagi
menjadi dua yaitu Agarose Gel

Analisis Kualitatif

ELEKTROFORESIS (AGAROSA
GEL)
Agarose
gel
digunakan
untuk
menganalisis
molekul
DNA.
Agarose
merupakan suatu bentuk
polisakarida yang diekstrak
dari alga merah ataupun
rumput
laut.
Agarose
memiliki kemurnian jika
dibandingkan dengan agar
walaupun
memiliki
kesamaan sumber.

Analisis Kualitatif

ELEKTROFORESIS (AGAROSA
GEL CONT.)
Tahapan
1. Bubuk elektroforesis agarose dicampurkan dengan
larutan buffer untuk elektroforesis (TAE atau TBE).
2. Lalu campuran dipanaskan dengan microwave hingga
tercampur sempurna.
3. Campuran kemudian didinginkan hingga mencapai suhu
60oC dan dituangkan kedalam wadah agar mengental.
Setelah mengental, sikat pembatas lalu dilepaskan,
sampel DNA diinjeksikan ke dalam gel dan peralatan
elektroforesis dinyalakan.

Analisis Kualitatif

ELEKTROFORESIS
( KAPILER )
Elektroforesis kapiler adalah metode cepat analisis
dan pemisahan biopolymer, termasuk didalamnya
DNA. Metode ini menggunakan celah sempit dengan
kapiler-kapiler silica didalamnya dengan internal
diameter kurang dari 100 ml.
Elektroforesis kapiler menghasilkan tingkat efisiensi
pemisahan yang tinggi dan selektivitas yang baik.
Metode ini memiliki sensitivitas yang baik dan
memiliki kelebihan yaitu injeksi yang dapat
dilakukan berkali-kali pada suatu kolom.

Analisis Kualitatif

SEQUENCING
Sequencing
adalah
penentuan urutan
basa
DNA
dalam
segmen molekul DNA
yang relatif pendek .
Pengurutan
(sequencing)
asam
nukleat
memungkinkan
kita
mengetahui
kode
genetik dari molekul
DNA.

Ada dua metode yang

dapat digunakan untuk
mengurutkan
molekul
DNA. Metode MaxamGilbert dan
metode
Sanger. Kedua metode
tersebut
menghasilkan
fragmen-fragmen
DNA
dengan
panjang
bervariasi, yang satu
sama
lain
berbeda
sebanyak
satu
basa

Analisis Kualitatif

SEQUENCING (2)
Metode Maxam Gilbert
Metode Maxam-Gilbert dapat diterapkan baik untuk DNA
untai ganda maupun DNA untai tunggal dan melibatkan
pemotongan basa spesifik yang dilakukan dalam dua
tahap.
Molekul DNA terlebih dahulu dipotong-potong secara
parsial menggunakan piperidin. Pengaturan masa
inkubasi atau konsentrasi piperidin akan menghasilkan
fragmen-fragmen
DNA
yang
bermacam-macam
ukurannya.
basa dimodifikasi menggunakan bahan-bahan kimia
tertentu. Dimetilsulfat (DMS) akan memetilasi basa G,
asam format menyerang A dan G, hidrazin akan
menghidrolisis C dan T, tetapi garam yang tinggi akan
menghalangi reaksi T sehingga hanya bekerja pada C.

Analisis Kualitatif

SEQUENCING (3)
Metode Sanger
Metode Sanger pada dasarnya memanfaatkan
dua sifat salah satu subunit enzim DNA
polimerase yang disebut fragmen klenow. Kedua
sifat tersebut adalah kemampuannya untuk
menyintesis DNA dengan adanya dNTP dan
ketidakmampuannya untuk membedakan dNTP
dengan ddNTP.

Analisis Kualitatif

SENTRIFUGASI
Sentrifugasi merupakan proses penting dalam
isolasi dan pemisahan sel.
Prinsip utama sentrifugasi adalah memisahkan
substansi berdasarkan berat jenis molekul dengan
cara memberikan gaya sentrifugal sehingga
substansi yang lebih berat akan berada di dasar,
sedangkan substansi yang lebih ringan akan
terletak di atas. Teknik sentrifugasi tersebut
dilakukan di dalam sebuah mesin yang bernama
mesin sentrifugasi dengan kecepatan yang
bervariasi

Analisis Kualitatif

SENTRIFUGASI
Sentrifugasi pada pemisahan dan isolasi sel dapat
menggunakan
berbagai
metode,
yaitu
metode
sentrifugasi perbedaan kecepatan, sentrifugasi bobot
jenis bertingkat, sentrifugasi zonal, dan sentrifugasi
isopiknik.
Metode sentrifugasi perbedaan kecepatan memiliki
prinsip pemisahan sel berdasarkan perbedaan ukuran
organel sel dan densitas partikel. Patikel organel yang
lebih rapat akan membentuk pelet jika pada kecepatan
yang lebih tinggi dibandingkan partikel organel yang
lebih besar atau renggang walaupun memiliki massa
yang sama besar. Makin besar ukuran sebuah partikel,
maka makin besar gaya sentrifugal yang dialaminya.
Oleh karena itu partikel yang memiliki ukuran yang lebih

Analisis Kualitatif

STAINING
Metode staining digunakan untuk visualisasi DNA
setelah diseparasi oleh gel elektroforesis.
Terdapat banyak jenis pewarna yang dapat
digunakan keperluan ini, beberapa diantaranya
adalah etidium bromida, SYBR Gold, SYBR Green,
SYBR Safe, dan Eva Green

Analisis Kualitatif

STAINING (2)
Etidium Bromida
Etidium bromida merupakan pewarna yang paling umum
digunakan untuk memvisualisasikan DNA. Pewarna ini dapat
digunakan dalam gel, baik pada larutan penyangga
elektroforesis ataupun pada gel. Molekul-molekul pewarna ini
menempel pada rantai DNA dan bersifat fluoresens dia bawah
cahaya UV. Namun etidium bromida bersifat karsinogen,
karena itu penggunaannya harus ditangani dengan baik.
SYBR GOLD
Pewarna SYBR Gold dye digunakan untuk DNA rantai tunggal,
rantai ganda, atau RNA. SYBR Gold merupakan salah satu
alternatif pewarna etidium bromida yang lebih sensitif
daripada pewarna etidium bromida. Tingkat fluoresens
pewarna SYBR Gold di bawah sinar UV 1000 kali lebih tinggi
daripada etidium bromida saat berikatan dengan asam

Analisis Kualitatif

STAINING (3)
SYBR Green
Pewarna SYBR Green I dan II dapat berikatan dengan DNA dan
berpotensial sebagai mutagen, karena itu pewarna ini harus
ditangani dengan hati-hati. SYBR Green I lebih cocok untuk
digunakan pada DNA rantai ganda, sedangkan SYBR Green II
lebih cocok digunakan untuk DNA rantai tunggal or RNA.
SYBR safe
SYBR Safe merupakan pewarna yang lebih aman daripada
pewarna etidium bromida dan pewarna SYBR lainnya. tidak
bersifat beracun dan aman untuk dibuang langsung ke dalam
sistem pembuangan limbah. Pewarna SYBR Safe dapat
digunakan
dengan
blue-light
transillluminator
yang
mengakibatkan lebih sedikit kerusakan terhadap DNA yang
diamati dan lebih efisien untuk proses kloning selanjutnya.

Analisis Kualitatif

STAINING (4)
Eva Green

Eva Green adalah pewarna hijau-fluoresens yang

digunakan pada PCR (Polymerase Chain Reaction).
Selain itu, pewarna ini juga cocok digunakan untuk gel
yang memiliki titik leleh yang rendah. Pewarna Eve
Green bersifat sangat stabil di dalam suhu tinggi dan
memiliki tingkat fluoresens yang tinggi saat berikatan
dengan DNA. Pewarna Eva Green juga dinilai memiliki
tingkat toksisitas yang rendah.

Analisis Kualitatif

HIBRIDISASI
Teknik hibridisasi meliputi dua proses, yaitu
proses denaturasi atau pemisahan dua rantai
asam nukleat yang komplementer dari proses
renaturasi atau perpaduan kembali dua rantai
asam nukleat. Proses denaturasi biasanya
dilakukan dengan cara pemanasan DNA untuk
memecah ikatan hidrogen yang terdapat di
antara pasangan basa sehingga rantai asam
nukleat akan terpisah. Proses ini kemudian
diikuti dengan proses renaturasi dengan cara
pendinginan.

Analisis Kualitatif

HIBRIDISASI (2)
Tahapan
Proses hibridisasi dan visualisasi diawali
dengan transfer DNA dari gel agarose ke nilon
berpori atau membrane nitroselulosa. Pada
metode ini mula-mula gel didenaturasi
dengan larutan dasar dan diletakkan pada
suatu nampan.
Gel hasil elektroforesis diletakkan nilon
berpori
atau
membrane
nitroselulosa,
kemudian di atasnya diberi pemberat.
Semua fragment hasil pemotongan dengan
enzim restriksi yang pada awalnya berada
pada gel akan ditransfer secara kapiler ke

ANALISIS KUANTITATIF

Analisis Kuantitatif

SPEKTROMETRI
Spektrofotometri adalah suatu metode analisis
untuk mengukur konsentrasi senyawa berdasarkan
kemampuan senyawa tersebut mengabsorbsi
berkas sinar atau cahaya. Alat ini terdiri dari
spektrofotometer dan fotometer.

Analisis Kuantitatif

SPEKTROMETRI (2)
Prinsip kerja spektrofotometer berdasarkan hukum
Lambert Beer, yaitu bila cahaya monokromatik (Io)
melalui suatu media (larutan), maka sebagian cahaya
tersebut diserap (Ia), sebagian dipantulkan (Ir), dan
sebagian lagi dipancarkan (It).
Dalam menganalisis asam nukleat, spektroskopi yang
umumnya digunakan adalah spektroskopi raman.
Spektroskopi raman dimanfaatkan untuk menganalisis
DNA probe yang hendak digunakan dalam proses
hibridisasi.

Analisis Kuantitatif

SPEKTROMETRI (3)
Kemurnian =
260/280
Rentang kemurnian DNA 1.8 2.0
Kemurnian DNA <1.8 maka isolasi DNA belum murni
Kemurnian DNA >2.0 maka nilai ddH2O yang diambil lebih
banyak dari DNA

Analisis Kuantitatif

SPEKTROMETRI (4)
[DNA] = 260 x 50 x faktor pengenceran

260 = Nilai absorbansi pada 260 nm

50 = larutan dengan nilai absorbansi 1.0 sebanding
dengan 50 ug untai ganda DNA per ml (dsDNA)
[RNA] = 260 x 40 x faktor
pengenceran

40 = 40ug/ml untai tunggal RNA (ssRNA)

Analisis Kuantitatif

MICROARRAY
Micoarray merupakan chip yang
berukuran kecil yang terbuat dari
lempengan kaca yang berisi
ribuan bahkan puluhan ribu
macam
gen
dalam
bentuk
fragmen DNA yang berasal dari
penggandaan cDNA.
Eksperimen cDNA microarray
memperlihatkan ekspresi gen
pada beberapa ribuan gen yang
mengukur secara simultan.

Analisis Kuantitatif

MICROARRAY
Prinsip kerja dari microarray
adalah
mengukur
jumlah
hibridisasi mRNA pada cDNA
dalam chip.
Pada umumnya analisis dengan
menggunakan
microarray
menggunakan dua sampel yang
berbeda.
Kedua sampel tersebut diisolasi
mRNA-nya
dan
kemudian
diletakkan dalam chip microarray.
Chip tersebut diberi penanda
radioaktif untuk menghasilkan
warna
fluorosens
setelah
dilakukan
scanner
yang
terhubung dengan komputer.

Analisis Kuantitatif

PCR (POLYMERASE CHAIN

REACTION)
PCR atau polymerase chain reaction
merupakan suatu amplifikasi DNA enzimatik yang
sangat sensitif dan spesifik terhadap suatu
organisme tertentu berdasarkan target gen primer
yang dimiliki dan juga merupakan salah satu
metode analisis yang bersifat kuantitatif dengan
tujuan untuk memperbanyak rantai DNA secara
eksponensial. Dengan kata lain, analisis PCR juga
berfungsi sebagai kloning DNA.
Rumus untuk
dihasilkan : 2n

menghitung

jumlah

DNA

yang

Analisis Kuantitatif

PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION) 2

Bahan bahan
yang digunakan :

Analisis Kuantitatif

PCR (POLYMERASE CHAIN

REACTION) 3

Analisis Kuantitatif

SAGE
Serial Analysis of Gene Expression merupakan salah satu
metode
analisis
yang
bersifat
kuantitatif
untuk
mengekspresikan kode genetik dari mRNA secara digital.
Dalam metode ini, ditujukan untuk mengamati bagaimana gen
dari sebuah sel atau jaringan diekspresikan dalam bentuk
kode-kode genetik. Kode-kode genetik yang tercatat kemudian
akan disimpan dalam bentuk database secara digital untuk
dapat dianalisis.

Analisis Kuantitatif

SAGE (2)

Prinsip dasar dari metode SAGE ini adalah sequencing

dimana beberapa mRNA dari sampel uji akan diubah
menjadi sebuah rantai DNA.
Ekspresi dari gen akan diuji satu dengan yang lainnya
(misalkan ekspresi DNA dari sel yang normal dengan sel
tumor).
Metode SAGE diawali dengan cara mengekstrak mRNA dari
sampel. Kemudian, mRNA yang sudah terekstraksi akan
dipotong-potong menjadi potongan kecil secara acak
menggunakan enzim restriksi.
Potongan-potongan pendek tersebut dirangkai menjadi
satu rantai panjang yang mengandung basa nukleat yang
sudah diberi tanda.
Rantai panjang yang dihasilkan kemudian diubah menjadi
bentuk vektor agar dapat dibaca oleh komputer.
Melakukan sequencing dan memproses datanya dengan

APLIKASI ASAM
NUKLEAT

Kesehatan

TERAPI GEN
Terapi gen adalah teknik untuk memperbaiki gen-gen mutan yang
bertanggung
jawab
terhadap
terjadinya
suatu
penyakit,
memungkinkan terjadinya pengobatan atau perbaikan suatu
penyakit genetik yang terjadi karena mutasi atau kerusakan gen
dengan memasukan gen ke dalam sel pasien sebagai pengganti

CARA KERJA TERAPI GEN

Menggantikan gen yang bermutasi dengan sel baru
Memperbaiki gen yang bermutasi
Menambahkan gen pada sel
Menambahkan gen sehat pada sel yang tidak lengkap
Menambahkan gen pada sel kanker agar menjadi peka terhadap kemoterapi
Menambah gen pada sel kanker agar mudah dikenali dan dihancurkan oleh
sistem kekebalan tubuh.

CARA MEMASUKAN GEN KE

DALAM SEL
Ex vivo
Sel dari sejumlah organ atau jaringan (kuit, sistem hemopoletik,
hati) atau jaringan tumor diambil dari pasien kemudian di biakkan
dalam laboratorium. Selama pembiakkan, sel tersebut dimasukkan
gen tertentu untuk terapi penyakit. Kemudian diikuti dengan
reinfusi atau reimplementasi sel penderita untuk di transduksi ke
pasien.

In vivo
Terapi in vivo dilakukan dengan menyuntikkan virus
pembawa gen ke dalam tubuh penderita. Virus tersebut
telah diprogram sehingga dapat mencari danmenyerang
sel yang dituju. Terapi ini dilakukan untuk organ yang
selnya tidak melakukan pembelahan terus menerus
seperti sel paru-paru, otak, dan jantung.

MANFAAT TERAPI GEN

Terapi gen dapat berperan bagi penyembuhan beberapa
penyakit seperti penyakit hemofilia atau memperlambat
pertumbuhan pertumbuhan kanker. Terapi gen dapat digunakan
dengan mensubstitusikan gen pembuat protein yang rusak. Terapi
gen juga berpotensi untuk menyembuhkan dan merawat Muscular
dystrophy atau kelainan genetik yang ditandai dengan progresif
pemborosan dan kelemahan otot.

KELEMAHAN TERAPI GEN

Seorang pasien yang menerima terapi gen mungkin menghadapi
resiko yang membahayakan. Salah satu resiko besar adalah virus
vektor atau cara memberikan gen untuk sel dapat menyebabkan
infeksi atau peradangan jaringan, dan pengenalan virus dapat
memulai penyakit lain. Resiko lain adalah bahwa gen baru mungkin
diperkenalkan di posisi yang salah dalam DNA sehingga
menyebabkan mutasi genetik yang merusak DNA atau bahkan
kanker. Selain itu terdapat kemungkinan gen yang masuk secara
tidak sengaja diperkenalkan ke sel reproduksi sehingga perubahan
akan berlanjut ke keturunan.

VAKSINASI GENETIK/VAKSINASI
DNA
Vaksinasi DNA adalah teknik perlindungan dari penyakit dengan
cara menginjeksi sel dengan DNA yang telah di rekayasa
genetiknya sehingga sel secara langsung menghasilkan antigen
dan respon protektif imunologi. Vaksin DNA menggunakan plasmid
bakteri sebagai vektornya.

MEKANISME
Sebuah vektor plasmid yang mengekspresikan protein yang
dibutuhkan dibawah kendali promotor yang tepat disuntikkan ke
dalam kulit atau otot taget. Protein yang diproduksi secara endogen
kemudian diolah secara intraseluler menjadi peptida antigenik kecil
oleh enzim protease target. Peptida kemudian dimasukkan ke
dalam RE.

MEKANISME (CONT.)
Dalam RE, peptida mengikat molekul MHC kelas I (Major
Histocompability Complex, protein esensial yang dibutuhkan untuk
mendeteksi molekul asing) dan di keluarkan pada permukaan sel
dalam konteks MHC kelas I. hal tersebut merangsang CTL
(Cytotoxic T Cell) membangkitkan imunitas seluler. CTL
menghambat virus melalui dua cara; sitolisis dari sel yang
terinfeksi dan nonsitolisis seperti produksi sitokin.

METODE INJEKSI
Injeksi Air Garam / Saline Injection
Tembakan Gen / Gene Gun

SALINE INJECTION
Injeksi ini biasa dilakukan secara intramuskular dengan jarum
hypodermic pada otot rangka atau intradermal dengan
mengirimkan DNA ke ruang ekstraseluler. Hal ini dibantu dengan
sementara merusak serat-serat otot dengan miotoksin atau larutan
hipertonik seperti air garam atau sukrosa.

GENE GUN
Gene gun bertujuan untuk mempercepat DNA plasmid yang telah
terserap oleh mikropartikel ke sel target menggunakan helium yang
dikompres sebagai akseleran.

DOSIS
Metode injeksi menentukan jumlah dosis yang dibutuhkan.
Suntikan air garam membutuhkan variabel DNA 10g-1mg.
Sedangkan gene gun membutuhkan DNA sekitar 0.2g-20g.
Suntikan air garam membutuhkan lebih banyak DNA karena DNA
akan dikirim ke ruang ekstraseluler sehingga harus melewati
hambatan seperti lamina basal dan jaringan ikat. Sedangkan
tembakan gen membombardir DNA langsung ke dalam sel. Jumlah
tersebut juga disesuaikan dengan spesie yang di tuju.

RESPON IMUN
Respon sel T-Helper
Jenis bantuan T-helper dipengaruhi oleh metode injeksi dan jenis
imunogen yang tampak, serta penargetan kompartemen limfoid
yang berbeda. Injeksi saline cendering menginduksi respon TH1
sedangkan gene gun menimbulkan respon TH2. polarisasi sel T
membantu dalam memengaruhi respon alergi dan penyakit
autoimun. Pada menyakit autoimun, polarisasi sel T bertujuan
untuk mengubah respon TH1 yang merusak menjadi tidak merusak.

RESPON IMUN (CONT.)

Respon CTL (Cytotoxic T-cell)
Vaksin DNA dapat merangsang limfosit T (CTL) tanpa resiko terkait
dengan vaksin hidup. Penargetan antigen untuk degradasi
intraseluler dengan penambahan urutan sinyal terbukti efektif
meningkatkan respon CTL.

KELEBIHAN DAN KEKURANGAN

VAKSINASI DNA
Kelebihan
Vektor plasmid dapat dibangun dan diproduksi dengan cepat dan
urutan coding dapat dimanipulasi dengan berbagai cara.
Produksi dalam skala besar lebih cepat dan murah dibanding vaksin
tradisional.
Dapat memberikan rangsangan untuk respon imun pada penderita
hepatitis B dan C dan AIDS.
Kekurangan
Keterbatasan mikroba yang digunakan karena banyak mikroba yang
plasmidnya terbentuk dari polisakarida.

Rekayasa
Genetika

GENETICALLY MODIFIED
ORGANISM (GMO)
GMO adalah organisme yang secara genetik telah direkayasa untuk
mendukung ekspresi sifat-sifat fisiologis yang dibutuhkan. Teknik
yang digunakan adalah DNA rekombinan dengan DNA dari spesies
yang tak terkait ke plasmid gen target.

PEMBUATAN GMO
1. Mengidentifikasi sifat yang dibutuhkan
2. Mengisolasi gen dengan sifat yang dibutuhkan
3. Menyisipkan gen dengan sifat yang diinginkan
4. Menumbuhkan GMO

KELEBIHAN GMO
Berpotensi mengandung gizi dan varian rasa lebih banyak
Dapat menghilangkan sifat penyebab alergi
Resistensi organisme terhadap hama, gulma, dan penyakit
Mampu berkembang pada kondisi iklim yang tidak ideal
Ramah lingkungan karena lebih sedikit pestisida dan herbisida yang
dipakai
Lebih tahan lama sehingga dapat dikirim jarak jauh dan disimpan lebih
lama
Dapat tumbuh pada
keberadaan lahan

bidang

yang

kecil

dan

disesuaikan

dengan

KELEMAHAN GMO
Memiliki resiko respon gen yang salah sehingga ekspresi gen tidak
dapat dikendalikan
Tanaman yang resistan terhadap hama dan gulma dapat
menyebabkan super-hama dan super-gulma yang lebih kuat
sehingga membutuhkan bahan kimia yang lebih keras
Penyerbukan asing tanaman
menimbulkan masalah ekologi

normal

dan

transgenik

dapat

Perusahaan transgenik mematenkan tanaman dan bibit transgenik

sehingga merugikan petani lokal

KLONING
Kloning adalah proses reproduksi aseksual untuk menciptakan
replika yang secara genetik sama persis dengan induknya. Kloning
dilakukan dengan proses transfer inti sel somatik. Transfer ini
mengacu pada transfer inti sel dari sel somatik ke sel telur yang
telah dibuang intinya.

TEKNIK KLONING
Teknik Roslin
Tahapan yang dilakukan adalah sel somatik dibiarkan terus tumbuh
dan membelah sehingga kehilangan nutrisi, kemudian sel ini
didekatkan dengan sel telur tak berinti yang kemudian
memanfaatkan listrik yang memungkinkan akan berkembang
menjadi embrio.

TEKNIK KLONING (CONT.)

Teknik Honolulu
Prinsip teknik ini adalahmenghapus inti dari sel somatik yang
kemudian dimasukkan kedalam sel telur yang intinya telah
dihapus. Telur kemudian ditetesi larutan kimia tertentu yang
biasanya akan tumbuh menjadi embrio. Hasil penelitian ini adalah
mengubah genetik hewan untuk memproduksi organ transplantasi.

JENIS KLONING
Kloning DNA rekombinan
Prinsipnya adalah memindahkan sebagian rantai DNA yang
diinginkan dari suatu organisme pada suatu elemen replikasi
genetik.
kloning reproduktif
Prinsipnya adalah menghasilkan hewan yang identik dengan sel
donor.

JENIS KLONING (CONT.)

Kloning Terapeutik
Merupakan teknik kloning yang tujuannya untuk memproduksi
embrio manusia yang nantinya dijadikan bahan penelitian dalam
menilai perkembangan manusia serta penyembuhan penyakit.

KELEBIHAN KLONING
Kloning memungkinkan untuk mengambil bagian kecil dari organ
dan membuat organ baru
Membantu pasangan tidak subur untuk memiliki anak dengan
kualitas dari kedua orang tuanya

KELEMAHAN KLONING
Efek samping dan respon gen dari kloning belum diketahui
Timbulnya penyakit baru akibat mutasi gen
Penolakan organ baru karena terjadi mutasi

Forensik

DNA FINGERPRINTING / DNA

PROFILING
DNA profiling adalah teknik yang digunakan untuk mengidentifikasi
individu dengan karakteristik DNA. Profil DNA adalah satu set kecil
variasi DNA yang berbeda pada semua individu yang tidak
berhubungan sehingga menjadi ciri khas seseorang. Pengaplikasian
DNA profiling antara lain adalah RFLP dan PCR.

RESTRICTION FRAGMENT
LENGTH POLYMORPHISM (RFLP)
RFLP adalah teknik pertama yang digunakan untuk analisis DNA
dalam ilmu forensik. Teknik ini mengacu pada variasi dalam urutan
DNA yang terdeteksi melalui elektroforesis gel. Pada RFLP panjang
yang berbeda dari fragmen DNA di analisis. Fragmen ini berasal
dari pencernaan sampel NA dengan enzim restriksi endonuklease.

RESTRICTION FRAGMENT LENGTH

POLYMORPHISM (RFLP) (CONT)
Hasil RFLP menunjukan variasi dalam jumlah VNTR
(Varible Number Tandem Repeats, merupakan sekuen
DNA yang berulang dan sangat berbeda tiap individu)
dari potongan kecil DNA. VNTR ini berguna untuk
menspesifikasi
keunikan
individu
yang
dapat
diaplikasikan dalam Fingerprinting dan uji keturunan.

METODE DETEKSI RFLP

Southern Blotting
Fragmen DNA dari hasil pencernaan restriksi endonuklease dapat
dipisahkan
dengan
agarosa
atau
polyacrylamide
gel
electrophoresis. Fragmen DNA yang hancur akan di transfer ke
membran nitroselulosa. Fragmen dalam membran akan di
hibdridasi dengan beberapa penguji. Lalu membran dicuci untuk
menghilangkan penguji yang tidak terhibdrisasi dan lapisan yang
terhibridasi akan terdeteksi oleh autoradiografi.

METODE DETEKSI RFLP

(CONT.)
Polymerase Chain Reaction (PCR)
Pada teknik ini, pecahan dari hasil pencernaan restriksi
endonuklease diperkeras sebanyak sejuta-semilyar kali tergantung
pada jumlah siklus sintesis DNA pada enzim polimerase saat suhu
stabil, dan denaturasi untuk memisakan rantai DNA yang baru
disintesis.

MANFAAT RFLP
RFLP memungkinkan para ilmuwan untuk memetakan genom
manusia serta memberikan informasi tentang penyakit genetik.
Analisis RFLP berguna untuk menemukan dimana gen spesifik
penyakit terletak pada kromosom

KELEMAHAN RFLP
Analisis RFLP membutuhkan proses yang lambat dan sampel yang
besar sekitar sebesar koin 1 pon.

POLYMERASE CHAIN REACTION

(PCR)
PCR adalah teknik yang digunakan untuk memperbanyak sepotong
salinan sepotong DNA menjadi ratusan salinan urutan DNA
tertentu. Saat PCR berlangsung, DNA yang dihasilkan digunakan
sebagai template untuk replikasi. PCR umumnya tidak dianggap
sebagai DNA rekombinan karena tidak melibatkan pemotongan dan
penyisipan DNA.

KOMPONEN PCR
Primer adalah sepotong pendek DNA yang dibuat di laboratorium.
Primer dibuat secara bebas sehingga dapat memiliki urutan DNA
yang diinginkan. Dalam sebuah PCR, dua primer dirancang untuk
menyesuaikan dengan segmen DNA yang ingin disalin. Melalui
pasangan basa komplementer, salah satu primer menempel pada
untaian atas salah satu ujung segmen dan primer lainnya
menempel pada ujung bawah.

KOMPONEN PCR (CONT)

DNA Polimerase adalah kompleks alami dari protein yang
berfungsi untuk menyalin DNA sel sebelum membagi dua. Ketika
DNA polimerase bertemu primer yang berpasangan dengan
sepotong DNA, DNA polimerase menempel dekat ujung primer dan
mulai menambahkan nukleotida.

KOMPONEN PCR (CONT)

Nukleootida adalah blok pembentuk
DNA.
DNA
polimerase
meraih
nukleotida dan menempel pada ujung
primer.

PROSES PCR
1. Memisahkan DNA target menjadi dua helai terpisah dengan
denaturasi.
2. Mengikat primer dengan urutan DNA sehingga siap disalin
(annealing)
3. Membuat salinan DNA dengan nukleotida yang ditambahkan
oleh DNA polimerase.

APLIKASI PCR
Mengisolasi DNA spesifik untuk membuat proses hibridasi dan
kloning DNA hanya dengan sampel yang sedikit.
Dapat digunakan untuk analisis bukti forensik dimana hanya
tersedua sampel yang sedikit.
Dapat menganalisis keberadaan penyakit genetik, dan untuk tes
kecocokan saat transplantasi organ.

DNA MICROARRAY
DNA microarray yang diketahui sebagai DNA chip adalah kumpulan
dari DNA mikroskopis pada suatu permukaan datar. Biochip ini
digunakan untuk menentukan apakah DNA dari individu tertentu
mengandung mutasi gen. chip dibuat dari kaca yang dibungkus
plastik. Setiap chip berisi ribuan urutan DNA helai tunggal yang
pendek dan saling mengakumulasi menjadi gen normal yang
bersangkutan.

PROTOKOL DNA MICROARRAY

1. Dua sampel yang akan dibandingkan dibiakkan terlebih dahulu
(sampel dan kontrol).
2. Asam nukleat kemudian dimurnikan (RNA atau DNA)
3. As. Nukleat yang dimurnikan kemudian diukur secara kuantitatid
dan kualitatif menggunakan Nanodrop, atau Nanophotometer
spectrometer.
4. Produk didapat dari transkripsi terbalik atau dengan PCR opsional.
5. Produk sampel kemudian dicampur dengan larutan hibdrisasi yang
mengandung SDS (sodium dodesil sulfat), SSC (asam sitrit),
dekstran sulfat, Denhardts solution, atau formanin.

PROTOKOL DNA MICROARRAY

(CONT)
6.

Campuran kemudian didenaturasi dan dimasukan ke dalam

lubang pada microarray kemudian disegel dan dihibridasi dalam
hyb oven ataupun dengam mixer.

7. Pengikat yang tidak spesifik dihilangkan.

8. Microarray dikeringkan dan di scan menggunakan
berlaser untuk mengukur lever emisi dengan detektor
9. Dihasilkan gambar dengan intensitas yang berbeda
10. Data mentah di normalkan

mesin

DAFTAR PUSTAKA
Armstrong, F. 1989.Biochemistry. New York: Oxford University Press.
Campbell NA, Reece JB. 2008. Biology. 8th ed. Upper Saddle River (NJ):
BenjaminCummings. 1393 p.
Harper, H. A. ; V. W. Rodwell and P. A. Mayes. 1977. Biokimia Edisi Jilid I.Penerbit
Erlangga, Jakarta. : 438 p.
Jusup, M. 1989, Genetika I.Struktur dan ekspresi Gen. Institut Pertanian Bogor.
Strachan T, Read AP. 1999. Human Molecular Genetics. 2nd edition. New York: Wiley-Liss.
Anonim. NA Detection and Indentification. [online] available at: <
http://www.gelifesciences.com/webapp/wcs/stores/servlet/catalog/en/GELifeSciences-us/ap
plications/AlternativeProductStructure_11756/
> [accessed 5 November 2016]
Anonim. Nucleic Acid Analysis. [online] available at: <
http://www.bio-rad.com/en-us/applications-technologies/nucleic-acid-analysis > [accessed
at 5 November 2016]

DAFTAR PUSTAKA
http://britannica.com/science/DNA-fingerprinting
http://sitn.hms.harvard.edu